梅山秀明 UMEYAMA Hideaki

研究者番号	20050619
外部サイト
所属 (現在)	2025年度: 北里大学, 薬学部, 名誉教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2011年度: 北里大学, 薬学部, 教授 2006年度 – 2007年度: 北里大学, 薬学部, 教授 2000年度 – 2004年度: 北里大学, 薬学部, 教授 1999年度: 北里大学, 薬学部・生物分子設計学講座, 教授 1995年度: 北里大学, 薬学部, 教授 1989年度: 北里大学, 薬学部, 教授
審査区分/研究分野	研究代表者生物系 / 応用ゲノム科学研究代表者以外生物系 / 生物分子科学 / 実験病理学 / 生物物理学 / 物理系薬学
キーワード	研究代表者 CASP / FAMS / CAFASP / タンパク質 / Protein / FAMSBASE / GTOP / 遺伝子 / 立体構造 / ゲノム … もっと見る / ホモロジーモデリング / バイオインフォマティックス / Mouse / Rat / Database / Critical Assessment / Interaction / Structure Prediction / Complex / CAPRI / マウス / ラット / データベース / prediction / structure / protein / 機能進化解析 / タンパク質立体構造予測 / タンパク質データベ-ス / プロテオーム / FAMS、FAMSBASE / アライメント / コンピュータ解析 / 予測 / 蛋白質 / ソフトウェア開発効率化 / 情報システム … もっと見る研究代表者以外 FAMSBASE / 膜タンパク質 / モデリング / 立体構造予測 / 立体構造 / タンパク質 / 計算生物学 / Molecular simulation / Homology modeling / Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction / Protein structure prediction / Genome function prediction / Bioinformatics / Computational biology / 3Dキーノート / 国際予測コンテストCASP4 / らん藻ゲノム / SOSUI / Gtop / 予測生物学 / アブイニシオ / シミュレーション / CASP5 / 分子シミュレーション / ホモロジーモデリング / 構造予測国際コンテストCASP / タンパク質立体構造予測 / ゲノム機能予測 / 生命情報科学 / Module / Threading / principal variety of protein folds / Structural prediction / Structural comparison / Principle of architecture / Three-dimensional structure / Protein / 膜蛋白質 / 相同蛋白質 / タンパク質デザイン / 構造分類 / 蛋白質 / リゾチウム / キメラタンパク / ファージディスプレイ / 立体構造比較 / スレッティング / モジュール / スレッディング / 立体構造基本型 / 構造予測 / 構造比較 / 構築原理 / ケミカルバイォロジー / 結合タンパク質 / 標的分子 / ケミカルバイオロジー / 天然物 / 感染症 / 欠損株 / 線溶 / 凝固 / ショック / 治療 / 敗血症 / システインプロテアーゼ / 敗血性ショック / 血管漏出 / 阻害剤 / プロテアーゼ / 黄色ブドウ球菌 / タンパク質分類 / 機能予測 / 分子進化 / 偽遺伝子 / データベース構築 / ホモロジー検索 / 局所構造 / ドメイン / 選択的スプライシング / ゲノム情報解析 / プロテオミックス / プロテオーム / 機能ゲノミックス / 構造ゲノミックス / タンパク質立体構造 / ゲノム情報 / 構造生物学 / セリンプロテア-ゼ / 分子動力学 / タンパク質工学隠す

天然由来抗感染症活性を有する新規化合物を用いたケミカルバイオロジー研究
- 研究代表者
  
  供田洋
- 研究期間 (年度)
  2009 – 2011
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生物分子科学
- 研究機関
  北里大学
細菌プロテアーゼ抑制を基盤としたグラム陽性菌敗血症治療法の開発に関する研究
- 研究代表者
  
  今村隆寿
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2008
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  実験病理学
- 研究機関
  熊本大学
実験動物ラット・マウス遺伝子の単体・複合体タンパク質立体構造モデルデータベースの構築研究代表者
- 研究代表者
  
  梅山秀明
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2007
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  応用ゲノム科学
- 研究機関
  北里大学
ホモロジーモデリングによるゲノム規模の蛋白質構造データベースの構築と機能推定研究代表者
- 研究代表者
  
  梅山秀明
- 研究期間 (年度)
  2003 – 2004
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  北里大学
ゲノム情報からのタンパク質構造の分類と予測
- 研究代表者
  
  西川建
- 研究期間 (年度)
  2002
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  国立遺伝学研究所
ホモロジーモデリングの手法の開発とデータベース構築研究代表者
- 研究代表者
  
  梅山秀明
- 研究期間 (年度)
  2001 – 2002
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  北里大学
タンパク質高次構造情報の整備・流通と予測情報の評価(調整班)
- 研究代表者
  
  郷通子
- 研究期間 (年度)
  2000 – 2002
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  名古屋大学
プロテオーム時代の計算情報生物学
- 研究代表者
  
  郷通子
- 研究期間 (年度)
  1999
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  名古屋大学
タンパク質立体構造の比較・予測・デザイン
- 研究代表者
  
  郷信広, 野口俊之
- 研究期間 (年度)
  1995 – 1999
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  京都大学
   名古屋大学
タンパク質工学への分子動力学の適用
- 研究代表者
  
  小杉節子
- 研究期間 (年度)
  1989
- 研究種目
  
  一般研究(C)
- 研究分野
  
  物理系薬学
- 研究機関
  北里大学

すべて 2008 2007 2005 2004 2003 2002 2001

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] バイオデータベースとウェブッールの手取り足取り活用法2002
- 著者名/発表者名
  岩舘満雄, 梅山秀明(分担執筆)
- 総ページ数
  203
- 出版者
  羊土社
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207002
[雑誌論文] Bioinformatics based ligand-docking and in-silico screening2008
- 著者名/発表者名
  Daisuke Takaya, Mayuko Taked a-Shitaka, Genki Terashi, Kazuhiko Kanou, Mitsuo Iwadate and Hideaki Umeyama
- 雑誌名
  
  Chem.Pharm.Bull 56(5)(In press)
- NAID
  110006664006
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18310139
[雑誌論文] Dynamic interaction among the platform domain and two membrane-proximal immunoglobulin-like domains of class I major histocompatibility complex: normal mode analysis2008
- 著者名/発表者名
  Hiroyuki Nojima, Mayuko Taked a-Shitaka, Kazuhiko Kanou, Kenshu Kamiya, Hideaki Umeyama
- 雑誌名
  
  Chem.Pharm.Bull. 565)(In press)
- NAID
  110006663983
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18310139
[雑誌論文] 計算科学によるタンパク質問相互作用解析2007
- 著者名/発表者名
  竹田-志鷹真由子, 寺師玄記, 梅山秀明
- 雑誌名
  
  生命の科学 58(5)
  
  ページ: 338-341
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18310139
[雑誌論文] Protein Structure Prediction in Structure Based Drug Design2007
- 著者名/発表者名
  Takeda-Shitaka M., Terashi G., Chiba C., Takaya D., Umeyama H.
- 雑誌名
  
  Medicinal Chmistry 2
  
  ページ: 191-201
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18310139
[雑誌論文] Identification of amino acid residues of Salmonella SlyA that are critical for transcriptional regulation2007
- 著者名/発表者名
  Okada N, Oi Y, Takeda-Shitaka M, Kanou K, Umeyama H, Haneda T, Miki T, Hosoya S, Danbara H.
- 雑誌名
  
  Microbiology 153
  
  ページ: 548-60
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18310139
[雑誌論文] Fams-ace:a combined method to select the best model after remodeling all server models2007
- 著者名/発表者名
  Terashi G, Takeda-Shitaka M, Kanou K, Iwadate M, Takaya D, Hosoi A, Ohta K, Umeyama H
- 雑誌名
  
  Proteins 69
  
  ページ: 98-107
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18310139
[雑誌論文] The SKE-DOCK server and human teams based on a combined method of shape complementarity and free energy estimation2007
- 著者名/発表者名
  Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka, Kazuhiko Kanou, Mitsuo Iwadate, Daisuke Takaya, Hideaki Umeyama.
- 雑誌名
  
  Proteins 69(4)
  
  ページ: 866-872
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18310139
[雑誌論文] A fully automated homology modeling system for protein-protein complex structure2005
- 著者名/発表者名
  Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Chieko Chiba, Daisuke Takaya, Hideaki Umeyama
- 雑誌名
  
  Medicinal Chemistry (in press)
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013251
[雑誌論文] Protein structure prediction in CASP6 using CHIMERA and FAMS2005
- 著者名/発表者名
  Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Daisuke Takaya, Kazuhiko Kanou, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama
- 雑誌名
  
  Proteins (Published on line)
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013251
[雑誌論文] Searching for protein-protein interaction sites and protein-protein docking by the methods of molecular dynamics, grid scoring and the pair-wise interaction potential of amino acid residues.2005
- 著者名/発表者名
  Terashi G, Takeda-Shitaka M, Takaya D, Umeyama H.
- 雑誌名
  
  Proteins 60
  
  ページ: 289-295
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013251
[雑誌論文] Protein structure prediction in CASP6 using CHIMERA and FAMS2005
- 著者名/発表者名
  Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Daisuke Takaya, Kazuhiko Kanou, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama
- 雑誌名
  
  Proteins Published online
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013251
[雑誌論文] Searching for protein-protein interaction sites and protein-protein docking by the methods of molecular dynamics, grid scoring and the pair-wise interaction potential of amino acid residues.2005
- 著者名/発表者名
  Terashi G, Takeda-Shitaka M, Takaya D, Umeyama H
- 雑誌名
  
  Proteins 60
  
  ページ: 289-295
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013251
[雑誌論文] Remarkably different structures and reaction mechanisms of ketoreductases for the opposite stereochemical control in the biosynthesis of BIQ antibiotics.2004
- 著者名/発表者名
  著者11人9番目に梅山秀明
- 雑誌名
  
  Bioorg Med Chem. 12
  
  ページ: 5917-5927
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013251
[雑誌論文] Evaluation of homology modeling of the severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus main protease for structure based drug design2004
- 著者名/発表者名
  Takeda-Shitaka M, Nojima H, Takaya D, Kanou K, Iwadate M, Umeyama
- 雑誌名
  
  Chem Pharm Bull (Tokyo). 52
  
  ページ: 643-645
- NAID
  110003615633
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15013251
[雑誌論文] Enlarged FAMSBASE : 3D protein structure models of genome sequences for 41 species2003
- 著者名/発表者名
  Yamaguchi, A., Iwadate, M., Suzuki, E., Yura, K., Kawakita, S., Umeyama.H., Go, M.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research 31(1)
  
  ページ: 463-468
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207002
[雑誌論文] FAMS : homology modeling of three-dimensional structures of proteins from sequences2003
- 著者名/発表者名
  Iwadate, M., Umeyama, H.
- 雑誌名
  
  Seibutsu Butsuri 42(6)
  
  ページ: 282-284
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207002
[雑誌論文] Evaluation of the third solvent clusters fitting procedure for the prediction of protein-protein interactions based on the results at the CAPRI blind docking study2003
- 著者名/発表者名
  Komatsu, K., Kurihara, Y., Iwadate, M., Takeda-Shitaka, M., Umeyama, H.
- 雑誌名
  
  PROTEINS, Structure, Function and Genetics 52(1)
  
  ページ: 15-18
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207002
[雑誌論文] Toward a functional prediction of organism genomes2002
- 著者名/発表者名
  Umeyama, H., Ebisawa, K.
- 雑誌名
  
  Joho-shori 43(1)
  
  ページ: 29-35
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207002
[雑誌論文] A step-by-step instruction how to use bio-database and web tool2002
- 著者名/発表者名
  Iwadate, M., Umeyama, H.
- 雑誌名
  
  Yodosya Co., Ltd.
  
  ページ: 203-203
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207002
[雑誌論文] FAMS : 配列からタンパク質立体構造ホモロジーモデリング2002
- 著者名/発表者名
  岩舘満雄, 梅山秀明
- 雑誌名
  
  生物物理 42(6)
  
  ページ: 282-284
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207002
[雑誌論文] 生物ゲノムの機能予測を目指して2002
- 著者名/発表者名
  梅山秀明, 海老沢計慶
- 雑誌名
  
  情報処理 43(1)
  
  ページ: 29-35
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207002
[雑誌論文] タンパク質立体構造の自動モデリングと創薬への応用2001
- 著者名/発表者名
  梅山秀明, 海老沢計慶
- 雑誌名
  
  ファルマシア 37(12)
  
  ページ: 1099-1103
- NAID
  110003660812
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207002
[雑誌論文] An auto-modeling in protein 3D structure and an application of drug development2001
- 著者名/発表者名
  Umeyama, H., Ebisawa, K.
- 雑誌名
  
  Farumashia 37(12)
  
  ページ: 1099-1103
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207002
[雑誌論文] Comparative modeling of CAFASP2 competition2001
- 著者名/発表者名
  Iwadate, M., Ebisawa, K., Umeyama, H.
- 雑誌名
  
  Chem-Bio Informatics Journal 1(4)
  
  ページ: 136-148
- NAID
  130004138107
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207002
[雑誌論文] Comparative modeling of CAFASP2 competition2001
- 著者名/発表者名
  Iwadate, M., Ebisawa, K., Umeyama, H.
- 雑誌名
  
  Chem-Bio lnformatics Journal 1(4)
  
  ページ: 136-148
- NAID
  130004138107
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207002
[雑誌論文] タンパク質立体構造の自動モデリング2001
- 著者名/発表者名
  梅山秀明, 岩舘満雄
- 雑誌名
  
  実験医学増刊ゲノム医科学と基礎からのバイオインフォマティックス 19(11)
  
  ページ: 180-184
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207002
[雑誌論文] An automatic modeling of protein 3D structure2001
- 著者名/発表者名
  Umeyama, H., Iwadate, M.
- 雑誌名
  
  Jikken Igaku, special edition, Genome medical science and basic bioinformatics 19(11)
  
  ページ: 180-184
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12207002
[学会発表] タンパク質モデリングと生物分子設計2007
- 著者名/発表者名
  岩舘満雄、加納和彦、寺師玄記、高谷大輔、竹田-志鷹真由子、梅山秀明
- 学会等名
  BMB2007第30回日本分子生物学会年会、第80回日本生化学会大会
- 発表場所
  パシフィコ横浜
- 年月日
  2007-12-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18310139
[学会発表]2007
- 著者名/発表者名
  竹田-志鷹真由子、寺師玄記、加納和彦、岩舘満雄、高谷大輔、酒井博子、梅山秀明
- 学会等名
  第35回構造活性相関シンポジウム
- 発表場所
  京都大学百周年記念ホール
- 年月日
  2007-11-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18310139

1. 西川建 (10093288)

共同の研究課題数: 5件

共同の研究成果数: 0件
2. 美宅成樹 (10107542)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
3. 木寺紹紀 (00186280)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
4. 岩舘満雄 (10327447)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 8件
5. 小林薫(深海薫) (20225494)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
6. 郷通子 (70037290)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 1件
7. 輪湖博 (60158607)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
8. 郷信広 (50011549)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
9. 今村隆寿 (20176499)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 供田洋 (70164043)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 猪腰淳嗣 (30151640)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 内田龍児 (60280632)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 小山信裕 (60439156)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
14. 長光亨 (90300756)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
15. 由良敬 (50252226)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
16. 四方哲也 (00222399)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
17. 石森浩一郎 (20192487)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
18. 竹田真由子 (70265718)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 9件
19. 寺師玄記 (40383658)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 7件
20. 加納和彦 (00383654)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 7件
21. 小杉節子 (50050711)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
22. 中村春木 (80134485)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
23. 太田元規 (40290895)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
24. 野口俊之 (90172775)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
25. 森島績 (50026093)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
26. 熊谷泉 (10161689)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
27. 諏訪牧子 (30242241)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件

梅山 秀明 UMEYAMA Hideaki

研究課題

研究成果

共同研究者

天然由来抗感染症活性を有する新規化合物を用いたケミカルバイオロジー研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

細菌プロテアーゼ抑制を基盤としたグラム陽性菌敗血症治療法の開発に関する研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

実験動物ラット・マウス遺伝子の単体・複合体タンパク質立体構造モデルデータベースの構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ホモロジーモデリングによるゲノム規模の蛋白質構造データベースの構築と機能推定研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ゲノム情報からのタンパク質構造の分類と予測

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ホモロジーモデリングの手法の開発とデータベース構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質高次構造情報の整備・流通と予測情報の評価(調整班)

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

プロテオーム時代の計算情報生物学

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タンパク質立体構造の比較・予測・デザイン

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究機関

タンパク質工学への分子動力学の適用

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] バイオデータベースとウェブッールの手取り足取り活用法2002

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

説明

データソース

[雑誌論文] Bioinformatics based ligand-docking and in-silico screening2008

著者名/発表者名

雑誌名

NAID

データソース

[雑誌論文] Dynamic interaction among the platform domain and two membrane-proximal immunoglobulin-like domains of class I major histocompatibility complex: normal mode analysis2008

著者名/発表者名

雑誌名

NAID

データソース

[雑誌論文] 計算科学によるタンパク質問相互作用解析2007

梅山秀明 UMEYAMA Hideaki