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TAMA FLORENCE  Tama Florence

… 別表記

TAMA FLORENCE  タマ フロハンス

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研究者番号 20648191
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0003-2021-5618
所属 (現在) 2025年度: 名古屋大学, 理学研究科, 教授
2025年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, チームプリンシパル
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2024年度 – 2025年度: 名古屋大学, 理学研究科, 教授
2016年度 – 2019年度: 名古屋大学, 理学研究科, 教授
2015年度: 名古屋大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授
2014年度: 独立行政法人理化学研究所, 計算科学研究機構, 研究ユニットリーダー
審査区分/研究分野
研究代表者
学術変革領域研究区分(Ⅱ) / 生物物理学 / 構造生物化学
研究代表者以外
複合領域
キーワード
研究代表者
MD simulations / integrative modeling / protein dynamics / integrative modelling / intrinsically disordered / Protein dynamics / striga / single-particle / database / molecular shapes … もっと見る / single molecules / 3D structure / dynamics / structure / Biomolecules / Cryo-EM / XFEL / 2D images … もっと見る
研究代表者以外
海外共同研究者受入 / 海外研究者招聘 / 海外講演者招聘 / 海外研究者受入 / 海外派遣 / 国際共同研究 / 電子顕微鏡 / 分子動力学法 / シミュレーション / 膜蛋白質 / 構造解析法 / 生体超分子複合体 / マルチスケール法 / 粗視化分子モデル / 膜タンパク質 / マルチスケール・マルチレゾリューション / フレキシブルフィッティグ / 一分子構造解析 / クライオ電子顕微鏡 / 分子動力学 隠す
  • 研究課題

    (5件)
  • 研究成果

    (40件)
  • 共同研究者

    (12人)
  •  データ融合シミュレーションによるタンパク質の動的構造解析研究代表者

    • 研究代表者
      TAMA FLORENCE
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2028
    • 研究種目
      学術変革領域研究(A)
    • 審査区分
      学術変革領域研究区分(Ⅱ)
    • 研究機関
      名古屋大学
  •  Database of Molecular Shapes and Diffraction Patterns for X-ray Free Electron Laser Data Analysis研究代表者

    • 研究代表者
      TAMA FLORENCE
    • 研究期間 (年度)
      2017 – 2019
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      構造生物化学
    • 研究機関
      名古屋大学
  •  コンピューティングを活用した寄生植物ストライガを抑制する生命機能分子の探索研究代表者

    • 研究代表者
      TAMA FLORENCE
    • 研究期間 (年度)
      2017
    • 研究種目
      特別研究員奨励費
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      名古屋大学
  •  動的構造生命科学研究領域における海外ネットワーク形成を目指した支援活動

    • 研究代表者
      神田 大輔
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2018
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      九州大学
  •  マルチレゾリューション法を用いたタンパク質複合体の高解像度動的解析

    • 研究代表者
      杉田 有治
    • 研究期間 (年度)
      2014 – 2018
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所

すべて 2020 2019 2018 2017 2016 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] Hybrid Methods for Macromolecular Modeling by Molecular Mechanics Simulations with Experimental Data. In: Nakamura H., Kleywegt G., Burley S., Markley J. (eds) Integrative Structural Biology with Hybrid Methods. Advances in Experimental Medicine and Biology, vol 11052018

    • 著者名/発表者名
      O Miyashita, F. Tama
    • 総ページ数
      19
    • 出版者
      Springer, Singapore
    • ISBN
      9789811321993
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [雑誌論文] Reconstruction of low-resolution molecular structures from simulated atomic force microscopy images2020

    • 著者名/発表者名
      Dasgupta Bhaskar、Miyashita Osamu、Tama Florence
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      巻: 1864 号: 2 ページ: 129420-129420

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.129420

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [雑誌論文] Computational Protocol for Assessing the Optimal Pixel Size to Improve the Accuracy of Single-particle Cryo-electron Microscopy Maps2020

    • 著者名/発表者名
      Tiwari Sandhya P.、Chhabra Sahil、Tama Florence、Miyashita Osamu
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: - 号: 5 ページ: 2570-2580

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.9b01107

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [雑誌論文] Integrative/Hybrid Modeling Approaches for Studying Biomolecules2020

    • 著者名/発表者名
      Srivastava Ashutosh、Tiwari Sandhya Premnath、Miyashita Osamu、Tama Florence
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 432 号: 9 ページ: 2846-2860

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2020.01.039

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-19H05781, KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305, KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [雑誌論文] Cryo-Cooling Effect on DHFR Crystal Studied by Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations2019

    • 著者名/発表者名
      Nagai Tetsuro、Tama Florence、Miyashita Osamu
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 116 号: 3 ページ: 395-405

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2018.11.3139

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Acceleration of cryo-EM Flexible Fitting for Large Biomolecular Systems by Efficient Space Partitioning2019

    • 著者名/発表者名
      Mori Takaharu、Kulik Marta、Miyashita Osamu、Jung Jaewoon、Tama Florence、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 27 号: 1 ページ: 161-174.e3

    • DOI

      10.1016/j.str.2018.09.004

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305, KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Conformational dynamics of human protein kinase CK2α and its effect on function and inhibition2018

    • 著者名/発表者名
      Ashutosh Srivastava, Tsuyoshi Hirota, Stephan Irle and Florence Tama
    • 雑誌名

      Proteins Structure Function and Genetics

      巻: 86 号: 3 ページ: 344-353

    • DOI

      10.1002/prot.25444

    • NAID

      120006477488

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07305, KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PROJECT-15H05590
  • [雑誌論文] Role of Computational Methods in Going beyond X-ray Crystallography to Explore Protein Structure and Dynamics2018

    • 著者名/発表者名
      Srivastava Ashutosh、Nagai Tetsuro、Srivastava Arpita、Miyashita Osamu、Tama Florence
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 19 号: 11 ページ: 3401-3401

    • DOI

      10.3390/ijms19113401

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305, KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] 1.Single-particle XFEL 3D reconstruction of ribosome-size particles based on Fourier slice matching: requirements to reach subnanometer resolution2018

    • 著者名/発表者名
      Nakano, M., Miyashita, O., Jonic, S., Tokuhisa, A. & Tama, F.
    • 雑誌名

      J. Synchrotron Rad.

      巻: 25 号: 4 ページ: 1010-1021

    • DOI

      10.1107/s1600577518005568

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [雑誌論文] Gaussian mixture model for coarse-grained modeling from XFEL2018

    • 著者名/発表者名
      Nagai Tetsuro、Mochizuki Yuki、Joti Yasumasa、Tama Florence、Miyashita Osamu
    • 雑誌名

      Optics Express

      巻: 26 号: 20 ページ: 26734-26734

    • DOI

      10.1364/oe.26.026734

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305, KAKENHI-PROJECT-16K05527
  • [雑誌論文] Computational investigation of the conformational dynamics in Tom20-mitochondrial presequence tethered complexes2018

    • 著者名/発表者名
      Srivastava Arpita、Tama Florence、Kohda Daisuke、Miyashita Osamu
    • 雑誌名

      Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

      巻: 87 号: 1 ページ: 81-90

    • DOI

      10.1002/prot.25625

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119002, KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Searching for 3D structural models from a library of biological shapes using a few 2D experimental images2018

    • 著者名/発表者名
      Tiwari Sandhya P.、Tama Florence、Miyashita Osamu
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 19 号: 1 ページ: 320-320

    • DOI

      10.1186/s12859-018-2358-0

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [雑誌論文] Flexible fitting to cryo-EM density map using ensemble molecular dynamics simulations2017

    • 著者名/発表者名
      Miyashita O, Kobayashi C, Mori T, Sugita Y, Tama F
    • 雑誌名

      J. Comp. Chem

      巻: 38 号: 16 ページ: 1447-1461

    • DOI

      10.1002/jcc.24785

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [雑誌論文] 構造解析へのハイブリッドアプローチ:電子顕微鏡とX線自由電子レーザーからの実験データの活用2017

    • 著者名/発表者名
      宮下 治, タマ フロハンス
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 57 号: 2 ページ: 090-094

    • DOI

      10.2142/biophys.57.090

    • NAID

      130005509479

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 言語
      日本語
    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [雑誌論文] Hybrid approach for structural modeling of biological systems from X-ray free electron laser diffraction patterns2016

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Tokuhisa, Slavica Jonic, Florence Tama, Osamu Miyashita
    • 雑誌名

      Journal of Structural Biology

      巻: 194-3 号: 3 ページ: 325-336

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2016.03.009

    • 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26870852, KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Local thermodynamics of the water molecules around single- and double-stranded DNA studied by grid inhomogeneous solvation theory2016

    • 著者名/発表者名
      Nakano M, Tateishi-Karimata H, Tanaka S, Tama F, Miyashita O, Nakano S, and Sugimoto N
    • 雑誌名

      CHEMICAL PHYSICS LETTERS

      巻: 660 ページ: 250-255

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2016.08.032

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PROJECT-16H02283, KAKENHI-PROJECT-26460035, KAKENHI-PROJECT-26810094
  • [雑誌論文] Thermodynamic Properties of Water Molecules in the Presence of Cosolute Depend on DNA Structure: A Study Using Grid Inhomogeneous Solvation Theory2015

    • 著者名/発表者名
      M. Nakano, H. Tateishi-Karimata, S. Tanaka, F. Tama, O. Miyashita, S. Nakano, N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Nucl. Acids Res.

      巻: 43 ページ: 10114-10125

    • DOI

      10.1093/nar/gkv1133

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26460035, KAKENHI-PROJECT-26810094, KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PROJECT-26620138
  • [雑誌論文] Hybrid Electron Microscopy Normal Mode Analysis graphical interface and protocol2014

    • 著者名/発表者名
      Sorzano CO, de la Rosa-Trevin JM, Tama F, Jonic S.
    • 雑誌名

      J Struct Biol.

      巻: 188 号: 2 ページ: 134-141

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2014.09.005

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Flexible fitting methods and applications2020

    • 著者名/発表者名
      Florence Tama
    • 学会等名
      EMBO workshop, CEM3DIP 2020: Single particle cryoEM of macromolecular-assemblies and cellular tomography
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [学会発表] Hybrid modeling approaches to study structures and dynamics of biological systems.2019

    • 著者名/発表者名
      Florence Tama
    • 学会等名
      63rd Annual Meeting of the Biophysical Society.
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [学会発表] Hybrid approaches to reveal structure and dynamics of large biological complexes from single molecule experiments2019

    • 著者名/発表者名
      Florence Tama
    • 学会等名
      American Chemical Society National Meeting
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [学会発表] Modeling conformational transitions of biomolecules from cryo-EM data2019

    • 著者名/発表者名
      Florence Tama
    • 学会等名
      French Electron Microscopie Society meeting
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [学会発表] Integrative modeling to characterize structure and dynamics of biomolecules from single molecule experiments2019

    • 著者名/発表者名
      Florence Tama
    • 学会等名
      Integrative structural biology meeting
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [学会発表] Hybrid modeling approaches to study structures and dynamics of biological systems.2018

    • 著者名/発表者名
      Florence Tama
    • 学会等名
      Annual Meeting of Biophysical Society of Japan
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [学会発表] Computational tools to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments2018

    • 著者名/発表者名
      Tama Florence
    • 学会等名
      American Chemical Society National Meeting
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Hybrid modeling approaches to study structures and dynamics of biological systems2018

    • 著者名/発表者名
      Tama Florence
    • 学会等名
      Coarse-Grained Modeling of Structure and Dynamics of Biomacromolecules Workshop
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Hybrid modeling approaches to study structures and dynamics of biological systems2018

    • 著者名/発表者名
      Tama Florence
    • 学会等名
      63rd Annual Meeting of the Biophysical Society
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Computational tools to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments2018

    • 著者名/発表者名
      Florence Tama
    • 学会等名
      Laue Langevin Institute, Grenoble, France
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [学会発表] Hybrid modeling approaches to study structures and dynamics of biological systems2018

    • 著者名/発表者名
      Tama Florence
    • 学会等名
      Second workshop on Advances in Theory and Computation of Complex Systems - Biological Systems.
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Hybrid modeling approaches to study structures and dynamics of biological systems.2018

    • 著者名/発表者名
      Florence Tama
    • 学会等名
      Coarse-Grained Modeling of Structure and Dynamics of Biomacromolecules Workshop. Telluride USA
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [学会発表] Computational tools to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments.2018

    • 著者名/発表者名
      Florence Tama
    • 学会等名
      American Chemical Society National Meeting
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [学会発表] Hybrid modeling approaches to study structures and dynamics of biological systems2018

    • 著者名/発表者名
      Florence Tama
    • 学会等名
      Second workshop on Advances in Theory and Computation of Complex Systems - Biological Systems. Nanjing, China
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [学会発表] Computational tools to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments2017

    • 著者名/発表者名
      Florence Tama
    • 学会等名
      Statistics and Algorithms for Biology, INRA, Toulouse, France
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [学会発表] Computational tools to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments. Statistics and Algorithms for Biology2017

    • 著者名/発表者名
      Tama Florence
    • 学会等名
      Seminar at INRA, Toulouse, France
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Computational tools to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments2017

    • 著者名/発表者名
      Tama Florence
    • 学会等名
      Seminar at Laue Langevin Institute, Grenoble, France
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Computational tools to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments2017

    • 著者名/発表者名
      Florence Tama
    • 学会等名
      Biophysical Society of Japan Meeting
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [学会発表] Computational tools to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments2017

    • 著者名/発表者名
      Tama Florence
    • 学会等名
      Biophysical Society of Japan
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Hybrid approaches to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments2016

    • 著者名/発表者名
      Tama Florence
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会
    • 発表場所
      福岡国際会議場・福岡県福岡市
    • 年月日
      2016-06-07
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Hybrid approaches to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments2016

    • 著者名/発表者名
      Tama Florence
    • 学会等名
      Telluride Workshop
    • 発表場所
      Telluride Colorado・USA
    • 年月日
      2016-07-25
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Coarse-Grained Modeling of Structure and Dynamics of Biomacromolecules 3.

    • 著者名/発表者名
      Osamu Miyashita, Atsushi Tokuhisa, Florence Tama
    • 学会等名
      Telluride Workshop on Coarse-grained modeling of structure and dynamics of biomolecules, Telluride
    • 発表場所
      Telluride Science Research Center, Telluride, Collorado, USA
    • 年月日
      2014-08-04 – 2014-08-08
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • 1.  杉田 有治 (80311190)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 1件
  • 2.  神田 大輔 (80186618)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 3.  安藤 敏夫 (50184320)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  白川 昌宏 (00202119)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 5.  西田 紀貴 (50456183)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 6.  塚崎 智也 (80436716)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 7.  甲斐荘 正恒 (20137029)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 8.  稲垣 冬彦 (70011757)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 9.  宮下 治 (10620528)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 8件
  • 10.  RAKERS CHRISTIN
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 11.  田中 成典
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 12.  徳久 淳師
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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