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太田 聡史  Oota Satoshi

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 30391890
所属 (現在) 2025年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 特別嘱託研究員
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2022年度 – 2023年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 特別嘱託研究員
2018年度 – 2021年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 専任研究員
2017年度: 国立研究開発法人理化学研究所, その他, 研究員
2015年度 – 2017年度: 国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソースセンター, 専任研究員
2014年度: 独立行政法人理化学研究所, バイオリソースセンター, 研究員 … もっと見る
2013年度 – 2014年度: 独立行政法人理化学研究所, バイオリソースセンター, 専任研究員
2007年度 – 2012年度: 独立行政法人理化学研究所, 情報解析技術室, 専任研究員
2010年度: 独立行政法人理化学研究所, 情報解析技術室, 專任研究員
2005年度 – 2006年度: 独立行政法人理化学研究所, 情報解析技術室, 研究員 隠す
審査区分/研究分野
研究代表者
実験動物学
研究代表者以外
学術変革領域研究区分(Ⅲ) / 複合領域 / 生命・健康・医療情報学 / 進化生物学 / 基礎ゲノム科学
キーワード
研究代表者
進化 / 筋骨格モデル / セグメンテーション / 突然変異マウス / X線CTスキャン / 生体力学 / マウス / ヒト / 相同性 / 遺伝子発現データ … もっと見る / 歩行パターン / 歩行 / シミュレーション / 神経筋骨格モデル / 歩行データ / 骨格モデル / Inverse kinematics / Mutant mouse / Musculoskeletal model / 筋腱構造 / 実験用マウス / 機能解放学的情報 / 写像 / モーションキャプチャ / 進化的相同性 / 運動機能 / 逆運動学 / 骨格 / CTスキャン / 野生由来マウス / Morphometric / 3次元モデル / 実験用近交系マウス / MSM / 筋骨格系モデル / 歩行異常 / 骨格ポリゴンデータ … もっと見る
研究代表者以外
データベース / ゲノム / ゲノム進化 / 認知発達ロボティクス / 予測符号化 / 注意モデル / 全身筋骨格シミュレーション / Scx-GFP蛍光遺伝子 / 統合情報量 / 全身筋骨格モデルシミュレーション / マウス / 多変量解析 / 筋骨格シミュレーション / 計算神経科学 / 触覚細胞モデル / マウス全身筋骨格モデル / 触覚シミュレーション / 神経系シミュレーション / 全身筋骨格マウスシミュレーション / 構成論的発達科学 / クラスタリング / 細胞マーカー遺伝子 / 細胞系譜 / 単一細胞トランスクリプトーム解析 / 細胞社会モデル / 状態遷移マーカー遺伝子探索 / 炎症モデル構築 / 体細胞変異 / マーカー遺伝子探索 / 細胞系譜再構築 / NGSデータ解析 / 炎症細胞の遷移 / 単一細胞トランスクリプトーム / 3D 発現地図 / 逆運動学解析 / ハンチントン病 / モーションキャプチャー / 随意運動 / 遺伝子発現 / 哺乳類 / 進化 / 突然変異 / 比較ゲノム / ムササビ / カピバラ / ゲノム解析 / ABO式血液型遺伝子 / 遺伝子変換 / 突然変異パターン / チベットモンキー / Rh式血液型遺伝子 / カニクイザル / 反復配列 / CNS / 霊長類 / ゲノム進化・再編 / ゲノム再編成 / BACライブラリー / t-ハプロタイプ / 染色体組換え / 再編 隠す
  • 研究課題

    (8件)
  • 研究成果

    (40件)
  • 共同研究者

    (13人)
  •  脳・身体・環境の相互作用に基づく認知・運動発達の全体性理解

    • 研究代表者
      森 裕紀
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2023
    • 研究種目
      学術変革領域研究(B)
    • 審査区分
      学術変革領域研究区分(Ⅲ)
    • 研究機関
      早稲田大学
  •  単一細胞シークエンスデータに基づく細胞社会学のための情報手法の開発とデータ解析

    • 研究代表者
      池尾 一穂
    • 研究期間 (年度)
      2017 – 2021
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      国立遺伝学研究所
  •  霊長類ゲノムをモデルとした塩基配列進化の総合的研究

    • 研究代表者
      斎藤 成也
    • 研究期間 (年度)
      2014 – 2016
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 研究分野
      進化生物学
    • 研究機関
      国立遺伝学研究所
  •  高次運動機能障害の分子病理理解に資するマウス・デジタル脳遺伝子発現解析

    • 研究代表者
      於保 祐子
    • 研究期間 (年度)
      2014 – 2017
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  ヒト・マウス間の高次運動機能の比較解析のための生体力学モデル相互マッピング研究代表者

    • 研究代表者
      太田 聡史
    • 研究期間 (年度)
      2011 – 2014
    • 研究種目
      挑戦的萌芽研究
    • 研究分野
      実験動物学
    • 研究機関
      独立行政法人理化学研究所
  •  百万年以上にわたり組換えが抑制された染色体ゲノムの構造・動態解析

    • 研究代表者
      阿部 訓也
    • 研究期間 (年度)
      2008 – 2010
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      基礎ゲノム科学
    • 研究機関
      独立行政法人理化学研究所
  •  実験用マウスの筋骨格系コンピューターモデルの開発研究代表者

    • 研究代表者
      太田 聡史
    • 研究期間 (年度)
      2008 – 2010
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      実験動物学
    • 研究機関
      独立行政法人理化学研究所
  •  3次元仮想ラボラトリー・マウスの作成研究代表者

    • 研究代表者
      太田 聡史
    • 研究期間 (年度)
      2005 – 2007
    • 研究種目
      萌芽研究
    • 研究分野
      実験動物学
    • 研究機関
      独立行政法人理化学研究所

すべて 2024 2022 2015 2014 2013 2012 2011 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] ビッグデータ時代のゲノミクス情報処理2014

    • 著者名/発表者名
      北上始, 斉藤成也, 太田聡史
    • 総ページ数
      226
    • 出版者
      コロナ社
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26280110
  • [図書] ビッグデータ時代のゲノミクス情報処理2014

    • 著者名/発表者名
      北上始・斎藤成也・太田聡史
    • 総ページ数
      226
    • 出版者
      コロナ社
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26251040
  • [図書] ビッグデータ時代のゲノミクス情報処理2014

    • 著者名/発表者名
      北上 始 (著), 太田 聡史 (著), 斎藤 成也 (著)
    • 総ページ数
      226
    • 出版者
      コロナ社
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23650246
  • [図書] 生命科学研究の戦略:疾患モデルマウスと表現型解析(表現型解析の潮流・表現型の数値化と定量解析)

    • 著者名/発表者名
      太田聡史、阿部訓也、沼田興治
    • 出版者
      中山書店(印刷中)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20310118
  • [雑誌論文] Real-Time Course: Reconstruction of cellular diversity and lineage trajectory based on somatic mutational patterns detected from low-pass single-cell transcriptome data2022

    • 著者名/発表者名
      1.Satoshi Oota*, Kuniya Abe, Hideo Yokota, Kazuho Ikeo.
    • 雑誌名

      Research Square

      巻: なし ページ: 1-22

    • DOI

      10.21203/rs.3.rs-1558242/v1

    • オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06399
  • [雑誌論文] The Asian DNA Repository Consortium. Model-based verification of hypotheses on the origin of modern Japanese revisited by Bayesian inference based on genome-wide SNP data2015

    • 著者名/発表者名
      5.Shigeki Nakagome, Takehiro Sato, Hajime Ishida, Tsunehiko Hanihara, Tetsutaro Yamaguchi, Ryosuke Kimura, Shuhei, Mano, Hiroki Oota
    • 雑誌名

      Mol. Biol. Evol

      巻: 印刷中

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26251040
  • [雑誌論文] CT Image Segmentation Using FEM with Optimized Boundary Condition2012

    • 著者名/発表者名
      Hishida, Hiroyuki Suzuki, Hiromasa Michikawa, Takashi Ohtake, Yutaka and Oota, Satoshi
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 7

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23650246
  • [雑誌論文] 表現型解析の潮流・表現型の数値化と定量解析2011

    • 著者名/発表者名
      太田聡史、阿部訓也、沼田興治
    • 雑誌名

      生命科学研究の戦略:疾患モデルマウスと表現型解析

      巻: (In press)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20310118
  • [雑誌論文] Development of a coarse-grained skeletal model of laboratory mouse and its biomechanical applications2010

    • 著者名/発表者名
      Oota, S., A.Yoshiki, Y.Fujita, J.Humphries, K.Fukami-Kobayashi, Y.Obata, T.Rowe, Y.Nakamura
    • 雑誌名

      Proceeding in 1st International Conference on Applied Bionics and Biomechanics (ICABB-2010)

      巻: (Electric proceeding)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [雑誌論文] A new framework for studying the isochore evolution : estimation of the equilibrium GC content based on the temporal mutation rate model2010

    • 著者名/発表者名
      Oota, S., et al.
    • 雑誌名

      Genome Biol Evol.

      巻: 2 ページ: 558-571

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20310118
  • [雑誌論文] A new framework for studying the isochore evolution : estimation of the equilibrium GC content based on the temporal mutation rato model2010

    • 著者名/発表者名
      Oota, S., K.Kawamura, Y.Kawai, N.Saitou
    • 雑誌名

      Genome Biol Evol

      巻: 2 ページ: 558-571

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [雑誌論文] A new framework for studying the isochore evolution : estimation of the equilibrium GC content based on the temporal mutation rate model.2010

    • 著者名/発表者名
      Oota S., Kawamura K., Kawai Y., Saitou N.
    • 雑誌名

      Genome Biol Evol 2

      ページ: 558-571

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20310118
  • [雑誌論文] Development of a coarse-grained skeletal model of laboratory mouse and its biomechanical applications. Reviewed electric materials.2010

    • 著者名/発表者名
      Oota S., A.Yoshiki, Y.Fujita, J.Humphries, K.Fukami-Kobayashi, Y.Obata, T.Rowe, Y.Nakamura
    • 雑誌名

      1st International Conference on Applied Bionics and Biomechanics (ICABB-2010)(VENICE, ITALY.)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [雑誌論文] A new framework for studying the isochore evolution : estimation of the equilibrium GC content based on the temporal mutation rate model.2010

    • 著者名/発表者名
      Oota S., K.Kawamura, Y.Kawai, N.Saitou
    • 雑誌名

      Genome Biol Evol 2

      ページ: 558-571

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [雑誌論文] CT image segmentation using structural analysis.2010

    • 著者名/発表者名
      Hishida H., T.Michikawa, Y.Ohtake, H.Suzuki, S.Oota
    • 雑誌名

      Proceedings of the 6th international conference on Advances in visual computing.(Springer-Verlag, Las Vegas, NV, USA.)

      ページ: 39-48

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [雑誌論文] CT image segmentation using structural analysis2010

    • 著者名/発表者名
      Hishida, H., T.Michikawa, Y.Ohtake, H.Suzuki, S.Oota
    • 雑誌名

      Proceedings of the 6th international conference on Advances in visual computing

      巻: 3 ページ: 39-48

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [雑誌論文] Unique inbred strain MSM/Ms established from the Japanese wild mouse.2009

    • 著者名/発表者名
      Moriwaki K., N.Miyashita, A.Mita, H.Gotoh, K.Tsuchiya, H.Kato, K.Mekada, CNoro, S. Oota, A.Yoshiki, Y.Obata, H.Yonekawa, T.Shiroishi
    • 雑誌名

      Exp Anim 58

      ページ: 123-134

    • NAID

      10024838237

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [雑誌論文] Four-dimensional quantitative analysis of the gait of mutant mice using coarse-grained motion capture2009

    • 著者名/発表者名
      Oota S., K.Mekada, Y.Fujita, J.Humphries, K.Fukami-Kobayashi, Y.Obata, R.T., Y.A.
    • 雑誌名

      EMBS '09. 31st Annual International Conference of the IEEE.

      ページ: 5227-5230

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [雑誌論文] Four-dimensional quantitative analysis of the gait of mutant mice using coarse-grained motion capture2009

    • 著者名/発表者名
      Oota S, Mekada K, Fujita Y, Humphries J, Fukami-Kobayashi K, Obata Y, Rowe T, Yoshiki A.
    • 雑誌名

      Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc. 1

      ページ: 5227-5230

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [学会発表] 新しい生体力学的アプローチによる実験用マウスの運動解析2024

    • 著者名/発表者名
      太田聡史, 山本怜哉, 森裕紀, 横田秀夫, 理一郎
    • 学会等名
      Neuro2024
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05138
  • [学会発表] Developmental Biomechanics: A New Approach to Studying Rodent Development through Machine Learning-Based Fine-Grained Motion Analysis2024

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Oota, Hiroki Mori, Yuko Okamura-Oho, Sakiko Nakamura, Hideo Yokota
    • 学会等名
      The IEEE International Conference on Development and Learning 2024
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05138
  • [学会発表] 遺伝子発現パターンを用いた実験用マウス筋骨格モデルの開発2022

    • 著者名/発表者名
      太田聡史、吉木淳、森裕紀、平理一郎、姫野龍太郎、横田秀夫
    • 学会等名
      第76回日本人類学会大会・第38回日本霊長類学会大会連合大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05138
  • [学会発表] Neuromuscular Modeling by Bridging Mouse and Human2015

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Oota
    • 学会等名
      Japan-EU Workshop on Neurorobotics
    • 発表場所
      Ichijyo Hall, Yayoi Auditorium, The University of Tokyo,Tokyo
    • 年月日
      2015-04-18
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26280110
  • [学会発表] Towards a fine-grained mouse neuro-musculoskeletal model2015

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Oota
    • 学会等名
      理研シンポジウム・3次元内部構造顕微鏡による3次元計測の生物・材料分野への挑戦と展開
    • 発表場所
      埼玉県和光市広沢2-1理化学研究所
    • 年月日
      2015-02-06
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23650246
  • [学会発表] The homology mapping: interspecies functional morphing2015

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Oota, Yosuke Ikegami, Koh Ayusawa, Nobunori Kakusho, Atsushi Yoshiki,, Hideo Yokota, Yuko Okamura-Oho, Yoshihiko Nakamura
    • 学会等名
      AINI (Advances in Neuroinformatics) 2015
    • 発表場所
      東京大学先端科学技術研究センター エネオスホール、東京 駒場
    • 年月日
      2015-11-26
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26280110
  • [学会発表] Neuromuscular Modeling by Bridging Mouse and Human2015

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Oota
    • 学会等名
      Japan-EU Workshop on Neurorobotics
    • 発表場所
      東京都文京区弥生1-1-1 東京大学農学部内
    • 年月日
      2015-04-18
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23650246
  • [学会発表] Development of a musculoskeletal model of laboratory mouse2014

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Oota
    • 学会等名
      Joint Workshop on Bio-inspired Engineering and Bio-supercomputing
    • 発表場所
      千葉
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23650246
  • [学会発表] モーションキャプチャ技術を用いた Hugger ミュー タントマウスの歩行解析2013

    • 著者名/発表者名
      太田 聡史
    • 学会等名
      第 60 回日本実験動物学会総会
    • 発表場所
      つくば
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23650246
  • [学会発表] Of Mice and Men : Biomechanical Modeling as a Tool to Translate Bone Biology Research into Clinical Practice2010

    • 著者名/発表者名
      Oota, S.
    • 学会等名
      6th World Congress of Biomechanics (WCB 2010)
    • 発表場所
      Singapore
    • 年月日
      2010-08-05
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [学会発表] アイソコアの進化:新しい枠組み2010

    • 著者名/発表者名
      太田聡史
    • 学会等名
      遺伝学会第82回大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2010-09-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20310118
  • [学会発表] アイソコアの進化:新しい枠組み2010

    • 著者名/発表者名
      太田聡史
    • 学会等名
      第82回日本遺伝学会大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2010-09-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20310118
  • [学会発表] Analysis on mutant specific gait patterns of mutant mice with inverse dynamics.2010

    • 著者名/発表者名
      Oota S., Y.Nakamura, Y.Obata, A.Yoshiki
    • 学会等名
      Neuro 2010
    • 発表場所
      Nagoya
    • 年月日
      2010-09-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [学会発表] Development of a coarse-grained skeletal model of laboratory mouse and its applications2010

    • 著者名/発表者名
      Oota, S.
    • 学会等名
      1st International Conference on Applied Bionics and Biomechanics
    • 発表場所
      Venice
    • 年月日
      2010-10-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [学会発表] Development of a coarse-grained skeletal model of laboratory mouse and its applications.2010

    • 著者名/発表者名
      Oota S., A.Yoshiki, Y.Fujita, J.Humphries, K.Fukami-Kobayashi, Y.Obata, T.Rowe, Y.Nakamura
    • 学会等名
      1st International Conference on Applied Bionics and Biomechanics
    • 発表場所
      Venice, Italy
    • 年月日
      2010-10-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [学会発表] CT Image Segmentation using Structural Analysis.2010

    • 著者名/発表者名
      HISHIDA H., T.MICHIKAWA, Y.OHTAKE, H.SUZUKI, S.OOTA
    • 学会等名
      6th International Symposium on Visual Computing (ISVC06)
    • 発表場所
      Las Vegas, Nevada, USA
    • 年月日
      2010-11-30
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [学会発表] Analysis on mutant specific gait patterns of mutant mice with inverse dynamics2010

    • 著者名/発表者名
      Oota, S.
    • 学会等名
      Neuro 2010
    • 発表場所
      Nagoya
    • 年月日
      2010-09-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [学会発表]2010

    • 著者名/発表者名
      Oota S., A.Yoshiki, H.Yokota, Y.Obata, Y.Nakamura, R.Himeno
    • 学会等名
      Of Mice and Men : Biomechanical Modeling as a Tool to Translate Bone Biology Research into Clinical Practice 6th World Congress of Biomechanics (WCB 2010)
    • 発表場所
      Singapore
    • 年月日
      2010-08-05
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [学会発表] Four-dimensional quantitative analysis of the gait of mutant mice using coarse-grained motion capture2009

    • 著者名/発表者名
      Oota S
    • 学会等名
      31^<st> Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Sciety
    • 発表場所
      Hilton Minneapolis, Minnesota, USA
    • 年月日
      2009-09-05
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [学会発表] A new approach to analyze mutant specific gait patterns of mutant mice2009

    • 著者名/発表者名
      Oota S
    • 学会等名
      第32回日本神経科学大会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 年月日
      2009-09-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • [学会発表] 定量的な歩行パターン解析のための突然変異マウス筋骨格系モデルの構築2008

    • 著者名/発表者名
      太田聡史
    • 学会等名
      第31回日本神経科学大会
    • 発表場所
      東京国際フォーラム
    • 年月日
      2008-07-09
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20500384
  • 1.  吉木 淳 (40212310)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 7件
  • 2.  池尾 一穂 (20249949)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 1件
  • 3.  阿部 訓也 (40240915)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 4.  川村 一宏 (40204771)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 5.  斎藤 成也 (30192587)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 6.  於保 祐子 (60381571)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 7.  森 裕紀 (80610849)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 8.  長田 直樹 (70416270)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 9.  古賀 章彦 (80192574)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 10.  北野 誉 (90400564)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 11.  横田 秀夫 (00261206)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 12.  渡邉 日出海 (30322754)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 13.  小倉 淳 (60465929)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件

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