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河野 秀俊  Kono Hidetoshi

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 40291918
その他のID
外部サイト
所属 (現在) 2025年度: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 副所長
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2022年度: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, プロジェクトディレクター
2021年度: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, グループリーダー
2020年度: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学領域, グループリーダー(定常)
2016年度 – 2019年度: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 関西光科学研究所 量子生命科学研究部, グループリーダー(定常)
2017年度: 量子科学技術研究開発機構, グループリーダー … もっと見る
2016年度: 量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究部, 生体分子シミュレーショングループリーダー
2015年度: 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構, 原子力科学研究部門 量子ビーム応用研究センター, 研究主幹
2013年度 – 2014年度: 独立行政法人日本原子力研究開発機構, 原子力科学研究部門 量子ビーム応用研究センター, 研究主幹
2009年度 – 2012年度: 独立行政法人日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門, 研究主幹
2007年度 – 2008年度: 日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門, 研究主幹
2006年度: 独立行政法人日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門, 研究副主幹
2004年度: 特殊法人日本原子力研究所, 中性子利用研究センター兼計算科学技術推進センター, 副主任研究員
2004年度: 特殊法人日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 副主任研究員
2003年度: 特殊法人日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 研究員
1998年度: 理化学研究所, ジーンバンク室, 基礎科学特別研究員 隠す
審査区分/研究分野
研究代表者
生物系 / 生物系 / 生命・健康・医療情報学 / ゲノム情報科学 / 生体生命情報学 / 理工系 / 基礎ゲノム科学
研究代表者以外
生物系
キーワード
研究代表者
ヌクレオソーム / クロマチン / 分子動力学計算 / ゲノム / 生体生命情報学 / 分子シミュレーション / 分子設計 / DNA結合蛋白質 / 自由エネルギー / 生体生命情報 … もっと見る / ヒストン修飾 / バイオインフォマティクス / 蛋白質設計 / 転写因子 / デザイン / DNA結合タンパク質 / モデリング / 配列特異性 / DNA結合 / タンパク質設計 / B1H / アンサンブル / エピゲノム / 翻訳後修飾 / シミュレーション / ヒストン / 特異的認識 / エピジェネティクス / タンパク質-核酸 / 制御 / 遺伝子発現 / 転写 / 構造変形 / タンパク質-DNA相互作用 / 構造変化 / DNA / 水和 / 発現制御 / 蛋白質 / 核酸 / 機能部位予測 / 平均場近似 / プロファイル / 統計ポテンシャル / 蛋白質-DNA複合体 … もっと見る
研究代表者以外
遺伝情報複製・再編 / エピジェネティクス / クロマチン / 活性発現の分子機構 / 生体高分子構造・機能 / 構造活性相関 / ゲノム進化・再編 / ゲノム維持修復 / 生体高分子構造・機能ゲノム進化・再編 / ゲノム多様性 / 染色体構築・機能・分配 / ゲノム機能 / ヌクレオソーム / 遺伝子 / 転写 / 遺伝子発現 / クライオ電子顕微鏡 / クロマチン再構成 / クロマチン転写 / ヒストン / 染色体 / ゲノム / ポリメラーゼ / 蛋白質 / 生体分子 / 生物物理 / 生体生命情報学 / 分子動力学計算 / 転写因子 / DNA結合蛋白質 / cavity / 構造安定性 隠す
  • 研究課題

    (15件)
  • 研究成果

    (181件)
  • 共同研究者

    (28人)
  •  ヌクレオソーム高次構造とダイナミクスの解析によるクロマチン潜在能の解明

    • 研究代表者
      胡桃坂 仁志
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2022
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      東京大学
  •  クロマチン動構造の国際共同研究ネットワーク形成

    • 研究代表者
      胡桃坂 仁志
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2017
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      早稲田大学
  •  計算と実験の融合によるDNA結合タンパク質の塩基配列選択能の高度化研究代表者

    • 研究代表者
      河野 秀俊
    • 研究期間 (年度)
      2014 – 2016
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構
      国立研究開発法人日本原子力研究開発機構
  •  シミュレーション計算による動的クロマチンのダイナミクス解析研究代表者

    • 研究代表者
      河野 秀俊
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2017
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構
      独立行政法人日本原子力研究開発機構
  •  動的クロマチン構造と機能

    • 研究代表者
      胡桃坂 仁志
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2017
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      早稲田大学
  •  計算・情報科学による転写サイクルにおける情報変換機構の解明

    • 研究代表者
      中村 春木
    • 研究期間 (年度)
      2012 – 2016
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      大阪大学
  •  ヌクレオソーム構造の自由エネルギープロファイル解析研究代表者

    • 研究代表者
      河野 秀俊
    • 研究期間 (年度)
      2011 – 2012
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      独立行政法人日本原子力研究開発機構
  •  シミュレーション計算によるヌクレオソーム構造形成の自由エネルギー地形解析研究代表者

    • 研究代表者
      河野 秀俊
    • 研究期間 (年度)
      2009 – 2010
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      独立行政法人日本原子力研究開発機構
  •  DNA配列に特異的に結合するタンパク質分子設計研究代表者

    • 研究代表者
      河野 秀俊
    • 研究期間 (年度)
      2009 – 2010
    • 研究種目
      挑戦的萌芽研究
    • 研究分野
      ゲノム情報科学
    • 研究機関
      独立行政法人日本原子力研究開発機構
  •  転写因子の結合とヌクレオソーム構造にもとづく遺伝子転写制御機構の推定研究代表者

    • 研究代表者
      河野 秀俊
    • 研究期間 (年度)
      2008 – 2010
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      独立行政法人日本原子力研究開発機構
  •  中性子散乱実験と分子動力学計算による蛋白質-DNA認識機構における水の挙動解析研究代表者

    • 研究代表者
      河野 秀俊
    • 研究期間 (年度)
      2007 – 2008
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      理工系
    • 研究機関
      独立行政法人日本原子力研究開発機構
  •  転写因子のターゲット部位予側にもとづく遺伝子の機能及び相互作用推定研究代表者

    • 研究代表者
      河野 秀俊
    • 研究期間 (年度)
      2004
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      特殊法人日本原子力研究所
  •  転写因子のターゲット部位予側からのゲノム機能推定研究代表者

    • 研究代表者
      河野 秀俊
    • 研究期間 (年度)
      2003
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      特殊法人日本原子力研究所
  •  蛋白質の機能部位推定及びSNPによる機能変化の予側研究代表者

    • 研究代表者
      河野 秀俊
    • 研究期間 (年度)
      2003 – 2004
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      基礎ゲノム科学
    • 研究機関
      特殊法人日本原子力研究所
  •  DNA結合蛋白質の機能性cavityと立体構造安定性

    • 研究代表者
      皿井 明倫
    • 研究期間 (年度)
      1998
    • 研究種目
      特定領域研究(A)
    • 研究機関
      理化学研究所

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すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] DNAの水和水とダイナミクスの塩基配列依存症-DNA-タンパク質、DNA-低分子認識の理解に向けて(揺らぎと生体機能10月別冊)2010

    • 著者名/発表者名
      米谷佳晃,河野秀俊
    • 出版者
      メディカルバイオ
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [図書] Chapter 13 Rotamer Libraries for Molecular Modeling and Design of Proteins (Protein Design and Engineering)2009

    • 著者名/発表者名
      Hidetoshi Kono
    • 総ページ数
      12
    • 出版者
      Taylor & Francis Group
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [図書] Chapter 13 Rotamer Libraries for Molecular Modeling and Design of Proteins (Protein Design and Engineering)2009

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 出版者
      Park&Cochran, Taylor & Francis Group
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [図書] タンパク質とDNAの結合予測.実験医学増刊号(26)2008

    • 著者名/発表者名
      皿井明倫,河野秀俊
    • 出版者
      バイオデータベースとソフトウェア最前線
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [雑誌論文] HNF1A POU Domain Mutations Found in Japanese Liver Cancer Patients Cause Downregulation of HNF4A Promoter Activity with Possible Disruption in Transcription Networks2022

    • 著者名/発表者名
      Haque Effi、Teeli Aamir Salam、Winiarczyk Dawid、Taguchi Masahiko、Sakuraba Shun、Kono Hidetoshi、Leszczynski Pawel、Pierzchala Mariusz、Taniguchi Hiroaki
    • 雑誌名

      Genes

      巻: 13 号: 3 ページ: 413-413

    • DOI

      10.3390/genes13030413

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Overall structure of fully assembled cyanobacterial KaiABC circadian clock complex by an integrated experimental-computational approach2022

    • 著者名/発表者名
      Yunoki Yasuhiro、Matsumoto Atsushi、Morishima Ken、Martel Anne、Porcar Lionel、Sato Nobuhiro、Yogo Rina、Tominaga Taiki、Inoue Rintaro、Yagi-Utsumi Maho、Okuda Aya、Shimizu Masahiro、Urade Reiko、Terauchi Kazuki、Kono Hidetoshi、Yagi Hirokazu、Kato Koichi、Sugiyama Masaaki
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 5 号: 1 ページ: 184-184

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03143-z

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534, KAKENHI-PROJECT-19K05833, KAKENHI-PROJECT-20K06579, KAKENHI-PROJECT-19KK0071, KAKENHI-PROJECT-21K15051, KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-20K22629
  • [雑誌論文] 時計タンパク質複合体の構造解析を通して明らかとなった中性子小角散乱の強み2022

    • 著者名/発表者名
      柚木康弘、松本淳、守島健、Martel Anne、Porcar Lionel、佐藤信浩、與語理那、富永大輝、矢木真穂、井上倫太郎、河野秀俊、矢木宏和、加藤晃一、杉山正明
    • 雑誌名

      波紋

      巻: 32 ページ: 158-164

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Free Energy Landscape of H2A-H2B Displacement From Nucleosome2022

    • 著者名/発表者名
      Ishida Hisashi、Kono Hidetoshi
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 434 号: 16 ページ: 167707-167707

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2022.167707

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] RNAPII driven post-translational modifications of nucleosomal histones2022

    • 著者名/発表者名
      Chan Justin、Kumar Amarjeet、Kono Hidetoshi
    • 雑誌名

      Trends in Genetics

      巻: 38 号: 10 ページ: 1076-1095

    • DOI

      10.1016/j.tig.2022.04.010

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Fly casting with ligand sliding and orientational selection supporting complex formation of a GPCR and a middle sized flexible molecule.2022

    • 著者名/発表者名
      Junichi Higo, Kota Kasahara, Gert-Jan Bekker, Benson Ma, Shun Sakuraba, Shinji Iida, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Hidetoshi Kono, Yoshifumi Fukunishi, Haruki Nakamura
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 号: 1 ページ: 13792-13792

    • DOI

      10.1038/s41598-022-17920-7

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06052, KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Chemical catalyst/protein hybrid as artificial histone-modifying enzyme for epigenome manipulation2022

    • 著者名/発表者名
      Fujimura Akiko、Ishida Hisashi、Nozaki Tamiko、Azumaya Yuto、Ishiguro Tadashi、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi、Kono Hidetoshi、Yamatsugu Kenzo、Kawashima Shigehiro、Kanai Motomu
    • 雑誌名

      ChemRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.26434/chemrxiv-2022-xt610

    • オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Interplay among transacting factors around promoter in the initial phases of transcription2021

    • 著者名/発表者名
      Kumar Amarjeet、Chan Justin、Taguchi Masahiko、Kono Hidetoshi
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 71 ページ: 7-15

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2021.04.008

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] NRF2 DLG Domain Mutations Identified in Japanese Liver Cancer Patients Affect the Transcriptional Activity in HCC Cell Lines2021

    • 著者名/発表者名
      Haque Effi、Smiech Magdalena、Luczynska Kamila、Bouchard Marie France、Viger Robert、Kono Hidetoshi、Pierzchala Mariusz、Taniguchi Hiroaki
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 22 号: 10 ページ: 5296-5296

    • DOI

      10.3390/ijms22105296

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Structural basis of the regulation of the normal and oncogenic methylation of nucleosomal histone H3 Lys36 by NSD22021

    • 著者名/発表者名
      Sato Ko、Kumar Amarjeet、Hamada Keisuke、Okada Chikako、Oguni Asako、Machiyama Ayumi、Sakuraba Shun、Nishizawa Tomohiro、Nureki Osamu、Kono Hidetoshi、Ogata Kazuhiro、Sengoku Toru
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 6605-6605

    • DOI

      10.1038/s41467-021-26913-5

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534, KAKENHI-PUBLICLY-20H05394, KAKENHI-ORGANIZER-21H05158, KAKENHI-PROJECT-20K08717
  • [雑誌論文] The N-terminal Tails of Histones H2A and H2B Adopt Two Distinct Conformations in the Nucleosome with Contact and Reduced Contact to DNA2021

    • 著者名/発表者名
      Ohtomo Hideaki、Kurita Jun-ichi、Sakuraba Shun、Li Zhenhai、Arimura Yasuhiro、Wakamori Masatoshi、Tsunaka Yasuo、Umehara Takashi、Kurumizaka Hitoshi、Kono Hidetoshi、Nishimura Yoshifumi
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 433 号: 15 ページ: 167110-167110

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2021.167110

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Torsional stress can regulate the unwrapping of two outer half superhelical turns of nucleosomal DNA2021

    • 著者名/発表者名
      Ishida Hisashi、Kono Hidetoshi
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 118 号: 7

    • DOI

      10.1073/pnas.2020452118

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534, KAKENHI-PROJECT-18K06173
  • [雑誌論文] Sequence-dependent Hydration Water Dynamics of Dodecameric DNA2021

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa Hiroshi、Yonetani Yoshiteru、Nakajima Kenji、Ohira-Kawamura Seiko、Kikuchi Tatsuya、Inamura Yasuhiro、Kataoka Mikio、Kono Hidetoshi
    • 雑誌名

      Proceedings of the J-PARC Symposium 2019, JPS

      巻: 33 ページ: 011101-011101

    • DOI

      10.7566/jpscp.33.011101

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Structural basis for designing an array of engrailed homeodomains2020

    • 著者名/発表者名
      Sunami Tomoko、Hirano Yu、Tamada Taro、Kono Hidetoshi
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section D Structural Biology

      巻: 76 号: 9 ページ: 824-833

    • DOI

      10.1107/s2059798320009237

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Nucleosome unwrapping and unstacking2020

    • 著者名/発表者名
      Kono Hidetoshi、Ishida Hisashi
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 64 ページ: 119-125

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2020.06.020

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534, KAKENHI-PROJECT-18K06173
  • [雑誌論文] Heterochromatin protein 1 (HP1): interactions with itself and chromatin components2020

    • 著者名/発表者名
      Kumar A, *Kono H.
    • 雑誌名

      Biophys Rev

      巻: in press 号: 2 ページ: 387-400

    • DOI

      10.1007/s12551-020-00663-y

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Structural Studies of Overlapping Dinucleosomes in Solution2020

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto Atsushi、Sugiyama Masaaki、Li Zhenhai、Martel Anne、Porcar Lionel、Inoue Rintaro、Kato Daiki、Osakabe Akihisa、Kurumizaka Hitoshi、Kono Hidetoshi
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 118 号: 9 ページ: 2209-2219

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2019.12.010

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K06101, KAKENHI-PROJECT-19KK0071, KAKENHI-PLANNED-18H05534, KAKENHI-PROJECT-18H05229, KAKENHI-PROJECT-17H01408
  • [雑誌論文] Balance between DNA‐binding affinity and specificity enables selective recognition of longer target sequences in vivo2019

    • 著者名/発表者名
      Sunami Tomoko、Kono Hidetoshi
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 28 号: 9 ページ: 1630-1639

    • DOI

      10.1002/pro.3677

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Free energy profile for unwrapping outer superhelical turn of CENP-A nucleosome2019

    • 著者名/発表者名
      Kono Hidetoshi、Sakuraba Shun、Ishida Hisashi
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 16 号: 0 ページ: 337-343

    • DOI

      10.2142/biophysico.16.0_337

    • NAID

      130007752747

    • ISSN
      2189-4779
    • 言語
      英語
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K06173, KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Histone H3K23-specific acetylation by MORF is coupled to H3K14 acylation2019

    • 著者名/発表者名
      Klein BJ, Jang SM, Lachance C, Mi W, Lyu J, Sakuraba S, Krajewski K, Wang WW, Sidoli S, Liu J, Zhang Y, Wang X, Warfield BM, Kueh AJ, Voss AK, Thomas T, Garcia BA, Liu WR, Strahl BD, Kono H, Li W, Shi X, Cote J, Kutateladze TG.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 10 号: 1 ページ: 12551-12555

    • DOI

      10.1038/s41467-019-12551-5

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Free energy profiles for unwrapping the outer superhelical turn of nucleosomal DNA2018

    • 著者名/発表者名
      Kono Hidetoshi、Sakuraba Shun、Ishida Hisashi
    • 雑誌名

      PLOS Computational Biology

      巻: 14 号: 3 ページ: e1006024-e1006024

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1006024

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [雑誌論文] Investigating the Influence of Arginine Dimethylation on Nucleosome Dynamics Using All-Atom Simulations and Kinetic Analysis2018

    • 著者名/発表者名
      Li Zhenhai、Kono Hidetoshi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 122 号: 42 ページ: 9625-9634

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.8b05067

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [雑誌論文] Genome-wide transcription factor activities are explained by intrinsic conformational dynamics of binding-sites and distal flanking-regions2017

    • 著者名/発表者名
      Andrabi, M.; Hutchins, A. P.; Miranda-Saavedra, D.; Kono, H.; Nussinov, R.; Mizuguchi, K.; Ahamd, S.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 印刷中

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26330339
  • [雑誌論文] Covalent Modifications of Histone H3K9 Promote Binding of CHD32017

    • 著者名/発表者名
      Tencer Adam H.、....、Kono Hidetoshi、Poirier Michael G.、Musselman Catherine A.、Kutateladze Tatiana G.
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 21 号: 2 ページ: 455-466

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2017.09.054

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [雑誌論文] Predicting conformational ensembles and genome-wide transcription factor binding sites from DNA sequences2017

    • 著者名/発表者名
      Andrabi Munazah、... 、Kono Hidetoshi、Nussinov Ruth、Mizuguchi Kenji、Ahmad Shandar
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 号: 1 ページ: 4071-4071

    • DOI

      10.1038/s41598-017-03199-6

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [雑誌論文] ヌクレオソーム中におけるヒストンテールの特性とアセチル化の影響2017

    • 著者名/発表者名
      池部仁善; 櫻庭俊; 河野秀俊
    • 雑誌名

      日本生物物理学会誌

      巻: 57 ページ: 095-095

    • NAID

      130005509480

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [雑誌論文] H4 Tails Potentially Produce the Diversity in the Orientation of Two Nucleosomes2017

    • 著者名/発表者名
      Ishida Hisashi、Kono Hidetoshi
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 113 号: 5 ページ: 978-990

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2017.07.015

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [雑誌論文] Accessibility of the histone H3 tail in the nucleosome for binding of paired readers2017

    • 著者名/発表者名
      Gatchalian Jovylyn、Wang Xiaodong、Ikebe Jinzen、Cox Khan L.、Tencer Adam H.、Zhang Yi、Burge Nathaniel L.、Di Luo、Gibson Matthew D.、Musselman Catherine A.、Poirier Michael G.、Kono Hidetoshi、Hayes Jeffrey J.、Kutateladze Tatiana G.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 8 号: 1 ページ: 1489-1489

    • DOI

      10.1038/s41467-017-01598-x

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [雑誌論文] Crystal structure of the overlapping dinucleosome composed of hexasome and octasome2017

    • 著者名/発表者名
      Daiki Kato, Akihisa Osakabe, Yasuhiro Arimura, Yuka Mizukami, Naoki Horikoshi, Kazumi Saikusa, Satoko Akashi, Yoshifumi Nishimura, Sam-Yong Park, Jumpei Nogami, Kazumitsu Maehara, Yasuyuki Ohkawa, Atsushi Matsumoto, Hidetoshi Kono, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Hitoshi Kurumizaka
    • 雑誌名

      Science

      巻: 356 号: 6334 ページ: 205-208

    • DOI

      10.1126/science.aak9867

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16J06850, KAKENHI-PROJECT-17K07313, KAKENHI-PROJECT-17K19356, KAKENHI-PROJECT-16K18528, KAKENHI-PROJECT-17K15043, KAKENHI-PUBLICLY-16H01306, KAKENHI-PUBLICLY-16H01550, KAKENHI-PUBLICLY-16H01577, KAKENHI-PLANNED-25116002, KAKENHI-PLANNED-25116003, KAKENHI-PLANNED-25116010, KAKENHI-PROJECT-15H02042, KAKENHI-PROJECT-17H03608, KAKENHI-PROJECT-16K18479
  • [雑誌論文] H3 histone tail conformation within the nucleosome and the impact of K14 acetylation studied using enhanced sampling simulation2016

    • 著者名/発表者名
      J. Ikebe, S. Sakuraba and H. Kono,
    • 雑誌名

      PLoS Computational Biology

      巻: 12 号: 3 ページ: e1004788-e1004788

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1004788

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [雑誌論文] Spotting the difference in molecular dynamics simulations of biomolecules2016

    • 著者名/発表者名
      Sakuraba, S.; Kono, H.
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 145 号: 7 ページ: 074116-074116

    • DOI

      10.1063/1.4961227

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [雑誌論文] Distinct Roles of Histone H3 and H2A Tails in Nucleosome Stability2016

    • 著者名/発表者名
      Li, Z.; Kono, H.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 6 号: 1 ページ: 31437-31437

    • DOI

      10.1038/srep31437

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [雑誌論文] Two arginine residues suppress the flexibility of nucleosomal DNA in the canonical nucleosome core.2015

    • 著者名/発表者名
      Kono H, Shirayama K, Arimura Y, Tachiwana H, Kurumizaka H.
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 10 号: 3 ページ: e0120635-e0120635

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0120635

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13J03931, KAKENHI-PLANNED-25116002, KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [雑誌論文] Intensity of diffracted X-rays from biomolecules with radiation damage caused by strong X-ray pulses2014

    • 著者名/発表者名
      Kai, T., Tokuhisa, A., Moribayashi, K., Fukuda, Y., Kono, H. & Go, N
    • 雑誌名

      J. Phys. Soc. Jpn.

      巻: 83 号: 9 ページ: 094301-094301

    • DOI

      10.7566/jpsj.83.094301

    • NAID

      210000133248

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [雑誌論文] Adaptive lambda square dynamics simulation: an efficient conformational sampling method for biomolecules2014

    • 著者名/発表者名
      Ikebe, J., Sakuraba, S. & Kono, H.
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 35 号: 1 ページ: 9-50

    • DOI

      10.1002/jcc.23462

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [雑誌論文] Local Dynamics Coupled to Hydration Water Determines DNA-sequence Dependent Deformability2014

    • 著者名/発表者名
      H. Nakagawa, Y. Yonetani, K. Nakajima, S. Ohira-Kawamura, T.Kikuchi, Y. Inamura, M. Kataoka, H. Kono
    • 雑誌名

      Physical Reiew E

      巻: 90 号: 2 ページ: 022723-022723

    • DOI

      10.1103/physreve.90.022723

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24247030, KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [雑誌論文] Local conformational changes in the DNA interfaces of proteins2013

    • 著者名/発表者名
      Tomoko Sunami, Hidetoshi Kono
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 8(2) 号: 2 ページ: e56080-e56080

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0056080

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23700354, KAKENHI-PUBLICLY-23114723
  • [雑誌論文] Dissociation Free-Energy Profiles of Specific and Nonspecific DNA-Protein Complexes2013

    • 著者名/発表者名
      Yonetani, Y. & Kono, H
    • 雑誌名

      J Phys Chem B

      巻: 117 号: 25 ページ: 7535-45

    • DOI

      10.1021/jp402664w

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [雑誌論文] What determines water-bridge lifetimes at the surface of DNA? Insight from systematic molecular dynamics analysis of water kinetics for various DNA sequences2012

    • 著者名/発表者名
      Yonetani, Y., Kono, H.
    • 雑誌名

      Biophysical Chemistry

      巻: 160 号: 1 ページ: 54-61

    • DOI

      10.1016/j.bpc.2011.09.006

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23114723
  • [雑誌論文] DNAの水和水とダイナミクスの塩基配列依存症-DNA-タンパク質、DNA-低分子認識の理解に向けて-2010

    • 著者名/発表者名
      米谷佳晃, 河野秀俊
    • 雑誌名

      メディカルバイオ 揺らぎと生体機能10月別冊

      ページ: 66-71

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [雑誌論文] Evaluation of DNA Intramolecular Interactions for Nucleosome Positioning in Yeast2009

    • 著者名/発表者名
      Fernandez, M., Fujii, S., Kono, H., Sarai, A.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 23

      ページ: 13-20

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [雑誌論文] A Generalized Conformational Energy Function of DNA Derived from Molecular Dynamics Simulations.2009

    • 著者名/発表者名
      Yamasaki, S., Terada, T., Shimizu, K., Kono, H., Sarai, A.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 37

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [雑誌論文] Sequence dependencies of DNA deformability and hydration in the minor groove2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Yonetani, H.Kono
    • 雑誌名

      Biophysical Journal 97

      ページ: 1138-1147

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21114519
  • [雑誌論文] A Generalized Conformational Energy Function of DNA Derived from Molecular Dynamics Simulations2009

    • 著者名/発表者名
      Yamasaki S., Terada T., Shimizu K., Kono H., Sarai A.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 37

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [雑誌論文] Evaluation of DNA Intramolecular Interactions for Nucleosome Positioning in Yeast.2009

    • 著者名/発表者名
      Fernandez M., Fujii S., Kono H., Sarai, A.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 23

      ページ: 13-20

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [雑誌論文] Sequence dependencies of DNA deformability and hydration in the minor groove.2009

    • 著者名/発表者名
      Yonetani Y., Kono H.
    • 雑誌名

      Biophys J 97

      ページ: 1138-47

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [雑誌論文] Comparison of DNA hydration patterns obtained using two distinct computational methods, molecular dynamics (MD) simulation and three-dimensional reference interaction site model (3D-RISM) theory2008

    • 著者名/発表者名
      Yonetani, Y., Maruyama, Y., Hirata, F. and Kono, H.
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys. (In press)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18031042
  • [雑誌論文] DNA deformability and hydration studied by molecular dynamics simulation.2007

    • 著者名/発表者名
      Yonetani, Y., Kono, H., Fujii, S., Sarai, A., Go, N.
    • 雑誌名

      Molecular Simulation 33

      ページ: 103-107

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18031042
  • [雑誌論文] 転写制御における協同性の構造メカニズム2007

    • 著者名/発表者名
      皿井明 倫、河野秀俊
    • 雑誌名

      実験医学増刊 転写因子による生命現象の統合制御 25

      ページ: 77-84

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18031042
  • [雑誌論文] Sequence-dependent DNA deformability studied using molecular dynamics simulations2007

    • 著者名/発表者名
      Fujii, S., Kono, H., Takenaka, S., Go, N. and Sarai, A.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 35

      ページ: 6063-6074

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18031042
  • [学会発表] The effect of Mg2+ ions on nucleosomal array under external force2023

    • 著者名/発表者名
      Amarjeet Kumar、Tomoko Sunami、Shoko Sato、Hitoshi Kurumizaka、Hidetoshi Kono
    • 学会等名
      The 67th Biophysical Society Annual Meeting
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Structure and dynamics of nucleosomes, the fundamental structural unit of chromatin2022

    • 著者名/発表者名
      Hidetoshi Kono、Jinzen Ikebe、Hisashi Ishida、Shun Sakuraba
    • 学会等名
      Joint Meeting of the 20th KIAS Conference on Protein Structure and Function and The 7th Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches"
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] ヌクレオソームからのH2A-H2B脱離における重要なアミノ酸残基の特定2022

    • 著者名/発表者名
      石田恒、河野秀俊
    • 学会等名
      第40回染色体ワークショップ・第21回核ダイナミクス研究会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Benchmark of force fields to characterize the short intrinsically disordered region of FUS-LC domain2022

    • 著者名/発表者名
      Maud Chan-Yao-Chong, Justin Chan, Hidetoshi Kono
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Molecular insight into photoactivation mechanism of BLUF protein by QM/MM free energy simulation2022

    • 著者名/発表者名
      Taguchi M, Sakuraba S, Wai S. Chan, Kono H.
    • 学会等名
      The 5th International Forum on Quantum Metrology and Sensing
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] NSD2酵素のメチル基付加機構と翻訳後修飾のヌクレオソームに与える影響2022

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊、Kumar Amarjeet、佐藤光、仙石徹
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Impact of torque and TF-binding on nucleosome investigated by molecular dynamics simulation and SAXS2022

    • 著者名/発表者名
      Kono Hidetoshi
    • 学会等名
      The 2022 (6th) Telluride Workshop on Chromatin Structure and Dynamics
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] 全原子分子動力学シミュレーションを用いた、ヒストンH2A-H2B のヌクレオソームからの脱離メカニズム解析2022

    • 著者名/発表者名
      石田恒、河野秀俊
    • 学会等名
      量子生命科学会 第4回大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] FRET study of the sequence dependence of nucleosomal DNA unwrapping2022

    • 著者名/発表者名
      Sunami T, Kono H.
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] NSD2によるヌクレオソーム上H3 Lys36メチル化の構造基盤2022

    • 著者名/発表者名
      仙石徹、佐藤光、クマールアマラジート、濱田恵輔、河野秀俊、緒方一博
    • 学会等名
      第15回日本エピジェネティクス研究会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Building a Coarse-grained Model of Chromatin: Nucleosome-Nucleosome Interaction Patterns2022

    • 著者名/発表者名
      Chan S. Wai, Kono H.
    • 学会等名
      量子生命科学会 第4回大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] ヌクレオソームDNAの配列依存的アンラッピングのFRET解析2022

    • 著者名/発表者名
      角南智子、河野秀俊
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] 転写開始点のヌクレオソームDNAアンラッピングのFRET解析2022

    • 著者名/発表者名
      角南智子、河野秀俊
    • 学会等名
      量子生命科学会 第4回大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] ヌクレオソームとその関連タンパク質との相互作用2022

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Study on photoactivated enzyme OaPAC by QM/MM molecular simulation2022

    • 著者名/発表者名
      Taguchi M, Sakuraba S, Wai S. Chan, Kono H.
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] 生物物理と計算科学の統合手法による時計タンパク質KaiABC複合体全長の溶液構造の解明2022

    • 著者名/発表者名
      柚木康弘、松本淳、守島健、マーテル アン、ポーカー リオネル、佐藤信浩、與語理那、富永大輝、井上倫太郎、矢木真穂、奥田綾、清水将裕、裏出令子、寺内一姫、河野秀俊、矢木宏和、加藤晃一、杉山正明
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] ヌクレオソームDNAのほどけやすさに見られる非対称性2022

    • 著者名/発表者名
      角南智子、石田恒、河野秀俊
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] ヌクレオソームからH2A-H2B2量体が脱離する際の自由エネルギー局面解析2022

    • 著者名/発表者名
      Ishida H, Kono H.
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Building a Coarse-grained Model of Chromatin2022

    • 著者名/発表者名
      Justin Chan, Hidetoshi Kono
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Benchmark of force fields to characterize the intrinsically disordered region of FUS-LC domain2022

    • 著者名/発表者名
      Chan-Yao-Chong Maud, Chan S. Wai, Kono H.
    • 学会等名
      量子生命科学会 第4回大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] QM/MM 分子シミュレーションによ る光活性化酵素 PAC の機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      田口真彦、櫻庭俊、ソオンチワ、河野秀俊
    • 学会等名
      量子生命科学会 第4回大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] ヌクレオソーム中のH2A-H2BテイルとDNAの動的相互作用2021

    • 著者名/発表者名
      大友秀明、栗田順一、櫻庭俊、Zhenhai L.、有村泰宏、若森昌聡、津中康央、梅原崇史、胡桃坂仁志、河野秀俊、西村善文
    • 学会等名
      第39回染色体ワークショップ・第20回核ダイナミクス研究会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Catalytic enhancement of NSD2 following oncogenic mutations E1099K and T1150A is caused by increase in the auto-inhibitory loop dynamics2021

    • 著者名/発表者名
      Kumar A., Sato K., Sakuraba S., Ogata K., Sengoku T., Kono H.
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] 第21回日本中性子科学会年会2021

    • 著者名/発表者名
      Kono Hidetoshi
    • 学会等名
      Modeling Protein Complexes by Integrated Approach
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] NSD2 によるヌクレオソーム上H3K36メチル化の構造基盤2021

    • 著者名/発表者名
      仙石徹、佐藤光、クマールアマラジート、濱田恵輔、岡田千佳子、小國麻子、町山歩、櫻庭俊、西澤知宏、濡木理、河野秀俊、緒方一博
    • 学会等名
      第39回染色体ワークショップ・第20回核ダイナミクス研究会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] NSD2によるヌクレオソーム上H3 Lys36メチル化の構造基盤2021

    • 著者名/発表者名
      仙石徹、佐藤光、クマールアマラジート、濱田恵輔、岡田千佳子、小國麻子、町山歩、櫻庭俊、西澤知宏、濡木理、河野秀俊、緒方一博
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Free energy profile of H2A-H2B dimer displacement from nucleosome2021

    • 著者名/発表者名
      Ishida Hisashi, Kono Hidetoshi
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Sequence dependence of nucleosomal DNA unwrapping2021

    • 著者名/発表者名
      Sunami Tomoko, Kono Hidetoshi
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] 転写開始点に特徴的な塩基配列を有するヌクレオソームのFRET解析2021

    • 著者名/発表者名
      角南智子、河野秀俊
    • 学会等名
      量子生命科学会第3回大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] ヌクレオソームにおけるヒストンH2A-H2Bテイルの動的構造2021

    • 著者名/発表者名
      大友秀明、栗田順一、櫻庭俊、Zhenhai, L.、有村泰宏、若森昌聡、津中康央、梅原崇史、胡桃坂仁志、河野秀俊、西村善文
    • 学会等名
      第44回 日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Molecular dynamics simulation of displacement of H2A-H2B from nucleosome2021

    • 著者名/発表者名
      石田恒、河野秀俊
    • 学会等名
      量子生命科学会第3回大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] ヌクレオソームポテンシャルからクロマチンポテンシャル2021

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      金沢大学異分野融合セミナー
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Disentangling the Effects of Histone Post-Translational Modifications on Nucleosome Packing and Chromatin Structure2021

    • 著者名/発表者名
      Chan J., Kono H.
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] ヌクレオソームDNA解離の配列依存性2021

    • 著者名/発表者名
      角南智子、ルオディ、河野秀俊
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] 中性子散乱データを活用した超分子のモデリング2020

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      CBI学会2020大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] 全原子分子動力学シミュレーションを用いた、ヌクレオソーム安定性に対するねじれストレス影響の解析2020

    • 著者名/発表者名
      石田恒、河野秀俊
    • 学会等名
      量子生命科学会 第2回大会
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Understanding the Dinucleosome Structural Dynamics at All Atom Resolution2020

    • 著者名/発表者名
      Kumar A, Matsumoto A, Kono H,
    • 学会等名
      量子生命科学会 第2回大会
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] 相分離への計算科学的アプローチ2020

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      第6回蛋白質工学研究会ワークショップ
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] 光活性化アデニル酸シクラーゼの量子/古典ハイブリッド分子シミュレーション2020

    • 著者名/発表者名
      田口真彦、櫻庭俊、チャンワイソオン、河野秀俊
    • 学会等名
      量子生命科学会 第2回大会
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Structural basis for an array of engrailed homeodomains toward the development of genome-editing enzymes2020

    • 著者名/発表者名
      Sunami T, Hirano Y, Tamada T, Kono H,.
    • 学会等名
      The 58th Annual Meeting of the Biophysics Society of Japan
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Integrated approach of experimental data and computer modeling and simulation for understanding chromatin structure and dynamics.2019

    • 著者名/発表者名
      Kono H, Matsumoto A, Sakuraba S, Ishida H.
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] ヌクレオソームの崩壊と転写2019

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊、Luo D、石田恒
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] モデリングとシミュレーションによる生体高分子の構造機能解析2019

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      CBI学会2019年大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Sequence-Dependent Asymmetric Unwrapping of nucleosomes of yeast2019

    • 著者名/発表者名
      Luo, D., Kato, D., Nogami, J., Ohkawa, Y., Kurumizaka, H., and Kono, H.
    • 学会等名
      The 63rd Annual Meeting of the Biophysical Society
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] スーパーコンピュータで知るタンパク質、DNAの形と動き2019

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      パコンを知る集い in 岐阜「京」からポスト「京」へ
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] ree energy profiles of the intra- and inter-nucleosomal interactions by all-atom molecular dynamics simulations2018

    • 著者名/発表者名
      Ishida, H. and Kono, H.
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] スーパーコンピュータでみる分子の形と動き2018

    • 著者名/発表者名
      河野 秀俊
    • 学会等名
      一般公開シンポジウム「遺伝子研究の最前線~ミクロの世界に隠された生命の謎にせまる~」
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-25116001
  • [学会発表] Investigating the influence of Argine Dimethylation on Nucleosome Dynamics using All-atom Simulation and Kinetic Analysis2018

    • 著者名/発表者名
      Li, Z. and Kono, H.
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Designing an artificial transcription factor with a small molecular weight based on engrailed homeodomain2018

    • 著者名/発表者名
      Sunami, T. and Kono, H.
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] 核酸―タンパク質相互作用制御2018

    • 著者名/発表者名
      石田恒; 河野秀俊
    • 学会等名
      ポスト「京」重点課題1ワークショップ
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05534
  • [学会発表] Mono- and Di- nucleosome Dynamics Studied by Molecular Modeling and Simulation2018

    • 著者名/発表者名
      Kono, H.
    • 学会等名
      The 8th Taiwan-Japan Joint Meeting on Neutron and X-ray Scattering
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] スーパーコンピュータでみる分子の形と動き2018

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      一般公開シンポジウム、遺伝子研究の最前線
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Impact of post-translational modifications on the structure and dynamics of nucleosome2017

    • 著者名/発表者名
      Kono, H., Luo, D.
    • 学会等名
      1st QST International Symposium"Quantum Life Science"
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] アセチル化、メチル化によるヒストンH3テールの振る舞いの変化2017

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊; Di, L.; 池部仁善; 櫻庭俊,
    • 学会等名
      第34回染色体ワークショップ・第15回核ダイナミクス研究会
    • 発表場所
      千葉・木更津・かずさDNA(国内)
    • 年月日
      2017-01-11
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Distinct Roles of H3 and H2A tails in linker DNA dynamics.2017

    • 著者名/発表者名
      Li, Z.; Ikebe, J.; Sakuraba, S.; Kono, H.
    • 学会等名
      Biophysical Society 61th Annual Meeting
    • 発表場所
      New Orleans, Louisiana, USA (海外)
    • 年月日
      2017-02-11
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] ヒストンH3翻訳後修飾のヌクレオソーム動態に与える影響2017

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Role of tails in intra-nucleosome and inter-nucleosomes.2017

    • 著者名/発表者名
      Hidetoshi Kono
    • 学会等名
      HMGU-Japan Epigenetics and Chromatin Symposium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21730
  • [学会発表] Role of tails in intra-nucleosome and inter-nucleosomes2017

    • 著者名/発表者名
      Kono, H.
    • 学会等名
      1st Munche-Japan mini-Symposium,Chromatin Structure and Function
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] ヒストン翻訳後修飾はヌクレオソームの安定性を変える2017

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      第40回日本分子生物学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Impact of Post-Translational Modifications on Histone H3 tail on Nucleosome Structure and Dynamics2017

    • 著者名/発表者名
      Kono, H.
    • 学会等名
      EMBO Conference: The Nucleosome: From Atoms to Genomes
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] THE FREE-ENERGY LANDSCAPE OF THE DI-NUCLEOSOME: A CRITICAL ROLE OF THE H4 TAILS FOR THE NUCLEOSOME-NUCLEOSOME CONFORMATION.2017

    • 著者名/発表者名
      Ishida, H.; Kono, H.
    • 学会等名
      Biophysical Society 61th Annual Meeting
    • 発表場所
      New Orleans, Louisiana, USA (海外)
    • 年月日
      2017-02-11
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Free energy analysis of the Nucleosome-Nucleosome interaction analyzed by Biomolecular Simulations2017

    • 著者名/発表者名
      Ishida, H.; Kono, H.
    • 学会等名
      1st QST International Symposium"Quantum Life Science"
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] 転写因子のアクティビィティは結合サイト及びその周辺領域のDNA特性の関係できまる2016

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡・福岡・福岡国際会議場 (国内)
    • 年月日
      2016-06-07
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26330339
  • [学会発表] Revisiting DNA conformations in crystal structures2016

    • 著者名/発表者名
      Sunami, T.; Chatake, T.; Kono, H.
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      茨城・つくば・つくば国際会議場 (国内)
    • 年月日
      2016-11-25
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26330339
  • [学会発表] Role of histone H3 and H2A tails in nucleosome stability2016

    • 著者名/発表者名
      Hidetoshi Kono
    • 学会等名
      Colorado Chromatin Meeting 2016
    • 発表場所
      USA
    • 年月日
      2016-08-08
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21730
  • [学会発表] セントロメア特異的なクロマチン構造の解析2016

    • 著者名/発表者名
      鈴木翠; 立名和博昭; 滝沢由政; 松本淳; 河野秀俊; Wolf, M.; 胡桃坂仁志
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神奈川・横浜・パシフィコ横浜(国内)
    • 年月日
      2016-11-30
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Impact of Histone Variant and Post-translational Modification on Nucleosome2016

    • 著者名/発表者名
      Kono, H., Ikebe, J., Sakuraba, S. and Ishida, H.
    • 学会等名
      Biophysical Society 60th Annual Meeting
    • 発表場所
      Los Angeles Convention Center (Los Angels, CA, USA)
    • 年月日
      2016-02-27
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] 構造多形をもつ生体高分子の全原子モデルの構築2016

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      JSBi関西地域部会 第21回バイオメディカル研究会
    • 発表場所
      大阪・大阪・グランフロント大阪 (国内)
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26330339
  • [学会発表] Role of H3 and H2A Tails on Nucleosome Stability2016

    • 著者名/発表者名
      Kono, H.
    • 学会等名
      Colorado Chromatin Meeting 2016
    • 発表場所
      Colorado State Univ., Colorado, USA (海外)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Distinct Roles of Histone H3 and H2A Tails in Nucleosome Stability2016

    • 著者名/発表者名
      Li, Z.; Kono, H.
    • 学会等名
      Chromatin Structure & Function, Gordon Conference
    • 発表場所
      Les Diablerets, Switzerland (海外)
    • 年月日
      2016-05-22
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] 転写因子のアクティビィティは結合サイト及びその周辺領域のDNA特性の関係できまる2016

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡・福岡・福岡国際会議場(国内)
    • 年月日
      2016-06-07
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Distinct roles of histone H3 and H2A tails in nucleosome stability2016

    • 著者名/発表者名
      Li Zhenhai, Hidetoshi Kono
    • 学会等名
      Gordon Research Conference, Chromatin Structure & Function
    • 発表場所
      Switzerland
    • 年月日
      2016-05-24
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21730
  • [学会発表] エングレイルドホメオドメインを用いた新規転写因子設計2016

    • 著者名/発表者名
      角南智子; 河野秀俊
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡・福岡・福岡国際会議場 (国内)
    • 年月日
      2016-06-07
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26330339
  • [学会発表] 特殊なヌクレオソームの立体構造解析2016

    • 著者名/発表者名
      加藤大貴; 越阪部晃永; 足立風水也; 水上優夏; 有村泰宏; 七種和美; 明石知子; 西村善文; 朴三用; 松本淳; 河野秀俊; 井上倫太郎; 杉山正明; 胡桃坂仁志
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神奈川・横浜・パシフィコ横浜(国内)
    • 年月日
      2016-11-30
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Dynamics of nucleosomes and impact of acetylation2015

    • 著者名/発表者名
      Kono H, Ikebe J, Sakuraba S, Ishida H.
    • 学会等名
      International Symposium on Chromatin Structure, Dynamics, and Function
    • 発表場所
      淡路夢舞台国際会議場(兵庫県淡路市)
    • 年月日
      2015-08-23
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Differences in Dynamics among Nucleosomes with Distinct Histone Compositions2015

    • 著者名/発表者名
      Kono, H.
    • 学会等名
      RIKEN Epigenetics in Kobe
    • 発表場所
      理研再生科学総合研究センター(神戸)
    • 年月日
      2015-02-14
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Designing a new artificial transcription factor based on engrailed homeodomain2015

    • 著者名/発表者名
      角南智子、河野秀俊
    • 学会等名
      第15回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      あわぎんホール(徳島県徳島市)
    • 年月日
      2015-06-24
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26330339
  • [学会発表] Designing a new artificial transcription factor based on engrailed homeodomain2015

    • 著者名/発表者名
      角南智子、河野秀俊
    • 学会等名
      第38 回日本分子生物学会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2015-12-01
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26330339
  • [学会発表] Impact on nucleosome dynamics via histone variants and post-translational modifications2015

    • 著者名/発表者名
      Kono, H.
    • 学会等名
      スパコン「京」がひらく科学と社会; Supercomputational Life Science 2015 (SCLS 2015)
    • 発表場所
      東京大学本郷キャンパス(東京都文京区)
    • 年月日
      2015-10-20
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Role of histone variant and histone tails within the nucleosome and the impact of H3 tail acetylation studied using enhanced sampling simulation2015

    • 著者名/発表者名
      Ikebe J, Li Z, Sakuraba S, Ishida H, Kono H.
    • 学会等名
      4th International Symposium of the Mathematics on Chromatin Live Dynamics Hiroshima
    • 発表場所
      JMSアステールプラザ(広島県広島市)
    • 年月日
      2015-12-07
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] シミュレーションによる動的クロマチンダイナミクス2014

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      分子研研究会「細胞核内反応の分子化学」
    • 発表場所
      分子研(岡崎)
    • 年月日
      2014-09-27
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] ヌクレオソーム中におけるH3ヒストンテイルの構造探索2012

    • 著者名/発表者名
      池部仁善、河野秀俊
    • 学会等名
      第30回染色体ワークショップ
    • 発表場所
      淡路夢舞台国際会議場(兵庫県淡路市)
    • 年月日
      2012-12-20
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23114723
  • [学会発表] The influence of solvent condition on DNA structures studied by molecular dynamics simulations2012

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Fujii, Hidetoshi Kono, Akinori Sarai
    • 学会等名
      第50回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] A New Method for Evaluating the Specificity of Indirect Readout in Protein-DNA Recognition2012

    • 著者名/発表者名
      S. Yamasaki, T. Terada, H. Kono, K. Shimizu, A. Sarai
    • 学会等名
      European Conference on Computational Biology
    • 発表場所
      Basel, Switzerland
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] Molecular Dynamics of Nucleosome Core Particles2012

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      The 2nd International Workshop on Structural Epigenomics
    • 発表場所
      理研横浜研究所交流棟ホール(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2012-10-10
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23114723
  • [学会発表] ヒストンタンパク質の違いによるヌクレオソームコアパーティクルの安定性とダイナミクスの違い2012

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      第85回日本生化学大会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • 年月日
      2012-12-15
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23114723
  • [学会発表] ヌクレオソームがスライドするときの自由エネルギー地形2011

    • 著者名/発表者名
      金枝直子、石田恒、河野秀俊
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山
    • 年月日
      2011-09-16
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23114723
  • [学会発表] Molecular Dynamics Simulation of CENP-A Containing Nucleosome2011

    • 著者名/発表者名
      Kono, H.
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜(招待講演)
    • 年月日
      2011-12-16
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23114723
  • [学会発表] シミュレーション計算による核内DNA-タンパク質複合体の機能発現メカニズム2011

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      バイオスーパーコンピューティング研究会
    • 発表場所
      和光(招待講演)
    • 年月日
      2011-10-18
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23114723
  • [学会発表] Free energy profiles for nucleosome position changes2011

    • 著者名/発表者名
      Kono, H., Kanaeda, N., Ishida, H.
    • 学会等名
      Biophysical Society Annual Meeting
    • 発表場所
      米国、ボルチモア
    • 年月日
      2011-03-06
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21114519
  • [学会発表] Free energy profiles for nucleosome position changes2011

    • 著者名/発表者名
      Kono, H., Kanaeda, N., Ishida, H.
    • 学会等名
      Biophysical Society Annual Meeting
    • 発表場所
      米国、ボルチモア
    • 年月日
      2011-03-06
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [学会発表] 核内DNA-protein複合体のダイナミクスと分子機能2011

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      富山(招待講演)
    • 年月日
      2011-09-16
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23114723
  • [学会発表] Free energy profile of nucleosomal DNA sliding2011

    • 著者名/発表者名
      Kanaeda, N., Ishida, H., Kono, H.
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      姫路
    • 年月日
      2011-09-17
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23114723
  • [学会発表] Free energy profiles for nucleosome position changes.2011

    • 著者名/発表者名
      Kono H., Kanaeda N., Ishida H.
    • 学会等名
      55th Biophysical Society Annual Meeting
    • 発表場所
      Baltimore, USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [学会発表] シミュレーションからみるタンパク質-核酸の分子認識機構2011

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      第四回JSBi応用システムバイオロジー研究会/第一回「細胞環境の測定とモデリング」ワークショップ
    • 発表場所
      神戸(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-07
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23114723
  • [学会発表] 構造バイオインフォマティクスと分子動力学計算による遺伝子発現制御メカニズムの理解2010

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会第83回日本生科学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸(招待講演)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [学会発表] 情報エントロピーを用いたタンパク質-DNA認識におけるindirect readoutの寄与の評価2010

    • 著者名/発表者名
      山崎智,河野秀俊,清水謙多郎,皿井明倫,寺田透
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [学会発表] ヌクレオソームポジションにおける間接認識の役割2010

    • 著者名/発表者名
      Fernandez M.,藤井聡,河野秀俊,皿井明倫
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [学会発表] ヌクレオソームコアパーテクルの自由エネルギープロファイル計算2010

    • 著者名/発表者名
      金枝直子, 河野秀俊
    • 学会等名
      第27回染色体ワークショップ
    • 発表場所
      静岡県御殿場
    • 年月日
      2010-01-22
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21114519
  • [学会発表] ヌクレオソームDNAがスライドする時の自由エネルギープロファイル2010

    • 著者名/発表者名
      金枝直子, 石田恒, 河野秀俊
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-20
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21114519
  • [学会発表] 構造バイオインフォマティクスと分子動力学計算による遺伝子発現制御メカニズムの理解2010

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      日本分子生物学会年会、日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2010-12-08
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21114519
  • [学会発表] ヌクレオソームポジションにおける間接認識の役割2010

    • 著者名/発表者名
      Fernandez, M., 藤井聡, 河野秀俊, 皿井明倫
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2010-06-16
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [学会発表] 情報エントロピーを用いたタンパク質-DNA認識におけるindirect readoutの寄与の評価2010

    • 著者名/発表者名
      山崎智, 河野秀俊, et al.
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2010-06-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21651087
  • [学会発表] 構造バイオインフォマティクスと分子動力学計算による遺伝子発現制御メカニズムの理解2010

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      日本分子生物学会年会、日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2010-12-08
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [学会発表] Sequence dependencies of DNA deformability and hydration in the minor groove2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Yonetani, H.Kono
    • 学会等名
      Algorithms in Macromolecular Modeling Conference(AM3)
    • 発表場所
      米国、テキサス大学オースティン校
    • 年月日
      2009-11-12
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21114519
  • [学会発表] Structure-based Analysis of Cooperativity in Protein-DNA Recognition2009

    • 著者名/発表者名
      Tanaka A., Fujii S., Kono H., Sarai A.
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      徳島
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [学会発表] The free energy profile of a nucleosome core particle through the molecular dynamics simulation2009

    • 著者名/発表者名
      N.Kanaeda, H.Ishida, H.Kono
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      2009-10-30
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21114519
  • [学会発表] Evaluation of DNA Intramolecular Interactions for Nucleosome Positioning in Yeast.2009

    • 著者名/発表者名
      Fernandez, M., Fujii, S., Kono, H., Sarai, A.
    • 学会等名
      The 20th International Conference on Genome Informatics.
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-16
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [学会発表] The free energy profile of a nucleosome core particle through the molecular dynamics simulation2009

    • 著者名/発表者名
      N.Kanaeda, H.Ishida, H.Kono
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      2009-10-30
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [学会発表] Role of indirect readout in protein-DNA recognition assessed by a Bayesian approach2009

    • 著者名/発表者名
      Yamasaki S., Fukui K., Kono H., Shimizu K., Sarai A., Terada T.
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      徳島
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [学会発表] タンパク質-DNA相互作用の認識塩基配列と非認識塩基配列による違い2008

    • 著者名/発表者名
      徳久淳師,河野秀俊
    • 学会等名
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      東京(日本)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20300103
  • [学会発表] DNAの柔らかさの塩基配列依存性と水和の関係2007

    • 著者名/発表者名
      米谷佳晃、藤井聡、皿井明倫、河野秀俊、郷信広
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18031042
  • [学会発表] DNA structural study under ethanol/water mixture based on molecular dynamics simulations

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Fujii, Hidetoshi Kono
    • 学会等名
      第41回 国際核酸化学シンポジウム
    • 発表場所
      北九州国際会議場、福岡市
    • 年月日
      2014-11-05 – 2014-11-07
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24118008
  • [学会発表] Free Energy Profile for Nucleosomal DNA Unwrapping

    • 著者名/発表者名
      Kono, H., Yonetani, Y., Ikebe, J., Sakuraba, S. & Ishida, H.
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      京都国際会館、京都
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Free Energy Profile for Nucleosomal DNA Unwrapping

    • 著者名/発表者名
      Kono, H., Sakuraba, S. & Ishida, H.
    • 学会等名
      Biophysical Society 59th Annual Meeting
    • 発表場所
      米国 ボルチモア
    • 年月日
      2015-02-07 – 2015-02-11
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Adaptive lambda square dynamics simulation: an efficient conformational sampling method for biomolecules

    • 著者名/発表者名
      Ikebe, J., Sakuraba, S. & Kono, H.
    • 学会等名
      Biophysical Society 58th Annual Meeting
    • 発表場所
      San Francisco、米国
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Conformational sampling of unmodified and acetylated H3 histone tails on a nucleosome by all-atom model molecular dynamics simulations

    • 著者名/発表者名
      Ikebe, J., Sakuraba, S. & Kono, H.
    • 学会等名
      Biophysical Society 59th Annual Meeting
    • 発表場所
      米国 ボルチモア
    • 年月日
      2015-02-07 – 2015-02-11
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] H3ヒストンテールの構造とダイナミクス

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊、池部仁善
    • 学会等名
      第31回 染色体ワークショップ・第12回 核ダイナミクス研究会
    • 発表場所
      ホテルおかだ、神奈川
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] CENP-Aヌクレオソーム特異的なDNA構造の構造生物学的・生化学的解析

    • 著者名/発表者名
      Shirayama, K., Arimura, Y., Tachiwana, H., Kono, H. & Kurumizaka, H.
    • 学会等名
      第86回日本生化学会大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜、横浜
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] ヌクレオソームにおけるH3ヒストンテールの構造アンサンブル

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊、池部仁善
    • 学会等名
      第14回日本蛋白質科学学会年会
    • 発表場所
      ワークピア横浜(横浜)
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Designing a new artificial transcription factor based on engrailed homeodomain

    • 著者名/発表者名
      角南智子、河野秀俊
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌)
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26330339
  • [学会発表] CENP-A ヌクレオソームにおける動的なDNA構造とその制御機構

    • 著者名/発表者名
      Arimura, Y., Osakabe, A., Shirayama, K., Takeda, Y., Miya, Y., Tachiwana, H., Kono, H. & Kurumizaka, H.
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場、神戸
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] DISSOCIATION FREE-ENERGY PROFILES OF SPECIFIC AND NON-SPECIFIC DNA-LACREPRESSOR COMPLEXES:ADAPTIVE BIASINGFORCE MOLECULAR DYNAMICS STUDY

    • 著者名/発表者名
      Kono, H. & Yonetani, Y.
    • 学会等名
      Biophysical Society 58th Annual Meeting
    • 発表場所
      San Francisco、米国
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] 生体分子MDの間違い探し

    • 著者名/発表者名
      櫻庭俊、河野秀俊
    • 学会等名
      第28回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      市民会館(仙台)
    • 年月日
      2014-11-12 – 2014-11-14
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Understanding Protein-DNA Recognition by Structural Bioinformatics and Molecular Dynamics Simulation

    • 著者名/発表者名
      Kono, H.
    • 学会等名
      Second BMIRC International Symposium on Advances in Bioinformatics and Medical Engineering
    • 発表場所
      Center of Iizuka Research and Development, Iizuka, Fukuoka
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] 立体構造から探るタンパク質-DNA 認識機構

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      2013 年年会生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      タワーホール船堀、東京
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • [学会発表] Adaptive lambda square dynamics simulation: an efficient conformational sampling method for biomolecules

    • 著者名/発表者名
      Ikebe, J., Sakuraba, S. & Kono, H.
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      京都国際会館、京都
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25116003
  • 1.  胡桃坂 仁志 (80300870)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 6件
  • 2.  木村 宏 (30241392)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 3.  小布施 力史 (00273855)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  原口 徳子 (20359079)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 5.  米田 悦啓 (80191667)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 6.  徳永 万喜洋 (00192659)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 7.  斉藤 典子 (40398235)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 8.  大川 恭行 (80448430)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 9.  原田 昌彦 (70218642)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 10.  皿井 明倫 (20221286)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 2件
  • 11.  松本 淳 (10399420)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 12.  角南 智子 (50554648)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 6件
  • 13.  中村 春木 (80134485)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 14.  神谷 成敏 (80420462)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 15.  笠原 浩太 (90634965)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 16.  緒方 一博 (90260330)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 17.  KIM Thi Phuong Oanh (90370387)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 18.  中川 洋 (20379598)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 19.  米谷 佳晃 (80399419)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 20.  藤井 聡 (40452825)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 21.  杉山 正明 (10253395)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 22.  リ ツェンハイ
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 5件
  • 23.  飯田 緑
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 24.  斎藤 稔
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 25.  森井 尚之
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 26.  GROMIHA Mich
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 27.  肥後 順一
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 28.  片岡 幹雄
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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