岩切淳一 IWAKIRI JUNICHI

研究者番号	40770160
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2019年度 – 2025年度: 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教 2018年度: 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任助教 2016年度 – 2017年度: 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任研究員
審査区分/研究分野	研究代表者小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生命・健康・医療情報学研究代表者以外中区分62:応用情報学およびその関連分野 / 応用情報学およびその関連分野
キーワード	研究代表者 RNA-seq / CLIP-seq / 長鎖非コードRNA / lncRNA / アーカイブデータ / 公共データベース / 反復配列 / 細胞内局在 / poly-A化 / 組織特異性 … もっと見る / RNA－タンパク質相互作用 / RNAーRNA相互作用 / 難抽出性RNA / リードスルー転写産物 / lncRNAの機能 / 機械学習 / RNA-タンパク質相互作用 / long non-coding RNA / 2次構造 / 核内構造体 / RNA-RNA相互作用 / 長鎖ノンコーディングRNA … もっと見る研究代表者以外 RNA / 構造予測 / RNAクロマチン相互作用 / ランダムフォレスト / 相互作用 / トランスポゾン / 長鎖ノンコーディングRNA / クロマチン / オミクスデータ / RNA-DNA相互作用 / リピート要素 / 分子間相互作用 / R-loop / lncRNA / ノンコーディングRNA 隠す

ハイスループット構造データを活用した深層学習による階層型RNA立体構造予測
- 研究代表者
  
  佐藤健吾
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2028
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分62:応用情報学およびその関連分野
- 研究機関
  東京科学大学
公共データベースに埋もれた反復配列由来RNAの探索研究代表者
- 研究代表者
  
  岩切淳一
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東京大学
アーカイブデータの大規模解析による長鎖非コードRNA機能解析のための情報基盤構築研究代表者
- 研究代表者
  
  岩切淳一
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東京大学
RNA-クロマチン相互作用予測と応用
- 研究代表者
  
  浜田道昭
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2022
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 研究分野
  
  応用情報学およびその関連分野
- 研究機関
  早稲田大学
lncRNAを中心とした生体分子間相互作用ネットワークの予測と機能推定法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  岩切淳一
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2019
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  東京大学

すべて 2024 2022 2021 2020 2019 2018 2017 2016

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology Vol.22018
- 著者名/発表者名
  Junichi Iwakiri, Kiyoshi Asai
- 総ページ数
  3284
- 出版者
  Elsevier
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143
[雑誌論文] Genomic screening of fish‐specific genes in gnathostomes and their functions in fin development2024
- 著者名/発表者名
  Kudoh Hidehiro、Yonei‐Tamura Sayuri、Abe Gembu、Iwakiri Junichi、Uesaka Masahiro、Makino Takashi、Tamura Koji
- 雑誌名
  
  Development, Growth & Differentiation
  
  巻: 66 号: 3 ページ: 235-247
- DOI
  10.1111/dgd.12918
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15133, KAKENHI-PROJECT-22K06232, KAKENHI-PROJECT-21K19202, KAKENHI-PROJECT-22KJ0186, KAKENHI-PUBLICLY-21H05768, KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-23K23890, KAKENHI-PROJECT-23K28183
[雑誌論文] Remarkable improvement in detection of readthrough downstream-of-gene transcripts by semi-extractable RNA-sequencing2022
- 著者名/発表者名
  Iwakiri Junichi、Tanaka Kumiko、Chujo Takeshi、Takakuwa Hiro、Yamazaki Tomohiro、Terai Goro、Asai Kiyoshi、Hirose Tetsuro
- 雑誌名
  
  RNA
  
  巻: 29 号: 2 ページ: 170-177
- DOI
  10.1261/rna.079469.122
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K19293, KAKENHI-PLANNED-21H05276, KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-20H00448, KAKENHI-PROJECT-20K12041, KAKENHI-PUBLICLY-21H00253, KAKENHI-PROJECT-23K23809
[雑誌論文] Extended ensemble simulations of a SARS-CoV-2 nsp1-5'-UTR complex2022
- 著者名/発表者名
  *Shun Sakuraba, Qilin Xie, Kota Kasahara, Junichi Iwakiri, Hidetoshi Kono
- 雑誌名
  
  PLoS Computational Biology
  
  巻: 18 号: 1 ページ: 1-21
- DOI
  10.1371/journal.pcbi.1009804
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K12069, KAKENHI-PROJECT-20K12041
[雑誌論文] m6A modification of HSATIII lncRNAs regulates temperature‐dependent splicing2021
- 著者名/発表者名
  Ninomiya Kensuke、Iwakiri Junichi、Aly Mahmoud Khamis、Sakaguchi Yuriko、Adachi Shungo、Natsume Tohru、Terai Goro、Asai Kiyoshi、Suzuki Tsutomu、Hirose Tetsuro
- 雑誌名
  
  The EMBO Journal
  
  巻: 40 号: 15
- DOI
  10.15252/embj.2021107976
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06478, KAKENHI-PUBLICLY-20H05377, KAKENHI-PLANNED-21H05276, KAKENHI-PROJECT-20H00448, KAKENHI-PROJECT-20K12041, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-18H05272
[雑誌論文] Free-Energy Calculation of Ribonucleic Inosines and Its Application to Nearest-Neighbor Parameters2020
- 著者名/発表者名
  Sakuraba Shun、Iwakiri Junichi、Hamada Michiaki、Kameda Tomoshi、Tsuji Genichiro、Kimura Yasuaki、Abe Hiroshi、Asai Kiyoshi
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 16 号: 9 ページ: 5923-5935
- DOI
  10.1021/acs.jctc.0c00270
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K12041, KAKENHI-PUBLICLY-19H05410, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Finding the Direct Optimal RNA Barrier Energy and Improving Pathways with an Arbitrary Energy Model2020
- 著者名/発表者名
  Hiroki Takizawa, Junichi Iwakiri, Goro Terai and Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 36 号: Supplement_1 ページ: i227-i235
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btaa469
- 説明
  in press
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-20K12041
[雑誌論文] MeCP2 Levels Regulate the 3D Structure of Heterochromatic Foci in Mouse Neurons2020
- 著者名/発表者名
  Ito-Ishida Aya、Baker Steven A.、Sillitoe Roy V.、Sun Yaling、Zhou Jian、Ono Yukiteru、Iwakiri Junichi、Yuzaki Michisuke、Zoghbi Huda Y.
- 雑誌名
  
  The Journal of Neuroscience
  
  巻: 40 号: 45 ページ: 8746-8766
- DOI
  10.1523/jneurosci.1281-19.2020
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K12041, KAKENHI-PUBLICLY-20H05071, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-20H05628
[雑誌論文] RintC: fast and accuracy-aware decomposition of distributions of RNA secondary structures with extended logsumexp2020
- 著者名/発表者名
  Hiroki Takizawa, Junichi Iwakiri, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 21 号: 1 ページ: 210-210
- DOI
  10.1186/s12859-020-3535-5
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02484, KAKENHI-PROJECT-20K12041, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] reactIDR: evaluation of the statistical reproducibility of high-throughput structural analyses towards a robust RNA structure prediction2019
- 著者名/発表者名
  Kawaguchi Risa、Kiryu Hisanori、Iwakiri Junichi、Sese Jun
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 20 号: 3 ページ: 130-130
- DOI
  10.1186/s12859-019-2645-4
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143, KAKENHI-PROJECT-15H05713, KAKENHI-PROJECT-17J01882, KAKENHI-PUBLICLY-16H01532, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-17K00398
[雑誌論文] LncRRIsearch: a web server for lncRNA-RNA interaction prediction integrated with tissue-specific expression and subcellular localization data2019
- 著者名/発表者名
  Tsukasa Fukunaga, Junichi Iwakiri, Yukiteru Ono and Michiaki Hamada
- 雑誌名
  
  Front. Genet.
  
  巻: - ページ: 462-462
- DOI
  10.3389/fgene.2019.00462
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K20032, KAKENHI-PROJECT-16K16143, KAKENHI-PUBLICLY-17H05605, KAKENHI-PROJECT-16H05879, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] LncRNA ‐dependent nuclear stress bodies promote intron retention through SR protein phosphorylation2019
- 著者名/発表者名
  Ninomiya Kensuke、Adachi Shungo、Natsume Tohru、Iwakiri Junichi、Terai Goro、Asai Kiyoshi、Hirose Tetsuro
- 雑誌名
  
  The EMBO Journal
  
  巻: 39 号: 3
- DOI
  10.15252/embj.2019102729
- NAID
  120006876293
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06478, KAKENHI-PROJECT-19K22374, KAKENHI-PROJECT-17H03630, KAKENHI-PROJECT-16K16143, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Capturing alternative secondary structures of RNA by decomposition of base-pairing probabilities2018
- 著者名/発表者名
  Hagio Taichi、Sakuraba Shun、Iwakiri Junichi、Mori Ryota、Asai Kiyoshi
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 19 号: Suppl 1 ページ: 38-38
- DOI
  10.1186/s12859-018-2018-4
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143, KAKENHI-PROJECT-16K17778, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-16H02484
[雑誌論文] Identification of Transposable Elements Contributing to Tissue-Specific Expression of Long Non-Coding RNAs2018
- 著者名/発表者名
  Chishima Takafumi、Iwakiri Junichi、Hamada Michiaki
- 雑誌名
  
  Genes
  
  巻: 9 号: 1 ページ: 23-23
- DOI
  10.3390/genes9010023
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-16H02484, KAKENHI-PROJECT-16H05879
[雑誌論文] Computational prediction of lncRNA-mRNA interactions by integrating tissue specificity in human transcriptome2017
- 著者名/発表者名
  Iwakiri Junichi、Terai Goro、Hamada Michiaki
- 雑誌名
  
  Biology Direct
  
  巻: 12 号: 1 ページ: 15-15
- DOI
  10.1186/s13062-017-0183-4
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143, KAKENHI-PROJECT-16H02484, KAKENHI-PROJECT-16H05879, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] 長鎖ノンコーディングRNAのためのバイオインフォマティクス2016
- 著者名/発表者名
  岩切淳一、浜田道昭
- 雑誌名
  
  生物物理
  
  巻: 56 号: 4 ページ: 217-220
- DOI
  10.2142/biophys.56.217
- NAID
  130005165637
- ISSN
  0582-4052, 1347-4219
- 言語
  日本語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143
[学会発表] Combinations of repeat sequences in HSATIII lncRNAs dictate nSB subclasses2022
- 著者名/発表者名
  Manami Kakuno , Kensuke Ninomiya, Junichi Iwakiri, Kiyoshi Asai, Tetsuro Hirose
- 学会等名
  第23回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K12041
[学会発表] 大規模RNA-seqデータ解析とRNA分子間相互作用2022
- 著者名/発表者名
  岩切淳一
- 学会等名
  RNAインフォマティクス道場2022
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K12041
[学会発表] Computational analysis pipeline for recent RNA-seq methods involving induced-substitutions2019
- 著者名/発表者名
  Junichi Iwakiri, Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai
- 学会等名
  FRONTIERS OF GENOME SCIENCE: The International symposium organized by “Platform for Advanced Genome Science”
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143
[学会発表] 核内ストレス体による２つのスプライシング制御機構2019
- 著者名/発表者名
  二宮賢介， Mahmoud Khamis Aly，坂口裕理子，足達俊吾，夏目徹，岩切淳一，寺井悟朗，浅井潔，鈴木勉，廣瀬哲郎
- 学会等名
  第 21 回日本 RNA 学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143
[学会発表] Synthesis of mRNA with site-specific N6-methyladenosine and its translation efficiency2018
- 著者名/発表者名
  Akihiro Imaeda, Ryota Oikawa, Kiyoshi Asai, Junichi Iwakiri, Shun Sakuraba, Naoko Abe, Fumiaki Tomoike, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe
- 学会等名
  ISNAC2018
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143
[学会発表] 先進的RNA-seqのデータ解析を改善するマッピングパラメータ学習2018
- 著者名/発表者名
  岩切淳一，Martin C. Frith，浜田道昭，浅井潔
- 学会等名
  第20回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143
[学会発表] 核内ストレス体によるストレス回復期のスプライシング制御2018
- 著者名/発表者名
  二宮賢介，足達俊吾，夏目徹，岩切淳一，寺井悟朗，浅井潔，廣瀬哲郎
- 学会等名
  第20回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143
[学会発表] N6-アルキルアデノシンの導入位置を制御したmRNAの合成とその翻訳能2018
- 著者名/発表者名
  今枝昭裕，笈川涼太，浅井潔，岩切淳一，桜庭俊，阿部奈保子，友池史明，木村康明，阿部洋
- 学会等名
  第20回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143
[学会発表] Estimation of mapping parameters for PAR-CLIP data using LAST-TRAIN2017
- 著者名/発表者名
  Mei Takeda, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada
- 学会等名
  第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143
[学会発表] ヒトlncRNA-RNAの網羅的相互作用予測及びデータベースの構築2017
- 著者名/発表者名
  福永津嵩，岩切淳一，小野幸輝，浜田道昭
- 学会等名
  第五回NGS現場の会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143
[学会発表] lncRNA-mRNAの網羅的相互作用予測へ向けた高速なRNA-RNA相互作用予測ソフトウェアRIblastの開発2017
- 著者名/発表者名
  福永津嵩、岩切淳一、小野幸輝、浜田道昭
- 学会等名
  第19回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143
[学会発表] lncRNAの組織特異的な発現に関与するTransposable Elementの同定2017
- 著者名/発表者名
  千島崇史，岩切淳一，浜田道昭
- 学会等名
  第19回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143
[学会発表] Identification of Transposable Elements which contribute to tissue specific expression of lncRNAs2017
- 著者名/発表者名
  Takafumi Chishima, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada
- 学会等名
  第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143
[学会発表] Computational prediction of lncRNA-mRNA interactions by integrating tissue-specificity of human transcripts2016
- 著者名/発表者名
  Junichi Iwakiri, Goro Terai, Michiaki Hamada
- 学会等名
  RNA 2016: The 21st Annual Meeting of the RNA Society
- 発表場所
  Kyoto International Conference Center
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143
[学会発表] Improved accuracy in RNA-protein rigid body docking by incorporating force field for molecular dynamics simulation into the scoring function2016
- 著者名/発表者名
  Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda
- 学会等名
  RNA 2016: The 21st Annual Meeting of the RNA Society
- 発表場所
  Kyoto International Conference Center
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143
[学会発表] Investigation of evolutionarily conserved NEAT1-NEAT1 interactions2016
- 著者名/発表者名
  Wataru Okada, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada
- 学会等名
  RNA 2016: The 21st Annual Meeting of the RNA Society
- 発表場所
  Kyoto International Conference Center
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143

1. 浜田道昭 (00596538)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
2. 佐藤健吾 (20365472)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 近藤次郎 (10546576)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 浅井潔

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
5. 上坂将弘

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
6. 二宮賢介

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
7. 広瀬哲郎

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
8. 笠原浩太

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

岩切 淳一 IWAKIRI JUNICHI

研究課題

研究成果

共同研究者

ハイスループット構造データを活用した深層学習による階層型RNA立体構造予測

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

公共データベースに埋もれた反復配列由来RNAの探索研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

アーカイブデータの大規模解析による長鎖非コードRNA機能解析のための情報基盤構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

RNA-クロマチン相互作用予測と応用

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

lncRNAを中心とした生体分子間相互作用ネットワークの予測と機能推定法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology Vol.22018

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[雑誌論文] Genomic screening of fish‐specific genes in gnathostomes and their functions in fin development2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Remarkable improvement in detection of readthrough downstream-of-gene transcripts by semi-extractable RNA-sequencing2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Extended ensemble simulations of a SARS-CoV-2 nsp1-5'-UTR complex2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] m6A modification of HSATIII lncRNAs regulates temperature‐dependent splicing2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Free-Energy Calculation of Ribonucleic Inosines and Its Application to Nearest-Neighbor Parameters2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Finding the Direct Optimal RNA Barrier Energy and Improving Pathways with an Arbitrary Energy Model2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

説明

データソース

[雑誌論文] MeCP2 Levels Regulate the 3D Structure of Heterochromatic Foci in Mouse Neurons2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] RintC: fast and accuracy-aware decomposition of distributions of RNA secondary structures with extended logsumexp2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

岩切淳一 IWAKIRI JUNICHI