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浜田 道昭  HAMADA MICHIAKI

研究者番号 00596538
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0001-9466-1034
所属 (現在) 2020年度: 早稲田大学, 理工学術院, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2016年度 – 2020年度: 早稲田大学, 理工学術院, 教授
2013年度 – 2016年度: 早稲田大学, 理工学術院, 准教授
2013年度: 東京大学, 新領域創成科学研究科, 特任准教授
2012年度: 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 特任准教授
審査区分/研究分野
研究代表者
生命・健康・医療情報学 / 生体生命情報学 / 応用情報学およびその関連分野 / 生物系 / 中区分62:応用情報学およびその関連分野
研究代表者以外
生命・健康・医療情報学 / システムゲノム科学 / 複雑系疾病論 / 中区分63:環境解析評価およびその関連分野
キーワード
研究代表者
lncRNA / RNA / 機械学習 / 隠れマルコフモデル / 長鎖ノンコーディングRNA / トランスポゾン / lncRNA-RNA相互作用 / クロマチン / 2次構造予測 / 修飾塩基 … もっと見る / 学習モデル / 確率モデル / 半教師有り学習 / 2次構造 / 半教師有学習 / 2次構造予測 / 機能性RNA / 分子シミュレーション / 2次構造 / プライバシー保護 / 化合物検索 / アラインメント / PPDM / 配列アラインメント / 準同型暗号 / プライバシー / ゲノム / 化合物 / 暗号 / データベース検索 / 配列検索 / 機能エレメント / 深層学習 / 機能推定 / リボソーム / m6A / 大規模実験情報 / 進化 / RNA-DNA相互作用 / RNAクロマチン相互作用 / バイオインフォマティクス / ヒストンバリアント / クロマチン状態 / エピジェネティクス / ヒストン修飾 / リピート要素 / RNA結合タンパク質 … もっと見る
研究代表者以外
RNA2次構造 / RNA2次構造 / RNA-タンパク質相互作用 / ドッキング計算 / RNAタンパク質相互作用 / RNA・タンパク質相互作用 / RNA立体構造 / 次世代DNAシーケンサー / RNA-seq / ChIP-seq / de novo配列決定 / 個人ゲノム / リシーケンシング / GWAS / インフォームドコンセント / 次世代DNAシーケンサ / 修飾塩基 / エヒトランスプリクトーム / バイオインフォマティクス / 分子動力学 / エネルギーパラメタ / RNA2次構造 / エピトランスクリプトーム / エピとランスクリプトーム解析 / エピトランスクリプトーム解析 / RNA / ネットワーク / 環境医科学 / 環境脳科学 / トランスレーショナルリサーチ 隠す
  • 研究課題

    (11件)
  • 研究成果

    (75件)
  • 共同研究者

    (87人)
  •  リピート要素のde novo発見に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明研究代表者継続中

    • 研究代表者
      浜田 道昭
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 審査区分
      中区分62:応用情報学およびその関連分野
    • 研究機関
      早稲田大学
  •  発達期ダイオキシンと老年期の高次認知機能低下の関係性解明継続中

    • 研究代表者
      掛山 正心
    • 研究期間 (年度)
      2019 – 2021
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 審査区分
      中区分63:環境解析評価およびその関連分野
    • 研究機関
      早稲田大学
  •  ceRNAネットワーク構造の解読を基盤とした、全く新しい抗がん剤開発戦略の開発継続中

    • 研究代表者
      秋光 信佳
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2020
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      複雑系疾病論
    • 研究機関
      東京大学
  •  RNA-クロマチン相互作用予測と応用研究代表者継続中

    • 研究代表者
      浜田 道昭
    • 研究期間 (年度)
      2017 – 2019
    • 研究種目
      挑戦的研究(萌芽)
    • 研究分野
      応用情報学およびその関連分野
    • 研究機関
      早稲田大学
  •  エピトランスクリプトーム解析のためのRNAインフォマティクス基盤技術継続中

    • 研究代表者
      浅井 潔
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 研究分野
      システムゲノム科学
    • 研究機関
      東京大学
  •  機能エレメントと深層学習に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能分類研究代表者継続中

    • 研究代表者
      浜田 道昭
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2019
    • 研究種目
      若手研究(A)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      早稲田大学
  •  ヒストンバリアントに基づくクロマチンの機能の推定研究代表者

    • 研究代表者
      浜田 道昭
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2017
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      早稲田大学
  •  RNA・タンパク質相互作用の網羅的予測と検証

    • 研究代表者
      浅井 潔
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2015
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      東京大学
  •  プライバシー保護バイオインフォマティクス基盤技術の開発と応用研究代表者

    • 研究代表者
      浜田 道昭
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2015
    • 研究種目
      挑戦的萌芽研究
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      早稲田大学
      東京大学
  •  修飾・編集RNAの構造予測手法の研究開発研究代表者

    • 研究代表者
      浜田 道昭
    • 研究期間 (年度)
      2012 – 2015
    • 研究種目
      若手研究(A)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      早稲田大学
      東京大学
  •  ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援

    • 研究代表者
      小原 雄治
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2015
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 研究機関
      国立遺伝学研究所

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すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] よくわかるバイオインフォマティクス入門2018

    • 著者名/発表者名
      藤 博幸、岩部 直之、川端 猛、浜田 道昭、門田 幸二、須山 幹太、光山 統泰、黒川 顕、森 宙史、東 光一、吉沢 明康、片山 俊明
    • 総ページ数
      208
    • 出版者
      講談社
    • ISBN
      4065138213
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K20032
  • [図書] よくわかるバイオインフォマティクス入門2018

    • 著者名/発表者名
      藤 博幸、岩部 直之、川端 猛、浜田 道昭、門田 幸二、須山 幹太、光山 統泰、黒川 顕、森 宙史、東 光一、吉沢 明康、片山 俊明
    • 総ページ数
      208
    • 出版者
      講談社
    • ISBN
      4065138213
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-16H01318
  • [図書] よくわかるバイオインフォマティクス入門2018

    • 著者名/発表者名
      藤 博幸、岩部 直之、川端 猛、浜田 道昭、門田 幸二、須山 幹太、光山 統泰、黒川 顕、森 宙史、東 光一、吉沢 明康、片山 俊明
    • 総ページ数
      208
    • 出版者
      講談社
    • ISBN
      4065138213
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H05879
  • [図書] 生命情報処理における機械学習2016

    • 著者名/発表者名
      瀬々潤、浜田道昭
    • 総ページ数
      130
    • 出版者
      講談社
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24680031
  • [図書] 生命情報処理における機械学習2016

    • 著者名/発表者名
      瀬々潤、浜田道昭
    • 出版者
      講談社
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25540131
  • [図書] 生命情報処理における機械学習~多重検定と推定量設計~2015

    • 著者名/発表者名
      瀬々潤、浜田道昭
    • 総ページ数
      192
    • 出版者
      講談社サイエンティフィック
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [図書] RNA structural alignments, part II: non-Sankoff approaches for structural alignments N.J.: Clifton, RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods, Methods in molecular biology.2014

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
    • 総ページ数
      11
    • 出版者
      Springer
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [雑誌論文] Computational approaches for alternative and transient secondary structures of ribonucleic acids2019

    • 著者名/発表者名
      Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
    • 雑誌名

      Briefings in Functional Genomics

      巻: -

    • DOI

      10.1093/bfgp/ely042

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K20032, KAKENHI-PUBLICLY-16H01318, KAKENHI-PROJECT-16H05879
  • [雑誌論文] LncRRIsearch: a web server for lncRNA-RNA interaction prediction integrated with tissue-specific expression and subcellular localization data2019

    • 著者名/発表者名
      Tsukasa Fukunaga, Junichi Iwakiri, Yukiteru Ono and Michiaki Hamada
    • 雑誌名

      Front. Genet.

      巻: -

    • DOI

      10.3389/fgene.2019.00462

    • 査読あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K20032
  • [雑誌論文] Full Access A Novel Method for Assessing the Statistical Significance of RNA-RNA Interactions Between Two Long RNAs2018

    • 著者名/発表者名
      Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology

      巻: 25 ページ: 976-986

    • DOI

      10.1089/cmb.2017.0260

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-16H01318, KAKENHI-PUBLICLY-17H05605, KAKENHI-PROJECT-16H05879
  • [雑誌論文] Identifying sequence features that drive ribosomal association for lncRNA2018

    • 著者名/発表者名
      Zeng Chao、Hamada Michiaki
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 19 ページ: 906-906

    • DOI

      10.1186/s12864-018-5275-8

    • 査読あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H05879
  • [雑誌論文] Identification of Transposable Elements Contributing to Tissue-Specific Expression of Long Non-Coding RNAs2018

    • 著者名/発表者名
      Chishima Takafumi、Iwakiri Junichi、Hamada Michiaki
    • 雑誌名

      Genes

      巻: 9 号: 1 ページ: 23-23

    • DOI

      10.3390/genes9010023

    • 査読あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K16143, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-16H02484, KAKENHI-PROJECT-16H05879
  • [雑誌論文] Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data2018

    • 著者名/発表者名
      Nishida Shimpei、Sakuraba Shun、Asai Kiyoshi、Hamada Michiaki
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: -

    • DOI

      10.1109/tcbb.2018.2813388

    • 説明
      in press
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-16H05879
  • [雑誌論文] DeepM6ASeq: prediction and characterization of m6A-containing sequences using deep learning2018

    • 著者名/発表者名
      Zhang Yiqian、Hamada Michiaki
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 19 ページ: 524-524

    • DOI

      10.1186/s12859-018-2516-4

    • 査読あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H05879
  • [雑誌論文] Computational prediction of lncRNA-mRNA interactions by integrating tissue specificity in human transcriptome2017

    • 著者名/発表者名
      Iwakiri Junichi、Terai Goro、Hamada Michiaki
    • 雑誌名

      Biology Direct

      巻: 12 ページ: 15-15

    • DOI

      10.1186/s13062-017-0183-4

    • 査読あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K16143, KAKENHI-PROJECT-16H02484, KAKENHI-PROJECT-16H05879, KAKENHI-PROJECT-16H06279
  • [雑誌論文] RIblast: an ultrafast RNA-RNA interaction prediction system based on a seed-and-extension approach2017

    • 著者名/発表者名
      Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 33 ページ: 2666-2674

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btx287

    • 査読あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H05879, KAKENHI-PROJECT-16J00129
  • [雑誌論文] Training alignment parameters for arbitrary sequencers with LAST-TRAIN2017

    • 著者名/発表者名
      Hamada M, Ono Y, Asai K, Frith MC
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 33 号: 6 ページ: 926-928

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btw742

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセスとしている / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26700030, KAKENHI-PROJECT-16H02484, KAKENHI-PROJECT-16H06279
  • [雑誌論文] Beyond similarity assessment: selecting the optimal model for sequence alignment via the Factorized Asymptotic Bayesian algorithm2017

    • 著者名/発表者名
      Takeda Taikai、Hamada Michiaki
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 34 ページ: 576-584

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btx643

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H05879
  • [雑誌論文] Comprehensive prediction of lncRNA-RNA interactions in human transcriptome2016

    • 著者名/発表者名
      Goro Terai#, Junichi Iwakiri#, Tomoshi Kameda, Michiaki Hamada*, Kiyoshi Asai*
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 17 ページ: 12-12

    • DOI

      10.1186/s12864-015-2307-5

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [雑誌論文] 長鎖ノンコーディングRNAのためのバイオインフォマティクス2016

    • 著者名/発表者名
      岩切淳一、浜田道昭
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 未定

    • NAID

      130005165637

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24680031
  • [雑誌論文] Bioinformatics tools for lncRNA research2016

    • 著者名/発表者名
      Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms

      巻: 1859(1) ページ: 23-30

    • DOI

      10.1016/j.bbagrm.2015.07.014

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-221S0002, KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [雑誌論文] Improved Accuracy in RNA-Protein Rigid Body Docking by Incorporating Force Field for Molecular Dynamics Simulation into the Scoring Function2016

    • 著者名/発表者名
      Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, and Tomoshi Kameda
    • 雑誌名

      J. Chem Theory Comput.

      巻: 12(9) 号: 9 ページ: 4688-4697

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.6b00254

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044, KAKENHI-PROJECT-16H06279
  • [雑誌論文] Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences2016

    • 著者名/発表者名
      Hamada Michiaki, Ono Yukiteru, Kiryu Hisanori, Sato Kengo, Kato Yuki, Fukunaga Tsukasa, Mori Ryota, Asai Kiyosh
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 44

    • DOI

      10.1093/nar/gkw337

    • NAID

      120006346257

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセスとしている / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13J06668, KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-25240044, KAKENHI-PROJECT-25330348, KAKENHI-PROJECT-25870190, KAKENHI-PROJECT-15K00401, KAKENHI-PROJECT-16H06279
  • [雑誌論文] Privacy-preserving search for chemical compound databases2015

    • 著者名/発表者名
      Kana Shimizu, Koji Nuida, Hiromi Arai, Shigeo Mitsunari, Nuttapong Attrapadung, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Jun Sakuma, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 16(Suppl 18):S6 ページ: 1-14

    • DOI

      10.1186/1471-2105-16-s18-s6

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24106010, KAKENHI-PROJECT-25540131
  • [雑誌論文] A semi-supervised learning approach for RNA secondary structure prediction.2015

    • 著者名/発表者名
      Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
    • 雑誌名

      Computational biology and chemistry

      巻: 未定 ページ: 72-79

    • DOI

      10.1016/j.compbiolchem.2015.02.002

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-221S0002, KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [雑誌論文] Learning chromatin states with factorized information criteria.2015

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Ryohei Fujimaki, Kiyoshi Asai
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 未定 ページ: 2426-2433

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btv163

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] Fighting against uncertainty: An essential issue in bioinformatics2014

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada
    • 雑誌名

      Briefings in Bionformatics

      巻: 未定

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24680031
  • [雑誌論文] Efficient calculation of exact probability distributions of integer features on RNA secondary structures2014

    • 著者名/発表者名
      Mori R, Hamada M, Asai K
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 15

    • DOI

      10.1186/1471-2164-15-s10-s6

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13J06668, KAKENHI-PROJECT-221S0002, KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [雑誌論文] Reference-free prediction of rearrangement breakpoint reads2014

    • 著者名/発表者名
      Edward Wijaya, Kana Shimizu, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 30(18) ページ: 2559-2567

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btu360

    • 査読あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540159, KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] PBSIM: PacBio reads simulator--toward accurate genome assembly2013

    • 著者名/発表者名
      Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 29 ページ: 119-121

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24680031
  • [雑誌論文] Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada2013

    • 著者名/発表者名
      Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
    • 雑誌名

      Int. J. Mol. Sci.

      巻: 14 ページ: 6144-6156

    • DOI

      10.3390/ijms14036144

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-25240044, KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] Draft assembly of the Symbiodinium minutum nuclear genome reveals dinoflagellate gene structure.2013

    • 著者名/発表者名
      Shoguchi1, E., Shinzato, C., Kawashima, T., Gyoja, F., et al.
    • 雑誌名

      Curr Biol.

      巻: 23 ページ: 1399-1408

    • DOI

      10.1016/j.cub.2013.05.062

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24241071, KAKENHI-PUBLICLY-25128712, KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] Analysis of base-pairing probabilities of RNA molecules involved in protein RNA interactions2013

    • 著者名/発表者名
      Junichi Iwakiri, Tomoshi Kameda, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 29 ページ: 2524-2528

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btt453

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-25240044, KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] PBSIM: PacBio reads simulator--toward accurate genome assembly2013

    • 著者名/発表者名
      Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 29 ページ: 119-121

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/bts649

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] A classification of bioinformatics algorithms from the viewpoint of maximizing expected accuracy (MEA).2012

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai
    • 雑誌名

      J. Comput Biol

      巻: 19 ページ: 532-549

    • DOI

      10.1089/cmb.2011.0197

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] Direct updating of an RNA base-pairing probability matrix with marginal probability constraints2012

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology

      巻: 19 ページ: 1265-1276

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24680031
  • [雑誌論文] Probabilistic alignments with quality scores : an application to short-read mapping toward accurate SNP/indel detection2011

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada, Edward Wijaya, Martin C Frith, Kiyoshi Asai
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 27 ページ: 3085-3092

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btr537

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] Generalized centroid estimators in bioinformatics2011

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu, Wataru Iwasaki, Kiyoshi Asai
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 6

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] Improving the accuracy of predicting secondary structure for aligned RNA sequences2011

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada, Kengo Sato, Kiyoshi Asai
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 39 ページ: 393-402

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] Prediction of RNA secondary structure by maximizing pseudo-expected accuracy2010

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada, Kengo Sato, Kiyoshi Asai
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 11 ページ: 586-586

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [学会発表] 生命科学と情報科学をつなぐバイオインフォマティクス研究2018

    • 著者名/発表者名
      浜田道昭
    • 学会等名
      日本材料科学会 平成30年度学術講演大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K20032
  • [学会発表] Subcellular localization of lncRNAs is affected by Transposable Element (TE) derived sequences inside lncRNAs2018

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Chishima and Michiaki Hamada
    • 学会等名
      The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H05879
  • [学会発表] Analysis of histone modifications using latent feature models2017

    • 著者名/発表者名
      Yuki Takeda and Michiaki Hamada
    • 学会等名
      第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017)
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-16H01318
  • [学会発表] 長鎖ノンコーディングRNA の機能の解明に向けたバイオインフォマティクス技術2017

    • 著者名/発表者名
      浜田道昭
    • 学会等名
      EWE 三月会 11 月例会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H05879
  • [学会発表] 隠れ特徴モデル(LFM)によるヒストン修飾解析2017

    • 著者名/発表者名
      武田 悠希, 浜田 道昭
    • 学会等名
      東京バイオインフォマティクスミーティング
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-16H01318
  • [学会発表] Identification of Transposable Elements which contribute to tissue specific expression of lncRNAs2017

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Chishima, Junichi Iwakiri and Michiaki Hamada
    • 学会等名
      第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2017)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H05879
  • [学会発表] Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data2017

    • 著者名/発表者名
      Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
    • 学会等名
      The 28th International Conference on Genome Informatics GIW/BIOINFO 2017
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H02484
  • [学会発表] 生命情報科学と私2017

    • 著者名/発表者名
      浜田道昭
    • 学会等名
      第9回生命情報科学若手の会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H05879
  • [学会発表] 疾患リスクの評価へ向けた加法準同型性暗号によるプライバシー保護HMMの実装と評価2016

    • 著者名/発表者名
      三品 気吹, 浜田道昭
    • 学会等名
      情報処理学会 第108回MPS・第46回BIO合同研究発表会
    • 発表場所
      沖縄
    • 年月日
      2016-07-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25540131
  • [学会発表] Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences2016

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai
    • 学会等名
      RNA2016
    • 発表場所
      京都国際会議場
    • 年月日
      2016-06-29
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [学会発表] Comprehensive prediction of lncRNA–RNA interactions in human transcriptome2016

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada
    • 学会等名
      APBC2016
    • 発表場所
      サンフランシスコ
    • 年月日
      2016-01-12
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24680031
  • [学会発表] Improved accuracy in RNA-protein rigid body docking by incorporating force eld for molecular dynamics simulation into the scoring function2016

    • 著者名/発表者名
      unichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda
    • 学会等名
      RNA2016
    • 発表場所
      京都国際会議場
    • 年月日
      2016-06-29
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [学会発表] ヒトトランスクリプトームにおける網羅的 lncRNA-RNA 相互作用予測2015

    • 著者名/発表者名
      寺井悟朗、岩切淳一、亀田倫史、浜田道昭、浅井潔
    • 学会等名
      第17回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      札幌パークホテル
    • 年月日
      2015-07-15
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [学会発表] RNA 発現量を用いた組織特異的 lncRNA-mRNA 相互作用予測2015

    • 著者名/発表者名
      岩切淳一、寺井悟朗、亀田倫史、浅井潔 、浜田道昭
    • 学会等名
      第17回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      札幌パークホテル
    • 年月日
      2015-07-15
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [学会発表] 分子動力学計算を用いたRNA・タンパク質複合体立体構造予測2015

    • 著者名/発表者名
      由良敬、岩切淳一、浜田道昭、浅井潔、亀田倫史
    • 学会等名
      第17回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      北海道札幌市 ホテルライフォート札幌
    • 年月日
      2015-07-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [学会発表] A semi-supervised learning approach for RNA secondary structure prediction2015

    • 著者名/発表者名
      浜田道昭
    • 学会等名
      The 13-th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2015)
    • 発表場所
      台湾
    • 年月日
      2015-01-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24680031
  • [学会発表] 分子動力学計算を用いた蛋白質・RNA 複合体立体構㐀予測2015

    • 著者名/発表者名
      由良敬,岩切淳一,浜田道昭,浅井潔,亀田倫史
    • 学会等名
      第17回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      札幌パークホテル
    • 年月日
      2015-07-15
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [学会発表] 全ゲノム変異解析のためのパイプラインの構築2015

    • 著者名/発表者名
      石井 公太郎,平野 智也,風間 裕介,浜田 道昭,小野 幸輝,阿部 知子
    • 学会等名
      日本育種学会 第127回講演会
    • 発表場所
      玉川大学
    • 年月日
      2015-03-20
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [学会発表] RNA-タンパク質相互作用予測法の開発2014

    • 著者名/発表者名
      岩切淳一、亀田倫史、浅井潔、浜田道昭
    • 学会等名
      第16回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市 ウインクあいち
    • 年月日
      2014-07-23
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [学会発表] Credibility Limitは推定二次構造の定量的な信頼度を示す2014

    • 著者名/発表者名
      森僚太、浜田道昭、浅井潔
    • 学会等名
      第16回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市 ウインクあいち
    • 年月日
      2014-07-23
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [学会発表] RNA2次構造情報解析のための統合ウェブ2014

    • 著者名/発表者名
      浅井潔、浜田道昭、小野幸輝
    • 学会等名
      第16回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市 ウインクあいち
    • 年月日
      2014-07-23
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [学会発表] 分子動力学計算を用いたRNA・タンパク質複合体立体構造予測2014

    • 著者名/発表者名
      由良敬、岩切淳一、浜田道昭、浅井潔、亀田倫史
    • 学会等名
      第16回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      愛知県名古屋市 ウインクあいち
    • 年月日
      2014-07-23
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [学会発表] 2 次構造情報を基盤とした RNA バイオインフォマティクス技 術・ツールの最近の進展2013

    • 著者名/発表者名
      浜田道昭
    • 学会等名
      第15回日本RNA学会
    • 発表場所
      愛媛県、ひめぎんホール
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24680031
  • [学会発表] 次世代バイオインフォマティクス技術の研究開発2013

    • 著者名/発表者名
      浜田道昭
    • 学会等名
      医薬会セミナー
    • 発表場所
      国立国際医療研究センター、東京都
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25540131
  • [学会発表] Privacy-preserving search for a chemical compound database2013

    • 著者名/発表者名
      Kana Shimizu, Hiromi Arai, Koji Nuida, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Jun Sakuma, Takatsugu Hirokawa, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai,
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2013
    • 発表場所
      ベルリン、ドイツ
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25540131
  • [学会発表] 次世代バイオインフォマティクス技術の研究開発2013

    • 著者名/発表者名
      浜田道昭
    • 学会等名
      医薬会セミナー
    • 発表場所
      東京都、国立国際医療研究センター
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24680031
  • [学会発表] タンパク質-RNA相互作用におけるRNA2次構造認識機構:塩基対確率に基づく解析2013

    • 著者名/発表者名
      岩切 淳一,亀田 倫史,浅井 潔,浜田 道昭
    • 学会等名
      第15回日本RNA学会年会
    • 発表場所
      愛媛県・県民文化会館・ひめぎんホール
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [学会発表] Direct updating of an RNA base-pairing probability matrix with marginal Probability constraints2012

    • 著者名/発表者名
      Michiaki Hamada
    • 学会等名
      BIW02012
    • 発表場所
      産総研臨海副都心センター(東京都)
    • 年月日
      2012-11-01
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24680031
  • [学会発表] Prediction of joint RNA secondary structure by using their homologous sequence information

    • 著者名/発表者名
      Takashi Matsuda, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai
    • 学会等名
      GIW/ISCB-Asia 2014
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2014-12-15 – 2014-12-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [学会発表] 分子動力学計算を用いた蛋白質・RNA 複合体立体構造予測

    • 著者名/発表者名
      由良 敬、岩切 淳一、浜田 道昭、浅井 潔、亀田 倫史
    • 学会等名
      第16回日本RNA学会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2014-07-23 – 2014-07-25
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [学会発表] Pipeline for whole-genome analysis of heavy-ion-induced mutants

    • 著者名/発表者名
      Kotaro Ishii, Tomonari Hirano, Yusuke Kazama, Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Tomoko Abe
    • 学会等名
      International Symposium on Genome Science
    • 発表場所
      東京 一橋講堂
    • 年月日
      2015-01-20 – 2015-01-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [学会発表] 分子動力学計算を用 いた蛋白質・RNA 複合体立体構造予測

    • 著者名/発表者名
      由良 敬、岩切 淳一、浜田 道昭、浅井 潔、亀田 倫史
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [学会発表] RNA-タンパク質相互作用予測手法の開発

    • 著者名/発表者名
      岩切淳一、亀田 倫史、浅井 潔、浜田 道昭
    • 学会等名
      第16回日本RNA学会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2014-07-23 – 2014-07-25
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [学会発表] RNA2次構造情報解析のための統合ウェブ

    • 著者名/発表者名
      浅井潔、浜田道昭、小野幸輝
    • 学会等名
      第16回日本RNA学会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2014-07-23 – 2014-07-25
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • [学会発表] Credibility Limit は推定二次構造の定量的な信頼度を示す

    • 著者名/発表者名
      森 遼太、浜田 道昭、浅井 潔
    • 学会等名
      第16回日本RNA学会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2014-07-23 – 2014-07-25
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25240044
  • 1.  浅井 潔 (30356357)
    共同の研究課題数: 4件
    共同の研究成果数: 40件
  • 2.  徳永 勝士 (40163977)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 3.  桑野 良三 (20111734)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  小笠原 直毅 (10110553)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 5.  亀田 倫史 (40415774)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 13件
  • 6.  由良 敬 (50252226)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 5件
  • 7.  清水 佳奈 (60367050)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 8.  花岡 悟一郎 (30415731)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 9.  津田 宏治 (90357517)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 10.  フリス マーティン (40462832)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 11.  小原 雄治 (70135292)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 12.  加藤 和人 (10202011)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 13.  豊田 敦 (10267495)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 14.  黒木 陽子 (10344037)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 15.  菅野 純夫 (60162848)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 16.  鈴木 穣 (40323646)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 17.  林 哲也 (10173014)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 18.  山本 健 (60274528)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 19.  辻 省次 (70150612)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 20.  井ノ上 逸朗 (00192500)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 21.  黒川 顕 (20343246)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 22.  森下 真一 (90292854)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 23.  中村 保一 (60370920)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 24.  田畑 哲之 (70197549)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 25.  久原 哲 (00153320)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 26.  岩崎 渉 (50545019)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 27.  瀬々 潤 (40361539)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 28.  高橋 弘喜 (60548460)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 29.  笠原 雅弘 (60376605)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 30.  榊原 康文 (10287427)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 31.  矢田 哲士 (10322728)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 32.  山縣 然太朗 (10210337)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 33.  武藤 香織 (50345766)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 34.  位田 隆一 (40127543)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 35.  増井 徹 (50150082)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 36.  高木 利久 (30110836)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 37.  藤山 秋佐夫 (60142311)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 38.  服部 正平 (70175537)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 39.  小椋 義俊 (40363585)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 40.  大橋 順 (80301141)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 41.  伊藤 武彦 (90501106)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 42.  平川 英樹 (80372746)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 43.  野口 英樹 (50333349)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 44.  松岡 聡 (20221583)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 45.  中村 建介 (20212095)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 46.  金谷 重彦 (90224584)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 47.  石黒 亮 (70373264)
    共同の研究課題数: 1件
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  • 48.  阿部 洋 (80415067)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 49.  櫻庭 俊 (90647380)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 50.  秋光 信佳 (40294962)
    共同の研究課題数: 1件
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  • 51.  岩切 淳一 (40770160)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 52.  掛山 正心 (30353535)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 53.  久保 健一郎 (20348791)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 54.  皆川 栄子 (20726252)
    共同の研究課題数: 1件
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  • 55.  前川 文彦 (40382866)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 56.  小野口 真広 (30645297)
    共同の研究課題数: 1件
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  • 57.  福永 津嵩 (80791433)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 58.  栗山 真理子
    共同の研究課題数: 1件
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  • 59.  安西 祐一郎
    共同の研究課題数: 1件
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  • 60.  岡田 清孝
    共同の研究課題数: 1件
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  • 61.  榊 佳之
    共同の研究課題数: 1件
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  • 62.  高久 史麿
    共同の研究課題数: 1件
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  • 63.  豊島 久真男
    共同の研究課題数: 1件
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  • 64.  中村 桂子
    共同の研究課題数: 1件
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  • 65.  堀田 凱樹
    共同の研究課題数: 1件
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  • 66.  米澤 明憲
    共同の研究課題数: 1件
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  • 67.  吉川 寛
    共同の研究課題数: 1件
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  • 68.  吉田 光昭
    共同の研究課題数: 1件
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  • 69.  猪子 英俊
    共同の研究課題数: 1件
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  • 70.  戸田 達史
    共同の研究課題数: 1件
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  • 71.  稲澤 譲治
    共同の研究課題数: 1件
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  • 72.  五條掘 孝
    共同の研究課題数: 1件
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  • 73.  漆原 秀子
    共同の研究課題数: 1件
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  • 74.  武田 洋幸
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 75.  城石 俊彦
    共同の研究課題数: 1件
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  • 76.  伊藤 隆司
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 77.  佐藤 矩行
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 78.  松田 秀雄
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 79.  五斗 進
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 80.  津田 雅孝
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 81.  將口 栄一
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 82.  新里 宙也
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    共同の研究成果数: 1件
  • 83.  佐藤 健吾
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 84.  木立 尚孝
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 85.  加藤 有己
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 86.  小野 幸輝
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 87.  森 遼太
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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