山下雄史 Takefumi Yamashita

研究者番号	50615622
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 星薬科大学, 薬学部, 准教授 2025年度: 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2025年度: 星薬科大学, 薬学部, 准教授 2023年度: 星薬科大学, 薬学部, 准教授 2015年度 – 2023年度: 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授
審査区分/研究分野	研究代表者小区分32010:基礎物理化学関連 / 小区分13040:生物物理、化学物理およびソフトマターの物理関連 / 連携探索型数理科学研究代表者以外小区分52040:放射線科学関連 / 生物分子化学 / 遷移状態制御 / 物理化学
キーワード	研究代表者分子動力学シミュレーション / シミュレーション / 分子ダイナミクス / タンパク質 / 分子動力学 / マルチスケールシミュレーション / アモルファス高分子 / 細胞状態 / 形態形成 / 細胞間相互作用 … もっと見る / 領域形成 / 細胞分化 / タンパク質-タンパク質相互作用 / 深層学習 / ２次元カオス系 / データベース / 古典力学 / 抗体 / タンパク質間相互作用 / 機械学習 / 解析理論 / タンパク質-リガンド相互作用 / 構造解析 / 計算幾何 / エントロピー / 分子設計 / 生体分子 / ダイナミクス変化 / 分子シミュレーション / 時系列解析 / 計算幾何学 / 数理科学 / 分子生物学 … もっと見る研究代表者以外ドジメトリー / アスタチン-211 / アビジン / ビオチン / α線 / アイソトープ治療 / アスタチン / プレターゲティング / コンピュータシミュレーション / 分子認識 / スプライシング / タンパク質相互作用 / ヒストン / 血管内皮細胞 / オルタナティブスプライシング / パターン認識受容体 / 自然免疫 / 細胞周期 / RNAプロセッシング / ペントラキシン / ヒストン障害 / 敗血症 / 反応境界 / 化学反応動力学 / クラスター / 溶媒効果 / 化学物理 / 異性化反応 / 相空間構造 / 反応性境界 / エネルギー移動 / 機械学習 / 反応動力学 / 電子状態揺らぎ / 電荷分離 / 励起状態化学反応 / 超高縮重励起状態化学 / 超高速化学反応動力学 / 非断熱電子動力学 / 化学動力学 / 励起状態化学 / 非断熱動力学 / 超高速化学反応 / 縮重状態 / レーザー化学 / 励起状態動力学超高速化学反応 / 励起状態動力学 / 非断熱遷移 / 電子ダイナミクス / 時間領域量子化学 / プロトン移動 / 電子移動 / 非断熱化学動力学 / 電子動力学隠す

高分子アモルファスのマルチスケールシミュレーション技術の基礎理論の確立と実践研究代表者
- 研究代表者
  
  山下雄史
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2028
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分32010:基礎物理化学関連
- 研究機関
  星薬科大学
１細胞計測に基づく細胞モデルとそれに基づく形態形成の理論の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  山下雄史
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分13040:生物物理、化学物理およびソフトマターの物理関連
- 研究機関
  星薬科大学
   東京大学
標的アルファ線治療におけるプレターゲティング法の最適化と複数がん種への適応
- 研究代表者
  
  鷲山幸信
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分52040:放射線科学関連
- 研究機関
  福島県立医科大学
タンパク質界面の複雑ダイナミクスの解析：機械学習とMD計算に基づく新手法の開拓研究代表者
- 研究代表者
  
  山下雄史
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分32010:基礎物理化学関連
- 研究機関
  東京大学
制御における動的な溶媒効果の理論的解明
- 研究代表者
  
  河合信之輔
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  遷移状態制御
- 研究機関
  静岡大学
生命科学・創薬科学を指向した分子ダイナミクス分類理論の構築研究代表者
- 研究代表者
  
  山下雄史
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2019
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  連携探索型数理科学
- 研究機関
  東京大学
電荷分離，プロトン移動，電子伝達，巨大電子状態揺らぎの非断熱電子化学
- 研究代表者
  
  高塚和夫
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2019
- 研究種目
  
  基盤研究(S)
- 研究分野
  
  物理化学
- 研究機関
  京都大学
   東京大学
蛋白質相互作用におけるパターン認識のモレキュラーダイナミクス
- 研究代表者
  
  浜窪隆雄
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2017
- 研究種目
  
  基盤研究(S)
- 研究分野
  
  生物分子化学
- 研究機関
  東京大学

すべて 2022 2021 2020 2019 2018 2017 2016 2015 2013

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Effect of N343 glycosylation and N501Y mutation on the SARS-CoV-2 spike protein: Modeling and MD Simulations2022
- 著者名/発表者名
  Yamashita Takefumi、Mitsui Takashi、Sasaki Kohei、Wada Mitsuhito、Matsuura Azuma、Kamiya Nozomu
- 雑誌名
  
  AIP Conf. Proc.
  
  巻: 2611 ページ: 020008-020008
- DOI
  10.1063/5.0119713
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[雑誌論文] Singular spectrum transformation for detecting molecular motion mode change of protein systems2021
- 著者名/発表者名
  Yamashita Takefumi、Shoji Naoyuki
- 雑誌名
  
  AIP Conf. Proc.
  
  巻: 2343 ページ: 020010-020010
- DOI
  10.1063/5.0047736
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[雑誌論文] 抗体医薬品設計に IT 革命を: 理論と計算による挑戦2019
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 雑誌名
  
  月刊「細胞」(The Cell)
  
  巻: 51 ページ: 344-347
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[雑誌論文] A SNP in a Steroidogenic Enzyme Is Associated with Phenotypic Sex in Seriola Fishes2019
- 著者名/発表者名
  T. Koyama, M. Nakamoto#, K. Morishima#, R. Yamashita#, T. Yamashita#, K. Sasaki, Y. Kuruma, N. Mizuno, M. Suzuki, K. Okada, R. Ieda, T. Uchino, S. Tasumi, S. Hosoya, S. Uno, J. Koyama, A. Toyoda, K. Kikuchi, T. Sakamoto
- 雑誌名
  
  Current Biology
  
  巻: 29 号: 11 ページ: 1901-1909
- DOI
  10.1016/j.cub.2019.04.069
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752, KAKENHI-PROJECT-15KT0103, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-18H02277
[雑誌論文] Convergence in LINE-1 nucleotide variations can benefit redundantly forming triplexes with lncRNA in mammalian X-chromosome inactivation2019
- 著者名/発表者名
  Y. Matsuno, T. Yamashita, M. Wagatsuma and H. Yamakage
- 雑誌名
  
  Mobile DNA
  
  巻: 10 号: 1 ページ: 33-33
- DOI
  10.1186/s13100-019-0173-4
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[雑誌論文] 構造生物学2.0としての分子動力学シミュレーション:創薬応用への道2019
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 雑誌名
  
  月刊「細胞」(The Cell)
  
  巻: 51 ページ: 606-607
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[雑誌論文] 構造生物学2.0としての分子動力学シミュレーション：創薬応用への道2019
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 雑誌名
  
  月刊「細胞」(The Cell)
  
  巻: 51 ページ: 606-607
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[雑誌論文] Modified AMBER force-field (FUJI) parameters for sulfated and phosphorylated tyrosine residues: Development and application to CCR5-derived peptide systems2019
- 著者名/発表者名
  Yamashita Takefumi, Okajima Ryo, Miyanabe Kazuhiro, Tsumoto Kouhei
- 雑誌名
  
  AIP Conf. Proc.
  
  巻: 2186 ページ: 030013-030013
- DOI
  10.1063/1.5137924
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0050, KAKENHI-PROJECT-18K05025, KAKENHI-PROJECT-15H05752, KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[雑誌論文] 抗体医薬品設計に IT 革命を: 理論と計算による挑戦2019
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 雑誌名
  
  月刊「細胞」(The Cell)
  
  巻: 51 ページ: 344-347
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[雑誌論文] 構造生物学2.0としての分子動力学シミュレーション：創薬応用への道 Molecular Dynamics Simulations as Structural Biology 2.0: Application to Drug Design2019
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 雑誌名
  
  月刊「細胞」(The Cell)
  
  巻: 51(12) ページ: 606-607
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0050
[雑誌論文] Toward rational antibody design: recent advancements in molecular dynamics simulations2018
- 著者名/発表者名
  T. Yamashita
- 雑誌名
  
  Int. Immunol.
  
  巻: 30 号: 4 ページ: 133-140
- DOI
  10.1093/intimm/dxx077
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103, KAKENHI-PROJECT-15H05752
[雑誌論文] Liquid Structures Characterized by a Combination of the Persistent Homology Analysis and Molecular Dynamics Simulation2018
- 著者名/発表者名
  K. Sasaki, R. Okajima, and T. Yamashita
- 雑誌名
  
  AIP Conf. Proc.
  
  巻: 2040 ページ: 020014-020014
- DOI
  10.1063/1.5079057
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[雑誌論文] Tyrosine sulfation restricts the conformational ensemble of a flexible peptide, strengthening the binding affinity for an antibody2018
- 著者名/発表者名
  K. Miyanabe, T. Yamashita, Y. Abe, H. Akiba, Y. Takamatsu, M. Nakakido, T. Hamakubo, T. Ueda, JMM. Caaveiro, and K. Tsumoto
- 雑誌名
  
  Biochemistry
  
  巻: 57 号: 28 ページ: 4177-4185
- DOI
  10.1021/acs.biochem.8b00592
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103, KAKENHI-PROJECT-15H05752, KAKENHI-PROJECT-16H02420, KAKENHI-PROJECT-17H06109
[雑誌論文] Efficiency Strategy for Peptide Design: a Comparative Study on All-atom, Coarse-grained, and Machine Learning Approaches2018
- 著者名/発表者名
  T. Yamashita, R. Okajima, and N. Shoji
- 雑誌名
  
  AIP Conf. Proc.
  
  巻: 2040 ページ: 020014-020014
- DOI
  10.1063/1.5079056
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103, KAKENHI-PROJECT-15H05752
[雑誌論文] Multiplicity in Long Noncoding RNA Biomedical Sciences2018
- 著者名/発表者名
  3.R. Kurokawa, R. Komiya, T. Oyoshi, Y. Matsuno, H. Tani, M. Katahira, K. Hitachi, Y. Iwashita, T. Yamashita, K. Kondo, R. Yoneda, Y. Yamaoki, N. Ueda, T. Mashima, N. Kobayashi, T. Nagata, A. Kiyoishi, M. Miyake, F. Kano, M. Murata1, N. Hamad, K. Sasaki, N. Shoji
- 雑誌名
  
  Biomedical Sciences
  
  巻: 4 号: 2 ページ: 18-23
- DOI
  10.11648/j.bs.20180402.11
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103, KAKENHI-PROJECT-17K05930, KAKENHI-PROJECT-17K08646, KAKENHI-PROJECT-18K05025, KAKENHI-PUBLICLY-17H05608, KAKENHI-PROJECT-15H05752, KAKENHI-PROJECT-18K14636, KAKENHI-PROJECT-17K14515
[雑誌論文] An ensemble docking calculation of lysozyme and HyHEL-10: Insight into the binding mechanism2017
- 著者名/発表者名
  Yamashita Takefumi、Takamatsu Yuichiro
- 雑誌名
  
  AIP Conf. Proc.
  
  巻: 1906 ページ: 030022-030022
- DOI
  10.1063/1.5012301
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[雑誌論文] Plasma Irradiation Effects to Intra-Abdominal Organ Compared with Adhesion Mouse Model2017
- 著者名/発表者名
  K. Soda, H. Yamashita, K. Chang, T. Kawamura, T. Hamakubo and N. Shimizu
- 雑誌名
  
  Plasma Medicine
  
  巻: 印刷中
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25220205
[雑誌論文] Plasma irradiation effects to intra-abdominal organs compared with adhesion mouse model2017
- 著者名/発表者名
  Soda Keita、Yamashita Hiroharu、Chang Kyungho、Kawamura Takeshi、Hamakubo Takao、Shimizu Nobuyuki
- 雑誌名
  
  Plasma Medicine
  
  巻: 7 号: 4 ページ: 347
- DOI
  10.1615/plasmamed.2018019483
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25220205
[雑誌論文] n Ensemble Docking Calculation of Lysozyme and HyHEL-10: Insight into the Binding Mechanism2017
- 著者名/発表者名
  T. Yamashita and Y. Takamatsu,
- 雑誌名
  
  AIP Conf. Proc.
  
  巻: 1906 ページ: 030022-030022
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[雑誌論文] Molecular dynamics analysis to evaluate docking pose prediction2016
- 著者名/発表者名
  Takako Sakano, Md. Iqbal Mahmood, Takefumi Yamashita*, and Hideaki Fujitani
- 雑誌名
  
  Biophysics and Physicobiology
  
  巻: 13 号: 0 ページ: 181-194
- DOI
  10.2142/biophysico.13.0_181
- NAID
  130005165376
- ISSN
  2189-4779
- 言語
  英語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752, KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[雑誌論文] Towards Physical Understanding of Molecular Recognition in the Cell: Recent Evolution of Molecular Dynamics Techniques and Free Energy Theories2016
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 雑誌名
  
  Biomedical Sciences
  
  巻: 2 ページ: 34-47
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[雑誌論文] On the Accurate Molecular Dynamics Analysis of Biological Molecules2016
- 著者名/発表者名
  T. Yamashita
- 雑誌名
  
  AIP Conf. Proc.
  
  巻: 1790 ページ: 020026-020026
- DOI
  10.1063/1.4968652
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[雑誌論文] Towards Physical Understanding of Molecular Recognition in the Cell: Recent Evolution of Molecular Dynamics Techniques and Free Energy Theories2016
- 著者名/発表者名
  T. Yamashita
- 雑誌名
  
  Biomedical Sciences
  
  巻: 2 ページ: 34-47
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[雑誌論文] Structural features of interfacial tyrosine residue in ROBO1 fibronectin domain-antibody complex: Crystallographic, thermodynamic, and molecular dynamic analyses.2015
- 著者名/発表者名
  Nakayama T, Mizohata E, Yamashita T, Nagatoishi S, Nakakido M, Iwanari H, Mochizuki Y, Kado Y, Yokota Y, Satoh R, Tsumoto K, Fujitani H, Kodama T, Hamakubo T, Inoue T.
- 雑誌名
  
  Protein Sci
  
  巻: 24 号: 3 ページ: 328-340
- DOI
  10.1002/pro.2619
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24108007, KAKENHI-PROJECT-25220205
[雑誌論文] Human mannose-binding lectin 2 is directly regulated by peroxisome proliferator-activated receptors (PPARs) via a peroxisome proliferator responsive element2013
- 著者名/発表者名
  Tachibana K, Takeuchi K, Inada H, Sugimoto K, Ishimoto K, Yamashita M, Maegawa T, Yamasaki D, Osada S, Tanaka T, Rakug H, Hamakubo T, Sakai J, Kodama T, Doi T
- 雑誌名
  
  The Journal of Biochemistry
  
  巻: 154 (3) 号: 3 ページ: 265-73
- DOI
  10.1093/jb/mvt050
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22229009, KAKENHI-PROJECT-23790364, KAKENHI-PUBLICLY-24116507, KAKENHI-PROJECT-24650442, KAKENHI-PROJECT-25220205
[学会発表] 結合自由エネルギーの定量的予測と分子設計のための構造モチーフ探索2022
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  CBI学会第432回講演会「結合自由エネルギー計算は創薬研究戦略を変えるか」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] Molecular Dynamics Simulation for Biological and Material polymers2022
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  International Congress on Pure & Applied Chemistry (ICPAC) 2022
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K03482
[学会発表] MDシミュレーションで考える抗原-抗体界面における塩橋の役割：合理的な抗体設計に向けて2022
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  日本蛋白質科学会学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] Properties of the Protein-Protein Interface Revealed by Molecular dynamics Simulations2022
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  18th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering (QS symposium of ICCMSE 2022)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K03482
[学会発表] Properties of the Protein-Protein Interface Revealed by Molecular dynamics Simulations2022
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  18th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering (QS symposium of ICCMSE 2022)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] Molecular Dynamics Simulation for Biological and Material polymers2022
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  International Congress on Pure & Applied Chemistry (ICPAC) 2022
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] MDシミュレーションで考える抗原-抗体界面：合理的な抗体医薬品設計に向けて A molecular dynamics study on the antigen-antibody interface: Toward rational antibody drug design2022
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] 抗原-抗体界面の塩橋の安定性とその役割に関する理論的研究（A theoretical study on the salt bridge stability on the antigen-antibody interface and its effect）2021
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いた抗体設計の可能性2021
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  構造活性フォーラム２０２１：次期スーパーコンピュータ『富岳』時代の計算創薬
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] Dynamical boundaries for the isomerization reaction HCN ←→ CNH in the presence of a buffer molecule2021
- 著者名/発表者名
  Shinnosuke KAWAI, and Takefumi YAMASHITA
- 学会等名
  ICCMSE 2021 (17th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering)，Galaxy Hotel, Heraklion, Crete, Greece
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0050
[学会発表] Salt Bridge Stability in the Antigen-Antibody Interface and its Impact on the Binding Affinity: Insight from Molecular Dynamics Simulations2021
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  17th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering (QS symposium of ICCMSE 2021)
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] Molecular dynamics simulations reveal the protein-protein interaction mechanism2020
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  16th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering (CC symposium of ICCMSE 2020)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いた抗体設計の可能性: ”動き”に含まれる親和性のエッセンス2020
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  第414回CBI学会講演会「実験と計算化学を用いた抗体医薬設計の最近の進展」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いた抗体設計の可能性: ”動き”に含まれる親和性のエッセンス2020
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  CBI学会講演会「実験と計算化学を用いた抗体医薬設計の最近の進展」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いた抗体設計の可能性: ”動き”に含まれる親和性のエッセンス2020
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  CBI学会講演会「実験と計算化学を用いた抗体医薬設計の最近の進展」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] 抗原-抗体界面における塩橋安定性の理論的解析2020
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  第1回生体分子シミュレーション・モデリング研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] Effect of the interfacial water molecule on the antigen-antibody interaction: A molecular dynamics study2019
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  15th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering (CC symposium of ICCMSE 2019)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] Effects of alanine substitution on antigen-antibody interaction: A molecular dynamics study2019
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  International Congress on Pure & Applied Chemistry (ICPAC) Yangon 2019
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[学会発表] Mechanism of antibody-affinity enhancement through alanine-substitution2019
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  日本生物物理学会年会（Symposium “New horizon of in-silico drug discovery toward launching post-K computer”）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] 分子動力学シミュレーションでせまるタンパク質間相互作用 “Molecular dynamics simulations reveal the protein-protein interaction mechanism”2019
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2019」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[学会発表] Effects of alanine substitution on antigen-antibody interaction: A molecular dynamics study2019
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  International Congress on Pure & Applied Chemistry (ICPAC) Yangon 2019
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] Effect of the interfacial water molecule on the antigen-antibody interaction: A molecular dynamics study2019
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  15th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering (CC symposium of ICCMSE 2019)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] Effects of alanine substitution on antigen-antibody interaction: A molecular dynamics study2019
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  International Congress on Pure & Applied Chemistry (ICPAC) Yangon 2019(招待講演)(国際学会)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] 高精度な分子動力学シミュレーションの為の分子間相互作用モデルの改良2019
- 著者名/発表者名
  佐々木皓平・山下雄史
- 学会等名
  日本化学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[学会発表] Effect of the interfacial water molecule on the antigen-antibody interaction: A molecular dynamics study2019
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  15th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering (CC symposium of ICCMSE 2019)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[学会発表] 粗視化モデルを用いたエポキシ樹脂の物性値と分子構造の関係性についての解析2019
- 著者名/発表者名
  庄司直幸・山下雄史
- 学会等名
  日本化学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[学会発表] 分子動力学シミュレーションでせまるタンパク質間相互作用2019
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2019」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] 分子動力学シミュレーションでせまるタンパク質間相互作用2019
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2019」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] アラニン置換による抗体親和性の向上のメカニズム“Mechanism of antibody-affinity enhancement through alanine-substitution”2019
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[学会発表] Mechanism of antibody-affinity enhancement through alanine-substitution2019
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  日本生物物理学会年会(Symposium “New horizon of in-silico drug discovery toward launching post-K computer”)
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] 粗視化モデルにおけるエポキシ樹脂の分子構造と物性値の関係2018
- 著者名/発表者名
  庄司直幸・山下雄史
- 学会等名
  分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[学会発表] 高精度な分子動力学計算のための静電相互作用パラメータの検討2018
- 著者名/発表者名
  佐々木皓平・山下雄史
- 学会等名
  日本化学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[学会発表] 粗視化モデルにおけるエポキシ樹脂のネットワーク構造と物性値の関係2018
- 著者名/発表者名
  庄司直幸・山下雄史
- 学会等名
  高分子討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[学会発表] Molecular dynamics in the antibody-antigen recognition2018
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  Symposium on Eukaryotic Regulatory Biology in honor of M. Geoffrey Rosenfeld
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] Effect of interface structure on the binding affinity of proteins: A molecular dynamics study2018
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  IMS symposium "Water at interfaces 2018"
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] Effect of interface structure on the binding affinity of proteins: A molecular dynamics study2018
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  IMS symposium "Water at interfaces 2018"
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] Structural effects on the antigen-antibody interaction: Insight from molecular dynamics simulations of biopolymers2018
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  14th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering (CC symposium of ICCMSE 2017)(Thessaloniki, Greece / Invited lecture)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによる材料高分子の研究：熱硬化性樹脂の高精度モデリング2018
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  第８回 NTChem ワークショップ
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] 分子動力学計算を用いた抗原抗体界面に存在する塩橋の安定性を決定する要因の研究2018
- 著者名/発表者名
  岡島亮，山下雄史
- 学会等名
  分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[学会発表] Molecular dynamics in the antibody-antigen recognition2018
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  Symposium on Eukaryotic Regulatory Biology in honor of M. Geoffrey Rosenfeld
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] 分子動力学計算を用いた抗原抗体界面に存在する塩橋の安定性を決定する要因の研究2018
- 著者名/発表者名
  岡島亮、山下雄史
- 学会等名
  分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05025
[学会発表] A Molecular Dynamics Study on Antigen-Antibody Recognition2017
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita,
- 学会等名
  13th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering, Greece
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[学会発表] Molecular Dynamics Analysis of Protein Complex Structures2017
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  10th International Conference on Computational Physics (ICCP10)
- 発表場所
  Macau, China
- 年月日
  2017-01-16
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] A Molecular Dynamics Study on Antigen-Antibody Recognition2017
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  13th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering (CC symposium of ICCMSE 2017)(Thessaloniki, Greece / Invited lecture)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによるタンパク質の分子認識の研究：分子デザインへの挑戦2017
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  量子系分子科学セミナー（理化学研究所計算科学研究機構）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによるタンパク質の分子認識の研究：分子デザインへの挑戦2017
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  量子系分子科学セミナー（理化学研究所計算科学研究機構）
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] 分子動力学計算による抗原抗体複合体の形成過程の研究2017
- 著者名/発表者名
  山下雄史, 高松佑一郎
- 学会等名
  日本化学会春季年会
- 発表場所
  慶応義塾大学（神奈川県横浜市）
- 年月日
  2017-03-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] 分子動力学計算による抗原と抗体の結合過程の研究2017
- 著者名/発表者名
  山下雄史・高松佑一郎
- 学会等名
  分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] ヒストンの血管内皮細胞障害を阻害するPTX3の凝集パターン解析2017
- 著者名/発表者名
  早田敬太、中木戸誠、太期健二、高松佑一郎、山下雄史、岩成宏子、津本浩平、浜窪隆雄
- 学会等名
  2017年度生命科学系会合同年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25220205
[学会発表] Molecular Environment effects on the protein structure: Molecular dynamics studies on the antigen-antibody interface2017
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  生物物理学会(Symposium: Molecular-Level Analysis of Environment Effect toward Tuning of Protein Structure and Function)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] 分子動力学シミュレーションによる生体高分子の研究：RNAへの展開の現状と可能性2017
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)ワークショップ
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] Molecular Dynamics Analysis of Protein Complex Structures2017
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  10th International Conference on Computational Physics
- 発表場所
  Macau, China
- 年月日
  2017-01-16
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[学会発表] 生体分子のダイナミクスと機能：分子動力学シミュレーションの非コードRNA研究ツールとしての可能性2017
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  一般財団法人バイオインダストリー協会主催"未来へのバイオ技術" 勉強会「長鎖非コードRNA研究の進歩と可能性」
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] On Quantitative Understanding on Antigen-Antibody Interaction through All-atom Molecular Dynamics Simulations2017
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  3rd Symposium on Biophysics Postgraduate Research in Hong Kong
- 発表場所
  Hong Kong, China
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H05752
[学会発表] On Quantitative Understanding on Antigen-Antibody Interaction through All-atom Molecular Dynamics Simulations2017
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  3rd Symposium on Biophysics Postgraduate Research in Hong Kong
- 発表場所
  Hong Kong, China
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] Advancement and challenge in the all-atom molecular dynamics simulation for biomolecular systems2016
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  第３９回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
- 年月日
  2016-11-30
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] Molecular Dynamics Simulation of Biomolecules: Accuracy Improvement and Computational Conditions2016
- 著者名/発表者名
  Takefumi Yamashita
- 学会等名
  12th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering (CC symposium of ICCMSE 2016)
- 発表場所
  Athens (Greek)
- 年月日
  2016-03-20
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] 分子動力学シミュレーションと蛋白質-小分子相互作用2016
- 著者名/発表者名
  山下雄史
- 学会等名
  第８９回薬理学会年会　シンポジウム「計算科学的アプローチによる薬理学研究の新展開」
- 発表場所
  横浜
- 年月日
  2016-03-11
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0103
[学会発表] The Establishment of Peritoneal Adhesion Mouse Model For The Plasma Medicine2015
- 著者名/発表者名
  Keita Soda,Hiroharu Yamashita,Kyungho Chang, Nobuyuki Shimizu,Takao Hamakubo
- 学会等名
  The 2nd international Workshop on Plasma for Cancer Treatmant
- 発表場所
  名古屋
- 年月日
  2015-03-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25220205
[学会発表] 熱力学的相互作用解析と分子動力学シミュレーションによる抗体の親和性向上のメカニズムの研究2013
- 著者名/発表者名
  渡部貴大,長門石曉,山下雄史,中山泰亮,溝端栄一,浜窪隆雄,井上豪,津本浩平,児玉龍彦,藤谷秀章
- 学会等名
  第36回日本分子生物学会
- 発表場所
  神戸
- 年月日
  2013-12-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25220205
[学会発表] 創傷治癒における炎症反応の分子メカニズム解析2013
- 著者名/発表者名
  早田　敬太、太期　健二、川村　猛、山下　裕玄、張　京浩、榊田　創、池原　譲、清水　伸幸、浜窪　隆雄
- 学会等名
  名古屋プラズマ医療科学の創成第二回公開シンポジウム
- 発表場所
  名古屋
- 年月日
  2013-09-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25220205

1. 高塚和夫 (70154797)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
2. 河合信之輔 (90624065)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
3. 浜窪隆雄 (90198797)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 6件
4. 藤谷秀章 (50417151)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
5. 長門石暁 (30550248)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
6. 鷲山幸信 (80313675)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 児玉大樹 (40466826)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 高橋聡 (20456180)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 堀内恵子 (00456203)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 太期健二 (20466866)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
11. 川村猛 (70306835)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
12. 篠田恵子 (80646951)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 津本浩平 (90271866)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
14. 岩成宏子 (20176556)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
15. 高橋和弘 (20370257)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
16. 杉山暁 (40562715)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
17. 右近直之 (70792985)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
18. 横山明彦 (80230655)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
19. 趙松吉 (80374239)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
20. 巽俊文 (80868232)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
21. 粟生木美穂 (10783227)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
22. 山下裕玄

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
23. 酒井寿郎

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

山下 雄史 Takefumi Yamashita

研究課題

研究成果

共同研究者

高分子アモルファスのマルチスケールシミュレーション技術の基礎理論の確立と実践研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

１細胞計測に基づく細胞モデルとそれに基づく形態形成の理論の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

標的アルファ線治療におけるプレターゲティング法の最適化と複数がん種への適応

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質界面の複雑ダイナミクスの解析：機械学習とMD計算に基づく新手法の開拓研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

制御における動的な溶媒効果の理論的解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

生命科学・創薬科学を指向した分子ダイナミクス分類理論の構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

電荷分離，プロトン移動，電子伝達，巨大電子状態揺らぎの非断熱電子化学

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

蛋白質相互作用におけるパターン認識のモレキュラーダイナミクス

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Effect of N343 glycosylation and N501Y mutation on the SARS-CoV-2 spike protein: Modeling and MD Simulations2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Singular spectrum transformation for detecting molecular motion mode change of protein systems2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] 抗体医薬品設計に IT 革命を: 理論と計算による挑戦2019

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] A SNP in a Steroidogenic Enzyme Is Associated with Phenotypic Sex in Seriola Fishes2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Convergence in LINE-1 nucleotide variations can benefit redundantly forming triplexes with lncRNA in mammalian X-chromosome inactivation2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] 構造生物学2.0としての分子動力学シミュレーション:創薬応用への道2019

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

山下雄史 Takefumi Yamashita