篠田恵子 SHINODA KEIKO

研究者番号	80646951
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 統計数理研究所, 先端データサイエンス研究系, 特任助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2023年度 – 2024年度: 統計数理研究所, ものづくりデータ科学研究センター, 特任助教 2023年度: 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助教 2021年度 – 2022年度: 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任助教 2020年度: 東京大学, 生物生産工学研究センター, 特任助教 2019年度: 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助教 2015年度 – 2017年度: 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助教 2013年度 – 2014年度: 東京大学, 先端科学技術研究センター, 助教
審査区分/研究分野	研究代表者以外複合領域 / 小区分38020:応用微生物学関連 / 生物分子化学
キーワード	研究代表者以外動的構造解析 / 構造解析 / ハイブリッドアプローチ / シミュレーション / タンパク質-膜間相互作用 / 可視紫外吸収スペクトル帰属 / プロトン化 / 電子状態 / 化学反応解析 / モデリング … もっと見る / 量子古典混合計算 / 分子動力学シミュレーション / 脂質膜 / タンパク質 / 構造モデリング / タンパク質ダイナミクス / シリアルフェムト秒結晶構造解析 / 蛋白質結晶構造解析 / X線溶液散乱 / X線結晶構造解析 / 動的構造 / 結晶構造解析 / 温度ジャンプ / 溶液散乱 / 時分割実験 / X線自由電子レーザー / コンピュータシミュレーション / 分子認識 / スプライシング / タンパク質相互作用 / ヒストン / 血管内皮細胞 / オルタナティブスプライシング / パターン認識受容体 / 自然免疫 / 細胞周期 / RNAプロセッシング / ペントラキシン / ヒストン障害 / 敗血症隠す

細菌由来排出膜輸送タンパク質についての評価系開発とカタログ化および高機能化
- 研究代表者
  
  川崎寿
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2026
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分38020:応用微生物学関連
- 研究機関
  東京大学
分子シミュレーションによるタンパク質化学反応ダイナミクスの解明
- 研究代表者
  
  宮下治
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2023
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  複合領域
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
時分割実験のための多様な反応誘起システムの開発
- 研究代表者
  
  南後恵理子
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2023
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  複合領域
- 研究機関
  東北大学
   国立研究開発法人理化学研究所
蛋白質相互作用におけるパターン認識のモレキュラーダイナミクス
- 研究代表者
  
  浜窪隆雄
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2017
- 研究種目
  
  基盤研究(S)
- 研究分野
  
  生物分子化学
- 研究機関
  東京大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2019

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Mutational analysis in Corynebacterium stationis MFS transporters for improving nucleotide bioproduction2024
- 著者名/発表者名
  Kinose Keita、Shinoda Keiko、Konishi Tomoyuki、Kawasaki Hisashi
- 雑誌名
  
  Applied Microbiology and Biotechnology
  
  巻: 108:251 号: 1 ページ: 1-13
- DOI
  10.1007/s00253-024-13080-y
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05453
[雑誌論文] Understanding the effects of ethanol on the liposome bilayer structure using microfluidic-based time-resolved small-angle X-ray scattering and molecular dynamics simulations2024
- 著者名/発表者名
  Maeki Masatoshi、Kimura Niko、Okada Yuto、Shimizu Kazuki、Shibata Kana、Miyazaki Yusuke、Ishida Akihiko、Yonezawa Kento、Shimizu Nobutaka、Shinoda Wataru、Tokeshi Manabu
- 雑誌名
  
  Nanoscale Advances
  
  巻: ー号: 8 ページ: 2166-2176
- DOI
  10.1039/d3na01073b
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-19H05781, KAKENHI-PUBLICLY-23H04049, KAKENHI-PROJECT-23K21096, KAKENHI-PROJECT-23K28408
[雑誌論文] Determining Factor of the Quantum Yield of the Cyclization Reaction via Triplet States for Dye-Attached Diarylethene2021
- 著者名/発表者名
  Shinoda Keiko、Yokojima Satoshi、Fukaminato Tuyoshi、Nakamura Shinichiro
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry A
  
  巻: 125 号: 27 ページ: 5895-5902
- DOI
  10.1021/acs.jpca.1c02912
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05453, KAKENHI-PROJECT-19H02692
[雑誌論文] Engineered MATE multidrug transporters reveal two functionally distinct ion-coupling pathways in NorM from Vibrio cholerae2021
- 著者名/発表者名
  Raturi Sagar、Nair Asha V.、Shinoda Keiko、Singh Himansha、Bai Boyan、Murakami Satoshi、Fujitani Hideaki、van Veen Hendrik W.
- 雑誌名
  
  Communications Biology
  
  巻: 4 号: 1 ページ: 1-17
- DOI
  10.1038/s42003-021-02081-6
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05453, KAKENHI-PROJECT-18K05396, KAKENHI-PROJECT-21H02412
[雑誌論文] A New Lipid Force Field (FUJI)2020
- 著者名/発表者名
  Kamiya Nozomu、Kayanuma Megumi、Fujitani Hideaki、Shinoda Keiko
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: - 号: 6 ページ: 3664-3676
- DOI
  10.1021/acs.jctc.9b01195
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-19H05781, KAKENHI-PLANNED-20H05453
[学会発表] 膜タンパク質の分子動力学シミュレーション：膜のタンパク質へ与える影響2024
- 著者名/発表者名
  篠田恵子
- 学会等名
  生命システム原材料研究会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05453
[学会発表] Corynebacterium stationisの変異型MFSトランスポーターによるIMPの分泌型発酵生産2023
- 著者名/発表者名
  黄瀬啓太、小西智之、篠田恵子、川崎寿
- 学会等名
  日本農芸化学会2023年度大会
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05453
[学会発表] MFSトランスポーターの高活性変異と基質排出機構2023
- 著者名/発表者名
  篠田恵子
- 学会等名
  高速分子動画シンホシウム2023
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05453
[学会発表] 大腸菌膜に埋め込まれた多剤排出トランスポーターAcrA-AcrB-AcrZ-TolC 複合体のMDシミュレーション2022
- 著者名/発表者名
  篠田恵子
- 学会等名
  「富岳」成果創出加速プログラム　シンポジウム・研究交流会「富岳百景」
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05453
[学会発表] Molecular dynamics study of multidrug efflux transporter complex embedded in lipid bilayer: Role of membrane lipids in the transporter2022
- 著者名/発表者名
  Keiko Shinoda and Hisashi Kawasaki
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05453
[学会発表] 分子シミュレーションを利用した膜蛋白質デザイン2022
- 著者名/発表者名
  川崎寿、篠田恵子、濱本晋
- 学会等名
  バイオインダストリー協会「発酵と代謝研究会」講演会
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05453
[学会発表] 細胞膜脂肪酸組成が大腸菌の Na+/H+ アンチポーター活性に与える影響2022
- 著者名/発表者名
  堀一将，篠田恵子，浜本晋，氏原哲朗，川崎寿，富田武郎，西山真
- 学会等名
  日本農芸化学会2022年度大会
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05453
[学会発表] 多剤排出トランスポーターMATEの分子動力学シミュレーション：イオンカップリング経路におけるカルボキシレートの役割2021
- 著者名/発表者名
  篠田恵子、川崎　寿
- 学会等名
  第94回日本生化学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05453
[学会発表] MATEトランスポーターの分子動力学シミュレーション2021
- 著者名/発表者名
  篠田恵子
- 学会等名
  第47回生体分子科学討論会
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05453
[学会発表] Involvement of conserved amino acids in ion transport pathways of multidrug and toxic compound extrusion (MATE) transporter2021
- 著者名/発表者名
  K. Shinoda, H. Kawasaki, S. Murakami, S. Raturi, A. V. Nair, H. Singh, B. Bai, H. W. van Veen
- 学会等名
  第59回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05453
[学会発表] Molecular Dynamics Study of Multidrug Efflux Transporter AcrA-AcrB-AcrA-TolC Complex Embedded in Lipid Bilayer2020
- 著者名/発表者名
  Keiko Shinoda
- 学会等名
  64th Annual Meeting of the Biophysical Society
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-19H05781
[学会発表] 多剤排出トランスポーターAcrABZ-TolCの分子動力学シミュレーション：膜-膜タンパク質間相互作用の評価2019
- 著者名/発表者名
  篠田恵子
- 学会等名
  第33回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-19H05781
[学会発表] 多剤排出トランスポーター複合体AcrA-AcrB-AcrZ-TolCのMDシミュレーション2019
- 著者名/発表者名
  篠田恵子
- 学会等名
  第14回トランスポーター研究会年会（2019）
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-19H05781

1. 宮下治 (10620528)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
2. 庄司光男 (00593550)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
3. 浜窪隆雄 (90198797)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 藤谷秀章 (50417151)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 長門石暁 (30550248)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 山下雄史 (50615622)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 南後恵理子 (90376947)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 堀内恵子 (00456203)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 太期健二 (20466866)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 川村猛 (70306835)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 津本浩平 (90271866)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 岩成宏子 (20176556)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 清水伸隆 (20450934)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
14. 大和田成起 (90725962)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
15. 川崎寿 (90349788)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件

篠田 恵子 SHINODA KEIKO

研究課題

研究成果

共同研究者

細菌由来排出膜輸送タンパク質についての評価系開発とカタログ化および高機能化

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

分子シミュレーションによるタンパク質化学反応ダイナミクスの解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

時分割実験のための多様な反応誘起システムの開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

蛋白質相互作用におけるパターン認識のモレキュラーダイナミクス

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Mutational analysis in Corynebacterium stationis MFS transporters for improving nucleotide bioproduction2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Understanding the effects of ethanol on the liposome bilayer structure using microfluidic-based time-resolved small-angle X-ray scattering and molecular dynamics simulations2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Determining Factor of the Quantum Yield of the Cyclization Reaction via Triplet States for Dye-Attached Diarylethene2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Engineered MATE multidrug transporters reveal two functionally distinct ion-coupling pathways in NorM from Vibrio cholerae2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] A New Lipid Force Field (FUJI)2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[学会発表] 膜タンパク質の分子動力学シミュレーション：膜のタンパク質へ与える影響2024

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Corynebacterium stationisの変異型MFSトランスポーターによるIMPの分泌型発酵生産2023

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] MFSトランスポーターの高活性変異と基質排出機構2023

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] 大腸菌膜に埋め込まれた多剤排出トランスポーターAcrA-AcrB-AcrZ-TolC 複合体のMDシミュレーション2022

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Molecular dynamics study of multidrug efflux transporter complex embedded in lipid bilayer: Role of membrane lipids in the transporter2022

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] 分子シミュレーションを利用した膜蛋白質デザイン2022

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] 細胞膜脂肪酸組成が大腸菌の Na+/H+ アンチポーター活性に与える影響2022

著者名/発表者名

学会等名

篠田恵子 SHINODA KEIKO