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池口 満徳  Ikeguchi Mitsunori

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 60261955
その他のID
外部サイト
所属 (現在) 2025年度: 横浜市立大学, 生命医科学研究科, 教授
2025年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, ユニットリーダー
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2018年度 – 2022年度: 横浜市立大学, 生命医科学研究科, 教授
2014年度 – 2015年度: 横浜市立大学, 生命医科学研究科, 教授
2013年度: 横浜市立大学, 生命医科学研究科, 准教授
2012年度: 横浜市立大学, 大学院・生命ナノシステム科学研究科, 准教授
2009年度 – 2012年度: 横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 准教授 … もっと見る
2010年度: 横浜市立大学, 大学院・生命ナノシステム科学研究所, 准教授
2008年度 – 2010年度: 横浜市立大学, 大学院・生命ナノシステム科学研究科, 准教授
2007年度 – 2008年度: 横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 准教授
2007年度: 横浜市立大学, 大学院・ 国際総合科学研究科, 准教授
2007年度: 横浜市立大学, 大学院・国際総合科学研究科, 准教授
2006年度: 横浜市立大学, 大学院・国際総合科学研究科, 準教授
2005年度 – 2006年度: 横浜市立大学, 大学院国際総合科学研究科, 準教授
2004年度: 横浜市立大学, 大学院総合理学研究科, 助教授
2001年度 – 2004年度: 横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 助教授
1998年度 – 2000年度: 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 隠す
審査区分/研究分野
研究代表者
複合領域 / 生物系 / 生物物理学 / 生体生命情報学 / 理工系 / 生物物理学
研究代表者以外
生物系 / 計算機科学 / 物理化学 / 構造生物化学 / 生体生命情報学
キーワード
研究代表者
分子動力学 / 分子シミュレーション / 蛋白質 / F1-ATPase / バイオインフォマティクス / 分子モーター / 水のエントロピー / Swi5/Sfr1 / RecA/Rad51/RadA / 相同組換え … もっと見る / ATP加水分解酵素 / Pループ / 並列計算 / 分子認識 / NMR計測 / タンパク質構造 / NMR解析 / 構造ダイナミクス / 発動分子 / NMR / 分子動力学シミュレーション / 回転機構 / V1-ATPase / マルチスケールシミュレーション / V型ATPase / アルギニンフィンガー / Pループ / 立体構造変化 / Sfr1 / Swi5 / RadA / Rad51 / RecA / P-loop / 膜蛋白質 / 遷移状態 / 剛体分子動力学 / 線形応答理論 / 構造変化 / Trp Cage / アンフォールディング / 水チャネル / 膜タンパク質 / アクアポリン / PhoB / DNA結合タンパク質 / αラクトアルブミン / フォールディング / タンパク質 / 立体構造 / 拡張アンサンブル法 / 自由エネルギー計算 / データベース / モノヌクレオチド / 構造機能相関 / 並列計算環境 / 大規模並列計算機 / 分子動力学法 / 尿素 / 変性剤 / 疎水性相互作用 / 疎水効果 … もっと見る
研究代表者以外
molecular dynamics / 分子動力学シミュレーション / 分子シミュレーション / ダイナミクス / computational chemistry / scheduling / processor allocation / parallel programming environment / parallel computing / 科学技術計算 / 大規模並列計算機 / 計算化学 / 分子動力学計算 / スケジューリング / プロセッサ割当て / MPI / 並列プログラミング環境 / 並列計算 / シミュレーション / 分子動力学 / 分子動力学法 / アクアポリン / 計算物理学 / 生物物理 / 蛋白質 / principal component / mode coupling / normal modes / diffusion / vibration / anharmonic motions / protein dynamics / 多様体 / 主成分解析 / 非線型振動 / 基準振動モード / タンパク質ダイナミクス / 粗視化 / 立体構造変化 / 回転緩和運動 / 拡散運動 / 振動エネルギー緩和 / 非調和運動 / タンパク質 / aquaporin / molecular dynamics simulation / linear response theory / probabilistic alignment / neutron scattering / protein function / protein structure / protein complex / イムノグロブリン / 糖 / モノヌクレオチド / 結合部位 / 構造変化 / NMR / 線形応答 / 構造予測 / 分子機能 / 立体構造 / ダイナミックプログラミング / 確率的アライメント法 / ダイナミクプログラミング / タンパク質複合体 / 分子動力学計 / 線形応答理論 / 確率的アラインメント法 / 中性子散乱 / タンパク質機能 / タンパク質立体構造 / タンパク合体 / MP1 / エネルギー最小化計算 / 分子動力学シュミレーション / 動的資源管理 / MPI (Message Passing Interface) / スレープ方式 / マスタ / 大規模並列システム / 空間分割法 / DNA修復 / メディエーター / DNA 修復 / 相同組換え / 核内輸送 / X線小角散乱 / タンパク質のダイナミクス / タンパク質の揺らぎ / 核膜孔 / X線結晶構造解析 / 転写因子 / 核内輸送受容体 / 軌道解析技術 / スーパーコンピュータ / IP_3受容体 / Transducer / Sensory Rhodosin II / IP3受容体 / HAMPドメイン / HtrII複合体 / SRII / 膜タンパク質 / ローダミン蛍光分子 / ATP加水分解 / F1-ATP合成酵素 / ハイブリッドQM / 分子軌道法 / 酵素設計 / 自由エネルギー計算 / QM/MM法 / F_1-ATPase / MM法 / QM / 酵素反応 / 分子モーター / 変異型 / 水透過係数 / 分子シュミレーション / 複合体 / トランスデューサ / フォボロドプシン / 膜蛋白質 隠す
  • 研究課題

    (20件)
  • 研究成果

    (297件)
  • 共同研究者

    (27人)
  •  生体発動分子の機能発現に関する構造ダイナミクス研究研究代表者

    • 研究代表者
      池口 満徳
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2022
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  分子シミュレーションによるV型ATPaseの回転機構の解明研究代表者

    • 研究代表者
      池口 満徳
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2015
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  Pループ型ATP加水分解酵素の機能発現機構の解明研究代表者

    • 研究代表者
      池口 満徳
    • 研究期間 (年度)
      2011 – 2012
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  相同組換えに関わる分裂酵母Rad51‐Swi5‐Sfr1複合体の構造生物学的研究

    • 研究代表者
      桑原 直之
    • 研究期間 (年度)
      2011 – 2012
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      構造生物化学
    • 研究機関
      大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構
      東京大学
  •  分子シミュレーションによる F1 分子モーターの回転機構の解明研究代表者

    • 研究代表者
      池口 満徳
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2012
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  Pループ型ATP加水分解酵素の機能発現機構の解明研究代表者

    • 研究代表者
      池口 満徳
    • 研究期間 (年度)
      2009 – 2010
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  トランスポーチンによるタンパク質の核内輸送の構造生物学

    • 研究代表者
      佐藤 衛
    • 研究期間 (年度)
      2008 – 2009
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究

    • 研究代表者
      木寺 詔紀
    • 研究期間 (年度)
      2007 – 2008
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  タンパク質フォールディングの大規模シミュレーションと大量軌道データ解析法の開発

    • 研究代表者
      太田 元規
    • 研究期間 (年度)
      2007 – 2009
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      名古屋大学
      東京工業大学
  •  分子シミュレーションによるF_1_分子モーターの化学-力学エネルギー変換機構の解

    • 研究代表者
      林 重彦
    • 研究期間 (年度)
      2006 – 2010
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      京都大学
  •  分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究

    • 研究代表者
      木寺 詔紀
    • 研究期間 (年度)
      2005 – 2006
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  分子シミュレーションによる蛋白質フォールディング・分子認識機構の解明研究代表者

    • 研究代表者
      池口 満徳
    • 研究期間 (年度)
      2003 – 2007
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      理工系
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  タンパク質における分子内振動エネルギー移動の研究

    • 研究代表者
      木寺 詔紀
    • 研究期間 (年度)
      2002 – 2003
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      物理化学
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  蛋白質化学機能の立体構造からの第一原理的予測法の開発研究代表者

    • 研究代表者
      池口 満徳
    • 研究期間 (年度)
      2001
    • 研究種目
      特定領域研究(C)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  タンパク質複合体の立体構造と機能の予測

    • 研究代表者
      木寺 詔紀
    • 研究期間 (年度)
      2001 – 2004
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  蛋白質化学機能の立体構造からの第一原理的予測法の開発研究代表者

    • 研究代表者
      池口 満徳
    • 研究期間 (年度)
      2000
    • 研究種目
      特定領域研究(C)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      東京大学
  •  蛋白質のレアイベントに対する準平衡論的分子シミュレーション法の開発研究代表者

    • 研究代表者
      池口 満徳
    • 研究期間 (年度)
      2000 – 2001
    • 研究種目
      奨励研究(A)
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      横浜市立大学
      東京大学
  •  動的資源管理機能を備えた大規模並列プログラミング環境の開発と計算化学への応用

    • 研究代表者
      清水 謙多郎 (清水 謙太郎)
    • 研究期間 (年度)
      1999 – 2001
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      計算機科学
    • 研究機関
      東京大学
  •  蛋白質の安定性・折れたたみ機構における水・変性剤の分子メカニズム研究代表者

    • 研究代表者
      池口 満徳
    • 研究期間 (年度)
      1998
    • 研究種目
      特定領域研究(A)
    • 研究機関
      東京大学
  •  大規模並列システムのための効率的なプロセッサ割当て方針に関する研究

    • 研究代表者
      清水 謙多郎
    • 研究期間 (年度)
      1998 – 2000
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      計算機科学
    • 研究機関
      東京大学

すべて 2022 2021 2020 2019 2018 2015 2014 2013 2012 2011 2010 2009 2008 2007 2006 2005 2004 2003 その他

すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] Integrative Structural Biology with Hybrid Methods, chapter 15, Hybrid Methods for Modeling Protein Structures Using Molecular Dynamics Simulations and Small-Angle X-Ray Scattering Data2019

    • 著者名/発表者名
      Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi
    • 総ページ数
      22
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      9789811321993
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [図書] 全原子分子動力学計算が解き明かす回転分子モーターの作用機構.1分子ナノバイオ計測2014

    • 著者名/発表者名
      伊藤祐子、池口満徳
    • 出版者
      化学同人
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [図書] Molecular dynamics simulations of F1-ATPase, in Protein Conformational Dynamics2014

    • 著者名/発表者名
      Y. Ito and M. Ikeguchi
    • 出版者
      Springer
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [図書] Experimental and simulation studies of the folding/unfolding of goat α-lactoalbumin, in Water and Biomolecules : Physical Chemistry of Life Phenomena2009

    • 著者名/発表者名
      K. Kuwajima, T. Oroguchi, T. Nakamura, M. Ikeguchi, A. Kidera
    • 総ページ数
      24
    • 出版者
      Springer Verlag
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [図書] Springer Verlag2009

    • 著者名/発表者名
      K.Kuwajima, T.Oroguchi, T.Nakamura, M.Ikeguchi, A.Kidera
    • 総ページ数
      24
    • 出版者
      Experimental and simulation studies of the folding/unfolding of goat α-lactoalbumin, in Water and Biomolecules: Physical Chemistry of Life Phenomena
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [図書] 化学同人2008

    • 著者名/発表者名
      池口満徳
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      最新分子マシンナノで働く"高度な機械"を目指を目指して水を輸送する分子マシンアクアポリンの分子シミュレーション
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [図書] 最新分子マシン ナノで働く"高度な機械"を目指して-水を輸送する分子マシン アクアポリンの分子シミュレーション2008

    • 著者名/発表者名
      池口満徳
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      化学同人
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [図書] 最新分子マシン ナノで働く"高度な機械"を目指して水を輸送する分子マシンアクアポリンの分子シミュレーション2008

    • 著者名/発表者名
      池口 満聴
    • 総ページ数
      1456
    • 出版者
      化学同人
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [図書] 最新分子マシンナノで働く″高度な機械″を目指して水を輸送する分子マシン アクアポリンの分子シミュレーション2008

    • 著者名/発表者名
      池口満徳
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      化学同人
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [図書] タンパク質科学〜構造・物性・機能〜第5章 ダイナミクス(2)構造ダイナミクスの理論とシミュレーション2005

    • 著者名/発表者名
      木寺詔紀, 池口満徳
    • 出版者
      化学同人
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] Mandibulofacial dysostosis with alopecia results from ETAR gain-of-function mutations via allosteric effects on ligand binding2022

    • 著者名/発表者名
      Yukiko Kurihara,1 Toru Ekimoto, Christopher T. Gordon, Yasunobu Uchijima, Ryo Sugiyama, Taro Kitazawa, Akiyasu Iwase, Risa Kotani, Rieko Asai, Veronique Pingault, Mitsunori Ikeguchi, Jeanne Amiel, and Hiroki Kurihara
    • 雑誌名

      The Journal of Clinical Investigation

      巻: 133(4) 号: 4 ページ: 1-13

    • DOI

      10.1172/jci151536

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19519, KAKENHI-PROJECT-22K20917, KAKENHI-PROJECT-19H01048, KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [雑誌論文] Supramolecular Mechanosensitive Potassium Channel Formed by Fluorinated Amphiphilic Cyclophane2022

    • 著者名/発表者名
      Sato Kohei、Sasaki Ryo、Matsuda Ryoto、Nakagawa Mayuko、Ekimoto Toru、Yamane Tsutomu、Ikeguchi Mitsunori、Tabata Kazuhito V.、Noji Hiroyuki、Kinbara Kazushi
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 144 号: 26 ページ: 11802-11809

    • DOI

      10.1021/jacs.2c04118

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21H05872, KAKENHI-PROJECT-21K14670, KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-ORGANIZER-18H05418
  • [雑誌論文] 3D-RISM-AI: A Machine Learning Approach to Predict Protein-Ligand Binding Affinity Using 3D-RISM2022

    • 著者名/発表者名
      Kazu Osaki, Toru Ekimoto, Tsutomu Yamane, Mitsunori Ikeguchi
    • 雑誌名

      J.Phys. Chem. B.

      巻: 126 号: 33 ページ: 6148-6158

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c03384

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [雑誌論文] Development of the force field for cyclosporine A2022

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Yamane, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 19 号: 0 ページ: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v19.0045

    • ISSN
      2189-4779
    • 言語
      英語
    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [雑誌論文] Hybrid in vitro/in silico analysis of low-affinity protein-protein interactions that regulate signal transduction by Sema6D2022

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Tsubasa、Ekimoto Toru、Nagatomo Meri、Neyazaki Makiko、Shimoji Erena、Yamane Tsutomu、Kanagawa Sakura、Oi Rika、Mihara Emiko、Takagi Junichi、Akashi Satoko、Ikeguchi Mitsunori、Nogi Terukazu
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 31 号: 11

    • DOI

      10.1002/pro.4452

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19236, KAKENHI-PROJECT-20H00455, KAKENHI-PROJECT-19H03170, KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-PLANNED-19H05774, KAKENHI-PROJECT-23K23825
  • [雑誌論文] Structure of SARS-CoV-2 membrane protein essential for virus assembly2022

    • 著者名/発表者名
      Zhang Zhikuan、Nomura Norimichi、Muramoto Yukiko、Ekimoto Toru、Uemura Tomoko、Liu Kehong、Yui Moeko、Kono Nozomu、Aoki Junken、Ikeguchi Mitsunori、Noda Takeshi、Iwata So、Ohto Umeharu、Shimizu Toshiyuki
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 4399-4399

    • DOI

      10.1038/s41467-022-32019-3

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K07086, KAKENHI-PROJECT-21K19327, KAKENHI-PROJECT-22K15046, KAKENHI-PROJECT-19H00923, KAKENHI-PROJECT-21K19207, KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-PUBLICLY-21H00228, KAKENHI-PROJECT-23K23820, KAKENHI-PLANNED-19H05777, KAKENHI-PROJECT-20H03380
  • [雑誌論文] Moving toward generalizable NZ-1 labeling for 3D structure determination with optimized epitope-tag insertion2021

    • 著者名/発表者名
      Risako Tamura-Sakaguchi, Rie Aruga, Mika Hirose, Toru Ekimoto, Takuya Miyake, Yohei Hizukuri, Rika Oi, Mika K Kaneko, Yukinari Kato, Yoshinori Akiyama, Mitsunori Ikeguchi, Kenji Iwasaki, Terukazu Nogi
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr D Struct Biol

      巻: 77 号: 5 ページ: 645-662

    • DOI

      10.1107/s2059798321002527

    • NAID

      120007032351

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-PROJECT-19K06562, KAKENHI-PROJECT-19H03170
  • [雑誌論文] Mechanism of Vitamin D Receptor Ligand-Binding Domain Regulation Studied by gREST Simulations2021

    • 著者名/発表者名
      Toru Ekimoto, Takafumi Kudo, Tsutomu Yamane, Mitsunori Ikeguchi
    • 雑誌名

      J Chem Inf Model

      巻: 61 号: 7 ページ: 3625-3637

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.1c00534

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [雑誌論文] Effect of Water Molecules on the Activating S810L Mutation of the Mineralocorticoid Receptor2021

    • 著者名/発表者名
      Kei Takedomi, Masateru Ohta, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi
    • 雑誌名

      J Chem Inf Model

      巻: 61 号: 7 ページ: 3583-3592

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.1c00389

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [雑誌論文] Structure-based screening combined with computational and biochemical analyses identified the inhibitor targeting the binding of DNA Ligase 1 to UHRF12021

    • 著者名/発表者名
      Kori Satomi、Shibahashi Yuki、Ekimoto Toru、Nishiyama Atsuya、Yoshimi Sae、Yamaguchi Kosuke、Nagatoishi Satoru、Ohta Masateru、Tsumoto Kouhei、Nakanishi Makoto、Defossez Pierre-Antoine、Ikeguchi Mitsunori、Arita Kyohei
    • 雑誌名

      Bioorg Med Chem

      巻: 52 ページ: 116500-116500

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2021.116500

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-19H05739, KAKENHI-PLANNED-18H05425, KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-PUBLICLY-21H00272, KAKENHI-PROJECT-19H03153, KAKENHI-PROJECT-19J22030, KAKENHI-PROJECT-20H02531, KAKENHI-PLANNED-19H05741
  • [雑誌論文] Structural and dynamical insights into the PH domain of p62 in human TFIIH2021

    • 著者名/発表者名
      Masahiko Okuda, Toru Ekimoto, Jun-ichi Kurita, Mitsunori Ikeguchi and Yoshifumi Nishimura
    • 雑誌名

      Nucleic. Acids Res.

      巻: 49 号: 5 ページ: 2916-2930

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa1045

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [雑誌論文] Deformation of microtubules regulates translocation dynamics of kinesin2021

    • 著者名/発表者名
      Syeda Rubaiya Nasrin, Christian Ganser, Seiji Nishikawa, Arif Md Rashedul Kabir, Kazuki Sada, Takefumi Yamashita, Mitsunori Ikeguchi, Takayuki Uchihashi, Henry Hess, Akira Kakugo
    • 雑誌名

      Sci Adv

      巻: 7 号: 42 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1126/sciadv.abf2211

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-PUBLICLY-20H04669, KAKENHI-PUBLICLY-21H00393, KAKENHI-PROJECT-21H01772, KAKENHI-PROJECT-21K19877, KAKENHI-PROJECT-21H04434, KAKENHI-PLANNED-18H05423
  • [雑誌論文] Hydration properties of a protein at low and high pressures: Physics of pressure denaturation2020

    • 著者名/発表者名
      Inoue Masao、Hayashi Tomohiko、Hikiri Simon、Ikeguchi Mitsunori、Kinoshita Masahiro
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 152 号: 6 ページ: 065103-065103

    • DOI

      10.1063/1.5140499

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K14674, KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-PROJECT-17H03663
  • [雑誌論文] A synthetic ion channel with anisotropic ligand response2020

    • 著者名/発表者名
      Muraoka Takahiro, Noguchi Daiki, Kasai Rinshi, Sato Kohei, Sasaki Ryo, Tabata Kazuhito, Ekimoto Toru, Ikeguchi Mitsunori, Kamagata Kiyoto, Hoshino Norihisa, Noji Hiroyuki, Akutagawa Tomoyuki, Ichimura Kazuaki, Kinbara Kazushi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 号: 1 ページ: 2924-2924

    • DOI

      10.1038/s41467-020-16770-z

    • NAID

      120006878529

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K05535, KAKENHI-PROJECT-20K06571, KAKENHI-PLANNED-17H06355, KAKENHI-ORGANIZER-18H05418, KAKENHI-PLANNED-18H05424, KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-PROJECT-20H03225, KAKENHI-PROJECT-19H00886, KAKENHI-PLANNED-18H05419, KAKENHI-ORGANIZER-20H05862, KAKENHI-PROJECT-19H02831
  • [雑誌論文] Imidazolinium‐based Multiblock Amphiphile as Transmembrane Anion Transporter2020

    • 著者名/発表者名
      Mori Miki、Sato Kohei、Ekimoto Toru、Okumura Shinichi、Ikeguchi Mitsunori、Tabata Kazuhito V.、Noji Hiroyuki、Kinbara Kazushi
    • 雑誌名

      Chemistry - An Asian Journal

      巻: 16 号: 2 ページ: 147-157

    • DOI

      10.1002/asia.202001106

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-18H05418, KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-PROJECT-19K15534, KAKENHI-PLANNED-18H05419, KAKENHI-PROJECT-19H02831
  • [雑誌論文] Combination of coarse-grained molecular dynamics simulations and small-angle X-ray scattering experiments2019

    • 著者名/発表者名
      Ekimoto T, Kokabu Y, Oroguchi T, Ikeguchi M
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 16 号: 0 ページ: 377-390

    • DOI

      10.2142/biophysico.16.0_377

    • NAID

      130007752757

    • ISSN
      2189-4779
    • 言語
      英語
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-PROJECT-17K19209
  • [雑誌論文] Rotational Mechanism Model of the Bacterial V1 Motor Based on Structural and Computational Analyses2019

    • 著者名/発表者名
      Singharoy A, Chipot C, Ekimoto T, Suzuki K, Ikeguchi M, Yamato I, Murata T.
    • 雑誌名

      Front Physiol.

      巻: 10 ページ: 1-12

    • DOI

      10.3389/fphys.2019.00046

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-PROJECT-17H03638, KAKENHI-PLANNED-18H05425
  • [雑誌論文] How Does the Recently Discovered Peptide MIP Exhibit Much Higher Binding Affinity than an Anticancer Protein p53 for an Oncoprotein MDM22019

    • 著者名/発表者名
      Yamada Tatsuya、Hayashi Tomohiko、Hikiri Simon、Kobayashi Naohiro、Yanagawa Hiroshi、Ikeguchi Mitsunori、Katahira Masato、Nagata Takashi、Kinoshita Masahiro
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 59 号: 8 ページ: 3533-3544

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.9b00226

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K06152, KAKENHI-PROJECT-19K14674, KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-PROJECT-17H03663, KAKENHI-PUBLICLY-17H05878, KAKENHI-PROJECT-17K07307
  • [雑誌論文] An Accurate and Rapid Method for Calculating Solvation Free Energies of a Variety of Solutes Including Proteins2019

    • 著者名/発表者名
      S. Hikiri, T. Hayashi, M. Inoue, T. Ekimoto, M. Ikeguchi, M. Kinoshita
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 150 号: 17 ページ: 175101-175101

    • DOI

      10.1063/1.5093110

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17H03663, KAKENHI-PROJECT-19K14674, KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [雑誌論文] Elimination of Finite-Size Effects on Binding Free Energies via the Warp-Drive Method.2018

    • 著者名/発表者名
      Ekimoto T, Yamane T, Ikeguchi M.
    • 雑誌名

      J Chem Theory Comput.

      巻: 14 号: 12 ページ: 6544-6559

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.8b00280

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [雑誌論文] Statistical thermodynamics for the unexpectedly large difference between disaccharide stereoisomers in terms of solubility in water.2018

    • 著者名/発表者名
      Hikiri S, Hayashi T, Ikeguchi M, Kinoshita M.
    • 雑誌名

      Phys Chem Chem Phys.

      巻: 20 号: 36 ページ: 23684-23693

    • DOI

      10.1039/c8cp04377a

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426, KAKENHI-PROJECT-17H03663
  • [雑誌論文] Finite-Size Effect on the Charging Free Energy of Protein in Explicit Solvent2015

    • 著者名/発表者名
      Toru Ekimoto, Nobuyuki Matubayasi, Mitsunori Ikeguchi
    • 雑誌名

      J. Chem. Theory Comput.

      巻: 11 号: 1 ページ: 215-223

    • DOI

      10.1021/ct5008394

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23651202, KAKENHI-PROJECT-25291036, KAKENHI-PROJECT-26240045
  • [雑誌論文] The Mechanism of the ab (alpha beta) Conformational Change in F1-ATPase After the ATP Hydrolysis: Free-energy Simulation2015

    • 著者名/発表者名
      Yuko Ito, Mitsunori Ikeguchi
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 108 号: 1 ページ: 85-97

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2014.11.1853

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-12J07915, KAKENHI-PROJECT-25291036, KAKENHI-PROJECT-26840051
  • [雑誌論文] An accurate and efficient computation method of the hydration free energy of a large, complex molecule2015

    • 著者名/発表者名
      T. Yoshidome, T. Ekimoto, N. Matubayasi, Y. Harano, M. Kinoshita, and M. Ikeguchi
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 142 号: 17 ページ: 175101-11

    • DOI

      10.1063/1.4919636

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K13550, KAKENHI-PROJECT-26240045, KAKENHI-PROJECT-25291035, KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [雑誌論文] Functional rotation induced by alternating protonation states in the multidrug transporter AcrB: All-atom molecular dynamics simulations.2013

    • 著者名/発表者名
      T. Yamane, S. Murakami, M. Ikeguchi
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 52 号: 43 ページ: 7648-7658

    • DOI

      10.1021/bi400119v

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [雑誌論文] Molecular Modeling and Molecular Dynamics Simulations of Recombinase Rad512013

    • 著者名/発表者名
      Y. Kokabu, M. Ikeguchi
    • 雑誌名

      Biophys. J

      巻: 104 号: 7 ページ: 1556-1565

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2013.02.014

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23118713
  • [雑誌論文] Mechanistic insights into the activation of Rad51-mediated strand exchange from the structure of a recombination activator, the Swi5-Sfr1 complex2013

    • 著者名/発表者名
      N.Kuwabara, Y.Murayama, H.Hashimoto, Y.Kokabu, M.Ikeguchi, M.Sato, K.Mayanagi, Y.Tsutsui, H.Iwasaki,and T.Shimizu
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 20 号: 3 ページ: 440-449

    • DOI

      10.1016/j.str.2012.01.005

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21113002, KAKENHI-PROJECT-21370048, KAKENHI-PROJECT-21570114, KAKENHI-PROJECT-22370045, KAKENHI-PROJECT-22770109, KAKENHI-PUBLICLY-23118713, KAKENHI-PUBLICLY-23121524, KAKENHI-PROJECT-23770105, KAKENHI-PROJECT-24247033, KAKENHI-PROJECT-24657076, KAKENHI-PLANNED-22125003, KAKENHI-PUBLICLY-24114506
  • [雑誌論文] Characterisation of an intrinsically disordered protein complex of Swi5-Sfr1 by ion mobility mass spectrometry and small-angle X-ray scattering2013

    • 著者名/発表者名
      Saikusa K, Kuwabara N, Kokabu Y, Inoue Y, Sato M, Iwasaki H, Shimizu T, Ikeguchi M, Akashi S
    • 雑誌名

      Analys

      巻: 138 号: 5 ページ: 1441-14499

    • DOI

      10.1039/c2an35878f

    • NAID

      120006557136

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20227009, KAKENHI-PLANNED-21113002, KAKENHI-PLANNED-21113003, KAKENHI-PLANNED-22125003, KAKENHI-PROJECT-22570120, KAKENHI-PLANNED-23116007, KAKENHI-PROJECT-23770105, KAKENHI-PROJECT-24247033
  • [雑誌論文] Molecular Dynamics Simulations of Yeast F1-ATPase Before and After 16-degree Rotation of the Gamma Subunit2013

    • 著者名/発表者名
      Yuko Ito, Takashi Yoshidome, Nobuyuki Matubayashi, Masahiro Kinoshita, Mitsunori Ikeguchi
    • 雑誌名

      The journal of Physical Chemistry B

      巻: 117 号: 12 ページ: 3298-3307

    • DOI

      10.1021/jp312499u

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-12J07915, KAKENHI-ORGANIZER-20118001, KAKENHI-PLANNED-20118002, KAKENHI-PROJECT-21300111, KAKENHI-PROJECT-22300100, KAKENHI-PROJECT-22300102, KAKENHI-PROJECT-23651202, KAKENHI-PLANNED-20118004, KAKENHI-PUBLICLY-23118713
  • [雑誌論文] Characterization of Experimentally Determined Native-Structure Models of a Protein Using Energetic and Entropic Components of Free-Energy Function2012

    • 著者名/発表者名
      H. Mishima, S. Yasuda, T. Yoshidome, H. Oshima, Y. Harano, M. Ikeguchi, M. Kinoshita
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B

      巻: 116 号: 27 ページ: 7776-7786

    • DOI

      10.1021/jp301541z

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-12J00412, KAKENHI-ORGANIZER-20118001, KAKENHI-PROJECT-22300100, KAKENHI-PLANNED-20118004, KAKENHI-PUBLICLY-23118713
  • [雑誌論文] Molecular Mechanism of ATP Hydrolysis in F_1-ATPase Revealed by Molecular Simulations and Single-Molecule Observations2012

    • 著者名/発表者名
      Shigehiko Hayashi, Hiroshi Ueno, Abdul Rajjak Shaikh, Myco Umemura, Motoshi Kamiya, Yuko Ito, Mitsunori Ikeguchi, Yoshihiro Momoriya, Ryota Iino, Hiroyuki Noji
    • 雑誌名

      Journal of American Chemical Society

      巻: 134 号: 20 ページ: 8447-8454

    • DOI

      10.1021/ja211027m

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-12J07915, KAKENHI-PROJECT-22247025, KAKENHI-PROJECT-22300102, KAKENHI-PROJECT-22370058, KAKENHI-PROJECT-24651167, KAKENHI-PUBLICLY-23107717, KAKENHI-PUBLICLY-23107720
  • [雑誌論文] Role of the DELSEED Loop in Torque Transmission of F_1-ATPase2012

    • 著者名/発表者名
      Mizue Tanigawara, Kazuhiro V. Tabata, Yuko Ito, Jotaro Ito, Rikiya Watanabe, Hiroshi Ueno, Mitsunori Ikeguchi, Hiroyuki Noji,
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 103 号: 5 ページ: 970-978

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2012.06.054

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-12J07915, KAKENHI-PROJECT-22247025, KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [雑誌論文] Structural Characteristics of Yeast F_1-ATPase Before and After 16-degree Rotation of the γ Subunit : Theoretical Analysis Focused on the Water-Enrtopy Effect2012

    • 著者名/発表者名
      Takashi Yoshidome, Yuko Ito, Nobuyuki Matubayashi, Mitunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 137 号: 3 ページ: 8-8

    • DOI

      10.1063/1.4734298

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-12J07915, KAKENHI-ORGANIZER-20118001, KAKENHI-PLANNED-20118002, KAKENHI-PLANNED-20118004, KAKENHI-PROJECT-21300111, KAKENHI-PROJECT-22300100, KAKENHI-PROJECT-22300102, KAKENHI-PROJECT-23651202, KAKENHI-PUBLICLY-23118713
  • [雑誌論文] Crucial Importance of Water-Entropy Effect for Predicting Hot Spots in Protein-Protein Complexes2011

    • 著者名/発表者名
      H.Oshima, S.Yasuda, T.Yoshidome, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 13 号: 36 ページ: 16236-16246

    • DOI

      10.1039/c1cp21597c

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-20118001, KAKENHI-PUBLICLY-23118713
  • [雑誌論文] Mechanism of the conformational change of the F_1-ATPase B subunit revealed by free-energy simulations.2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, T.Oroguchi, M.Ikeguchi
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc.

      巻: 133 ページ: 3372-3380

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [雑誌論文] Mechanism of the conformational change of the F1-ATPase β subunit revealed by free-energy simulations2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, T.Oroguchi, M.Ikeguchi
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 133 ページ: 3372-3380

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] On the rotation mechanism of F_1-ATPase : crucial importance of water-entropy effect.2011

    • 著者名/発表者名
      T.Yoshidome, Y.Ito, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc.

      巻: 133 ページ: 4030-4039

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21118519
  • [雑誌論文] On the rotation mechanism of F_1-ATPase : crucial importance of water-entropy effect2011

    • 著者名/発表者名
      T.Yoshidome, Y.Ito, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 133 ページ: 4030-4039

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Mechanism of the conformational change of the F1-ATPase β subunit revealed by free-energy simulations2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, T.Oroguchi, M.Ikeguchi
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society vol.133

      ページ: 3372-3380

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Rotational Mechanism of F_1-ATPase : Crucial Importance of Water-Entropy Effect2011

    • 著者名/発表者名
      T.Yoshidome, Y.Ito, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 133 号: 11 ページ: 4030-4039

    • DOI

      10.1021/ja109594y

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-20118001, KAKENHI-PLANNED-20118004, KAKENHI-PROJECT-22300100, KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [雑誌論文] On the rotation mechanism of F1-ATPase: crucial importance of water-entropy effect2011

    • 著者名/発表者名
      T.Yoshidome, Y.Ito, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society vol.133

      ページ: 4030-4039

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Fission yeast Swi5-Sfr1 protein complex, an activator of Rad51 recombinase, forms an extremely elongated dogleg-shaped structure2011

    • 著者名/発表者名
      Kokabu Y, Murayama Y, Kuwabara N, Oroguchi T, Hashimoto H, Tsutsui Y, Nozaki N, Akashi S, Unzai S, Shimizu T, Iwasaki H, Sato M, Ikeguchi M
    • 雑誌名

      J Biol Chem

      巻: 286 号: 50 ページ: 43569-43576

    • DOI

      10.1074/jbc.m111.303339

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20227009, KAKENHI-PLANNED-21113002, KAKENHI-PLANNED-21113003, KAKENHI-PROJECT-21370048, KAKENHI-PROJECT-22370045, KAKENHI-PROJECT-22570120, KAKENHI-PROJECT-22770109, KAKENHI-PLANNED-23116007, KAKENHI-PUBLICLY-23118713, KAKENHI-PUBLICLY-23121524, KAKENHI-PROJECT-23570145, KAKENHI-PROJECT-23770105
  • [雑誌論文] Mechanism of the conformational change of the F1-ATPase β subunit revealed by free-energy simulations2011

    • 著者名/発表者名
      Y. Ito, T. Oroguchi, M. Ikeguchi
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 133 号: 10 ページ: 3372-3380

    • DOI

      10.1021/ja1070152

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [雑誌論文] Structural and functional analysis of the intrinsic inhibitor subunit ε of F1-ATPase from photosynthetic organisms2010

    • 著者名/発表者名
      H.Yagi, H.Konno, T.Murakami-Fuse, A.Isu, T.Oroguchi, H.Akutsu, M.Ikeguchi, T.Hisabori
    • 雑誌名

      Biophysical Journal vol.425

      ページ: 85-94

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Side-chain conformational changes of transcription factor PhoB upon DNA binding : a population-shift mechanism.2010

    • 著者名/発表者名
      T.Yamane, H.Okamura, Y.Nishimura, A.Kidera, M.Ikeguchi
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc.

      巻: 132 ページ: 12653-12659

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [雑誌論文] Structural fluctuation and concerted motions in F1-ATPase: a molecular dynamics study2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, M.Ikeguchi
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry vol.31

      ページ: 2175-2185

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Effects of ionic strength on SAXS data for proteins revealed by molecular dynamics simulations.2010

    • 著者名/発表者名
      T.Oroguchi, M.Ikeguchi
    • 雑誌名

      J.Chem.Phys.

      巻: 134 ページ: 25102-25102

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [雑誌論文] Structural and functional analysis of the intrinsic inhibitor subunit e of F1-ATPase from photosynthetic organisms2010

    • 著者名/発表者名
      H.Yagi, H.Konno, T.Murakami-Fuse, A.Isu, T.Oroguchi, H.Akutsu, M.Ikeguchi, T.Hisabori
    • 雑誌名

      Biophysical Journal 425

      ページ: 85-94

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of the isolated β subunit of F_1-ATPase2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, M.Ikeguchi
    • 雑誌名

      Chem.Phys.Lett. 490

      ページ: 80-83

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21118519
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of the isolated β subunit of F1-ATPase2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, M.Ikeguchi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters vol.490

      ページ: 80-83

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of the isolated β subunit of Fl-ATPase2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, M.Ikeguchi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 490

      ページ: 80-83

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of the isolated β subunit of F1-ATPase2010

    • 著者名/発表者名
      Y. Ito, M. Ikeguchi
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett

      巻: 490 号: 1-3 ページ: 80-83

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2010.03.015

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [雑誌論文] Latent dynamics of a protein molecule observed in dihedral angle space.2010

    • 著者名/発表者名
      S.Omori, S.Fuchigami, M.Ikeguchi, A.Kidera
    • 雑誌名

      J.Chem.Phys. 132

      ページ: 115103-115103

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21118519
  • [雑誌論文] Molecular modeling of the HAMP domain of sensory rhodopsin II transducer from Natronomonas pharaonis2010

    • 著者名/発表者名
      K.Nishikata, S.Fuchigami, M.Ikeguchi, A.Kider+a
    • 雑誌名

      BIOPHYSICS 6

      ページ: 27-36

    • NAID

      130000248065

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21118519
  • [雑誌論文] Normal mode analysis of protein dynamics in a non-eckart frame2010

    • 著者名/発表者名
      S.Fuchigami, S.Omori, M.Ikeguchi, A.Kidera
    • 雑誌名

      J.Chem.Phys. 132

      ページ: 104109-104109

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21118519
  • [雑誌論文] Structural fluctuation and concerted motions in F1-ATPase : a molecular dynamics study2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, M.Ikeguchi
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry (印刷中)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Structural and functional analysis of the intrinsic inhibitor subunit εof F1-ATPase from photosynthetic organisms2010

    • 著者名/発表者名
      H. Yagi, H. Konno, T. Murakami-Fuse, A. Isu, T. Oroguchi, H. Akutsu, M. Ikeguchi, T. Hisabori
    • 雑誌名

      Biochem. J

      巻: 425 号: 1 ページ: 85-94

    • DOI

      10.1042/bj20091247

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [雑誌論文] Structural and functional analysis of the intrinsic inhibitor subunit ε of F_1-ATPase from photosynthetic organisms2010

    • 著者名/発表者名
      H.Yagi, H.Konno, T.Murakami-Fuse, A.Isu, T.Oroguchi, H.Akutsu, M.Ikeguchi, T.Hisabori
    • 雑誌名

      Biochem.J. 425

      ページ: 85-94

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21118519
  • [雑誌論文] Structural fluctuation and concerted motions in F1-ATPase: a molecular dynamics study2010

    • 著者名/発表者名
      Y. Ito, M. Ikeguchi
    • 雑誌名

      J. Comput. Chem

      巻: 31 号: 11 ページ: 2175-2185

    • DOI

      10.1002/jcc.21508

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [雑誌論文] Linear response theory in dihedral angle space for protein structural change upon ligand binding2009

    • 著者名/発表者名
      S.Omori, S.Fuchigami, M.Ikeguchi, A.Kidera
    • 雑誌名

      J.Comput.Chem. 30

      ページ: 2602-2608

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21118519
  • [雑誌論文] Intrinsic Dynamics of Restriction Endonuclease Eco0109I Studied by Molecular Dynamics Simulations and X-Ray Scattering Data Analysis2009

    • 著者名/発表者名
      T. Oroguchi, H. Hashimoto, T. Shimizu, M. Sato, M. Ikeguchi
    • 雑誌名

      Biophys. J 96

      ページ: 2808-2822

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20051020
  • [雑誌論文] Water transport in aquaporins : molecular dynamics simulations2009

    • 著者名/発表者名
      M. Ikeguchi
    • 雑誌名

      Frontiers in Bioscience 14

      ページ: 1283-1291

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Free-energy function based on an all-atom model for proteins2009

    • 著者名/発表者名
      T.Yoshidome, K.Oda, Y.Harano, R.Roth, Y.Sugita, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • 雑誌名

      Proteins 77

      ページ: 950-961

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21118519
  • [雑誌論文] Intrinsic dynamics of restriction endonuclease Eco0109I studied by molecular dynamics simulations and x-ray scattering data analysis2009

    • 著者名/発表者名
      T. Oroguchi, H. Hashimoto, T. Shimizu, M. Sato, M. Ikeguchi
    • 雑誌名

      Biophys. J. 96

      ページ: 2808-2822

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Linear response theory in dihedral angle space for protein structural change upon ligand binding2009

    • 著者名/発表者名
      S. Omori, S. Fuchigami, M. Ikeguchi, A. Kidera
    • 雑誌名

      J. Comput. Chem.

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Intrinsic dynamics of restriction endonuclease EcoO109I studied by molecular dynamics simulations and x-ray scattering data analysis2009

    • 著者名/発表者名
      T. Oroguchi, H. Hashimoto, T. Shimizu, M. Sato, M. Ikeguchi
    • 雑誌名

      Biophys. J. 96

      ページ: 2808-2822

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Water-mediated interactions between DNA and PhoB DNA-binding/trans activationdomain:NMR-restrained molecular dynamics in explicit water environment2008

    • 著者名/発表者名
      T.Yamane, H.Okamura, M.Ikeguchi, Y.Nishimura, A.Kidera
    • 雑誌名

      Proteins:Structure, Function, and Bioinformatics 71

      ページ: 1970-1983

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] Water-mediated interactions between DNA and PhoB DNA-binding/transactivation domain as determined by NMR and restrained molecular dynamics in explicit water environment2008

    • 著者名/発表者名
      T.Yamane, H.Okamura, M.Ikeguchi, Y.Nishimura and A.Kidera
    • 雑誌名

      Proteins:Structure, Function, and Bioinformatics 71

      ページ: 1970-1983

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19036028
  • [雑誌論文] Water-mediated interactions between DNA and PhoB DNA-binding/transactivation domain: NMR-restrained molecular dynamics in expplicit water environment.2008

    • 著者名/発表者名
      T. Yamane, H. Okamura, M. Ikeguchi, Y. Nishimura, A. Kidera
    • 雑誌名

      Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 71

      ページ: 1970-1983

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Structure of the SUMO-interacting motif of MCAF1 bound to SUMO-32008

    • 著者名/発表者名
      N. Sekiyama, T. Ikegami, T. Yamane, H. Ikeguchi, Y. Uchimura, D. Baba, M. Ariyoshi, H. Tochio, H. Saitoh, M. Shirakama
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem. 283

      ページ: 35966-35975

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] アクアポリンの水透過過程の比較分子シミュレーション2008

    • 著者名/発表者名
      木寺詔紀, 池口満徳
    • 雑誌名

      生化学 80

      ページ: 940-947

    • NAID

      10022594695

    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Unfolding athways of Goat α-Lactalbumin as revealed in multiple alignment of molecular dynamics trajectories2007

    • 著者名/発表者名
      T.Oroguchi, M.Ikeguchi, M.Ota, K.Kuwajima and A.Kidera
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol. 371

      ページ: 1354-1364

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19036028
  • [雑誌論文] Water transport in aquaporins : Osmotic permeability matrix analysis of molecular dynamics simulations2007

    • 著者名/発表者名
      M.Hashido, A.Kidera, M.Ikeguchi
    • 雑誌名

      Biophysical Journal 92(In press)

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17048024
  • [雑誌論文] Physical basis for characterizing native structures of proteins2007

    • 著者名/発表者名
      Y.Harano, R.Roth, Y.Sugita, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett. 437

      ページ: 112-116

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] Unfolding pathways of goat a-lactalbumin as revealed in multiple align ment of molecular dynamics trajectories2007

    • 著者名/発表者名
      T.Oroguchi, M.Ikeguchi, M.Ota, K.Kuwajima, A.Kidera
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology 371

      ページ: 777-784

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] Unfolding pathways of goat α-lactalbumin as revealed in multiple alignment of molecular dynamics trajectories2007

    • 著者名/発表者名
      T. Oroguchi, M. Ikeguchi, M. Ota, K. Kuwajima, A. Kidera
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol. 371

      ページ: 1354-1364

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Nickel binding to NikA : an additional binding site reconciles spectroscopy, calorimetry and crystallography.2007

    • 著者名/発表者名
      C.Addy, C.Ohara, M.Kawai, F.Kidera, A.Ikeguchi, M.Fuchigami, S.Osawa, M.Shimada, I.Park, S.-Y.Tame, J.R.H., Heddle, J.G.
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section D : Biological Crystallography D63

      ページ: 221-229

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] Physical basis for characterizing native structures of proteins2007

    • 著者名/発表者名
      Y.Harano, R.Roth, Y.Sugita, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • 雑誌名

      Chem.Phys.Lett. 437

      ページ: 112-116

    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Water transport in aquaporins:osmotic permeability matrix analysis of molecular dynamics simulations2007

    • 著者名/発表者名
      M.Hashido, A.Kidera, M.Ikeguchi
    • 雑誌名

      Biophysical Journal 93

      ページ: 373-385

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] Water transport in aquaporins: osmotic permeability matrix analysis of molecular dynamics simulations2007

    • 著者名/発表者名
      M. Hashido, A. Kidera, M. Ikeguchi
    • 雑誌名

      Biophys. J. 93

      ページ: 373-385

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] 生物系の分子動力学シミュレーション2007

    • 著者名/発表者名
      池口満徳
    • 雑誌名

      日本物理学会誌 vol.62

      ページ: 777-784

    • NAID

      110006436909

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Unfolding pathways of goatα-lactalbumin as revealed in multiple alignment of molecular dynamics trajectories.2007

    • 著者名/発表者名
      T. Oroguchi, M. Ikeguchi, M. Ota, K. Kuwajima, A. Kidera
    • 雑誌名

      Mol. Biol. 371

      ページ: 1354-64

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19300101
  • [雑誌論文] Structural changes of the cytoplasmic domain of phospholamban by phosphorylation at Ser16 : A molecular dynamics study.2006

    • 著者名/発表者名
      Sugita, Y., Miyashita, N., Yoda, T., Ikeguchi, M., Toyoshima
    • 雑誌名

      Biochemistry 45

      ページ: 11752-11761

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] 蛋白質構造変化の源はゆらぎ-分子結合に伴う蛋白質の立体構造変化の理論-2006

    • 著者名/発表者名
      池口満徳, 木寺詔紀
    • 雑誌名

      蛋白質・核酸・酵素 51・3

      ページ: 268-273

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] タンパク質構造変化の理論 : 平衡ゆらぎと線形応答理論2006

    • 著者名/発表者名
      池口満徳, 木寺詔紀
    • 雑誌名

      生物物理 46

      ページ: 275-278

    • NAID

      110004810275

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] 脂質二重膜・膜蛋白質の分子動力学計算.2006

    • 著者名/発表者名
      杉田有治, 池口満徳
    • 雑誌名

      物性研究 86

      ページ: 157-197

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] タンパク質フォールデイング博物学の曙2006

    • 著者名/発表者名
      太田元規, 池口満徳
    • 雑誌名

      生物物理 46

      ページ: 224-227

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] フォールディング実験とその分子動力学による再現2005

    • 著者名/発表者名
      池口満徳, 桑島邦博
    • 雑誌名

      現代化学 407

      ページ: 49-54

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] Comparative simulations of aquaporin family : AQP1, AQPZ, AQP0 and GlpF2005

    • 著者名/発表者名
      Hashido, M., Ikeguchi, M., Kidera, A.
    • 雑誌名

      FEBS Letters 579

      ページ: 5549-5552

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] Protein Structural Change upon Ligand Binding : Linear Response Theory2005

    • 著者名/発表者名
      M.Ikeguchi, J.Ueno, M.Sato, A.Kidera
    • 雑誌名

      Phys.Rev.Lett. 94

      ページ: 78102-78102

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13208010
  • [雑誌論文] Protein structural change upon ligand binding : Linear response theory2005

    • 著者名/発表者名
      Ikeguchi, M.
    • 雑誌名

      Phys. Rev. Lett. 94

      ページ: 78102-78102

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13208010
  • [雑誌論文] Protonation of the acidic residues in the transmembrane cation-binding sites of the Ca^<2+>-pump2005

    • 著者名/発表者名
      Sugita, Y., Miyashita, N., Ikeguchi, M., Kidera, A., Toyoshima, C.
    • 雑誌名

      The Journal of American Chemical Society 127

      ページ: 6150-6151

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] Atomically detailed description of the unfolding of α-lactalbumin by the combined use of experiments and simulations2005

    • 著者名/発表者名
      Oroguchi, T., Ikeguchi, M., Saeki, K., Kamagata, K., Sawano, Y., Tanokura, M., Kidera, A.Kuwajima
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology 354

      ページ: 164-172

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] Protein structural change upon ligand binding : Linear response theory2005

    • 著者名/発表者名
      Ikeguchi, M.
    • 雑誌名

      Phys.Rev.Lett. 94

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13208010
  • [雑誌論文] Protein structural change upon ligand binding : Linear response theory2005

    • 著者名/発表者名
      M.Ikeguchi, J.Ueno, M.Sato, A.Kidera
    • 雑誌名

      Phys.Rev.Lett. 94

      ページ: 78102-78102

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] Phylogeny of protein-folding trajectories reveals a unique pathway to native structure2004

    • 著者名/発表者名
      Ota, M., Ikeguchi, M., Kidera, A.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101

      ページ: 17658-17663

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] Phylogeny of protein folding trajectories reveals a unique pathway to native structure2004

    • 著者名/発表者名
      M.Ota, M.Ikeguchi, A.Kidera
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101

      ページ: 17658-17663

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13208010
  • [雑誌論文] The crystal structure of the tryptophan synthase b2 subunit from the hyperthermophile Pvrococcus furiosus Investigation of stabilization factors2004

    • 著者名/発表者名
      Hioki, Y.(中略) Ikeguchi, M., Kuramitsu, S., Yutani, K.
    • 雑誌名

      Eur.J.Biochem 271

      ページ: 2624-2635

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [雑誌論文] Partial rigid-body dynamics in NPT, NPAT and NPγT ensembles for proteins and membranes2003

    • 著者名/発表者名
      Ikeguchi, M.
    • 雑誌名

      J.Comput.Chem. 25

      ページ: 529-541

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13208010
  • [雑誌論文] Partial rigid-body dynamics in NPT, NPAT and NPγT ensembles for proteins and membranes2003

    • 著者名/発表者名
      Ikeguchi, M
    • 雑誌名

      J. Comput. Chem. 25

      ページ: 529-541

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13208010
  • [雑誌論文] Water Transport in Aquaporins : Osmotic Permeability Matrix Analysis of Molecular Dynamics Simulations

    • 著者名/発表者名
      M.Hashido, A.Kidera, M.Ikeguchi
    • 雑誌名

      Biophys.J. (in press)

    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [雑誌論文] Free-energy function for discriminating the native fold of a protein from misfolded decoys.

    • 著者名/発表者名
      S.Yasuda, T.Yoshidome, Y.Harano, R.Roth, H.Oshima, K.Oda, Y.Sugita, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • 雑誌名

      Proteins

      巻: (印刷中)

    • NAID

      120005593601

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21118519
  • [学会発表] QM/MM simulations of artificial ion channel in membrane-water system2022

    • 著者名/発表者名
      M. Nakagawa, T.Ekimoto, T. Yamane, K. Sato, K. Kinbara, M. Ikeguchi
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2022年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 膜水系における人工イオンチャネルのQM/MMシミュレーション2022

    • 著者名/発表者名
      中川真由子、浴本亨、山根努、佐藤浩平、金原数、池口満徳
    • 学会等名
      第50回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 拡張アンサンブル手法を用いた中分子シクロスポリン A と E の動的構造探索2022

    • 著者名/発表者名
      浴本亨、伊藤朱里、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 計算蛋白質科学の現在と未来2022

    • 著者名/発表者名
      池口満徳
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Structural dynamics of proteins studied using molecular dynamics simulations.2022

    • 著者名/発表者名
      M. Ikeguchi
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Substrate transport simulations of human L-type amino acid transporter LAT1-CD98hc complex coupled with conformational changes2022

    • 著者名/発表者名
      N. Yoahida, T. Ekimoto, T. Yamane, M. Ikeguchi
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] アミノ酸トランスポーターLAT1の基質輸送シミュレーション2022

    • 著者名/発表者名
      吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第50回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 木探索分子動力学法による Interleukin-2-inducible T-cell kinase 活性化経路の探索2022

    • 著者名/発表者名
      中居雪菜、浴本亨、山根努、小川直樹、井上雅郎、寺山慧、池口満徳
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Applications of REST simulation to understanding regulation mechanism of protein activation and peptide ligands.2022

    • 著者名/発表者名
      浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 全原子分子動力学シミュレーションによるヒトL型アミノ酸トランスポーター LAT1-CD98hc 複合体の基質輸送メカニズムの解析2022

    • 著者名/発表者名
      吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションの創薬応用とFMO法への期待2022

    • 著者名/発表者名
      池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2022年大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] A study of activation mechanism of epidermal growth factor receptor kinase using large-scale molecular dynamics simulations2022

    • 著者名/発表者名
      井上雅郎、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] QM/MM simulations of cyclic artificial ion channel in membrane-water system2022

    • 著者名/発表者名
      M. Nakagawa, T. Ekimoto, T. Yamane, K. Sato, K. Kinbara, M. Ikeguchi
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 構造生物学データを活用しAIと連携した分子動力学シミュレーション研究2022

    • 著者名/発表者名
      池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2022年大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Activation Pathway of Interleukin-2-inducible T-cell kinase Explored by Tree-Search Molecular Dynamics2022

    • 著者名/発表者名
      Y. Nakai, T. Ekimoto, T. Yamane, N. Ogawa, M. Inoue, K. Terayama, M. Ikeguchi
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Activation Pathway of IL-2-inducible T-cell kinase Explored by Tree-Search Molecular Dynamics2021

    • 著者名/発表者名
      中居雪菜、浴本亨、山根努、小川直樹、寺山慧、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2021年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Inhibitor discovery targeting UHRF1 by MD simulations and biochemical analyses2021

    • 著者名/発表者名
      柴橋佑希、浴本亨、郡聡実、山根努、有田恭平、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2021年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Transport simulation of human LAT1-CD98hc complex2021

    • 著者名/発表者名
      吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2021年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 維持メチル化因子UHRF1の阻害剤探索:MDを組み合わせたインシリコスクリーニング2021

    • 著者名/発表者名
      柴橋佑希、浴本亨、郡聡実、山根努、有田恭平、池口満徳
    • 学会等名
      第49回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] ヒト L型アミノ酸トランスポーター1と阻害剤JPH203の結合構造予測2021

    • 著者名/発表者名
      吉田夏海、浴本亨、山根努、鈴木登紀子、遠藤仁、池口満徳
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] TS-MDによるInterleukin-2-inducible T-cell kinase活性化機構の解明2021

    • 著者名/発表者名
      中居雪菜、浴本亨、山根努、小川直樹、寺山慧、池口満徳
    • 学会等名
      第49回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Comparison of molecular dynamics of cyclosporin A and cycrosporin E2021

    • 著者名/発表者名
      伊藤朱里、山根努、浴本亨、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2021年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 人工イオンチャネルの全原子分子動力学シミュレーション2021

    • 著者名/発表者名
      中川真由子、浴本亨、山根努、村岡貴博、佐藤浩平、金原数、池口満徳
    • 学会等名
      第 10 回日本生物物理学会関東支部会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Elucidation of interaction between neurotrophin receptor TrkAd5 and its binding peptide2021

    • 著者名/発表者名
      高橋真帆、浴本亨、鈴木里香、山根努、高橋栄夫、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2021年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Interaction analysis of cyclic artificial ion channel AmFF2021

    • 著者名/発表者名
      中川真由子、山根努、浴本亨、佐藤浩平、金原数、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2021年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 硬質コルチコイド受容体の活性型変異S810Lに対する水分子の効果2021

    • 著者名/発表者名
      武富啓、大田雅照、浴本亨、池口満徳
    • 学会等名
      第49回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] ヒト L型アミノ酸トランスポーター1と阻害剤JPH203の結合構造予測2021

    • 著者名/発表者名
      吉田夏海、浴本亨、山根努、鈴木登紀子、遠藤仁、池口満徳
    • 学会等名
      第 10 回日本生物物理学会関東支部会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] ニューロトロフィン受容体TrkAd5結合ペプチドのデザイン2021

    • 著者名/発表者名
      高橋真帆、浴本亨、山根努、鈴木里佳、高橋栄夫、池口満徳
    • 学会等名
      第49回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 中分子シクロスポリンAとシクロスポリンEの分子ダイナミクスの比較2021

    • 著者名/発表者名
      伊藤朱里、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第49回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 人工イオンチャネルの全原子分子動力学シミュレーション2021

    • 著者名/発表者名
      中川真由子、浴本亨、山根努、村岡貴博(東京農工大)、佐藤浩平、金原数、池口満徳
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 環状人工イオンチャネルの相互作用解析2021

    • 著者名/発表者名
      中川真由子・山根努・浴本亨・佐藤浩平、金原数・池口満徳
    • 学会等名
      第49回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Transport mechanism of human LAT1-CD98hc complex studied by all-atom MD2021

    • 著者名/発表者名
      吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 全原子分子動力学シミュレーションを使ったヒトL型アミノ酸トランスポーター LAT1のコンフォメーション変化の解析2021

    • 著者名/発表者名
      吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第49回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 神経栄養因子NGF高親和性受容体TrkAドメイン5と新規結合ペプチドの相互作用解析2021

    • 著者名/発表者名
      鈴木里佳、登坂綺水、浴本亨、高橋真帆、山根努、坂倉正義、水越弓子、竹内恒、嶋田一夫、池口満徳、高橋栄夫
    • 学会等名
      日本薬学会第140年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 3D-RISM-AI: Prediction of protein-ligand binding free energy based on machine learning using 3D-RISM2020

    • 著者名/発表者名
      大崎和、山根努、浴本亨、池口満徳
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Combination method of coarse-grained molecular dynamics simulations and small-angle x-ray scattering data2020

    • 著者名/発表者名
      浴本亨、小甲裕一、苙口友隆、池口満徳
    • 学会等名
      Biophysical society 64th Annual Meeting
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 機械学習を用いた3D-RISMベースの結合自由エネルギー予測2020

    • 著者名/発表者名
      大崎和、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第48回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Regulation mechanism of agonist/antagonist activities of vitamin D receptor elucidated by generalized ensemble method2020

    • 著者名/発表者名
      浴本亨、工藤崇文、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 中分子シクロスポリンAとシクロスポリンEの分子ダイナミクスの比較2020

    • 著者名/発表者名
      伊藤朱里、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第48回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] シクロスポリンAのCHARMM力場の開発2020

    • 著者名/発表者名
      山根努、浴本亨、池口満徳
    • 学会等名
      第48回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] In-silico analysis of artificial ion channels2020

    • 著者名/発表者名
      長村隆大、浴本亨、山根努、村岡高宏、金原数、池口満徳
    • 学会等名
      The 1st International Symposium on Molecular Engine
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] ニューロトロフィン受容体TrkAd5と結合ペプチド間の相互作用様式の解明2020

    • 著者名/発表者名
      高橋真帆、浴本亨、山根努、鈴木里佳、高橋栄夫、池口満徳
    • 学会等名
      第48回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Comparison of molecular dynamics of cyclosporin A and cycrosporin E2020

    • 著者名/発表者名
      伊藤朱里、山根努、浴本亨、池口満徳
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Development of the CHARMM force field for cyclosporine A and application to molecular dynamics simulations using a membrane-water system2020

    • 著者名/発表者名
      山根努、高橋遼、伊藤朱里、浴本亨、池口満徳
    • 学会等名
      Biophysical society 64th Annual Meeting
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Elucidation of interaction between neurotrophin receptor TrkAd5 and its binding peptide2020

    • 著者名/発表者名
      高橋真帆、浴本亨、山根努、鈴木里香、高橋栄夫、池口満徳
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A and application to molecular dynamics simulations using a membrane-water system2019

    • 著者名/発表者名
      山根努、浴本亨、池口満徳
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of vitamin D receptor analyzed by generalized ensemble method2019

    • 著者名/発表者名
      工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2019年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 拡張アンサンブル法を用いたビタミンD受容体のアゴニスト/アンタゴニスト活性調節機構の研究2019

    • 著者名/発表者名
      工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第47回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of vitamin D receptor studied by generalized ensemble method2019

    • 著者名/発表者名
      工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Ligand-bound forms of drug discovery target protein in solution studied by molecular dynamics simulations2019

    • 著者名/発表者名
      浴本亨、工藤崇文、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Elimination of Finite-size Effects on Binding Free Energies by the Warp-drive method2019

    • 著者名/発表者名
      浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      Biophysical society 63th Annual Meeting
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Selectivity of phosphodiesterase-10A inhibitor for phosphodiesterase family elucidated by free energy perturbation approach2019

    • 著者名/発表者名
      浴本亨、湯浅千紗、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2019年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] ホスホジエステラーゼファミリータンパク質における選択性のインシリコ研究2019

    • 著者名/発表者名
      浴本亨、湯浅千紗、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第47回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] シクロスポリンAのCHARMM力場開発と膜-水系の分子シミュレーションへの応用2019

    • 著者名/発表者名
      山根努、高橋遼、浴本亨、池口満徳
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Phosphodiesterase阻害薬のファミリー蛋白質選択性に関するin silico解析2019

    • 著者名/発表者名
      湯浅千紗、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 3D-RISM-AI: A machine learning approach to predict protein-ligand binding affinity using 3D-RISM2019

    • 著者名/発表者名
      大崎和、山根努、浴本亨、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2019年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Artificial ion channels studied by All-atom molecular dynamics simulations2019

    • 著者名/発表者名
      長村隆大、浴本亨、山根努、村岡高宏、金原数、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2019年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] All-atom molecular dynamics simulations of artificial ion channels2019

    • 著者名/発表者名
      長村隆大、浴本亨、山根努、村岡高宏、金原数、池口満徳
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A and application to molecular dynamics simulations using a membrane-water system2019

    • 著者名/発表者名
      山根努、高橋遼、伊藤朱里、浴本亨、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2019年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 異なる分子パラメータを持つ複数分子系のシミュレーションプロトコルの構築2019

    • 著者名/発表者名
      佐藤美和、佐藤昂人、鈴木南美、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第33回分子シミュレーション討論会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] An effective alchemical perturbation method eliminating finite-size effect on binding free energies2018

    • 著者名/発表者名
      浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いたビタミンD受容体リガンド結合ドメインの溶液構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      浴本亨、工藤崇文、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      第46回構造活性相関シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of vitamin D receptor studied by pharmacophore analysis2018

    • 著者名/発表者名
      工藤崇文、浴本亨、池口満徳
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Molecular dynamics simulations of multidrug transporter AcrB2018

    • 著者名/発表者名
      Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      The 79th Okazaki Conference: Synthetic, Biological, and Hybrid Molecular Engines
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] ヒト疾患モデルと分子動力学によるGPCRのリガンド結合ーシグナル活性化の新たな連関機構の解明2018

    • 著者名/発表者名
      栗原由紀子、浴本亨、北沢太郎、杉山諒、小谷理沙、内島恭信、池口満徳、栗原裕基
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A2018

    • 著者名/発表者名
      山根努、渡邊裕太、浴本亨、池口満徳
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A2018

    • 著者名/発表者名
      山根努、高橋遼、浴本亨、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2018年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] In silico protein-protein interaction analysis of axon guidance molecule semaphorin and receptor plexin2018

    • 著者名/発表者名
      下地恵令奈、山根努、浴本亨、永友芽里、禾晃和、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2018年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] シグナル分子セマフォリンと受容体プレキシンの結合特異性に関する構造生物学的解析2018

    • 著者名/発表者名
      田中翼、永友芽里、根谷崎牧子、大井里香、下地恵令奈、山根努、浴本亨、池口満徳、禾晃和
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Molecular simulations for biomolecules using high performance computers2018

    • 著者名/発表者名
      Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      The 3rd International Symposium on Research and Education of Computational Science (RECS)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Protein-ligand binding process studied by Markov state mode2018

    • 著者名/発表者名
      浴本亨、荒木望嗣、井阪悠太、山根努、奥野恭史、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2018年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] In silico binding affinity analysis for phosphodiesterase-10A inhibitors2018

    • 著者名/発表者名
      湯浅千紗、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2018年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Study of regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of viramin D receptor ligand-binding domain2018

    • 著者名/発表者名
      工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2018年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] 分子動力学計算による構造生物学データを活用した構造ダイナミクス研究2018

    • 著者名/発表者名
      池口満徳
    • 学会等名
      情報計算科学生物学会2018年大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18H05426
  • [学会発表] Rotation mechanism of V1-ATPase studied by multi-scale MD simulation2015

    • 著者名/発表者名
      Yuta Isaka, Yuichi Kokabu, Toru Ekimoto, Takeshi Murat, Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第53回年会
    • 発表場所
      金沢大学
    • 年月日
      2015-09-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [学会発表] マルチスケール分子動力学シミュレーションによる V1-ATPase の回転機構の解明2015

    • 著者名/発表者名
      井阪 悠太、小甲 裕一、浴本 亨、 村田 武士、池口 満徳
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会第15回年会
    • 発表場所
      徳島あわぎんホール
    • 年月日
      2015-06-24
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [学会発表] Conformational Dynamics of Multidrug Efflux Transporter AcrB2015

    • 著者名/発表者名
      Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第53回年会
    • 発表場所
      金沢大学
    • 年月日
      2015-09-13
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [学会発表] Free energy simulations for the conformational change of the αβ subunits in F1-ATPase after the ATP hydrolysis2014

    • 著者名/発表者名
      Yuko Ito, Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      58th Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      San Francisco, California, USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [学会発表] Molecular Dynamics Simulation on Structural Characteristics of Yeast F1-ATPase before and after 16-degree Rotation of Gamma Subunit2013

    • 著者名/発表者名
      Yuko Ito, Takashi Yoshidome, Nobuyuki Matubayasi, Masahiro Kinoshita, Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      57th Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      Philadelphia, USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Molecular modeling and molecular dynamics simulations of recombinase Rad512013

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Kokabu, Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      57th Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      Philadelphia, USA
    • 年月日
      2013-02-02
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23118713
  • [学会発表] Comparison of ssDNA- and dsDNA-binding affinity of RecA recombinase using the PBSA method2013

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Kokabu, Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      The 3rd International Conference on New frontier of the research in RecA-family recombinase and its accessory proteins
    • 発表場所
      Nantes, France
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [学会発表] Rotation mechanism of V1-ATPase studied by steered MD simulations2013

    • 著者名/発表者名
      Yuta Isaka, Ichiro Yamato, Takeshi Murata, Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第51回年会
    • 発表場所
      京都
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [学会発表] Molecular dynamics simulation on structural characteristics of yeast F1-ATPase before and after 16-degree rotation of gamma subunit2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Ito, T. Yoshidome, N. Matubayasi, M.Kinoshita, M. Ikeguchi
    • 学会等名
      The 57th Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      Philadelphia, USA
    • 年月日
      2013-02-06
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Molecular dynamics simulations of biomolecular motor F1-ATPase2013

    • 著者名/発表者名
      Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      CMSI International Satellite Meeting in NAGOYA
    • 発表場所
      名古屋
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [学会発表] All-atom hydration analysis of the β subunit in F1-ATPase2013

    • 著者名/発表者名
      Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi, Nobuyuki Matubayasi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第51回年会
    • 発表場所
      京都
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [学会発表] Protein structural fluctuations investigated by small-angle X-ray solution scattering and molecular dynamics simulations2013

    • 著者名/発表者名
      Tomotaka Oroguchi, Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第51回年会
    • 発表場所
      京都
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [学会発表] Molecular dynamics simulations of Rad51 recombinase2012

    • 著者名/発表者名
      Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      The 2nd International conference on New frontier of the research in RecA-family recombinase and its accessory proteins -RecA family 2012-
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2012-11-28
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23118713
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによる Rad51リコンビナーゼの分子モデリンク2012

    • 著者名/発表者名
      小甲 裕一、池口 満徳
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会第12回年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2012-06-12
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23118713
  • [学会発表] A novel rotation mechanism of F1-ATPase based on the water-entropy effect2012

    • 著者名/発表者名
      T. Yoshidome, Y. Ito, N. Matubayasi, M.Ikeguchi, M. Kinoshita
    • 学会等名
      56th Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      San Diego, USA
    • 年月日
      2012-02-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Theoretical study on rotation mechanism of molecular motor F1-ATPase2012

    • 著者名/発表者名
      M. Ikeguchi
    • 学会等名
      The 12th KIAS Conference on Protein Structure and Function
    • 発表場所
      Seoul, Korea.招待講演
    • 年月日
      2012-10-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] F1 分子モーターの分子シミュレーション2012

    • 著者名/発表者名
      池口満徳
    • 学会等名
      F1 分子モーターの分子シミュレーション
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      2012-10-10
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] F1分子モーターの分子シミュレーション2012

    • 著者名/発表者名
      池口 満徳
    • 学会等名
      計算物質科学イニシアティブ計算分子科学研究拠点第3回研究会
    • 発表場所
      岡崎
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Mechanism of the conformational change of the F1-ATPase β subunit revealed by free-energy simulations2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Ito, T. Oroguchi, M. Ikeguchi
    • 学会等名
      56th Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      San Diego, USA
    • 年月日
      2012-02-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Molecular Dynamics Simulation on Structural Characteristics of Yeast F1-ATPase before and after 16-degree Rotation of Gamma Subunit2012

    • 著者名/発表者名
      Yuko Ito, Takashi Yoshidome, Nobuyuki Matsubayashi, Masahiro Kinoshita, Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第50回年会
    • 発表場所
      名古屋
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Theoretical Study on rotation mechanism of molecular motor F1-ATPase2012

    • 著者名/発表者名
      Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      The 12th KIAS Conference on Protein Structure and Function
    • 発表場所
      Seoul, Korea
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Molecular dynamics simulation on structural characteristics of yeast F1-ATPase before and after 16-degree rotation of gamma subunit2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Ito, T. Yoshidome, N. Matsubayashi, M.Kinoshita, M. Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第50回年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2012-09-24
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Molecular modeling of Rad51 recombinase using molecular dynamics simulations2011

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Kokabu, Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      姫路
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23118713
  • [学会発表] A novel rotation mechanism of F1-ATPase based on the water-entropy effect2011

    • 著者名/発表者名
      Takashi Yoshidome, Yuko Ito, Nobuyuki Matubayasi, Mitunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita
    • 学会等名
      56th Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      姫路
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23118713
  • [学会発表] A theoretical analysis on water-entropy change in yeast F1-ATPase during 16 degrees rotation of gamma subunit2011

    • 著者名/発表者名
      Takashi Yoshidome, Mitunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      姫路
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23118713
  • [学会発表] Structural analysis of Swi5-Sfr1 complex, mediators for homologous recombination2011

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Kuwabara, Hiroshi Hashimoto, Yuichi Kokabu, Mitsunori Ikeguchi, Mamoru Sato, Kouta Mayanagi, Yasuto Murayama, Hiroshi Iwasaki, Toshiyuki Shimizu
    • 学会等名
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      大阪府
    • 年月日
      2011-06-08
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23770105
  • [学会発表] M. Tanigawara, J. Ito, Y. Ito, R. Watanabe, K. Koyasu, M. Ikeguchi, K. V. Tabata, H.Noji2011

    • 著者名/発表者名
      M. Tanigawara, J. Ito, Y. Ito, R. Watanabe, K. Koyasu, M. Ikeguchi, K. V. Tabata, H.Noji
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      姫路
    • 年月日
      2011-09-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Strucutual analysis of Swi5-Sfr1 complex, mediators for homologous recombination.2011

    • 著者名/発表者名
      N. Kuwabara, H. Hashimoto, Y. Kokabu, M. Ikeguchi, M. Sato, K. Mayanagi, Y. Murayama, H. Iwasaki, T. Shimizu
    • 学会等名
      第11回日本蛋白質科 学会年会
    • 発表場所
      大阪
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23770105
  • [学会発表] Specific interaction between C terminal domain of β and γ of F1-ATPase is dispensable for torque transmission2011

    • 著者名/発表者名
      Mizue Tanigawara, Jotaro Ito, Yuko Ito, Rikiya Watanabe, Kazuma Koyasu, Mitsunori Ikeguchi, Kazuhito V.Tabata, Hiroyuki Noji
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      姫路
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] A theoretical analysis on water-entropy change in yeast F1-ATPase during 16 degrees rotation of gamma subunit2011

    • 著者名/発表者名
      T.Yoshidome, M. Ikeguchi, M. Kinoshita
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      姫路
    • 年月日
      2011-09-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Theoretical study on rotational mechanism of F1 molecular motor and a symmetric structures2011

    • 著者名/発表者名
      Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      姫路(招待講演)
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23118713
  • [学会発表] Theoretical study on rotational mechanism of F1 molecular motor and asymmetric structures2011

    • 著者名/発表者名
      M.Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      姫路
    • 年月日
      2011-09-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Theoretical study on rotational mechanism of F1 molecular motor and asymmetric structures2011

    • 著者名/発表者名
      Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      姫路(招待講演)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Crucial Importance of Water-Entropy Effect for Hot Spots in Protein-Protein Complexes2011

    • 著者名/発表者名
      Hiraku Oshima, Satoshi Yasuda, Takashi Yoshidome, Mitsunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      姫路
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-23118713
  • [学会発表] Investigation of the conformational change of the F1-ATPase (βsubunit) via molecular dynamics simulation2010

    • 著者名/発表者名
      Y. Ito, T. Oroguchi, M. Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-22
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Investigation of the conformational change of the F_1-ATPase (βsubunit) via molecular dynamics simulation2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, T.Oroguchi, M.Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] F1-ATPase の回転のメカニズムにおける水のエントロピーの重要性2010

    • 著者名/発表者名
      吉留崇,伊藤祐子,池口満徳,木下正弘
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2010-09-26
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Crucial importance of translational entropy of water in rotation mechanism of F1-ATPase2010

    • 著者名/発表者名
      T. Yoshidome, Y. Ito, M. Ikeguchi, M. Kinoshita
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2010-09-22
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Crucial importance of translational entropy of water in rotation mechanism of F1-ATPase2010

    • 著者名/発表者名
      T.Yoshidome, Y.Ito, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] F1-ATPaseの回転のメカニズムにおける水のエントロピーの重要性2010

    • 著者名/発表者名
      吉留崇, 伊藤祐子, 池口満徳, 木下正弘
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      大阪
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Theoretical study on rotation mechanism of molecular motor F_1-ATPase2010

    • 著者名/発表者名
      M.Ikeguchi
    • 学会等名
      Pacifichem 2010
    • 発表場所
      Honolulu(米国)(招待講演)
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Theoretical study on rotation mechanism of molecular motor F1-ATPase2010

    • 著者名/発表者名
      M.Ikeguchi
    • 学会等名
      International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • 発表場所
      Honolulu, USA
    • 年月日
      2010-12-20
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] F1-ATPaseの回転のメカニズムに関する一考察:水のエントロピーの重要性2010

    • 著者名/発表者名
      吉留崇, 伊藤祐子, 池口満徳, 木下正弘
    • 学会等名
      日本物理学会第65回年次大会
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21118519
  • [学会発表] Theoretical study on rotation mechanism of molecular motor F1-ATPase2010

    • 著者名/発表者名
      Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      International Symposium on Hydration and ATP Energy(招待講演)
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21118519
  • [学会発表] Investigation of the conformational change of the F1-ATPase (β subunit) via molecular dynamics simulation2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, T.Oroguchi, M.Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Crucial importance of translational entropy of water in rotation mechanism of F_1-ATPase2010

    • 著者名/発表者名
      T.Yoshidome, Y.Ito, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] F1-ATPaseの回転のメカニズムにおける水のエントロピーの重要性2010

    • 著者名/発表者名
      吉留崇, 伊藤祐子, 池口満徳, 木下正弘
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      大阪
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21118519
  • [学会発表] Investigation of the conformational change of the F1-ATPase (βsubunit) viamolecular dynamics simulation2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, T.Oroguchi, M.Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] 分子シミュレーションで探るDNA結合タンパク質の揺らぎと機能2010

    • 著者名/発表者名
      池口満徳
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      大阪
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Theoretical study on rotation mechanism of molecular motor F1-ATPase2010

    • 著者名/発表者名
      M.Ikeguchi
    • 学会等名
      International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • 発表場所
      Honolulu, Hawaii, USA
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21118519
  • [学会発表] Theoretical study on rotation mechanism of molecular motor F_1-ATPase2010

    • 著者名/発表者名
      M.Ikeguchi
    • 学会等名
      International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • 発表場所
      Hunolulu, Hawaii, USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300102
  • [学会発表] Theoretical study on rotation mechanism of molecular motor F1-ATPase2010

    • 著者名/発表者名
      M.Ikeguchi
    • 学会等名
      Pacifichem 2010 Symposium "Computational Quantum Chemistry: Theory and Interactions with Experiment"
    • 発表場所
      Honolulu(米国)
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] 分裂酵母の相同組換えに機能するSwi5とSfr1の溶液構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      小甲裕一, 苙口友隆, 村山泰斗, 桑原直之, 山根努, 橋本博, 雲財悟, 清水敏之, 岩崎博史, 池口満徳
    • 学会等名
      日本蛋白質学会第9回年会
    • 発表場所
      熊本
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21118519
  • [学会発表] 分子動力学を用いたF1-ATPaseの構造と機能解析2009

    • 著者名/発表者名
      伊藤祐子, 池口満徳
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会第9回年会
    • 発表場所
      熊本全日空ホテルニュースカイ
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Structure analysis of F1-ATPase via molecular dynamics2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, M.Ikeguchi
    • 学会等名
      53rd Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      Boston.
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションとX線溶液散乱を用いたタンパク質ダイナミクスの研究2009

    • 著者名/発表者名
      苙口友隆、山田康之、橋本博、雲財悟、清水敏之、佐藤衛、池口満徳
    • 学会等名
      第12回SPring-8シンポジウム
    • 発表場所
      東京
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20051020
  • [学会発表] 分子動力学計算及びX線小角散乱を用いた、好熱菌F1-ATPaseεサブユニットのATP結合に伴う構造変化の研究2009

    • 著者名/発表者名
      苙口友隆、山田康之、伊藤和輝、橋本博、雲財悟、佐藤衛、池口満徳
    • 学会等名
      第9回日本蛋白質科学会
    • 発表場所
      熊本全日空ホテルニュースカイ
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20051020
  • [学会発表] Conformational change of F1-ATPase ε subunit upon ATP binding studied by molecular dynamics simulations and X-ray scattering2009

    • 著者名/発表者名
      T. Oroguchi, T. Kato-Yamada, H. Hashimoto, S. Unzai, M. Sato, M. Ikeguchi
    • 学会等名
      53rd Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      Boston
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Molecular Simulations on Enzymatic Reactions and Structural Dynamics of Fl-ATPase2009

    • 著者名/発表者名
      Shigehiko Hayashi, Myco Umemura, Yuko Ito, Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      International Symposium on "Innovative Nanoscience of Supermolecular Motor Proteins Working in Biomembrane"
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2009-09-09
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Solution structures of DNA recombination mediators Swi5 and Sfr1 in fission yeast studied by small-angle x-ray scattering2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Kokabu, T.Oroguchi, Y.Murayama, N.Kuwabara, T.Yamane, H.Hashimoto, S.Unzai, T.Shimizu, H.Iwasaki, M.Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      徳島
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-21118519
  • [学会発表] Molecular Simulations on Enzymatic Reactions and Structural Dynamics of F1-ATPase2009

    • 著者名/発表者名
      S.Hayashi, M.Umemura, Y.Ito, M.Ikeguchi
    • 学会等名
      International Symposium on "Innovative Nanoscience of Supermolecular Motor Proteins Working in Biomembrane"
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2009-09-09
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Structural fluctuation and cooperativity in F1-ATPase : a molecular dynamics study2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, M.Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      徳島文理大学
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Conformational change of F_1-ATPase ε subunit upon ATP binding studied by molecular dynamics simulations and X-ray scattering2009

    • 著者名/発表者名
      T.Oroguchi, T.Kato-Yamada, H.Hashimoto, S.Unzai, M.Sato, M.Ikeguchi
    • 学会等名
      53rd Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      Boston.
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Structure analysis of F1-ATPase via molecular dynamics2009

    • 著者名/発表者名
      Y. Ito and M. Ikeguchi
    • 学会等名
      53rd Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      Boston
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Structural fluctuation and cooperativity in F1-ATPase: a molecular dynamics study2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, M.Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      徳島文理大学
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Dynamics of EcoO109I studied by small-angle x-ray scattering experiments and molecular dynamics simulations2008

    • 著者名/発表者名
      T.Oroguchi, M.Sato, M.Ikeguchi
    • 学会等名
      52st Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      Long Beach,California
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [学会発表] Water-mediated interactions between DNA and the PhoB DNA binding/transactivation domain2008

    • 著者名/発表者名
      T.Yaname, H.Okamura, M.Ikeguchi, Y.Nishimura, A.Kidera
    • 学会等名
      52st Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      Long Beach,California
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [学会発表] IP3レセプター・リガンド結合コアとその変異体のIP3非結合時分子動力学計算2008

    • 著者名/発表者名
      井田洋一、渕上壮太郎、池口満徳、木寺詔紀
    • 学会等名
      第46回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場、福岡
    • 年月日
      2008-12-03
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19036028
  • [学会発表] Conformational change of F1-ATPase epsilon subunit upon ATP binding studied by molecular dynamics simulations and X-ray scattering2008

    • 著者名/発表者名
      T. Oroguchi, T. Kato-Yamada, H. Hashithoto, S. Unzai, M. Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] センサリーロドプシンII/トランスデューサー複合体の分子動力学研究2008

    • 著者名/発表者名
      西方公郎, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
    • 学会等名
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀、東京
    • 年月日
      2008-06-10
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19036028
  • [学会発表] Dynamics of Eco0109I studied by small-angle x-ray scattering experiments and molecular dynamics simulations2008

    • 著者名/発表者名
      T. Oroguchi, M. Sato, M. Ikeguchi
    • 学会等名
      52st Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      Long Beach, California
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Molecular Mechanism of ATP hydrolysis reaction in F1-ATPase molecular motor2008

    • 著者名/発表者名
      A.R.Shaikh, Y.Ito, M.Ikeguchi, H.Ueno, H.Noji, S.Hayashi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Structure and function analysis of F1-ATPase bymolecular dynamics2008

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, M.Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] センサリーロドプシンII/トランスデューサー複合体のHAMPドメインのモデル構造 : 分子動力学計算2008

    • 著者名/発表者名
      西方公郎、渕上壮太郎、池口満徳、木寺詔紀
    • 学会等名
      第46回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場、福岡
    • 年月日
      2008-12-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19036028
  • [学会発表] X線小角散乱及び分子動力学計算を用いたII型制限酵素EcoO1091の溶液中ダイナミクスの解析2008

    • 著者名/発表者名
      苙口友隆、橋本博、佐藤衛、池口満徳
    • 学会等名
      第8回日本蛋白質科学会
    • 発表場所
      東京
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20051020
  • [学会発表] Water-mediated interactions between DNA and the PhoB DNA binding/transactivation domain2008

    • 著者名/発表者名
      T. Yaname, H. Okamura, M. Ikeguchi, Y. Nishimura, A. Kidera
    • 学会等名
      52st Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      Long Beach, California
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Dynamics of Eco0109I studied by small-angle X-ray scattering and molecular dynamics simulation2008

    • 著者名/発表者名
      T. Oroguchi, H. Hashimoto, T. Shimizu, M. Sato, M. Ikeguchi
    • 学会等名
      XXI Congress of the International Union of Crystallography
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20051020
  • [学会発表] Functional Dynamics of Protein Studied by Combination of Molecular Dynamics Simulations and Small-angle X-ray Scattering Experiments2008

    • 著者名/発表者名
      M. Ikeguchi, T. Oroguchi, M. Sato
    • 学会等名
      Satellite Meeting of XXI Congress of the International Union of Crystallography on X-ray and Neutron Techniques for Nano-Structural Research
    • 発表場所
      SPring-8, Hyogo, Japan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20051020
  • [学会発表] Conformational change of F1-ATPase epsilon subunit upon ATP binding studied by molecular dynamics simulations and X-ray scattering2008

    • 著者名/発表者名
      T.Oroguchi, T.Kato-Yamada, H.Hashimoto, S.Unzai, M.Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Structure and function analysis of F1-ATPase by molecular dynamics2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Ito and M. Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] IP3レセプター・リガンド結合コアのIP3非結合時分子動力学シミュレーション2007

    • 著者名/発表者名
      井田洋一, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] F型ATP合成酵素cリングの空孔に存在するリン脂質は何分子か?:分子動力学シミュレーションによる推定2007

    • 著者名/発表者名
      渕上壮太郎, 中島恭子, 池口満徳, 木寺詔紀
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] タンパク質立体構造変化における経路の多様性とメカニズム:アデニル酸キナーゼの場合2007

    • 著者名/発表者名
      渕上 壮太郎, 池口 満徳, 木寺 詔紀
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会第7回年会
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [学会発表] X線小角散乱及び分子動力学計算を用いたII型制限酵素Eco0109Iの溶液中ダイナミックスと水和2007

    • 著者名/発表者名
      笠口友隆, 佐藤衛, 池口満徳
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] リガンド結合による蛋白質の構造変化の動的過程:時間依存の摂動による線形応答理論2007

    • 著者名/発表者名
      成富佑輔, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] センサリーロドプシンIIトランスデューサーHAMPドメイン分子動力学研究2007

    • 著者名/発表者名
      西方 公郎, 渕上 壮太郎, 池口 満徳, 木寺 詔紀
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会第7回年会
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [学会発表] リガンド結合による蛋白質の構造変化の動的過程:時間依存の摂動による線形応答理論2007

    • 著者名/発表者名
      成富 佑輔, 渕上 壮太郎, 池口 満徳, 木寺 詔紀
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [学会発表] センソリーロドプシンIIトランスデューサーHAMPドメインの分子動力学研究2007

    • 著者名/発表者名
      西方公郎, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるF1-ATPaseの構造変化の研究2007

    • 著者名/発表者名
      池口満徳
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] 低分子リガンド結合に伴う構造変化のデータベース解析2007

    • 著者名/発表者名
      雨宮 崇之, 小池 亮太郎, 渕上 壮太郎, 池口 満徳, 木寺 詔紀
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会第7回年会
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [学会発表] IP3レセプター・リガンド結合コアのIP3非結合時分子動力学シミュレーション2007

    • 著者名/発表者名
      井田 洋一, 渕上 壮太郎, 池口 満徳, 木寺 詔紀
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [学会発表] センサリーロドプシンIIトランスデューサーHAMPドメインの分子動力学研究2007

    • 著者名/発表者名
      西方 公郎, 渕上 壮太郎, 池口 満徳, 木寺 詔紀
    • 学会等名
      第7回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      仙台国際センター
    • 年月日
      2007-05-24
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19036028
  • [学会発表] センサリーロドプシンIIトランスデューサーHAMPドメインの分子動力学研究2007

    • 著者名/発表者名
      西方 公郎, 渕上 壮太郎, 池口 満徳, 木寺 詔紀
    • 学会等名
      第7回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      パシフイコ横浜
    • 年月日
      2007-12-23
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19036028
  • [学会発表] 線形応答理論による蛋白質構造変化の記述:内部座標系2007

    • 著者名/発表者名
      大森聡, 渕上壮太郎, 池口満徳, 木寺詔紀
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会第7回年会
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるFl-ATPaseの構造変化の研究2007

    • 著者名/発表者名
      池口満徳
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Detecting domain motions of proteins in molecular dynamics simulations and normal mode analyses2007

    • 著者名/発表者名
      M.Ikeguchi, S.Fuchigami, A.Kidera
    • 学会等名
      50th Annual Meeting of Biophysical Society
    • 発表場所
      Baltimore, Maryland.
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] センソリーロドプシンIIトランスデューサーHAMPドメインの分子動力学研究2007

    • 著者名/発表者名
      西方 公郎, 渕上 壮太郎, 池口 満徳, 木寺 詔紀
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [学会発表] F型ATP合成酵素cリングの空孔に存在するリン脂質は何分子か?:分子動力学シミュレーションによる推定2007

    • 著者名/発表者名
      渕上 壮太郎, 中島 恭子, 池口 満徳, 木寺 詔紀
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [学会発表] IP3レセプター・リガンド結合コアのIP3非結合時分子動力学シミュレーション2007

    • 著者名/発表者名
      井田 洋一, 渕上 壮太郎, 池口 満徳, 木寺 詔紀
    • 学会等名
      第7回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      パシフイコ横浜
    • 年月日
      2007-12-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19036028
  • [学会発表] PhoBのDNA結合ドメインのダイナミクス解析2007

    • 著者名/発表者名
      山根 努, 岡村 英保, 池口 満徳, 木寺 詔紀, 西村 善文
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会第7回年会
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [学会発表] X線小角散乱及び分子動力学計算を用いたII型制限酵素EcoO109Iの溶液中ダイナミックスと水和2007

    • 著者名/発表者名
      苙口 友隆, 佐藤 衛, 池口 満徳
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるF1-ATPaseの構造変化の研究2007

    • 著者名/発表者名
      池口 満聴
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [学会発表] 線形応答理論による蛋白質構造変化の記述:内部座標系2007

    • 著者名/発表者名
      大森 聡, 渕上 壮太郎, 池口 満徳, 木寺 詔紀
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会第7回年会
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15076209
  • [学会発表] Annotating protein-folding funnel by landscape profile and network2007

    • 著者名/発表者名
      M. Ota, M. Ikeguchi, A. Kidera
    • 学会等名
      VII European Symposium of the Protein Society
    • 発表場所
      Stockholm
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19300101
  • [学会発表] 膜超分子の分子シミュレーション2006

    • 著者名/発表者名
      池口満徳、林重彦
    • 学会等名
      日本分子生物学会2006フォーラム「分子生物学の未来」シンポジウム「生命科学の革新的ナノバイオロジー」
    • 発表場所
      愛知・名古屋
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] Molecular Dynamics Simulations of Protein Folding/Unfolding2006

    • 著者名/発表者名
      Ikeguchi, M.
    • 学会等名
      The 3rd Open Workshop: Chemistry of Biological Process Created by Water and Biomolecules
    • 発表場所
      National Institutes of Natural Sciences, Okazaki (Japan).
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-18074004
  • [学会発表] 分子動力学計算を使って明らかにした F1-ATPase の回転機構

    • 著者名/発表者名
      伊藤 祐子、池口 満徳
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会第14回年会
    • 発表場所
      横浜ワークピア
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [学会発表] Molecular dynamics simulations of the β subunit in F1-ATPase: Relation between the large-scale structural change and common motifs

    • 著者名/発表者名
      Yuko Ito, Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第51回年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [学会発表] Course-grained molecular dynamics simulation of V1-ATPase

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Kashimura, Yuta Isaka, Yuichi Kokabu, Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第51回年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [学会発表] MD シミュレーションによる V1-ATPase の回転機構の解明

    • 著者名/発表者名
      井阪 悠太、池口 満徳
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会第14回年会
    • 発表場所
      横浜ワークピア
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • [学会発表] Rotation mechanism of V1-ATPase studied by MD simulation

    • 著者名/発表者名
      Yuta Isaka, Takeshi Murata, Mitsunori Ikeguchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会第51回年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25291036
  • 1.  木寺 詔紀 (00186280)
    共同の研究課題数: 5件
    共同の研究成果数: 0件
  • 2.  中村 周吾 (90272442)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 0件
  • 3.  清水 謙多郎 (80178970)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  渕上 壮太郎 (00381468)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 15件
  • 5.  佐藤 衛 (60170784)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 9件
  • 6.  木下 賢吾 (60332293)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 7.  林 重彦 (70402758)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 4件
  • 8.  太田 元規 (40290895)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 9.  桑原 直之 (70506253)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 10.  岩崎 博史 (60232659)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 11.  清水 敏之 (30273858)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 12.  村田 武士 (80415322)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 13.  北尾 彰朗 (30252422)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 14.  高橋 栄夫 (60265717)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 9件
  • 15.  木下 正弘
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 3件
  • 16.  林 智彦
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 17.  木寺 詔記
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 33件
  • 18.  栗原 裕基
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 19.  佐藤 浩平
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 20.  松林 伸幸
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 21.  明石 知子
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 3件
  • 22.  星野 哲久
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 23.  金原 数
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 24.  有田 恭平
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 25.  中西 真
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 26.  小林 直宏
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 27.  村本 裕紀子
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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