清水佳奈 Shimizu Kana

研究者番号	60367050
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 早稲田大学, 理工学術院, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2019年度 – 2025年度: 早稲田大学, 理工学術院, 教授 2015年度 – 2016年度: 早稲田大学, 理工学術院, 准教授 2015年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, その他部局等, 研究員 2015年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 創薬基盤研究部門, 主任研究員 2014年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, ゲノム情報研究センター, 主任研究員 … もっと見る 2014年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, 創薬基盤研究部門, 研究員 2014年度: 産業技術総合研究所, ゲノム情報研究センター, 主任研究員 2013年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, ゲノム情報研究センター, 研究員 2010年度 – 2011年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究員隠す
審査区分/研究分野	研究代表者中区分62:応用情報学およびその関連分野 / 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生命・健康・医療情報学 / 生体生命情報学研究代表者以外大区分J / 中区分60:情報科学、情報工学およびその関連分野 / 生命・健康・医療情報学 / 生体生命情報学
キーワード	研究代表者アルゴリズム / 秘密計算 / プライバシ保護 / 個人ゲノム / 参照ゲノム / データ合成 / ヒトゲノム / color de Bruijn graph / 参照ゲノム配列 / プライバシ保護データマイニング … もっと見る / ゲノム情報解析 / 秘匿計算 / SGX / GWAS / 秘匿検索 / 決定木 / ゲノム配列計算 / 機械学習 / TEE / 暗号プロトコル / 秘密分散 / ゲノム配列検索 / Structural variation / Alignment free / 次世代シークエンスデータ / パターン / ゲノム配列 / アラインメントフリー / 次世代シークエンサー / 最小全域木 / ギガシークエンスデーター / 編集距離 / 類似配列検索 / ショートリード / ギガシークエンサー / ゲノム … もっと見る研究代表者以外簡潔データ構造 / 秘匿計算 / 学習 / 配列検索 / データベース検索 / 暗号 / 化合物 / ゲノム / プライバシー / 準同型暗号 / 配列アラインメント / PPDM / 隠れマルコフモデル / アラインメント / 化合物検索 / プライバシー保護 / データベース / 低分子化合物 / 低分子医薬品 / 機能部位 / 基質結合部位 / タンパク質隠す

精密で安全な参照ゲノムの研究研究代表者
- 研究代表者
  
  清水佳奈
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 審査区分
  
  中区分62:応用情報学およびその関連分野
- 研究機関
  早稲田大学
圧縮秘匿計算による大規模データ処理
- 研究代表者
  
  定兼邦彦
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分60:情報科学、情報工学およびその関連分野
- 研究機関
  東京大学
圧縮秘匿計算による大規模データ処理
- 研究代表者
  
  定兼邦彦
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(S)
- 審査区分
  
  大区分J
- 研究機関
  東京大学
プライバシ保護ゲノム情報解析技術の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水佳奈
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  早稲田大学
類似ゲノムの差異を逃さないDe novoゲノム解析技術の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水佳奈
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2016
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  早稲田大学
   国立研究開発法人産業技術総合研究所
プライバシー保護バイオインフォマティクス基盤技術の開発と応用
- 研究代表者
  
  浜田道昭
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2015
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  早稲田大学
   東京大学
基質結合部位予測に向けたタンパク質局所構造の高速比較法の開発
- 研究代表者
  
  富井健太郎
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2014
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  独立行政法人産業技術総合研究所
ギガシークエンスデータの高速解析技術の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  清水佳奈
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2011
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  独立行政法人産業技術総合研究所

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すべて雑誌論文学会発表産業財産権

[雑誌論文] Efficient Privacy Preserving Range Query Using Segment Tree2024
- 著者名/発表者名
  Shirotake Shusuke、Shimizu Kana
- 雑誌名
  
  Proceedings of 58th Annual Conference on Information Sciences and Systems (CISS)
  
  巻: - ページ: 1-6
- DOI
  10.1109/ciss59072.2024.10480202
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18515, KAKENHI-PROJECT-21H05052
[雑誌論文] Private Evaluation of a Decision Tree based on Secret Sharing2023
- 著者名/発表者名
  Mohammad Nabil Ahmed, Kana Shimizu
- 雑誌名
  
  Information Security and Cryptology - ICISC 2022, 25th International Conference, ICISC 2022, Seoul, South Korea, November 30–December 2, 2022, Revised Selected Papers
  
  巻: 13849 ページ: 186-209
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H05052
[雑誌論文] Private Evaluation of a Decision Tree Based on Secret Sharing2023
- 著者名/発表者名
  Ahmed Mohammad Nabil、Shimizu Kana
- 雑誌名
  
  Lecture Notes in Computer Science
  
  巻: 13849 ページ: 171-194
- DOI
  10.1007/978-3-031-29371-9_9
- ISBN
  9783031293702, 9783031293719
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12209
[雑誌論文] Efficient privacy-preserving variable-length substring match for genome sequence2022
- 著者名/発表者名
  Nakagawa Yoshiki、Ohata Satsuya、Shimizu Kana
- 雑誌名
  
  Algorithms for Molecular Biology
  
  巻: 17 号: 1 ページ: 1-22
- DOI
  10.1186/s13015-022-00211-1
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12209
[雑誌論文] Efficient Privacy-Preserving Variable-Length Substring Match for Genome Sequence2021
- 著者名/発表者名
  Nakagawa, Yoshiki ; Ohata, Satsuya ; Shimizu, Kana
- 雑誌名
  
  21st International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2021)
  
  巻: 201
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12209
[雑誌論文] Efficient Privacy-Preserving Variable-Length Substring Match for Genome Sequence2021
- 著者名/発表者名
  Yoshiki Nakagawa, Satsuya Ohata, Kana Shimizu
- 雑誌名
  
  Proceedings of WABI
  
  巻: LIPIcs 201
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H05052
[雑誌論文] Privacy-preserving search for chemical compound databases2015
- 著者名/発表者名
  Kana Shimizu, Koji Nuida, Hiromi Arai, Shigeo Mitsunari, Nuttapong Attrapadung, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Jun Sakuma, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 16(Suppl 18):S6 号: S18 ページ: 1-14
- DOI
  10.1186/1471-2105-16-s18-s6
- NAID
  120007128511
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24106010, KAKENHI-PROJECT-25540131
[雑誌論文] Reference-free prediction of rearrangement breakpoint reads2014
- 著者名/発表者名
  Edward Wijaya, Kana Shimizu, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 30(18) 号: 18 ページ: 2559-2567
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btu360
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26540159, KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] PDB-scale Analysis of Known and Putative Ligand-binding Sites with Structural Sketches2012
- 著者名/発表者名
  J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K. Tomii and K. Tsuda
- 雑誌名
  
  Proteins
  
  巻: 80 号: 3 ページ: 747-763
- DOI
  10.1002/prot.23232
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21680025, KAKENHI-PROJECT-23500374
[雑誌論文] PoSSuM: a Database of Similar Protein-Ligand Binding and Putative Pockets2012
- 著者名/発表者名
  J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K. Tsuda and K. Tomii
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 40 号: D1 ページ: D541-D548
- DOI
  10.1093/nar/gkr1130
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21680025, KAKENHI-PROJECT-23500374
[雑誌論文] SlideSort : All Pairs Similarity Search for Short Reads2011
- 著者名/発表者名
  Kana Shimizu, Koji Tsuda
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 27(4) ページ: 464-470
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700319
[雑誌論文] SlideSort: All Pairs Similarity Search for Short Reads2011
- 著者名/発表者名
  K. Shimizu and K. Tsuda
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 27 号: 4 ページ: 464-470
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btq677
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21680025, KAKENHI-PROJECT-22700319
[産業財産権] 配列解析装置、配列解析方法およびコンピュータプログラム2010
- 発明者名
  清水佳奈, 津田宏治
- 権利者名
  清水佳奈, 津田宏治
- 産業財産権番号
  2010-156342
- 出願年月日
  2010-07-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700319
[産業財産権] 配列解析装置,配列解析方法およびコンピュータプログラム2010
- 発明者名
  清水佳奈,津田宏治
- 権利者名
  産業技術総合研究所
- 出願年月日
  2010-07-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700319
[学会発表] 勾配クリッピングを用いたプライバシ保護ヒトゲノム合成2024
- 著者名/発表者名
  橋本康平，清水佳奈
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会(BIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18515
[学会発表] 文法圧縮アルゴリズムを用いた colored de Bruijn graph の効率化2024
- 著者名/発表者名
  岩月悠真，清水佳奈
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会(BIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18515
[学会発表] Function Secret Sharing を用いた秘匿全文検索2024
- 著者名/発表者名
  内山智貴，清水佳奈
- 学会等名
  暗号と情報セキュリティシンポジウム（SCIS2024)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H05052
[学会発表] 生命情報を安全に活用するプライバシ保護データマイニング2023
- 著者名/発表者名
  清水佳奈
- 学会等名
  バイオメディカル・ファジィ・システム学会第36回年次大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H05052
[学会発表] 生命情報を安全に活用するプライバシ保護データマイニング2023
- 著者名/発表者名
  清水佳奈
- 学会等名
  バイオメディカル・ファジィ・システム学会第36回年次大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18515
[学会発表] Private Evaluation of a Decision Tree Based on Secret Sharing2022
- 著者名/発表者名
  Ahmed Mohammad Nabil、Shimizu Kana
- 学会等名
  ICISC 2022
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12209
[学会発表] Intel SGXを用いた個人ゲノム情報解析システム2020
- 著者名/発表者名
  岩田大輝　清水佳奈
- 学会等名
  2020年暗号と情報セキュリティシンポジウム（SCIS2020）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12209
[学会発表] Novel reference-free detection of somatic structural variant based on graph-aware index2020
- 著者名/発表者名
  Taiki Yamada, Kenichi Chiba, Keisuke Kataoka, Yuichi Shiraishi and Kana Shimizu
- 学会等名
  IIBMP 2020
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12209
[学会発表] 生体情報セキュリティ2019
- 著者名/発表者名
  清水佳奈
- 学会等名
  第58回日本生体医工学会大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12209
[学会発表] Towards Privacy-preserving Biomedical Knowledge Integration2019
- 著者名/発表者名
  Kana Shimizu
- 学会等名
  JAPAN - NORDIC WORKSHOP ON DIGITAL HEALTH FOR HEALTHY LONGEVITY
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12209
[学会発表] 属性ベース暗号とIntel SGXを用いた堅牢かつ柔軟なアクセス制御を実現するデータ分析プラットフォームの構築2019
- 著者名/発表者名
  岩田大輝　清水佳奈
- 学会等名
  情報処理学会第58回バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12209
[学会発表] 秘密分散に基づく秘匿全文検索2019
- 著者名/発表者名
  中川佳貴大畑幸矢清水佳奈
- 学会等名
  コンピュータセキュリティシンポジウム2019（CSS2019）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12209
[学会発表] Privacy-preserving Search for Sharing Genetic Variants2019
- 著者名/発表者名
  Masanobu Jimbo, Nobutaka Mitsuhashi, Shigeo Mitsunari, Shin Kawano, Toshiaki Katayama, Kiyoshi Asai, Kana Shimizu
- 学会等名
  The 27th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 19 th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2019)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12209
[学会発表] BV-SGX: 生命情報解析向け仮想マシンを搭載したSGXクラウド2019
- 著者名/発表者名
  櫻井碧　清水佳奈
- 学会等名
  情報処理学会第58回バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12209
[学会発表] Privacy-preserving genome sequence search2016
- 著者名/発表者名
  Kana Shimizu
- 学会等名
  2016 International Workshop on Spatial and Temporal Modeling from Statistical, Machine Learning and Engineering perspectives (STM2016)
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2016-06-23
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26540159
[学会発表] SlideSort for comparative NGS data and privacy preserving search for sensitive data2016
- 著者名/発表者名
  Kana Shimizu
- 学会等名
  RDF Summit 2016
- 発表場所
  東北大学
- 年月日
  2016-02-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26540159
[学会発表] 参照ゲノムをなるべく用いない解析 / ゲノム秘匿検索2015
- 著者名/発表者名
  清水佳奈
- 学会等名
  NGS現場の会第四回研究会
- 発表場所
  つくば国際会議場
- 年月日
  2015-07-02
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26540159
[学会発表] Privacy-preserving search for a chemical compound database2013
- 著者名/発表者名
  Kana Shimizu, Hiromi Arai, Koji Nuida, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Jun Sakuma, Takatsugu Hirokawa, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai,
- 学会等名
  ISMB/ECCB 2013
- 発表場所
  ベルリン、ドイツ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25540131
[学会発表] PoSSuM: a database for predicting protein-ligand Interactions2012
- 著者名/発表者名
  K. Tomii, J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K. Tsuda
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会(2012年日本バイオインフォマティクス学会年会情報計算化学生物学会（CBI学会）年次大会オミックス医療研究会年会)
- 発表場所
  タワーホール船堀(東京都)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] PoSSuM: a database for searching similar pairs of known and potential ligand-binding sites in proteins2012
- 著者名/発表者名
  J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K. Tsuda, K. Tomii
- 学会等名
  第50回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  名古屋大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] PoSSuM: a database of known and potential ligand-binding sites in proteins2012
- 著者名/発表者名
  J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K. Tsuda, K. Tomii
- 学会等名
  Bioinformatics 2012, SocBiN
- 発表場所
  Stockholm, Sweden
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] Fast and exact algorithm for Next Generation Sequencing data analysis2011
- 著者名/発表者名
  Kana Shimizu, Koji Tsuda
- 学会等名
  ISMB 2011 Highlights Track
- 発表場所
  Vienna, Austria
- 年月日
  2011-07-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700319
[学会発表] SlideSort : A fast and exact tool for finding all similar pairs from next-generation sequencing data2011
- 著者名/発表者名
  Kana Shimizu, Koji Tsuda
- 学会等名
  RECOMB 2011
- 発表場所
  Vancouver
- 年月日
  2011-03-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700319
[学会発表] Pdb-wide discovery of similar ligand binding sites Using structural sketches2011
- 著者名/発表者名
  J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K.Tomii, K. Tsuda
- 学会等名
  3DSIG 2011: The 7th Structural Bioinformatics and Computational Biophysics
- 発表場所
  Austria Center Vienna (Austria)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] Structural Sketchを用いたタンパク質リガンド類似結合部位の高速列挙とそのデータベース構築2011
- 著者名/発表者名
  伊東純一、田部井靖生、清水佳奈、富井健太郎、津田宏治
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ホテル阪急エキスポパーク (大阪府)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] A novel ultra-fast comparison method for known and potential ligand-binding sites of proteins2011
- 著者名/発表者名
  K.Tomii, J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K. Tsuda
- 学会等名
  19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 10th European Conference on Computational Biology
- 発表場所
  Austria Center Vienna (Austria)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23500374
[学会発表] Fast and exact algorithm for Next Generation Sequencing data analysis2011
- 著者名/発表者名
  Kana Shimizu, Koji Tsuda
- 学会等名
  ISMB/ECCB 2011 Highlights Track
- 発表場所
  Vienna
- 年月日
  2011-07-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700319
[学会発表] SLIDESORT : All pairs similarity search for short reads2010
- 著者名/発表者名
  Kana Shimizu, Koji Tsuda
- 学会等名
  2010年日本バイオインフォマティクス学会年会
- 発表場所
  九州
- 年月日
  2010-12-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700319
[学会発表] Developing an exact method to find similar pairs with small edit-distance2010
- 著者名/発表者名
  Kana Shimizu, Koji Tsuda
- 学会等名
  ISMB 2010
- 発表場所
  Boston
- 年月日
  2010-07-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22700319

1. 津田宏治 (90357517)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 11件
2. 定兼邦彦 (20323090)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
3. 坂本比呂志 (50315123)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
4. 渋谷哲朗 (60396893)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
5. 申吉浩 (60523587)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
6. 富井健太郎 (40357570)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 6件
7. 浜田道昭 (00596538)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
8. 花岡悟一郎 (30415731)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
9. フリスマーティン (40462832)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 浅井潔 (30356357)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
11. 神保洸貴 (80966630)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 伊東純一

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 6件

清水 佳奈 Shimizu Kana

研究課題

研究成果

共同研究者

精密で安全な参照ゲノムの研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

圧縮秘匿計算による大規模データ処理

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

圧縮秘匿計算による大規模データ処理

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

プライバシ保護ゲノム情報解析技術の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

類似ゲノムの差異を逃さないDe novoゲノム解析技術の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

プライバシー保護バイオインフォマティクス基盤技術の開発と応用

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

基質結合部位予測に向けたタンパク質局所構造の高速比較法の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ギガシークエンスデータの高速解析技術の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Efficient Privacy Preserving Range Query Using Segment Tree2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Private Evaluation of a Decision Tree based on Secret Sharing2023

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Private Evaluation of a Decision Tree Based on Secret Sharing2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

ISBN

データソース

[雑誌論文] Efficient privacy-preserving variable-length substring match for genome sequence2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Efficient Privacy-Preserving Variable-Length Substring Match for Genome Sequence2021

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Efficient Privacy-Preserving Variable-Length Substring Match for Genome Sequence2021

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

清水佳奈 Shimizu Kana