ＶＡＮＤＥＮＢＯＮＡＬＥＸＩＳ VANDENBON ALEXIS

… 別表記

VANDENBON ALEXIS Vandenbon Alexis

Alexis Vandenbon

研究者番号	60570140
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 京都大学, 医生物学研究所, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2022年度 – 2023年度: 京都大学, 医生物学研究所, 准教授 2021年度: 京都大学, ウイルス・再生医科学研究所, 准教授 2020年度: 京都大学, ウイルス・再生医科学研究所, 講師 2016年度: 大阪大学, 免疫学フロンティア研究センター, 助教 2012年度 – 2013年度: 大阪大学, 免疫学フロンティア研究センター, 特任助教 2011年度: 大阪大学, 免疫学フロンティア研究センター, 特任研究員(常勤)
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43060:システムゲノム科学関連 / システムゲノム科学研究代表者以外小区分43060:システムゲノム科学関連 / 皮膚科学
キーワード	研究代表者 network analysis / RNA-seq / batch effects / database / batch effect correction / data normalization / gene co-expression / gene expression / bioinformatics / 樹状細胞 … もっと見る / マクロファージ / 転写因子 / エピジェネティクス / 転写制御 / 配列解析 / バイオインフォマティクス / 自然免疫 … もっと見る研究代表者以外モチーフ文法 / ゲノム情報解析 / 自然言語モデル / クロマチンループ / 細胞種特異的発現制御 / コファクター / がん抑制遺伝子 / 大規模言語モデル / DNAメチル化 / ハウスキーピング制御領域 / ケモカイン / 接触性皮膚炎 / KikGRマウス / 細胞遊走 / シングルセル解析 / 免疫抑制 / 炎症性皮膚疾患 / 制御性T細胞隠す

細胞種特異的発現を決めるエンハンサー文法の探求
- 研究代表者
  
  中井謙太
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43060:システムゲノム科学関連
- 研究機関
  東京大学
Comprehensive optimization of cell type-specific gene co-expression networks and construction of a cell type-specific co-expression database研究代表者
- 研究代表者
  
  VANDENBON ALEXIS
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43060:システムゲノム科学関連
- 研究機関
  京都大学
単細胞遺伝子発現解析による高機能な制御性T細胞の集積を誘導する皮膚炎治療薬の開発
- 研究代表者
  
  池渕良洋
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2016
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  皮膚科学
- 研究機関
  大阪大谷大学
免疫応答の制御に関与するプロモータの網羅的な構造特徴の抽出とモデル化研究代表者
- 研究代表者
  
  VANDENBON ALEXIS
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2012
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  システムゲノム科学
- 研究機関
  大阪大学

すべて 2023 2022 2021 2016 2013 2012

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] Epigenetics in Organ Specific Disorders (ed,: Chandra Boosani, Ritobrata Goswami)2022
- 著者名/発表者名
  Kenta Nakai, Alexis Vandenbon
- 総ページ数
  666
- 出版者
  Elsevier
- ISBN
  9780128239315
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06189
[雑誌論文] Epigenetic characterization of housekeeping core promoters and their importance in tumor suppression2023
- 著者名/発表者名
  Loza Martin、Vandenbon Alexis、Nakai Kenta
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 52 号: 3 ページ: 1107-1119
- DOI
  10.1093/nar/gkad1164
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06189, KAKENHI-PROJECT-22K21301
[雑誌論文] Murine breast cancers disorganize the liver transcriptome in a zonated manner2023
- 著者名/発表者名
  Alexis Vandenbon、Rin Mizuno、Riyo Konishi、Masaya Onishi、Kyoko Masuda、Yuka Kobayashi、Hiroshi Kawamoto、Ayako Suzuki、Chenfeng He、Yuki Nakamura、Kosuke Kawaguchi、Masakazu Toi、Masahito Shimizu、Yasuhito Tanaka、Yutaka Suzuki、Shinpei Kawaoka
- 雑誌名
  
  Communications Biology
  
  巻: 6(1) 号: 1 ページ: 97-97
- DOI
  10.1038/s42003-023-04479-w
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-20H03451, KAKENHI-PROJECT-20K06609
[雑誌論文] Evaluation of critical data processing steps for reliable prediction of gene co-expression from large collections of RNA-seq data2022
- 著者名/発表者名
  Vandenbon Alexis
- 雑誌名
  
  PLOS ONE
  
  巻: 17 号: 1 ページ: e0263344-e0263344
- DOI
  10.1371/journal.pone.0263344
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06609
[雑誌論文] A universal differential expression prediction tool for single-cell and spatial genomics data2022
- 著者名/発表者名
  Vandenbon Alexis、Diez Diego
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: -
- DOI
  10.1101/2022.11.13.516355
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06609
[雑誌論文] Guidance for RNA-seq co-expression estimates: the importance of data normalization, batch effects, and correlation measures2021
- 著者名/発表者名
  Vandenbon Alexis
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: -
- DOI
  10.1101/2021.03.11.435043
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06609
[雑誌論文] A rare subset of skin-tropic regulatory T cells expressing Il10/Gzmb inhibits the cutaneous immune response.2016
- 著者名/発表者名
  Ikebuchi R, Teraguchi S, Vandenbon A, Honda T, Shand FH, Nakanishi Y, Watanabe T, Tomura M.
- 雑誌名
  
  Sci Rep. 6: 35002, doi:
  
  巻: 6 号: 1 ページ: 35002-35002
- DOI
  10.1038/srep35002
- NAID
  120006223629
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24111007, KAKENHI-PLANNED-24111009, KAKENHI-PROJECT-15F15113, KAKENHI-PROJECT-15K19687
[雑誌論文] A Parzen window-based approach for the detection of locally enriched transcription factor binding sites2013
- 著者名/発表者名
  Vandenbon A, Kumagai Y, Teraguchi S, Amada KM, Akira S, Standley DM
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: Vol.14 号: 1 ページ: 26-26
- DOI
  10.1186/1471-2105-14-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23710234
[雑誌論文] A novel unbiased measure for motif co-occurrence predicts combinatorial regulation of transcription2012
- 著者名/発表者名
  Vandenbon A, Kumagai Y, Akira S, Standley DM
- 雑誌名
  
  BMC Genomics
  
  巻: Vol.13 Suppl 7 号: Suppl 7 ページ: S11-S11
- DOI
  10.1186/1471-2164-13-s7-s11
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23710234
[学会発表] Human Housekeeping Cis-Reulatory Elements and their involvement in tumor suppression2023
- 著者名/発表者名
  Martin Loza, Alexis Vandenbon and Kenta Nakai
- 学会等名
  Indian Conference on Bioinformatics 2023 - Inbix'23
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06189
[学会発表] Characterization of housekeeping regulatory elements in the human genome2023
- 著者名/発表者名
  Loza, M., Vandenbon, A., & Nakai, K.
- 学会等名
  The Biology of Genomes(CSHL)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06189
[学会発表] Unveiling the existence of housekeeping cis-regulatory elements: epigenetic characterization and implications in cancer development2023
- 著者名/発表者名
  Loza, M., Vandenbon, A., & Nakai, K.
- 学会等名
  The 22nd International Conference on Bioinformatics (InCoB2023)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K06189
[学会発表] Evaluation of critical data processing steps for reliable prediction of gene co-expression from large collections of RNA-seq data2022
- 著者名/発表者名
  Alexis Vandenbon
- 学会等名
  第１１回生命医薬情報学連合大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06609
[学会発表] Single-cell Gene & Protein Expression Analysis Revealed Unique Functional Subsets of Regulatory T Cells2016
- 著者名/発表者名
  Ryoyo IKEBUCHI, Shunsuke TERAGUCHI, Alexis VANDENBON, Yasutaka NAKANISHI, Taiki MORIYA, Hiromi OKUYAMA, Yutaka KUSUMOTO, Tetsuya HONDA, Michio TOMURA
- 学会等名
  International Conference on Single Cell Research 2016
- 発表場所
  Tokyo, Japan
- 年月日
  2016-11-16
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K19687
[学会発表] Sets of principal transcription factors define properties and dynamics of enhancers following LPS stimulation2013
- 著者名/発表者名
  Vandenbon A.
- 学会等名
  EMBO Workshop Complex Systems in Immunology
- 発表場所
  Biopolis (Singapore)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23710234
[学会発表] Properties and dynamics of enhancers are defined by small sets of principal regulators2013
- 著者名/発表者名
  Alexis Vandenbon
- 学会等名
  次世代シークエンサ現場の会　第３回研究会 (NGS現場の会)
- 発表場所
  神戸国際会議場、神戸
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23710234
[学会発表] Towards Comprehensive Understanding of the Dynamic Control of the Immune Response on the Transcriptional and Epigenetic Level2013
- 著者名/発表者名
  Vandenbon A.
- 学会等名
  The 24th CDB Meeting : Genomics and Epigenomics with Deep Sequencing
- 発表場所
  RIKEN CDB, Kobe (Japan)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23710234
[学会発表] Properties and dynamics of enhancers are defined by small sets of principal regulators2013
- 著者名/発表者名
  Vandenbon A.
- 学会等名
  次世代シークエンサ現場の会第3回研究会 (NGS現場の会)
- 発表場所
  Kobe International Conference Center, Kobe, (Japan)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23710234
[学会発表] Towards Comprehensive Understanding of the Dynamic Control of the Immune Response on the Transcriptional and Epigenetic Level2013
- 著者名/発表者名
  Alexis Vandenbon
- 学会等名
  The 24th CDB Meeting: Genomic and Epigenomics with Deep Sequencing
- 発表場所
  RIKEN CDB、神戸
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23710234
[学会発表] Sets of principal transcription factors define properties and dynamics of enhancers following LPS stimulation2013
- 著者名/発表者名
  Alexis Vandenbon
- 学会等名
  EMBO Workshop Complex Systems in Immunology
- 発表場所
  Biopolis, Singapore
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23710234
[学会発表] A novel unbiased measure for motif co-occurrence predicts combinatorial regulation of transcription2012
- 著者名/発表者名
  Alexis Vandenbon
- 学会等名
  11th International Conference on Bioinformatics (InCoB2012)
- 発表場所
  Centara Grand at Central Plaza Ladprao (Bangkok, Thailand)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23710234
[学会発表] Sequence analysis of promoter and enhancer regions in mouse macrophages2012
- 著者名/発表者名
  Vandenbon A.
- 学会等名
  次世代シークエンサ現場の会第2回研究会(NGS現場の会)
- 発表場所
  Hotel Hankyu Expo Park, Osaka (Japan)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23710234
[学会発表] Sequence analysis of mouse macrophage promoter and enhancer regions reveals several subclasses of enhancers2012
- 著者名/発表者名
  Vandenbon A.
- 学会等名
  ICSB (the 13th International Conference of Systems Biology)
- 発表場所
  University of Toronto, Toronto (Canada)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23710234
[学会発表] Sequence Analysis Reveals Several Subtypes of Macrophage Enhancers2012
- 著者名/発表者名
  Vandenbon A.
- 学会等名
  TCUID2012
- 発表場所
  Osaka University, Osaka (Japan)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23710234
[学会発表] Predicting combinatorial regulation of transcription from motif co-occurrence2012
- 著者名/発表者名
  Vandenbon A.
- 学会等名
  InCoB2012 (11th International Conference on Bioinformatics)
- 発表場所
  Centara Grand at Central Plaza Ladprao, Bangkok (Thailand)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23710234
[学会発表] A novel unbiased measure for motif co-occurrence predicts combinatorial regulation of transcription2012
- 著者名/発表者名
  Vandenbon A.
- 学会等名
  11th International Conference on Bioinformatics (InCoB2012)
- 発表場所
  Centara Grand at Central Plaza Ladprao, Bangkok (Thailand)
- 年月日
  2012-10-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23710234

1. 池渕良洋 (00747529)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
2. 戸村道夫 (30314321)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
3. 楠本豊 (40252689)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
4. 守屋大樹 (30759759)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
5. 寺口俊介 (00467276)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
6. 中山隆志 (60319663)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 松尾一彦 (70615921)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 中井謙太 (60217643)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 5件
9. 伊藤武彦

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
10. 鈴木穣

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
11. 中村保一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

ＶＡＮＤＥＮＢＯＮ ＡＬＥＸＩＳ VANDENBON ALEXIS

VANDENBON ALEXIS Vandenbon Alexis

Alexis Vandenbon

研究課題

研究成果

共同研究者

細胞種特異的発現を決めるエンハンサー文法の探求

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

Comprehensive optimization of cell type-specific gene co-expression networks and construction of a cell type-specific co-expression database研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

単細胞遺伝子発現解析による高機能な制御性T細胞の集積を誘導する皮膚炎治療薬の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

免疫応答の制御に関与するプロモータの網羅的な構造特徴の抽出とモデル化研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] Epigenetics in Organ Specific Disorders (ed,: Chandra Boosani, Ritobrata Goswami)2022

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

ISBN

データソース

[雑誌論文] Epigenetic characterization of housekeeping core promoters and their importance in tumor suppression2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Murine breast cancers disorganize the liver transcriptome in a zonated manner2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Evaluation of critical data processing steps for reliable prediction of gene co-expression from large collections of RNA-seq data2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] A universal differential expression prediction tool for single-cell and spatial genomics data2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Guidance for RNA-seq co-expression estimates: the importance of data normalization, batch effects, and correlation measures2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] A rare subset of skin-tropic regulatory T cells expressing Il10/Gzmb inhibits the cutaneous immune response.2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] A Parzen window-based approach for the detection of locally enriched transcription factor binding sites2013

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] A novel unbiased measure for motif co-occurrence predicts combinatorial regulation of transcription2012

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[学会発表] Human Housekeeping Cis-Reulatory Elements and their involvement in tumor suppression2023

著者名/発表者名

学会等名

ＶＡＮＤＥＮＢＯＮＡＬＥＸＩＳ VANDENBON ALEXIS