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中戸 隆一郎  NAKATO RYUICHIRO

研究者番号 60583044
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0003-3019-5817
所属 (現在) 2025年度: 東京大学, 定量生命科学研究所, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2021年度 – 2024年度: 東京大学, 定量生命科学研究所, 准教授
2019年度 – 2021年度: 東京大学, 定量生命科学研究所, 講師
2018年度: 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教
2011年度 – 2017年度: 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分43060:システムゲノム科学関連 / 複合領域 / システムゲノム科学 / システムゲノム科学
研究代表者以外
小区分46010:神経科学一般関連 / ゲノム生物学 / 生物系 / 小区分48040:医化学関連 / 小区分50010:腫瘍生物学関連 / 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野 … もっと見る / 大区分G / 中区分56:生体機能および感覚に関する外科学およびその関連分野 / 生体の構造と機能およびその関連分野 / ゲノム生物学 隠す
キーワード
研究代表者
バイオインフォマティクス / シングルセル解析 / エピゲノム / 大規模解析 / ChIP-seq法 / 疾患解析 / コヒーシン / 細胞運命解析 / 細胞運命制御 / 細胞分化 … もっと見る / 数理モデリング / 情報基盤整備 / Data imputation / 生命情報学 / 疑似時系列解析 / 遺伝子ネットワーク / 1細胞解析 / 解析パイプライン / 軌道解析 / データ駆動型解析 / 次世代シーケンサー / 立体構造解析 / IHECプロジェクト / ノイズ除去 / Spike-in解析 / ゲノム立体構造 / 品質評価 / Hi-C法 / 3C / ChIP-seq / ゲノム機能解析 / クロマチン構造解析 / 転写解析 / データ可視化 / ChIP-seq 法 / ゲノム情報学 … もっと見る
研究代表者以外
コヒーシン / 転写制御 / クロマチン / ゲノム / 転写伸長反応 / 染色体高次構造 / コルネリア・デ・ランゲ症候群 / 抑制性ニューロン / コヒーシンローダー / MCMヘリカーゼ / DNA複製 / Esco / アセチル化 / ChIP-seq / コンソーシアム研究 / デジタル情報 / ゲノム・オミックス解析 / 循環器疾患 / 国際連携 / HOX遺伝子 / 急性白血病 / ヌクレオポリン融合遺伝子 / ゲノム高次構造 / 相分離 / 白血病 / 融合遺伝子 / 転移がん / PDX / Drug tolerant persisters / がん幹細胞 / トリプルネガティブ乳がん / 精神疾患 / クロマチン制御 / 神経発達 / コヒーシン病 / 転写構造 / 染色体 / prefab / ATPase / in vitro転写系 / ヒストン密度 / リモデリング複合体 / エンハンソソーム / 染色体動態 / 神経可塑性 / クロマチン高次構造 / パルブアルブミン陽性(PV)細胞 / 神経回路可塑性 / 臨界期 / ATAC-seq / PV細胞 / 脳発達 / 幹細胞 / エピゲノム / シェアストレス / くも膜 / トランスクリプトーム / エピゲノム科学 / ゲノム科学 / 血管生物学 / 脳神経外科学 / 血管内皮細胞 / エピゲノム解析 / くも膜下出血 / コヒージョン / メディエーター / ループ構造 / 転写調節 / 転写伸長 / 転写 / アセチル化酵素 / ゲノム構造 / 姉妹染色体 / Mcmヘリカーゼ / 姉妹染色分体間接着 / 発現制御 隠す
  • 研究課題

    (16件)
  • 研究成果

    (89件)
  • 共同研究者

    (37人)
  •  乳がん原発及び転移のゲノム遺伝子変異不均一性と幹細胞階層性の1細胞レベル統合解明

    • 研究代表者
      後藤 典子
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2026
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分50010:腫瘍生物学関連
    • 研究機関
      金沢大学
  •  国際循環器デジタルオミックスコンソーシアムの創成

    • 研究代表者
      小室 一成
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2030
    • 研究種目
      国際共同研究加速基金(国際先導研究)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      東京大学
  •  疾患由来幹細胞における細胞運命破綻の機序解明を目指した1細胞分化系譜の比較解析研究代表者

    • 研究代表者
      中戸 隆一郎
    • 研究期間 (年度)
      2023 – 2026
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分43060:システムゲノム科学関連
    • 研究機関
      東京大学
  •  ホメオドメイン依存的なFG-NUPボディの新機能

    • 研究代表者
      岡 正啓
    • 研究期間 (年度)
      2023 – 2025
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分48040:医化学関連
    • 研究機関
      大阪大学
      国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
  •  幼年期の脳発達を司る神経細胞種特異的な遺伝子発現調節:コヒーシンの役割

    • 研究代表者
      酒井 晶子
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分46010:神経科学一般関連
    • 研究機関
      新潟大学
  •  コヒーシンによるエンハンソソーム制御:転写伸長反応制御の統合的理解に向けて

    • 研究代表者
      白髭 克彦
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(S)
    • 審査区分
      大区分G
    • 研究機関
      東京大学
  •  コヒーシン・DNAモーターのエンハンサーにおける役割:転写伸長の制御機構の理解

    • 研究代表者
      白髭 克彦
    • 研究期間 (年度)
      2020
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 審査区分
      中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
    • 研究機関
      東京大学
  •  拍動流等によるくも膜細胞の造血能誘導における分子メカニズムの解明

    • 研究代表者
      和田 洋一郎
    • 研究期間 (年度)
      2019 – 2020
    • 研究種目
      挑戦的研究(萌芽)
    • 審査区分
      中区分56:生体機能および感覚に関する外科学およびその関連分野
    • 研究機関
      東京大学
  •  臨界期可塑性におけるコヒーシンを介したクロマチン構造制御のメカニズム

    • 研究代表者
      酒井 晶子
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2020
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分46010:神経科学一般関連
    • 研究機関
      新潟大学
  •  くも膜下出血によって引き起こされるくも膜細胞から内皮細胞への分化機序の解明

    • 研究代表者
      和田 洋一郎
    • 研究期間 (年度)
      2017 – 2018
    • 研究種目
      挑戦的研究(萌芽)
    • 研究分野
      生体の構造と機能およびその関連分野
    • 研究機関
      東京大学
  •  エピゲノム・シングルセル大規模統合解析システムの構築研究代表者

    • 研究代表者
      中戸 隆一郎
    • 研究期間 (年度)
      2017 – 2021
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      東京大学
  •  コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明

    • 研究代表者
      坂東 優篤
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      ゲノム生物学
    • 研究機関
      東京大学
  •  エピゲノム比較解析パイプライン高度化のための正規化・統合解析手法の構築研究代表者

    • 研究代表者
      中戸 隆一郎
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2017
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      システムゲノム科学
    • 研究機関
      東京大学
  •  コヒーシンアセチル化制御ネットワークの解析

    • 研究代表者
      坂東 優篤
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2015
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      ゲノム生物学
    • 研究機関
      東京大学
  •  染色体高次構造の情報学的再構築法の検討研究代表者

    • 研究代表者
      中戸 隆一郎
    • 研究期間 (年度)
      2011 – 2012
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      システムゲノム科学
    • 研究機関
      東京大学
  •  細胞老化に伴うヘテロクロマチン領域形成のゲノム学的手法による機能解析

    • 研究代表者
      酒井 晶子
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2012
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      ゲノム生物学
    • 研究機関
      新潟大学
      東京工業大学

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017 2016 2015 2014 2013 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] Dockerプラットフォームを用いたシングルセル解析支援2021

    • 著者名/発表者名
      中戸 隆一郎
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      9784758103961
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [図書] 実験医学別冊 クロマチン解析実践プロトコール2020

    • 著者名/発表者名
      中戸 隆一郎
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      9784758122481
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [図書] シングルセルRNA-seq情報解析最前線2019

    • 著者名/発表者名
      中戸 隆一郎
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      9784758103831
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [図書] 「実験医学」2016年6月増刊号:エピゲノムのダイナミズムを解き明かす大規模比較解析 ―血管内皮細胞を例に2016

    • 著者名/発表者名
      中戸隆一郎, 和田洋一郎, 白髭克彦
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      羊土社
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18465
  • [図書] 実験医学2012

    • 著者名/発表者名
      中戸隆一郎, 伊藤武彦, 白髭克彦, 次世代シークエンサーによる染色体構造解析
    • 出版者
      羊土社
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23710230
  • [雑誌論文] Phase-separated nuclear bodies of nucleoporin fusions promote condensation of MLL1/CRM1 and rearrangement of 3D genome structure2023

    • 著者名/発表者名
      Oka Masahiro、Otani Mayumi、Miyamoto Yoichi、Oshima Rieko、Adachi Jun、Tomonaga Takeshi、Asally Munehiro、Nagaoka Yuya、Tanaka Kaori、Toyoda Atsushi、Ichikawa Kazuki、Morishita Shinichi、Isono Kyoichi、Koseki Haruhiko、Nakato Ryuichiro、Ohkawa Yasuyuki、Yoneda Yoshihiro
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 42 号: 8 ページ: 112884-112884

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2023.112884

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22KK0111, KAKENHI-PROJECT-22K19275, KAKENHI-PLANNED-19H05745, KAKENHI-PUBLICLY-22H04676, KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-23H00372, KAKENHI-PROJECT-23K27373
  • [雑誌論文] Mesenchymal loss of p53 alters stem cell capacity and models human soft tissue sarcoma traits.2023

    • 著者名/発表者名
      Sorimachi Y, Kobayashi H, Shiozawa Y, Koide S, Nakato R, Shimizu Y, Okamura T, Shirahige K, Iwama A, Goda N, Takubo K, Takubo K.
    • 雑誌名

      Stem Cell Reports

      巻: S2213-6711(23) 号: 5 ページ: 00097-8

    • DOI

      10.1016/j.stemcr.2023.03.009

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05940, KAKENHI-PROJECT-23K06416, KAKENHI-PROJECT-21K08431, KAKENHI-PROJECT-22K19550, KAKENHI-PROJECT-22K16298, KAKENHI-PROJECT-22KJ2948, KAKENHI-PLANNED-19H05746, KAKENHI-PROJECT-19H05653, KAKENHI-PROJECT-20H05686, KAKENHI-PROJECT-21H02957
  • [雑誌論文] Transient Methionine Deprivation Triggers Histone Modification and Potentiates Differentiation of Induced Pluripotent Stem Cells.2023

    • 著者名/発表者名
      Ozawa H, Kambe A, Hibi K, Murakami S, Oikawa A, Handa T, Fujiki K, Nakato R, Shirahige K, Kimura H, Shiraki N, Kume S
    • 雑誌名

      Stem Cells.

      巻: 41(3) 号: 3 ページ: 271-286

    • DOI

      10.1093/stmcls/sxac082

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05940, KAKENHI-PLANNED-18H05527, KAKENHI-PROJECT-22K19543, KAKENHI-PROJECT-20H05686, KAKENHI-PROJECT-21H02978
  • [雑誌論文] Context-dependent perturbations in chromatin folding and the transcriptome by cohesin and related factors2023

    • 著者名/発表者名
      Nakato Ryuichiro、Sakata Toyonori、Wang Jiankang、Nagai Luis Augusto Eijy、Nagaoka Yuya、Oba Gina Miku、Bando Masashige、Shirahige Katsuhiko
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 5647-5647

    • DOI

      10.1038/s41467-023-41316-4

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K06177, KAKENHI-PLANNED-20H05940, KAKENHI-PROJECT-20H05686, KAKENHI-PROJECT-23K27159
  • [雑誌論文] Cell cycle-dependent gene networks for cell proliferation activated by nuclear CK2α complexes2023

    • 著者名/発表者名
      Homma Miwako Kato、Nakato Ryuichiro、Niida Atsushi、Bando Masashige、Fujiki Katsunori、Yokota Naoko、Yamamoto So、Shibata Takeshi、Takagi Motoki、Yamaki Junko、Kozuka-Hata Hiroko、Oyama Masaaki、Shirahige Katsuhiko、Homma Yoshimi
    • 雑誌名

      Life Science Alliance

      巻: 7 号: 1 ページ: e202302077-e202302077

    • DOI

      10.26508/lsa.202302077

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05280, KAKENHI-PROJECT-20H05686
  • [雑誌論文] Large-scale multi-omics analysis suggests specific roles for intragenic cohesin in transcriptional regulation.2022

    • 著者名/発表者名
      Wang J, Bando M, Shirahige K, Nakato R.
    • 雑誌名

      Nat Commun

      巻: 13(1) 号: 1 ページ: 3218-3218

    • DOI

      10.1038/s41467-022-30792-9

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05940, KAKENHI-PROJECT-20H05686
  • [雑誌論文] The splicing factor DHX38/PRP16 is required for ovarian clear cell carcinoma tumorigenesis, as revealed by a CRISPR‐Cas9 screen2022

    • 著者名/発表者名
      Cona Brandon、Hayashi Tomoatsu、Yamada Ai、Shimizu Naomi、Yokota Naoko、Nakato Ryuichiro、Shirahige Katsuhiko、Akiyama Tetsu
    • 雑誌名

      FEBS Open Bio

      巻: 12 号: 3 ページ: 582-593

    • DOI

      10.1002/2211-5463.13358

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06325, KAKENHI-PLANNED-17H06331, KAKENHI-PROJECT-21H02693
  • [雑誌論文] Highly rigid H3.1/H3.2-H3K9me3 domains set a barrier for cell fate reprogramming in trophoblast stem cells2022

    • 著者名/発表者名
      Hada M, Miura H, Tanigawa A, Matoba S, Inoue K, Ogonuki N, Hirose M, Watanabe N, Nakato R, Fujiki K, Hasegawa A, Sakashita A, Okae H, Miura K, Shikata D, Arima T, Shirahige K, Hiratani I, Ogura A.
    • 雑誌名

      Genes Dev

      巻: 36 号: 1-2 ページ: 84-102

    • DOI

      10.1101/gad.348782.121

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K21384, KAKENHI-PLANNED-18H05530, KAKENHI-PLANNED-19H05758, KAKENHI-PUBLICLY-20H04934, KAKENHI-PLANNED-20H05940, KAKENHI-PROJECT-20K20582, KAKENHI-PROJECT-19K16017, KAKENHI-PROJECT-20K15705, KAKENHI-PROJECT-21K15108, KAKENHI-PROJECT-20H05686, KAKENHI-PROJECT-21H04834, KAKENHI-PROJECT-21K19546, KAKENHI-PROJECT-23K20298
  • [雑誌論文] HSF1 phosphorylation establishes an active chromatin state via the TRRAP TIP60 complex and promotes tumorigenesis2022

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto Mitsuaki、Takii Ryosuke、Matsumoto Masaki、Okada Mariko、Nakayama Keiich I.、Nakato Ryuichiro、Fujiki Katsunori、Shirahige Katsuhiko、Nakai Akira
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 4355-4355

    • DOI

      10.1038/s41467-022-32034-4

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K19288, KAKENHI-PROJECT-20H05686, KAKENHI-PROJECT-21H02697, KAKENHI-PROJECT-20K21386, KAKENHI-PLANNED-20H05930, KAKENHI-PROJECT-23K23870, KAKENHI-PROJECT-18H05215
  • [雑誌論文] Cohesin-dependent chromosome loop extrusion is limited by transcription and stalled replication forks.2022

    • 著者名/発表者名
      Jeppsson K, Sakata T, Nakato R, Milanova S, Shirahige K, Bjorkegren C.
    • 雑誌名

      Sci Adv.

      巻: 8(23) 号: 23

    • DOI

      10.1126/sciadv.abn7063

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05940, KAKENHI-PROJECT-20H05686, KAKENHI-WRAPUP-20H05601
  • [雑誌論文] Development of human iPSC-derived quiescent hepatic stellate cell-like cells for drug discovery and in vitro disease modeling2021

    • 著者名/発表者名
      Koui Yuta、Himeno Misao、Mori Yusuke、Nakano Yasuhiro、Saijou Eiko、Tanimizu Naoki、Kamiya Yoshiko、Anzai Hiroko、Maeda Natsuki、Wang Luyao、Yamada Tadanori、Sakai Yasuyuki、Nakato Ryuichiro、Miyajima Atsushi、Kido Taketomo
    • 雑誌名

      Stem Cell Reports

      巻: 16 号: 12 ページ: 3050-3063

    • DOI

      10.1016/j.stemcr.2021.11.002

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K07958, KAKENHI-PROJECT-18K15773, KAKENHI-PROJECT-20J40236, KAKENHI-PLANNED-17H06331, KAKENHI-PROJECT-21H02710, KAKENHI-PROJECT-20K05843, KAKENHI-PROJECT-20K17042
  • [雑誌論文] Codependency and mutual exclusivity for gene community detection from sparse single-cell transcriptome data2021

    • 著者名/発表者名
      Nakajima N, Hayashi T, Fujiki K, Shirahige K, Akiyama T, Akutsu T, Nakato R.
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2021.03.15.435370

    • オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [雑誌論文] HiC1Dmetrics: framework to extract various one-dimensional features from chromosome structure data2021

    • 著者名/発表者名
      Wang Jiankang、Nakato Ryuichiro
    • 雑誌名

      Briefings in Bioinformatics

      巻: 23 号: 1

    • DOI

      10.1093/bib/bbab509

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [雑誌論文] Codependency and mutual exclusivity for gene community detection from sparse single-cell transcriptome data2021

    • 著者名/発表者名
      Nakajima N, Hayashi T, Fujiki K, Shirahige K, Akiyama T, Akutsu T, Nakato R.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 49 号: 18 ページ: e104-e104

    • DOI

      10.1093/nar/gkab601

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K21384, KAKENHI-PLANNED-17H06325, KAKENHI-PLANNED-17H06331, KAKENHI-PLANNED-20H05940, KAKENHI-PROJECT-21H02693
  • [雑誌論文] Databases for Protein-Protein Interactions2021

    • 著者名/発表者名
      Nakajima Natsu、Akutsu Tatsuya、Nakato Ryuichiro
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: - ページ: 229-248

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-1641-3_14

    • ISBN
      9781071616406, 9781071616413
    • オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [雑誌論文] Toward understanding the dynamic state of 3D genome2020

    • 著者名/発表者名
      Shinkai S, Onami S, Nakato R.
    • 雑誌名

      Computational and Structural Biotechnology Journal

      巻: 18 ページ: 2259-2269

    • DOI

      10.1016/j.csbj.2020.08.014

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331, KAKENHI-PLANNED-18H05412, KAKENHI-PUBLICLY-20H05550, KAKENHI-PROJECT-19K22679
  • [雑誌論文] Methods for ChIP-seq analysis: A practical workflow and advanced applications2020

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Nakato, Toyonori Sakata
    • 雑誌名

      Methods

      巻: Epub ahead of print ページ: 44-53

    • DOI

      10.1016/j.ymeth.2020.03.005

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [雑誌論文] Tet2 and Tet3 in B cells are required to repress CD86 and prevent autoimmunity2020

    • 著者名/発表者名
      Tanaka, S. Ise, W. Inoue, T. Ito, A. Ono, C. Shima, Y. Sakakibara, S. Nakayama, M. Fujii, K. Miura, I. Sharif, J. Koseki, H. Koni, P. A. Raman, I. Li, Q. Z. Kubo, M. Fujiki, K. Nakato, R. Shirahige, K. Araki, H. Miura, F. Ito, T. Kawakami, E. Baba, Y. Kurosaki, T.
    • 雑誌名

      Nature Immunology

      巻: 21 号: 8 ページ: 950-961

    • DOI

      10.1038/s41590-020-0700-y

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K08883, KAKENHI-PROJECT-20K21384, KAKENHI-PLANNED-17H06331, KAKENHI-PLANNED-19H05745, KAKENHI-PROJECT-16H02622, KAKENHI-PROJECT-18H02626, KAKENHI-PROJECT-19H03491, KAKENHI-PROJECT-19K22537, KAKENHI-PROJECT-20H03503
  • [雑誌論文] Paternal restraint stress affects offspring metabolism via ATF-2 dependent mechanisms in Drosophila melanogaster germ cells2020

    • 著者名/発表者名
      Seong KH, Ly NH, Katou Y, Yokota N, Nakato R, Murakami S, Hirayama A, Fukuda S, Kang S, Soga T, Shirahige K, Ishii S.
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 3 号: 1

    • DOI

      10.1038/s42003-020-0992-3

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [雑誌論文] PHi-C: deciphering Hi-C data into polymer dynamics2020

    • 著者名/発表者名
      Shinkai Soya、Nakagawa Masaki、Sugawara Takeshi、Togashi Yuichi、Ochiai Hiroshi、Nakato Ryuichiro、Taniguchi Yuichi、Onami Shuichi
    • 雑誌名

      NAR Genomics and Bioinformatics

      巻: 2 号: 2

    • DOI

      10.1093/nargab/lqaa020

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K06612, KAKENHI-PROJECT-17K15050, KAKENHI-PLANNED-17H06331, KAKENHI-PUBLICLY-18H04720, KAKENHI-PLANNED-18H05412, KAKENHI-PROJECT-20K20458, KAKENHI-PLANNED-18H05531, KAKENHI-PROJECT-19H02567
  • [雑誌論文] Transcription and replication organize cohesin-dependent chromosome loops2020

    • 著者名/発表者名
      Jeppsson K, Sakata T, Nakato R, Milanova S, Shirahige K, Bjoerkegren C.
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2020.12.16.423068

    • オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [雑誌論文] Missense Mutations in NKAP Cause a Disorder of Transcriptional Regulation Characterized by Marfanoid Habitus and Cognitive Impairment2019

    • 著者名/発表者名
      Fiordaliso Sarah K.、.....Shirahige Katsuhiko、Izumi Kosuke
    • 雑誌名

      The American Journal of Human Genetics

      巻: 105 号: 5 ページ: 987-995

    • DOI

      10.1016/j.ajhg.2019.09.009

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-15H05970, KAKENHI-PLANNED-15H05976, KAKENHI-PLANNED-17H06331, KAKENHI-PROJECT-17H01539, KAKENHI-PROJECT-19H03621, KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21761
  • [雑誌論文] The novel lncRNA CALIC upregulates AXL to promote colon cancer metastasis2019

    • 著者名/発表者名
      Kawasaki Y、Miyamoto M、Oda T、Matsumura K、Negishi L、Nakato R、Suda S、Yokota N、Shirahige K、Akiyama T.
    • 雑誌名

      EMBO reports

      巻: 20 号: 8

    • DOI

      10.15252/embr.201847052

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-17H06324, KAKENHI-PLANNED-17H06325, KAKENHI-PLANNED-17H06331, KAKENHI-PROJECT-17H01537, KAKENHI-PROJECT-20K20379, KAKENHI-PROJECT-16H04692
  • [雑誌論文] Comprehensive epigenome characterization reveals diverse transcriptional regulation across human vascular endothelial cells2019

    • 著者名/発表者名
      Nakato R, Wada Y, Nakaki R, Nagae G, Katou Y, Tsutsumi S, Nakajima N, Fukuhara H, Iguchi A, Kohro T, Kanki Y, Saito Y, Kobayashi M, Izumi-Taguchi A, Osato N, Tatsuno K, Kamio A, Hayashi-Takanaka Y, Wada H, Ohta S, Aikawa M, Nakajima H, Nakamura M, McGee RC, Heppner KW, Kawakatsu T, Genno M, Yanase H, Kume H, et al.
    • 雑誌名

      Epigenetics & Chromatin

      巻: 12 号: 1 ページ: 77-77

    • DOI

      10.1186/s13072-019-0319-0

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00387, KAKENHI-PROJECT-18K07963, KAKENHI-PROJECT-19K20409, KAKENHI-ORGANIZER-15H05970, KAKENHI-PLANNED-15H05976, KAKENHI-PLANNED-17H06331, KAKENHI-PLANNED-17H06410, KAKENHI-PLANNED-18H05527, KAKENHI-PLANNED-19H05744, KAKENHI-PROJECT-17H03614, KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21761
  • [雑誌論文] Sensitive and robust assessment of ChIP-seq read distribution using a strand-shift profile2018

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Nakato, Katsuhiko Shirahige
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 印刷中

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [雑誌論文] Statistical Analysis and Quality Assessment of ChIP-seq Data with DROMPA.2018

    • 著者名/発表者名
      Nakato R, Shirahige K.
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol.

      巻: 1672 ページ: 631-643

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-7306-4_41

    • ISBN
      9781493973057, 9781493973064
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H02369, KAKENHI-PROJECT-15K18465
  • [雑誌論文] Sensitive and robust assessment of ChIP-seq read distribution using a strand-shift profile2018

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Nakato, Katsuhiko Shirahige
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 印刷中

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18465
  • [雑誌論文] Decreased cohesion in the brain leads to defective synapse development and anxiety-related behavior2017

    • 著者名/発表者名
      Fujita Y, Masuda K, Bando M, Nakato R, Katou Y, Tanaka T, Nakayama M, Takao K, Miyakawa T, Tanaka T, Ago Y, Hashimoto H, Shirahige K, Yamashita T.
    • 雑誌名

      J. Exp. Med.

      巻: 印刷中 号: 5 ページ: 1431-1452

    • DOI

      10.1084/jem.20161517

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-15H01288, KAKENHI-PUBLICLY-15H01347, KAKENHI-ORGANIZER-15H05970, KAKENHI-PLANNED-15H05976, KAKENHI-PROJECT-15H02369, KAKENHI-PROJECT-16H04718, KAKENHI-PROJECT-26293020, KAKENHI-PROJECT-26670122, KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21761, KAKENHI-PROJECT-16K01946, KAKENHI-PUBLICLY-16H01270, KAKENHI-PUBLICLY-17H06051, KAKENHI-PROJECT-17H06178, KAKENHI-PROJECT-16K18364, KAKENHI-PROJECT-16H06276
  • [雑誌論文] Recent advances in ChIP-seq analysis: from quality management to whole-genome annotation.2016

    • 著者名/発表者名
      Nakato R, Shirahige K.
    • 雑誌名

      Brief Bioinform

      巻: 12 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1093/bib/bbw023

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21761, KAKENHI-ORGANIZER-15H05970, KAKENHI-PLANNED-15H05976, KAKENHI-PROJECT-15H02369, KAKENHI-PROJECT-15K18465
  • [雑誌論文] Assembly of Slx4 signaling complexes behind DNA replication forks2015

    • 著者名/発表者名
      Attila Balint, TaeHyung Kim, David Gallo, Jose Renato Cussiol, Francisco M Bastos de Oliveira, Askar Yimit, Jiongwen Ou, Ryuichiro Nakato, Alexey Gurevich, Katsuhiko Shirahige, Marcus B Smolka, Zhaolei Zhang, Grant W Brown
    • 雑誌名

      The EMBO Journal

      巻: 34 号: 16 ページ: 2182-2197

    • DOI

      10.15252/embj.201591190

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18465, KAKENHI-ORGANIZER-15H05970, KAKENHI-PLANNED-15H05976
  • [雑誌論文] The Deubiquitinating Enzyme USP7 Regulates Androgen Receptor Activity by Modulating Its Binding to Chromatin2015

    • 著者名/発表者名
      Shu-Ting Chen, Maiko Okada, Ryuichiro Nakato, Kosuke Izumi, Masashige Bando and Katsuhiko Shirahige
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 290 号: 35 ページ: 21713-21723

    • DOI

      10.1074/jbc.m114.628255

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18465, KAKENHI-PUBLICLY-15H01347, KAKENHI-ORGANIZER-15H05970, KAKENHI-PLANNED-15H05976, KAKENHI-PUBLICLY-26102741, KAKENHI-PROJECT-15H02369, KAKENHI-PROJECT-25290065
  • [雑誌論文] Esco1 Acetylates Cohesin via a Mechanism Different from That of Esco22015

    • 著者名/発表者名
      Masashi Minamino, Mai Ishibashi, Ryuichiro Nakato, Kazuhiro Akiyama, Hiroshi Tanaka, Yuki Kato, Lumi Negishi, Toru Hirota, Takashi Sutani, Masashige Bando, Katsuhiko Shirahige
    • 雑誌名

      Current Biology

      巻: 25 号: 13 ページ: 1694-1706

    • DOI

      10.1016/j.cub.2015.05.017

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18465, KAKENHI-PUBLICLY-15H01347, KAKENHI-ORGANIZER-15H05970, KAKENHI-PLANNED-15H05976, KAKENHI-PLANNED-15H05977, KAKENHI-PUBLICLY-26114718, KAKENHI-PUBLICLY-26116523, KAKENHI-PROJECT-15H02365, KAKENHI-PROJECT-15J10948, KAKENHI-PROJECT-26640086, KAKENHI-PROJECT-24370076, KAKENHI-PROJECT-25290065
  • [雑誌論文] Condensin targets and reduces unwound DNA structures associated with transcription in mitotic chromosome condensation2015

    • 著者名/発表者名
      Takashi Sutani, Toyonori Sakata, Ryuichiro Nakato, Koji Masuda, Mai Ishibashi, Daisuke Yamashita, Yutaka Suzuki, Tatsuya Hirano, Masashige Bando, Katsuhiko Shirahige
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 6 号: 1 ページ: 1-13

    • DOI

      10.1038/ncomms8815

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18465, KAKENHI-PUBLICLY-15H01347, KAKENHI-ORGANIZER-15H05970, KAKENHI-PLANNED-15H05976, KAKENHI-PROJECT-15J10909, KAKENHI-PROJECT-25290065
  • [雑誌論文] Replication-Coupled PCNA Unloading by the Elg1 Complex Occurs Genome-wide and Requires Okazaki Fragment Ligation2015

    • 著者名/発表者名
      Takashi Kubota, Yuki Katou, Ryuichiro Nakato, Katsuhiko Shirahige, Anne D. Donaldson
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 12 号: 5 ページ: 774-787

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2015.06.066

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18465, KAKENHI-ORGANIZER-15H05970, KAKENHI-PLANNED-15H05976, KAKENHI-PLANNED-23114003
  • [雑誌論文] Germline gain-of-function mutations in AFF4 cause a developmental syndrome functionally linking the super elongation complex and cohesin.2015

    • 著者名/発表者名
      Izumi K, Nakato R, Zhang Z, Edmondson AC, Noon S, Dulik MC, Rajagopalan R, Venditti CP, Gripp K, Samanich J, Zackai EH, Deardorff MA, Clark D, Allen JL, Dorsett D, Misulovin Z, Komata M, Bando M, Kaur M, Katou Y, Shirahige K*, Krantz ID*.
    • 雑誌名

      Nature Genetics

      巻: 47 号: 4 ページ: 338-338

    • DOI

      10.1038/ng.3229

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-22125001, KAKENHI-PROJECT-22221009, KAKENHI-PROJECT-25290065, KAKENHI-PLANNED-23114003, KAKENHI-PUBLICLY-15H01347
  • [雑誌論文] Smc5/6-mediated regulation of replication progression contributes to chromosome assembly during mitosis in human cells.2014

    • 著者名/発表者名
      Gallego-Paez LM, Tanaka H, Bando M, Takahashi M, Nozaki N, Nakato R, Shirahige K*, Hirota T*.(Shared Corresponding Authors)
    • 雑誌名

      Mol Biol Cell.

      巻: 27 号: 2 ページ: 2736-2748

    • DOI

      10.1091/mbc.e13-01-0020

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22221009, KAKENHI-PUBLICLY-24114517, KAKENHI-PROJECT-24370076, KAKENHI-PROJECT-25290065, KAKENHI-PUBLICLY-26116523, KAKENHI-PROJECT-26640086
  • [雑誌論文] Chromatin immunoprecipitation protocol for mammalian cells.2014

    • 著者名/発表者名
      Komata M, Katou Y, Tanaka H, Nakato R, Shirahige K, Bando M.
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol.

      巻: 1164 ページ: 33-38

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-0805-9_4

    • ISBN
      9781493908042, 9781493908059
    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22221009, KAKENHI-PROJECT-25290065
  • [雑誌論文] PRDM14 Ensures Naive Pluripotency through Dual Regulation of Signaling and Epigenetic Pathways in Mouse Embryonic Stem Cells2013

    • 著者名/発表者名
      Yamaji M., Ueda J., Hayashi K., Ohta H., Yabuta Y., Kurimoto K., Nakato R., Yamada Y., Shirahige K., Saitou M.
    • 雑誌名

      Cell Stem Cell

      巻: 12 ページ: 368-382

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23710230
  • [雑誌論文] DROMPA: easy-to-handle peak calling and visualization software for the computational analysis and validation of ChIP-seq data2013

    • 著者名/発表者名
      Nakato, R., Itoh T., Shirahige K.
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 18

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23710230
  • [雑誌論文] Eukaryotic replisome components cooperate to process histones during chromosome replication2013

    • 著者名/発表者名
      Foltman M., Evrin C., De Piccoli G., Jones R.C., Edmondson R.D., Katou Y., Nakato R., Shirahige K., Labib K.
    • 雑誌名

      Cell Rep

      巻: 3 ページ: 892-904

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23710230
  • [雑誌論文] DROMPA: easy‐to‐handle peak calling and visualization software for the computational analysis and validation of ChIP‐seq data2013

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Nakato
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 18 号: 7 ページ: 589-601

    • DOI

      10.1111/gtc.12058

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22125008, KAKENHI-PROJECT-23710230
  • [雑誌論文] Replisome stability at defective DNA replication forks is independent of S-phase checkpoint kinases2012

    • 著者名/発表者名
      De Piccoli, G., Katou, Y., Itoh, T., Nakato, R., Shirahige, K., and Labib, K.
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 45 ページ: 696-704

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23710230
  • [雑誌論文] Telomere-binding protein Taz1 controls global replication timing through its localization near late replication origins in fission yeast2012

    • 著者名/発表者名
      Tazumi A., Fukuura M., Nakato R., Kishimoto A., Takenaka T., Ogawa S.,Song J.H., Takahashi T.S., Nakagawa T., Shirahige K., Masukata H.
    • 雑誌名

      Genes Dev

      巻: 26 ページ: 2050-2062

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23710230
  • [雑誌論文] HDAC8 mutations in Cornelia de Lange syndrome affect the cohesin acetylation cycle2012

    • 著者名/発表者名
      Deardorff M.A., Bando M., Nakato, R.(他39名)
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 489 ページ: 313-317

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23710230
  • [雑誌論文] Origin Association of Sld3, Sld7, and Cdc45Proteins Is a Key Step for Determination of Origin-Firing Timing2011

    • 著者名/発表者名
      Tanaka S., Nakato R., Katou Y., Shirahige K., Araki H.
    • 雑誌名

      Current Biol

      巻: 21 ページ: 2055-2063

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23710230
  • [雑誌論文] The inheritance of histone modifications depends upon the location in the chromosome in Saccharomyces cerevisiae2011

    • 著者名/発表者名
      Masumoto H., Nakato, R., Kanemaki M., Shirahige K., Hachinohe M.
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 6

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23710230
  • [雑誌論文] The inheritance of histone modifications depends upon the location in the chromosome in Saccharomyces cerevisiae2011

    • 著者名/発表者名
      Masumoto H, Nakato, R., Kanemaki M, Shirahige K, Hachinohe M.
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 6 号: 12 ページ: e28980-e28980

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0028980

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23710230
  • [雑誌論文] Origin association of Sld3, Sld7, and Cdc45 proteins is a key step for determination of origin-firing timing2011

    • 著者名/発表者名
      Tanaka, S., Nakano, R., Katou, Y., Shirahige, K. and Araki, H.
    • 雑誌名

      Curr. Biol

      巻: 21 号: 24 ページ: 2055-2063

    • DOI

      10.1016/j.cub.2011.11.038

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20227004, KAKENHI-PROJECT-20370005, KAKENHI-PUBLICLY-22019039, KAKENHI-ORGANIZER-22125001, KAKENHI-PROJECT-22221009, KAKENHI-ORGANIZER-23114001, KAKENHI-PLANNED-23114003, KAKENHI-PROJECT-23710230
  • [学会発表] Large-scale multi-omics analysis to explore the function of cohesin complex2023

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Nakato
    • 学会等名
      NTU-UTokyo Joint Conference 2023
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K27159
  • [学会発表] Large-scale computational genomics: tools for decoding genomic features2023

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Nakato
    • 学会等名
      Human Genetics Asia 2023
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K27159
  • [学会発表] Large-scale multi-omics analysis to dissect the context-specific role of cohesin in chromatin folding and gene expression2023

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Nakato
    • 学会等名
      CEEHRC 9th Annual Canadian Conference on Epigenetics
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K27159
  • [学会発表] 幼若脳の抑制性ニューロン発達に伴う遺伝子発現とクロマチン制御におけるコヒーシンローダーの役割2023

    • 著者名/発表者名
      酒井晶子、中戸隆一郎、大庭ジーナ未来、西條栄子、Heiko Peters, 白髭克彦、杉山清佳
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06389
  • [学会発表] 幼若脳の神経発達においてコヒーシンローダーは遺伝子発現とクロマチン制御に必要である2022

    • 著者名/発表者名
      酒井晶子、中戸隆一郎、大庭ジーナ未来、Heiko Peters、白髭克彦、杉山清佳
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06389
  • [学会発表] 生後脳の経験依存的な抑制性ニューロン発達におけるコヒーシンローダーの役割2021

    • 著者名/発表者名
      酒井 晶子、中戸 隆一郎、Heiko Peters、白髭 克彦、杉山 清佳
    • 学会等名
      第38回染色体ワークショプ・第19回核ダイナミクス研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K06479
  • [学会発表] Codependency and mutual exclusivity for gene community detection from sparse single-cell transcriptome data2021

    • 著者名/発表者名
      Natsu Nakajima, Tomoatsu Hayashi, Katsunori Fujiki, Katsuhiko Shirahige, Tetsu Akiyama, Tatsuya Akutsu, Ryuichiro Nakato
    • 学会等名
      第10回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2021)
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [学会発表] Integrative study of hepatic fibrosis resolution mechanisms using single-cell RNA sequencing2021

    • 著者名/発表者名
      Eiko Saijou, Ryuichiro Nakato
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [学会発表] Experience-dependent development of interneuron in juvenile brain requires cohesin-loader Nipbl2021

    • 著者名/発表者名
      Sakai, A., Nakato, R., Oba, G.M., Peters. H., Shirahige, K., Sugiyama, S.
    • 学会等名
      第44回日本神経科学大会/第1回CJK国際会議
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K06389
  • [学会発表] コヒーシンローダーNipblは幼若脳の経験依存的な抑制性ニューロン発達に必要である2021

    • 著者名/発表者名
      酒井 晶子、中戸 隆一郎、Heiko Peters、白髭 克彦、杉山 清佳
    • 学会等名
      第14回日本エピジェネティクス研究会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K06479
  • [学会発表] Single-cell RNA trajectory to infer dedifferentiation in Drosophila midgut2021

    • 著者名/発表者名
      Luis Augusto Eijy Nagai, Hiroki Nagai, Yuichiro Nakajima, Ryuichiro Nakato
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [学会発表] 群雄割拠のシングルセル情報解析:現状把握とその先2020

    • 著者名/発表者名
      中戸 隆一郎
    • 学会等名
      第9回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2020)
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [学会発表] 群雄割拠のシングルセル情報解析:現状把握とその先2020

    • 著者名/発表者名
      中戸 隆一郎
    • 学会等名
      第9回生命医薬情報学連合大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22679
  • [学会発表] 幼若脳の経験依存的な抑制性介在ニューロン発達におけるコヒーシンローダーの役割2020

    • 著者名/発表者名
      酒井 晶子、中戸 隆一郎、Heiko Peters、白髭 克彦、杉山 清佳
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K06479
  • [学会発表] Identifying mutually exclusive gene sets from sparse scRNA-seq data2020

    • 著者名/発表者名
      Nakajima N., Hayashi T., Akiyama T., Akutsu T. and Nakato R.
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [学会発表] Large-scale analysis of multi-omics data toward the elucidation of epigenomic diversity2020

    • 著者名/発表者名
      中戸 隆一郎
    • 学会等名
      第2回 ASHBi数理生物研究集会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K22679
  • [学会発表] Role of cohesin loader in experience-dependent development of interneuron in juvenile brain2020

    • 著者名/発表者名
      Sakai, A., Nakato, R., Peters. H., Shirahige, K., Sugiyama, S.
    • 学会等名
      第43回日本神経科学大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K06479
  • [学会発表] Large-scale analysis of multi-omics data toward the elucidation of epigenomic diversity2020

    • 著者名/発表者名
      中戸 隆一郎
    • 学会等名
      第2回 ASHBi数理生物研究集会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [学会発表] 生後脳の経験依存的なニューロン発達へのコヒーシンの関与2019

    • 著者名/発表者名
      酒井晶子、中戸隆一郎、白髭克彦、杉山清佳
    • 学会等名
      第37回染色体ワークショップ・第18回核ダイナミクス研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K06479
  • [学会発表] Integrated analysis of gene expression and chromatin folding regulated by cohesin, cohesin loader and CTCF2019

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Nakato
    • 学会等名
      第13回国際ゲノム会議
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [学会発表] Regulation of chromatin structure by cohesin during juvenile cortical development2019

    • 著者名/発表者名
      Akiko Sakai, Ryuichiro Nakato, Heiko Peters, Katsuhiko Shirahige, Sayaka Sugiyama
    • 学会等名
      第42回日本神経科学大会・第62回日本神経化学会大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K06479
  • [学会発表] シングルセル解析のための情報解析技術の現状と展望2019

    • 著者名/発表者名
      中戸 隆一郎
    • 学会等名
      第42回日本分子生物学会年会, ワークショップ「細胞社会ダイバーシティーの統合的解明と制御に挑む1細胞・1分子計測の数理科学」(兼オーガナイザー)
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [学会発表] Comparative analysis of gene co-expression networks of Glioblastoma2018

    • 著者名/発表者名
      仲嶋なつ, 中戸隆一郎
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [学会発表] 経験による脳の発達に必須な抑制性介在ニューロンにおける転写制御2018

    • 著者名/発表者名
      酒井 晶子・中戸 隆一郎・凌 一葦・侯 旭濱・飯島 友也・原 範和・桑野 良三・奥田 修二郎・白髭 克彦・杉山 清佳
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K06479
  • [学会発表] シングルセルデータから得られた遺伝子共発現ネットワークの比較解析2018

    • 著者名/発表者名
      仲嶋なつ, 林寛敦, 藤木克則, 秋山徹, 白髭克彦, 中戸隆一郎
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [学会発表] Characterization of chromatin folding mechanisms regulated by cohesin, cohesin loader and CTCF2018

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Nakato, Toyonori Sakata, Soya Shinkai, Katsuhiko Shirahige.
    • 学会等名
      Keystone Symposia "Chromatin Architecture and Chromosome Organization (X5)"
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18465
  • [学会発表] シングルセルRNA-seqのためのデータ高感度化及び数理モデリング手法の開発2018

    • 著者名/発表者名
      中戸隆一郎
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-17H06331
  • [学会発表] バイオインフォマティクスで切り開くエピゲノム解析2017

    • 著者名/発表者名
      中戸隆一郎
    • 学会等名
      Heart rhythm interdisciplinary Association (HEIAN) Forum
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18465
  • [学会発表] Transcription network in cerebral vascular system suggested by epigenetic analysis2017

    • 著者名/発表者名
      WADA H, ISHII N, SEKIHARA Y, OTA S, NAKAKI R, NAKATO R, WADA Y, MATSUNO A
    • 学会等名
      The 26th European Stroke Conference
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K19512
  • [学会発表] ゲノムのダイナミズムを解き明かす大規模ChIP-seq解析2017

    • 著者名/発表者名
      中戸隆一郎
    • 学会等名
      理研シンポジウム「細胞システムの動態と論理 IX」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18465
  • [学会発表] Cohesin loader regulates transition from pausing to elongation of RNA PolII2016

    • 著者名/発表者名
      Masashige Bando, Kazuhiro Akiyama, Ryuichiro Nakato, Katsuhiko Shirahige
    • 学会等名
      Epigenetics and chromatin, cold spring harbor meeting
    • 発表場所
      Cold spring harbor (USA)
    • 年月日
      2016-09-13
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H04718
  • [学会発表] Method of identifying biased data for large-scale ChIP-seq analysis2016

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Nakato
    • 学会等名
      The EMBO Meeting "From Functional Genomics to Systems Biology"
    • 発表場所
      Heidelberg, Germany
    • 年月日
      2016-11-12
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18465
  • [学会発表] The role of cohesin and cohesin loader in transcripitional regulation2015

    • 著者名/発表者名
      Masashige Bando, Ryuichiro Nakato, Kazuhiro Akiyama, Hiroshi Tanaka, Yuki Katou, Katsuhiko Shirahige
    • 学会等名
      EMBO workshop ‘SMC proteins’
    • 発表場所
      siena, Italy
    • 年月日
      2015-05-12
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25290065
  • [学会発表] 臨界期におけるマウス視覚野のクロマチン動態の解析2012

    • 著者名/発表者名
      酒井晶子、中戸隆一郎、桑野良三、白髭克彦、杉山清佳
    • 学会等名
      第35回日本神経科学大会
    • 発表場所
      名古屋
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22710183
  • [学会発表] The role of Cohesin loader in transcripitional regulation

    • 著者名/発表者名
      Masashige Bando, Ryuichiro Nakato, Kazuhiro Akiyama, Hiroshi Tanaka, Yuki Katou, Katsuhiko Shirahige
    • 学会等名
      The 4D nucleosome 2014
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2014-12-17 – 2014-12-20
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25290065
  • [学会発表] 転写調節におけるコヒーシンローダーの機能解析

    • 著者名/発表者名
      坂東優篤、中戸隆一郎、秋山和弘、田中博志、加藤由起、白髭克彦
    • 学会等名
      日本分子生物学会第38年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2014-11-29 – 2014-12-02
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25290065
  • 1.  酒井 晶子 (70532745)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 11件
  • 2.  白髭 克彦 (90273854)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 11件
  • 3.  坂東 優篤 (90360627)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 4件
  • 4.  和田 洋一郎 (10322033)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 1件
  • 5.  和田 裕美 (60645042)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 1件
  • 6.  桑野 良三 (20111734)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 7.  中田 庸一 (40584793)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 8.  須谷 尚史 (30401524)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 9.  後藤 典子 (10251448)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 10.  岡本 康司 (80342913)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 11.  鈴木 穣 (40323646)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 12.  岡 正啓 (40432504)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 13.  足立 淳 (20437255)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 14.  小室 一成 (30260483)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 15.  野村 征太郎 (10722118)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 16.  伊藤 薫 (50375664)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 17.  小寺 聡 (80794776)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 18.  松久 直司 (90879876)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 19.  南野 雅
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 20.  坂田 豊典
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 21.  吉村 充騎
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 22.  石橋 舞
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 23.  伊藤 武彦
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 4件
  • 24.  尾山 大明
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 25.  大里 直樹
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 26.  宮本 洋一
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 27.  中野 泰博
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 28.  広田 亨
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 29.  秋山 徹
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 30.  林 寛敦
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 31.  藤木 克則
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 32.  荒木 弘之
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 33.  田中 伸弥
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 34.  秦 裕子
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 35.  松本 雅記
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 36.  橋本 均
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 37.  落合 博
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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