小林直也 Kobayashi Naoya

研究者番号	60781945
その他のID	https://orcid.org/0000-0002-6599-1680
所属 (現在)	2025年度: 奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2021年度 – 2025年度: 奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 助教 2018年度 – 2019年度: 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(新分野創成センター、アストロバイオロジーセンター、生命創成探究, 生命創成探究センター, 特任研究員 2017年度: 分子科学研究所, 協奏分子システム研究センター, 特任研究員 2016年度: 信州大学, 繊維学部, アソシエイト研究員
審査区分/研究分野	研究代表者学術変革領域研究区分(Ⅱ) / 小区分43040:生物物理学関連 / 生体関連化学研究代表者以外小区分37010:生体関連化学 / 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野 / 小区分27040:バイオ機能応用およびバイオプロセス工学関連
キーワード	研究代表者タンパク質デザイン / タンパク質複合体 / 計算機デザイン / 融合タンパク質 / キメラタンパク質 / ヘテロ複合体 / 相互作用面デザイン / タンパク質安定化 / オリゴマーデザイン / 酵素 … もっと見る / 超並列デザイン / ペプチドバーコーディング / 物性スクリーニング / 熱安定性解析 / 改変酵素 / オリゴマー構造 / 環境応答 / ダイナミクス解析 / 環境変化応答 / 自己組織化 / 蛋白質ナノブロック / 人工蛋白質 … もっと見る研究代表者以外タンパク質構造体 / タンパク質デザイン / 多量化 / 3Dドメインスワッピング / タンパク質 / 微生物型ロドプシン / 膜タンパク質 / 光遺伝学 / 構造生物学 / クライオ電子顕微鏡 / ダイナミクス / ロドプシン / タンパク質工学 / タンパク質複合体 / タンパク質ナノブロック / 人工タンパク質デザイン / レクチン隠す

新規人工レクチンナノブロック複合体の設計創出システム開発と応用展開
- 研究代表者
  
  新井亮一
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分27040:バイオ機能応用およびバイオプロセス工学関連
- 研究機関
  信州大学
異種タンパク質の自在な組合せを可能にするキメラタンパク質複合体のボトムアップ設計研究代表者
- 研究代表者
  
  小林直也
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2025
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅱ)
- 研究機関
  奈良先端科学技術大学院大学
二次構造モチーフに着目したデザイン戦略によるタンパク質複合体のボトムアップ構築研究代表者
- 研究代表者
  
  小林直也
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2023
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅱ)
- 研究機関
  奈良先端科学技術大学院大学
微生物型ロドプシン光反応ダイナミクスの統合的理解
- 研究代表者
  
  加藤英明
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2026
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
- 研究機関
  東京大学
タンパク質3Dドメインスワッピングの包括的理解と応用
- 研究代表者
  
  廣田俊
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分37010:生体関連化学
- 研究機関
  奈良先端科学技術大学院大学
計算機デザイン手法による酵素タンパク質のオリゴマー化と熱安定性の解析研究代表者
- 研究代表者
  
  小林直也
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2019
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(新分野創成センター、アストロバイオロジーセンター、生命創成探究
環境変化応答性人工蛋白質ナノブロック開発と自己組織化ナノ構造形成ダイナミクス解析研究代表者
- 研究代表者
  
  小林直也
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2017
- 研究種目
  
  研究活動スタート支援
- 研究分野
  
  生体関連化学
- 研究機関
  分子科学研究所
   信州大学

すべて 2024 2023 2022 2020 2019 2018 2017 2016

すべて雑誌論文学会発表産業財産権

[雑誌論文] タンパク質と他分子の複合体構造を予測するAI・生成するAI2024
- 著者名/発表者名
  小林　直也
- 巻
  42
- ページ
  436
- DOI
  10.18958/7407-00004-0001154-00
- 言語
  日本語
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05426
[雑誌論文] AlphaFold時代の生成モデルが身近にするタンパク質設計2023
- 著者名/発表者名
  小林　直也, 佐久間　航也
- 巻
  41
- ページ
  2601
- DOI
  10.18958/7335-00001-0000603-00
- 言語
  日本語
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05426
[雑誌論文] Protein Cages and Nanostructures Constructed from Protein Nanobuilding Blocks2023
- 著者名/発表者名
  Kobayashi Naoya、Arai Ryoichi
- 雑誌名
  
  Methods in Molecular Biology
  
  巻: 2671 ページ: 79-94
- DOI
  10.1007/978-1-0716-3222-2_4
- ISBN
  9781071632215, 9781071632222
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17KK0104, KAKENHI-PUBLICLY-22H05426
[雑誌論文] 標的タンパク質の構造情報のみから結合タンパク質の設計が可能になった2022
- 著者名/発表者名
  小林直也
- 雑誌名
  
  ファルマシア
  
  巻: 58 号: 12 ページ: 1159-1159
- DOI
  10.14894/faruawpsj.58.12_1159
- ISSN
  0014-8601, 2189-7026
- 言語
  日本語
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05426
[雑誌論文] 人工タンパク質ナノブロック複合体の設計開発2019
- 著者名/発表者名
  小林直也、川上了史、新井亮一
- 雑誌名
  
  生化学
  
  巻: 91 号: 2 ページ: 255-259
- DOI
  10.14952/SEIKAGAKU.2019.910255
- NAID
  40021942521
- ISSN
  0037-1017
- 年月日
  2019-04-25
- 言語
  日本語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K05841, KAKENHI-PROJECT-18K05324, KAKENHI-PROJECT-17KK0104, KAKENHI-PROJECT-19H02522, KAKENHI-PROJECT-18K14668
[雑誌論文] 人工タンパク質ナノブロックによる多様な自己組織化ナノ構造複合体の創出2018
- 著者名/発表者名
  小林直也、新井亮一
- 雑誌名
  
  生物物理
  
  巻: 58 号: 6 ページ: 313-315
- DOI
  10.2142/biophys.58.313
- NAID
  130007521690
- ISSN
  0582-4052, 1347-4219
- 言語
  日本語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K05841, KAKENHI-PROJECT-18K14668
[雑誌論文] Self-Assembling Supramolecular Nanostructures Constructed from de Novo Extender Protein Nanobuilding Blocks2018
- 著者名/発表者名
  Kobayashi Naoya、Inano Kouichi、Sasahara Kenji、Sato Takaaki、Miyazawa Keisuke、Fukuma Takeshi、Hecht Michael H、Song Chihong、Murata Kazuyoshi、Arai Ryoichi
- 雑誌名
  
  ACS Synthetic Biology
  
  巻: 7 号: 5 ページ: 1381-1394
- DOI
  10.1021/acssynbio.8b00007
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K05841, KAKENHI-PUBLICLY-16H00761, KAKENHI-PROJECT-16H06837, KAKENHI-PROJECT-18K14668, KAKENHI-PROJECT-16H02111, KAKENHI-PROJECT-16J01938
[雑誌論文] Design and construction of self-assembling supramolecular protein complexes using artificial and fusion proteins as nanoscale building blocks2017
- 著者名/発表者名
  Naoya Kobayashi, Ryoichi Arai
- 雑誌名
  
  Current Opinion in Biotechnology
  
  巻: 46 ページ: 57-65
- DOI
  10.1016/j.copbio.2017.01.001
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H00761, KAKENHI-PROJECT-16H06837, KAKENHI-PROJECT-16K05841
[雑誌論文] 二量体形成新規人工タンパク質を用いたタンパク質ナノブロック開発による自己組織化ナノ構造複合体の創製2016
- 著者名/発表者名
  小林直也，新井亮一
- 雑誌名
  
  分子研レターズ
  
  巻: 73 ページ: 30-31
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06837
[雑誌論文] バイナリーパターン配列デザインによるデノボ蛋白質の創出と蛋白質ナノブロックによる超分子複合体の創生2016
- 著者名/発表者名
  小林直也，木村尚弥，新井亮一
- 雑誌名
  
  生物工学会誌
  
  巻: 94 ページ: 485-488
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06837
[雑誌論文] 人工蛋白質で「かたち」をつくろう―ブロック遊びしようよ！―2016
- 著者名/発表者名
  小林直也，新井亮一
- 雑誌名
  
  生物工学会誌
  
  巻: 94 ページ: 270-270
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06837
[産業財産権] 耐熱性βグルコシダーゼ2018
- 発明者名
  古賀信康, 小林直也, 南慎太朗
- 権利者名
  自然科学研究機構
- 産業財産権種類
  特許
- 産業財産権番号
  2018-172810
- 出願年月日
  2018
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K14668
[学会発表] 局所構造に着目したオリゴマーデザインとモノマー新規フォールドの手編み設計2023
- 著者名/発表者名
  小林直也
- 学会等名
  計算タンパク質科学研究会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05426
[学会発表] e novo design of new protein folds and heterooligomeric proteins by intuitive and simple methods2023
- 著者名/発表者名
  Naoya Kobayashi
- 学会等名
  日本進化学会第25回大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05426
[学会発表] Combinatorial design of heterooligomeric proteins by recombination of structural domains through sterically analogous structure motifs2023
- 著者名/発表者名
  Marino Yamamoto, Naoya Kobayashi, Shun Hirota
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05426
[学会発表] 配列デザインと立体構造予測の繰り返しによる手編みタンパク質構造の高品質化2023
- 著者名/発表者名
  小林直也, 廣田俊, 佐久間航也
- 学会等名
  第23回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05426
[学会発表] Construction of stable c-type cytochrome dimers utilizing computational design inspired by 3D domain swapping.2023
- 著者名/発表者名
  Naoya Kobayashi, Yuma Yoshida, Hideaki Ogata, Tsuyoshi Mashima, Shun Hirota
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05426
[学会発表] ヘリックス-ループ-ヘリックスモチーフのヘリックス-ヘリックス角に着目したタンパク質複合体構造の計算機デザイン2022
- 著者名/発表者名
  山本麻里乃, 小林直也, 廣田俊
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05426
[学会発表] 耐熱性シトクロムcのドメインスワッピング2量体構造の計算機デザイン2022
- 著者名/発表者名
  吉田悠真, 小林直也, 真島剛史, 廣田俊
- 学会等名
  第22回蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05426
[学会発表] 気軽に試せる計算機タンパク質デザインに向けて2022
- 著者名/発表者名
  小林直也, 廣田俊
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05426
[学会発表] 二次構造モチーフに着目したドメインスワッピング構造の計算機デザインによるタンパク質複合体の構築2022
- 著者名/発表者名
  小林直也, 吉田悠真, 真島剛史, 廣田俊
- 学会等名
  第22回蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H05426
[学会発表] Toward creation of artificial proteins self-assembling into diverse symmetric structures: computational design and experimental screening2020
- 著者名/発表者名
  Naoya Kobayashi, Nobuyasu Koga
- 学会等名
  The 1st International Symposium on Molecular Engine
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K14668
[学会発表] Toward design of thermostable beta-glucosidase with structure-based sequence profile2018
- 著者名/発表者名
  Kobayashi, N., Minami, S., Uchiyama, T., Sunagawa, N., Igarashi, K., and Koga, N.
- 学会等名
  International Symposium on "Artificial Cell Reactor Science and Technology" (Tokyo)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K14668
[学会発表] 立体構造に基づく配列プロファイルを利用したβ-グルコシダーゼの熱安定化2018
- 著者名/発表者名
  小林直也, 南慎太朗, 小杉貴洋, 内山拓, 砂川直輝, 五十嵐圭日子, 野地博行, 古賀信康
- 学会等名
  最終成果報告会―人工細胞リアクタが拓くイノベーション―(東京)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K14668
[学会発表] Toward design of thermostable beta-glucosidase with structure-based sequence profile2018
- 著者名/発表者名
  Kobayashi, N., Minami, S., Uchiyama, T., Sunagawa, N., Igarashi, K., Noji, H., and Koga, N.
- 学会等名
  第56回日本生物物理学会年会 (岡山)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K14668
[学会発表] 多様なタンパク質複合体構造の合理デザインに向けて2018
- 著者名/発表者名
  小林直也, 古賀信康
- 学会等名
  第18回日本蛋白質科学会年会(新潟)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K14668
[学会発表] Cumulative thermostabilization of beta-glucosidase with structure-based sequence profile information2018
- 著者名/発表者名
  Kobayashi, N.
- 学会等名
  分子研研究会「New Frontier in Protein Design & Engineering」(愛知)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K14668
[学会発表] pH-dependent structural transition of self-assembling nanostructures constructed from protein nanobuilding blocks using a dimeric de novo protein2017
- 著者名/発表者名
  Naoya Kobayashi, Takuya Sengoku, Takaaki Sato, Ryoichi Arai
- 学会等名
  Okazaki Conference 2017 on Grand Challenges in Small-angle Scattering
- 発表場所
  岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
- 年月日
  2017-03-18
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06837
[学会発表] pH-dependent structural transition of a dimeric de novo protein WA20 and reconstruction of protein nanobuilding block complexes2017
- 著者名/発表者名
  Naoya Kobayashi, Takuya Sengoku, Takaaki Sato, Ryoichi Arai
- 学会等名
  第17回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06837
[学会発表] タンパク質ナノブロックによる動的秩序構造形成2017
- 著者名/発表者名
  木村尚弥、小林直也、新井亮一
- 学会等名
  日本化学会第97春季年会
- 発表場所
  慶應義塾大学日吉キャンパス(神奈川県横浜市)
- 年月日
  2017-03-16
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06837
[学会発表] Dynamical Ordering Nanostructures Constructed from Protein Nanobuilding Blocks2017
- 著者名/発表者名
  Naoya Kimura, Naoya Kobayashi, Ryoichi Arai
- 学会等名
  The 5th International Symposium of Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
- 発表場所
  東京大学(東京都目黒区)
- 年月日
  2017-01-21
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06837
[学会発表] Self-assembling supramolecular nanostructures created from de novo protein nanobuilding blocks2017
- 著者名/発表者名
  Naoya Kimura, Naoya Kobayashi, Ryoichi Arai
- 学会等名
  Okazaki Conference 2017 on Grand Challenges in Small-angle Scattering, Okazaki
- 発表場所
  岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
- 年月日
  2017-03-18
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06837
[学会発表] 人工タンパク質をブロックに見立てた超分子ナノ構造複合体の設計構築2016
- 著者名/発表者名
  小林直也、木村尚弥、新井亮一
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場(茨城県つくば市)
- 年月日
  2016-11-25
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06837
[学会発表] Self-assembling supramolecular nano-architectures created from de novo protein nano-building blocks2016
- 著者名/発表者名
  Naoya Kimura, Naoya Kobayashi, Ryoichi Arai
- 学会等名
  第68回日本生物工学会大会
- 発表場所
  富山国際会議場・ANAクラウンプラザホテル(富山県富山市)
- 年月日
  2016-09-28
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06837
[学会発表] De Novo Protein Nano-Building Block Approach for “Synthetic Structural Biology” to Create Artificial Supramolecular Protein Complexes2016
- 著者名/発表者名
  Ryoichi Arai, Naoya Kimura, Naoya Kobayashi, Michael H. Hecht
- 学会等名
  THE 42nd NAITO CONFERENCE ON In the Vanguard of Structural Biology: Revolutionizing Life Sciences
- 発表場所
  シャトレーゼガトーキングダムサッポロ(北海道札幌市)
- 年月日
  2016-10-04
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06837
[学会発表] 人工蛋白質ナノブロックによる多様な自己組織化超分子ナノ構造複合体：ネオバイオ超分子の創生を目指して2016
- 著者名/発表者名
  小林直也、木村尚弥、新井亮一
- 学会等名
  第39回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
- 年月日
  2016-11-30
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06837
[学会発表] 蛋白質ナノブロック用超安定化人工蛋白質SUWA (Super WA20)の特性解析及び構造解析2016
- 著者名/発表者名
  木村尚弥、小林直也、新井亮一
- 学会等名
  第68回日本生物工学会大会
- 発表場所
  富山国際会議場・ANAクラウンプラザホテル(富山県富山市)
- 年月日
  2016-09-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06837

1. 新井亮一 (50344023)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 3件
2. 舘野浩章 (30450670)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 川上了史 (60566800)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 加藤英明 (80805961)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 井上圭一 (90467001)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 廣田俊 (90283457)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件

小林 直也 Kobayashi Naoya

研究課題

研究成果

共同研究者

新規人工レクチンナノブロック複合体の設計創出システム開発と応用展開

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

異種タンパク質の自在な組合せを可能にするキメラタンパク質複合体のボトムアップ設計研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

二次構造モチーフに着目したデザイン戦略によるタンパク質複合体のボトムアップ構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

微生物型ロドプシン光反応ダイナミクスの統合的理解

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質3Dドメインスワッピングの包括的理解と応用

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

計算機デザイン手法による酵素タンパク質のオリゴマー化と熱安定性の解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

環境変化応答性人工蛋白質ナノブロック開発と自己組織化ナノ構造形成ダイナミクス解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] タンパク質と他分子の複合体構造を予測するAI・生成するAI2024

著者名/発表者名

巻

ページ

DOI

言語

データソース

[雑誌論文] AlphaFold時代の生成モデルが身近にするタンパク質設計2023

著者名/発表者名

巻

ページ

DOI

言語

データソース

[雑誌論文] Protein Cages and Nanostructures Constructed from Protein Nanobuilding Blocks2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

ISBN

データソース

[雑誌論文] 標的タンパク質の構造情報のみから結合タンパク質の設計が可能になった2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

ISSN

言語

データソース

[雑誌論文] 人工タンパク質ナノブロック複合体の設計開発2019

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

ISSN

年月日

小林直也 Kobayashi Naoya