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上田 展久  UEDA Nobuhisa

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 80346048
その他のID
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2006年度: 京大, 化学研究所, 助手
2002年度 – 2006年度: 京都大学, 化学研究所, 助手
審査区分/研究分野
研究代表者
知能情報学 / 生体生命情報学
研究代表者以外
生体生命情報学 / 計算機科学
キーワード
研究代表者
糖鎖 / 動的計画法 / ラベル付き順序木 / ラベルつき順序木 / 分類 / 化学構造 / 周辺化グラフカーネル / 確率モデル / EMアルゴリズム / 確率文脈自由文法 / 統計的言語モデル … もっと見る
研究代表者以外
… もっと見る モチーフ抽出 / 最大共通部分点集合 / サポートベクタマシン / カーネル法 / アルゴリズム / パターンマッチング / subcellular location prediction / chemical structure / support vector machine / kernel method / Euler string / edit distance / triangle inequality / sequence alignment / 糖鎖 / 位置特異的スコア行列 / フランス / 国際情報交換 / サポートベクターマシン / タンパク質細胞内局在部位予測 / グラフカーネル / 生物情報ネットワーク / タンパク質配列 / クラスタリング / 平面的グラフ / 木構造 / 特徴ベクトル / 細胞内局在部位予測 / 化学構造 / オイラー文字列 / 編集距離 / 三角不等式 / 配列アラインメント / Local alignment / Position specific score matrix / Kernel method / Algorithms / Sequence motif / Pattern matching / Bioinformatics / ローカルサーチ / 相対エントロピー / GIBBSサンプリング / 構造アライメント / スポットマッチング / 電気泳動 / 最大クリーク / 近似マッチング / 合同性判定 / 点集合 / ホモロジー検索 / ローカルアライメント / 局所アライメント / 位置依存スコア行列 / 配列モチーフ / バイオインフォマティクス 隠す
  • 研究課題

    (4件)
  • 研究成果

    (15件)
  • 共同研究者

    (4人)
  •  実構造データに対する確率モデルの学習手法の開発研究代表者

    • 研究代表者
      上田 展久
    • 研究期間 (年度)
      2006
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      知能情報学
    • 研究機関
      京都大学
  •  構造を持つ生物情報データからの共通パターン抽出法

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2004 – 2006
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      京都大学
  •  配列の対を生成する統計的言語モデルの開発と配列解析への適用研究代表者

    • 研究代表者
      上田 展久
    • 研究期間 (年度)
      2003 – 2005
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      京都大学
  •  バイオインフォマティクスのための共通パターン抽出アルゴリズムの研究

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2001 – 2003
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      計算機科学
    • 研究機関
      京都大学

すべて 2005 2004 2003

すべて 雑誌論文

  • [雑誌論文] A probabilistic model for mining labeled ordered trees : Capturing patterns in carbohydrate sugar chains2005

    • 著者名/発表者名
      N.Ueda, K.F.Aoki-Kinoshita, A.Yamaguchi, T.Akutsu, H.Mamitsuka
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering 17(8)

      ページ: 1051-1064

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15700244
  • [雑誌論文] A novel representation of protein sequences for prediction of subcellular location using support vector machines2005

    • 著者名/発表者名
      S. Matsuda, J-P. Vert, H. Saigo, N. Ueda, H. Toh, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Protein Science 14

      ページ: 2804-2813

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] A probabilistic model for mining labeled ordered trees : Capturing patterns in carbohydrate sugar chains2005

    • 著者名/発表者名
      N.Ueda, K.F.Aoki, A.Yamaguchi, T.Akutsu, H.Mamitsuka
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering (印刷中)

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15700244
  • [雑誌論文] Graph kernels for molecular structure-activity relationship analysis with support vector machines2005

    • 著者名/発表者名
      P.Mahe, N.Ueda, T.Akutsu, J.-L.Perret, J.-P.Vert
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling 45(4)

      ページ: 939-951

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15700244
  • [雑誌論文] A novel representation of protein sequences for prediction of subcellular location using support vector machines2005

    • 著者名/発表者名
      S.Matsuda, J-P.Vert, H.Saigo, N.Ueda, H.Toh, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Protein Science 14

      ページ: 2804-2813

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Graph kernels for molecular structure-activity relationship analysis with support vector machines2005

    • 著者名/発表者名
      P.Mahe, N.Ueda, T.Akutsu, J-L.Perret J-P.Vert
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling 45

      ページ: 939-951

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] A novel representation of protein sequences for prediction of subcellular location using support vector machines2005

    • 著者名/発表者名
      S., Matsuda, J-P., Vert, H., Saigo, N., Ueda, H., Toh, T.,Akutsu
    • 雑誌名

      Protein Science 14

      ページ: 2804-2813

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] KCaM(KEGG Carbohydrate Matcher):a software tool for analyzing the structures of carbohydrate sugar chains2004

    • 著者名/発表者名
      K. F. Aoki, A. Yamaguchi, N. Ueda, T. Akutsu, H. Mamitsuka, S. Goto, M. Kanehisa
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 32

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] KCaM (KEGG Carbohydrate Matcher) : a software tool for analyzing the structures of carbohydrate sugar chains2004

    • 著者名/発表者名
      K.F.Aoki, A.Yamaguchi, N.Ueda, T.Akutsu, et al.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 32

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Extensions of marginalized graph kernels2004

    • 著者名/発表者名
      P., Mahe, N., Ueda, T., Akutsu,J-L., Perret, J-P., Vert
    • 雑誌名

      Proc. 21st Int. Conf. Machine Learning (ICML 2004)

      ページ: 552-559

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Extensions of marginalized graph kernels2004

    • 著者名/発表者名
      P.Mahe, N.Ueda, T.Akutsu, J-L.Perret, J-P.Vert
    • 雑誌名

      Proc.21st Int.Conf.Machine Learning(ICML 2004)

      ページ: 552-559

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Extensions of marginalized graph kernels2004

    • 著者名/発表者名
      P. Mahe, N. Ueda, T. Akutsu, J-L. Perret, J-P. Vert
    • 雑誌名

      Proc. 21st Int. Conf. Machine Learning(ICML 2004)

      ページ: 552-559

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Protein homology detection using string alignment kernels2004

    • 著者名/発表者名
      H.Saigo, J-P.Vert, N.Ueda, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Bioinformatics 20

      ページ: 1682-1689

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] KCaM (KEGG Carbohydrate Matcher) : a software tool for analyzing the structures of carbohydrate sugar chains2004

    • 著者名/発表者名
      K.F., Aoki, A., Yamaguchi, N., Ueda, T., Akutsu, H., Mamitsuka, S., Goto, M., Kanehisa
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 32

      ページ: 267-272

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Inferring strengths of protein-protein interactions from experimental data using linear programming2003

    • 著者名/発表者名
      M.Hayashida, N.Ueda, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Bioinformatics 19

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • 1.  阿久津 達也 (90261859)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 12件
  • 2.  宮野 悟 (50128104)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 3.  丸山 修 (20282519)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  林田 守広 (40402929)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件

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