神谷成敏 Kamiya Narutoshi

研究者番号	80420462
その他のID	https://orcid.org/0000-0002-0527-6968
所属 (現在)	2024年度: 兵庫県立大学, 情報科学研究科, 特任教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2020年度 – 2023年度: 兵庫県立大学, 情報科学研究科, 特任教授 2021年度: 兵庫県立大学, 情報科学研究科, 客員教授 2016年度 – 2018年度: 兵庫県立大学, シミュレーション学研究科, 特任教授 2015年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究機構, 研究員 2012年度 – 2014年度: 大阪大学, たんぱく質研究所, 招へい研究員 … もっと見る 2013年度: 大阪大学, たんぱく質研究所, 特任研究員 2012年度: 大阪大学, 蛋白質研究所, 招へい研究員 2010年度 – 2011年度: 大阪大学, 蛋白質研究所, 特任研究員 2010年度: 大阪大学, 蛋白質研究所, 特任研究員(客員准教授) 2007年度: 大阪大学, 臨床医工学融合研究教育センター, 特任研究員 2005年度: 神戸大学, 大学院・医学系研究科, 科学技術研究員隠す
審査区分/研究分野	研究代表者生物物理学 / 小区分43040:生物物理学関連研究代表者以外生物物理学 / 生物系 / 小区分38030:応用生物化学関連 / 生物系
キーワード	研究代表者分子動力学シミュレーション / 構造予測 / 自由エネルギー / 親和性予測 / 生物物理 / 立体構造予測 / 抗原抗体 / 構造・機能予測 / 機能予測 / 構造 … もっと見る研究代表者以外 … もっと見る生体分子 / 蛋白質 / 生物物理 / 蛋白質間相互作用 / プロテオーム / 分子シミュレーション / 分子動力学 / 構造機能相関 / PET分解 / 動的構造変化 / 金属イオン結合 / 酵素 / ヌクレオソーム / ポリメラーゼ / 生体生命情報学 / 分子動力学計算 / 遺伝子 / 転写因子 / 構造・機能予測 / データベース / バイオインフォマティクス / 蛋白質の構造・機能予測 / 分子軌道法 / 分子動力学法 / 密度汎関数法 / モノアミン酸化酵素A / チトクロムc酸化酵素 / 生体超分子複合体 / 量子化学 / 酵素反応隠す

クチナーゼCut190のCa2+結合に伴う動的構造変化とPET分解分子機構の解明
- 研究代表者
  
  織田昌幸
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分38030:応用生物化学関連
- 研究機関
  京都府立大学
癌細胞由来のペプチドと免疫関連タンパク質の複合体構造予測法と親和性予測法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  神谷成敏
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分43040:生物物理学関連
- 研究機関
  兵庫県立大学
タンパク質と薬剤の複合体構造予測法と結合自由エネルギー計算法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  神谷成敏
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2018
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  兵庫県立大学
結合自由エネルギーを評価関数としたタンパク質複合体構造予測法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  神谷成敏
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2015
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
   大阪大学
計算・情報科学による転写サイクルにおける情報変換機構の解明
- 研究代表者
  
  中村春木
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2016
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  大阪大学
動的構造に基づく定量的な蛋白質間相互作用システムの計算・情報科学研究
- 研究代表者
  
  中村春木
- 研究期間 (年度)
  2011 – 2013
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  大阪大学
タンパク質と薬剤の結合自由エネルギー評価法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  神谷成敏
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2012
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  大阪大学
構造インタラクトームの計算・情報科学による研究
- 研究代表者
  
  中村春木
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2010
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  大阪大学
分子シミュレーション支援による生体超分子複合体の構造機能相関の理論的研究
- 研究代表者
  
  鷹野優
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2007
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  大阪大学
分子シミュレーション支援による生体超分子複合体の構造・機能解析
- 研究代表者
  
  中村春木
- 研究期間 (年度)
  2005
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  大阪大学

[図書] タンパク質計算科学2009
- 著者名/発表者名
  神谷成敏・肥後順一・福西快文・中村春木
- 総ページ数
  251
- 出版者
  共立出版
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20370061
[雑誌論文] Mutual induced-fit mechanism drives binding between intrinsically disordered Bim and cryptic binding site of Bcl-xL2023
- 著者名/発表者名
  Bekker Gert-Jan、Araki Mitsugu、Oshima Kanji、Okuno Yasushi、Kamiya Narutoshi
- 雑誌名
  
  Communications Biology
  
  巻: 6 号: 1 ページ: 349-349
- DOI
  10.1038/s42003-023-04720-6
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] Advancing the field of computational drug design using multicanonical molecular dynamics-based dynamic docking2022
- 著者名/発表者名
  Bekker Gert-Jan、Kamiya Narutoshi
- 雑誌名
  
  Biophysical Reviews
  
  巻: 14 号: 6 ページ: 1349-1358
- DOI
  10.1007/s12551-022-01010-z
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] Thermal Stability Estimation of Single Domain Antibodies Using Molecular Dynamics Simulations2022
- 著者名/発表者名
  Bekker Gert-Jan、Kamiya Narutoshi
- 雑誌名
  
  Methods in Molecular Biology
  
  巻: 2552 ページ: 151-163
- DOI
  10.1007/978-1-0716-2609-2_8
- ISBN
  9781071626085, 9781071626092
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] Dynamic Docking Using Multicanonical Molecular Dynamics: Simulating Complex Formation at the Atomistic Level2021
- 著者名/発表者名
  Bekker Gert-Jan、Kamiya Narutoshi
- 雑誌名
  
  Methods in Molecular Biology
  
  巻: - ページ: 187-202
- DOI
  10.1007/978-1-0716-1209-5_11
- ISBN
  9781071612088, 9781071612095
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] Cutinases from thermophilic bacteria (actinomycetes): From identification to functional and structural characterization2021
- 著者名/発表者名
  Oda Masayuki、Numoto Nobutaka、Bekker Gert-Jan、Kamiya Narutoshi、Kawai Fusako
- 雑誌名
  
  Methods in Enzymology
  
  巻: - ページ: 159-185
- DOI
  10.1016/bs.mie.2020.12.031
- ISBN
  9780128220122
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] Exploring ligand binding pathways on proteins using hypersound-accelerated molecular dynamics2021
- 著者名/発表者名
  Araki Mitsugu、Matsumoto Shigeyuki、Bekker Gert-Jan、Isaka Yuta、Sagae Yukari、Kamiya Narutoshi、Okuno Yasushi
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 12 号: 1 ページ: 1-10
- DOI
  10.1038/s41467-021-23157-1
- NAID
  120007041708
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06594, KAKENHI-PROJECT-20H03229, KAKENHI-PROJECT-21K06510
[雑誌論文] Cryptic-site binding mechanism of medium-sized Bcl-xL inhibiting compounds elucidated by McMD-based dynamic docking simulations2021
- 著者名/発表者名
  Bekker Gert-Jan、Fukuda Ikuo、Higo Junichi、Fukunishi Yoshifumi、Kamiya Narutoshi
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 11 号: 1 ページ: 5046-5046
- DOI
  10.1038/s41598-021-84488-z
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] Accurate Binding Configuration Prediction of a G-Protein-Coupled Receptor to Its Antagonist Using Multicanonical Molecular Dynamics-Based Dynamic Docking2021
- 著者名/発表者名
  Bekker Gert-Jan、Araki Mitsugu、Oshima Kanji、Okuno Yasushi、Kamiya Narutoshi
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 61 号: 10 ページ: 5161-5171
- DOI
  10.1021/acs.jcim.1c00712
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] Dynamical Methods to Study Interaction in Proteins Facilitating Molecular Understanding of Cancer2021
- 著者名/発表者名
  Dasgupta Bhaskar、Bekker Gert-Jan、Kamiya Narutoshi
- 雑誌名
  
  Handbook of Oxidative Stress in Cancer: Mechanistic Aspects
  
  巻: - ページ: 1-17
- DOI
  10.1007/978-981-15-4501-6_149-1
- ISBN
  9789811545016
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] N-Terminal-Driven Binding Mechanism of an Antigen Peptide to Human Leukocyte Antigen-A*2402 Elucidated by Multicanonical Molecular Dynamic-Based Dynamic Docking and Path Sampling Simulations2021
- 著者名/発表者名
  Bekker Gert-Jan、Kamiya Narutoshi
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 125 号: 49 ページ: 13376-13384
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.1c07230
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] Difference of binding modes among three ligands to a receptor mSin3B corresponding to their inhibitory activities2021
- 著者名/発表者名
  Hayami Tomonori、Kamiya Narutoshi、Kasahara Kota、Kawabata Takeshi、Kurita Jun-ichi、Fukunishi Yoshifumi、Nishimura Yoshifumi、Nakamura Haruki、Higo Junichi
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 11 号: 1 ページ: 6178-6178
- DOI
  10.1038/s41598-021-85612-9
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] Flexibility and cell permeability of cyclic Ras-inhibitor peptides revealed by coupled Nose Hoover equation2021
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu, Koh Takeuchi, Narutoshi Kamiya, Junichi Higo, Isao Yasumatsu, Yoshifumi Fukunishi and Ikuo Fukuda
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 61 号: 4 ページ: 1921-1930
- DOI
  10.1021/acs.jcim.0c01427
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K03883, KAKENHI-PROJECT-20K11854, KAKENHI-PROJECT-20K21494, KAKENHI-PROJECT-17K05143, KAKENHI-PROJECT-18H02393, KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] Structural basis of mutants of <scp>PET</scp> ‐degrading enzyme from <i>Saccharomonospora viridis</i> <scp>AHK190</scp> with high activity and thermal stability2020
- 著者名/発表者名
  Emori Miho、Numoto Nobutaka、Senga Akane、Bekker Gert‐Jan、Kamiya Narutoshi、Kobayashi Yuma、Ito Nobutoshi、Kawai Fusako、Oda Masayuki
- 雑誌名
  
  Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics
  
  巻: 89 号: 5 ページ: 502-511
- DOI
  10.1002/prot.26034
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] Molecular Interaction Mechanism of a 14-3-3 Protein with a Phosphorylated Peptide Elucidated by Enhanced Conformational Sampling2020
- 著者名/発表者名
  Higo Junichi、Kawabata Takeshi、Kusaka Ayumi、Kasahara Kota、Kamiya Narutoshi、Fukuda Ikuo、Mori Kentaro、Hata Yutaka、Fukunishi Yoshifumi、Nakamura Haruki
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 60 号: 10 ページ: 4867-4880
- DOI
  10.1021/acs.jcim.0c00551
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] Exhaustive search of the configurational space of heat‐shock protein 90 with its inhibitor by multicanonical molecular dynamics based dynamic docking2020
- 著者名/発表者名
  Bekker Gert‐Jan、Araki Mitsugu、Oshima Kanji、Okuno Yasushi、Kamiya Narutoshi
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Chemistry
  
  巻: 41 号: 17 ページ: 1606-1615
- DOI
  10.1002/jcc.26203
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] Coarse-Grained Diffraction Template Matching Model to Retrieve Multiconformational Models for Biomolecule Structures from Noisy Diffraction Patterns2020
- 著者名/発表者名
  Tokuhisa Atsushi、Kanada Ryo、Chiba Shuntaro、Terayama Kei、Isaka Yuta、Ma Biao、Kamiya Narutoshi、Okuno Yasushi
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 60 号: 6 ページ: 2803-2818
- DOI
  10.1021/acs.jcim.0c00131
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] Dynamic Docking of a Medium-Sized Molecule to Its Receptor by Multicanonical MD Simulations2019
- 著者名/発表者名
  Bekker Gert-Jan、Araki Mitsugu、Oshima Kanji、Okuno Yasushi、Kamiya Narutoshi
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 123 号: 11 ページ: 2479-2490
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.8b12419
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[雑誌論文] Structural and thermodynamic characterization of endo-1,3-β-glucanase: Insights into the substrate recognition mechanism2018
- 著者名/発表者名
  M. Oda, S. Inaba, N. Kamiya, G.-J. Bekker, B. Mikami
- 雑誌名
  
  Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics
  
  巻: 1866 号: 3 ページ: 415-425
- DOI
  10.1016/j.bbapap.2017.12.004
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331, KAKENHI-PROJECT-16H04909
[雑誌論文] Folding thermodynamics of PET-hydrolyzing enzyme Cut190 depending on Ca2+ concentration2018
- 著者名/発表者名
  Inaba Satomi、Kamiya Narutoshi、Bekker Gert-Jan、Kawai Fusako、Oda Masayuki
- 雑誌名
  
  Journal of Thermal Analysis and Calorimetry
  
  巻: 135 号: 5 ページ: 2655-2663
- DOI
  10.1007/s10973-018-7447-9
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[雑誌論文] Thermal stability of single-domain antibodies estimated by molecular dynamics simulations2018
- 著者名/発表者名
  Bekker Gert-Jan、Ma Benson、Kamiya Narutoshi
- 雑誌名
  
  Protein Science
  
  巻: 28 号: 2 ページ: 429-438
- DOI
  10.1002/pro.3546
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[雑誌論文] Core Binding Site of a Thioflavin-T-Derived Imaging Probe on Amyloid β Fibrils Predicted by Computational Methods2018
- 著者名/発表者名
  Kawai Ryoko、Araki Mitsugu、Yoshimura Masashi、Kamiya Narutoshi、Ono Masahiro、Saji Hideo、Okuno Yasushi
- 雑誌名
  
  ACS Chemical Neuroscience
  
  巻: 9 号: 5 ページ: 957-966
- DOI
  10.1021/acschemneuro.7b00389
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[雑誌論文] Structural Dynamics of the PET-Degrading Cutinase-like Enzyme from Saccharomonospora viridis AHK190 in Substrate-Bound States Elucidates the Ca2+-Driven Catalytic Cycle2018
- 著者名/発表者名
  Numoto Nobutaka、Kamiya Narutoshi、Bekker Gert-Jan、Yamagami Yuri、Inaba Satomi、Ishii Kentaro、Uchiyama Susumu、Kawai Fusako、Ito Nobutoshi、Oda Masayuki
- 雑誌名
  
  Biochemistry
  
  巻: 57 号: 36 ページ: 5289-5300
- DOI
  10.1021/acs.biochem.8b00624
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[雑誌論文] Accurate prediction of complex structure and affinity for a flexible protein receptor and its inhibitor2017
- 著者名/発表者名
  G.-J. Bekker, N. Kamiya, M. Araki, I. Fukuda, Y. Okuno, H. Nakamura
- 雑誌名
  
  J. Chem. Theory Comput.
  
  巻: 13 号: 6 ページ: 2389-2399
- DOI
  10.1021/acs.jctc.6b01127
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331, KAKENHI-PROJECT-16K14711
[雑誌論文] Model building of antibody-antigen complex structures using GBSA scores2016
- 著者名/発表者名
  N. Shimba, N. Kamiya, H. Nakamura
- 雑誌名
  
  J. Chem. Inf. Model.
  
  巻: 56 号: 10 ページ: 2005-2012
- DOI
  10.1021/acs.jcim.6b00066
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[雑誌論文] Elastic properties of dynein motor domain obtained from all-atom molecular dynamics simulations2016
- 著者名/発表者名
  Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura
- 雑誌名
  
  Protein Engineering, Design and Selection
  
  巻: 29 号: 8 ページ: 317-325
- DOI
  10.1093/protein/gzw022
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-26291014, KAKENHI-PROJECT-26291034, KAKENHI-PROJECT-16K07331
[雑誌論文] Revisiting Antibody Modeling Assessment for CDR-H3 loop2016
- 著者名/発表者名
  Hiroshi Nishigami, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura
- 雑誌名
  
  Protein Engineering, Design and Selection
  
  巻: 29 号: 11 ページ: 477-484
- DOI
  10.1093/protein/gzw028
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-16K07331, KAKENHI-PROJECT-16K14711
[雑誌論文] The effect of conformational flexibility on binding free energy estimation between kinases and their inhibitors2016
- 著者名/発表者名
  M. Araki, N. Kamiya, M. Sato, M. Nakatsui, T. Hirokawa, Y. Okuno
- 雑誌名
  
  J. Chem. Inf. Model.
  
  巻: 56 号: 12 ページ: 2445-2456
- DOI
  10.1021/acs.jcim.6b00398
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[雑誌論文] Specific non-local interactions are not necessary for recovering native protein dynamics2014
- 著者名/発表者名
  Dasgupta B, Kasahara K, Kamiya N, Nakamura H, Kinjo AR
- 雑誌名
  
  PLoS ONE
  
  巻: 9 号: 3 ページ: e91347-e91347
- DOI
  10.1371/journal.pone.0091347
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23370071, KAKENHI-PROJECT-25440070
[雑誌論文] The Zero-multipole summation method for estimating electrostatic interactions in molecular dynamics : analysis of the accuracy and application to liquid systems2014
- 著者名/発表者名
  Fukuda I, Kamiya N, Nakamura H
- 雑誌名
  
  J. Chem. Phys
  
  巻: 140 号: 19 ページ: 194307-194307
- DOI
  10.1063/1.4875693
- NAID
  120005596268
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23370071, KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-25390156, KAKENHI-PROJECT-25440070
[雑誌論文] NMR Characterization of the Interaction of the Endonuclease Domain of MutL with Divalent Metal Ions and ATP2014
- 著者名/発表者名
  Mizushima R, Kim JK, Suetake I, Tanaka H, Takai T, Kamiya N, Takano Y, Mishima Y, Tajima S, Goto Y, Fukui K, *Lee YH
- 雑誌名
  
  PLoS One
  
  巻: 9 号: 6 ページ: e98554-e98554
- DOI
  10.1371/journal.pone.0098554
- NAID
  120006557621
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24570153, KAKENHI-PROJECT-25440070, KAKENHI-PROJECT-25870407
[雑誌論文] Structure of the entire stalk region of the dynein motor domain2014
- 著者名/発表者名
  Yosuke Nishikawa, Takuji Oyama, Narutoshi Kamiya, Takahide Kon, Yoko Y. Toyoshima, Haruki Nakamura, Genji Kurisu
- 雑誌名
  
  Journal of Molecular Biology
  
  巻: 426 号: 19 ページ: 3232-3245
- DOI
  10.1016/j.jmb.2014.06.023
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-24370046, KAKENHI-PUBLICLY-25113504, KAKENHI-PUBLICLY-25117503, KAKENHI-PROJECT-25280109, KAKENHI-PROJECT-25291031, KAKENHI-PROJECT-25440070, KAKENHI-PROJECT-26291014, KAKENHI-PROJECT-26291034, KAKENHI-PROJECT-26440023
[雑誌論文] Exhaustive comparison and classification of ligand-binding surfaces in proteins2013
- 著者名/発表者名
  Murakami Y, Kinoshita K, Kinjo AR, Nakamura H
- 雑誌名
  
  Protein Science
  
  巻: 22 号: 10 ページ: 1379-1391
- DOI
  10.1002/pro.2329
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23370071, KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008
[雑誌論文] Molecular dynamics simulations of a double-stranded DNA in an explicit solvent model with zero-dipole summation method2013
- 著者名/発表者名
  Arakawa T, Kamiya N, Nakamura H, Fukuda I
- 雑誌名
  
  PLoS ONE
  
  巻: 8 号: 10 ページ: e76606-e76606
- DOI
  10.1371/journal.pone.0076606
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23370071, KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-25390156, KAKENHI-PROJECT-25440070
[雑誌論文] Molecular Dynamics Simulations Accelerated by GPU for Biological Macromolecules with a Non-Ewald Scheme for Electrostatic Interactions2013
- 著者名/発表者名
  Mashimo T, Fukunishi Y, Kamiya N, Takano Y, Fukuda I, Nakamura H
- 雑誌名
  
  J. Chem. Theory Comput
  
  巻: 9 号: 12 ページ: 5599-5609
- DOI
  10.1021/ct400342e
- NAID
  120005604144
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23370071, KAKENHI-PROJECT-23657103, KAKENHI-PUBLICLY-25104717, KAKENHI-PROJECT-25390156, KAKENHI-PROJECT-25440070
[雑誌論文]2013
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, I. Fukuda, H. Nakamura
- 雑誌名
  
  Chem. Phys. Lett.
  
  巻: 568-569 ページ: 26-32
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570160
[雑誌論文] Application of zero-dipole summation method to molecular dynamics2013
- 著者名/発表者名
  Narutoshi Kamiya
- 雑誌名
  
  Chem. Phys. Lett.
  
  巻: 568-569 ページ: 26-32
- DOI
  10.1016/j.cplett.2013.03.014
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570160, KAKENHI-PROJECT-23370071, KAKENHI-PROJECT-23657103, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-25390156, KAKENHI-ORGANIZER-24118001
[雑誌論文] Enhanced and effective conformational sampling of protein molecular systems for their free energy landscapes2012
- 著者名/発表者名
  Higo, J., Ikebe, J., Kamiya, N., Nakamura, H
- 雑誌名
  
  Biophysical Rev
  
  巻: 4 号: 1 ページ: 27-44
- DOI
  10.1007/s12551-011-0063-6
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-21113006, KAKENHI-PROJECT-22570160, KAKENHI-PROJECT-23370071
[雑誌論文]2012
- 著者名/発表者名
  J. Higo, J. Ikebe, N. Kamiya, H. Nakamura
- 雑誌名
  
  Biophys. Rev
  
  巻: 4 ページ: 27-44
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570160
[雑誌論文]2012
- 著者名/発表者名
  I. Fukuda, N. Kamiya, Y. Yonezawa, H. Nakamura
- 雑誌名
  
  J. Chem. Phys
  
  巻: 137 ページ: 54314-54314
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570160
[雑誌論文] Simple and Accurate Scheme to Compute Electrostatic Interactions: Zero-dipole Summation Technique for Molecular System and Application to Bulk Water.2012
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Yasushige Yonezawa, Haruki Nakamura
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics
  
  巻: 137 号: 5 ページ: 54314-54314
- DOI
  10.1063/1.4739789
- NAID
  120005647641
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23370071, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-ORGANIZER-24118001
[雑誌論文] Theory for trivial trajectory parallelization of multicanonical molecular dynamics and application to a polypeptide in water.2011
- 著者名/発表者名
  J.Ikebe, K.Umezawa, N.Kamiya, T.Sugihara, Y.Yonezawa, Y.Takano, H.Nakamura, J.Higo
- 雑誌名
  
  J.Comput.Chem. 32
  
  ページ: 1286-1297
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20370061
[雑誌論文] Protein-inhibitor flexible docking by a multicanonical sampling: Native complex structure with the lowest free energy and a free-energy barrier distrinsuishing the native complex from the others.2007
- 著者名/発表者名
  N., Kamiya
- 雑誌名
  
  BIOPHYSICS 3
  
  ページ: 75-84
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18054013
[学会発表] 癌ワクチンペプチドと免疫関連タンパク質の結合自由エネルギー計算による親和性予測2021
- 著者名/発表者名
  神谷　成敏
- 学会等名
  第8回HPCI成果報告会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[学会発表] 癌ワクチンの個別医療化に向けたMHC受容体と癌ワクチンペプチドの結合自由エネルギー計算による親和性予測2020
- 著者名/発表者名
  神谷　成敏
- 学会等名
  第７回HPCI成果報告会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03229
[学会発表] Thermal stability of single domain antibodies estimated by MD simulations2019
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, B. Ma, G.-J. Bekker
- 学会等名
  The 63rd annual meeting of Biophysical Society, Baltimore Convention Center
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] クチナーゼの分子動力学計算による反応機構解析2019
- 著者名/発表者名
  神谷　成敏
- 学会等名
  日本農芸化学会2019年度東京大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] Stability of single domain antibodies by molecular dynamics simulation2018
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, B. Ma, G.-J. Bekker
- 学会等名
  The 32nd annual symposium of the Protein Society
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] マルチカノニカル分子動力学法によるタンパク質・リガンドのフレキシブルドッキング2018
- 著者名/発表者名
  神谷　成敏
- 学会等名
  近畿化学協会コンピュータ化学部会公開講演会第１０１回例会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] Binding mechanism of laminarihexaose to endo-1,3-βglucanase analyzed using molecular dynamics simulations2018
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, G.-J. Bekker, S. Inaba, B. Mikami, M. Oda
- 学会等名
  The 62nd annual meeting of Biophysical Society
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] Estimation of single domain antibody stability by MD simulations2018
- 著者名/発表者名
  G.-J. Bekker, B. Ma, N. Kamiya
- 学会等名
  第５６回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] The effect of conformational flexibility on binding free energy estimation between protein kinases and their inhibitors2017
- 著者名/発表者名
  M. Araki, N. Kamiya, M. Sato, M. Nakatsui, T. Hirokawa, Y. Okuno
- 学会等名
  The 61st annual meeting of Biophysical Society
- 発表場所
  ニューオリンズコンベンションセンター、ニューオリンズ（アメリカ）
- 年月日
  2017-02-14
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] Multiscale simulations of cytoplasmic dynein: From all-atom to continuum mechanics2017
- 著者名/発表者名
  S. Iida, B. Hanson, N. Kamiya, G. Kurisu, T. Kon, H. Nakamura, S. Harris
- 学会等名
  第５５回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] Flexible docking between cyclin-dependent kinase 2 and its inhibitor CS3 using multicanonical MD and thermodynamic integration simulations2017
- 著者名/発表者名
  G.-J. Bekker, N. Kamiya, M. Araki, I. Fukuda, Y. Okuno, H. Nakamura
- 学会等名
  第１７回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] Prediction of complex structure and affinity between cyclin-dependent kinase 2 and its inhibitor using multicanonical molecular dynamics and thermodynamic integration simulations2017
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, G.-J. Bekker, M. Araki, I. Fukuda, Y. Okuno, H. Nakamura
- 学会等名
  The 61st annual meeting of Biophysical Society
- 発表場所
  ニューオリンズコンベンションセンター、ニューオリンズ（アメリカ）
- 年月日
  2017-02-15
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] Flexible docking and affinity calculation between CDK2 and its inhibitor CS3 using multicanonical MD and thermodynamic integration2017
- 著者名/発表者名
  G.-J. Bekker, N. Kamiya, M. Araki, I. Fukuda, Y. Okuno, H. Nakamura
- 学会等名
  第５５回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] Prediction of complex structure and affinity of CDK2 and its inhibitor using McMD and TI simulations2017
- 著者名/発表者名
  G.-J. Bekker, N. Kamiya, M. Araki, I. Fukuda, Y. Okuno, H. Nakamura
- 学会等名
  The 19th IUBAM and the 11th EBSA congress
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] Flexible docking between cyclin-dependent kinase 2 and its inhibitor using multicanonical MD2016
- 著者名/発表者名
  G.-J.Bekker, N. Kamiya, M. Araki, Y. Okuno, H. Nakamura
- 学会等名
  第５４回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場、茨城県つくば市
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] An efficient new methodology for path elucidation and binding free energy calculation2016
- 著者名/発表者名
  Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura
- 学会等名
  第16回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場（福岡県、福岡市）
- 年月日
  2016-06-07
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] Ligand binding studies of the nuclear receptor PPARgamma using FRET and MD2016
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, T. Shiraki
- 学会等名
  The 60th annual meeting of Biophysical Society
- 発表場所
  Los Angeles convention center, Los Angeles, USA
- 年月日
  2016-02-28
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070
[学会発表] 分子シミュレーションにおける静電相互作用計算法：零多重極子法の理論と実際2016
- 著者名/発表者名
  福田育夫, Wang Han, 神谷成敏, 笠原浩太, 寺田透, 櫻庭俊, 中村春木
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場（茨城県、つくば市）
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] The effect of conformational flexibility on the binding free energy calculation between kinases and their ATP-conpetitive inhibitors2016
- 著者名/発表者名
  M. Araki, N. Kamiya, M. Sato, M. Nakatsui, T. Hirokawa, Y. Okuno
- 学会等名
  第５４回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場、茨城県つくば市
- 年月日
  2016-11-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] 巨大生体分子の長時間 MD シミュレーションの開発と生体分子の構造機能相関の解明2016
- 著者名/発表者名
  鷹野優、Neetha Mohan、草鹿あゆみ、川端猛、笠原浩太、真下忠彰、神谷成敏、中村春木
- 学会等名
  第８回「学際計算科学による新たな知の発展・統合・創出」シンポジウム
- 発表場所
  筑波大学計算科学研究センター（茨城県、つくば市）
- 年月日
  2016-10-17
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] Computational method for electrostatic interactions in molecular simulation: theory and practice in the zero-multipole summation2016
- 著者名/発表者名
  I. Fukuda, H. Wang, N. Kamiya, K. Kasahara, T. Terada, S. Sakuraba, H. Nakamura
- 学会等名
  第５４回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場、茨城県つくば市
- 年月日
  2016-11-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] Multiscale simulation of cytoplasmic dynein: From all-atom to continuum mechanics2016
- 著者名/発表者名
  S. Iida, B. Hanson, N. Kamiya, G. Kurisu, T. Kon, H. Nakamura, S. Harris
- 学会等名
  第５４回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場、茨城県つくば市
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07331
[学会発表] Flexible docking between cyclin-dependent kinase 2 and its inhibitor using multicanonical MD2016
- 著者名/発表者名
  Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno, Haruki Nakamura
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場（茨城県、つくば市）
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] A novel method to determine the optimal unbinding path between receptor and ligand using advanced molecular dynamics simulation2015
- 著者名/発表者名
  Gert-Jan Bekker, 神谷成敏, 中村春木
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（金沢市）
- 年月日
  2015-09-13
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] Accurate ensemble modeling of CDR-H3 loop in antibody2015
- 著者名/発表者名
  H. Nishigami, G.-J. Bekker, N. Kamiya, J. Higo, H. Nakamura
- 学会等名
  第５３回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学　角間キャンパス, 金沢
- 年月日
  2015-09-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070
[学会発表] FRET法とRAMD法を用いた核内受容体PPARγのリガンド結合に関する実験・理論的研究2015
- 著者名/発表者名
  神谷成敏, Gert-Jan Bekker, 白木琢磨, 中村春木
- 学会等名
  第15回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  あわぎんホール（徳島市）
- 年月日
  2015-06-24
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] FRET法とRAMD法を用いた核内受容体PPARγのリガンド結合に関する実験・理論的研究2015
- 著者名/発表者名
  神谷　成敏、ベッカー　ガージャン、白木　琢磨、中村　春木
- 学会等名
  第１５回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  あわぎんホール, 徳島
- 年月日
  2015-06-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070
[学会発表] Development and application of novel non-Ewald methods for calculating electrostatic interactions in molecular simulations2015
- 著者名/発表者名
  I. Fukuda, N. Kamiya, H. Wang, K. Kasahara, H. Nakamura
- 学会等名
  The 29th annual symposium of the Protein Society
- 発表場所
  Fira de Barcelona, Barcelona, Spain
- 年月日
  2015-07-23
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070
[学会発表] A novel method to determine the optimal unbinding path between receptor and ligand using advanced molecular dynamics simulations2015
- 著者名/発表者名
  G.-J. Bekker, N. Kamiya, H. Nakamura
- 学会等名
  第５３回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学　角間キャンパス, 金沢
- 年月日
  2015-09-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070
[学会発表] 分子シミュレーションにおける静電相互作用計算のための新規非エバルト法2015
- 著者名/発表者名
  福田育夫, 神谷成敏, Han Wang, 笠原浩太、中村春木
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（金沢市）
- 年月日
  2015-09-13
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] In-vitro and in-silico studies of ligand binding to the nuclear receptor PPARgamma using FRET and MD2015
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, G.-J. Bekker, T. Shiraki, H. Nakamura
- 学会等名
  The 29th annual symposium of the Protein Society
- 発表場所
  Fira de Barcelona, Barcelona, Spain
- 年月日
  2015-07-23
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070
[学会発表] 抗体CDR-H3ループ領域の立体構造予測2015
- 著者名/発表者名
  西上博士, Gert-Jan Bekker, 神谷成敏, 肥後順一, 中村春木
- 学会等名
  第53回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  金沢大学角間キャンパス（金沢市）
- 年月日
  2015-09-13
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] p53蛋白質C末端天然変性領域の構造探索2015
- 著者名/発表者名
  飯田慎仁, 神谷成敏, 北條裕信, 中村春木, 肥後順一
- 学会等名
  第15回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  あわぎんホール（徳島市）
- 年月日
  2015-06-24
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] Molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water2014
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, T. Mashimo, Y. Takano, T. Kon, G. Kurisu, H. Nakamura
- 学会等名
  Biophysical society 58th annual meeting
- 発表場所
  Moscone center, San Francisco, USA
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070
[学会発表] Contact number diffusion model for the normal mode analysis of protein structure2014
- 著者名/発表者名
  Bhaskar Dasgupta, Kota Kasahara, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura, Akira Kinjo
- 学会等名
  第52回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター
- 年月日
  2014-09-26
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] Elastic properties of dynein motor domain obatined from all-atom molecular dynamics simulations in explicit water2014
- 著者名/発表者名
  Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura
- 学会等名
  第52回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター
- 年月日
  2014-09-25
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] A comparison of 3D conformations of endothelin-1 analogs to find the pharmacophore model required for endothelin ligand2014
- 著者名/発表者名
  B. Ma, T. Kawabata, N. Kamiya, H. Nakamura
- 学会等名
  Biophysical society 58th annual meeting
- 発表場所
  Moscone center, San Francisco, USA
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070
[学会発表] All-atom molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water2013
- 著者名/発表者名
  Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura
- 学会等名
  Protein Society the 27th Annual Symposium
- 発表場所
  Boston（USA）
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] All-atom molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water2013
- 著者名/発表者名
  Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura
- 学会等名
  Protein Society the 27th Annual Symposium
- 発表場所
  Boston Marriott, Boston, USA
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23370071
[学会発表] Crystal structure of endo-1,3-beta-glucanase and its binding to laminarioligosaccharide2013
- 著者名/発表者名
  M. Oda, Y. Tanabe, N. Komichi, N. Kamiya, H. Nakamura, B. Mikami
- 学会等名
  The 27th annual symposium of the protein society
- 発表場所
  Boston marriott copley place, Boston, USA
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070
[学会発表] Zero-dipole summation method for evaluating eletrostatic interaction in molecular simulation of biomolecular system2013
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura
- 学会等名
  第51回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  国立京都国際会館（京都市）
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] All-atom molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water2013
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, T. Mashimo, Y. Takano, T. Kon, G. Kurisu, H. Nakamura
- 学会等名
  Dynein 2013 international workshop
- 発表場所
  Orbis Hall, Kobe, Japan
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070
[学会発表] The zero-dipole summation method and its application to molecular simulation with homogenous and inhomogeneous systems2013
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Kota Kasahara, Haruki Nakamura
- 学会等名
  The 12th Asia Pacific Physics Conference (APPC12)
- 発表場所
  幕張メッセ（千葉市）
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] All-atom molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water2013
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, T. Mashimo, Y. Takano, T. Kon, G. Kurisu, H. Nakamura
- 学会等名
  The 27th annual symposium of the protein society
- 発表場所
  Boston marriott copley place, Boston, USA
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070
[学会発表] All-atomic molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water2013
- 著者名/発表者名
  Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura
- 学会等名
  第13回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  とりぎん文化会館（鳥取市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23370071
[学会発表] Zero-dipole summation method for evaluating eletrostatic interaction in molecular simulation of biomolecular system2013
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura
- 学会等名
  第51回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  国立京都国際会館
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23370071
[学会発表] Molecular dynamics simulation of dynein motor domain in explicit water2012
- 著者名/発表者名
  Narutoshi Kamiya
- 学会等名
  日本生物物理学会
- 発表場所
  名古屋大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570160
[学会発表] Molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water2012
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, T. Mashimo, Y. Takano, T. Kon, G. Kurisu, H. Nakamura
- 学会等名
  日本生物物理学会年会
- 発表場所
  愛知県名古屋市
- 年月日
  2012-09-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570160
[学会発表] Molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water2012
- 著者名/発表者名
  神谷　成敏
- 学会等名
  第50回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  名古屋大学東山キャンパス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23370071
[学会発表] Molecular Dynamics Simulations of Ets1-DNA complexes using Zero-Dipole Summation Method2012
- 著者名/発表者名
  Takamasa Arakawa, Masaaki Shiina, Kazuhiro Ogata, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Haruki Nakamura
- 学会等名
  第50回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  名古屋大学
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] A simple non-Ewald scheme: the zero-dipole summation method and its application to molecular systems2012
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Takamasa Arakawa, Haruki Nakamura
- 学会等名
  Conference on Computational Physics (CCP2012)
- 発表場所
  ニチイ学館・神戸ポートアイランドセンター
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] Flexible docking between antigen and antibody by multicanonical molecular dynamics simulation2012
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, J. Higo, H. Nakamura
- 学会等名
  日本生物物理学会年会
- 発表場所
  兵庫県姫路市
- 年月日
  2012-09-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570160
[学会発表] 抗原-抗体間のフレキシブルドッキング・マルチカノニカル分子動力学シミュレーション2011
- 著者名/発表者名
  神谷成敏、肥後順一、中村春木
- 学会等名
  日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  大阪府吹田市
- 年月日
  2011-06-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570160
[学会発表] 抗原・抗体間のフレキシブルドッキング・マルチカノニカル分子動力学シミュレーション2011
- 著者名/発表者名
  神谷　成敏
- 学会等名
  第11回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  大阪千里
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23370071
[学会発表] Flexible docking between antigen and antibody by multicanonical molecular dynamics simulation2011
- 著者名/発表者名
  N.Kamiya, J.Higo, H.Nakamura
- 学会等名
  日本生物物理学会学会
- 発表場所
  兵庫県姫路市
- 年月日
  2011-09-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570160
[学会発表] 抗原-抗体間のフレキシブルドッキング・マルチカノニカル分子動力学シミュレーション2011
- 著者名/発表者名
  神谷成敏、肥後順一、中村春木
- 学会等名
  日本蛋白質科学会
- 発表場所
  大阪府吹田市
- 年月日
  2011-06-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570160
[学会発表] Conformational transitions in the CDRH3 region of the antidansyl monoclonal antibody by molecular dynamics simulations2010
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, J. Ikebe, K. Umezawa, Y. Yonezawa, J. Higo, H. Nakamura
- 学会等名
  日本生物物理学会年会
- 発表場所
  宮城県仙台市
- 年月日
  2010-09-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570160
[学会発表] Conformational transitions in the CDRH3 region of the anti-dansyl monoclonal antibody by molecular dynamics simulations2010
- 著者名/発表者名
  Narutoshi Kamiya, et al.
- 学会等名
  第48回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  東北大学・川内北キャンパス(宮城県仙台市)
- 年月日
  2010-09-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570160
[学会発表] Structural transitions in the CDRH3 region of the anti-dansyl monoclonal antibody by molecular dynamics simulations2010
- 著者名/発表者名
  Narutoshi Kamiya, et al.
- 学会等名
  CBI Sceiety 2010
- 発表場所
  学術総合センター(東京都千代田区)
- 年月日
  2010-09-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22570160
[学会発表] Model building of antibody-antigen complex structures using GB/SA scores
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, N. Shimba, H. Nakamura
- 学会等名
  The 28th annual meeting of the protein society
- 発表場所
  The Manchester grand Hyatt San Diego, San Diego, USA
- 年月日
  2014-07-27 – 2014-07-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070
[学会発表] Zero-dipole summation method for evaluating eletrostatic interaction in molecular simulation of biomolecular system.
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura
- 学会等名
  第51回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  国立京都国際会館（京都市）
- 年月日
  2013-10-28 – 2013-10-30
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] A simple non-Ewald scheme for calculating electrostatic interactions of charged particle systems: the zero-dipole summation method and the application to molecular systems
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Takamasa Arakawa, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Haruki Nakamura
- 学会等名
  2013年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム
- 発表場所
  東京工業大学蔵前会館
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] The zero-dipole summation method and its application to molecular simulation with homogenous and inhomogeneous systems
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Kota Kasahara, Haruki Nakamura
- 学会等名
  The 12th Asia Pacific Physics Conference (APPC12)
- 発表場所
  幕張メッセ（千葉市）大手町サンスカイルーム（東京）
- 年月日
  2013-07-15 – 2013-07-16
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] A simple non-Ewald scheme for calculating electrostatic interactions of charged particle systems: the zero-dipole summation method and the application to molecular systems
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda1, Narutoshi Kamiya, Takamasa Arakawa, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Haruki Nakamura
- 学会等名
  2013年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム
- 発表場所
  東京工業大学蔵前会館
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23370071
[学会発表] Molecular dynamics study on evaluation of a decoy set generated by docking between antibody and antigen
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, N. Shimba, H. Nakamura
- 学会等名
  The 4th Asia pacific protein association conference
- 発表場所
  International convention center, Jeju, Korea
- 年月日
  2014-05-17 – 2014-05-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070
[学会発表] All-atomic molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water
- 著者名/発表者名
  Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura
- 学会等名
  第13回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  とりぎん文化会館（鳥取市）
- 年月日
  2013-06-12 – 2013-06-14
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] 溶媒を陽に考慮した全原子分子動力学シミュレーションから得られたダイニンの弾性
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, T. Mashimo, Y. Takano, T. Kon, G. Kurisu, H. Nakamura
- 学会等名
  生物物理学会第５２回年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター、札幌
- 年月日
  2014-09-25 – 2014-09-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070
[学会発表] GPU-accelerated calculation of electrostatic interactions with zero-dipole summation method
- 著者名/発表者名
  Tadaaki Mashimo, Yoshifumi Fukunishi, Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Yu Takano, Haruki Nakamura
- 学会等名
  2013年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム
- 発表場所
  東京工業大学蔵前会館
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23370071
[学会発表] 抗原抗体ドッキングのデコイセット評価法
- 著者名/発表者名
  榛葉　教子、神谷　成敏、中村　春木
- 学会等名
  第１４回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ワークピア横浜、横浜
- 年月日
  2014-06-25 – 2014-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070
[学会発表] All-atom molecular dynamics simulations of dynein motor domain in explicit water
- 著者名/発表者名
  Narutoshi Kamiya, Tadaaki Mashimo, Yu Takano, Takahide Kon, Genji Kurisu, Haruki Nakamura
- 学会等名
  Protein Society the 27th Annual Symposium
- 発表場所
  Boston Marriott, Copley Place, Boston, USA
- 年月日
  2013-07-20 – 2013-07-23
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] GPU-accelerated calculation of electrostatic interactions with zero-dipole summation method
- 著者名/発表者名
  Tadaaki Mashimo, Yoshifumi Fukunishi, Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Yu Takano, Haruki Nakamura
- 学会等名
  2013年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム
- 発表場所
  東京工業大学蔵前会館
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24118008
[学会発表] Elastic property of dynein motor domain obtained from all-atom molecular dynamics simulations in explicit water
- 著者名/発表者名
  N. Kamiya, T. Mashimo, Y. Takano, T. Kon, G. Kurisu, H. Nakamura
- 学会等名
  Biophysical society 59th annual meeting
- 発表場所
  Baltimore convention center, Baltimore, USA
- 年月日
  2015-02-07 – 2015-02-11
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25440070

1. 中村春木 (80134485)

共同の研究課題数: 5件

共同の研究成果数: 38件
2. 米澤康滋 (40248753)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 1件
3. 肥後順一 (80265719)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 3件
4. 織田昌幸 (20318231)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 2件
5. 木下賢吾 (60332293)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 金城玲 (30370117)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
7. 河野秀俊 (40291918)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 笠原浩太 (90634965)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 6件
9. 中島伸介 (60324852)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 鷹野優 (30403017)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 大島勘二 (40437330)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 藤井聡 (40452825)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 皿井明倫 (20221286)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
14. 伊藤暢聡 (40361703)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
15. Bekker Gerardu (80813758)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 11件
16. 関口博史 (00401563)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
17. 沼本修孝 (20378582)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
18. 宮ノ入洋平 (80547521)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
19. 飯田緑

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
20. 石井俊輔

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
21. 荒木望嗣

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
22. 末武勲

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
23. 森次圭

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

神谷 成敏 Kamiya Narutoshi

研究課題

研究成果

共同研究者

クチナーゼCut190のCa2+結合に伴う動的構造変化とPET分解分子機構の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

癌細胞由来のペプチドと免疫関連タンパク質の複合体構造予測法と親和性予測法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質と薬剤の複合体構造予測法と結合自由エネルギー計算法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

結合自由エネルギーを評価関数としたタンパク質複合体構造予測法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

計算・情報科学による転写サイクルにおける情報変換機構の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

動的構造に基づく定量的な蛋白質間相互作用システムの計算・情報科学研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タンパク質と薬剤の結合自由エネルギー評価法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

構造インタラクトームの計算・情報科学による研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

分子シミュレーション支援による生体超分子複合体の構造機能相関の理論的研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

分子シミュレーション支援による生体超分子複合体の構造・機能解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[図書] タンパク質計算科学2009

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[雑誌論文] Mutual induced-fit mechanism drives binding between intrinsically disordered Bim and cryptic binding site of Bcl-xL2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Advancing the field of computational drug design using multicanonical molecular dynamics-based dynamic docking2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Thermal Stability Estimation of Single Domain Antibodies Using Molecular Dynamics Simulations2022

神谷成敏 Kamiya Narutoshi