森次圭 MORITSUGU Kei

研究者番号	80599506
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 大阪公立大学, 大学院理学研究科 , 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2022年度 – 2023年度: 大阪公立大学, 大学院理学研究科, 教授 2014年度 – 2022年度: 横浜市立大学, 生命医科学研究科, 特任准教授 2013年度 – 2014年度: 横浜市立大学, その他の研究科, その他 2012年度: 独立行政法人理化学研究所, その他部局等, 研究員 2011年度: 独立行政法人理化学研究所, 研究員
審査区分/研究分野	研究代表者生物物理学 / 小区分13040:生物物理、化学物理およびソフトマターの物理関連研究代表者以外小区分60100:計算科学関連 / 計算科学 / 小区分60030:統計科学関連 / 遷移状態制御
キーワード	研究代表者分子動力学シミュレーション / MSES法 / アクチン / 重み付きアンサンブル法 / 全原子空間探索 / 分子シミュレーション / フィラメント形成 / 非マルコフ / リボース結合タンパク質 / 機械学習 … もっと見る / マルコフモデル / 薬剤結合 / SARS CoV-2 3CLプロテアーゼ / ランジュバンモデル / SARS-CoV-2 3CLプロテアーゼ / Pin1 / シニョリン / マルコフ状態モデル / ダイナミクス / タンパク質 / 全原子構造探索 / グルタミン酸受容体 / グルタミン結合タンパク質 / リガンド結合 / barnase-barster複合体 / 常磁性緩和促進 / EIN-HPr複合体 / barnase-barstar複合体 / タンパク質相互作用 … もっと見る研究代表者以外分子動力学 / サンプリング / 数値積分 / 運動方程式 / 力学系 / 相互作用計算 / 数値計算 / ニューラルネットワーク / 多様体学習 / 時系列解析 / 生体物質の物理 / 重み付きアンサンブル法 / 自由エネルギー障壁 / キネティクス / 遷移状態 / 反応経路 / パスサンプリング / レアイベント / 生体分子シミュレーション / 酵素反応 / 数値シミュレーション / 計算科学隠す

計算手法を駆使しアクチン構造変化が関わるフィラメント形成の不可逆性を明らかにする研究代表者
- 研究代表者
  
  森次圭
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分13040:生物物理、化学物理およびソフトマターの物理関連
- 研究機関
  大阪公立大学
環境パラメタを分割変数型にした動力学と環境情報入力を最適化した分子相互作用計算
- 研究代表者
  
  福田育夫
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分60100:計算科学関連
- 研究機関
  大阪公立大学
高次元生命ダイナミクス時系列の機械学習による低次元系への縮約と制御への応用
- 研究代表者
  
  藤崎弘士
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分60030:統計科学関連
- 研究機関
  日本医科大学
タンパク質ダイナミクスの非マルコフ性: 状態遷移の履歴に関わる構造起源を探る研究代表者
- 研究代表者
  
  森次圭
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分13040:生物物理、化学物理およびソフトマターの物理関連
- 研究機関
  大阪公立大学
   横浜市立大学
深層パラメタ変動ダイナミクスと電荷分布依存ポテンシャル関数を用いた分子動力学法
- 研究代表者
  
  福田育夫
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分60100:計算科学関連
- 研究機関
  大阪公立大学
   兵庫県立大学
一般化カットオフ法と合成系密度力学による多様な分子動力学シミュレーションの実現
- 研究代表者
  
  福田育夫
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  計算科学
- 研究機関
  兵庫県立大学
   大阪大学
酵素反応のボトルネックを探る：反応経路サンプリングによる計算と実験による検証
- 研究代表者
  
  藤崎弘士
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  遷移状態制御
- 研究機関
  日本医科大学
全原子構造探索によるリガンド結合過程の解析研究代表者
- 研究代表者
  
  森次圭
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2017
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  横浜市立大学
全原子構造探索によるタンパク質相互作用過程の解析研究代表者
- 研究代表者
  
  森次圭
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2014
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  横浜市立大学
分子動力学計算を速く正確に安定に実行するための基盤技術の開発
- 研究代表者
  
  福田育夫
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2015
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  計算科学
- 研究機関
  大阪大学
MSES法によるタンパク質相互作用の全原子構造サンプリング研究代表者
- 研究代表者
  
  森次圭
- 研究期間 (年度)
  2012
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  独立行政法人理化学研究所
MSES法による天然変性タンパク質の全原子構造サンプリング研究代表者
- 研究代表者
  
  森次圭
- 研究期間 (年度)
  2011
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  独立行政法人理化学研究所

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すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] A cutoff-based method with charge-distribution-data driven pair potentials for efficiently estimating electrostatic interactions in molecular systems.2023
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda, Kei Moritsugu, Junichi Higo, Yoshifumi Fukunishi.
- 雑誌名
  
  J. Chem. Phys.
  
  巻: 159 号: 23 ページ: 234116-234116
- DOI
  10.1063/5.0172270
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06052, KAKENHI-PROJECT-23K03344, KAKENHI-PROJECT-23K11134, KAKENHI-PROJECT-20K03883, KAKENHI-PROJECT-20K11854
[雑誌論文] Structures and mechanisms of actin ATP hydrolysis2022
- 著者名/発表者名
  Kanematsu Yusuke、Narita Akihiro、Oda Toshiro、Koike Ryotaro、Ota Motonori、Takano Yu、Moritsugu Kei、Fujiwara Ikuko、Tanaka Kotaro、Komatsu Hideyuki、Nagae Takayuki、Watanabe Nobuhisa、Iwasa Mitsusada、Ma?da Yuichiro、Takeda Shuichi
- 雑誌名
  
  Proceedings of the National Academy of Sciences
  
  巻: 119 号: 43
- DOI
  10.1073/pnas.2122641119
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K03883, KAKENHI-PROJECT-20K06522, KAKENHI-PROJECT-22K06172, KAKENHI-PLANNED-20H05883, KAKENHI-PROJECT-19K12217, KAKENHI-PUBLICLY-21H00394, KAKENHI-PUBLICLY-22H04813, KAKENHI-PLANNED-20H05932
[雑誌論文] Binding and Unbinding Pathways of Peptide Substrates on the SARS-CoV-2 3CL Protease2022
- 著者名/発表者名
  Moritsugu Kei、Ekimoto Toru、Ikeguchi Mitsunori、Kidera Akinori
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 63 号: 1 ページ: 240-250
- DOI
  10.1021/acs.jcim.2c00946
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K03883
[雑誌論文] Path ensembles for Pin1-catalyzed cis-trans isomerization of a substrate calculated by weighted ensemble simulations2021
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu, Norifumi Yamamoto, Yasushige Yonezawa, Shin-ichi Tate, and Hiroshi Fujisaki
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 17 号: 4 ページ: 2522-2529
- DOI
  10.1021/acs.jctc.0c01280
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K03883, KAKENHI-PROJECT-17KT0101, KAKENHI-PROJECT-17K05620, KAKENHI-PROJECT-19H03168, KAKENHI-PROJECT-21K18234
[雑誌論文] Allosteric Regulation of 3CL Protease of SARS-CoV-2 and SARS-CoV Observed in the Crystal Structure Ensemble2021
- 著者名/発表者名
  Kidera Akinori、Moritsugu Kei、Ekimoto Toru、Ikeguchi Mitsunori
- 雑誌名
  
  Journal of Molecular Biology
  
  巻: 433 号: 24 ページ: 167324-167324
- DOI
  10.1016/j.jmb.2021.167324
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K03883
[雑誌論文] On Ergodicity for Multi-Dimensional Harmonic Oscillator Systems with Nose--Hoover Type Thermostat2021
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda, Kei Moritsugu, and Yoshifumi Fukunishi
- 雑誌名
  
  Regular and Chaotic Dynamics
  
  巻: 26 号: 2 ページ: 183-204
- DOI
  10.1134/s1560354721020064
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K11854, KAKENHI-PROJECT-17K05143
[雑誌論文] Analysis of multiple data sequences with different distributions: defining common principal component axes by ergodic sequence generation and multiple reweighting composition2021
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
- 雑誌名
  
  IOP SciNotes
  
  巻: 2 号: 3 ページ: 035201-035201
- DOI
  10.1088/2633-1357/ac0ac2
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K11854
[雑誌論文] Multiscale Enhanced Sampling Using Machine Learning2021
- 著者名/発表者名
  Moritsugu Kei
- 雑誌名
  
  Life
  
  巻: 11 号: 10 ページ: 1076-1076
- DOI
  10.3390/life11101076
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K03883
[雑誌論文] Weighted ensemble simulations for conformational changes of proteins2021
- 著者名/発表者名
  Fujisaki Hiroshi、Matsunaga Yasuhiro、Moritsugu Kei
- 雑誌名
  
  AIP Conference Proceedings
  
  巻: 2343 ページ: 020016-020016
- DOI
  10.1063/5.0047730
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17KT0101
[雑誌論文] Flexibility and cell permeability of cyclic Ras-inhibitor peptides revealed by coupled Nose Hoover equation2021
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu, Koh Takeuchi, Narutoshi Kamiya, Junichi Higo, Isao Yasumatsu, Yoshifumi Fukunishi and Ikuo Fukuda
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 61 号: 4 ページ: 1921-1930
- DOI
  10.1021/acs.jcim.0c01427
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K03883, KAKENHI-PROJECT-20K11854, KAKENHI-PROJECT-20K21494, KAKENHI-PROJECT-17K05143, KAKENHI-PROJECT-18H02393, KAKENHI-PROJECT-20H03229
[雑誌論文] Temperature--Energy-Space Sampling Molecular Dynamics: Deterministic and Single-Replica Method Utilizing Continuous Temperature System2020
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
- 雑誌名
  
  J. Phys. A: Math. Theor.
  
  巻: 53 号: 37 ページ: 375004-375004
- DOI
  10.1088/1751-8121/aba027
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K11854, KAKENHI-PROJECT-17K05143
[雑誌論文] Exploring Configuration Space and Path Space of Biomolecules Using Enhanced Sampling Techniques?Searching for Mechanism and Kinetics of Biomolecular Functions2018
- 著者名/発表者名
  Fujisaki Hiroshi、Moritsugu Kei、Matsunaga Yasuhiro
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 19 号: 10 ページ: 3177-3177
- DOI
  10.3390/ijms19103177
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17KT0101, KAKENHI-PROJECT-16K00059
[雑誌論文] Energetics and Conformational Pathways of Functional Rotation in the Multidrug Transporter AcrB2018
- 著者名/発表者名
  Y. Matsunaga, T. Yamane, T. Terada, K. Moritsugu, H. Fujisaki, S. Murakami, M. Ikeguchi, A. Kidera
- 雑誌名
  
  eLife
  
  巻: 7 ページ: 1-19
- DOI
  10.7554/elife.31715
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00059, KAKENHI-PROJECT-17KT0101, KAKENHI-PROJECT-16K14714, KAKENHI-PROJECT-16H04780, KAKENHI-PROJECT-18H02386
[雑誌論文] Conformational change of a biomolecule studied by the weighted ensemble method: Use of the diffusion map method to extract reaction coordinates2018
- 著者名/発表者名
  Fujisaki Hiroshi、Moritsugu Kei、Mitsutake Ayori、Suetani Hiromichi
- 雑誌名
  
  The Journal of Chemical Physics
  
  巻: 149 号: 13 ページ: 134112-134112
- DOI
  10.1063/1.5049420
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17KT0101, KAKENHI-PROJECT-16K00059
[雑誌論文] Multiscale enhanced sampling of glucokinase: Regulation of the enzymatic reaction via a large scale domain motion2018
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu, Tohru Terada, Hironori Kokubo, Satoshi Endo, Toshimasa Tanaka, and Akinori Kidera
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics
  
  巻: 149 ページ: 072314-072314
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K18520
[雑誌論文] Free energy landscape of protein-ligand interactions coupled with protein structural changes2017
- 著者名/発表者名
  K. Moritsugu, T. Terada, A. Kidera
- 雑誌名
  
  J. Phys. Chem. B
  
  巻: 121 号: 4 ページ: 731-740
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.6b11696
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04780, KAKENHI-PROJECT-16K14714, KAKENHI-PROJECT-15K18520
[雑誌論文] Structure of the Dnmt1 reader module complexed with a unique two-mono-ubiquitin mark on histone H3 reveals the basis for DNA methylation maintenance.2017
- 著者名/発表者名
  Ishiyama S, Nishiyama A, Saeki Y, Moritsugu K Morimoto D, Yamaguchi L, Arai N, Matsumura R, Kawakami T, Mishima Y, Hojo H, Shimamura S, Ishikawa F, Tajima S, Tanaka K, Ariyoshi M, Shirakawa M, Ikeguchi M, Kidera A, Suetake I, Arita K, Nakanishi M
- 雑誌名
  
  Mol Cell
  
  巻: 68 号: 2 ページ: 350-360
- DOI
  10.1016/j.molcel.2017.09.037
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K14418, KAKENHI-PROJECT-16K14714, KAKENHI-PROJECT-16K18503, KAKENHI-PROJECT-26293018, KAKENHI-PLANNED-26119004, KAKENHI-PROJECT-16H04180, KAKENHI-PROJECT-16H04780, KAKENHI-PROJECT-16H04818, KAKENHI-PROJECT-15K05565, KAKENHI-PROJECT-15K18520, KAKENHI-PROJECT-26000014
[雑誌論文] Multiscale enhanced sampling for protein systems: An extension via adiabatic separation2016
- 著者名/発表者名
  K. Moritsugu, T. Terada, A. Kidera
- 雑誌名
  
  Chem. Phys. Lett.
  
  巻: 661 ページ: 279-283
- DOI
  10.1016/j.cplett.2016.08.075
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H04780, KAKENHI-PROJECT-16K14714, KAKENHI-PROJECT-15K18520
[雑誌論文] Coupled Nose-Hoover equations of motion to implement a fluctuating heat-bath temperature2016
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
- 雑誌名
  
  Physics Reviews E
  
  巻: 93 号: 3 ページ: 033306-033306
- DOI
  10.1103/physreve.93.033306
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K18520, KAKENHI-PROJECT-25390156
[雑誌論文] Coupled Nose-Hoover equations of motions without time scaling2016
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
- 雑誌名
  
  Journal of Physics A
  
  巻: 50 号: 1 ページ: 015002-015002
- DOI
  10.1088/1751-8113/50/1/015002
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K18520
[雑誌論文] Double Density Dynamics: Realizing a joint distribution of a physical system and a parameter system2015
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
- 雑誌名
  
  Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical
  
  巻: 48 号: 45 ページ: 455001-455001
- DOI
  10.1088/1751-8113/48/45/455001
- NAID
  120005596269
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25390156
[雑誌論文] Motion Tree delineates hierarchical structure of protein dynamics observed in molecular dynamics simulation2015
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu, Ryotaro Koike, Kouki Yamada, Hiroaki Kato and Akinori Kidera
- 雑誌名
  
  PLoS ONE
  
  巻: 10 号: 7 ページ: e0131583-e0131583
- DOI
  10.1371/journal.pone.0131583
- NAID
  120005763400
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K18520, KAKENHI-PUBLICLY-26102724, KAKENHI-PROJECT-25251006
[雑誌論文] Multiscale enhanced sampling driven by multiple coarse-grained models2014
- 著者名/発表者名
  K. Moritsugu, T. Terada, and A. Kidera
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters
  
  巻: 616-617 ページ: 20-24
- DOI
  10.1016/j.cplett.2014.10.009
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23247027, KAKENHI-PROJECT-25840060
[雑誌論文] マルチスケール手法によるタンパク質全原子構造サンプリング2014
- 著者名/発表者名
  森次圭
- 雑誌名
  
  分子シミュレーション研究会会誌“アンサンブル”
  
  巻: 16 ページ: 227-233
- NAID
  130005107028
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25840060
[雑誌論文] Energy landscape of all-atom protein-protein interactions revealed by multiscale enhanced sampling2014
- 著者名/発表者名
  K. Moritsugu, T. Terada, and A. Kidera
- 雑誌名
  
  PLOS Comput. Biol.
  
  巻: 10 号: 10 ページ: e1003901-e1003901
- DOI
  10.1371/journal.pcbi.1003901
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23247027, KAKENHI-PROJECT-25840060
[雑誌論文] Multiscale enhanced path sampling based on the Onsager-Machlup action: Application to a model polymer2013
- 著者名/発表者名
  H. Fujisaki, M. Shiga, K. Moritsugu, A. Kidera
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics
  
  巻: 139 号: 5 ページ: 0541171-9
- DOI
  10.1063/1.4817209
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22750023, KAKENHI-PROJECT-23247027, KAKENHI-PROJECT-23540454, KAKENHI-PROJECT-23570198, KAKENHI-PROJECT-25840060
[学会発表] 重み付きアンサンブル法によるプロテアーゼへの基質結合・解離シミュレーション2024
- 著者名/発表者名
  森次圭
- 学会等名
  第3 回構造基盤創薬化学研究会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K03883
[学会発表] 生体分子に向けたシミュレーション法の開発とその応用研究2024
- 著者名/発表者名
  森次圭
- 学会等名
  スーパーコンピュータワークショップ2023
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K03344
[学会発表] 重み付きアンサンブル法によるプロテアーゼへの基質結合・解離シミュレーション2024
- 著者名/発表者名
  森次圭
- 学会等名
  第3 回構造基盤創薬化学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K03344
[学会発表] 生体分子に向けたシミュレーション法の開発とその応用研究2024
- 著者名/発表者名
  森次圭
- 学会等名
  スーパーコンピュータワークショップ2023
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K03883
[学会発表] COLLECTIVE VARIABLES CALCULATED BY WEIGHTED ENSEMBLE SIMULATIONS OF PROTEINS2024
- 著者名/発表者名
  Hiroshi Fujisaki, Kei Moritsugu
- 学会等名
  Biophysical Society Meeting, Pennsylvania Convention Center, Philadelphia
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K11941
[学会発表] Cutoff-based approach for efficiently calculating electrostatic interactions in molecular simulations: from physical approach to beyond2023
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda, Kei Moritsugu, Yoshifumi Fukunishi
- 学会等名
  International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K11134
[学会発表] Cutoff-based approach for efficiently calculating electrostatic interactions in molecular simulations: from physical approach to beyond2023
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda, Kei Moritsugu, Yoshifumi Fukunishi
- 学会等名
  12th International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K11854
[学会発表] 重み付きアンサンブル法で得られたパスアンサンブルから集団座標を抜き出す2023
- 著者名/発表者名
  藤崎弘士, 森次圭
- 学会等名
  第37回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K11941
[学会発表] 生体分子における構造変化パスの最適集団座標をいかに抜き出すか2023
- 著者名/発表者名
  藤崎弘士、森次圭、末谷大道
- 学会等名
  日本物理学会秋季大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K11941
[学会発表] Weighted ensemble simulations applied to conformational changes of proteins2023
- 著者名/発表者名
  Hiroshi Fujisaki, Kei Moritsugu
- 学会等名
  The 5th conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC2023)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K11941
[学会発表] Molecular dynamics sampling scheme utilizing dynamically enforced heat-bath temperature2022
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
- 学会等名
  11th International Conference on Mathematical Modeling in the Physical Sciences
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K11854
[学会発表] 分子シミュレーションにおける重み付きアンサンブル法の最適化について2022
- 著者名/発表者名
  藤崎弘士, 森次圭
- 学会等名
  日本物理学会秋季大会（ハイブリッド開催）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K11941
[学会発表] 分子シミュレーションにおける重み付きアンサンブル法の最適化について2022
- 著者名/発表者名
  藤崎弘士, 森次圭
- 学会等名
  第 36 回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K11941
[学会発表] 重み付きアンサンブル法と生体分子への応用2022
- 著者名/発表者名
  森次圭
- 学会等名
  第3回生体分子シミュレーション・モデリング研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K03883
[学会発表] VAE-driven multiscale enhanced sampling2021
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu
- 学会等名
  第59回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K03883
[学会発表] Enhanced sampling methods targeting at large proteins2021
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu
- 学会等名
  第59回日本生物物理学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K03883
[学会発表] Molecular dynamics scheme coupling a physical system and an environment system: mathematical structure and enhanced sampling2021
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
- 学会等名
  10th International Conference on Mathematical Modeling in the Physical Sciences
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K11854
[学会発表] Enhanced conformational sampling of cyclic peptide cyclorasin by coupled Nose--Hoover equation2020
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu, Koh Takeuchi, Yoshifumi Fukunishi, and Ikuo Fukuda
- 学会等名
  CBI学会2020大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K05143
[学会発表] 重み付きアンサンブル法によるPin1異性化のパスサンプリング2020
- 著者名/発表者名
  森次圭、山本典史、米澤康滋、楯真一、藤崎弘士
- 学会等名
  第58回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K03883
[学会発表] Enhanced conformational sampling of cyclic peptide Cyclorasin by coupled Nose-Hoover equation2020
- 著者名/発表者名
  森次圭
- 学会等名
  情報計算科学生物学会2020年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K03883
[学会発表] 構造変化とリガンド結合の競合ダイナミクス：重み付きアンサンブル法を用いた計算2020
- 著者名/発表者名
  藤崎弘士 , 森次圭 , 松永康佑
- 学会等名
  日本物理学会 2020 年秋季大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17KT0101
[学会発表] 重み付きアンサンブル法によるPin1異性化のパスサンプリング2020
- 著者名/発表者名
  森次圭, 山本典史, 米澤康滋, 楯真一, 藤崎弘士
- 学会等名
  日本物理学会第75回年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17KT0101
[学会発表] Enhanced conformational sampling of cyclic peptide cyclorasin by coupled Nose--Hoover equation2020
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu, Koh Takeuchi, Yoshifumi Fukunishi, Ikuo Fukuda
- 学会等名
  CBI学会2020大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K11854
[学会発表] Obtaining path ensemble of Pin1 catalyzed cis-trans isomerization by weighted ensemble simulation2020
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu, Norifumi Yamamoto, Yasushige Yonezawa, Shin ichi Tate, Hiroshi Fujisaki
- 学会等名
  第 58 回日本生物物理学会年会
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17KT0101
[学会発表] Coupled Nose-Hoover方程式による温度―エネルギー空間上の高効率サンプリングの実現2020
- 著者名/発表者名
  福田育夫，森次圭，福西快文
- 学会等名
  日本物理学会第75回年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K05143
[学会発表] 重み付きアンサンブル法を用いたタンパク質の構造変化とキネティックスの計算2019
- 著者名/発表者名
  藤崎弘士, 森次圭, 松永康佑
- 学会等名
  日本物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17KT0101
[学会発表] 重み付きアンサンブル法による生体分子の構造変化ダイナミクスの計算2019
- 著者名/発表者名
  藤崎弘士，森次圭，松永康佑
- 学会等名
  第33回分子シミュレーション学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17KT0101
[学会発表] 温度制御方程式系の合成とその応用可能性2019
- 著者名/発表者名
  福田育夫，森次圭，福西快文
- 学会等名
  日本物理学会第74回年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K05143
[学会発表] A nonlinear ordinary differential equation with a fully statistical description for a physical system and an environment system2019
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda, Kei Moritsugu, Yoshifumi Fukunishi
- 学会等名
  8th International Nonlinear Science Conference 2019
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K05143
[学会発表] Weighted ensemble simulation of the cis-trans isomerization in Pin1 enyzme using the QM/MM method2019
- 著者名/発表者名
  N. Yamamoto, K. Moritsugu, Y. Yonezawa, S. Tate, H. Fujisaki
- 学会等名
  日本生物物理学会
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17KT0101
[学会発表] Multicopy/multiscale simulations and their applications using massive computing2018
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu, Tohru Terada, Ryuji Ishida, Akinori Kidera
- 学会等名
  第56回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K05143
[学会発表] MSES 法によるタンパク質の網羅的構造探索2018
- 著者名/発表者名
  森次圭
- 学会等名
  レア・イベントの計算科学第2回ワークショップ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K05143
[学会発表] A coupling of physical system and a temperature system: Coupled Nose-Hoover equations2018
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
- 学会等名
  第56回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K05143
[学会発表] 大規模計算によるマルチコピーマルチスケールシミュレーションとその応用研究2018
- 著者名/発表者名
  森次圭
- 学会等名
  第１回近畿大学生物理工学部HPCシンポジウム
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K18520
[学会発表] プロリン異性化酵素の重み付きアンサンブル法による計算とその加速2018
- 著者名/発表者名
  藤崎弘士，森次圭，米澤康滋，楯真一
- 学会等名
  日本物理学会2018年秋季大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17KT0101
[学会発表] Double density dynamics and coupled Nose-Hoover equations2018
- 著者名/発表者名
  Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
- 学会等名
  The 2nd Global Conference on Applied Physics, Mathematics and Computing
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K05143
[学会発表] 合成系密度力学の開発2018
- 著者名/発表者名
  福田育夫，森次圭
- 学会等名
  日本物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K05143
[学会発表] Combining weighted ensemble method with Lyapunov weighted dynamics: Application to proteins2018
- 著者名/発表者名
  H. Fujisaki, K. Moritsugu, Y. Matsunaga, H. Suetani
- 学会等名
  Biophysical Society Meeting 62nd Annual Meeting (San Francisco)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17KT0101
[学会発表] Weighted ensemble simulations of biomolecules2018
- 著者名/発表者名
  H. Fujisaki, K. Moritsugu, A. Mitsutake, Y. Matsunaga, H. Suetani
- 学会等名
  11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17KT0101
[学会発表] 大規模シミュレーションによるグルコキナーゼ活性化機構の解析2018
- 著者名/発表者名
  森次圭、寺田透、木寺詔紀
- 学会等名
  日本物理学会第73回年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K18520
[学会発表] MULTISCALE ENHANCED SAMPLING FOR GLUCOKINASE2017
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu, Tohru Terada and Akinori Kidera
- 学会等名
  Conformational Ensembles from Experimental Data and Computer Simulations
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K18520
[学会発表] PIN1 酵素における異性化反応への重み付きアンサンブル法の適用2017
- 著者名/発表者名
  藤崎弘士，森次圭，米澤康滋，楯真一
- 学会等名
  分子シミュレーション討論会（金沢商工会議所）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17KT0101
[学会発表] プロテインキナーゼの立体構造データベース解析2017
- 著者名/発表者名
  森次圭、西野圭彦、木寺詔紀
- 学会等名
  CBI学会2017年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K18520
[学会発表] 重み付きアンサンブル法を用いたタンパク質のパスサンプリング2017
- 著者名/発表者名
  藤崎弘士，森次圭，末谷大道
- 学会等名
  日本物理学会秋季大会（岩手大学）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17KT0101
[学会発表] プロテインキナーゼの立体構造データベース解析2017
- 著者名/発表者名
  森次圭、西野圭彦、木寺詔紀
- 学会等名
  第17回蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K18520
[学会発表] MSES法によるEGFRキナーゼドメイン活性化の全原子構造解析2016
- 著者名/発表者名
  森次　圭、寺田　透、木寺　詔紀
- 学会等名
  第54回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K18520
[学会発表] Energy landscape of protein-ligand interaction revealed by multiscale enhanced sampling2015
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu
- 学会等名
  Rare Event Sampling and Related Topics III
- 発表場所
  統計数理研究所
- 年月日
  2015-11-12
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K18520
[学会発表] Energy Landscape of Protein-protein and Protein-ligand Interactions Revealed by Multiscale Enhanced Sampling2015
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu
- 学会等名
  The 4th IGER International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems
- 発表場所
  名古屋大学
- 年月日
  2015-08-31
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K18520
[学会発表] MSES シミュレーションとその応用2015
- 著者名/発表者名
  森次圭
- 学会等名
  計算統計物理学研究会第6回研究会
- 発表場所
  名古屋大学
- 年月日
  2015-11-21
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K18520
[学会発表] 新規全原子構造探索法（MSES）とその天然変性蛋白質への適用2013
- 著者名/発表者名
  森次　圭、寺田　透、木寺　詔紀
- 学会等名
  第13回蛋白質科学会年会
- 発表場所
  鳥取
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25840060
[学会発表] Energy Landscape of All-atom Protein-protein Interactions Revealed by Multiscale Enhanced Sampling
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu, Tohru Terada and Akinori Kidera
- 学会等名
  NOSE30シンポジウム
- 発表場所
  慶応大学
- 年月日
  2014-11-10 – 2014-11-11
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25840060
[学会発表] Ligand binding process at atomistic resolution revealed by multiscale enhanced sampling
- 著者名/発表者名
  Kei Moritsugu, Tohru Terada and Akinori Kidera
- 学会等名
  第52回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  札幌コンベンションセンター
- 年月日
  2014-09-25 – 2014-09-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25840060

1. 福田育夫 (40643185)

共同の研究課題数: 4件

共同の研究成果数: 16件
2. 藤崎弘士 (60573243)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 21件
3. 中村春木 (80134485)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 楯真一 (20216998)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 5件
5. 山本典史 (30452163)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 3件
6. 小田切健太 (20552425)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 末谷大道 (40507167)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
8. 松永康佑

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
9. 肥後順一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
10. 木寺詔記

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 4件
11. 志賀基之

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
12. 末武勲

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
13. 川上徹

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

森次 圭 MORITSUGU Kei

研究課題

研究成果

共同研究者

計算手法を駆使しアクチン構造変化が関わるフィラメント形成の不可逆性を明らかにする研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

環境パラメタを分割変数型にした動力学と環境情報入力を最適化した分子相互作用計算

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

高次元生命ダイナミクス時系列の機械学習による低次元系への縮約と制御への応用

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質ダイナミクスの非マルコフ性: 状態遷移の履歴に関わる構造起源を探る研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

深層パラメタ変動ダイナミクスと電荷分布依存ポテンシャル関数を用いた分子動力学法

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

一般化カットオフ法と合成系密度力学による多様な分子動力学シミュレーションの実現

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

酵素反応のボトルネックを探る：反応経路サンプリングによる計算と実験による検証

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

全原子構造探索によるリガンド結合過程の解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

全原子構造探索によるタンパク質相互作用過程の解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

分子動力学計算を速く正確に安定に実行するための基盤技術の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

MSES法によるタンパク質相互作用の全原子構造サンプリング研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

MSES法による天然変性タンパク質の全原子構造サンプリング研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] A cutoff-based method with charge-distribution-data driven pair potentials for efficiently estimating electrostatic interactions in molecular systems.2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

森次圭 MORITSUGU Kei