倭剛久 YAMATO Takahisa

研究者番号	90251587
その他のID	https://orcid.org/0000-0002-0685-861X
外部サイト
所属 (現在)	2024年度: 名古屋大学, 理学研究科, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2014年度: 名古屋大学, 大学院工学研究科, 准教授 2012年度 – 2014年度: 名古屋大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 2010年度 – 2011年度: 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 准教授 2006年度: 名古屋大学, 大学院理学研究科, 助教授 2000年度 – 2005年度: 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助教授 … もっと見る 2004年度: 名古屋大学, 大学院理学研究科, 助教授 1997年度 – 2000年度: 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助手 1993年度 – 1995年度: 東京農工大学, 工学部, 助手隠す
審査区分/研究分野	研究代表者生物物理学 / 理工系 / 生物系研究代表者以外生物物理学 / 理工系 / 生物物理学 / 生物系 / 理工系
キーワード	研究代表者分子動力学シミュレーション / 励起状態ダイナミクス / イエロープロテイン / バクテリオロドプシン / 原子充填 / 生物物理 / 分子シミュレーション / 電子状態計算 / 蛋白質 / 計算物理 … もっと見る / 分子科学 / 量子化学計算 / 電子移動経路マップ / トンネリング・カレント / チトクロームC酸化酵素 / アズリン / 電子移動 / 金属中心 / 巨大タンパク質複合体 / 電子因子 / サブユニット1,2 / トンネリングカレント / 光異性化 / 励起状態 / クマル酸 / レチナール / 非断熱遷移 / 発色団 / レチナ-ル / 揺らぎ / ダイクストラ法 / Sペプチド / 圧力 / ドロ-ネ-分割 / コンピュータ・グラフィックス / エネルギー曲面 / ドロ-ネ-四面体 / トポグラフィカル・メトリック / 計算幾何学 / 熱ゆらぎ / 分子動力学 / タンパク質 … もっと見る研究代表者以外バクテリオロドプシン / worm model / membrane protein / 膜タンパク質 / 蛋白質 / X線結晶構造解析 / トンネル電子流密度 / 電子移動速度制御 / アクセプター / ドナー / 蛋白質中電子移動 / 電子トンネル移動経路 / タンパク質中電子移動 / 和則 / 反応体座標 / 溶媒座標 / ゆらぎ / 電極反応 / 非線形 / エネルギーギャップ則 / レチナール蛋白質 / 光異性化反応 / X-ray crystallography / retinal protein / chloride pump / proton pump / squid rhodopsin / halorhodopsin / bacteriorhodopsin / 分子機械 / 計算物理 / ナノバイオ / 生物物理 / レチナールタンパク質 / 塩素イオンポンプ / プロトンポンプ / ロドプシン / ハロロドプシン / proteome / genome / molecular dynamics / simulation / prediction / protein function / protein structure / バイオインフォマティックス / 立体構造予測 / 構造・機能分類 / 構造・機能予測 / 受容体 / 輸送体 / 分子シミュレーション / 構造予測 / バイオインフォマティクス / チャネル / ドッキング / 膜タンパク質予測 / 物理的予測 / タンパク質分類 / ポリンチャネル / 光受容膜タンパク質 / 計算機シミュレーション / シグナルペプチド / 分子認識 / 膜組み込み装置 / アミノ酸配列 / プロテオーム / ゲノム / 分子動力学 / シミュレーション / 予測 / 機能 / 構造 / 膜タンパク / tunneling pathway map / electron tunneling current / regulation of electron transfer rate / acceptor / donor / electron transfer in proteins / electron transfer pathway / アクセプターサイト / ドナーサイト / トンネル確率指標 / トンネル経路3次元マップ / 化学結合経由 / トンネル電流 / スルーペース / スルーボンド / 水素結合 / 電子移動 / トンネル経路 / 電子移動連度制御 / トンネル経路マップ / アーキテクチャ / コンピュータ・サイエンス / 量子多体系 / 次世代コンピュータ / コンピュータサイエンス / 量子論 / 原子構造 / 電子物性 / ナノ構造 / 情報科学 / 計算物質科学 / 非平衡ダイナミクス / 複合相関 / 物質科学 / 計算機科学 / タンパク質 / 強相関物質 / ナノ構造・物質 / HPC / 密度汎関数理論 / 計算機（情報）科学 / 計算科学 / コンピューティクス / シンクロトロン放射光 / 脂質-蛋白質間相互作用 / 膜蛋白質の結晶化 / 反応中間体 / 生体膜 / 蛋白質の結晶化 / 光駆動プロトン輸送 / アーキロドプシン / 膜蛋白質 / 光合成 / 干渉度 / 電子移動経路 / destructive interference / 電子トンネルカレント / 電子トンネル因子 / 電子移動速度 / 反応座標 / 二次元自由エネルギ曲面 / 自由エネルギー / エネルギーギャップ / 電解質イオン / 反応座表理論 / モンテカルロシミュレーション / reaction field / 非線形ゆらぎ / 電極界面 / 電極反応機構 / 波束 / ねじれ座標 / ab initio MO法 / 断熱型トンネル遷移 / 発色団レチナ-ル / 励起状態ダイナミクス / 波束の時間相関関係 / 分子動力学シミュレーション / FTOA / 殘基間相互作用 / 蛋白質の分子動力学 / 蛋白質の折りたたみ / スピングラス・モデル / パールネックレス・モデル / 蛋白質分解酵素 / 分子進化 / 蛋白質の立体構造予測隠す

コンピューティクスによる物質デザイン：複合相関と非平衡ダイナミクス
- 研究代表者
  
  押山淳
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2015
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  東京大学
多自由度・大規模系における反応と構造空間探索研究代表者
- 研究代表者
  
  倭剛久
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2014
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  名古屋大学
イオン輸送蛋白質の4次元構造解析
- 研究代表者
  
  神山勉
- 研究期間 (年度)
  2005 – 2006
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  名古屋大学
蛋白質中電子移動経路を決める新しい方法
- 研究代表者
  
  垣谷俊昭
- 研究期間 (年度)
  2000 – 2001
- 研究種目
  
  特定領域研究(A)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  名古屋大学
生体イオンポンプの反応中間体のX線結晶構造解析
- 研究代表者
  
  神山勉
- 研究期間 (年度)
  2000 – 2001
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  名古屋大学
膜タンパク質の構造と機能の予測・解析
- 研究代表者
  
  美宅成樹
- 研究期間 (年度)
  2000 – 2004
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  名古屋大学
   東京農工大学
バクテリオロドプシンの励起状態ダイナミクスのランジャバンモード解析研究代表者
- 研究代表者
  
  倭剛久
- 研究期間 (年度)
  1999
- 研究種目
  
  奨励研究(A)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  名古屋大学
電極反応機構の理論的研究
- 研究代表者
  
  垣谷俊昭
- 研究期間 (年度)
  1999
- 研究種目
  
  特定領域研究(A)
- 研究機関
  名古屋大学
非線形電極反応のメカニズム
- 研究代表者
  
  垣谷俊昭
- 研究期間 (年度)
  1999
- 研究種目
  
  特定領域研究(A)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  名古屋大学
チトクロームC酸化酵素の電子伝達経路の理論的研究研究代表者
- 研究代表者
  
  倭剛久
- 研究期間 (年度)
  1999 – 2000
- 研究種目
  
  特定領域研究(A)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  名古屋大学
ロドプシンの発色団レチナール光異性化のトンネル反応機構
- 研究代表者
  
  垣谷俊昭
- 研究期間 (年度)
  1998
- 研究種目
  
  特定領域研究(A)
- 研究機関
  名古屋大学
電極反応機構の理論的研究
- 研究代表者
  
  垣谷俊昭
- 研究期間 (年度)
  1998
- 研究種目
  
  特定領域研究(A)
- 研究機関
  名古屋大学
蛋白質中電子移動経路の評価方法の確立と経路マップの作成
- 研究代表者
  
  垣谷俊昭
- 研究期間 (年度)
  1998 – 2000
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  名古屋大学
レチナ-ル蛋白質の発色団レチナ-ルの光異性化のトンネル反応機構
- 研究代表者
  
  垣谷俊昭
- 研究期間 (年度)
  1997
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  名古屋大学
光受容蛋白質の分子動力学シミュレーション研究代表者
- 研究代表者
  
  倭剛久
- 研究期間 (年度)
  1997
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  名古屋大学
タンパク質のダイナミクスの有限要素解析研究代表者
- 研究代表者
  
  倭剛久
- 研究期間 (年度)
  1995
- 研究種目
  
  奨励研究(A)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  東京農工大学
タンパク質のダイナミクスの有限要素解析研究代表者
- 研究代表者
  
  倭剛久
- 研究期間 (年度)
  1994
- 研究種目
  
  奨励研究(A)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  東京農工大学
分子進化を中心とする遺伝子情報解析のための人工知能システムの開発
- 研究代表者
  
  安川民男
- 研究期間 (年度)
  1993
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  東京農工大学

すべて 2015 2014 2013 2012 2011 2010 2007 2006 2005 2004 その他

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] “活性部位の量子力学計算” in 「ゲノム系計算科学: バイオインフォマティクスを越え、ゲノムの実像に迫るアプローチ」第６章, 編集者美宅成樹監修金田行雄, 笹井理生, pp. 145-1712013
- 著者名/発表者名
  倭　剛久
- 総ページ数
  235
- 出版者
  共立出版, 東京
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[図書] タンパク質の立体構造入門基礎から構造バイオインフォマティックスへ第6章分子シミュレーション的な技法第1節全原子モデルの分子シミュレーション2010
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 出版者
  講談社
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[図書] パリティ(大槻義彦編)分担日本語訳「ニューラルネットワークモデルで解き明かすヘビの眼のしくみ」2007
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 出版者
  丸善
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[図書] 生物理学ハンドブック(石渡信一・桂勲・桐野豊・美宅成樹編)(分担執筆)2007
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 出版者
  朝倉書店
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[図書] 電磁場の方程式バイオインフォマティクス事典(宮野悟,江口至洋,金久實,高木利久,中井謙太編)(分担執筆)2006
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 出版者
  共立出版
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[図書] 分子起動計算バイオインフォマティクス事典(宮野悟,江口至洋,金久實,高木利久,中井謙太編)(分担執筆)2006
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 総ページ数
  232
- 出版者
  共立出版
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[図書] シュレーディンガー方程式バイオインフォマティクス事典(宮野悟,江口至洋,金久實,高木利久,中井謙太編)(分担執筆)2006
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 出版者
  共立出版
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[図書] 静電場バイオインフォマティクス事典(宮野悟,江口至洋,金久實,高木利久,中井謙太編)(分担執筆)2006
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 出版者
  共立出版
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[図書] 静磁場バイオインフォマティクス事典(宮野悟,江口至洋,金久實,高木利久,中井謙太編)(分担執筆)2006
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 出版者
  共立出版
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[図書] タンパク質による光情報処理と光エネルギー変換の分子機構名古屋大学情報連携基盤センターニュース Vol.5(No.3)(分担執筆)2006
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 出版者
  名古屋大学情報連携基盤センター
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Computational study on the role of amino acide residues in the active site formation mechanism of blue-light photoreceptors2015
- 著者名/発表者名
  R. Sato, H. Kitoh-Nishioka, K. Ando, T. Yamato
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters
  
  巻: 印刷中
- NAID
  120005853265
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[雑誌論文] Combinatorial approach of molecular dynamics simulations and database analyses for the studies of protein structure and function2013
- 著者名/発表者名
  T. Yamato, K. Yura
- 雑誌名
  
  Seikagaku
  
  巻: 85 ページ: 646-655
- NAID
  10031195375
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[雑誌論文] Nonneutral evolution of volume fluctuations in lysozymes revealed by normal-mode analysis of compressibility2012
- 著者名/発表者名
  S.Mimura, T.Yamato, T.Kamiyama, K.Gekko
- 雑誌名
  
  Biophysical Chemistry
  
  巻: 161 ページ: 39-45
- DOI
  10.1016/j.bpc.2011.11.005
- NAID
  120005308219
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[雑誌論文] Ligand migration in myoglobin : A combined study of computer simulation and x-ray crystallography2012
- 著者名/発表者名
  Takayuki Tsuduki, Ayana Tomita, Shin-ya Koshihara, Shin-ichi Adachi, Takahisa Yamato
- 雑誌名
  
  The Journal of Chemical Physics
  
  巻: 136 号: 16 ページ: 165101-165101
- DOI
  10.1063/1.4704586
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-11J10227, KAKENHI-PLANNED-22104009
[雑誌論文] Atomic stress tensor analysis of proteins2012
- 著者名/発表者名
  T. Ishikura, T. Hatano, T. Yamato
- 雑誌名
  
  Chem. Phys. Lett.
  
  巻: 539-540 ページ: 144-150
- DOI
  10.1016/j.cplett.2012.05.005
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[雑誌論文] はたらくタンパク質:エネルギー、電子、プロトン、リガンド移動の計算生体高分子科学2010
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 雑誌名
  
  高分子論文集(特集「計算高分子科学」)
  
  巻: 67 ページ: 179-186
- NAID
  10026213240
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[雑誌論文] Modulation of the absorption maximum of rhodopsin by amino acids in the C-terminus.2007
- 著者名/発表者名
  S.Yokoyama, T.Tada, T.Yamato
- 雑誌名
  
  Photochemistry and Photobiology 83
  
  ページ: 236-241
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Modulation of the absorption maximum of rhodopsin by amino acids in the C-terminus2007
- 著者名/発表者名
  S.Yokoyama, T.Tada, T.Yamato
- 雑誌名
  
  Photochemistry and Photobiology 83
  
  ページ: 236-241
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Spectral tuning of photoactive yellow protein2007
- 著者名/発表者名
  T.Yamato, T.Ishikura, T.Kakitani, K.Kawaguchi, H.Watanabe
- 雑誌名
  
  Photochemistry and Photobiology 83
  
  ページ: 323-327
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Temperature dependence of the inelastic tunneling, Molecular Simulation2006
- 著者名/発表者名
  H.Nishioka, T.Yamato, T.Kakitani
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation 32
  
  ページ: 727-734
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Theoretical prediction of optical absorption peaks for photosensory receptor mutants2006
- 著者名/発表者名
  K.Kawaguchi, T.Yamato
- 雑誌名
  
  Chem. Phys. Lett. 430
  
  ページ: 386-390
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Energy transfer pathways relevant for long-range in tramolecular signaling of photosensory protein revealed by microscopic energy conductivity analysis.2006
- 著者名/発表者名
  T.Ishikura, T.Yamato
- 雑誌名
  
  Chem. Phys. Lett. 432
  
  ページ: 533-537
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Energy transfer pathways relevant for long-range intramolecular signaling of photosensory protein revealed by microscopic energy conductivity analysis2006
- 著者名/発表者名
  T.Ishikura, T.Yamato
- 雑誌名
  
  Chem. Phys. Lett. 432
  
  ページ: 533-537
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Energy transfer pathways relevant for long-range intramolecular signaling of photosensory protein revealed by microscopic energy conductivity analysis.2006
- 著者名/発表者名
  T.Ishikura, T.Yamato
- 雑誌名
  
  Chem. Phys. Lett. 432
  
  ページ: 533-537
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Theoretical prediction of optical absorption peaks for photosensory receptor mutants.2006
- 著者名/発表者名
  K.Kawaguchi, T.Yamato
- 雑誌名
  
  Chem. Phys. Lett. 430
  
  ページ: 386-390
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 1. Two tunneling routes in photosynthetic reaction center alternate due to thermal fluctuation of protein conformation.2005
- 著者名/発表者名
  H.Nishioka, A.Kimura, T.Yamato, T.Kawatsu, T.Kakitani
- 雑誌名
  
  J. Phys. Chem. B. 109(5)
  
  ページ: 1978-1987
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 2. Non-Condon theory for the energy gap dependence of electron transfer rate2005
- 著者名/発表者名
  H.Nishioka, A.Kimura, T.Yamato, T.Kawatsu, T.Kakitani
- 雑誌名
  
  Phys. Chem. B. 109
  
  ページ: 15621-15635
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 2. Non-Condon theory for the energy gap dependence of electron transfer rate.2005
- 著者名/発表者名
  H.Nishioka, A.Kimura, T.Yamato, T.Kawatsu, T.Kakitani
- 雑誌名
  
  J.Phys.Chem.B. 109(32)
  
  ページ: 15621-15635
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 1.2005
- 著者名/発表者名
  Nishioka H, Kimura A, Yamato T, Kawatsu T, Kakitani T
- 雑誌名
  
  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 109(5)
  
  ページ: 1978-1987
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208005
[雑誌論文] Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 1. Two tunneling routes in photosynthetic reaction center alternate due to thermal fluctuation of protein conformation2005
- 著者名/発表者名
  H.Nishioka, A.Kimura, T.Yamato, T.Kawatsu, T.Kakitani
- 雑誌名
  
  J. Phys. Chem. B. 109
  
  ページ: 1978-1987
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 1. Two tunneling routes in photosynthetic reaction center alternate due to thermal fluctuation of protein conformation.2005
- 著者名/発表者名
  H.Nishioka, A.Kimura, T.Yamato, T.Kawatsu, T.Kakitani
- 雑誌名
  
  J.Phys.Chem.B. 109(5)
  
  ページ: 1978-1987
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 2. Non-Condon theory for the energy gap dependence of electron transfer rate.2005
- 著者名/発表者名
  H.Nishioka, A.Kimura, T.Yamato, T.Kawatsu, T.Kakitani
- 雑誌名
  
  J. Phys. Chem. B. 109(32)
  
  ページ: 15621-15635
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17370056
[雑誌論文] Torsion potential works in rhodopsin2004
- 著者名/発表者名
  A.Yamada, T.Yamato, T.Kakitani, S.Yamamoto
- 雑誌名
  
  PHOTOCHEMISTRY AND PHOTOBIOLOGY 79(5)
  
  ページ: 476-486
- NAID
  110001158378
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208005
[雑誌論文] A new implicit solvent model for Brownian dynamics simulation : Solvent-accessible surface area dependent effective charge model2004
- 著者名/発表者名
  Tadashi Ando, Toshiyuki Meguro, Ichiro Yamato
- 雑誌名
  
  J.Comput.Chem., Jpn. 3
  
  ページ: 129-136
- NAID
  130000056836
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208005
[雑誌論文] Role of protein in the primary step of the photoreaction of yellow protein2004
- 著者名/発表者名
  A.Yamada, T.Ishikura, T.Yamato
- 雑誌名
  
  PROTEINS : Structure, Function and Bioinformatics 55(4)
  
  ページ: 1063-1069
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208005
[雑誌論文] Direct measure of functional importance visualized atom-by-atom for photoactive yellow protein.2004
- 著者名/発表者名
  A.Yamada, T.Ishikura, T.Yamato
- 雑誌名
  
  PROTEINS : Structure, Function and Bioinformatics 55(4)
  
  ページ: 1070-1077
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208005
[雑誌論文] Identification of nucleotide binding sites in V-type Na^<+-> ATPase from Enterococcus hirae2004
- 著者名/発表者名
  Toshiaki Hosaka, Takeshi Murata, Yoshimi Kakinuma, Ichiro Yamato
- 雑誌名
  
  Biosci.Biotechnol.Biochem. 68
  
  ページ: 293-299
- NAID
  130000030837
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208005
[雑誌論文] Enzymatic hydrolysis of α-and β-oligo(L-aspartic acid)s by poly(aspartic acid) hydrolases-1 and 2 from Sphingomonas sp.KT-12004
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Hiraishi, Mariko Kajiyama, Ichiro Yamato, Yoshiharu Doi
- 雑誌名
  
  Macromolecular Bioscience 4
  
  ページ: 330-339
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208005
[雑誌論文] Atomic stress tensor analysis of proteins
- 著者名/発表者名
  T.Ishikura, T.Hatano, T.Yamato
- 雑誌名
  
  Chem.Phys.Lett.
  
  巻: (印刷中)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Reorganization of energy exchange network of amino acid residues and the protein allostery2014
- 著者名/発表者名
  T. Yamato
- 学会等名
  International Workshop on Computational Biomolecular Science
- 発表場所
  Ontake, Japan
- 年月日
  2014-04-01
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Rearrangement of energy exchange network of amino acid residues and protein allostery2014
- 著者名/発表者名
  T. Yamato
- 学会等名
  International Workshop on Computational Biomolecular Science
- 発表場所
  Ontake Kyuka Mura, Japan
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Role of reorganizable interactions between native residue contacts in the allosteric communication in proteins: A computational study by the inter-residue energy conductivity analysis.2013
- 著者名/発表者名
  T. Yamato
- 学会等名
  Telluride Science Research Workshop - Protein dynamics
- 発表場所
  Telluride, CO, USA
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Computational analysis of inter-residue energy conductivity and intramolecular communication chart of β2 adrenergic receptor2013
- 著者名/発表者名
  Takakazu Ishikura, Tatsurou Hatano, and Takahisa Yamato
- 学会等名
  Nagoya Symposium - Frontiers in Structural Physiology On the Occasion of the Inauguration of the Cellular and Structural Physiology
- 発表場所
  名古屋
- 年月日
  2013-01-22
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Energy flow and allosteric communication pathways in proteins: Computational study on the role of native inter-residue interactions2013
- 著者名/発表者名
  T. Yamato
- 学会等名
  Telluride Science Research Workshop - Thermal transport at the Nanoscale
- 発表場所
  Telluride, CO, USA
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] フラグメント分子軌道法を用いた光回復酵素における電子移動2013
- 著者名/発表者名
  佐藤竜馬, 西岡宏任, 安藤耕司, 倭剛久
- 学会等名
  2012年度生物物理学会中部支部講演会
- 発表場所
  名古屋
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Electron Transfer of Blue-Light Photoreceptor:Computational Analysis of Electron Transfer Pathways2013
- 著者名/発表者名
  佐藤竜馬, 倭剛久
- 学会等名
  IGER Annual meeting 2012
- 発表場所
  名古屋
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Molecular mechnism of allosteric communication in proteins: Computational analysis of energy flow2013
- 著者名/発表者名
  T. Yamato
- 学会等名
  "Large-scale molecular simulations in biology, chemistry, and physics", Satellite meeting of ICMS2013
- 発表場所
  Nagoya, Japan
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Ligand migration in myoglobin: A combined study of computer simulation and x-ray crystallography2013
- 著者名/発表者名
  T. Yamato, T. Tsuduki, A. Tomita, S. Adachi, S. Koshihara
- 学会等名
  4-th France-Japan Joint Seminar, Imaging of spatiotemporal hierarchies in living cells -- an overview of dynamics from molecules to cells --
- 発表場所
  Hyogo
- 年月日
  2013-01-06
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] タンパク質中の電子・エネルギー・情報の流れ2013
- 著者名/発表者名
  倭　剛久
- 学会等名
  生物物理化学研究会
- 発表場所
  名古屋工業大学
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] タンパク質分子内のエネルギー伝導度の解析2012
- 著者名/発表者名
  波多野達朗, 石倉孝一, 倭剛久
- 学会等名
  IGER International Symposium on Science of　Molecular Assembly and Biomolecular Systems 2012
- 発表場所
  名古屋
- 年月日
  2012-09-04
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] 青色光受容体蛋白質における電子移動反応メカニズムの理論的研究2012
- 著者名/発表者名
  佐藤竜馬、西岡宏任、倭剛久
- 学会等名
  物理学会第67回年次大会
- 発表場所
  西宮
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Computational Analysis of Electron Transfer Reaction by Photolyase/Cryptochrome Blue-Light Photoreceptors2012
- 著者名/発表者名
  佐藤竜馬, 倭剛久
- 学会等名
  International Symposium on Computics:Quantum Simulation and Design (ISC-QSD)
- 発表場所
  大阪
- 年月日
  2012-10-11
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] 青色光受容体蛋白質におけるDNA修復メカニズムの理論的研究2012
- 著者名/発表者名
  佐藤竜馬、倭剛久
- 学会等名
  文部科学省科学研究費新学術領域「コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス」平成24年度研究会
- 発表場所
  東京
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] タンパク質の原子レベルでのストレステンソル解析2012
- 著者名/発表者名
  石倉孝一、波多野達朗、倭剛久
- 学会等名
  物理学会第67回年次大会
- 発表場所
  西宮
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] タンパク質の原子レベルでのストレステンソル解析2012
- 著者名/発表者名
  石倉孝一、倭剛久
- 学会等名
  文部科学省科学研究費新学術領域「コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス」平成24年度研究会
- 発表場所
  東京
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Computational Analysis of Electron Tunneling Pathways by DNA Photolyase and Cryptochrome　Blue-Light Photoreceptors2012
- 著者名/発表者名
  佐藤竜馬, 倭剛久
- 学会等名
  IGER International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems 2012
- 発表場所
  名古屋
- 年月日
  2012-09-04
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Atomic Stress Tensor Analysis of Biomolecules2012
- 著者名/発表者名
  Takakazu Ishikura, Tatsurou Hatano, and Takahisa Yamato
- 学会等名
  The 50 th Annual Meeting of the Biological Society of Japan
- 発表場所
  名古屋大学
- 年月日
  2012-09-22
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] 青色光受容体蛋白質における電子トンネル移動経路の理論的研究2012
- 著者名/発表者名
  佐藤竜馬、倭剛久
- 学会等名
  2011年度生物物理学会中部支部講演会
- 発表場所
  名古屋
- 年月日
  2012-03-19
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Exploring protein function using computational biophysics2012
- 著者名/発表者名
  T.Yamato
- 学会等名
  1^<st> International Symposium, Center for Simulation Sciences, Ochanomizu University
- 発表場所
  東京(招待講演)
- 年月日
  2012-02-16
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Computational Analysis of Electron Transfer Reaction by DNA Photolyase and Cryptochrome Blue-Light Photoreceptors2012
- 著者名/発表者名
  佐藤竜馬, 倭剛久
- 学会等名
  26th Annual Symposium of The Protein Society
- 発表場所
  サンディエゴ、米国
- 年月日
  2012-08-05
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Ligand-protein interaction studied by computer simulation and time-resolved x-ray crystallography2012
- 著者名/発表者名
  Takayuki Tsuduki, Ayana Tomita, Shin-ya Koshihara, Shin-ichi Adachi, and Takahisa Yamato
- 学会等名
  26th Annual Symposium of The Protein Society
- 発表場所
  サンディエゴ、米国
- 年月日
  2012-08-05
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Atomic Stress Tensor Analysis of Biomolecule2012
- 著者名/発表者名
  Takakazu Ishikura, Tatsurou Hatano, and Takahisa Yamato
- 学会等名
  JST International Symposium on Multi-scale Simulation of Condensed-phase Reacting Systems (MSCRS2012)
- 発表場所
  名古屋大学
- 年月日
  2012-05-10
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Theoretical Study of Electron Transfer Reaction by Photolyase/Cryptochrome Blue-Light Photoreceptors2012
- 著者名/発表者名
  佐藤竜馬, 倭剛久
- 学会等名
  JST International Symposium
- 発表場所
  名古屋大学
- 年月日
  2012-05-10
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] 青色光受容体蛋白質における電子トンネル移動経路と構造変化2012
- 著者名/発表者名
  佐藤竜馬, 西岡宏任, 倭剛久
- 学会等名
  第２６回分子シミュレーション討論会
- 発表場所
  福岡
- 年月日
  2012-11-26
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] LIGAND-PROTEIN INTERACTION STUDIED BY COMPUTER SIMULATION AND TIME-RESOLVED X-RAY CRYSTALLOGRAPHY2012
- 著者名/発表者名
  都築峰幸、富田文菜、腰原伸也、足立伸一、倭剛久
- 学会等名
  文部科学省科学研究費新学術領域「コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス」平成24年度研究会
- 発表場所
  東京
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] LIGAND-PROTEIN INTERACTION STUDIED BY COMPUTER SIMULATION AND TIME-RESOLVED X-RAY CRYSTALLOGRAPHY2012
- 著者名/発表者名
  都築峰幸、富田文菜、腰原伸也、足立伸一、倭剛久
- 学会等名
  Biophysical Society 56th Annual Meeting
- 発表場所
  San Diego、USA
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] DASH型クリプトクロームにおける電子移動反応の解析2011
- 著者名/発表者名
  佐藤竜馬、倭剛久
- 学会等名
  第11回蛋白質科学会年会
- 発表場所
  大阪
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] ミオグロビンと気体分子の相互作用解析2011
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 学会等名
  コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス平成22年度研究会
- 発表場所
  東京大学
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] 視物質ロドプシンの吸収波長制御メカニズム2011
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 学会等名
  コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス平成22年度研究会
- 発表場所
  東京大学
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] 青色光受容体蛋白質のDNA光補修反応メカニズムの理論的研究2011
- 著者名/発表者名
  佐藤竜馬、倭剛久
- 学会等名
  第25回分子シミュレーション討論会
- 発表場所
  東京
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] タンパク質の計算生物物理学:物質・エネルギー・情報の流れ2011
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 学会等名
  大阪蛋白質研究所セミナー「タンパク質科学の未来を語る:実験・理論研究者の対話
- 発表場所
  大阪(招待講演)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Intramolecular communication chart of proteins : Computational analysis of energy transfer pathways2010
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 学会等名
  Thermal transport at the nanoscale, Telluride Science Research Center Workshop
- 発表場所
  Telluride, CO, USA
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] 多自由度・大規模系における反応と構造空間探索:生体系へのアプローチ2010
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 学会等名
  第4回物性科学領域横断研究会凝縮系科学の最前線
- 発表場所
  東京大学
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Proteins at work : Computational biophysics of energy, electron, Proton transfer and ligand migration2010
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 学会等名
  COE Start-up International Workshop
- 発表場所
  Chiba University, Japan
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] 多自由度・大規模系における反応と構造空間探索2010
- 著者名/発表者名
  倭剛久
- 学会等名
  コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクスキックオフ・ミーティング
- 発表場所
  東京大学
- 年月日
  2010-09-18
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] TBA
- 著者名/発表者名
  T. Yamato
- 学会等名
  Telluride Science Research Workshop - Protein dynamics
- 発表場所
  Telluride, CO, USA
- 年月日
  2015-08-03 – 2015-08-07
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Energy exchange network of inter-residue interactions of protein
- 著者名/発表者名
  T. Yamato, T. Ishikura
- 学会等名
  PSSJ2015
- 発表場所
  Tokushima, Japan
- 年月日
  2015-06-24 – 2015-06-26
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[学会発表] Energy exchange network model of proteins
- 著者名/発表者名
  T. Yamato
- 学会等名
  Pacifichem 2015
- 発表場所
  Honolulu, Hawaii, USA
- 年月日
  2015-12-15 – 2015-12-20
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009

1. 垣谷俊昭 (90027350)

共同の研究課題数: 9件

共同の研究成果数: 0件
2. 神山勉 (30170210)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
3. 村上緑 (20324387)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
4. 足立伸一 (60260220)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 4件
5. 井原邦夫 (90223297)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
6. 押山淳 (80143361)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 稲葉真理 (60282711)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 高橋大介 (00292714)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 張紹良 (20252273)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 常行真司 (90197749)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 渡邉聡 (00292772)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 中西寛 (40237326)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 今田正俊 (70143542)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
14. 高田康民 (00126103)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
15. 佐藤和則 (60379097)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
16. 光武亜代理 (00338253)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
17. 岡本祐幸 (70185487)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
18. 美宅成樹 (10107542)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
19. 園山正史 (40242242)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
20. 山登一郎 (70111458)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 7件
21. 奥村英夫 (90377903)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
22. 安川民男 (00006298)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
23. 神谷信夫 (60152865)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件

倭 剛久 YAMATO Takahisa

研究課題

研究成果

共同研究者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

多自由度・大規模系における反応と構造空間探索研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

バクテリオロドプシンの励起状態ダイナミクスのランジャバンモード解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

チトクロームC酸化酵素の電子伝達経路の理論的研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究機関

光受容蛋白質の分子動力学シミュレーション研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究機関

タンパク質のダイナミクスの有限要素解析研究代表者

研究代表者

倭剛久 YAMATO Takahisa

[図書] “活性部位の量子力学計算” in 「ゲノム系計算科学: バイオインフォマティクスを越え、ゲノムの実像に迫るアプローチ」第６章, 編集者美宅成樹監修金田行雄, 笹井理生, pp. 145-1712013

[図書] タンパク質の立体構造入門基礎から構造バイオインフォマティックスへ第6章分子シミュレーション的な技法第1節全原子モデルの分子シミュレーション2010

[図書] パリティ(大槻義彦編)分担日本語訳「ニューラルネットワークモデルで解き明かすヘビの眼のしくみ」2007

[図書] 生物理学ハンドブック(石渡信一・桂勲・桐野豊・美宅成樹編)(分担執筆)2007

[図書] 電磁場の方程式バイオインフォマティクス事典(宮野悟,江口至洋,金久實,高木利久,中井謙太編)(分担執筆)2006

[図書] 分子起動計算バイオインフォマティクス事典(宮野悟,江口至洋,金久實,高木利久,中井謙太編)(分担執筆)2006

[図書] シュレーディンガー方程式バイオインフォマティクス事典(宮野悟,江口至洋,金久實,高木利久,中井謙太編)(分担執筆)2006

[図書] 静電場バイオインフォマティクス事典(宮野悟,江口至洋,金久實,高木利久,中井謙太編)(分担執筆)2006

[図書] 静磁場バイオインフォマティクス事典(宮野悟,江口至洋,金久實,高木利久,中井謙太編)(分担執筆)2006

[図書] タンパク質による光情報処理と光エネルギー変換の分子機構名古屋大学情報連携基盤センターニュース Vol.5(No.3)(分担執筆)2006