西川洋平 Nishikawa Yohei

研究者番号	90867277
その他のID	https://orcid.org/0000-0001-5443-7230
所属 (現在)	2024年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究員
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2022年度 – 2024年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究員 2021年度 – 2022年度: 早稲田大学, ナノ・ライフ創新研究機構, 次席研究員(研究院講師) 2020年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 産総研特別研究員
審査区分/研究分野	研究代表者小区分27040:バイオ機能応用およびバイオプロセス工学関連 / 小区分63040:環境影響評価関連研究代表者以外中区分45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野 / 小区分22060:土木環境システム関連 / 小区分27040:バイオ機能応用およびバイオプロセス工学関連
キーワード	研究代表者ゲノミクス / バクテリオファージ / 根圏 / 環境ウイルス / マイクロ流体デバイス / 環境微生物 / 薬剤耐性遺伝子 / 全ゲノム解析 / シングルセル研究代表者以外ファージ … もっと見る / ゲノム / 遺伝学的解析 / 腸内細菌 / メタゲノム解析 / 下水処理 / 細胞外遺伝子 / 薬剤耐性 / 乱泥流 / 炭素循環 / 微生物群集構造 / 海底下微生物生態系 / 超深海微生物生態系 / マイクロ流体デバイス / シングルセル解析隠す

ヒト腸内におけるダークマター「腸内ファージ」の生態的および生理的意義の解明に挑む
- 研究代表者
  
  阪中幹祥
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2026
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 審査区分
  
  中区分45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野
- 研究機関
  京都大学
キャリアとなる細菌・ウイルスに着目した下水処理工程における薬剤耐性遺伝子の動態
- 研究代表者
  
  本多了
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分22060:土木環境システム関連
- 研究機関
  金沢大学
根圏ウイルスの機能解析に向けた微量土壌からのウイルス1粒子ゲノム解析技術の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  西川洋平
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2024
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分27040:バイオ機能応用およびバイオプロセス工学関連
- 研究機関
  国立研究開発法人産業技術総合研究所
日本海溝乱泥流物質供給システムと超深海・海底下微生物生態系との広域時空相関の解明
- 研究代表者
  
  稲垣史生
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野
- 研究機関
  国立研究開発法人海洋研究開発機構
シングルセルゲノムデータに基づく未培養微生物の戦略的資源化プロセスの開発
- 研究代表者
  
  細川正人
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分27040:バイオ機能応用およびバイオプロセス工学関連
- 研究機関
  早稲田大学
河川水中の薬剤耐性遺伝子の時空間的な伝播・分布を単一細胞全ゲノム情報から解明する研究代表者
- 研究代表者
  
  西川洋平
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2021
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分63040:環境影響評価関連
- 研究機関
  早稲田大学
   国立研究開発法人産業技術総合研究所

すべて 2024 2023 2022 2021 2020

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] バイオサイエンスとインダストリー Vol.82 No.2（分担執筆）2024
- 著者名/発表者名
  安藤正浩, 西川洋平, 竹山春子
- 総ページ数
  272
- 出版者
  バイオインダストリー協会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K13612
[図書] シングルセル解析の新たな可能性（新規生理活性物質生産菌のハイスループットスクリーニングプラットフォーム構築の項）2021
- 著者名/発表者名
  西川洋平, 堀井俊平, 竹山春子
- 総ページ数
  104
- 出版者
  北隆館
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19980
[雑誌論文] Comparative single-cell genomics of Atribacterota JS1 in the Japan Trench hadal sedimentary biosphere2024
- 著者名/発表者名
  Jitsuno, K., Hoshino, T., Nishikawa, Y., Kogawa, M., Mineta, K., Strasser, M., Ikehara, K., Everest, J., Maeda, L., Inagaki, F., Takeyama, H., IODP Expedition 386 Scientists.
- 雑誌名
  
  mSphere
  
  巻: 9 号: 1
- DOI
  10.1128/msphere.00337-23
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H00429, KAKENHI-PROJECT-23K22586, KAKENHI-PROJECT-23K22618
[雑誌論文] Large-scale single-virus genomics uncovers hidden diversity of river water viruses and diversified gene profiles2024
- 著者名/発表者名
  Nishikawa Yohei、Wagatsuma Ryota、Tsukada Yuko、Chia-ling Lin、Chijiiwa Rieka、Hosokawa Masahito、Takeyama Haruko
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: -
- DOI
  10.1101/2024.04.18.589877
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[雑誌論文] Revealing within-species diversity in uncultured human gut bacteria with single-cell long-read sequencing2023
- 著者名/発表者名
  Kogawa Masato、Nishikawa Yohei、Saeki Tatsuya、Yoda Takuya、Arikawa Koji、Takeyama Haruko、Hosokawa Masahito
- 雑誌名
  
  Frontiers in Microbiology
  
  巻: 14
- DOI
  10.3389/fmicb.2023.1133917
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[雑誌論文] Tools for microbial single-cell genomics for obtaining uncultured microbial genomes2023
- 著者名/発表者名
  Hosokawa Masahito、Nishikawa Yohei
- 雑誌名
  
  Biophysical Reviews
  
  巻: 16 号: 1 ページ: 69-77
- DOI
  10.1007/s12551-023-01124-y
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[雑誌論文] Strain-level profiling of viable microbial community by selective single-cell genome sequencing2022
- 著者名/発表者名
  Hosokawa Masahito、Endoh Taruho、Kamata Kazuma、Arikawa Koji、Nishikawa Yohei、Kogawa Masato、Saeki Tatsuya、Yoda Takuya、Takeyama Haruko
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 12 号: 1
- DOI
  10.1038/s41598-022-08401-y
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[雑誌論文] Revealing within-species diversity in uncultured human gut bacteria with single-cell long-read sequencing2022
- 著者名/発表者名
  Kogawa Masato、Nishikawa Yohei、Saeki Tatsuya、Yoda Takuya、Arikawa Koji、Takeyama Haruko、Hosokawa Masahito
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: －
- DOI
  10.1101/2022.03.24.485581
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[学会発表] 土壌微生物叢アトラスに基づいた環境制御による循環型協生農業プラットフォーム構築2024
- 著者名/発表者名
  西川洋平
- 学会等名
  ムーンショット早稲田デー「わが国の破壊的イノベーションを先導するためには何をすべきか？」
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K13612
[学会発表] Single-virus genomics of environmental DNA viruses reveals genomic micro-diversities.2024
- 著者名/発表者名
  Yohei Nishikawa
- 学会等名
  UQ-Waseda University Joint Symposium
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K13612
[学会発表] 微生物・ウイルスを対象としたシングルセルゲノム解析2023
- 著者名/発表者名
  西川洋平
- 学会等名
  BioJapan 2023
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K13612
[学会発表] 日本海溝に生息する超深海微生物群の遺伝的機能の解明2023
- 著者名/発表者名
  實野佳奈, 西川洋平, 星野辰彦, 稲垣史生, 竹山春子
- 学会等名
  第23回日本マリンバイオテクノロジー学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H00429
[学会発表] 環境中の未知微生物・ウイルスを対象としたシングルセルゲノム解析技術の開発と応用2023
- 著者名/発表者名
  西川洋平
- 学会等名
  Webセミナー「シングルセルゲノム解析が明らかにする未知の環境微生物」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[学会発表] 日本海溝における底質柱状試料中の微小マイクロプラスチックの存在実態調査2023
- 著者名/発表者名
  田中周平, 實野佳奈, 星野辰彦, 西川洋平, 竹山春子, 稲垣史生
- 学会等名
  水環境学会シンポジウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H00429
[学会発表] 環境細菌・ファージの機能解明に向けた1細胞・1粒子ゲノム解析技術の開発と応用2023
- 著者名/発表者名
  西川洋平
- 学会等名
  日本微生物生態学会第36回浜松大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K26229
[学会発表] 日本海溝に生息する深海微生物の多様性及び機能の解明2023
- 著者名/発表者名
  實野佳奈, 西川洋平, 星野辰彦, 稲垣史生, 竹山春子
- 学会等名
  第75回日本生物工学会大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H00429
[学会発表] 環境細菌・ファージの機能解明に向けた 1細胞・1粒子ゲノム解析技術の開発と応用、2023
- 著者名/発表者名
  西川洋平
- 学会等名
  日本微生物生態学会第36回浜松大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[学会発表] 環境中の未知微生物・ウイルスを対象としたシングルセルゲノム解析技術の開発と応用2023
- 著者名/発表者名
  西川洋平
- 学会等名
  Webセミナー「シングルセルゲノム解析が明らかにする未知の環境微生物」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K13612
[学会発表] Comparative single-cell genomics of Atribacterota JS1 in the Japan Trench hadal sedimentary biosphere2023
- 著者名/発表者名
  Jitsuno, K., Hoshino, T., Nishikawa, Y., Kogawa, M., Mineta, K., Inagaki, F., Takeyama, H., IODP Expedition 386 Scientists
- 学会等名
  13th Asia-Pacific Marine Biotechnology Conference
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H00429
[学会発表] 環境細菌・ファージの機能解明に向けた 1細胞・1粒子ゲノム解析技術の開発と応用2023
- 著者名/発表者名
  西川洋平
- 学会等名
  日本微生物生態学会第36回浜松大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K13612
[学会発表] 環境細菌・ウイルスを対象とした 1細胞・1粒子レベルのゲノム解析技術の開発と応用2022
- 著者名/発表者名
  西川洋平
- 学会等名
  第22回マリンバイオテクノロジー学会大会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[学会発表] 細菌1細胞レベルの微量RNAからのRNA-seq手法の開発2022
- 著者名/発表者名
  西村美郁、西川洋平、竹山春子、細川正人
- 学会等名
  第74回日本生物工学会大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[学会発表] ゲノム情報を用いた日本海溝の海底微生物の多様性と機能の解明2022
- 著者名/発表者名
  實野佳奈、西川洋平、星野辰彦、小川雅人、稲垣史生、竹山春子
- 学会等名
  日本農芸化学会2022 年度大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H00429
[学会発表] 細菌・ウイルスのシングルセルゲノム解析技術を用いた河川水中における遺伝子の伝播解析2022
- 著者名/発表者名
  西川洋平, 塚田祐子, 我妻竜太, Lin Chia-Ling, 小川雅人, 細川正人, 竹山春子
- 学会等名
  第74回日本生物工学会大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[学会発表] 細菌シングルセルRNA-seq手法の開発2022
- 著者名/発表者名
  西村美郁、西川洋平、竹山春子、細川正人
- 学会等名
  日本生物工学会東日本支部　第17回学生発表討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[学会発表] 日本海溝の海底堆積物における微生物群集の地域多様性2022
- 著者名/発表者名
  實野佳奈、西川洋平、星野辰彦、小川雅人、稲垣史生、竹山春子
- 学会等名
  第22回マリンバイオテクノロジー学会大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H00429
[学会発表] Biogeographical distribution and diversity of hadal microbial communities along a ~500 km-transect of the Japan Trench (IODP Expedition 386)2022
- 著者名/発表者名
  Jitsuno, K., Hoshino, T., Nishikawa, Y., Kogawa, M., Inagaki, F., Takeyama, H., Strasser, M., Ikehara, K., Everest, J., Maeda, L., IODP Expedition 386 Scientists
- 学会等名
  International Society for Microbial Ecology (ISME) 18
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H00429
[学会発表] 日本海溝の海底微生物の地域多様性と代謝機構の解析2022
- 著者名/発表者名
  實野佳奈、西川洋平、星野辰彦、小川雅人、稲垣史生、竹山春子
- 学会等名
  第20回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H00429
[学会発表] 環境細菌・ウイルスを対象とした 1細胞・1粒子レベルのゲノム解析技術の開発と応用2022
- 著者名/発表者名
  西川洋平
- 学会等名
  第4回ファーマラボ EXPO
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[学会発表] Microfluidic droplet-based single-cell genome sequencing reveals biological diversities of environmental microbiome in the surrounding area of the Red Sea2021
- 著者名/発表者名
  Yohei Nishikawa, Masato Kogawa, Masahito Hosokawa, Kai Takahashi, Keigo Ide, Kei Yura, Hayedeh Behzad, Takashi Gojobori, Haruko Takeyama
- 学会等名
  The 2020 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem 2020)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19980
[学会発表] 水圏環境の細菌・ファージの動態解明に向けたシングルゲノム解析2021
- 著者名/発表者名
  西川洋平
- 学会等名
  第21回マリンバイオテクノロジー学会大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[学会発表] Microfluidic droplet-based single-cell genomics in aquatic and marine environments for revealing microbial and phage diversity.2021
- 著者名/発表者名
  Yohei Nishikawa, Masato Kogawa, Masahito Hosokawa, Keigo Ide, Ryota Wagatsuma, Yuko Tsukada, Haruko Takeyama
- 学会等名
  2021 AFOB virtual conference
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19980
[学会発表] 河川水中の細菌・ウイルスを対象とした1細胞・1粒子レベルでのゲノム解析2021
- 著者名/発表者名
  西川洋平, 我妻竜太, 塚田祐子, 井手圭吾, 小川雅人, 細川正人, 竹山春子
- 学会等名
  日本水処理生物学会第57回（神奈川）大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[学会発表] 水圏環境の細菌・ファージの動態解明に向けたシングルゲノム解析2021
- 著者名/発表者名
  西川洋平
- 学会等名
  第21回マリンバイオテクノロジー学会大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19980
[学会発表] ファージ-細菌間の相互作用解析に向けたシングルゲノム解析技術の開発2021
- 著者名/発表者名
  我妻竜太, 西川洋平, 塚田祐子, 井手圭吾, 千々岩樹佳, 竹山春子
- 学会等名
  第9回日本生物工学会東日本支部コロキウム
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19980
[学会発表] Microfluidic droplet-based single-cell genome sequencing reveals biological diversities of environmental microbiome in the surrounding area of the Red Sea2021
- 著者名/発表者名
  Yohei Nishikawa, Masato Kogawa, Masahito Hosokawa, Katsuhiko Mineta, Kai Takahashi, Keigo Ide, Kei Yura, Hayedeh Behzad, Takashi Gojobori, Haruko Takeyama
- 学会等名
  The 2020 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem 2020)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[学会発表] 未培養腸内細菌の１細胞ロングリードシーケンスによる完全長ゲノムの獲得2021
- 著者名/発表者名
  細川正人, 小川雅人, 西川洋平, 佐伯達也, 依田卓也, 有川浩司, 竹山春子
- 学会等名
  第73回日本生物工学会大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[学会発表] 多摩川に存在する薬剤耐性菌のゲノム情報をシングルセルレベルで解析する2021
- 著者名/発表者名
  西川洋平, 小川雅人, 塚田祐子, 井手圭吾, 細川正人, 竹山春子
- 学会等名
  第55回日本水環境学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19980
[学会発表] 1細胞・1粒子レベルのゲノム情報から読み解く、環境細菌とファージの相互作用2021
- 著者名/発表者名
  西川洋平
- 学会等名
  バイオインフォマティクス相談部会第五回講演会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19980
[学会発表] Microfluidic droplet-based single-cell genomics in aquatic and marine environments for revealing microbial and phage diversity2021
- 著者名/発表者名
  Yohei Nishikawa, Masato Kogawa, Masahito Hosokawa, Keigo Ide, Ryota Wagatsuma, Yuko Tsukada, Haruko Takeyama
- 学会等名
  2021 AFOB virtual conference
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[学会発表] 河川水中の細菌・ウイルスを対象とした1細胞・1粒子レベルでのゲノム解析2021
- 著者名/発表者名
  西川洋平, 我妻竜太, 塚田祐子, 井手圭吾, 小川雅人, 細川正人, 竹山春子
- 学会等名
  日本水処理生物学会第57回（神奈川）大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19980
[学会発表] Single-cell Genomics of River Water Microbiomes for Revealing the Distribution of Mobile Genetic Elements2021
- 著者名/発表者名
  Yohei Nishikawa, Yuko Tsukada, Ryota Wagatsuma, Keigo Ide, Masato Kogawa, Masahito Hosokawa, Haruko Takeyama
- 学会等名
  World Microbe Forum 2021
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21H01733
[学会発表] 紅海周辺の多様な環境微生物を対象とした大規模かつ高精度なシングルセルゲノム解析2020
- 著者名/発表者名
  西川洋平, 小川雅人, 細川正人, 峯田克彦, 高橋海, 坂梨千佳子, 由良敬, 井手圭吾, ベザドハイジ, 五條堀孝, 竹山春子
- 学会等名
  第43回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19980

1. 細川正人 (60722981)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 13件
2. 稲垣史生 (50360748)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 9件
3. 竹山春子 (60262234)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 9件
4. 星野辰彦 (30386619)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 9件
5. 田中周平 (00378811)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
6. 本多了 (40422456)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 松浦哲久 (90771585)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 沈尚 (20882426)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 阪中幹祥 (60801892)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件

西川 洋平 Nishikawa Yohei

研究課題

研究成果

共同研究者

ヒト腸内におけるダークマター「腸内ファージ」の生態的および生理的意義の解明に挑む

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

キャリアとなる細菌・ウイルスに着目した下水処理工程における薬剤耐性遺伝子の動態

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

根圏ウイルスの機能解析に向けた微量土壌からのウイルス1粒子ゲノム解析技術の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

日本海溝乱泥流物質供給システムと超深海・海底下微生物生態系との広域時空相関の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

シングルセルゲノムデータに基づく未培養微生物の戦略的資源化プロセスの開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

河川水中の薬剤耐性遺伝子の時空間的な伝播・分布を単一細胞全ゲノム情報から解明する研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[図書] バイオサイエンスとインダストリー Vol.82 No.2（分担執筆）2024

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[図書] シングルセル解析の新たな可能性（新規生理活性物質生産菌のハイスループットスクリーニングプラットフォーム構築の項）2021

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[雑誌論文] Comparative single-cell genomics of Atribacterota JS1 in the Japan Trench hadal sedimentary biosphere2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Large-scale single-virus genomics uncovers hidden diversity of river water viruses and diversified gene profiles2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Revealing within-species diversity in uncultured human gut bacteria with single-cell long-read sequencing2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Tools for microbial single-cell genomics for obtaining uncultured microbial genomes2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Strain-level profiling of viable microbial community by selective single-cell genome sequencing2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Revealing within-species diversity in uncultured human gut bacteria with single-cell long-read sequencing2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

西川洋平 Nishikawa Yohei

[学会発表] 細菌・ウイルスのシングルセルゲノム解析技術を用いた河川水中における遺伝子の伝播解析2022