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NAGASAKI Hideki  長崎 英樹

ORCIDConnect your ORCID iD *help
Researcher Number 70624451
Other IDs
Affiliation (based on the past Project Information) *help 2012 – 2014: 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 特任研究員
Review Section/Research Field
Principal Investigator
Genome biology
Except Principal Investigator
Bioinformatics/Life informatics
Keywords
Principal Investigator
denovo アセンブル / クラウドコンピューティング / de novoアセンブリ / SNP / リシーケンス / HLA / ChIP-Seq / RNA-Seq / クラウド / 解析パイプライン / 次世代シーケンサー / ゲノム … More
Except Principal Investigator
… More ゲノム多様性 / 遺伝的多様性 / DNA多型 / WGS / 一塩基多型 / 解析ワークフロー / データベース / 多様性指標 / Sequence Read Archive / 次世代シークエンサ / SNP Less
  • Research Projects

    (2 results)
  • Research Products

    (26 results)
  • Co-Researchers

    (3 People)
  •  Integration of plant strain SNPs using NGS Sequence Read Archive and diversity statistics analysis

    • Principal Investigator
      KAMINUMA Eli
    • Project Period (FY)
      2012 – 2014
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • Research Field
      Bioinformatics/Life informatics
    • Research Institution
      National Institute of Genetics
  •  The Development of a cloud computing-based annotation system for next-generation sequencing dataPrincipal Investigator

    • Principal Investigator
      NAGASAKI Hideki
    • Project Period (FY)
      2012 – 2014
    • Research Category
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • Research Field
      Genome biology
    • Research Institution
      National Institute of Genetics

All 2015 2014 2013 2012 Other

All Journal Article Presentation Book

  • [Book] 実験医学別冊 「次世代シークエンス解析スタンダード」2014

    • Author(s)
      長崎英樹、望月孝子、谷沢靖洋、神沼英里、中村保一
    • Total Pages
      8
    • Publisher
      羊土社
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Book] 実験医学増刊Vol.32 No.20 「今日から使える! データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100」2014

    • Author(s)
      長崎英樹
    • Total Pages
      4
    • Publisher
      羊土社
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Book] 実験医学別冊「次世代シークエンス解析スタンダード」:Ⅵ-4 DDBJ Read Annotation Pipeline 解析パイプラインによるRNA-Seq de novo assemblyとイネ多型解析2014

    • Author(s)
      長崎英樹,望月孝子,谷沢靖洋,神沼英里,中村保一
    • Publisher
      羊土社
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24500366
  • [Journal Article] A Bead-based Normalization for Uniform Sequencing depth (BeNUS) protocol for multi-samples sequencing exemplified by HLA-B2014

    • Author(s)
      Hosomichi K, Mitsunaga S, Nagasaki H, Inoue Ituro.
    • Journal Title

      BMC Genomics

      Volume: 15 Issue: 1 Pages: 645-645

    • DOI

      10.1186/1471-2164-15-645

    • Peer Reviewed / Open Access
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273, KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [Journal Article] DDBJ read annotation pipeline: a cloud computing-based pipeline for high-throughput analysis of next-generation sequencing data.2013

    • Author(s)
      Nagasaki H, Mochizuki T, Kodama Y, Saruhashi S, Morizaki S, Sugawara H, Ohyanagi H, Kurata N, Okubo K, Takagi T, Kaminuma E, Nakamura Y.
    • Journal Title

      DNA Res.

      Volume: 20 Pages: 383-390

    • Peer Reviewed
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] DNA Polymorphism Database from New-Generation Sequence Read Archive and Analytical Workflow2015

    • Author(s)
      Mochizuki T, Tanizawa Y, Fujisawa T, Nikoh N, Toyoda A, Fujiyama A, Kurata N, Nagasaki H, Shimizu T, Kaminuma E, Nakamura Y
    • Organizer
      Plant & Animal Genome XXIII
    • Place of Presentation
      San Diego (USA)
    • Year and Date
      2015-01-14
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24500366
  • [Presentation] DDBJ Read Annotation Pipeline の紹介と実習 (RNA-Seq配列のde novoアセンブリを中心に)2015

    • Author(s)
      長崎英樹
    • Organizer
      ゲノム支援講習会
    • Place of Presentation
      国立遺伝学研究所
    • Year and Date
      2015-02-28
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] HLA解析ツール2015

    • Author(s)
      長崎英樹
    • Organizer
      GalaxyWorkshopTokyo2015
    • Place of Presentation
      東京大学 先端科学技術研究センター
    • Year and Date
      2015-04-28
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] Liverwort Genome Analysis Using DDBJ Pipeline and Construction of the Database Annotated by the Research Communities2014

    • Author(s)
      Nagasaki H, Ishizaki K, Yamato K T, Kohchi T, Nakamura Y.
    • Organizer
      International Plant & Animal Genome XXII
    • Place of Presentation
      サンディエゴ、米国
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] Constructing an integrated DNA polymorphism database and an analytical workflow for plants and bacteria2014

    • Author(s)
      Takako Mochizuki, Takatomo Fujisawa, Yasuhiro Tanizawa, Hideki Nagasaki, Eli Kaminuma, Tokurou Shimizu, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Nori Kurata, Naruo Nikoh and Yasukazu Nakamura
    • Organizer
      Plant and Animal Genome XXII (PAG XXII) Conference
    • Place of Presentation
      Town and Country Hotel, San Diego, USA
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24500366
  • [Presentation] DDBJ Read Annotation Pipeline の紹介と実習2014

    • Author(s)
      長崎英樹
    • Organizer
      第30回 DDBJing 講習会 in 東京
    • Place of Presentation
      独立行政法人 科学技術振興機構 東京本部
    • Year and Date
      2014-12-18
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] DDBJ Read Annotation Pipeline の紹介と実習(RNA-Seq配列のde novoアセンブリを中心に)2014

    • Author(s)
      長崎英樹
    • Organizer
      AJACS十勝
    • Place of Presentation
      帯広畜産大学
    • Year and Date
      2014-09-12
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] 遺伝研スパコン概要と、NGSアーカイブデータを用いたSNP解析2014

    • Author(s)
      神沼英里、望月孝子、長崎英樹、谷沢靖洋、小笠原理、大久保公策、高木利久、中村保一
    • Organizer
      日本育種学会第126回講演会「NGS 使い倒し講座 - Breeding Informatics 研究 XIII」
    • Place of Presentation
      南九州大学(都城市)
    • Year and Date
      2014-09-26
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24500366
  • [Presentation] Liverwort Genome Analysis and Construction of the Genome Annotation Database: ゼニゴケゲノム解析とゲノムアノテーションデータベースの構築2014

    • Author(s)
      Nagasaki H, Ishizaki K, Yamato K T, Kohchi T, Nakamura Y.
    • Organizer
      第55回 日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      富山大学
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] Liverwort Genome Analysis and Construction of the Genome Annotation Database: ゼニゴケゲノム解析とゲノムアノテーションデータベースの構築2013

    • Author(s)
      Nagasaki H, Ishizaki K, Yamato K T, Kohchi T, Nakamura Y.
    • Organizer
      JSBi2013
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] Liverwort Genome Analysis and Construction of the Genome Annotation Database: ゼニゴケゲノム解析とゲノムアノテーションデータベースの構築2013

    • Author(s)
      Nagasaki H, Ishizaki K, Yamato K T, Kohchi T, Nakamura Y.
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] Liverwort Genome Analysis using DDBJ Pipeline and Construction of the Genome Annotation Database2013

    • Author(s)
      Hideki Nagasaki, Takatomo Fujisawa, Takako Mochizuki, Eli Kaminuma, Yasukazu Nakamura et al.
    • Organizer
      International Plant & Animal Genome XXI
    • Place of Presentation
      San Diego, CA, USA
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] Our Informatics Approaches for Marchantia Genome2013

    • Author(s)
      Nagasaki H, Iida N, Nakamura Y.
    • Organizer
      Marchantia IV
    • Place of Presentation
      メルボルン、オーストラリア
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] DNA多型統合データベースと解析ワークフローの構築 : 植物、微生物への取り組み2013

    • Author(s)
      望月 孝子, 藤澤 貴智, 谷澤 靖洋, 長崎 英樹, 神沼 英里, 大柳 一, 清水 徳朗, 豊田 敦, 藤山 秋佐夫, 倉田 のり, 二河 成男, 中村 保一
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24500366
  • [Presentation] DDBJパイプラインによるゼニゴケゲノム解析とゲノムアノテーションデータベースの構築2012

    • Author(s)
      長崎 英樹, 藤澤 貴智, 望月 孝子, 神沼 英里, 中村 保一ら
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] NIGスパコンを利用したNGSアーカイブ配列再利用とクラウド型解析パイプライン実習2012

    • Author(s)
      長崎 英樹, 望月 孝子
    • Organizer
      第164回農林交流センターワークショップ
    • Place of Presentation
      農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所 情報通信共同利用館(電農館)3階セミナー室
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] DDBJパイプラインによる高速シーケンスデータ解析2012

    • Author(s)
      長崎 英樹, 望月 孝子
    • Organizer
      統合データベース講習会 : AJACS名古屋
    • Place of Presentation
      名古屋大学 工学部ES館 サテライトラボラトリーES031
    • Invited
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] The Construction of Genome Annotation Database for Liverwort Marchantia polymorpha

    • Author(s)
      長崎英樹、石崎公庸、大和勝幸、河内孝之、中村保一
    • Organizer
      第56回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      東京農業大学
    • Year and Date
      2015-03-16 – 2015-03-18
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] The Construction of Genome Annotation Database for the Liverwort Marchantia polymorpha

    • Author(s)
      Hideki Nagasaki Naoko Iida Yasukazu Nakamura
    • Organizer
      Marchantia Workshop 2014
    • Place of Presentation
      神戸大学
    • Year and Date
      2014-12-08 – 2014-12-10
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] The Construction of Genome Annotation Database for Liverwort Marchantia polymorpha

    • Author(s)
      Hideki Nagasaki Kimitsune Ishizaki Katsuyuki T. Yamato Takayuki Kohchi Yasukazu Nakamura
    • Organizer
      International Plant & Animal Genome XXIII
    • Place of Presentation
      San Diego, CA, USA
    • Year and Date
      2015-01-10 – 2015-01-14
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • [Presentation] The Construction of Genome Annotation Database for Liverwort ゼニゴケゲノムアノテーションデータベースの構築

    • Author(s)
      長崎英樹、石崎公庸、大和勝幸、河内孝之、中村保一
    • Organizer
      第37回 日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • Data Source
      KAKENHI-PROJECT-24510273
  • 1.  KAMINUMA Eli (90314559)
    # of Collaborated Projects: 2 results
    # of Collaborated Products: 0 results
  • 2.  MOCHIZUKI Takako (40709284)
    # of Collaborated Projects: 1 results
    # of Collaborated Products: 5 results
  • 3.  山本 英里
    # of Collaborated Projects: 0 results
    # of Collaborated Products: 9 results

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