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宮下 治  Miyashita Osamu

研究者番号 10620528
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0002-2530-5674
所属 (現在) 2025年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, 上級研究員
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2018年度 – 2025年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, 上級研究員
2016年度 – 2017年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究機構, 上級研究員
2013年度 – 2014年度: 独立行政法人理化学研究所, 計算科学研究機構, 上級研究員
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分43020:構造生物化学関連 / 複合領域 / 構造生物化学 / 生物物理学
研究代表者以外
学術変革領域研究区分(Ⅱ) / 複合領域
キーワード
研究代表者
分子動力学シミュレーション / 動的構造解析 / 生体高分子 / ハイブリッドアプローチ / タンパク質 / クライオ電子顕微鏡 / シミュレーション / モデリング / 構造分布 / データ融合シミュレーション … もっと見る / 構造解析 / タンパク質-膜間相互作用 / 可視紫外吸収スペクトル帰属 / プロトン化 / 電子状態 / 化学反応解析 / 量子古典混合計算 / 脂質膜 / ベイズ統計 / 電子顕微鏡 / ハイブリッドモデリング / フィッティング / 構造モデリング / 計算構造生物学 / X線結晶構造解析 / データベース解析 / 結晶構造 / 計算機構造生物 / 計算機生物物理 … もっと見る
研究代表者以外
integrative modeling / protein dynamics / integrative modelling / intrinsically disordered / MD simulations / Protein dynamics / 構造モデリング / タンパク質ダイナミクス / シリアルフェムト秒結晶構造解析 / 動的構造解析 / 蛋白質結晶構造解析 / X線溶液散乱 / X線結晶構造解析 / 動的構造 / 結晶構造解析 / 温度ジャンプ / 溶液散乱 / 時分割実験 / X線自由電子レーザー 隠す
  • 研究課題

    (6件)
  • 研究成果

    (65件)
  • 共同研究者

    (11人)
  •  クライオ電子顕微鏡画像データとシミュレーションの融合による生体高分子動的構造解析研究代表者

    • 研究代表者
      宮下 治
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2026
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分43020:構造生物化学関連
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  データ融合シミュレーションによるタンパク質の動的構造解析

    • 研究代表者
      TAMA FLORENCE
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2028
    • 研究種目
      学術変革領域研究(A)
    • 審査区分
      学術変革領域研究区分(Ⅱ)
    • 研究機関
      名古屋大学
  •  分子シミュレーションによるタンパク質化学反応ダイナミクスの解明研究代表者

    • 研究代表者
      宮下 治
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2023
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  時分割実験のための多様な反応誘起システムの開発

    • 研究代表者
      南後 恵理子
    • 研究期間 (年度)
      2019 – 2023
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      東北大学
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  ベイズ統計を活用した低解像度構造情報からのモデリング手法の新展開研究代表者

    • 研究代表者
      宮下 治
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2019
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      構造生物化学
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  結晶環境のタンパク質構造への影響のシミュレーションとデータベースによる定量的解析研究代表者

    • 研究代表者
      宮下 治
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2014
    • 研究種目
      研究活動スタート支援
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      独立行政法人理化学研究所

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017 2016 2015

すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] Hybrid Methods for Macromolecular Modeling by Molecular Mechanics Simulations with Experimental Data2018

    • 著者名/発表者名
      Osamu Miyashita, Florence Tama
    • 総ページ数
      19
    • 出版者
      Springer
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [雑誌論文] Structure determination using high-order spatial correlations in single-particle X-ray scattering2024

    • 著者名/発表者名
      Zhao Wenyang、Miyashita Osamu、Nakano Miki、Tama Florence
    • 雑誌名

      IUCrJ

      巻: 11 号: 1 ページ: 92-108

    • DOI

      10.1107/s2052252523009831

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [雑誌論文] Molecular size dependence on achievable resolution from XFEL single-particle 3D reconstruction2023

    • 著者名/発表者名
      Miki Nakano, Osamu Miyashita, Florence Tama
    • 雑誌名

      Structural Dynamics

      巻: 10 号: 2 ページ: 024101-024101

    • DOI

      10.1063/4.0000175

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K14642, KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [雑誌論文] Advancing cryo-electron microscopy data analysis through accelerated simulation-based flexible fitting approaches2023

    • 著者名/発表者名
      Miyashita Osamu、Tama Florence
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 82 ページ: 102653-102653

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2023.102653

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [雑誌論文] MDSPACE: Extracting Continuous Conformational Landscapes from Cryo-EM Single Particle Datasets Using 3D-to-2D Flexible Fitting based on Molecular Dynamics Simulation2023

    • 著者名/発表者名
      Vuillemot Remi、Mirzaei Alex、Harastani Mohamad、Hamitouche Ilyes、Frechin Leo、Klaholz Bruno P.、Miyashita Osamu、Tama Florence、Rouiller Isabelle、Jonic Slavica
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 435 号: 9 ページ: 167951-167951

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2023.167951

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [雑誌論文] A hybrid approach to study large conformational transitions of biomolecules from single particle XFEL diffraction data2022

    • 著者名/発表者名
      Asi Han、Dasgupta Bhaskar、Nagai Tetsuro、Miyashita Osamu、Tama Florence
    • 雑誌名

      Frontiers in Molecular Biosciences

      巻: 9 ページ: 1-15

    • DOI

      10.3389/fmolb.2022.913860

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [雑誌論文] NMMD: Efficient Cryo-EM Flexible Fitting Based on Simultaneous Normal Mode and Molecular Dynamics atomic displacements2022

    • 著者名/発表者名
      Vuillemot Remi、Miyashita Osamu、Tama Florence、Rouiller Isabelle、Jonic Slavica
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 434 号: 7 ページ: 167483-167483

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2022.167483

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [雑誌論文] High-resolution structure of phosphoketolase from Bifidobacterium longum determined by cryo-EM single-particle analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Nakata Kunio、Miyazaki Naoyuki、Yamaguchi Hiroki、Hirose Mika、Kashiwagi Tatsuki、Kutumbarao Nidamarthi H.V.、Miyashita Osamu、Tama Florence、Miyano Hiroshi、Mizukoshi Toshimi、Iwasaki Kenji
    • 雑誌名

      Journal of Structural Biology

      巻: 214 号: 2 ページ: 107842-107842

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2022.107842

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [雑誌論文] Identifying Structural Properties of Proteins from X-ray Free Electron Laser Diffraction Patterns2022

    • 著者名/発表者名
      Olaya Paula、Caino-Lores Silvina、Lama Vanessa、Patel Ria、Rorabaugh Ariel Keller、Miyashita Osamu、Tama Florence、Taufer Michela
    • 雑誌名

      2022 IEEE 18th International Conference on e-Science (e-Science)

      巻: - ページ: 21-31

    • DOI

      10.1109/escience55777.2022.00017

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [雑誌論文] Three-dimensional structure determination of gold nanotriangles in solution using X-ray free-electron laser single-particle analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Nakano Miki、Miyashita Osamu、Joti Yasumasa、Suzuki Akihiro、Mitomo Hideyuki、Niida Yoshiya、Yang Ying、Yumoto Hirokatsu、Koyama Takahisa、Tono Kensuke、Ohashi Haruhiko、Yabashi Makina、Ishikawa Tetsuya、BESSHO YOSHITAKA、Ijiro Kuniharu、Nishino Yoshinori、Tama Florence
    • 雑誌名

      Optica

      巻: 9 号: 7 ページ: 776-784

    • DOI

      10.1364/optica.457352

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-20H05433, KAKENHI-PROJECT-21K03497, KAKENHI-PROJECT-22K19908, KAKENHI-PROJECT-22K19929, KAKENHI-PUBLICLY-21H05863, KAKENHI-PROJECT-19H05627, KAKENHI-PROJECT-21H01736, KAKENHI-PROJECT-18K14642, KAKENHI-PLANNED-20H05453, KAKENHI-PUBLICLY-22H04741
  • [雑誌論文] Protocol for Retrieving Three-Dimensional Biological Shapes for a Few XFEL Single-Particle Diffraction Patterns2021

    • 著者名/発表者名
      Tiwari Sandhya P.、Tama Florence、Miyashita Osamu
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 61 号: 8 ページ: 4108-4119

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.1c00602

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [雑誌論文] Reconstruction of Three-Dimensional Conformations of Bacterial ClpB from High-Speed Atomic-Force-Microscopy Images2021

    • 著者名/発表者名
      Bhaskar Dasgupta, Osamu Miyashita, Takayuki Uchihashi and Florence Tama
    • 雑誌名

      Frontiers in in Molecular Biosciences: Biological Modeling and Simulation

      巻: 8 ページ: 704274-704274

    • DOI

      10.3389/fmolb.2021.704274

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-20H04669, KAKENHI-PLANNED-20H05453, KAKENHI-PUBLICLY-21H00393, KAKENHI-PROJECT-21H01772
  • [雑誌論文] Integrative/Hybrid Modeling Approaches for Studying Biomolecules2020

    • 著者名/発表者名
      Srivastava Ashutosh、Tiwari Sandhya Premnath、Miyashita Osamu、Tama Florence
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 432 号: 9 ページ: 2846-2860

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2020.01.039

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-19H05781, KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305, KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [雑誌論文] Reconstruction of low-resolution molecular structures from simulated atomic force microscopy images2020

    • 著者名/発表者名
      Dasgupta Bhaskar、Miyashita Osamu、Tama Florence
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      巻: 1864 号: 2 ページ: 129420-129420

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.129420

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [雑誌論文] Computational Protocol for Assessing the Optimal Pixel Size to Improve the Accuracy of Single-particle Cryo-electron Microscopy Maps2020

    • 著者名/発表者名
      Tiwari Sandhya P.、Chhabra Sahil、Tama Florence、Miyashita Osamu
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: - 号: 5 ページ: 2570-2580

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.9b01107

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [雑誌論文] Acceleration of cryo-EM Flexible Fitting for Large Biomolecular Systems by Efficient Space Partitioning2019

    • 著者名/発表者名
      Mori Takaharu、Kulik Marta、Miyashita Osamu、Jung Jaewoon、Tama Florence、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 27 号: 1 ページ: 161-174.e3

    • DOI

      10.1016/j.str.2018.09.004

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305, KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Role of Computational Methods in Going beyond X-ray Crystallography to Explore Protein Structure and Dynamics2018

    • 著者名/発表者名
      Srivastava Ashutosh、Nagai Tetsuro、Srivastava Arpita、Miyashita Osamu、Tama Florence
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 19 号: 11 ページ: 3401-3401

    • DOI

      10.3390/ijms19113401

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305, KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] 1.Single-particle XFEL 3D reconstruction of ribosome-size particles based on Fourier slice matching: requirements to reach subnanometer resolution2018

    • 著者名/発表者名
      Nakano, M., Miyashita, O., Jonic, S., Tokuhisa, A. & Tama, F.
    • 雑誌名

      J. Synchrotron Rad.

      巻: 25 号: 4 ページ: 1010-1021

    • DOI

      10.1107/s1600577518005568

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [雑誌論文] Gaussian mixture model for coarse-grained modeling from XFEL2018

    • 著者名/発表者名
      Nagai Tetsuro、Mochizuki Yuki、Joti Yasumasa、Tama Florence、Miyashita Osamu
    • 雑誌名

      Optics Express

      巻: 26 号: 20 ページ: 26734-26734

    • DOI

      10.1364/oe.26.026734

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305, KAKENHI-PROJECT-16K05527
  • [雑誌論文] Searching for 3D structural models from a library of biological shapes using a few 2D experimental images2018

    • 著者名/発表者名
      Tiwari Sandhya P.、Tama Florence、Miyashita Osamu
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 19 号: 1 ページ: 320-320

    • DOI

      10.1186/s12859-018-2358-0

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [雑誌論文] Flexible fitting to cryo-EM density map using ensemble molecular dynamics simulations2017

    • 著者名/発表者名
      Miyashita O, Kobayashi C, Mori T, Sugita Y, Tama F
    • 雑誌名

      J. Comp. Chem

      巻: 38 号: 16 ページ: 1447-1461

    • DOI

      10.1002/jcc.24785

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [雑誌論文] 構造解析へのハイブリッドアプローチ:電子顕微鏡とX線自由電子レーザーからの実験データの活用2017

    • 著者名/発表者名
      宮下 治, タマ フロハンス
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 57 号: 2 ページ: 090-094

    • DOI

      10.2142/biophys.57.090

    • NAID

      130005509479

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 言語
      日本語
    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305
  • [雑誌論文] Effect of the crystal environment on side-chain conformational dynamics in Cyanovirin-N investigated through crystal and solution molecular dynamics simulations2016

    • 著者名/発表者名
      Ahlstrom LS, Vorontsov II, Shi J, Miyashita O
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 12 号: 1 ページ: e0170337-e0170337

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0170337

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] Integrative/Hybrid Modeling Approaches for Dynamic Structural Biology2024

    • 著者名/発表者名
      Osamu Miyashita
    • 学会等名
      Workshop on "Program for Promoting Researches on the Supercomputer Fugaku”
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] Integrative/Hybrid Modeling Approaches for Dynamic Structural Biology2023

    • 著者名/発表者名
      Osamu Miyashita
    • 学会等名
      “Molecular Movies” International Symposium 2023
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] 構造生物学へのハイブリッドアプローチ: シミュレーションと実験データの融合2023

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] Integrative/Hybrid Modeling Approaches for Dynamic Structural Biology2023

    • 著者名/発表者名
      Osamu Miyashita
    • 学会等名
      Multi-scale Molecular Dynamics Simulation and Machine Learning of Biomolecular Systems
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] XFELを用いた単粒子解析で復元された 分子構造の解像度における分子サイズの影響2023

    • 著者名/発表者名
      中野 美紀、宮下 治、Tama Florence
    • 学会等名
      第36回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] 構造生物学へのハイブリッドアプローチ: シミュレーションと実験データの融合2022

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      物性研短期研究会:理論と実験との密な協働
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] Reconstruction algorithm of low-resolution three-dimensional conformations of biomolecules from atomic force microscopy images2022

    • 著者名/発表者名
      Osamu Miyashita, Bhaskar Dasgupta, and Florence Tama
    • 学会等名
      ACS Spring 2022
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] 3D structural determination of proteins from fluctuation X-ray scattering data2022

    • 著者名/発表者名
      Zhao Wenyang, Miyashita Osamu, Tama Florence
    • 学会等名
      The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] Molecular size effect on the single-particle analysis using X-ray free electron laser2022

    • 著者名/発表者名
      Nakano Miki, Miyashita Osamu, Tama Florence
    • 学会等名
      The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] X線自由電子レーザー単粒子解析を使用した溶液中の金ナノ粒子の三次元構造決定2022

    • 著者名/発表者名
      中野美紀, 宮下治, 城地保昌, 鈴木明大, 西野吉則, and Tama Florence
    • 学会等名
      第35回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] Automated Density Extraction of Isomorphous Difference Map and Occupancy-estimation for Conformer Fitting2022

    • 著者名/発表者名
      Srinivasa Raghavan Sriram, Miyashita Osamu , Tama Florence
    • 学会等名
      The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] 構造生物学へのハイブリッドアプローチ: シミュレーションと実験データの融合2022

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      The 95th Annual Meeting of the Japanese Biochemical Society
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] Automated Density Extraction of Isomorphous Difference map and Occupancy-estimation for Conformer Fitting2022

    • 著者名/発表者名
      Srinivasa Raghavan Sriram, Miyashita Osamu, Tama Florence
    • 学会等名
      令和4年度新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] Molecular size effect on the single-particle 3D structure reconstruction analysis using X-ray free electron laser2022

    • 著者名/発表者名
      Miki Nakano, Osamu Miyashita, and Florence Tama
    • 学会等名
      The 4th R-CCS International Symposium
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] Automated Density Extraction of Isomorphous Difference Map and Occupancy-estimation for Conformer Fitting2022

    • 著者名/発表者名
      Srinivasa Raghavan Sriram, Miyashita Osamu, Tama Florence
    • 学会等名
      Molecular Movies International Symposium 2022
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] Requirement for 3D-reconstruction of biomolecule structure from single particle analysis using X-ray free electron laser diffraction images2021

    • 著者名/発表者名
      M Nakano, F Tama, O Miyashita
    • 学会等名
      The 3rd R-CCS International Symposium
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] Modelling multiple types of three-dimensional hexameric conformations of bacterial heat-shock protein ClpB from low-resolution AFM image2021

    • 著者名/発表者名
      B Dasgupta, O Miyashita, F Tama
    • 学会等名
      The 3rd R-CCS International Symposium
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] Retrieving potential three-dimensional biological shape matches from a small number of two-dimensional single particle XFEL diffraction patterns2021

    • 著者名/発表者名
      S Tiwari, F Tama, O Miyashita
    • 学会等名
      The 3rd R-CCS International Symposium
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] Retrieving potential three-dimensional biological shape matches from a small number of two-dimensional single particle XFEL diffraction patterns2020

    • 著者名/発表者名
      S Tiwari, F Tama, O Miyashita
    • 学会等名
      Protein Society Meeting of Japan
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] Protocol for Assessing the Optimal Pixel Size to Improve the Accuracy of Single-Particle Cryo-Electron Microscopy Maps2020

    • 著者名/発表者名
      O Miyashita, S Tiwari, F Tama
    • 学会等名
      CBI学会2020年大会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] Simulation study of tree dimensional reconstruction of ribosome from Xray free electron laser diffraction patterns2020

    • 著者名/発表者名
      M Nakano, F Tama, O Miyashita
    • 学会等名
      Protein Society Meeting of Japan
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] 構造生物学へのハイブリッドアプローチ: シミュレーションと実験データの融合2020

    • 著者名/発表者名
      O Miyashita
    • 学会等名
      第 1 回ピコバイオロジー研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-20H05453
  • [学会発表] Reconstruction of Low-resolution (Bio) Molecular Structures from Simulated Atomic Force Microscopy Images2020

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      The 1st International Conference on Big Data and Machine Learning in Microscopy
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] Hybrid Approach for Biomolecular Structure Modeling2020

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      2nd R-CCS international symposium
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] Hybrid Structure Modeling of Biomolecules from Cryo-EM Data2019

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] Cryo-cooling effect on DHFR crystal studied by replica-exchange molecular dynamics simulations2019

    • 著者名/発表者名
      Osamu Miyashita
    • 学会等名
      BioXFEL International Conference
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] Hybrid Approach for Structural Biology: Simulation and Experimental Data2019

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      CBI 学会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] XFEL単粒子実験データ解析アルゴリズムの開発2019

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      PCXSS Workshop
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] Hybrid Approach for Structural Biology: Simulation and Experimental Data2019

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      CBI 学会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-19H05781
  • [学会発表] クライオEMデータを活用した生体分子ハイブリッド構造モデリング2019

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      近畿化学協会コンピュータ化学部会 公開講演会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] XFEL単粒子観測実験データ解析アルゴリズムの開発2018

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      放射光学会若手研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] Dynamics hidden within X-ray crystallographic data2018

    • 著者名/発表者名
      Osamu Miyashita
    • 学会等名
      Telluride Workshop: Coarse-Grained Modeling of Structure and Dynamics of Biomacromolecules
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] 構造解析へのハイブリッドアプローチ:電子顕微鏡とX線自由電子レーザーからの実験データの活用2018

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      第 1 回水和ナノ構造研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] 構造解析へのハイブリッドアプローチ:電子顕微鏡とX線結晶解析実験データの活用2018

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      日本結晶学会 2018年度年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] 計算構造生物学による生体超分子構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      クライオ電顕解析における情報解析技術ワークショップ
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] 構造解析へのハイブリッドアプローチ : 電子顕微鏡とX線自由電子レーザーからの実験データの活用2017

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      第4回 大型実験施設とスーパーコンピュータとの連携利用シンポジウム-生体物質のダイナミクス-
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] XFEL単粒子実験データ解析アルゴリズムの開発2017

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      PCXSS Workshop
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] 計算機シミュレーションと実験データの融合利用2017

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      XFEL構造生物ミーティング
    • 発表場所
      SACLA,兵庫県佐用郡
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] Computational Structure Modeling from Cryo-EM Data2017

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      Dynamic Structural Biology Symposium
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] Structure Modeling from Cryo-EM Data using Flexible Fitting Approach2016

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • 発表場所
      つくば国際会議場,茨城県つくば市
    • 年月日
      2016-11-25
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] 電子顕微鏡データを活用した構造解析へのハイブリッドアプローチ2016

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      理研シンポジウム「クライオ電顕に期待すること」
    • 発表場所
      理研横浜,神奈川県横浜市
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [学会発表] Effect of Crystal Packing on Protein Conformations and Dynamics2015

    • 著者名/発表者名
      宮下治
    • 学会等名
      Large-scale biological simulations using supercomputers
    • 発表場所
      理化学研究所計算科学研究機構
    • 年月日
      2015-04-02
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25891031
  • 1.  庄司 光男 (00593550)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 2.  篠田 恵子 (80646951)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 3.  南後 恵理子 (90376947)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  清水 伸隆 (20450934)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 5.  大和田 成起 (90725962)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 6.  TAMA FLORENCE (20648191)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 7.  AHLSTROM Logan
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 8.  中野 美紀
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 9.  杉田 有治
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 10.  内橋 貴之
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 11.  鈴木 明大
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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