小島要 Kojima Kaname

研究者番号	10646988
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 講師
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2017年度 – 2023年度: 東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 講師 2014年度: 東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 講師 2013年度: 東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 助教
審査区分/研究分野	研究代表者小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生命・健康・医療情報学 / 統計科学研究代表者以外小区分53050:皮膚科学関連 / 小区分58030:衛生学および公衆衛生学分野関連:実験系を含まない / 消化器内科学
キーワード	研究代表者深層学習 / 関連解析 / 機序解明 / HLA / AI / アレルギー疾患 / 臨床画像 / 状態空間モデル / 紫外線肌ダメージ / スマートフォン … もっと見る / 皮膚がん / 紫外線曝露 / cycleGAN / pix2pix / 敵対的生成ネットワーク / 紫外線写真 / 色素斑 / 肌ダメージ / 予防医療 / ゲノム解析 / SNPアレイ / ハイスループットシークエンサ / 機械学習 / シークエンスデータ解析 / インピュテーション / ハイスループットシークエンサー / 遺伝子型インピューテーション / マイクロサテライト / 遺伝子発現量定量 / 変異コール / 遺伝子制御ネットワーク / 次世代シークエンサ / 遺伝子発現 / 次世代シークエンサー / エピジェネティクス / 細胞内制御ネットワーク … もっと見る研究代表者以外メラノサイト / GWAS / ゲノムワイド連鎖解析 / 紫外線 / 白斑 / スキンタイプ / Klotho遺伝子 / 遺伝環境因子 / 光干渉断層計(OCT) / アルツハイマー病前臨床期 / 環境因子 / 遺伝因子 / 網膜層厚変化 / 網膜断層画像撮像 / 光干渉断層計 / 網羅的遺伝子発現解析 / 統合解析 / トランスクリプトーム / 分子標的 / 疾患発症経路 / 疾患感受性遺伝子 / ゲノムワイド関連解析 / 原発性胆汁性胆管炎隠す

アレルギー疾患機序解明のためのHLA多型を考慮した解釈可能AIゲノム解析基盤構築研究代表者
- 研究代表者
  
  小島要
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東北大学
紫外線感受性核酸多型に基づく尋常性白斑発症予測プログラムの構築
- 研究代表者
  
  山崎研志
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分53050:皮膚科学関連
- 研究機関
  東北大学
網膜層厚と遺伝環境因子による孤発性晩期発症型アルツハイマー病前臨床期診断法の確立
- 研究代表者
  
  平良摩紀子
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分58030:衛生学および公衆衛生学分野関連:実験系を含まない
- 研究機関
  東北大学
深層学習及び深層状態空間モデルによる紫外線からの肌ダメージ経時変化予測基盤の構築研究代表者
- 研究代表者
  
  小島要
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東北大学
ゲノム情報からのマイクロサテライト統合解析基盤構築による網羅的な疾患関連因子同定研究代表者
- 研究代表者
  
  小島要
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2018
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  東北大学
原発性胆汁性胆管炎の発症と重症化機構解明のためのGWASを基盤とした統合解析
- 研究代表者
  
  中村稔
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2019
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  消化器内科学
- 研究機関
  独立行政法人国立病院機構(長崎医療センター臨床研究センター)
エピゲノム及び遺伝子による細胞内制御ネットワークモデリングと細胞分化機構の解析研究代表者
- 研究代表者
  
  小島要
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2014
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  統計科学
- 研究機関
  東北大学

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すべて雑誌論文学会発表その他

[雑誌論文] Convolutional neural network-based skin image segmentation model to improve classification of skin diseases in conventional and non-standardized picture images2023
- 著者名/発表者名
  Yanagisawa Yuta、Shido Kosuke、Kojima Kaname、Yamasaki Kenshi
- 雑誌名
  
  Journal of Dermatological Science
  
  巻: 109 号: 1 ページ: 30-36
- DOI
  10.1016/j.jdermsci.2023.01.005
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K08422
[雑誌論文] Facial UV photo imaging for skin pigmentation assessment using conditional generative adversarial networks2021
- 著者名/発表者名
  Kojima Kaname、Shido Kosuke、Tamiya Gen、Yamasaki Kenshi、Kinoshita Kengo、Aiba Setsuya
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 11 号: 1 ページ: 1213-1213
- DOI
  10.1038/s41598-020-79995-4
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K12058, KAKENHI-PROJECT-19K08765
[雑誌論文] A genotype imputation method for de-identified haplotype reference information by using recurrent neural network2020
- 著者名/発表者名
  Kojima Kaname、Tadaka Shu、Katsuoka Fumiki、Tamiya Gen、Yamamoto Masayuki、Kinoshita Kengo
- 雑誌名
  
  PLOS Computational Biology
  
  巻: 16 号: 10 ページ: e1008207-e1008207
- DOI
  10.1371/journal.pcbi.1008207
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K12058
[雑誌論文] Population-scale whole genome sequencing identifies 271 highly polymorphic short tandem repeats from Japanese population2018
- 著者名/発表者名
  Hirata, S., Kojima, K., Misawa, K., Gervais, O., Kawai, Y., and Nagasaki, M.
- 雑誌名
  
  Heliyon
  
  巻: 4 号: 5 ページ: 1-19
- DOI
  10.1016/j.heliyon.2018.e00625
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K17590
[雑誌論文] NFKB1 and MANBA Confer Disease Susceptibility to Primary Biliary Cholangitis via Independent Putative Primary Functional Variants.2018
- 著者名/発表者名
  Hitomi Y, Nakatani K, Kojima K, Nishida N, Kawai Y, Kawashima M, Aiba Y, Nagasaki M, Nakamura M, Tokunaga K.
- 雑誌名
  
  Cell Mol Gastroenterol Hepatol
  
  巻: 7 号: 3 ページ: 515-532
- DOI
  10.1016/j.jcmgh.2018.11.006
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K15924, KAKENHI-PLANNED-18H05511, KAKENHI-PROJECT-17H04169, KAKENHI-PROJECT-17H04168, KAKENHI-PROJECT-17K09449
[雑誌論文] Cathepsin Z variants are associated with progression to end-stage hepatic failure in Japanese patients with primary biliary cholangitis.2017
- 著者名/発表者名
  Nishida N, Aiba Y, Kawashima M, Hitomi Y, Kojima K, Komori A, Nagasaki M,Tokunaga K, Nakamura M
- 雑誌名
  
  J Hepatol
  
  巻: 66(1, Suppl)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04169
[雑誌論文] Identification of the functional variant driving ORMDL3 and GSDMB expression in human chromosome 17q12-21 in primary biliary cholangitis2017
- 著者名/発表者名
  Hitomi Yuki、Kojima Kaname、Kawashima Minae、Kawai Yosuke、Nishida Nao、Aiba Yoshihiro、Yasunami Michio、Nagasaki Masao、Nakamura Minoru、Tokunaga Katsushi
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 7 号: 1 ページ: 2904-2904
- DOI
  10.1038/s41598-017-03067-3
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26293076, KAKENHI-PROJECT-17H04169, KAKENHI-PROJECT-15K06908
[雑誌論文] HLA-VBSeq: accurate HLA typing at full resolution from whole-genome sequencing data2015
- 著者名/発表者名
  Naoki Nariai, Kaname Kojima, Sakae Saito, Takahiro Mimori, Yukuto Sato, Yosuke Kawai, Yumi Yamaguchi-Kabata, Jun Yasuda, and Masao Nagasaki
- 雑誌名
  
  BMC Genomics
  
  巻: 16(Suppl 2) ページ: 1-6
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25730011
[雑誌論文] Estimating copy numbers of alleles from population-scale high-throughput sequencing data2015
- 著者名/発表者名
  Takahiro Mimori, Naoki Nariai, Kaname Kojima, Yukuto Sato, Yosuke Kawai, Yumi Yamaguchi-Kabata, and Masao Nagasaki
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 16(Suppl 1) ページ: 1-8
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25730011
[雑誌論文] HapMonster: a statistically unified approach for variant calling and haplotyping based on phase-informative reads2014
- 著者名/発表者名
  Kaname Kojima, Naoki Nariai, Takahiro Mimori, Yumi Yamaguchi-Kabata, Yukuto Sato, Yosuke Kawai, and Masao Nagasaki
- 雑誌名
  
  Lecture Notes in Computer Science
  
  巻: 8542 ページ: 107-118
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25730011
[雑誌論文] TIGAR2: sensitive and accurate estimation of transcript isoform expression with longer RNA-Seq reads2014
- 著者名/発表者名
  Naoki Nariai, Kaname Kojima, Takahiro Mimori, Yukuto Sato, Yosuke Kawai, Yumi Yamaguchi-Kabata, and Masao Nagasaki
- 雑誌名
  
  BMC Genomics
  
  巻: 15(Suppl 9) ページ: 1-9
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25730011
[雑誌論文] SVEM: a structural variant estimation method using multi-mapped reads on breakpoints2014
- 著者名/発表者名
  Tomohiko Ohtsuki, Naoki Nariai, Kaname Kojima, Takahiro Mimori, Yukuto Sato, Yosuke Kawai, Yumi Yamaguchi-Kabata, and Masao Nagasaki
- 雑誌名
  
  Lecture Notes in Computer Science
  
  巻: 8542 ページ: 208-219
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25730011
[雑誌論文] A statistical variant calling approach from pedigree information and local haplotyping with phase informative reads2013
- 著者名/発表者名
  Kaname Kojima, Naoki Nariai, Takahiro Mimori, Mamoru Takahashi, Yumi Yamaguchi-Kabata, Yukuto Sato, and Masao Nagasaki
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 29 (22) 号: 22 ページ: 2835-2843
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btt503
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25730011
[雑誌論文] TIGAR : transcript isoform abundance estimation method with gapped alignment of RNA-Seq data by variational Bayesian inference2013
- 著者名/発表者名
  Naoki Nariai, Osamu Hirose, Kaname Kojima, Masao Nagasaki
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 29 (18) 号: 18 ページ: 2292-2299
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btt381
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24810010, KAKENHI-PROJECT-25730011
[学会発表] 新たなSTR8座位のマルチプレックスPCR法および全ゲノムシークエンスデータ解析によるSTRタイピング2018
- 著者名/発表者名
  平田智士、関谷弥生、小島要、三澤計治、Gervais Olivier、人見祐基、河合洋介、徳永勝士、長﨑正朗
- 学会等名
  日本DNA多型学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K17590
[学会発表] Genome-wide Association Studies Identify PRKCB as A Novel Genetic Susceptibility Locus for Primary Biliary Cholangitis in the Japanese Population.2017
- 著者名/発表者名
  Nakamura M, Kawashima M, Hitomi Y, Aiba Y, Nishida N, Kojima K, Kawai Y, Komori A, Shimoda S, Tanaka A, Nagasaki M, Tokunaga K, PBC consortium in Japan.
- 学会等名
  The 26th Conference of the Asian Pacific Association for the Study of the Liver (APASL 2017).
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04169
[学会発表] GWAS polygenic model approach applied to primary biliary cholangitis (PBC) in a Japanese population.2017
- 著者名/発表者名
  O. Gervais, Ueno K, Kojima K, Aiba Y, Kawashima M, Kawai Y, Hitomi Y, Tokunaga K, Nakamura M, Nagasaki M.
- 学会等名
  ASHG 2017（The 67th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics）
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04169
[学会発表] NELFCD and CTSZ loci are associated with jaundice-stage progression in primary biliary cholangitis in the Japanese population.2017
- 著者名/発表者名
  Kawashima M, Nishida N, Hitomi Y, Kojima K, Kawai Y, Aiba Y, Nakamura H, Nagasaki M, Tokunaga K, Nakamura M.
- 学会等名
  ASHG 2017（The 67th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics）
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04169
[学会発表] Identification of the primary functional variants in primary biliary cholangitis susceptibility gene loci NFKB1/MANBA.2017
- 著者名/発表者名
  Hitomi Y, Nakatani K, Kojima K, Nishida N, Kawai Y, Kawashima M, Aiba Y, Nagasaki M, Nakamura M, Tokunaga K.
- 学会等名
  ASHG 2017（The 67th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics）.
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04169
[学会発表] Statistical methods for analyzing next generation sequencing data2014
- 著者名/発表者名
  Kaname Kojima
- 学会等名
  International Statistical Symposium CSA-KSS-JSS Special Invited Sessions
- 発表場所
  台湾、新竹市、交通大学
- 年月日
  2014-12-06
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25730011
[学会発表] HapMonster: a Statistically Unified Approach for Variant Calling and Haplotyping Based on Phase-informative Reads2014
- 著者名/発表者名
  Kaname Kojima, Naoki Nariai, Takahiro Mimori, Yumi Yamaguchi-Kabata, Yukuto Sato, Yosuke Kawai and Masao Nagasaki
- 学会等名
  1st International Conference on Algorithms for Computational Biology
- 発表場所
  Tarragona, Spain
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25730011
[学会発表] Short tandem repeat number estimation from paired-end sequence reads by considering unobserved genealogy of multiple individuals
- 著者名/発表者名
  Kaname Kojima, Yosuke Kawai, Naoki Nariai, Takahiro Mimori, Takanori Hasegawa, and Masao Nagasaki
- 学会等名
  11th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications
- 発表場所
  アメリカ合衆国、バージニア州ノーフォーク市、オールドドミニオン大学
- 年月日
  2015-06-07 – 2015-06-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25730011
[]
[]
[]

1. 山崎研志 (40294798)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 2件
2. 中村稔 (40217906)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 5件
3. 川嶋実苗 (00396706)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 5件
4. 人見祐基 (10525819)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 6件
5. 下田慎治 (30279319)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
6. 安波道郎 (80244127)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
7. 平良摩紀子 (60792140)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 布施昇男 (10302134)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 川崎良 (70301067)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 三木篤也 (30437404)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 田高周 (60815463)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 元池育子 (70347178)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 広瀬修

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
14. 川合覚

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

小島 要 Kojima Kaname

研究課題

研究成果

共同研究者

アレルギー疾患機序解明のためのHLA多型を考慮した解釈可能AIゲノム解析基盤構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

紫外線感受性核酸多型に基づく尋常性白斑発症予測プログラムの構築

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

網膜層厚と遺伝環境因子による孤発性晩期発症型アルツハイマー病前臨床期診断法の確立

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

深層学習及び深層状態空間モデルによる紫外線からの肌ダメージ経時変化予測基盤の構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ゲノム情報からのマイクロサテライト統合解析基盤構築による網羅的な疾患関連因子同定研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

原発性胆汁性胆管炎の発症と重症化機構解明のためのGWASを基盤とした統合解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

エピゲノム及び遺伝子による細胞内制御ネットワークモデリングと細胞分化機構の解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Convolutional neural network-based skin image segmentation model to improve classification of skin diseases in conventional and non-standardized picture images2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Facial UV photo imaging for skin pigmentation assessment using conditional generative adversarial networks2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] A genotype imputation method for de-identified haplotype reference information by using recurrent neural network2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Population-scale whole genome sequencing identifies 271 highly polymorphic short tandem repeats from Japanese population2018

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] NFKB1 and MANBA Confer Disease Susceptibility to Primary Biliary Cholangitis via Independent Putative Primary Functional Variants.2018

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Cathepsin Z variants are associated with progression to end-stage hepatic failure in Japanese patients with primary biliary cholangitis.2017

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Identification of the functional variant driving ORMDL3 and GSDMB expression in human chromosome 17q12-21 in primary biliary cholangitis2017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

小島要 Kojima Kaname