清水健太郎 Shimizu Kentaro

研究者番号	10742629
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 横浜市立大学, 木原生物学研究所, 客員教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2016年度 – 2024年度: 横浜市立大学, 木原生物学研究所, 客員教授 2016年度: チューリッヒ大学, 進化生物環境学研究所, 教授
審査区分/研究分野	研究代表者小区分39010:遺伝育種科学関連 / 学術変革領域研究区分(Ⅰ) / 学術変革領域研究区分(Ⅲ) 研究代表者以外学術変革領域研究区分(Ⅲ) / 応用生物化学 / 生物系
キーワード	研究代表者ゲノム / トランスクリプトーム / 機械学習 / 遺伝子発現 / RNA-seq / 倍数体 / 東アジア / パンコムギ / ゲノム解析 / 文化の伝播 … もっと見る / コムギ / 集団史 / 不和合性 / 自殖 / ゲノム重複 / 植物生殖 / 植物 … もっと見る研究代表者以外ゲノム / 異分野技術融合 / 国際活動支援 / 異分野コア技術群支援 / ゲノム動態 / 繁殖適応戦略 / 両性花 / シロイヌナズナ / 全ゲノム関連解析 / 有性生殖 / 植物 / 発現解析 / GWAS / バイオインフォマティクス / ハイブリッドゲノム / 遺伝子発現量 / 交雑 / 機械学習 / 遺伝子発現 / 異質倍数体 / ハイブリッド隠す

植物の挑戦的な繁殖適応戦略を駆動する両性花とその可塑性を支えるゲノム動態
- 研究代表者
  
  赤木剛士
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2026
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅲ)
- 研究機関
  岡山大学
受粉時における自殖性と他殖性の質的・量的バランスを制御する分子機構と選択圧研究代表者
- 研究代表者
  
  清水健太郎
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2026
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅲ)
- 研究機関
  横浜市立大学
パンコムギの品種間シス制御の違いを利用した新規対立遺伝子の単離研究代表者
- 研究代表者
  
  清水健太郎
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分39010:遺伝育種科学関連
- 研究機関
  横浜市立大学
ゲノム科学と考古学の統合による東アジアのムギ類の伝播と高地適応の解明研究代表者
- 研究代表者
  
  清水健太郎
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2022
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅰ)
- 研究機関
  横浜市立大学
季節性のない熱帯雨林での時系列トランスクリプトームによる環境認識・記憶の解析研究代表者
- 研究代表者
  
  清水健太郎
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2019
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 研究機関
  横浜市立大学
ハイブリッド新種ゲノムが有するオミクス適応能の包括的な解析
- 研究代表者
  
  瀬々潤
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2020
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  株式会社ヒューマノーム研究所
   国立研究開発法人産業技術総合研究所
植物の有性生殖における雌雄ゲノム相互作用の全ゲノム関連解析
- 研究代表者
  
  高山誠司
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2016
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  応用生物化学
- 研究機関
  東京大学
   奈良先端科学技術大学院大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017 2016

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Small RNA-regulated dominance among polyploid subgenomes supports Haldane's sieve in evolution of self-compatibility.2023
- 著者名/発表者名
  Yew, C.-L., Tsuchimatsu, T., Shimizu-Inatsugi, R., Yasuda, S., Hatakeyama, M., Kakui, H., Ohta, T., Suwabe, K., Watanabe, M., Takayama, S., Shimizu, K. K.
- 雑誌名
  
  Nature Commun.
  
  巻: 14 号: 1 ページ: 7618-7618
- DOI
  10.1038/s41467-023-43275-2
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18058, KAKENHI-PROJECT-22K21352, KAKENHI-PROJECT-23K23582, KAKENHI-PROJECT-21H05030, KAKENHI-PROJECT-20H02956
[雑誌論文] Targeted single-cell gene induction by optimizing the dually regulated CRE/loxP system by a newly defined heat-shock promoter and the steroid hormone in Arabidopsis thaliana2023
- 著者名/発表者名
  Takumi Tomoi, Toshiaki Tameshige, Eriko Betsuyaku, Saki Hamada, Joe Sakamoto, Naoyuki Uchida, Keiko U Torii, Kentaro K Shimizu, Yosuke Tamada, Hiroko Urawa, Kiyotaka Okada, Hiroo Fukuda, Kiyoshi Tatematsu, Yasuhiro Kamei, Shigeyuki Betsuyaku
- 雑誌名
  
  Frontiers in Plant Science
  
  巻: in press ページ: 1171531-1171531
- DOI
  10.3389/fpls.2023.1171531
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H02586, KAKENHI-PROJECT-20K20303, KAKENHI-PROJECT-21K19250, KAKENHI-PROJECT-22K05586, KAKENHI-PROJECT-23K23582, KAKENHI-PLANNED-23H03847, KAKENHI-PROJECT-20H05702, KAKENHI-PROJECT-21H02500, KAKENHI-PROJECT-23K26510
[雑誌論文] UV RESISTANCE LOCUS 8-Mediated UV-B Response Is Required Alongside CRYPTOCHROME 1 for Plant Survival in Sunlight under Field Conditions2023
- 著者名/発表者名
  Stockenhuber Reinhold、Akiyama Reiko、Tissot Nicolas、Milosavljevic Stefan、Yamazaki Misako、Wyler Michele、Arongaus Adriana B、Podolec Roman、Sato Yasuhiro、Widmer Alex、Ulm Roman、Shimizu Kentaro K
- 雑誌名
  
  Plant And Cell Physiology
  
  巻: 65 号: 1 ページ: 35-48
- DOI
  10.1093/pcp/pcad113
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[雑誌論文] Detecting frequency-dependent selection through the effects of genotype similarity on fitness components2023
- 著者名/発表者名
  Sato Yasuhiro、Takahashi Yuma、Xu Chongmeng、Shimizu Kentaro K
- 雑誌名
  
  Evolution
  
  巻: 77 号: 4 ページ: 1145-1157
- DOI
  10.1093/evolut/qpad028
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22H05179, KAKENHI-PROJECT-20K15880
[雑誌論文] Utility of commercial high‐resolution satellite imagery for monitoring general flowering in Sarawak, Borneo2023
- 著者名/発表者名
  Miura Tomoaki、Tokumoto Yuji、Nagai Shin、Shimizu Kentaro K.、Pungga Runi Anak Sylvester、Ichie Tomoaki
- 雑誌名
  
  Ecological Research
  
  巻: Early View 号: 3 ページ: 386-402
- DOI
  10.1111/1440-1703.12382
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K12352, KAKENHI-PLANNED-22H05179
[雑誌論文] A low-coverage 3′ RNA-seq to detect homeolog expression in polyploid wheat2023
- 著者名/発表者名
  Sun Jianqiang、Okada Moeko、Tameshige Toshiaki、Shimizu-Inatsugi Rie、Akiyama Reiko、Nagano Atsushi?J、Sese Jun、Shimizu Kentaro?K
- 雑誌名
  
  NAR Genomics and Bioinformatics
  
  巻: 5 号: 3
- DOI
  10.1093/nargab/lqad067
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K18156, KAKENHI-PROJECT-22K05586, KAKENHI-PROJECT-23K23582, KAKENHI-PROJECT-23H00386
[雑誌論文] Seasonal pigment fluctuation in diploid and polyploid Arabidopsis revealed by machine learning-based phenotyping method PlantServation2023
- 著者名/発表者名
  Akiyama Reiko、Goto Takao、Tameshige Toshiaki、Sugisaka Jiro、Kuroki Ken、Sun Jianqiang、Akita Junichi、Hatakeyama Masaomi、Kudoh Hiroshi、Kenta Tanaka、Tonouchi Aya、Shimahara Yuki、Sese Jun、Kutsuna Natsumaro、Shimizu-Inatsugi Rie、Shimizu Kentaro K.
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 14 号: 1 ページ: 5792-5792
- DOI
  10.1038/s41467-023-41260-3
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K21352, KAKENHI-PROJECT-22K05586, KAKENHI-PROJECT-23K23582, KAKENHI-PROJECT-21H04977
[雑誌論文] A global analysis of matches and mismatches between human genetic and linguistic histories2022
- 著者名/発表者名
  Barbieri Chiara、Blasi Dami?n E.、Arango-Isaza Epifan?a、Sotiropoulos Alexandros G.、Hammarstr?m Harald、Wichmann S?ren、Greenhill Simon J.、Gray Russell D.、Forkel Robert、Bickel Balthasar、Shimizu Kentaro K.
- 雑誌名
  
  Proceedings of the National Academy of Sciences
  
  巻: 119 号: 47
- DOI
  10.1073/pnas.2122084119
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21H05366
[雑誌論文] Global genomic analyses of wheat powdery mildew reveal association of pathogen spread with historical human migration and trade2022
- 著者名/発表者名
  Sotiropoulos、Arango-Isaza、Ban、Barbieri 、Bourras 、Cowger 、Czembor、Ben-David、Dinoor、Ellwood、Graf、Hatta、Helguera、Sanchez-Martin、McDonald, Morgounov、Muller、Shamanin、Shimizu、Yoshihira、Zbinden、Keller、Wicker
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 13 号: 1 ページ: 4315-4315
- DOI
  10.1038/s41467-022-31975-0
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21H05366
[雑誌論文] Polyploidy before and after domestication of crop species2022
- 著者名/発表者名
  Akagi Takashi、Jung Katharina、Masuda Kanae、Shimizu Kentaro K.
- 雑誌名
  
  Current Opinion in Plant Biology
  
  巻: 69 ページ: 102255-102255
- DOI
  10.1016/j.pbi.2022.102255
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22H05173, KAKENHI-PLANNED-22H05179, KAKENHI-PUBLICLY-21H05366, KAKENHI-PROJECT-23K23582
[雑誌論文] Robustness and the generalist niche of polyploid species: Genome shock or gradual evolution?2022
- 著者名/発表者名
  Shimizu Kentaro K.
- 雑誌名
  
  Current Opinion in Plant Biology
  
  巻: 69 ページ: 102292-102292
- DOI
  10.1016/j.pbi.2022.102292
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22H05179, KAKENHI-PROJECT-23K23582
[雑誌論文] ARPEGGIO: Automated Reproducible Polyploid EpiGenetic GuIdance workflOw2021
- 著者名/発表者名
  Milosavljevic Stefan、Kuo Tony、Decarli Samuele、Mohn Lucas、Sese Jun、Shimizu Kentaro K.、Shimizu-Inatsugi Rie、Robinson Mark D.
- 雑誌名
  
  BMC Genomics
  
  巻: 22 号: 1 ページ: 547-547
- DOI
  10.1186/s12864-021-07845-2
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469
[雑誌論文] The genome of Shorea leprosula (Dipterocarpaceae) highlights the ecological relevance of drought in aseasonal tropical rainforests2021
- 著者名/発表者名
  Ng Kevin Siong、Kobayashi MJ.、Fawcett JA.、Hatakeyama M、Paape T、Ng CH、Ang CC、Tnah LH、Lee CT、Nishiyama T、Sese J、O’Brien MJ.、Copetti D、Isa Mohd NM、Ong RC、Putra M、Siregar IZ.、Indrioko S、Kosugi Y、Izuno A、Isagi Y、Lee SL, Shimizu KK.
- 雑誌名
  
  Communications Biology
  
  巻: 4 号: 1 ページ: 1166-1166
- DOI
  10.1038/s42003-021-02682-1
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469, KAKENHI-PLANNED-21H05314
[雑誌論文] Plant trichomes and a single gene GLABRA1 contribute to insect community composition on field-grown Arabidopsis thaliana2019
- 著者名/発表者名
  Sato Yasuhiro、Shimizu-Inatsugi Rie、Yamazaki Misako、Shimizu Kentaro K.*、Nagano Atsushi J.* (co-corresponding)
- 雑誌名
  
  BMC Plant Biology
  
  巻: 19 号: 1 ページ: 163-163
- DOI
  10.1186/s12870-019-1705-2
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-18H04785
[雑誌論文] Transcriptional Variation in Glucosinolate Biosynthetic Genes and Inducible Responses to Aphid Herbivory on Field-Grown Arabidopsis thaliana2019
- 著者名/発表者名
  Sato Yasuhiro、Tezuka Ayumi、Kashima Makoto、Deguchi Ayumi、Shimizu-Inatsugi Rie、Yamazaki Misako、Shimizu Kentaro K.*、Nagano Atsushi J.* (co-corresponding)
- 雑誌名
  
  Frontiers in Genetics
  
  巻: 10 ページ: 1-1
- DOI
  10.3389/fgene.2019.00787
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-18H04785
[雑誌論文] Patterns of polymorphism and selection in the subgenomes of the allopolyploid Arabidopsis kamchatica2018
- 著者名/発表者名
  Paape Timothy、Briskine Roman V.、Halstead-Nussloch Gwyneth、Lischer Heidi E. L.、Shimizu-Inatsugi Rie、Hatakeyama Masaomi、Tanaka Kenta、Nishiyama Tomoaki、Sabirov Renat、Sese Jun、Shimizu Kentaro K.
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 9 号: 1 ページ: 3909-3909
- DOI
  10.1038/s41467-018-06108-1
- NAID
  120007128243
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-INTERNATIONAL-16K21727, KAKENHI-ORGANIZER-16H06464, KAKENHI-PLANNED-16H06469
[雑誌論文] Homeolog expression quantification methods for allopolyploids2018
- 著者名/発表者名
  Kuo Tony C Y、Hatakeyama Masaomi、Tameshige Toshiaki、Shimizu Kentaro K、Sese Jun
- 雑誌名
  
  Briefings in Bioinformatics
  
  巻: bby121 号: 2 ページ: 395-407
- DOI
  10.1093/bib/bby121
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-16H06464, KAKENHI-PLANNED-16H06469, KAKENHI-PROJECT-17H06990, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Molecular basis of flowering under natural long-day conditions in Arabidopsis2018
- 著者名/発表者名
  Young Hun Song, Akane Kubota, Michael S. Kwon, Michael F. Covington, Nayoung Lee, Ella R. Taagen, Dianne Laboy Cintrテウn, Dae Yeon Hwang, Reiko Akiyama, Sarah K. Hodge, He Huang, Nhu H. Nguyen, Dmitri A. Nusinow, Andrew J. Millar, Kentaro K. Shimizu & Takato Imaizumi
- 雑誌名
  
  Nature Plants
  
  巻: 4 号: 10 ページ: 824-835
- DOI
  10.1038/s41477-018-0253-3
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469, KAKENHI-PUBLICLY-18H04785
[雑誌論文] Agrobacterium-mediated floral dip transformation of the model polyploid species Arabidopsis kamchatica2017
- 著者名/発表者名
  Yew C-L, Kakui H, Shimizu KK
- 雑誌名
  
  J Plant Res
  
  巻: 9 ページ: 1-10
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469
[雑誌論文] Multiple hybrid de novo genome assembly of finger millet, an orphan allotetraploid crop2017
- 著者名/発表者名
  Hatakeyama M, Aluri S, Balachadran M, Sivarajan S R, Patrignani Andrea、Gr?ter Simon、Poveda Lucy、Shimizu-Inatsugi Rie、Baeten John、Francoijs Kees-Jan、Nataraja Karaba N、Reddy Yellodu AN, Phadnis S, Ravikumar RL, Schlapbach R, Sreeman SM, Shimizu KK
- 雑誌名
  
  DNA Research
  
  巻: 25 号: 1 ページ: 39-47
- DOI
  10.1093/dnares/dsx036
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469
[雑誌論文] Cost-Effective Discovery of Nucleotide Polymorphisms in Populations of an Allopolyploid Species Using Pool-Seq.2017
- 著者名/発表者名
  Hirao AS, Onda Y, Shimizu-Inatsugi R, Sese J, Shimizu KK, Kenta T
- 雑誌名
  
  American Journal of Molecular Biology
  
  巻: 7 ページ: 1046-1053
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469
[雑誌論文] The population genomic signature of environmental association and gene flow in an ecologically divergent tree species Metrosideros polymorpha (Myrtaceae)2017
- 著者名/発表者名
  Izuno A,Kitayama K, Onoda Y, Tsuji Y,Hatakeyama M, Nagano AJ, Honjo MN, Shimizu-Inatsugi R, Kudoh H, Shimizu KK, Isagi Y
- 雑誌名
  
  Molecular Ecology
  
  巻: 26 号: 6 ページ: 1515-1532
- DOI
  10.1111/mec.14016
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469, KAKENHI-PROJECT-26711025, KAKENHI-PROJECT-15KK0255, KAKENHI-PROJECT-26221106, KAKENHI-ORGANIZER-16H06464
[雑誌論文] Genome assembly and annotation of Arabidopsis halleri, a model for heavy metal hyperaccumulation and evolutionary ecology2017
- 著者名/発表者名
  Briskine RV, Paape T, Shimizu-Inatsugi R, Nishiyama T, Akama S, Sese J, Shimizu KK
- 雑誌名
  
  Molecular Ecology Resources
  
  巻: 未定号: 5 ページ: 1025-1036
- DOI
  10.1111/1755-0998.12604
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469
[雑誌論文] The population genomic signature of environmental association and gene flow in an ecologically divergent tree species Metrosideros polymorpha (Myrtaceae).2017
- 著者名/発表者名
  Izuno A, Kitayama K, Onoda Y, Tsujii Y, Hatakeyama M, Nagano AJ, Honjo MN, Shimizu-Inatsugi R, Kudoh H, Shimizu KK, Isagi Y
- 雑誌名
  
  Mol Ecol
  
  巻: 26 ページ: 1515-1532
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469
[雑誌論文] Reference-guided de novo assembly approach improves genome reconstruction for related species2017
- 著者名/発表者名
  Lischer HEL, Shimizu KK
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 18 ページ: 474-474
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469
[雑誌論文] Genetic diversity of two tropical tree species of the Dipterocarpaceae following logging and restoration in Borneo: high genetic diversity in plots with high species diversity2017
- 著者名/発表者名
  Ang CC, O’brien MJ, Ng KKS, Lee PC, Hector A, Schmid B, Shimizu KK
- 雑誌名
  
  Plant Ecology & Diversity
  
  巻: 9 号: 5-6 ページ: 459-469
- DOI
  10.1080/17550874.2016.1270363
- 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469
[雑誌論文] Positional bias in variant calls against draft reference assemblies2017
- 著者名/発表者名
  Briskine RV, Shimizu KK
- 雑誌名
  
  BMC Genomics
  
  巻: 18 号: 1 ページ: 263-263
- DOI
  10.1186/s12864-017-3637-2
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469
[雑誌論文] Plant adaptive radiation mediated by polyploid plasticity in transcriptomes2017
- 著者名/発表者名
  Shimizu-Inatsugi R, Terada A, Hirose K, Kudos H, Sese J, Shimizu KK
- 雑誌名
  
  Molecular Ecology
  
  巻: 26 号: 1 ページ: 193-207
- DOI
  10.1111/mec.13738
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469
[雑誌論文] Sequencing of the genus Arabidopsis identifies a complex history of nonbifurcating speciation and abundant trans-specific polymorphism2016
- 著者名/発表者名
  Novikova PY, Hohmann N, Nizhynska V, Tsuchimatsu T, Ali J, Muir G, Guggisberg A, Paape T, Schmid K, Fedorenko OM, Holm S, Sll T, Schltterer C, Marhold K, Widmer A, Sese J, Shimizu KK, Weigel D, Krmer U, Koch MA, Nordborg M
- 雑誌名
  
  Nature Genetics
  
  巻: 48 号: 9 ページ: 1077-1082
- DOI
  10.1038/ng.3617
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469, KAKENHI-PROJECT-15K18583
[雑誌論文] Conserved but Attenuated Parental Gene Expression in Allopolyploids: Constitutive Zinc Hyperaccumulation in the Allotetraploid Arabidopsis kamchatica2016
- 著者名/発表者名
  Paape T, Hatakeyama M, Shimizu-Inatsugi R, Cereghetti T, Onda Y, Kenta T, Sees J, Shimizu KK
- 雑誌名
  
  Molecular biology and evolution
  
  巻: 33 号: 11 ページ: 2781-2800
- DOI
  10.1093/molbev/msw141
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469, KAKENHI-PROJECT-15H02670
[学会発表] Effects of Allopolyploidization on Homoeologous Gene Expression under Cold Treatment in Synthetic Hexaploid Wheat2024
- 著者名/発表者名
  Moeko Okada, Jianquiang Sun, Toshiaki Tameshige, Masaomi Hatakeyama, Rie Shimizu-Inatsugi, Shigeo Takumi, Jun Sese, Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  KAAB international symposium, Niigata, 2024-03-26
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] Robustness of polyploid species in natura studied by genomics and machine learning2023
- 著者名/発表者名
  Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  Joint Kickoff Symposium for Key-Molecule-Network in Plant Reproduction (KEPLR) and CRISPit, Tokyo, Japan, 2023-06-04
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] コムギの栽培化に伴って花粉数は変わるのか？2023
- 著者名/発表者名
  角井宏行, Naoto-Benjamin Hamaya, 岡田萌子, Katharina Jung, 聶紀魯, Thomas Wicker, Beat Keller, 清水健太郎, 那須田周平
- 学会等名
  第18回ムギ類研究会，滋賀 2023-12-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] Robustness of polyploid species: evolutionary genomic studies using Arabidopsis kamchatica and wheat2023
- 著者名/発表者名
  Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  Symposium Genome duplication at the intersection of biodiversity and crop sciences, Fribourg, Switzerland, 10.07.2023
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] Pairing homoeologous 2欠失変異体を利用したパンコムギへの異種染色体断片導入2023
- 著者名/発表者名
  田渕雅啓, 岡田萌子, 道川麻美, 井上喜博, 西村和紗, 水野信之, 清水健太郎, 小林史典, 宅見薫雄, 吉田健太郎
- 学会等名
  日本育種学会第144回講演会, 神戸大学, 2023-09-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] Robustness of allopolyploid species in natura: genome shock or gradual evolution?2023
- 著者名/発表者名
  Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  Polyploidy 2023, Palm Coast, Florida, USA, 2023-05-10
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] Effects of allopolyploidization on homoeologous gene expression changes and environmental response in hexaploid wheat.2023
- 著者名/発表者名
  Moeko Okada, J. Sun, T. Tameshige, M. Hatakeyama, R. Shimizu-Inatsugi, S. Takumi, J. Sese, K. K. Shimizu
- 学会等名
  Plant and Animal Genome Conference 30, San Diego, USA, 2023-01-16
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] Effects of allopolyploidization on homoeologous gene expression changes and environmental response in hexaploid wheat2023
- 著者名/発表者名
  Moeko Okada, Jianqiang Sun, Toshiaki Tameshige, Masaomi Hatakeyama, Rie Shimizu-Inatsugi, Shigeo Takumi, Jun Sese, Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  30th Plant and Animal Genome Conference
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22H05179
[学会発表] 異質倍数体化が相同遺伝子発現パターンに及ぼす影響2023
- 著者名/発表者名
  岡田萌子, 孫建強、爲重才覚、畠山剛臣、清水(稲継)理恵、宅見薫雄、瀬々潤、清水健太郎
- 学会等名
  第18回ムギ類研究会，滋賀 2023-12-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] 大規模トランスクリプトームから見た野外環境下におけるパンコムギの季節性遺伝子発現2023
- 著者名/発表者名
  Toshiaki Tameshige, Jianqiang Sun, Reiko Akiyama, Jiro Sugisaka, Yoko Kamiya, Atsushi Nagano, Rie Shimizu-Inatsugi, Jun Sese, Kentaro Shimizu
- 学会等名
  日本植物学会第87回大会，札幌 2023-09-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] Unravelling the Genetic Architecture of Male Reproductive Traits in Asian Bread Wheat (Triticum aestivum L.).2023
- 著者名/発表者名
  Naoto-Benjamin Hamaya, Hiroyuki Kakui, Jilu Nie, Moeko Okada, Thomas Wicker, Beat Keller, Shuhei Nasuda, Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  30th Plant and Animal Genome Conference
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22H05179
[学会発表] Unravelling the Genetic Architecture of Male Reproductive Traits in Asian Bread Wheat (Triticum aestivum L.)2023
- 著者名/発表者名
  Naoto-Benjamin Hamaya, Hiroyuki Kakui, Jilu Nie, Moeko Okada, Thomas Wicker, Beat Keller, Shuhei Nasuda, Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  30th Plant and Animal Genome Conference, San Diego, USA. 2023/1/13-18
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] パンコムギの気孔密度多様性とパターン形成理論2023
- 著者名/発表者名
  爲重才覚・杉阪次郎・竹中祥太朗・黒木健・新田みゆき・那須田周平・清水健太郎
- 学会等名
  第18回ムギ類研究会，滋賀 2023-12-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] Environmental robustness of Arabidopsis allopolyploid species2023
- 著者名/発表者名
  Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  第46回日本分子生物学会、神戸・zoom 2023-11-20
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] コムギ NAM 集団の茎立ち期における UAV によるハイスループットフェノタイピングおよび UAV から得られた形質と収量関連形質との関連2023
- 著者名/発表者名
  吉岡俊輔, 黒木健, 新田みゆき, 聶紀魯, 石井昌範, 角井宏行, 岡田萌子, 竹中祥太郎, 清水健太郎, 岩田洋佳, 郭威, 那須田周平
- 学会等名
  日本育種学会第144回講演会, 神戸大学, 2023-09-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] Time-series field phenotyping system PlantServation using machine learning revealed seasonal pigment fluctuation trends in diploid and polyploid Arabidopsis2023
- 著者名/発表者名
  Toshiaki Tameshige, Reiko Akiyama, Takao Goto, Jiro Sugisaka, Ken Kuroki, Jianqiang Sun, Junichi Akita, Masaomi Hatakeyama, Hiroshi Kudoh, Tanaka Kenta, Aya Tonouchi, Yuki Shimahara, Jun Sese, Natsumaro Kutsuna, Rie Shimizu-Inatsugi, Kentaro K Shimizu
- 学会等名
  The 33rd International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2023), Chiba, Japan, 2023-06-07
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] Effects of allopolyploidization on homoeologous gene expression changes and environmental response in hexaploid wheat2023
- 著者名/発表者名
  Moeko Okada, Jianqiang Sun, Toshiaki Tameshige, Masaomi Hatakeyama, Rie Shimizu-Inatsugi, Shigeo Takumi, Jun Sese, Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  30th Plant and Animal Genome Conference, San Diego, USA. 2023/1/13-18
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] RNA-seq-based bulked segregant analysis of the causal U-genome gene for hybrid incompatibility between tetraploid wheat and wild wheat relative Aegilops umbellulata2022
- 著者名/発表者名
  Moeko Okada, Kentaro Yoshida, Kentaro K. Shimizu, Shigeo Takumi
- 学会等名
  The 26th International Conference on Sexual Plant Reproduction, Prague, Czech Republic, 2022-06-21
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] 倍数体種の頑健性2022
- 著者名/発表者名
  清水健太郎
- 学会等名
  第141回育種学会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21H05366
[学会発表] Polyploid Arabidopsis inherit parental traits in natura as shown by deep-learning and soil analyses2022
- 著者名/発表者名
  Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  Congress of the European Society for Evolutionary Biology, Prague, Czech, 2022-08-19
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] パンコムギのnested association mapping (NAM)集団のGRAS-Diマーカーによるコンセンサスマップの構築2022
- 著者名/発表者名
  聶紀魯・新田みゆき・竹中祥太朗・岡田萌子・清水健太郎・那須田周平
- 学会等名
  第17回ムギ類研究会、つくば、2022-12-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] Aegilops umbellulata Zhuk. で観察されたうどんこ病菌に対する侵入後抵抗性の遺伝解析2022
- 著者名/発表者名
  河村凌, 岡田萌子, 小村翔也, 清水健太郎, 西村和紗, 井上喜博, 吉田健太郎
- 学会等名
  第17回ムギ類研究会，茨城 2022-12-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] Identification and analysis of candidate genes regulating pollen number in A. thaliana2022
- 著者名/発表者名
  Naoto-Benjamin Hamaya, Hiroyuki Kakui, Afif Hedhly, Ana Marcela Florez-Rueda, Masaomi Hatakeyama, Misako Yamazaki, Ueli Grossniklaus, Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  26th International Conference on Sexual Plant Reproduction
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22H05179
[学会発表] Pollen number is regulated by REDUCED POLLEN NUMBER1 encoding ribosome assembly factor and is characterized by an enriched selection signal among traits related to selfing syndrome in Arabidopsis thaliana2022
- 著者名/発表者名
  Kentaro K. Shimizu, Hiroyuki Kakui, Takashi Tsuchimatsu, Misako Yamazaki, Masaomi Hatakeyama, Lucas Mohn, Thomas Stテ、dler, Michael Lenhard, Magnus Nordborg
- 学会等名
  26th International Conference on Sexual Plant Reproduction
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22H05179
[学会発表] Polyploid Arabidopsis inherit parental traits in natura as shown by deep-learning and soil analyses2022
- 著者名/発表者名
  Kentaro Shimizu, Reiko Akiyama, Takao Goto, Toshiaki Tameshige, Ken Kuroki, Jiro Sugisaka, Tim Paape, Gwyneth Halstead-Nussloch, Jianqiang Sun, Aya Tonouchi, Yuki Shimahara, Hiroshi Kuodh, Tanaka Kenta, Junichi Akita, Jun Sese, Rie Shimizu-Inatsugi, Natsumaro Kutsuna
- 学会等名
  Congress of the European Society for Evolutionary Biology
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22H05179
[学会発表] Machine learning of image and transcriptome data of Arabidopsis and wheat polyploid plants in natura2022
- 著者名/発表者名
  Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  SwissPLANT 2022, Meiringen, Switzerland, 2022-06-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K23582
[学会発表] RNA-seq-based bulked segregant analysis of the causal U-genome gene for hybrid incompatibility between tetraploid wheat and wild wheat relative Aegilops umbellulat2022
- 著者名/発表者名
  Moeko Okada, Kentaro Yoshida, Kentato K. Shimizu, Shigeo Takumi.
- 学会等名
  26th International Conference on Sexual Plant Reproduction
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22H05179
[学会発表] A global analysis of matches and mismatches between human genetic and linguistic histories by assemblying the "GELATO" database2022
- 著者名/発表者名
  Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  Joint Conference on Language Evolution
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21H05366
[学会発表] Brassica rapaの系統間一側性不和合性を支配するUI遺伝子座のゲノム構造比較解析2022
- 著者名/発表者名
  高田美信, 清水元樹, 鈴木剛, 渡辺正夫
- 学会等名
  第17回東北育種研究集会
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22H05179
[学会発表] Wheat2022
- 著者名/発表者名
  Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  ILCAA Joint Research Project "Studies in Asian and African Geolinguistics"
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21H05366
[学会発表] Time-course image analysis of Arabidopsis thaliana and its wild relatives in fluctuating field conditions using machine learning2021
- 著者名/発表者名
  Reiko Akiyama, Takao Goto, Toshiaki Tameshige, Jiro Sugisaka, Rie Shimizu-Inatsugi, Jianqiang Sun, Junichi Akita, Natsumaro Kutsuna, Jun Sese, Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  Patterns in Nature and Plant Sciences; PSC SYMPOSIUM 2021
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469
[学会発表] Effects of rainfall exclusion on tropical emergent tree in Southeast Asian tropics2020
- 著者名/発表者名
  Yuji Tokumoto, Masaki J Kobayashi, Masaomi Hatakeyama, Yuta Inoue, Yayoi Takeuchi, Bibian Anak Michael Diway, Daisuke Todaka, Tomonori Kume, Tomo'omi Kumagai, Tomoaki Ichie, Tohru Nakashizuka, Michiko Nakagawa, Shoko Sakai, Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  World Biodiversity Forum 2020, Davos Congress Centre, Davos, Switzerland
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-18H04785
[学会発表] Comparative molecular phenology of tropical plants in South-easi Asia2020
- 著者名/発表者名
  Chongmeng Xu, Yuji Tokumoto, Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  World Biodiversity Forum 2020, Davos Congress Centre, Davos, Switzerland
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-18H04785
[学会発表] Genomics for global change studies2019
- 著者名/発表者名
  Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  Global Change and Biodiversity: Integrating the impact of earth and world drivers across scales, Monte Verita, Switzerland
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-18H04785
[学会発表] Gene functions in natura - approaches using machine learning and mutants to analyze phenome, transcriptome and ecological data in naturally fluctuating environments2018
- 著者名/発表者名
  Kentaro K. Shimizu
- 学会等名
  The 41th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan, Yokoham
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-18H04785
[学会発表] A single dominant mutateon conferred self-compatibility in allotetraploid Arabidopsis kamchatica2017
- 著者名/発表者名
  Yew C.L., Tsuchimatsu T., Shimizu-Inatsugi R., Shimizu K.K.
- 学会等名
  Zurich-Basel Plant Science Center PSC symposium,
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469
[学会発表] Multiple hybrid de novo genome assembly of finger millet2017
- 著者名/発表者名
  Hatakeyama M., Aluri S., Patrignani A., Grter S., Poveda L., Schlapbach R., Shimizu-Inatsugi R., Shimizu K.K., Baeten J.B., Francoijs K.-J., Balachadran M.T., Sivarajan SR, Nataraja K.N., Ravikumar R.L., Reddy Y.A.N., Sreeman SM
- 学会等名
  Zurich-Basel Plant Science Center PSC symposium
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469
[学会発表] A dominant mutation conferred self-compatibility in allotetraploid A.kamuchatica2017
- 著者名/発表者名
  Yew C.L., Tsuchimatsu T., Shimizu-Inatsugi R., Shimizu K.K.
- 学会等名
  Symposium on “Detecting the Genomic Signal of Polygenic Adaptation and the Role of Epistasis in Evolution”
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469
[学会発表] Identification of a gene controlling pollen number by a GWAS and CRISPR mutants2017
- 著者名/発表者名
  Kakui H., Tsuchimatsu T., Yamazaki M., Marona C., Tsutsui H., Hedhly A., Meng D., Sato Y., Stadler T., Grossniklaus U., Kanaoka M., Lenhard M., Nordborg M., Shimizu K
- 学会等名
  Symposium on “Detecting the Genomic Signal of Polygenic Adaptation and the Role of Epistasis in Evolution”
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-16H06469

1. 藤井壮太 (90716713)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
2. 孫建強 (90838624)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 3件
3. 渡辺正夫 (90240522)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 2件
4. 瀬々潤 (40361539)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 9件
5. 高山誠司 (70273836)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 和田七夕子 (50379541)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 村瀬浩司 (50467693)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 土松隆志 (60740107)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 赤木剛士 (50611919)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
10. 木下哲 (60342630)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 伊藤寿朗 (90517096)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 榊原恵子 (90590000)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 奥田哲弘 (90727702)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
14. 井澤毅 (10263443)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
15. 白澤健太 (60527026)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
16. 内田誠一 (70315125)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
17. 草野修平 (80759291)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
18. 遠藤真咲 (40546371)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
19. 小田原瑛美子 (40802054)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
20. 櫻庭俊 (90647380)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
21. 越阪部晃永 (70632107)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
22. 市栄智明

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
23. 亀井保博

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
24. 永井信

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
25. 徳本雄史

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
26. 永野惇

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
27. 工藤洋

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

清水 健太郎 Shimizu Kentaro

研究課題

研究成果

共同研究者

植物の挑戦的な繁殖適応戦略を駆動する両性花とその可塑性を支えるゲノム動態

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

受粉時における自殖性と他殖性の質的・量的バランスを制御する分子機構と選択圧研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

パンコムギの品種間シス制御の違いを利用した新規対立遺伝子の単離研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ゲノム科学と考古学の統合による東アジアのムギ類の伝播と高地適応の解明研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

季節性のない熱帯雨林での時系列トランスクリプトームによる環境認識・記憶の解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究機関

ハイブリッド新種ゲノムが有するオミクス適応能の包括的な解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

植物の有性生殖における雌雄ゲノム相互作用の全ゲノム関連解析

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Small RNA-regulated dominance among polyploid subgenomes supports Haldane's sieve in evolution of self-compatibility.2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Targeted single-cell gene induction by optimizing the dually regulated CRE/loxP system by a newly defined heat-shock promoter and the steroid hormone in Arabidopsis thaliana2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] UV RESISTANCE LOCUS 8-Mediated UV-B Response Is Required Alongside CRYPTOCHROME 1 for Plant Survival in Sunlight under Field Conditions2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Detecting frequency-dependent selection through the effects of genotype similarity on fitness components2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Utility of commercial high‐resolution satellite imagery for monitoring general flowering in Sarawak, Borneo2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] A low-coverage 3′ RNA-seq to detect homeolog expression in polyploid wheat2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Seasonal pigment fluctuation in diploid and polyploid Arabidopsis revealed by machine learning-based phenotyping method PlantServation2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

清水健太郎 Shimizu Kentaro