小池亮太郎 Koike Ryotaro

研究者番号	20381577
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 名古屋大学, 情報学研究科, 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2019年度 – 2023年度: 名古屋大学, 情報学研究科, 助教 2016年度: 名古屋大学, 情報科学研究科, 助教
審査区分/研究分野	研究代表者複合領域 / 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連研究代表者以外小区分32010:基礎物理化学関連 / 生物物理学
キーワード	研究代表者データベース解析 / 構造機能相関 / データベース / 構造バイオインフォマティクス / アクチン / 分子シミュレーション / 構造変化 / 蛋白質構造機能相関 / 動的構造研究代表者以外 ph, 分子夾雑状態 … もっと見る / pH, 分子夾雑状態 / ph / ビッグデータ解析 / 分子夾雑系 / 配置選択定ｐH 法 / 運動樹法 / Motion Tree method / 分子夾雑状態 / pH / 時系列クラスタリング解析 / ビックデータ解析 / Motion Tree 法 / 夾雑状態分子物性 / 定pH法 / 分子シミュレーション / 蛋白質構造動態 / 蛋白質相互作用 / 構造解析 / 蛋白質複合体 / アクチン細胞骨格 / アクチン重合体 / X線蛋白質結晶学 / 電子顕微鏡 / 蛋白質複合体構造 / 電子顕微鏡単粒子解析 / X線結晶構造解析 / 重合・脱重合 / ATP加水分解 / 筋肉細い線維 / アクチン / クライオ電子顕微鏡法 / Ｘ線結晶構造解析 / 筋収縮の調節 / アクチン・トレッドミリング / 細胞骨格 / 細胞運動隠す

大量のシミュレーションデータによるアクチンのファイバー形成に関わる構造変化の解析研究代表者
- 研究代表者
  
  小池亮太郎
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2026
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  名古屋大学
生体発動分子ATPアーゼの構造変化と機能発現メカニズムの網羅的解析研究代表者
- 研究代表者
  
  小池亮太郎
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2022
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  複合領域
- 研究機関
  名古屋大学
アクチンフィラメントの伸長制御蛋白質によるアロステリックな結合解離機構の研究研究代表者
- 研究代表者
  
  小池亮太郎
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  名古屋大学
生体発動分子ATPアーゼ活性部位の立体構造比較と分類研究代表者
- 研究代表者
  
  小池亮太郎
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2020
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  複合領域
- 研究機関
  名古屋大学
pH依存環境の計算化学とデータ科学の融合－分子凝集から生体分子機能まで－
- 研究代表者
  
  長岡正隆
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分32010:基礎物理化学関連
- 研究機関
  名古屋大学
アクチン線維を機能させる蛋白質相互作用
- 研究代表者
  
  前田雄一郎
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2016
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  名古屋大学

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 2016 2014

すべて雑誌論文学会発表図書

[図書] Protein Structural Changes Based on Structural Comparison (Chapter 8 of eBook "Practical Guide to Life Science Databases" edited by Imad Abugessaisa, Takeya Kasukawa)2022
- 著者名/発表者名
  Koike Ryotaro, Ota Motonori
- 総ページ数
  224
- 出版者
  Springer Nature
- ISBN
  9789811658129
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21H00394
[図書] Protein Structural Changes Based on Structural Comparison (Chapter 8 of eBook "Practical Guide to Life Science Databases" edited by Imad Abugessaisa, Takeya Kasukawa)2022
- 著者名/発表者名
  Koike Ryotaro, Ota Motonori
- 総ページ数
  224
- 出版者
  Springer Nature
- ISBN
  9789811658129
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12217
[雑誌論文] Elastic network model reveals distinct flexibilities of capping proteins bound to CARMIL and twinfilin‐tail2023
- 著者名/発表者名
  Koike Ryotaro、Ota Motonori
- 雑誌名
  
  Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics
  
  巻: 92 号: 1 ページ: 37-43
- DOI
  10.1002/prot.26560
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K11318
[雑誌論文] Rational design of phase separating peptides based on phase separating protein sequence of p532023
- 著者名/発表者名
  Kamagata Kiyoto、Hando Atsumi、Ariefai Maulana、Iwaki Nanako、Kanbayashi Saori、Koike Ryotaro、Ikeda Keisuke
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 13 号: 1 ページ: 5648-5648
- DOI
  10.1038/s41598-023-32632-2
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21H00394, KAKENHI-PUBLICLY-22H05582, KAKENHI-PROJECT-23K27311
[雑誌論文] Structures and mechanisms of actin ATP hydrolysis2022
- 著者名/発表者名
  Kanematsu Yusuke、Narita Akihiro、Oda Toshiro、Koike Ryotaro、Ota Motonori、Takano Yu、Moritsugu Kei、Fujiwara Ikuko、Tanaka Kotaro、Komatsu Hideyuki、Nagae Takayuki、Watanabe Nobuhisa、Iwasa Mitsusada、Ma?da Yuichiro、Takeda Shuichi
- 雑誌名
  
  Proceedings of the National Academy of Sciences
  
  巻: 119 号: 43
- DOI
  10.1073/pnas.2122641119
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K03883, KAKENHI-PROJECT-20K06522, KAKENHI-PROJECT-22K06172, KAKENHI-PLANNED-20H05883, KAKENHI-PROJECT-19K12217, KAKENHI-PUBLICLY-21H00394, KAKENHI-PUBLICLY-22H04813, KAKENHI-PLANNED-20H05932
[雑誌論文] Structural insights into the regulation of actin capping protein by twinfilin C-terminal tail2021
- 著者名/発表者名
  Shuichi Takeda, Ryotaro Koike, Ikuko Fujiwara, Akihiro Narita, Makoto Miyata, Motonori Ota and Yuichiro Maeda
- 雑誌名
  
  J Mol Biol
  
  巻: 433 号: 9 ページ: 166891-166891
- DOI
  10.1016/j.jmb.2021.166891
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K06522, KAKENHI-PUBLICLY-21H00394, KAKENHI-PROJECT-19K12217, KAKENHI-PROJECT-20K06591, KAKENHI-PLANNED-20H05932
[雑誌論文] Crystal structure of human V-1 in the apo form2021
- 著者名/発表者名
  Shuichi Takeda, Ryotaro Koike, Takayuki Nagae, Ikuko Fujiwara, Akihiro Narita, Yuichiro Maeda, Motonori Ota
- 雑誌名
  
  Acta Crystallogr F Struct Biol Commun
  
  巻: 77 号: 1 ページ: 13-21
- DOI
  10.1107/s2053230x20016829
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12217, KAKENHI-PROJECT-20K06522, KAKENHI-PROJECT-20K06591, KAKENHI-PUBLICLY-19H05390, KAKENHI-PLANNED-20H05932, KAKENHI-PROJECT-18H03331
[雑誌論文] Protein kinases phosphorylate long disordered regions in intrinsically disordered proteins2019
- 著者名/発表者名
  Koike Ryotaro、Amano Mutsuki、Kaibuchi Kozo、Ota Motonori
- 雑誌名
  
  Protein Science
  
  巻: 29 号: 2 ページ: 564-571
- DOI
  10.1002/pro.3789
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12217, KAKENHI-PUBLICLY-19H05390, KAKENHI-PROJECT-18H03331, KAKENHI-PROJECT-17K07383
[雑誌論文] All Atom Motion Tree detects side chain-related motions and their coupling with domain motion in proteins2019
- 著者名/発表者名
  Koike Ryotaro、Ota Motonori
- 雑誌名
  
  Biophysics and Physicobiology
  
  巻: 16 号: 0 ページ: 280-286
- DOI
  10.2142/biophysico.16.0_280
- NAID
  130007752770
- ISSN
  2189-4779
- 言語
  英語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12217, KAKENHI-PUBLICLY-19H05390, KAKENHI-PROJECT-18H03331
[雑誌論文] Comprehensive analysis of motions in molecular dynamics trajectories of the actin capping protein and its inhibitor complexes2016
- 著者名/発表者名
  Koike, R., Takeda, S., Maeda, Y., Ota, M.
- 雑誌名
  
  Proteins
  
  巻: 未定号: 7 ページ: 948-956
- DOI
  10.1002/prot.25043
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25650064, KAKENHI-PROJECT-26251017, KAKENHI-PROJECT-16K14708
[学会発表] ATPアーゼの活性部位における水分子の配置2023
- 著者名/発表者名
  小池亮太郎
- 学会等名
  第23回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K11318
[学会発表] Elastic network model reveals distinct flexibilities of capping proteins bound to CARMIL and twinfilin-tail2023
- 著者名/発表者名
  Ryotaro Koike, Motonori Ota
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K11318
[学会発表] Structural changes of ATPase complexes in the PDB2022
- 著者名/発表者名
  Ryotaro Koike
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12217
[学会発表] Structural changes of ATPase complexes in the PDB2022
- 著者名/発表者名
  Ryotaro Koike
- 学会等名
  第60回日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21H00394
[学会発表] 天然変性タンパク質データベース：IDEAL2022
- 著者名/発表者名
  ANBO Hiroto, SAKUMA Koya, KADO Yumiko, SAKAMOTO Shigetaka, HOSODA Kazuo, SHIKAMA Noriko, DAIYASU Hiromi, TAKAGI Daisuke, YAMAGUCHI Atsuko, HATANAKA Hideki, KOIKE Ryotaro, HIROAKI Hidekazu, FUKUCHI Satoshi, OTA Motonori
- 学会等名
  トーゴーの日シンポジウム2022
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12217
[学会発表] Structural flexibility of actin in molecular dynamics simulation2021
- 著者名/発表者名
  Ryotaro Koike, Motonori Ota
- 学会等名
  環太平洋国際化学会議2021
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21H00394
[学会発表] Elastic network model analysis shows distinct flexibilities of capping protein bound to CARMIL or twinfilin2021
- 著者名/発表者名
  Ryotaro Koike, Motonori Ota
- 学会等名
  第59回日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12217
[学会発表] Structural flexibility of actin in molecular dynamics simulation2021
- 著者名/発表者名
  Ryotaro Koike, Motonori Ota
- 学会等名
  環太平洋国際化学会議2021
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12217
[学会発表] 異なる機能状態にあるアクチンの構造ゆらぎとその相関関係2021
- 著者名/発表者名
  小池亮太郎，森次圭，太田元規
- 学会等名
  第21回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12217
[学会発表] 異なる機能状態にあるアクチンの構造ゆらぎとその相関関係2021
- 著者名/発表者名
  小池亮太郎，森次圭，太田元規
- 学会等名
  第21回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21H00394
[学会発表] Structural flexibility of actin studied by molecular dynamics simulation2020
- 著者名/発表者名
  Ryotaro Koike, Motonori Ota
- 学会等名
  第58回日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12217
[学会発表] Structural flexibility of actin studied by molecular dynamics simulation2020
- 著者名/発表者名
  Ryotaro Koike, Motonori Ota
- 学会等名
  第58回日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05390
[学会発表] タンパク質ータンパク質間相互作用の有向ネットワークが示す細胞内情報伝達2019
- 著者名/発表者名
  葉山雄揮，小池亮太郎，太田元規
- 学会等名
  第19回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05390
[学会発表] 全原子Motion Treeとドメイン運動に伴う側鎖の運動2019
- 著者名/発表者名
  小池亮太郎，太田元規
- 学会等名
  第19回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05390
[学会発表] Full-atom Motion Tree detects side-chain motions and their coupling with domain motions2019
- 著者名/発表者名
  Ryotaro Koike, Motonori Ota
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05390
[学会発表] Full-atom Motion Tree detects side-chain motions and their coupling with domain motions2019
- 著者名/発表者名
  Ryotaro Koike, Motonori Ota
- 学会等名
  第57回日本生物物理学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12217
[学会発表] Structural flexibility of actin monomer in molecular dynamics simulation2019
- 著者名/発表者名
  Ryotaro Koike, Motonori Ota
- 学会等名
  11th Toyota Riken International Workshop, Actin Workshop
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12217
[学会発表] タンパク質ータンパク質間相互作用の有向ネットワークが示す細胞内情報伝達2019
- 著者名/発表者名
  葉山雄揮，小池亮太郎，太田元規
- 学会等名
  第19回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12217
[学会発表] Structural flexibility of actin monomer in molecular dynamics simulation2019
- 著者名/発表者名
  Ryotaro Koike, Motonori Ota
- 学会等名
  11th Toyota Riken International Workshop, Actin Workshop
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05390
[学会発表] 全原子Motion Treeとドメイン運動に伴う側鎖の運動2019
- 著者名/発表者名
  小池亮太郎，太田元規
- 学会等名
  第19回日本蛋白質科学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12217
[学会発表] How the binding of CP (capping protein) to the B-end of actin filaments is regulated2014
- 著者名/発表者名
  Takeda S., Koike R., Ota M., Maeda Y.
- 学会等名
  43rd European Muscle Conference
- 発表場所
  オーストリア
- 年月日
  2014-09-11
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26251017
[学会発表] Regulation of capping protein (CP=CapZ) association with the B-end of actin filament2014
- 著者名/発表者名
  Takeda S., Koike R., Ota M., Maeda Y
- 学会等名
  Gordon Research Conference "Muscle and Molecular Motors"
- 発表場所
  USA
- 年月日
  2014-07-06
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26251017

1. 前田雄一郎 (10321811)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
2. 武田修一 (50509081)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 4件
3. 松本友治 (30392880)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 菊本真人 (20462880)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 前田佳代 (00321810)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 太田元規 (40290895)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
7. 長岡正隆 (50201679)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 成田哲博 (30360613)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 北村勇吉 (00855702)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 森次圭

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

小池 亮太郎 Koike Ryotaro

研究課題

研究成果

共同研究者

大量のシミュレーションデータによるアクチンのファイバー形成に関わる構造変化の解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

生体発動分子ATPアーゼの構造変化と機能発現メカニズムの網羅的解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

アクチンフィラメントの伸長制御蛋白質によるアロステリックな結合解離機構の研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

生体発動分子ATPアーゼ活性部位の立体構造比較と分類研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

pH依存環境の計算化学とデータ科学の融合－分子凝集から生体分子機能まで－

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

アクチン線維を機能させる蛋白質相互作用

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] Protein Structural Changes Based on Structural Comparison (Chapter 8 of eBook "Practical Guide to Life Science Databases" edited by Imad Abugessaisa, Takeya Kasukawa)2022

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

ISBN

データソース

[図書] Protein Structural Changes Based on Structural Comparison (Chapter 8 of eBook "Practical Guide to Life Science Databases" edited by Imad Abugessaisa, Takeya Kasukawa)2022

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

ISBN

データソース

[雑誌論文] Elastic network model reveals distinct flexibilities of capping proteins bound to CARMIL and twinfilin‐tail2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Rational design of phase separating peptides based on phase separating protein sequence of p532023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Structures and mechanisms of actin ATP hydrolysis2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Structural insights into the regulation of actin capping protein by twinfilin C-terminal tail2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Crystal structure of human V-1 in the apo form2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Protein kinases phosphorylate long disordered regions in intrinsically disordered proteins2019

著者名/発表者名

雑誌名

小池亮太郎 Koike Ryotaro