村上洋一 Murakami Youichi

研究者番号	20548424
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 東京情報大学, 総合情報学部, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2019年度 – 2023年度: 東京情報大学, 総合情報学部, 准教授 2016年度: 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所創薬デザイン研究センター, プロジェクト研究員 2015年度: 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所バイオインフォマティクスプロジェクト, プロジェクト研究員 2015年度: 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所, プロジェクト研究員 2014年度: 東北大学, 情報科学研究科, 教育研究支援者
審査区分/研究分野	研究代表者小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / システムゲノム科学研究代表者以外小区分58050:基礎看護学関連 / 小区分58080:高齢者看護学および地域看護学関連 / システムゲノム科学
キーワード	研究代表者タンパク質間相互作用予測 / バイオインフォマティクス / 創薬支援 / 機械学習 / タンパク質間相互作用 / 創薬支援システム / タンパク質間相互作用部位予測 / テキストマイニング / 予測 / アミノ酸残基 / アミノ酸保存度 / タンパク質機能 … もっと見る研究代表者以外 … もっと見る AI / 拡張知能 / 機械学習 / 情報教育 / 看護情報学 / 情報セキュリティ / 地域包括ケア / 生体センシング / 遠隔医療 / 特徴量 / アプリケーション / 医療情報 / セルフモニタリング / 遠隔看護 / Artificial Intelligence / Extended Intelligence / 訪問看護師 / 臨床判断 / AI技術 / 判断支援 / 訪問看護 / 意思決定支援 / 看護臨床判断 / 看護観察技術 / 意思決定 / 生体情報 / バイタルサイン / 臨床判断支援 / タンパク質相互作用 / 創薬ターゲット / データベース隠す

深層学習による特定のタンパク質間の結合部位予測と標的部位の絞り込みシステムの開発研究代表者
- 研究代表者
  
  村上洋一
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東京情報大学
遠隔看護による「患者と共にある医療」を目指すセルフモニタリングシステムの開発
- 研究代表者
  
  川口孝泰
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分58050:基礎看護学関連
- 研究機関
  医療創生大学
   東京情報大学
看護臨床判断を支援するAI活用に向けた新技術の創生
- 研究代表者
  
  伊藤嘉章
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分58050:基礎看護学関連
- 研究機関
  医療創生大学
   東京情報大学
在宅医療を支える看護判断を導くAI構築と拡張知能(EI)の活用
- 研究代表者
  
  葛西好美
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分58080:高齢者看護学および地域看護学関連
- 研究機関
  医療創生大学
   東京情報大学
配列情報に基づく蛋白質相互作用予測の高度化と創薬標的探索のための支援システム開発研究代表者
- 研究代表者
  
  村上洋一
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2016
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  システムゲノム科学
- 研究機関
  国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
   東北大学
データウェアハウスとタンパク質予測情報を組み合わせた創薬標的探索システムの開発
- 研究代表者
  
  水口賢司
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2015
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  システムゲノム科学
- 研究機関
  国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所

すべて 2023 2022 2017 2016 2015 2014 2013

すべて雑誌論文学会発表産業財産権

[雑誌論文] Analysis of relationships between protein sequence embeddings and their sequence/structural features2023
- 著者名/発表者名
  Satsuki Ueta, Yoichi Murakami
- 雑誌名
  
  研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）
  
  巻: 2023-MPS-142 ページ: 1-3
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K12048
[雑誌論文] Recent developments of sequence-based prediction of protein?protein interactions2022
- 著者名/発表者名
  Murakami Yoichi, Mizuguchi Kenji
- 雑誌名
  
  Biophysical Reviews
  
  巻: 14 号: 6 ページ: 1393-1411
- DOI
  10.1007/s12551-022-01038-1
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K12048
[雑誌論文] Network analysis and in silico prediction of protein-protein interactions with applications in drug discovery2017
- 著者名/発表者名
  Yoichi Murakami, Lokesh P Tripathi, Philip Prathipati and Kenji Mizuguchi
- 雑誌名
  
  Current Opinion of Structural Biology
  
  巻: 44 ページ: 134-142
- DOI
  10.1016/j.sbi.2017.02.005
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26870045
[雑誌論文] NLDB: a database for 3D protein-ligand interactions in enzymatic reactions2016
- 著者名/発表者名
  Yoichi Murakami, Satoshi Omori, and Kengo Kinoshita
- 雑誌名
  
  J Struct Funct Genomics
  
  巻: 17 号: 4 ページ: 101-110
- DOI
  10.1007/s10969-016-9206-0
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02773, KAKENHI-PROJECT-26870045
[雑誌論文] Homology-based prodection of interactions between proteins using Averaged One-Dependence Estimators2014
- 著者名/発表者名
  Mizuguchi K., Murakami Y.
- 雑誌名
  
  BMC bioinformatics
  
  巻: 15 号: 1 ページ: 213-213
- DOI
  10.1186/1471-2105-15-213
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25430186, KAKENHI-PROJECT-26870045
[雑誌論文] Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 3 (BIG3) is predicted to interact with its partner through an ARM-type α-helical structure2014
- 著者名/発表者名
  Mizuguchi K., Chen Y. A., Murakami Y., Ahmad S., Yoshimaru T., Katagri T.
- 雑誌名
  
  BMC Res Notes
  
  巻: 7 号: 1 ページ: 435-435
- DOI
  10.1186/1756-0500-7-435
- NAID
  120006864075
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25430186, KAKENHI-PROJECT-26461948, KAKENHI-PROJECT-26870045
[雑誌論文] Targeting BIG3-PHB2 interaction to overcome tamoxifen resistance in breast cancer cells2013
- 著者名/発表者名
  T. Yoshimaru, M. Komatsu, T. Matsuo, Y.-A. Chen, Y. Murakami, K. Mizuguchi, E. Mizohata, T. Inoue, M. Akiyama, R. Yamaguchi, S. Imoto, S. Miyano, Y. Miyoshi, M. Sasa, Y. Nakamura, and T. Katagiri
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 4 号: 1 ページ: 2433-2433
- DOI
  10.1038/ncomms3443
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24109017, KAKENHI-PUBLICLY-25134712, KAKENHI-PROJECT-25293079, KAKENHI-PROJECT-25430186
[産業財産権] エピトープ均質化パネル、ならびにその作製方法および利用2017
- 発明者名
  近藤裕郷、鎌田春彦、永田諭志、水口賢司、村上洋一
- 権利者名
  近藤裕郷、鎌田春彦、永田諭志、水口賢司、村上洋一
- 産業財産権種類
  特許
- 産業財産権番号
  2017-021553
- 出願年月日
  2017-02-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26870045
[学会発表] Application of a Doc2Vec-based machine learning method toward more reliable prediction of human protein-protein interactions2023
- 著者名/発表者名
  上田さつき，村上洋一
- 学会等名
  CBI学会2023年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K12048
[学会発表] タンパク質の分散表現とその配列・構造的特徴の関係性に関する解析2023
- 著者名/発表者名
  上田さつき，村上洋一
- 学会等名
  第142回 MPS・第73回BIO合同研究発表会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K12048
[学会発表] Analysis of the relationship between the distributed representations of protein sequences and their structures2022
- 著者名/発表者名
  上田さつき，富田瑞樹，朴鍾杰，村上洋一
- 学会等名
  2022年度バイオインフォマティクス年会　第11回生命医薬情報学連合大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K12048
[学会発表] 薬物による Kir1.1 チャネル阻害の基盤2016
- 著者名/発表者名
  古谷和春、半田健一郎、村上洋一、木下賢吾、倉智嘉久
- 学会等名
  第89回日本薬理学会年会
- 発表場所
  神奈川　パシフィコ横浜　会議センター
- 年月日
  2016-03-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26870045
[学会発表] Prediction of 3D protein-ligand interactions in enzymatic reactions2016
- 著者名/発表者名
  村上洋一、大森聡、木下賢吾
- 学会等名
  構造活性相関シンポジウム
- 発表場所
  京都大学医学部創立百年記念施設・芝蘭会館（京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26870045
[学会発表] Prediction of interacting protein pairs using homology-based approach2016
- 著者名/発表者名
  村上洋一、水口賢司
- 学会等名
  第 5 回生命医薬情報学連合大会
- 発表場所
  東京国際交流館プラア平成（東京お台場）
- 年月日
  2016-09-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26870045
[学会発表] Prediction of interacting proteins from homologous protein-protein interactions2016
- 著者名/発表者名
  村上洋一、水口賢司
- 学会等名
  CBI 学会2016年大会
- 発表場所
  タワーホール船堀（東京）
- 年月日
  2016-10-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26870045
[学会発表] Kir1.1 チャネルにおける小分子結合部位の構造活性相関解析2016
- 著者名/発表者名
  古谷和春、半田健一郎、村上洋一、木下賢吾、倉智嘉久
- 学会等名
  第93回日本生理学会大会
- 発表場所
  北海道　札幌コンベンションセンター
- 年月日
  2016-03-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26870045
[学会発表] A database for protein-ligand complexes in enzymatic reaction2015
- 著者名/発表者名
  村上洋一
- 学会等名
  情報計算化学生物学会
- 発表場所
  東京　タワーホール船堀
- 年月日
  2015-10-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26870045
[学会発表] A machine learning approach for predicting protein-protein interactions2015
- 著者名/発表者名
  Yoichi Murakami
- 学会等名
  IPR Seminar
- 発表場所
  Institute for Protein Research, Osaka University.
- 年月日
  2015-03-06
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26870045

1. 伊藤嘉章 (60804870)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
2. 川口孝泰 (40214613)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
3. 葛西好美 (70384154)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
4. 大石朋子 (40413257)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
5. 豊増佳子 (60276657)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
6. 今井哲郎 (10436173)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
7. 水口賢司 (50450896)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
8. 日向野香織 (10709695)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 木村穣 (60298859)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 高橋道明 (90710814)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 浅野美礼 (00273417)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 中村努

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
13. 井上豪

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
14. 木下賢吾

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

村上 洋一 Murakami Youichi

研究課題

研究成果

共同研究者

深層学習による特定のタンパク質間の結合部位予測と標的部位の絞り込みシステムの開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

遠隔看護による「患者と共にある医療」を目指すセルフモニタリングシステムの開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

看護臨床判断を支援するAI活用に向けた新技術の創生

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

在宅医療を支える看護判断を導くAI構築と拡張知能(EI)の活用

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

配列情報に基づく蛋白質相互作用予測の高度化と創薬標的探索のための支援システム開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

データウェアハウスとタンパク質予測情報を組み合わせた創薬標的探索システムの開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Analysis of relationships between protein sequence embeddings and their sequence/structural features2023

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Recent developments of sequence-based prediction of protein?protein interactions2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Network analysis and in silico prediction of protein-protein interactions with applications in drug discovery2017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] NLDB: a database for 3D protein-ligand interactions in enzymatic reactions2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Homology-based prodection of interactions between proteins using Averaged One-Dependence Estimators2014

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 3 (BIG3) is predicted to interact with its partner through an ARM-type α-helical structure2014

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

[雑誌論文] Targeting BIG3-PHB2 interaction to overcome tamoxifen resistance in breast cancer cells2013

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[産業財産権] エピトープ均質化パネル、ならびにその作製方法および利用2017

発明者名

権利者名

産業財産権種類

産業財産権番号

村上洋一 Murakami Youichi