秋山泰 Akiyama Yutaka

研究者番号	30243091
その他のID	https://orcid.org/0000-0003-2863-8703
所属 (現在)	2025年度: 東京科学大学, 情報理工学院, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2025年度: 東京科学大学, 情報理工学院, 教授 2016年度 – 2024年度: 東京工業大学, 情報理工学院, 教授 2012年度 – 2015年度: 東京工業大学, 情報理工学(系)研究科, 教授 2010年度: 東京工業大学, 情報理工学研究科, 教授 2007年度 – 2010年度: 東京工業大学, 大学院・情報理工学研究科, 教授 … もっと見る 2008年度: 東京工業大学, 大学院情報理工学研究科, 教授 2007年度 – 2008年度: 国立大学法人東京工業大学, 大学院・情報理工学研究科, 教授 2006年度: 東京工業大学, 大学院情報理工学研究科, 教授 2006年度: 独立行政法人産業技術研究所, 生命情報科学研究センター, 研究センター長 2005年度: 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター, 研究センター長隠す
審査区分/研究分野	研究代表者小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生体生命情報学 / 生命・健康・医療情報学研究代表者以外小区分58020:衛生学および公衆衛生学分野関連:実験系を含む / 小区分52050:胎児医学および小児成育学関連 / 生命・健康・医療情報学 / ソフトウエア / 理工系
キーワード	研究代表者化合物フラグメント / バーチャルスクリーニング / 生体生命情報学 / ドッキング / SBDD / 化合物ライブラリ / 化合物ドッキング / SBVS / 化合物データベース / 深層学習 … もっと見る / 機械学習 / 分子動力学法 / 血漿タンパク質結合率 / 膜透過性 / 中分子創薬 / 環状ペプチド / 生命生体情報学 / 分子シミュレーション / ハイパフォーマンス・コンピューティング / 薬学 / アルゴリズム / バイオインフォマティクス / 高性能計算 / 蛋白質 / コンピュータシミュレーション … もっと見る研究代表者以外バイオインフォマティクス / アレルギー / ダニ / 住環境 / ハウスダスト / カビ / ヒョウヒダニ / 酵母 / ダニアレルゲン / 真菌 / 住宅室内環境 / フェロトーシス / 細胞死 / 酸化ストレス / MELAS / Leigh脳症 / ミトコンドリア / 非アルコール性脂肪性肝疾患 / アルツハイマー病 / パーキンソン病 / ミトコンドリア病 / アポモルフィン / 抗寄生原虫治療薬 / in vitroアッセイ / in silico創薬 / ハイパフォーマンス・コンピューティング / 量子化学計算 / 分子シミュレーション / スーパーコンピューティング / コンピュータシミュレーション / 創薬 / 機械学習 / SDGs / 顧みられない熱帯病 / スーパーコンピュータ / IT創薬 / ケモインフォマティクス / スマート創薬 / 並列分散システム / オペレーティングシステム / 分散共有メモリシステム / 大規模メモリ空間 / OS / クラスタ / 大規模メモリ / 分散ページ / PCクラスタ / リモートスワップ / I細胞解析 / RNA検出 / RNA回収 / デジタル精密解析 / RNA 検出 / RNA 回収 / 磁気ビーズ / パイロシークエンス / デジタル精密計測 / 1細胞解析 / ライフサーベイヤ隠す

代表フラグメントに基づく縮約化合物ライブラリを用いたバーチャルスクリーニング手法研究代表者
- 研究代表者
  
  秋山泰
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2029
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東京科学大学
部分構造の重複を利用した大規模化合物データベース向けバーチャルスクリーニング手法研究代表者
- 研究代表者
  
  秋山泰
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東京工業大学
室内環境における真菌およびダニの増殖関連性に関する研究
- 研究代表者
  
  渡辺麻衣子
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分58020:衛生学および公衆衛生学分野関連:実験系を含む
- 研究機関
  国立医薬品食品衛生研究所
ミトコンドリア病細胞死阻止機構の解明と創薬
- 研究代表者
  
  小坂仁
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 審査区分
  
  小区分52050:胎児医学および小児成育学関連
- 研究機関
  自治医科大学
中分子創薬に適した特性を有する環状ペプチド分子設計手法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  秋山泰
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2019
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  東京工業大学
in silicoとin vitroの融合によるトリパノソーマ原虫治療薬探索
- 研究代表者
  
  関嶋政和
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2018
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  東京工業大学
複数分子を標的とした新薬設計手法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  秋山泰
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2016
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京工業大学
候補サイトの空間分布に注目した信頼度の高いタンパク質ドッキング判定手法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  秋山泰
- 研究期間 (年度)
  2007 – 2010
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京工業大学
次世代PCクラスタを活用する超大規模仮想メモリ空間支援システムの研究
- 研究代表者
  
  石川裕
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2008
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  ソフトウエア
- 研究機関
  東京大学
ライフサーベイヤをめざしたデジタル精密計測技術の開発
- 研究代表者
  
  神原秀記
- 研究期間 (年度)
  2005 – 2008
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  東京農工大学

[図書] 一細胞定量解析の最前線-ライフサーベイヤ構築に向けて-(シーエムシー出版)2006
- 著者名/発表者名
  秋山泰
- 総ページ数
  11
- 出版者
  細胞丸ごとRNA解析に必要となる情報処理の流れ(第5章6節pp.254-364)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[雑誌論文] CycPeptMPDB: A Comprehensive Database of Membrane Permeability of Cyclic Peptides2023
- 著者名/発表者名
  Li Jianan、Yanagisawa Keisuke、Sugita Masatake、Fujie Takuya、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 63 号: 7 ページ: 2240-2250
- DOI
  10.1021/acs.jcim.2c01573
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H04280, KAKENHI-PROJECT-20K19917, KAKENHI-PROJECT-23K24939, KAKENHI-PROJECT-23KJ0891
[雑誌論文] Amide-to-ester substitution as a stable alternative to N-methylation for increasing membrane permeability in cyclic peptides.2023
- 著者名/発表者名
  Hosono Y, Uchida S, Shinkai M, Townsend CE, Kelly CN, Naylor MR, Lee HW, Kanamitsu K, Ishii M, Ueki R, Ueda T, Takeuchi K, Sugita M, Akiyama Y, Lokey SR, Morimoto J, Sando S.
- 雑誌名
  
  Nat. Commun.
  
  巻: 14 号: 1 ページ: 1416-1416
- DOI
  10.1038/s41467-023-36978-z
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21H05509, KAKENHI-PROJECT-20H03375, KAKENHI-PROJECT-23K24939, KAKENHI-PROJECT-22K18374
[雑誌論文] Lipid Composition Is Critical for Accurate Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides by Molecular Dynamics Simulations2022
- 著者名/発表者名
  Sugita Masatake、Fujie Takuya、Yanagisawa Keisuke、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 62 号: 18 ページ: 4549-4560
- DOI
  10.1021/acs.jcim.2c00931
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917, KAKENHI-PROJECT-23K24939
[雑誌論文] Effective Protein-Ligand Docking Strategy via Fragment Reuse and a Proof-of-Concept Implementation2022
- 著者名/発表者名
  Yanagisawa Keisuke、Kubota Rikuto、Yoshikawa Yasushi、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  ACS Omega
  
  巻: 7 号: 34 ページ: 30265-30274
- DOI
  10.1021/acsomega.2c03470
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K19917, KAKENHI-PROJECT-23K24939
[雑誌論文] Development of computational pipeline software for genome/exome analysis on the K computer2020
- 著者名/発表者名
  Aoyama Kento, Kakuta Masanori, Matsuzaki Yuri, Ishida Takashi, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  Supercomputing Frontiers and Innovations
  
  巻: accepted
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[雑誌論文] Multidomain protein structure prediction using information about residues interacting on multimeric protein interfaces2020
- 著者名/発表者名
  Matsuno Shumpei, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  Biophysics and Physicobiology
  
  巻: 17 号: 0 ページ: 2-13
- DOI
  10.2142/biophysico.BSJ-2019050
- NAID
  130007795865
- ISSN
  2189-4779
- 言語
  英語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814, KAKENHI-PROJECT-18K18149
[雑誌論文] NRLMFβ: Beta-distribution-rescored neighborhood regularized logistic matrix factorization for improving the performance of drug?target interaction prediction2019
- 著者名/発表者名
  Ban Tomohiro、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  Biochemistry and Biophysics Reports
  
  巻: 18 ページ: 100615-100615
- DOI
  10.1016/j.bbrep.2019.01.008
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K18149, KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-17H01814
[雑誌論文] Learning-to-rank technique based on ignoring meaningless ranking orders between compounds2019
- 著者名/発表者名
  Ohue Masahito, Suzuki Shogo D., Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  Journal of Molecular Graphics and Modelling
  
  巻: 92 ページ: 192-200
- DOI
  10.1016/j.jmgm.2019.07.009
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814, KAKENHI-PROJECT-18K18149
[雑誌論文] Multiple grid arrangement improves ligand docking with unknown binding sites: Application to the inverse docking problem2018
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Ban, Masahito Ohue, and Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Computational Biology and Chemistry
  
  巻: 73 ページ: 139-146
- DOI
  10.1016/j.compbiolchem.2018.02.008
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15J11261, KAKENHI-PROJECT-15K16081, KAKENHI-PROJECT-17H01814
[雑誌論文] Optimization of memory use of fragment extension-based protein-ligand docking with an original fast minimum cost flow algorithm2018
- 著者名/発表者名
  Yanagisawa Keisuke、Komine Shunta、Kubota Rikuto、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  Computational Biology and Chemistry
  
  巻: 印刷中ページ: 399-406
- DOI
  10.1016/j.compbiolchem.2018.03.013
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K16081, KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-17H01814, KAKENHI-PROJECT-17J06897
[雑誌論文] In Silico Prediction of Major Clearance Pathways of Drugs among 9 Routes with Two-Step Support Vector Machines2018
- 著者名/発表者名
  Wakayama Naomi、Toshimoto Kota、Maeda Kazuya、Hotta Shun、Ishida Takashi、Akiyama Yutaka、Sugiyama Yuichi
- 雑誌名
  
  Pharmaceutical Research
  
  巻: 35 号: 10 ページ: 1-21
- DOI
  10.1007/s11095-018-2479-1
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-17H01814
[雑誌論文] MEGADOCK-Web: an integrated database of high-throughput structure-based protein-protein interaction predictions.2018
- 著者名/発表者名
  Takanori Hayashi, Yuri Matsuzaki, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 19 号: S4 ページ: 62-72
- DOI
  10.1186/s12859-018-2073-x
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00388, KAKENHI-PROJECT-18K18149, KAKENHI-PROJECT-17H01814, KAKENHI-PROJECT-17J06897
[雑誌論文] Computational prediction of plasma protein binding of cyclic peptides from small molecule experimental data using sparse modeling techniques2018
- 著者名/発表者名
  Tajimi Takashi、Wakui Naoki、Yanagisawa Keisuke、Yoshikawa Yasushi、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 19 号: S19 ページ: 527-527
- DOI
  10.1186/s12859-018-2529-z
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K18149, KAKENHI-PROJECT-17H01814, KAKENHI-PROJECT-17J06897
[雑誌論文] QEX: target-specific druglikeness filter enhances ligand-based virtual screening2018
- 著者名/発表者名
  Mochizuki Masahiro、Suzuki Shogo D.、Yanagisawa Keisuke、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  Molecular Diversity
  
  巻: 23 号: 1 ページ: 11-18
- DOI
  10.1007/s11030-018-9842-3
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-17H01814, KAKENHI-PROJECT-17J06897
[雑誌論文] An iterative compound screening contest method for identifying target protein inhibitors using the tyrosine-protein kinase Yes2017
- 著者名/発表者名
  Shuntaro Chiba, 他30名（George Chikenji は16番目の著者）
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 7 号: 1 ページ: 1-13
- DOI
  10.1038/s41598-017-10275-4
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07315, KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-17H01814, KAKENHI-PROJECT-16J09021, KAKENHI-PROJECT-17J06897
[雑誌論文] In silico, in vitro, X-ray crystallography, and integrated strategies for discovering spermidine synthase inhibitors for Chagas disease2017
- 著者名/発表者名
  Yoshino Ryunosuke、Yasuo Nobuaki、Hagiwara Yohsuke、Ishida Takashi、Inaoka Daniel Ken、Amano Yasushi、Tateishi Yukihiro、Ohno Kazuki、Namatame Ichiji、Niimi Tatsuya、Orita Masaya、Kita Kiyoshi、Akiyama Yutaka、Sekijima Masakazu
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 7 号: 1 ページ: 1-9
- DOI
  10.1038/s41598-017-06411-9
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-17H01814, KAKENHI-PROJECT-16J09021, KAKENHI-PROJECT-15K16082, KAKENHI-PROJECT-16K19114
[雑誌論文] Identification of type I and type II inhibitors of c-Yes kinase using in silico and experimental techniques2017
- 著者名/発表者名
  Ramakrishnan Chandrasekaran、Mary Thangakani Anthony、Velmurugan Devadasan、Anantha Krishnan Dhanabalan、Sekijima Masakazu、Akiyama Yutaka、Gromiha M. Michael
- 雑誌名
  
  Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
  
  巻: 36 号: 6 ページ: 1566-1576
- DOI
  10.1080/07391102.2017.1329098
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-17H01814
[雑誌論文] Link Mining for Kernel-Based Compound-Protein Interaction Predictions Using a Chemogenomics Approach2017
- 著者名/発表者名
  Ohue Masahito、Yamazaki Takuro、Ban Tomohiro、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  In Proceedings of the Thirteenth International Conference On Intelligent Computing (ICIC2017) (Lecture Notes in Computer Science)
  
  巻: －ページ: 549-558
- DOI
  10.1007/978-3-319-63312-1_48
- ISBN
  9783319633114, 9783319633121
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-15K16081
[雑誌論文] Learning-to-rank based compound virtual screening by using pairwise kernel with multiple heterogeneous experimental data2017
- 著者名/発表者名
  Suzuki SD, Ohue M, Akiyama Y
- 雑誌名
  
  Proceedings of The 22nd International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 2017)
  
  巻: ーページ: 114-119
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] A Massively Parallel Sequence Similarity Search for Metagenomic Sequencing Data2017
- 著者名/発表者名
  Kakuta Masanori、Suzuki Shuji、Izawa Kazuki、Ishida Takashi、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 18 号: 10 ページ: 2124-2124
- DOI
  10.3390/ijms18102124
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[雑誌論文] PKRank: a novel learning-to-rank method for ligand-based virtual screening using pairwise kernel and RankSVM2017
- 著者名/発表者名
  Suzuki Shogo D.、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  Artificial Life and Robotics
  
  巻: －号: 2 ページ: 205-212
- DOI
  10.1007/s10015-017-0416-8
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-15K16081, KAKENHI-PROJECT-17H01814
[雑誌論文] Efficient hyperparameter optimization by using Bayesian optimization for drug-target interaction prediction2017
- 著者名/発表者名
  Ban Tomohiro、Ohue Masahito、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  In Proceedings of the 7th IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences (ICCABS 2017)
  
  巻: －ページ: 1-8
- DOI
  10.1109/iccabs.2017.8114299
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-15K16081
[雑誌論文] Learning-to-rank based compound virtual screening by using pairwise kernel with multiple heterogeneous experimental data2017
- 著者名/発表者名
  Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Proceedings of The 22nd International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 2017)
  
  巻: - ページ: 114-119
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776
[雑誌論文] Spresso: An ultrafast compound pre-screening method based on compound decomposition2017
- 著者名/発表者名
  Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 印刷中号: 23 ページ: 3836-3843
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btx178
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044, KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-15K16081, KAKENHI-PROJECT-15K16082, KAKENHI-PROJECT-17H01814, KAKENHI-PROJECT-17J06897
[雑誌論文] GHOSTX: A Fast Sequence Homology Search Tool for Functional Annotation of Metagenomic Data2017
- 著者名/発表者名
  Suzuki Shuji、Ishida Takashi、Ohue Masahito、Kakuta Masanori、Akiyama Yutaka
- 雑誌名
  
  Protein Function Prediction
  
  巻: volume 1611 ページ: 15-25
- DOI
  10.1007/978-1-4939-7015-5_2
- ISBN
  9781493970131, 9781493970155
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[雑誌論文] Development of a Support Vector Machine-Based System to Predict　Whether a Compound Is a Substrate of a Given Drug Transporter　Using Its Chemical Structure2016
- 著者名/発表者名
  Atsushi Ose, Kota Toshimoto, Kazushi Ikeda, Kazuya Maeda, Shuya Yoshida, Fumiyoshi Yamashita, Mitsuru Hashida, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama and Yuichi Sugiyama
- 雑誌名
  
  Journal of Pharmaceuticl Sciences
  
  巻: 印刷中
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776
[雑誌論文] スーパーコンピュータ「京」上でのエクソーム解析パイプラインの開発2016
- 著者名/発表者名
  青山健人、角田将典、松崎由理、石田貴士、秋山泰
- 雑誌名
  
  情報処理学会論文誌コンピューティングシステム
  
  巻: in press
- NAID
  170000148059
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] Rigid-Docking Approaches to Explore Protein-Protein Interaction Space2016
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology
  
  巻: ーページ: 1-23
- DOI
  10.1007/10_2016_41
- ISBN
  9783319564593, 9783319564609
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044, KAKENHI-PROJECT-15K00407, KAKENHI-PROJECT-16K00388, KAKENHI-PROJECT-15K16081, KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-17H01814
[雑誌論文] Development of a Support Vector Machine-Based System to Predict Whether a Compound Is a Substrate of a Given Drug Transporter Using Its Chemical Structure2016
- 著者名/発表者名
  Atsushi Ose, Kota Toshimoto*, Kazushi Ikeda, Kazuya Maeda, Shuya Yoshida, Fumiyoshi Yamashita, Mitsuru Hashida, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama and Yuichi Sugiyama
- 雑誌名
  
  Journal of Pharmaceuticl Sciences
  
  巻: accepted
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] Specificity of broad protein interaction surfaces for proteins with multiple binding partners2016
- 著者名/発表者名
  Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Biophysics and Physicobiology
  
  巻: 13 号: 0 ページ: 105-115
- DOI
  10.2142/biophysico.13.0_105
- NAID
  130005165366
- ISSN
  2189-4779
- 言語
  英語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044, KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-15K00407, KAKENHI-PROJECT-16K00388, KAKENHI-PROJECT-15K16081
[雑誌論文] スーパーコンピュータ「京」上でのエクソーム解析パイプラインの開発2016
- 著者名/発表者名
  青山健人、角田将典、松崎由理、石田貴士、秋山泰
- 雑誌名
  
  情報処理学会論文誌コンピューティングシステム
  
  巻: 印刷中
- NAID
  170000148059
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776
[雑誌論文] Drug Clearance Pathway Prediction Based on Semi-supervised Learning2015
- 著者名/発表者名
  Keisuke Yanagisawa, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  IPSJ Transactions on Bioinformatics
  
  巻: 8 号: 0 ページ: 21-27
- DOI
  10.2197/ipsjtbio.8.21
- NAID
  130005094265
- ISSN
  1882-6679
- 言語
  英語
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776
[雑誌論文] Drug Clearance Pathway Prediction Based on Semi-supervised Learning2015
- 著者名/発表者名
  Keisuke Yanagisawa, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  IPSJ Transactions on Bioinformatics
  
  巻: 8 ページ: 21-27
- NAID
  130005094265
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] Protein-Protein Docking on Hardware Accelerators: Comparison of GPU and MIC Architectures2015
- 著者名/発表者名
  Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  BMC Systems Bilogy
  
  巻: 9 号: S1 ページ: 1-10
- DOI
  10.1186/1752-0509-9-s1-s6
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-14J30002, KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] Faster sequence homology searches by clustering subsequences2015
- 著者名/発表者名
  Shuji Suzuki, Masanori Kakuta, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 31 号: 8 ページ: 1183-1190
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btu780
- 説明
  【掲載確定】印刷中
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12J08766, KAKENHI-PROJECT-24240044, KAKENHI-PROJECT-15H02776
[雑誌論文] Identification of potential inhibitors based on compound proposal contest: Tyrosine-protein kinase Yes as a target2015
- 著者名/発表者名
  Chiba S, Akiyama Y, Sekijima M.
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 5 号: 1 ページ: 1-13
- DOI
  10.1038/srep17209
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044, KAKENHI-PROJECT-15H02776, KAKENHI-PROJECT-15J11261, KAKENHI-PROJECT-25430186, KAKENHI-PROJECT-26730152, KAKENHI-PUBLICLY-26120528
[雑誌論文] Drug clearance pathway prediction based on semi-supervised learning2015
- 著者名/発表者名
  K. Yanagisawa, T. Ishida, and Y. Akiyama
- 雑誌名
  
  IPSJ Transaction on Bioinformatics
  
  巻: 未定
- NAID
  130005094265
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] Extreme Big Data (EBD): Next Generation Big Data Infrastructure Technologies Towards Yottabyte/Year2014
- 著者名/発表者名
  Matsuoka S, Sato H, Tatebe O, Koibuchi M, Fujiwara I, Suzuki S, Kakuta M, Ishida T, Akiyama Y, Suzumura T, Ueno K, Kanezashi H, Miyoshi T.
- 雑誌名
  
  Supercomputing Frontiers and Innovations,
  
  巻: 1(2) 号: 2 ページ: 89-107
- DOI
  10.14529/jsfi140206
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] MEGADOCK 4.0: an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers2014
- 著者名/発表者名
  Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 30 号: 22 ページ: 3281-3283
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btu532
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-14J30002, KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] Improvement of a confomational search on protein-ligand docking based on optimal arrangement of multiple small search grids2014
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Ban, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Proc. The 2014 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'14)
  
  巻: P2014(PDP4199) ページ: 1-6
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] An empirical model for gas phase acidity and basicity estimation2014
- 著者名/発表者名
  You H , Kim GE , Na CH , Lee S , Lee CJ , Cho KH , Akiyama Y , Ishida T , No KT.
- 雑誌名
  
  SAR and QSAR in Environmental Research
  
  巻: Volume 25, Issue 2 号: 2 ページ: 91-115
- DOI
  10.1080/1062936x.2013.864997
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] In silico prediction of major drug clearance pathways by support vector machines with feature-selected descriptors2014
- 著者名/発表者名
  Toshimoto K, Wakayama N, Kusama M, Maeda K, Sugiyama Y, Akiyama Y.
- 雑誌名
  
  Drug Metabolism and Disposition
  
  巻: 42(11) 号: 11 ページ: 1811-1819
- DOI
  10.1124/dmd.114.057893
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system using tertiary structure data2014
- 著者名/発表者名
  Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama:
- 雑誌名
  
  Protein and Peptide Letters
  
  巻: 21 号: 8 ページ: 766-778
- DOI
  10.2174/09298665113209990050
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-14J30002, KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] Protein-protein interaction network prediction by using rigid-body docking tools: application to bacterial chemotaxis2014
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Protein and Peptide Letters
  
  巻: 21 号: 8 ページ: 790-798
- DOI
  10.2174/09298665113209990066
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-14J30002, KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] Re-docking scheme for generating near-native protein complexes by assembling residue interaction fingerprints2013
- 著者名/発表者名
  Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  PLOS ONE
  
  巻: 8 号: 7 ページ: e69365-e69365
- DOI
  10.1371/journal.pone.0069365
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-11J08750, KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system using tertiary structure data2013
- 著者名/発表者名
  Ohue M, Matsuzaki Y, Uchikoga N, Ishida T, Akiyama Y
- 雑誌名
  
  Protein and Peptide Letters
  
  巻: Vol. 20
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] MEGADOCK 3.0 : A high-performance protein-protein interaction prediction software using hybrid parallel computing for petascale supercomputing emvironmnts2013
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Tbshiyuki Sato, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Source Code for Biology and Medicine
  
  巻: 8 号: 1 ページ: 18-18
- DOI
  10.1186/1751-0473-8-18
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-11J08750, KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] Highly Precise Protein-Protein Interaction Prediction Based on Consens us Between Template-Based and de Novo Docking Methods2013
- 著者名/発表者名
  Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  BMC Proceedings
  
  巻: 7 号: S7
- DOI
  10.1186/1753-6561-7-s7-s6
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-11J08750, KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] Protein-protein interaction network prediction by using rigid-body docking tools: application to bacterial chemotaxis2013
- 著者名/発表者名
  Matsuzaki Y, Ohue M, Uchikoga N, Akiyama Y
- 雑誌名
  
  Protein and Peptide Letters
  
  巻: Vol. 20
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] Accelerating quantum chemistry calculations with graphical processing units - toward in high-density (HD) silico drug discovery2013
- 著者名/発表者名
  Hagiwara Y , Ohno K , Orita M , Koga R , Endo T , Akiyama Y , Sekijima M.
- 雑誌名
  
  Curr Comput Aided Drug Des. 2013
  
  巻: Vol. 9, No. 3, ページ: 396-401
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[雑誌論文] Docking-calculation-based Method for Predicting Protein-RNA Interactions2011
- 著者名/発表者名
  Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Genome Informatics
  
  巻: 25
- NAID
  130004567841
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] In silico classification of major clearance pathways of drugs with their physicochemical parameters2010
- 著者名/発表者名
  Makiko Kusama, Kouta Toshimoto, Kazuya Maeda, Yuka Hirai, Satoki Imai, Koji Chiba, Yutaka Akiyama, Yuichi Sugiyama
- 雑誌名
  
  Drug Metabolism and Disposition 28(8)
  
  ページ: 1362-1370
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] 立体構造情報からの網羅的タンパク質間相互作用予測とそのシステム生物学への応用2010
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 松崎由理, 松崎祐介, 佐藤智之, 秋山泰, MEGADOCK
- 雑誌名
  
  情報処理学会論文誌(TOM) 3(3)
  
  ページ: 91-106
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] Computer prediction of protein-protein interaction network using MEGADOCK -- application to systems biology.2010
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  TSUBAME e-Science Journal
  
  巻: 2 ページ: 34-37
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] Computer prediction of protein-protein interaction network using MEGADOCK-application to systems biology2010
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  TSUBAME e-Science Journal 2
  
  ページ: 34-37
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] In silico classification of major clearance pathways of drugs with their physiochemical parameters.2010
- 著者名/発表者名
  Makiko Kusama, Kouta Toshimoto, Kazuya Maeda, Yuka Hirai, Satoki Imai, Koji Chiba, Yutaka Akiyama, Yuichi Sugiyama
- 雑誌名
  
  Drug Metabolism and Disposition
  
  巻: 28(8) ページ: 1362-1370
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] Exhaustive protein-protein interaction network prediction by using MEGADOCK2010
- 著者名/発表者名
  Yutaka Akiyama, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue
- 雑誌名
  
  BioSupercomputing Newsletter 3
  
  ページ: 8-8
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] MEGADOCK:立体構造情報からの網羅的タンパク質間相互作用予測とそのシステム生物学への応用2010
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 松崎由理, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山泰
- 雑誌名
  
  情報処理学会論文誌数理モデル化と応用(TOM)
  
  巻: 3(3) ページ: 91-106
- NAID
  110007993887
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] Exhaustive protein-protein interaction network prediction by using MEGADOCK2010
- 著者名/発表者名
  Yutaka Akiyama, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue
- 雑誌名
  
  BioSupercomputing Newsletter
  
  巻: 3 ページ: 8-8
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] In silico screening of protein-protein interactions with all-to-all rigid doc king and clustering : an application to pathway analysis2009
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology 7(6)
  
  ページ: 991-1012
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] In silico screening of protein-protein interactions with all-to-all rigid docking and clustering : an application to pathway analysis2009
- 著者名/発表者名
  松崎由理, 松崎祐介, 佐藤智之, 秋山泰
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology 7(6)
  
  ページ: 991-1012
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] In silico screening of protein-protein interactions with all-to-all rigid docking and clustering: an application to pathway analysis2009
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology 7(6)
  
  ページ: 991-1012
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] Development of an affinity evaluation and prediction system by using the shape complementarity characteristic between proteins2008
- 著者名/発表者名
  Koki Tsukamoto, Tatsuya Yoshikawa, Yuichiro Hourai, Kazuhiko Fukui, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology 6(6)
  
  ページ: 1133-1156
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] Development of an affinity evaluation and prediction system by using the shape complementarity characteristic between proteins2008
- 著者名/発表者名
  Tsukamoto K, Yoshikawa T, Hourai Y, Fukui K, Akiyama Y
- 雑誌名
  
  6
  
  ページ: 1133-1156
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[雑誌論文] Development of an affinity evaluation and prediction system by using the shape complementarity characteristic between proteins2008
- 著者名/発表者名
  Y. Akiyama
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology 6(6)
  
  ページ: 1133-1156
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[雑誌論文] evaluation and prediction system by using the shape complementarity characteristic between proteins2008
- 著者名/発表者名
  Koki Tsukamoto, Tatsuya Yoshikawa, Yuichiro Hourai, Kazuhiko Fukui, Yutaka Akiyama, Development of an affinity
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology 6(6)
  
  ページ: 1133-1156
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] High-throughput automated image processing system for cell array observations2008
- 著者名/発表者名
  Y. Akiyama
- 雑誌名
  
  Information and Media Technologies 3(1)
  
  ページ: 71-78
- NAID
  110006453188
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[雑誌論文] Development of an affinity evaluation and prediction system by using the shape complementarity characteristic between proteins2008
- 著者名/発表者名
  Koki Tsukamoto, Tatsuya Yoshikawa, Yuichiro Hourai, Kazuhiko Fukui, Yutaka Akiyama
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology 6 (6)
  
  ページ: 1133-1156
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] High-throughput automated image processing system for cell array observations2008
- 著者名/発表者名
  Tominaga D, Iguchi F, Horimoto K, Akiyama Y
- 雑誌名
  
  Information and Media Technologies 3
  
  ページ: 71-78
- NAID
  110006453188
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[雑誌論文] Optimization and Evaluation of Parallel Molecular Dynamics Simulation on Blue Gene/L2007
- 著者名/発表者名
  M. Sekijima J. Doi, T. Noguchi, Y. Akiyama, S. Shimizu
- 雑誌名
  
  Proceedings of the IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computer and Networks (PDCN2007) 1
  
  ページ: 257-262
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] Systematic Comparison of Catalytic Mechanisms of Hydrolysis and Transfer Reactions Classified in the EzCatDB Database2007
- 著者名/発表者名
  N.Nagano, T.Noguchi, Y.Akiyama
- 雑誌名
  
  PROTEINS : Structure, Function, and Bioinformatics 66・1
  
  ページ: 147-159
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[雑誌論文] Development of automated image processing procedure for cell-arrays2007
- 著者名/発表者名
  Tominaga D, Iguchi F, Akiyama Y, Horimoto K
- 雑誌名
  
  Proc. Of the 11th World Multi-Conference on Systemics, Cybernetics and Informatics (WMSCI2007) 4
  
  ページ: 19-24
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[雑誌論文] Evaluation for interaction energy between glutamine and glutamine and various chemical compounds for developing the virtual screening system using quantum chemical calculations and molecular dynamics simulations2007
- 著者名/発表者名
  K.Tsukamoto, H.Shimizu, T.Ishida, Y.Akiyama, N.Nukina
- 雑誌名
  
  WSEAS Transactions on Computers 6(4)
  
  ページ: 636-641
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[雑誌論文] Systematic Comparison of Catalytic Mechanisms of Hydrolysis and Transfer Reactions Classified in the EzCatDB Database2007
- 著者名/発表者名
  Nagano, N., Noguchi, T., Akiyama, Y.
- 雑誌名
  
  PROTEINS: Structure, Function, and Bioin formatics 66(1)
  
  ページ: 147-159
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[雑誌論文] Aggrigation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations2006
- 著者名/発表者名
  K.Tsukamoto, H.Shimizu, T.Ishida, Y.Akiyama, N.Nukina
- 雑誌名
  
  Journal of Molecular Structure : THEOCHEM 778(1-3)
  
  ページ: 85-95
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[雑誌論文] Fragmentation Studies of Peptide and Oligosaccharide using a Mid-IR Free Electron Laser2006
- 著者名/発表者名
  K.Fukui, Y.Akiyama, K.Takahashi
- 雑誌名
  
  Journal of Japan Society for Laser Surgery and Medicine 27・2
  
  ページ: 92-96
- NAID
  10017644722
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[雑誌論文] Automated Docking of NADH to the Active Site of Nitric Oxide Reductase from Fusarium Oxysporum and Semi-empirical Calculations of the Electron Transfer Mechanism and the Hydrogen-bonding Network2006
- 著者名/発表者名
  K.Tsukamoto, Y.Akiyama
- 雑誌名
  
  WSEAS Transactions on Computers 5・8
  
  ページ: 1701-1706
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[雑誌論文] Docking-calculation-based Method for Predicting Protein-RNA Interactions, Genome
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 松崎由理, 秋山泰
- 雑誌名
  
  Informatics in press
  
  ページ: 25-25
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] フラグメントに基づくバーチャルスクリーニングへの利用などを目指したフラグメント集合の選定2024
- 著者名/発表者名
  布部絢子, 柳澤渓甫, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第77回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] 分子動力学シミュレーション軌跡データから抽出した位置依存特徴量を活用した環状ペプチドの膜透過性予測2024
- 著者名/発表者名
  能祖雄大, 柳澤渓甫, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第77回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] CycPeptMP：マルチレベルの分子特徴とデータ拡張による環状ペプチドの膜透過性予測手法の開発2024
- 著者名/発表者名
  李佳男, 柳澤渓甫, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第77回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] Development of a Protocol for Predicting Membrane Permeability of Cyclic Peptides Based on Molecular Dynamics Simulations2023
- 著者名/発表者名
  Masatake Sugita, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  第61回日本生物物理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] 大規模シミュレーションと機械学習によるペプチド創薬支援2023
- 著者名/発表者名
  秋山泰
- 学会等名
  第72回高分子学会年次大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] CycPeptMPDB：包括的な環状ペプチド膜透過率データベースの開発2023
- 著者名/発表者名
  李佳男, 柳澤渓甫, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第74回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] 住宅床ハウスダストの真菌叢に影響を及ぼす住環境因子に関する研究2023
- 著者名/発表者名
  渡辺麻衣子、伊澤和輝、橋本一浩、小林直樹、小沼ルミ、長谷川兼一、鍵直樹、川上裕司、秋山泰、山﨑朗子、工藤由起子、鎌田洋一、伊香賀俊治．
- 学会等名
  日本マイコトキシン学会第 88 回学術講演会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K10427
[学会発表] フラグメント対の相対位置から検索可能な化合物立体配座データベースの構築2023
- 著者名/発表者名
  齋藤那哉, 柳澤渓甫, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第74回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] REstretto: An efficient protein-ligand docking tool based on a fragment reuse strategy2022
- 著者名/発表者名
  Keisuke Yanagisawa, Rikuto Kubota, Yasushi Yoshikawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  CBI学会2022年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] Lipid composition is critical for accurate membrane permeability prediction of cyclic peptides by molecular dynamics simulations2022
- 著者名/発表者名
  Masatake Sugita, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  CBI学会2022年大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] 分子動力学シミュレーション軌跡データからの環状ペプチドの膜透過性と相関が高い特徴量の抽出2022
- 著者名/発表者名
  能祖雄大, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会 (SIGBIO)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K24939
[学会発表] ハウスダスト真菌叢解析と住環境比較2021
- 著者名/発表者名
  伊澤和輝、山﨑朗子、小林直樹、窪崎敦隆、鎌田洋一、長谷川兼一、工藤由起子、秋山泰、伊香賀俊治、渡辺麻衣子
- 学会等名
  2021年室内環境学会学術大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K10427
[学会発表] マルチノード・マルチGPU上での網羅的なタンパク質間相互作用予測の高速化2020
- 著者名/発表者名
  渡辺紘生, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 二次元分子記述子を用いた機械学習による環状ペプチドの細胞膜透過性予測2020
- 著者名/発表者名
  村田翔太朗, 山田雄太, 吉川寧, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 共通な部分構造の再利用による高速なタンパク質リガンドドッキング手法の開発2020
- 著者名/発表者名
  久保田陸人, 柳澤渓甫, 吉川寧, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Machine Learning and Molecular Simulation on ABCI - Break Through a Bottleneck of Peptide Drug Discovery -2020
- 著者名/発表者名
  Akiyama Yutaka
- 学会等名
  2nd RWBC-OIL Workshop
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] PKRank & SPDRank - Learning-to-rank methods for machine-learning-based drug discovery2020
- 著者名/発表者名
  Ohue Masahito, Suzuki Shogo D., Akiyama Yutaka
- 学会等名
  Biophysical Society 64th Annual Meeting
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Improved protein-protein docking using arbitrary docking-derived protein interface predictions2020
- 著者名/発表者名
  Druyvesteyn Max, Ohue M,asahito Akiyama Yutaka
- 学会等名
  2nd RWBC-OIL Workshop
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Prediction of membrane permeability and plasma protein binding of cyclic peptide drugs2020
- 著者名/発表者名
  Akiyama Yutaka
- 学会等名
  The 5th IITM-Tokyo Tech Joint Symposium-Current trends in Bioinformatics: Big data analysis, machine learning and drug design
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Fragment Linking with DQN2020
- 著者名/発表者名
  Inagaki Masaya, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  The 5th IITM-Tokyo Tech Joint Symposium-Current trends in Bioinformatics: Big data analysis, machine learning and drug design
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Development of fragment linking method for beyond rule of five2020
- 著者名/発表者名
  Tsushima Yuki, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  The 5th IITM-Tokyo Tech Joint Symposium-Current trends in Bioinformatics: Big data analysis, machine learning and drug design
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 縮アミノ酸を利用した二段階のシード探索によるメタゲノム配列相同性検索の改良2020
- 著者名/発表者名
  高畠和輝, 伊澤和輝, 秋川元宏, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Development of Membrane Permeability Prediction System for Cyclic Peptide: Large-Scale Molecular Dynamics Simulations2020
- 著者名/発表者名
  Sugiyama Satoshi, Yoshikawa Yasushi, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  2nd RWBC-OIL Workshop
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Prediction of plasma protein binding for cyclic peptides by deep learning and molecular docking2020
- 著者名/発表者名
  Li Jianan, Yoshikawa Yasushi, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  2nd RWBC-OIL Workshop
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Multidomain protein structure prediction using information about residues interacting on multimeric protein interfaces2020
- 著者名/発表者名
  Matsuno Shumpei, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  2nd RWBC-OIL Workshop
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 超高速タンパク質間相互作用予測システムMEGADOCK 5.0による細胞内タンパク質間相互作用の網羅的解明2020
- 著者名/発表者名
  秋山泰
- 学会等名
  第41回AIセミナー - ABCIグランドチャレンジ2019成果報告会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Multiple HPC Environments-Aware Container Image Configuration Workflow for Large-Scale All-to-All Protein-Protein Docking Calculations2020
- 著者名/発表者名
  Aoyama Kento, Watanabe Hiroki, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  2nd RWBC-OIL Workshop
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Exhaustive protein-protein interaction prediction using MEGADOCK on a large-scale HPC environment2020
- 著者名/発表者名
  Watanabe Hiroki, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  2nd RWBC-OIL Workshop
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Multiple HPC Environments-Aware Container Image Configuration for Bioinformatics Application2019
- 著者名/発表者名
  Aoyama Kento, Watanabe Hiroki, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage, and Analysis (SC'19)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] PKRank & SPDRank 化合物選別のためのランク学習法2019
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 鈴木翔吾, 秋山泰
- 学会等名
  生命情報科学若手の会第11回研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] IT創薬と知財2019
- 著者名/発表者名
  秋山泰
- 学会等名
  日本知財学会第17回年次学術研究発表会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Performance evaluation of MEGADOCK protein-protein interaction prediction system implemented with distributed containers on a cloud computing environment2019
- 著者名/発表者名
  Aoyama Kento, Yamamoto Yuki, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  IPSJ Technical Report
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Performance evaluation of MEGADOCK protein?proteininteraction prediction system implemented with distributedcontainers on a cloud computing environment2019
- 著者名/発表者名
  Aoyama Kento, Yamamoto Yuki, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications （PDPTA'19）
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 機械学習を用いた環状ペプチドの膜透過性予測手法の開発2019
- 著者名/発表者名
  山田雄太, 吉川寧, 和久井直樹, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告第57回バイオ情報学（BIO）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Multiple HPC Environments-Aware Container Image Configuration for Bioinformatics Application2019
- 著者名/発表者名
  Aoyama Kento, Watanabe Hiroki, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Accelerating MEGADOCK: protein-protein interaction prediction software on multiple nodes and multiple GPUs environment2019
- 著者名/発表者名
  Watanabe Hiroki, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Parallelized pipeline for whole genome shotgun metagenomics with GHOSTZ-GPU and MEGAN2019
- 著者名/発表者名
  Masahito Ohue,Marina Yamasawa,Kazuki Izawa,Yutaka Akiyama
- 学会等名
  In Proceedings of the 19th annual IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (IEEE BIBE 2019)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 拡張サンプリング法による環状ペプチドの膜透過性予測システムの開発2019
- 著者名/発表者名
  黄毅聰, 吉川寧, 和久井直樹, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告第57回バイオ情報学（BIO）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 機械学習を用いた環状ペプチドの体内安定性予測手法の改良2019
- 著者名/発表者名
  李佳男,吉川寧,大上雅史,秋山泰.
- 学会等名
  情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Megadock-Web: an integrated database of high-throughput structure-based proteinprotein interaction predictions.2019
- 著者名/発表者名
  Ohue, Masahito, Hayashi Takanori, Matsuzaki Yuri, Yanagisawa Keisuke, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  Biophysical Society 63rd Annual Meeting
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] マルチドメインタンパク質の相互作用残基ペア予測を用いた立体構造予測手法の改良2019
- 著者名/発表者名
  松野駿平,大上雅史,秋山泰.
- 学会等名
  情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Development of Membrane Permeability Prediction Method for Cyclic Peptids with Machine Learning2019
- 著者名/発表者名
  Yamada Yutaka, Yoshikawa Yasushi, Wakui Naoki, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 分子グラフ上の距離を考慮したグラフ畳込みニューラルネットワークによる化合物活性予測2019
- 著者名/発表者名
  伊井良太, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告第57回バイオ情報学（BIO）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Multidomain protein structure prediction using multimeric interaction residue pair information2019
- 著者名/発表者名
  Matsuno Shumpei, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Acceleration and virtualization of parallel protein-protein interaction prediction system MEGADOCK2019
- 著者名/発表者名
  Ohue Masahito, Watanabe Hiroki, Aoyama Kento, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  The 57th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Prediction of membrane permeability and plasma protein binding of cyclic peptides2019
- 著者名/発表者名
  Akiyama Yutaka
- 学会等名
  AHeDD2019/IPAB2019 Joint Symposium
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Molecular activity prediction using graph convolutional deep neural network considering distance on a molecular graph2019
- 著者名/発表者名
  Ohue Masahito, Ii Ryota, Yanagisawa Keisuke, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications （PDPTA'19）
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Molecular activity prediction using graph convolutional deep neural network considering distance on a molecular graph2019
- 著者名/発表者名
  Ohue Masahito, Ii Ryota, Yanagisawa Keisuke, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  IPSJ Technical Report
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] PKRank & SPDRank: Learning-to-rank methods for ligand-based virtual screening2019
- 著者名/発表者名
  Ohue Masahito, Suzuki Shogo D., Akiyama Yutaka
- 学会等名
  第8回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] A playful tool for predicting protein-protein docking2019
- 著者名/発表者名
  Keren Jiang,Di Zhang,Tsubasa Iino,Risa Kimura,Tatsuo Nakajima,Kana Shimizu,Masahito Ohue,Yutaka Akiyama.
- 学会等名
  Mobile and Ubiquitous Multimedia (MUM 2019)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 代表タンパク質構造群との構造アラインメントスコアプロファイルに基づくタンパク質間相互作用予測の高速化2019
- 著者名/発表者名
  林孝紀, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告第57回バイオ情報学（BIO）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] MEGADOCK-Web-Mito: a database of computer-predicted mitochondrial protein-protein interactions2018
- 著者名/発表者名
  Watanabe Hiroki, Hayashi Takanori, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  1st RWBC-OIL Workshop, Tokyo Institute of Technology
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Efficient Hyperparameter Optimization by Using GP-MI Bayesian Optimization Algorithm for Predicting Drug-Target Interactions2018
- 著者名/発表者名
  Ban Tomohiro, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  1st RWBC-OIL Workshop, Tokyo Institute of Technology
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 生命情報解析分野におけるコンテナ型仮想化技術の動向と性能検証2018
- 著者名/発表者名
  青山建人, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告第54回バイオ情報学（BIO）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Performance Improvements of PPI Prediction Software by Tuning GPU Device Allocation on Multi-GPU Environments2018
- 著者名/発表者名
  Aoyama Kento, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Development of efficient protein-ligand docking method for virtual screening by reuse of fragments2018
- 著者名/発表者名
  Kubota Rikuto, Yanagisawa Keisuke, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  1st RWBC-OIL Workshop, Tokyo Institute of Technology
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Hear the voice of structures: exhaustive protein-protein docking prediction and its application to drug discovery2018
- 著者名/発表者名
  Akiyama Yutaka
- 学会等名
  International Conference on Bioinformatics 2018 (InCob2018), Delhi, India
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 共通な部分構造の再利用アルゴリズムを用いたタンパク質リガンドドッキング手法の開発2018
- 著者名/発表者名
  久保田陸人, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告第54回バイオ情報学（BIO）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 中分子IT創薬を加速する薬剤体内動態予測2018
- 著者名/発表者名
  秋山泰
- 学会等名
  第22回オープンバイオ研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] ミトコンドリアに関連したヒトタンパク質間相互作用予測データベースMEGADOCK-Web-Mitoの開発2018
- 著者名/発表者名
  渡辺紘生, 林孝紀, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告第54回バイオ情報学（BIO）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] MEGADOCK-Web: An Integrated Database of High-Throughput Structure-Based Protein-Protein Interaction Predictions2018
- 著者名/発表者名
  Masahito Ohue, Hayashi Takanori, Matsuzaki Yuri, Yanagisawa Keisuke, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  Biophysical Society 63rd Annual Meeting, Baltimore, MD, USA
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 代表タンパク質構造群とのアラインメントを用いた高速なタンパク質間相互作用予測2018
- 著者名/発表者名
  林孝紀, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Feature extraction by enumerating lasso solutions for predicting plasma protein binding of peptide2018
- 著者名/発表者名
  akashi Tajimi, Naoki Wakui, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2018)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776
[学会発表] 複数のLasso回帰解に基づく解釈性の良い予測モデルを目指した環状ペプチド医薬品の体内安定性予測2018
- 著者名/発表者名
  多治見隆志, 和久井直樹, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告第54回バイオ情報学（BIO）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Feature extraction by enumerating lasso solutions for predicting plasma protein binding of peptide2018
- 著者名/発表者名
  Takashi Tajimi, Naoki Wakui, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2018)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Comparison of the HPC Container Technologies for Bioinformatics Application2018
- 著者名/発表者名
  Aoyama Kento, Ohue Masahito, Akiyama Yutaka
- 学会等名
  1st RWBC-OIL Workshop, Tokyo Institute of Technology
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 大域的化合物特徴を表現するグラフ畳込みニューラルネットワーク2018
- 著者名/発表者名
  伊井良太, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 中分子IT創薬を加速する薬剤体内動態予測2018
- 著者名/発表者名
  秋山泰
- 学会等名
  第22回オープンバイオ研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776
[学会発表] Computer prediction of plasma protein binding and membrane permeability of circular peptides as drug candidate2018
- 著者名/発表者名
  Akiyama Yutaka
- 学会等名
  Asia Hub e-Drug Discovery Symposium (AHeDD2018), Korean Institute of Science and Technology Gangneung
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a Chemogenomics Approach2017
- 著者名/発表者名
  Ohue M, Yamazaki T, Ban T, Akiyama Y.
- 学会等名
  Intelligent Computing Theories and Application (In Proceedings of ICIC2017, Lecture Notes in Computer Science)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Learning-to-rank based compound virtual screening by using pairwise kernel with multiple heterogeneous experimental data2017
- 著者名/発表者名
  Suzuki SD, Ohue M, Akiyama Y.
- 学会等名
  In Proceedings of The 22nd International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 2017)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] Efficient Hyperparameter Optimization by Using Bayesian Optimization for Drug-Target Interaction Prediction2017
- 著者名/発表者名
  Ban T, Ohue M, Akiyama Y.
- 学会等名
  In Proceedings of the 7th IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences (ICCABS 2017)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 標的タンパク質の立体構造を用いたリガンド候補化合物の上限サイズの推定による化合物フィルタリング2017
- 著者名/発表者名
  柳澤渓甫、大上雅史、石田貴士、秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会 2016-BIO-49(6)
- 発表場所
  沖縄科学技術大学院大学
- 年月日
  2017-03-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776
[学会発表] 中分子IT創薬研究拠点(MIDL)の構想2017
- 著者名/発表者名
  秋山泰
- 学会等名
  BioJapan2017
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] スーパーコンピューターと機械学習を用いた中分子創薬支援2017
- 著者名/発表者名
  秋山泰
- 学会等名
  第1回TechPitch
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776
[学会発表] インシリコスクリーニング技術を用いた抗シャーガス病の治療薬探索2017
- 著者名/発表者名
  吉野龍ノ介 , 安尾信明 , 萩原陽介 , 石田貴士 , 稲岡健 , 天野靖士 , 立石幸寛 , 大野一樹 , 生田目一寿 , 新美達也 , 折田正弥 , 北潔 , 秋山泰 , 関嶋政和
- 学会等名
  第52回情報処理学会バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776
[学会発表] スーパーコンピューターと機械学習を用いた中分子創薬支援2017
- 著者名/発表者名
  秋山泰
- 学会等名
  第1回TechPitch
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01814
[学会発表] 標的タンパク質の立体構造を用いたリガンド候補化合物の上限サイズの推定による化合物フィルタリング2017
- 著者名/発表者名
  柳澤渓甫, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会　2017-BIO-49(6)
- 発表場所
  北陸先端科学技術大学院大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] フラグメント分割に基づく超高速化合物プレスクリーニング手法ESPRESSO2016
- 著者名/発表者名
  柳澤渓甫, 小峰駿汰, 鈴木翔吾, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会　2016-BIO-46(18)
- 発表場所
  沖縄科学技術大学院大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] SHAKE法に着目した分子動力学ソフトウェアmyPresto/OmegageneのCPU・GPU混在環境における高速化2016
- 著者名/発表者名
  後藤公太、笠原浩太、大上雅史、中村春木、秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会 2016-BIO-46(17)
- 発表場所
  沖縄科学技術大学院大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776
[学会発表] フラグメント分割に基づく超高速化合物プレスクリーニング手法ESPRESSO2016
- 著者名/発表者名
  柳澤渓甫、小峰駿太、鈴木翔吾、大上雅史、石田貴士、秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会 2016-BIO-46(18)
- 発表場所
  沖縄科学技術大学院大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776
[学会発表] タンパク質-化合物相互作用ネットワークのリンクマイニング2016
- 著者名/発表者名
  山崎卓朗, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告
- 発表場所
  石川県能美市, JAIST
- 年月日
  2016-03-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] GPUを用いたメタゲノム配列相同性解析ツールのMPI並列化と応用2016
- 著者名/発表者名
  藤井智也, 角田将典, 大上雅史, 石田貴士, 石原和幸, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告
- 発表場所
  石川県能美市, JAIST
- 年月日
  2016-03-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] 活性値情報のグループ化とランク学習による化合物スクリーニング2016
- 著者名/発表者名
  鈴木翔吾, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会　2016-BIO-46(26)
- 発表場所
  沖縄科学技術大学院大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] 活性値情報のグループ化とランク学習による化合物スクリーニング2016
- 著者名/発表者名
  鈴木翔吾、大上雅史、秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会 2016-BIO-46(26)
- 発表場所
  沖縄科学技術大学院大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02776
[学会発表] SHAKE法に着目した分子動力学ソフトウェアmyPresto/OmegageneのCPU・GPU混在環境における高速化2016
- 著者名/発表者名
  後藤公太, 笠原浩太, 大上雅史, 中村春木, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会　2016-BIO-46(17)
- 発表場所
  沖縄科学技術大学院大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] タンパク質間相互作用予測結果データベース及び表示系の構築2016
- 著者名/発表者名
  長澤一輝, 松崎由理, 大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告
- 発表場所
  石川県能美市, JAIST
- 年月日
  2016-03-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] "GHOST-MP: an ultra-fast and high-sensitive homology search software for metagenome analysis"2015
- 著者名/発表者名
  Yutaka Akiyama
- 学会等名
  3rd IIT Madras - Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics
- 発表場所
  IIT Madras, Chennai
- 年月日
  2015-11-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] Analysis of protein docking decoys in terms of physicochemical properties of protein surfaces using rigid-body docking process2015
- 著者名/発表者名
  Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  3rd IIT Madras - Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics
- 発表場所
  IIT Madras, Chennai
- 年月日
  2015-11-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] タンパク質ドッキングと配列情報特徴解析の融合によるタンパク質間相互作用予測の高精度化2015
- 著者名/発表者名
  小幡康文, 石田貴士, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会　第41回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  北海道大学
- 年月日
  2015-03-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] 既知の活性／非活性化合物のドッキング解析によるバーチャルスクリーニングに適したタンパク質立体構造モデルの選択2015
- 著者名/発表者名
  和久井直樹, 大上雅史, 千葉峻太朗, 石田貴士, 岩?博史, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告
- 発表場所
  沖縄県国頭郡, OIST
- 年月日
  2015-06-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] SVMとDeep Learningに基づくヒトc-Yesキナーゼ阻害化合物の予測2015
- 著者名/発表者名
  鈴木翔吾, 柳澤渓甫, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告
- 発表場所
  沖縄県国頭郡, OIST
- 年月日
  2015-06-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] Performance Analysis of MapReduce Implementations for High Performance Homology Search2015
- 著者名/発表者名
  Zhang Chaojie, Koichi Shirahata, Shuji Suzuki, Yutaka Akiyama, Satoshi Matsuoka
- 学会等名
  HPCS2015
- 発表場所
  東京都文京区, 東京大学
- 年月日
  2015-05-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] MEGADOCK: A high-performance protein-protein interaction prediction software for petascale supercomputing environments2015
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  3rd IIT Madras - Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics
- 発表場所
  IIT Madras, Chennai
- 年月日
  2015-11-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] フラグメント伸長型タンパク質-化合物ドッキングのビームサーチによる高速化2015
- 著者名/発表者名
  小峰駿汰, 石田貴士, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告
- 発表場所
  沖縄県国頭郡, OIST
- 年月日
  2015-06-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] 低分子化合物二次元構造比較システムの改良2015
- 著者名/発表者名
  杉原舜, 石田貴士, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告
- 発表場所
  沖縄県国頭郡, OIST
- 年月日
  2015-06-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] Drug clearance pathway prediction based on semi-supervised learning2015
- 著者名/発表者名
  Keisuke Yanagisawa，Takashi Ishida，Yuichi Sugiyama，Yutaka Akiyama
- 学会等名
  情報処理学会　第41回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  北海道大学
- 年月日
  2015-03-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] Re-docking scheme to explore docking search space by using interaction profiles2014
- 著者名/発表者名
  Nobuyuki Uchikoga , Yuri Matsuzaki , Masahito Ohue , Takatsugu Hirokawa , Yutaka Akiyama
- 学会等名
  Biophysical Society 58th Annual Meeting
- 発表場所
  Moscone Center, San Francisco
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] ハッシュテーブル及びde Bruijn Graphの分割による、ゲノム解析の消費メモリ量の低減2014
- 著者名/発表者名
  杉浦典和 , 石田貴士 , 秋山泰 , 関嶋政和
- 学会等名
  情報処理学会第76回全国大会
- 発表場所
  東京都,　東京電機大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] 蛋白質-化合物ドッキングにおけるグリッドの分散配置による配座探索の改良2014
- 著者名/発表者名
  伴兼弘 , 石田貴士 , 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第37回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  福岡県, 九州工業大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] Prediction of protein-protein interactions based on tertiary structures and transcription information2014
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki , Nobuyuki Uchikoga , Masahito Ohue , Takashi Ishida , Yutaka Akiyama
- 学会等名
  Biophysical Society 58th Annual Meeting
- 発表場所
  Moscone Center, San Francisco
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] Highly Precise Protein-Protein Interaction Prediction Based on Consensus Between Template-Based and de Novo Docking Methods2013
- 著者名/発表者名
  Masahito Ohue , Yuri Matsuzaki , Takehiro Shimoda , Takashi Ishida , Yutaka Akiyama
- 学会等名
  Great Lakes Bioinformatics Conference 2013
- 発表場所
  Pittsburg, Pennsylvania, USA
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] De Bruijn Graphの分割によるVelvetの消費メモリの低減2013
- 著者名/発表者名
  杉浦典和 , 石田貴士 , 秋山泰 , 関嶋政和
- 学会等名
  情報処理学会第36回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  東京都, 東京工業大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] Protein-protein interaction prediction based on rigid-body docking with ultra-high-performance computing technique: applications to affinity prediction on CAPRI round 21 and interactome analyses2013
- 著者名/発表者名
  Masahito Ohue , Yuri Matsuzaki , Nobuyuki Uchikoga , Kohei Yamamoto , Takayuki Fujiwara , Takehiro Shimoda , Toshiyuki Sato , Takashi Ishida , Yutaka Akiyama
- 学会等名
  CAPRI 2013 5th Evaluation Meeting
- 発表場所
  Utrecht, Netherland
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] NTDs創薬ターゲットタンパク質選択のためのデータベースiNTRODBの開発2013
- 著者名/発表者名
  石田貴士 , 蓮実梢 , 伴兼弘 , 秋山泰
- 学会等名
  第54回日本熱帯医学会大会
- 発表場所
  長崎県, 長崎ブリックホール
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] MEGADOCK-GPU: Acceleration of Protein-Protein Docking Calculation on GPUs2013
- 著者名/発表者名
  Takehiro Shimoda , Takashi Ishida , Shuji Suzuki , Masahito Ohue , Yutaka Akiyama
- 学会等名
  2nd International Workshop on Parallel and Cloud-based Bioinformatics and Biomedicine (ParBio2013), ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine 2013 (ACM-BCB 2013)
- 発表場所
  Bethesda, Maryland, USA
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] Sparse k-mer graphアルゴリズムの評価とVelvetへの実装2013
- 著者名/発表者名
  吉川舜亮 , 石田貴士 , 関嶋政和 , 秋山　泰
- 学会等名
  情報処理学会第34回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  沖縄県, 沖縄科学技術大学院大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] 結合自由エネルギー予測を用いたクリアランス経路予測の改善に関する研究2013
- 著者名/発表者名
  齊藤有紀 , 石田貴士 , 関嶋政和 , 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第34回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  沖縄県, 沖縄科学技術大学院大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] 立体構造情報を用いたドッキング計算による大規模タンパク質-RNA間相互作用予測手法2011
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 松崎由理, 秋山泰
- 学会等名
  第73回情報処理学会全国大会
- 発表場所
  東京工業大学(東京)
- 年月日
  2011-03-02
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] タンパク質とRNAの立体構造に基づいた網羅的計算による相互作用予測2011
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰
- 学会等名
  2011年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム(HPCS2011)
- 発表場所
  産業技術総合研究所(筑波)
- 年月日
  2011-01-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] 相互作用プロファイルを用いたタンパク質間ドッキング問題における前処理の評価2011
- 著者名/発表者名
  内古閑伸之, 広川貴次, 秋山泰
- 学会等名
  第3回バイオスーパーコンピューティングシンポジウム
- 発表場所
  甲南大学(神戸)
- 年月日
  2011-02-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] タンパク質ドッキング計算結果の可視化とその解析2011
- 著者名/発表者名
  山本航平, 大上雅史, 松崎由理, 石田貴士, 秋山泰
- 学会等名
  第73回情報処理学会全国大会
- 発表場所
  東京工業大学(東京)
- 年月日
  2011-03-02
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] タンパク質-リガンド間の結合性解析の自動パイプライン化2011
- 著者名/発表者名
  尾渡裕成, 関嶋政和, 秋山泰
- 学会等名
  第73回情報処理学会全国大会
- 発表場所
  東京工業大学(東京)
- 年月日
  2011-03-02
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] MEGADOCKを用いたタンパク質間相互作用予測のシグナル伝達系への応用2011
- 著者名/発表者名
  松崎由理, 内古閑伸之, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰
- 学会等名
  第3回バイオスーパーコンピューティングシンポジウム
- 発表場所
  甲南大学(神戸)
- 年月日
  2011-02-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] In silico prediction of PPI network with structure-based all-to-all docking2010
- 著者名/発表者名
  Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  InCoB2010 - the 9th International Conference on Bioinformatics
- 発表場所
  早稲田大学(東京)
- 年月日
  2010-09-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] A computational screening system of protein-protein interactions : connecting protein structural information to biological pathway estimation2010
- 著者名/発表者名
  松崎由理, 大上雅史, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山泰
- 学会等名
  11th International Conference on Systems Biology (ICSB 2010)
- 発表場所
  Edinburgh Int'l Conference Centre(英国)
- 年月日
  2010-10-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] MEGADOCK : An all-to all protein-protein interaction prediction system-Improving the sccuracy using boosting and binding energy reranking2010
- 著者名/発表者名
  Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  The 2nd Biosupercomputing Symposium (BSCS)
- 発表場所
  MY PLAZA ホール(東京)
- 年月日
  2010-03-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] A computational screening system of protein-protein interactions : connecting protein structural information to biological pathway estimation2010
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  11th International Conference on Systems Biology (ICSB 2010)
- 発表場所
  Edinburgh International Conference Centre (英国)
- 年月日
  2010-10-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] リランキングを用いたタンパク質ドッキングの精度向上と網羅的タンパク質間相互作用予測への応用2010
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会バイオ情報学研究会SIGBIO-20-3
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] A computatioal screening system of protein-ptotein interactions : connecting structural information to pathway estimation2010
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  The 2nd Biosupercomputing Symposium (BSCS)
- 発表場所
  MY PLAZA ホール(東京)
- 年月日
  2010-03-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] タンパク質の特性に基づく unbound ドッキングのための剛体予測手法の改良2010
- 著者名/発表者名
  松崎裕介, 大上雅史, 松崎由理, 佐藤智之, 関嶋政和, 秋山泰
- 学会等名
  情処SIGBIO-20-4
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] タンパク質の特性に基づくunboundドッキングのための剛体予測手法の改良2010
- 著者名/発表者名
  松崎裕介, 大上雅史, 松崎由理, 佐藤智之, 関嶋政和, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第20回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  北陸先端大学(金沢)
- 年月日
  2010-03-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Exhaustive Protein-Protein Interaction Network Prediction by MEGADOCK2010
- 著者名/発表者名
  秋山泰
- 学会等名
  Asia Hub for e-Drug Discovery Symposium AHeDD 2010
- 発表場所
  Yonsei University(韓国)(招待講演)
- 年月日
  2010-12-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Cluster analysis in post-docking process for rigid-body docking problem by using Interaction Fingerprints2010
- 著者名/発表者名
  Nobuyuki Uchikoga, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  Computational Biology Research Center Workshop 2010 (CBRC2010)
- 発表場所
  産業技術総合研究所(東京)
- 年月日
  2010-07-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] 単純ベイズ確率モデルの導入による天然変性蛋白質領域予測の改良2010
- 著者名/発表者名
  石田貴士, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第21回バイオ情報学研究発表会
- 発表場所
  琉球大学(那覇)
- 年月日
  2010-06-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] 立体構造情報を用いた網羅的計算によるタンパク質間相互作用ネットワーク予測2010
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 松崎由理, 秋山泰
- 学会等名
  生命情報科学若手の会第2回研究会
- 発表場所
  遺伝学研究所(三島)
- 年月日
  2010-10-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Searching near-native decoys from various types of protein complexes by cluster analysis with Interaction Finger Print2010
- 著者名/発表者名
  Nobuyuki Uchikoga, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
- 発表場所
  東北大学(仙台)
- 年月日
  2010-09-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] A computational screening system of protein-protein interactions : connecting protein structural information to biological pathway estimation2010
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  ETHZ - Tokyo Tech Workshop : Computing with GPUs, Cells, and Multicores
- 発表場所
  ETH Zurich (スイス)
- 年月日
  2010-05-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] エネルギー計算に基づくリランキングとクラスタリングを用いた網羅的タンパク質間相互作用予測手法の提案2010
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰
- 学会等名
  第2回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム(DEIM2010)
- 発表場所
  淡路夢舞台国際会議場(淡路)
- 年月日
  2010-03-01
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Cluster analysis in post-docking process for rigid- body docking problem by using Interaction Fingerprints2010
- 著者名/発表者名
  Nobuyuki Uchikoga, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  CBRC2010
- 発表場所
  Computational Biology Res.Center(東京)
- 年月日
  2010-07-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Exhaustive Protein-Protein Interaction Network Prediction by MEGADOCK2010
- 著者名/発表者名
  Yutaka Akiyama
- 学会等名
  Asia Hub for eDrug Discovery (AHeDD) Symoposium 2010
- 発表場所
  Yonsei University (韓国) 招待講演
- 年月日
  2010-12-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] A computational screening system of protein-protein interactions : connecting protein structural information to biological pathway estimation2010
- 著者名/発表者名
  松崎由理, 大上雅史, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山泰
- 学会等名
  Computing with GPUs, Cells, and Multicores
- 発表場所
  ETH Zurich(スイス)
- 年月日
  2010-05-10
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Searching near-native decoys from various types of protein complexes by cluster analysis with Interaction Finger Print2010
- 著者名/発表者名
  Nobuyuki Uchikoga, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  The 48th Annual Meeting of the Biophysical Soc.of Japan
- 発表場所
  Tohoku University(仙台)
- 年月日
  2010-09-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Exhaustive protein-protein interaction prediction with MEGADOCK and its application to signaling pathway estimation2010
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  Asia Hub for eDrug Discovery (AHeDD) Symoposium 2010
- 発表場所
  Yonsei University (韓国)
- 年月日
  2010-12-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] リランキングを用いたタンパク質ドッキングの精度向上と網羅的タンパク質間相互作用予測への応用2010
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第20回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  北陸先端大学(金沢)
- 年月日
  2010-03-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Post-docking analysis with interaction fingerprint2010
- 著者名/発表者名
  Nobuyuki Uchikoga, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  Asia Hub for eDrug Discovery (AHeDD) Symoposium 2010
- 発表場所
  Yonsei University (韓国)
- 年月日
  2010-12-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Binding Analysis of Neuraminidase Inhibitors by Fragment Molecular Orbital Calculation2010
- 著者名/発表者名
  Yusei Owatari, Masakazu Sekijima, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  Asia Hub for eDrug Discovery (AHeDD) Symoposium 2010
- 発表場所
  Yonsei University (韓国)
- 年月日
  2010-12-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] In silico prediction of PPI network with structure-based all-to-all docking2010
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 松崎由理, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山泰
- 学会等名
  InCoB2010-the 9th International Conference on Bioinformatics
- 発表場所
  Waseda University(東京)
- 年月日
  2010-09-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] MEGADOCK:立体構造情報からの網羅的タンパク質間相互作用予測とそのシステム生物学への応用2010
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 松崎由理, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第78回数理モデル化と問題解決研究発表会
- 発表場所
  群馬大学(高崎)
- 年月日
  2010-05-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] 相互作用プロファイルによるタンパク質複合体予測のポストドッキング解析2010
- 著者名/発表者名
  内古閑伸之, 広川貴次, 秋山泰
- 学会等名
  第38回構造活性相関シンポジウム
- 発表場所
  徳島大学(徳島)
- 年月日
  2010-10-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] タンパク質の特性に基づくunbound ドッキングのための剛体予測手法の改良2010
- 著者名/発表者名
  松崎裕介, 大上雅史, 松崎由理, 佐藤智之, 関嶋政和, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第20回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  北陸先端大学(金沢)
- 年月日
  2010-03-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] A computational screening system of protein-protein interactions using tertiary structure data : an application to signaling pathway analysis2009
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference
- 発表場所
  Haeundae Grand Hotel(韓国)
- 年月日
  2009-11-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] 分子動力学法に基づくタンパク質構造サンプリングとドッキング予測の改良2009
- 著者名/発表者名
  松崎裕介, 松崎由理, 関嶋政和, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第18回バイオ情報学会研究会
- 発表場所
  北海道大学(札幌)
- 年月日
  2009-09-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Protein structure sampling based on molecular dynamics and improvement of docking prediction2009
- 著者名/発表者名
  Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Masakazu Sekijima, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference
- 発表場所
  Haeundae Grand Hotel(韓国)
- 年月日
  2009-11-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] In silico screening of proteinprotein interactions with all-to-all rigid docking and clustering : an application to pathway analysis2009
- 著者名/発表者名
  松崎由理, 松崎裕介, 大上雅史, 佐藤智之, 秋山泰
- 学会等名
  The 10th International Conference on Systems Biology (ICSB 2009)
- 発表場所
  Stanford University(米国)
- 年月日
  2009-09-01
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] In silico screening of protein-protein interactions with all-to-all rigid doc king and clustering : an application to pathway analysis2009
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  The 10th International Conference on Systems Biology (ICSB 2009)
- 発表場所
  Stanford大学(米国)
- 年月日
  2009-09-01
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Binding analysis of neuraminidase inhibitors by fragment MO calculation2009
- 著者名/発表者名
  Yusei Owatari, Masakazu Sekijima, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference
- 発表場所
  Haeundae Grand Hotel(韓国)
- 年月日
  2009-11-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] 物理化学的相互作用の導入による網羅的タンパク質間相互作用予測システムの高精度化2009
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第17回バイオ情報学会研究会
- 発表場所
  沖縄科学技術研究基盤整備機構(沖縄)
- 年月日
  2009-05-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] ドッキング後処理によるPPI検出システムの応用と評価〜EGFRシグナル伝達系への適用にむけて2009
- 著者名/発表者名
  松崎由理, 松崎裕介, 大上雅史, 佐藤智之, 秋山泰
- 学会等名
  第8回データ解析融合ワークショップ
- 発表場所
  学術総合センター(東京)
- 年月日
  2009-03-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Improvement of all-to-all protein-protein interaction prediction system MEGADOCK2009
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 秋山泰
- 学会等名
  Genome Informatics Workshop (GIW2009)
- 発表場所
  Pacifico Yokohama(横浜)
- 年月日
  2009-12-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] A GPGPU-based ultra fast computer system for mapping short DNA fragments onto human/mouse full genome sequence2009
- 著者名/発表者名
  Y. Akiyama
- 学会等名
  The 3rd International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis (SCAW2008)
- 発表場所
  ETH (Zurich)
- 年月日
  2009-09-11
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[学会発表] Improvement of all-to-all protein-protein interaction prediction system MEGADOCK2009
- 著者名/発表者名
  Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference
- 発表場所
  Haeundae Grand Hotel(韓国)
- 年月日
  2009-11-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Improvement of all-to-all protein-protein interaction prediction system MEGADOCK2009
- 著者名/発表者名
  Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  The 20th International Conference on Genome Informatics Workshop (GIW2009)
- 発表場所
  パシフィコ横浜(横浜)
- 年月日
  2009-12-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Fragment Mapping and Error Correction for Next-Generation Sequencers2009
- 著者名/発表者名
  Y. Akiyama
- 学会等名
  第7回ライフサーベイヤシンポジウム
- 発表場所
  日立製作所中央研究所
- 年月日
  2009-01-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[学会発表] 物理化学的相互作用の導入によるタンパク質間相互作用予測システムの高精度化2009
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 秋山泰
- 学会等名
  第8回データ解析融合ワークショップ
- 発表場所
  学術総合センター(東京)
- 年月日
  2009-03-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] A computational screening system of protein-protein interactions using tertiary structure data : with applicatio to pathway analysis2009
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  Joint Computational Science Workshop 2009
- 発表場所
  理研横浜研究所(鶴見)
- 年月日
  2009-07-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] 網羅的タンパク質間相互作用予測システムにおける判別精度の改良2009
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第18回バイオ情報学会研究会
- 発表場所
  北海道大学(札幌)
- 年月日
  2009-09-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] フラグメントMO法によるノイラミニダーゼ阻害薬の結合性解析2009
- 著者名/発表者名
  尾渡裕成, 関嶋政和, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第18回バイオ情報学会研究会
- 発表場所
  北海道大学(札幌)
- 年月日
  2009-09-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] 物理化学的相互作用の導入による網羅的タンパク質間相互作用予測システムの高精度化2009
- 著者名/発表者名
  大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰
- 学会等名
  情処SIGBIO-17-4
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Predicting protein-protein interactions with a peta-flops computer : Techniques and potential applications to systems biology research2008
- 著者名/発表者名
  Yutaka Akiyama, Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Satoshi Matsuoka
- 学会等名
  The ninth international conference of KSBSB (Bioinfo2008)
- 発表場所
  忠北大学校(韓国)
- 年月日
  2008-11-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Virtual screening of protein-protein interactions : an application to known signal transduction systems2008
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
- 発表場所
  千里ライフサイエンスセンター(大阪)
- 年月日
  2008-12-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Megadock - a rapid screening system for all-to-all protein docking analysis with precalculated fourier library of protein structures2008
- 著者名/発表者名
  Yutaka Akiyama, Toshiyuki Sato, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki
- 学会等名
  The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
- 発表場所
  千里ライフサイエンスセンター(大阪)
- 年月日
  2008-12-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] MEGADOCK - A massively parallel software system for all-to-all protein docking analysis with pre-calculated Fourier library of protein structures2008
- 著者名/発表者名
  Yutaka Akiyama, Toshiyuki Sato, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki
- 学会等名
  バイオスーパーコンピューティング・シンポジウム(BSCS)2008
- 発表場所
  丸の内マイプラザ(東京)
- 年月日
  2008-12-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Megadock - a rapid screening system for all-to-all protein docking analysis with pre-calculated fourier library of protein structures2008
- 著者名/発表者名
  Yutaka Akiyama, Toshiyuki Sato, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki
- 学会等名
  1st Joint Workshop on Computational Science
- 発表場所
  理化学研究所(和光)
- 年月日
  2008-07-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] A GPGPU-based ultra fast computer system for mapping short DNA fragments onto human/ mouse full genome sequence2008
- 著者名/発表者名
  Y. Akiyama
- 学会等名
  The 2008 Annual Coniference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
- 発表場所
  千里ライフサイエンスセンター(大阪)
- 年月日
  2008-12-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[学会発表] In Silico Screening Method of Protein-protein Interactions Using All-to-all Rigid Docking and Clustering : with Application to Pathway Analysis2008
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  バイオスーパーコンピューティング・シンポジウム(BSCS)2008
- 発表場所
  丸の内マイプラザ(東京)
- 年月日
  2008-12-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] A GPGPU-based ultra fast sequence comparison system for mapping short DNA fragments onto human/ mouse full genome sequence fragments onto human/mouse full genome sequence2008
- 著者名/発表者名
  Y. Akiyama
- 学会等名
  AHeDD2008/IPAB2008 Joint Symposium
- 発表場所
  恵比寿ガーデンプレイス(東京)
- 年月日
  2008-10-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[学会発表] タンパク質ドッキング予測プログラムによるシグナル伝達系のタンパク質間相互作用解析2008
- 著者名/発表者名
  松崎由理, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第13回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  琉球大学(沖縄)
- 年月日
  2008-06-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] タンパク質間相互作用予測のためのドッキング後処理システムの開発2008
- 著者名/発表者名
  松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会第13回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  琉球大学(沖縄)
- 年月日
  2008-06-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Megadock-a rapid screening system for all-to-all protein docking analysis with precalculated fourier library of protein structures2008
- 著者名/発表者名
  秋山泰, 佐藤智之, 松崎裕介, 松崎由理
- 学会等名
  The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics(JSBi2008)
- 発表場所
  千里ライフサイエンスセンター(大阪
- 年月日
  2008-12-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Analysis of protein・protein interactions of signal transduction pathways using a docking prediction program2008
- 著者名/発表者名
  Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  1st Joint Workshop on Computational Science
- 発表場所
  理化学研究所(和光)
- 年月日
  2008-07-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] Development of post・docking system for protein-protein interaction prediction2008
- 著者名/発表者名
  Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
- 学会等名
  1st Joint Workshop on Computational Science
- 発表場所
  理化学研究所(和光)
- 年月日
  2008-07-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19300102
[学会発表] パイロシーケンシング法における読み取りエラー発生シミュレータとその応用2008
- 著者名/発表者名
  秋山泰
- 学会等名
  第6回ライフサーベイヤシンポジウム
- 発表場所
  大阪大学
- 年月日
  2008-06-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[学会発表] システム生物学と創薬2007
- 著者名/発表者名
  秋山泰
- 学会等名
  第21回日本薬物動態学会ワークショップ
- 発表場所
  昭和大学、東京
- 年月日
  2007-04-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[学会発表] Large-scale computing for bioinformatics2000
- 著者名/発表者名
  Akiyama Y
- 学会等名
  Virtual Laboratory based on Grid Technology Workshop
- 発表場所
  Seoul, Korea
- 年月日
  2000-03-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17066002
[学会発表] Improvement of the Protein-Protein Docking Prediction by Introducing a Simple Hydrophobic Interaction Model: an Application to Interaction Pathway Analysis
- 著者名/発表者名
  Ohue M, Matsuzaki Y, Ishida T, Akiyama Y
- 学会等名
  The 7th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB 2012)
- 発表場所
  東京工業大学（東京）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] 半教師付き学習を用いた薬物クリアランス経路予測
- 著者名/発表者名
  柳澤渓甫, 石田貴士, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会　第38回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  沖縄科学技術大学院大学
- 年月日
  2014-06-25 – 2014-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] パスウェイ情報を用いた顧みられない熱帯病創薬支援のための統合データベースiNTRODBの改良
- 著者名/発表者名
  蓮実　梢, 石田貴士, 秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会　第38回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  沖縄科学技術大学院大学
- 年月日
  2014-06-25 – 2014-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] 簡易疎水性相互作用モデルによるタンパク質間ドッキング予測の高精度化
- 著者名/発表者名
  藤原隆之, 松崎由理，石田貴士，秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告 2012-BIO-29(21)
- 発表場所
  沖縄科学技術大学院大学（沖縄）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] タンパク質間ドッキング予測における実空間での効率的な評価スコア計算方法の研究
- 著者名/発表者名
  下田雄大，石田貴士，秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告 2012-BIO-29(20)
- 発表場所
  沖縄科学技術大学院大学（沖縄）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] MEGADOCKを用いたタンパク質間相互作用予測のヒトアポトーシスパスウェイ解析への応用
- 著者名/発表者名
  大上雅史，松崎由理，石田貴士，秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告 2012-BIO-32(13)
- 発表場所
  京都大学桂キャンパス（京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] タンパク質間ドッキング予測における機械学習を用いた目的関数の動的調整
- 著者名/発表者名
  大上雅史，石田貴士，秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告 2012-BIO-29(19)
- 発表場所
  沖縄科学技術大学院大学（沖縄）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] 大規模GPUクラスタによるタンパク質ドッキング計算システム
- 著者名/発表者名
  大上雅史,下田雄大,松崎由理,石田貴士,秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会　第38回バイオ情報学研究会
- 発表場所
  沖縄科学技術大学院大学
- 年月日
  2014-06-25 – 2014-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044
[学会発表] 構造情報に基づくタンパク質間相互作用ネットワーク予測精度の改善
- 著者名/発表者名
  山本航平，大上雅史，石田貴士，秋山泰
- 学会等名
  情報処理学会研究報告 2012-BIO-32(14)
- 発表場所
  京都大学（京都）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24240044

1. 塚本弘毅 (90399501)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 3件
2. 関嶋政和 (80371053)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 9件
3. 柳澤渓甫 (40866646)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 11件
4. 神原秀記 (20397011)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 竹山春子 (60262234)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 珠玖仁 (10361164)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 小畠英理 (00225484)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 岡村好子 (80405513)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 石川裕 (70345122)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 佐藤三久 (60333481)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 朴泰祐 (90209346)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 松葉浩也 (30444095)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 小坂仁 (90426320)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
14. 渡辺麻衣子 (00432013)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
15. 瀬々潤 (40361539)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
16. 平山謙二 (60189868)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
17. 大上雅史 (50743209)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 57件
18. 山口雄輝 (50345360)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
19. 伊澤和輝 (50803813)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
20. 北潔

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
21. 千見寺浄慈

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
22. 松崎由理

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
23. 上田卓見

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

秋山 泰 Akiyama Yutaka

研究課題

研究成果

共同研究者

代表フラグメントに基づく縮約化合物ライブラリを用いたバーチャルスクリーニング手法研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

部分構造の重複を利用した大規模化合物データベース向けバーチャルスクリーニング手法研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

室内環境における真菌およびダニの増殖関連性に関する研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ミトコンドリア病細胞死阻止機構の解明と創薬

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

中分子創薬に適した特性を有する環状ペプチド分子設計手法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

in silicoとin vitroの融合によるトリパノソーマ原虫治療薬探索

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

複数分子を標的とした新薬設計手法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

候補サイトの空間分布に注目した信頼度の高いタンパク質ドッキング判定手法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

次世代PCクラスタを活用する超大規模仮想メモリ空間支援システムの研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ライフサーベイヤをめざしたデジタル精密計測技術の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[図書] 一細胞定量解析の最前線-ライフサーベイヤ構築に向けて-(シーエムシー出版)2006

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[雑誌論文] CycPeptMPDB: A Comprehensive Database of Membrane Permeability of Cyclic Peptides2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Amide-to-ester substitution as a stable alternative to N-methylation for increasing membrane permeability in cyclic peptides.2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Lipid Composition Is Critical for Accurate Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides by Molecular Dynamics Simulations2022

秋山泰 Akiyama Yutaka