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中岡 慎治  Nakaoka Shinji

… 別表記

中岡 慎冶  NAKAOKA shinji

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研究者番号 30512040
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0002-3277-9552
所属 (現在) 2025年度: 北海道大学, 先端生命科学研究院, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2019年度 – 2023年度: 北海道大学, 先端生命科学研究院, 准教授
2017年度 – 2019年度: 北海道大学, 先端生命科学研究院, 特任講師
2016年度 – 2018年度: 東京大学, 生産技術研究所, 派遣研究員
2016年度 – 2018年度: 東京大学, 生産技術研究所, 特任助教
2015年度: 東京大学, 大学院医学系研究科, 助教
2014年度 – 2015年度: 東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教
2013年度: 独立行政法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 上級研究員
審査区分/研究分野
研究代表者
中区分62:応用情報学およびその関連分野 / 数学基礎・応用数学 / 構成的システム生物学 / 計算科学
研究代表者以外
中区分58:社会医学、看護学およびその関連分野 / 小区分53020:循環器内科学関連 / 中区分39:生産環境農学およびその関連分野 / 小区分49060:ウイルス学関連 / 細菌学(含真菌学) / 数理情報学 … もっと見る / 複雑系疾病論 / 社会福祉学 / 疫学・予防医学 / 衛生学・公衆衛生学 / 連携探索型数理科学 隠す
キーワード
研究代表者
数理モデル / 擬似時間再構成法 / オミクスデータ / 発症ロードマップ / データ駆動型数理モデル / エネルギーランドスケープ解析 / 再生医学 / 免疫学 / 数学基礎論 / 数理工学 … もっと見る / モデル化 / 生命医科学 / 応用数学 / 人工共培養系 / 複合オミクス解析 / 進化のダイナミクス / 人工培養系 / アトピー性皮膚炎 / 免疫系 / 確率シミュレーション / マルチスケール数理モデル … もっと見る
研究代表者以外
危険因子 / 健康格差 / 疫学 / 数理モデル / 費用対効果分析 / 医療管理学 / ELSI / 数理科学 / 医療経済評価 / 感染症疫学モデル / 新型コロナウイルス感染症 / IoT / ICT / パーソナルヘルスレコード / 心血管病 / 機械学習モデル / デジタルヘルス / パーソナル・ヘルス・レコード / 腸内細菌叢 / ミツバチヘギイタダニ / ノゼマ病 / 蜂病 / 環境 / ハナバチ / 病気 / 野生ハナバチ / 土地利用パターン / 腸内細菌 / リアルタイムPCR / 市民科学 / ミツバチ / 病原体 / 農薬 / HIV / ウイルス感染症 / エイズウイルス / ウイルス感染 / マルチオミクス / システムウイルス学 / ウイルス学 / ゲノム / 進化 / 腸管出血性大腸菌 / 原生生物 / 共進化 / 大腸菌 / ファージ / 志賀毒素 / 数理的基盤 / 動的ネットワークバイオマーカー / 内分泌療法 / 個別化医療 / 数理モデリング / 生命病態システム / バイオマーカー / 疾患予測 / 状態空間モデル / 分岐現象 / 機械学習 / 時系列解析 / 状態遷移モデル / 制御ネットワーク / 多階層ネットワーク / 社会福祉計画 / 保健人材管理 / 社会医学 / 社会福祉関係 / 人口学 / 高齢化 / Modeling / Aging / Simulation / Projection / Matrix models / Demography / 人口予想 / シミュレーション / 高齢化社会 / 保健医療システム / 地域別健康格差 / 将来予測 / 都道府県別 / 疾病・危険因子 / データビジュアライゼーション / 健康寿命 / 疾病負荷 / 政策評価 / ベイズ推計 / 平均余命 / 死因分析 / 疾病負担(burden of disease) / 小地域分析 / 死因別死亡 / 要因 / 公衆衛生 / 疾病負担 / ウイルス感染実験 / 構造化個体群モデル / 融合研究 / データ解析 / 偏微分方程式 / 多階層数理モデル / マルチスケールモデル / 定量的データ解析 / 数理モデル型アプローチ 隠す
  • 研究課題

    (15件)
  • 研究成果

    (99件)
  • 共同研究者

    (51人)
  •  PHRを活用した機械学習モデルによる心血管病の重症化予防を目指した研究

    • 研究代表者
      横田 卓
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分53020:循環器内科学関連
    • 研究機関
      北海道大学
  •  数理科学と医療管理学を融合した新興感染症の推計モデルと医療資源配分手法の開発

    • 研究代表者
      佐藤 大介
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2024
    • 研究種目
      挑戦的研究(萌芽)
    • 審査区分
      中区分58:社会医学、看護学およびその関連分野
    • 研究機関
      藤田医科大学
      千葉大学
  •  エネルギー地形に基づくデータ駆動型状態遷移モデルの構築研究代表者

    • 研究代表者
      中岡 慎治
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2023
    • 研究種目
      挑戦的研究(萌芽)
    • 審査区分
      中区分62:応用情報学およびその関連分野
    • 研究機関
      北海道大学
  •  ハナバチ保全のための新興疾病の統合的リスク評価

    • 研究代表者
      坂本 佳子
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 審査区分
      中区分39:生産環境農学およびその関連分野
    • 研究機関
      国立研究開発法人国立環境研究所
  •  包括的マルチオミクス解析によるウイルス感染ダイナミクスの時空間的理解

    • 研究代表者
      佐藤 佳
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2021
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分49060:ウイルス学関連
    • 研究機関
      東京大学
  •  我が国の都道府県別の疾病負荷とその活用に関する包括的研究

    • 研究代表者
      渋谷 健司
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 研究分野
      疫学・予防医学
    • 研究機関
      東京大学
  •  我が国における高齢化と労働力確保のための新たな戦略に関する定量的研究

    • 研究代表者
      ギルモー スチュアート
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      社会福祉学
    • 研究機関
      聖路加国際大学
      東京大学
  •  階層フィードバックを考慮したマルチスケール数理モデルと疾患力学系の解析研究代表者

    • 研究代表者
      中岡 慎治
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      数学基礎・応用数学
    • 研究機関
      北海道大学
      東京大学
  •  生命システムの破綻にひそむ秩序を解明する

    • 研究代表者
      川上 英良
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      複雑系疾病論
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  エコシステムから考える志賀毒素ファージ多様化のメカニズム

    • 研究代表者
      小椋 義俊
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2017
    • 研究種目
      挑戦的萌芽研究
    • 研究分野
      細菌学(含真菌学)
    • 研究機関
      九州大学
  •  マルチスケールモデルを用いた効果的な抗ウイルス治療戦略開発のための理論構築

    • 研究代表者
      岩見 真吾
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      連携探索型数理科学
    • 研究機関
      九州大学
  •  出芽酵母の人工進化系構築 ―生命の適応的機能創出をデザインする―研究代表者

    • 研究代表者
      中岡 慎治
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2017
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      構成的システム生物学
    • 研究機関
      東京大学
  •  生命病態システムの数理モデリングとその個別化医療への応用のための数理的基盤の確立

    • 研究代表者
      合原 一幸
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2019
    • 研究種目
      基盤研究(S)
    • 研究分野
      数理情報学
    • 研究機関
      東京大学
  •  皮膚炎を標的とした免疫応答ダイナミクスのマルチスケールモデリング研究代表者

    • 研究代表者
      中岡 慎治 (中岡 慎冶)
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2015
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      計算科学
    • 研究機関
      東京大学
      独立行政法人理化学研究所
  •  我が国の疾病負担(Burden of Disease)に関する包括的研究

    • 研究代表者
      渋谷 健司
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2015
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 研究分野
      衛生学・公衆衛生学
    • 研究機関
      東京大学

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すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] ウイルス感染の数理モデルとシミュレーション2024

    • 著者名/発表者名
      岩見 真吾 著・ 中岡 慎治 著・ 岩波 翔也 著
    • 総ページ数
      304
    • 出版者
      共立出版
    • ISBN
      9784320115538
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19813
  • [図書] Exploring similarity between embedding dimension of time-series data and flows of an ecological population model2021

    • 著者名/発表者名
      Daiki Kumakura and Shinji Nakaoka
    • 総ページ数
      10
    • 出版者
      Springer
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19813
  • [図書] 'Integrated population biology and modeling' (eds A.S. Rao C.R. Rao), pp.93-1302018

    • 著者名/発表者名
      S. Nakaoka
    • 総ページ数
      633
    • 出版者
      North Holland
    • ISBN
      9780444640727
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H05707
  • [図書] 応用数理ハンドブック (感染症と免疫の数理)2013

    • 著者名/発表者名
      稲葉寿、西浦博、岩見真吾、中岡慎治
    • 総ページ数
      704
    • 出版者
      朝倉書店
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [雑誌論文] Multiscale modeling of HBV infection integrating intra- and intercellular viral propagation to analyze extracellular viral markers2024

    • 著者名/発表者名
      Kitagawa Kosaku、Kim Kwang Su、Iwamoto Masashi、Hayashi Sanae、Park Hyeongki、Nishiyama Takara、Nakamura Naotoshi、Fujita Yasuhisa、Nakaoka Shinji、Aihara Kazuyuki、Perelson Alan S.、Allweiss Lena、Dandri Maura、Watashi Koichi、Tanaka Yasuhito、Iwami Shingo
    • 雑誌名

      PLOS Computational Biology

      巻: 20 号: 3 ページ: 1011238-1011238

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1011238

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K07442, KAKENHI-PROJECT-21K19813, KAKENHI-PROJECT-23K27415
  • [雑誌論文] Comparison of RNA-Seq analysis data between tracheal mite-infested and uninfested Japanese honey bees (Apis cerana japonica)2023

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Akihiko、Kamakura Masaki、Shiramata Takuya、Nakaoka Shinji、Sakamoto Yoshiko
    • 雑誌名

      BMC Research Notes

      巻: 16 号: 1

    • DOI

      10.1186/s13104-023-06381-4

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K13972, KAKENHI-PROJECT-20H00425
  • [雑誌論文] Disentangling the growth curve of microbial culture2023

    • 著者名/発表者名
      Kumakura Daiki、Yamaguchi Ryo、Hara Akane、Nakaoka Shinji
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 573 ページ: 111597-111597

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2023.111597

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19813
  • [雑誌論文] Anti‐HTLV‐1 immunity combined with proviral load as predictive biomarkers for adult T‐cell leukemia‐lymphoma2023

    • 著者名/発表者名
      Yamada Asami、Yasunaga Jun‐ichirou、Liang Lihan、Zhang Wenyi、Sunagawa Junya、Nakaoka Shinji、Iwami Shingo、Kogure Yasunori、Ito Yuta、Kataoka Keisuke、Nakagawa Masanori、Iwanaga Masako、Utsunomiya Atae、Koh Ki‐Ryang、Watanabe Toshiki、Nosaka Kisato、Matsuoka Masao
    • 雑誌名

      Cancer Science

      巻: 115 号: 1 ページ: 310-320

    • DOI

      10.1111/cas.15997

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19813, KAKENHI-PROJECT-20H03514, KAKENHI-PROJECT-23K24365, KAKENHI-PROJECT-22H04923
  • [雑誌論文] Dynamic Associations of Milk Components With the Infant Gut Microbiome and Fecal Metabolites in a Mother-Infant Model by Microbiome, NMR Metabolomic, and Time-Series Clustering Analyses2022

    • 著者名/発表者名
      Komatsu Yosuke、Kumakura Daiki、Seto Namiko、Izumi Hirohisa、Takeda Yasuhiro、Ohnishi Yuki、Nakaoka Shinji、Aizawa Tomoyasu
    • 雑誌名

      Frontiers in Nutrition

      巻: 8

    • DOI

      10.3389/fnut.2021.813690

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19813
  • [雑誌論文] Analysis of the Pancreatic Cancer Microbiome Using Endoscopic Ultrasound-Guided Fine-Needle Aspiration-Derived Samples2022

    • 著者名/発表者名
      Nakano S, Kawamoto Y, Komatsu Y, Saito R, Ito K, Yamamura T, Harada K, Yuki S, Kawakubo K, Sugiura R, Kato S, Hirata K, Hirata H, Nakajima M, Furukawa R, Takishin Y, Nagai K, Yokota I, Ota KH, Nakaoka S, Kuwatani M, Sakamoto N.
    • 雑誌名

      Pancreas

      巻: 51 号: 4 ページ: 351-357

    • DOI

      10.1097/mpa.0000000000002028

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K08023, KAKENHI-PROJECT-21K19813, KAKENHI-PROJECT-22K16034
  • [雑誌論文] Chemical-Mediated Microbial Interactions Can Reduce the Effectiveness of Time-Series-Based Inference of Ecological Interaction Networks2022

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Kenta、Abe Masato S.、Kumakura Daiki、Nakaoka Shinji、Fujiwara Fuki、Miyamoto Hirokuni、Nakaguma Teruno、Okada Mashiro、Sakurai Kengo、Shimizu Shohei、Iwata Hiroyoshi、Masuya Hiroshi、Nihei Naoto、Ichihashi Yasunori
    • 雑誌名

      International Journal of Environmental Research and Public Health

      巻: 19 号: 3 ページ: 1228-1228

    • DOI

      10.3390/ijerph19031228

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K06820, KAKENHI-PROJECT-20K11708, KAKENHI-PROJECT-21K19813
  • [雑誌論文] Antithetic effect of interferon-α on cell-free and cell-to-cell HIV-1 infection.2022

    • 著者名/発表者名
      Kumata R, Iwanami S, Mar KB, Kakizoe Y, Misawa N, Nakaoka S, Koyanagi Y, Perelson A, Schoggins J, Iwami S, Sato K
    • 雑誌名

      PLoS Computational Biology

      巻: 18 号: 4 ページ: 1010053-1010053

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1010053

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H02737, KAKENHI-PROJECT-22KJ1415, KAKENHI-PROJECT-21K19813, KAKENHI-PROJECT-22K19829, KAKENHI-PROJECT-18H01139, KAKENHI-PUBLICLY-22H05215
  • [雑誌論文] Evolving neural networks through bio-inspired parent selection in dynamic environments2022

    • 著者名/発表者名
      Sunagawa Junya、Yamaguchi Ryo、Nakaoka Shinji
    • 雑誌名

      Biosystems

      巻: 218 ページ: 104686-104686

    • DOI

      10.1016/j.biosystems.2022.104686

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19813
  • [雑誌論文] Early dynamics of chronic myeloid leukemia on nilotinib predicts deep molecular response2022

    • 著者名/発表者名
      Okamoto Yuji、Hirano Mitsuhito、Morino Kai、Kajita Masashi K.、Nakaoka Shinji et al
    • 雑誌名

      npj Systems Biology and Applications

      巻: 8 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41540-022-00248-3

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19813
  • [雑誌論文] A quantitative model used to compare within-host SARS-CoV-2, MERS-CoV and SARS-CoV dynamics provides insights into the pathogenesis and treatment of SARS-CoV-22021

    • 著者名/発表者名
      K.S. Kim, K. Ejima, S. Iwanami, Y. Fujita, H. Ohashi, Y. Koizumi, Y. Asai, S. Nakaoka, K. Watashi, K. Aihara, R.N. Thompson, R. Ke, A.S. Perelson and S. Iwami.
    • 雑誌名

      PLOS Biology

      巻: 19 号: 3 ページ: 3001128-3001128

    • DOI

      10.1371/journal.pbio.3001128

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-INTERNATIONAL-16K21723, KAKENHI-PROJECT-15H05707, KAKENHI-PUBLICLY-19H04839, KAKENHI-ORGANIZER-16H06429, KAKENHI-PROJECT-18H01139, KAKENHI-PUBLICLY-20H05042, KAKENHI-PROJECT-16H04845
  • [雑誌論文] Endogenous retroviruses drive KRAB zinc-finger protein family expression for tumor suppression2020

    • 著者名/発表者名
      Ito Jumpei、Kimura Izumi、Soper Andrew、Coudray Alexandre、Koyanagi Yoshio、Nakaoka Hirofumi、Inoue Ituro、Turelli Priscilla、Trono Didier、Sato Kei
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 6 号: 43 ページ: 3020-3020

    • DOI

      10.1126/sciadv.abc3020

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K07318, KAKENHI-PROJECT-20K15767, KAKENHI-PROJECT-18KK0447, KAKENHI-INTERNATIONAL-16K21723, KAKENHI-PUBLICLY-19H04826, KAKENHI-PROJECT-18H02662, KAKENHI-PROJECT-19J01713, KAKENHI-PROJECT-19J20488, KAKENHI-ORGANIZER-16H06429
  • [雑誌論文] Multiomics Investigation Revealing the Characteristics of HIV-1-Infected Cells In?Vivo2020

    • 著者名/発表者名
      Aso Hirofumi、Nagaoka Shumpei、Kawakami Eiryo、Ito Jumpei、Islam Saiful、Tan Benjy Jek Yang、Nakaoka Shinji、Ashizaki Koichi、Shiroguchi Katsuyuki、Suzuki Yutaka、Satou Yorifumi、Koyanagi Yoshio、Sato Kei
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 32 号: 2 ページ: 107887-107887

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2020.107887

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K15767, KAKENHI-PROJECT-18KK0447, KAKENHI-INTERNATIONAL-16K21723, KAKENHI-PLANNED-18H05411, KAKENHI-PUBLICLY-19H04826, KAKENHI-PROJECT-18H02662, KAKENHI-PROJECT-20H03724, KAKENHI-PROJECT-19J01713, KAKENHI-PROJECT-19J22802, KAKENHI-PROJECT-20J23299, KAKENHI-PROJECT-18KK0230, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-ORGANIZER-16H06429
  • [雑誌論文] Quantifying the antiviral effect of APOBEC3 on HIV-1 infection in humanized mouse model2020

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Kurusu, Kwang Su Kim, Yoshiki Koizumi, Shinji Nakaoka, Keisuke Ejima, Naoko Misawa, Yoshio Koyanagi, Kei Sato, Shingo Iwami
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 498 ページ: 110295-110295

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2020.110295

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-INTERNATIONAL-16K21723, KAKENHI-PUBLICLY-19H04826, KAKENHI-PROJECT-18H02662, KAKENHI-PROJECT-18H01139, KAKENHI-PROJECT-16H04845
  • [雑誌論文] Mathematical analysis of a transformed ODE from a PDE multiscale model of hepatitis C virus infection2019

    • 著者名/発表者名
      Kitagawa K., Kuniya T., Nakaoka S., Asai Y., Watashi K. and Iwami S.
    • 雑誌名

      Bulletin of Mathematical Biology

      巻: 81(5) 号: 5 ページ: 1427-1441

    • DOI

      10.1007/s11538-018-00564-y

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17KT0119, KAKENHI-PROJECT-18K17371, KAKENHI-INTERNATIONAL-16K21723, KAKENHI-ORGANIZER-16H06429, KAKENHI-PUBLICLY-17H05819, KAKENHI-PROJECT-16H04845, KAKENHI-PROJECT-18H01139, KAKENHI-PROJECT-15KT0107, KAKENHI-PROJECT-16K05265, KAKENHI-PROJECT-16K13777, KAKENHI-PROJECT-17H04085
  • [雑誌論文] T-Cell mediated adaptive immunity and antibody-dependent enhancement in secondary dengue infection2019

    • 著者名/発表者名
      Sasmal Sourav Kumar、Takeuchi Yasuhiro、Nakaoka Shinji
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 470 ページ: 50-63

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2019.03.010

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [雑誌論文] Calculation of final size for vector-transmitted epidemic model2019

    • 著者名/発表者名
      Tsubouchi Yu、Takeuchi Yasuhiro、Nakaoka Shinji
    • 雑誌名

      Mathematical Biosciences and Engineering

      巻: 16 号: 4 ページ: 2219-2232

    • DOI

      10.3934/mbe.2019109

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265, KAKENHI-PROJECT-26400211
  • [雑誌論文] Information and Statistical Analysis Pipeline for High-Throughput RNA Sequencing Data2019

    • 著者名/発表者名
      Nakaoka Shinji、Matsuyama Keita
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2109 ページ: 199-208

    • DOI

      10.1007/7651_2019_245

    • ISBN
      9781071602508, 9781071602515
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H05707
  • [雑誌論文] A mathematical model of multiple delayed feedback control system of the gut microbiota?Antibiotics injection controlled by measured metagenomic data2018

    • 著者名/発表者名
      Dong Yueping、Takeuchi Yasuhiro、Nakaoka Shinji
    • 雑誌名

      Nonlinear Analysis: Real World Applications

      巻: 43 ページ: 1-17

    • DOI

      10.1016/j.nonrwa.2018.02.005

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [雑誌論文] A PDE multiscale model of hepatitis C virus infection can be transformed to a system of ODEs2018

    • 著者名/発表者名
      K. Kitagawa, S. Nakaoka, Y. Asai, K. Watashi, S. Iwami
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 48 ページ: 80-85

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2018.04.006

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0107, KAKENHI-PROJECT-26287025, KAKENHI-INTERNATIONAL-16K21723, KAKENHI-ORGANIZER-16H06429, KAKENHI-PUBLICLY-17H05819, KAKENHI-PROJECT-16H04845, KAKENHI-PROJECT-18H01139, KAKENHI-PROJECT-16K05265, KAKENHI-PROJECT-16K13777, KAKENHI-PROJECT-17H04085
  • [雑誌論文] Delayed feedback induced complex dynamics in an Escherichia coli and Tetrahymena system2018

    • 著者名/発表者名
      Dong Yueping、Sen Moitri、Banerjee Malay、Takeuchi Yasuhiro、Nakaoka Shinji
    • 雑誌名

      Nonlinear Dynamics

      巻: 94 号: 2 ページ: 1447-1466

    • DOI

      10.1007/s11071-018-4434-4

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265, KAKENHI-PROJECT-15H05707
  • [雑誌論文] Data-Driven Mathematical Modeling of Microbial Community Dynamics2018

    • 著者名/発表者名
      Nakaoka Shinji
    • 雑誌名

      Handbook of Statistics

      巻: 39 ページ: 93-130

    • DOI

      10.1016/bs.host.2018.08.001

    • ISBN
      9780444640727
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [雑誌論文] Sporadic on/off switching of HTLV-1 Tax expression is crucial to maintain the whole population of virus-induced leukemic cells.2018

    • 著者名/発表者名
      Mahgoub M, Yasunaga JI, Iwami S, Nakaoka S, Koizumi Y, Shimura K, Matsuoka M.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A

      巻: 115 号: 6 ページ: 529-538

    • DOI

      10.1073/pnas.1715724115

    • NAID

      120006697286

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0107, KAKENHI-PROJECT-16K05265, KAKENHI-PROJECT-17K07166, KAKENHI-PROJECT-16K13777, KAKENHI-PROJECT-17K19610, KAKENHI-PROJECT-16H04845, KAKENHI-PROJECT-16H05336, KAKENHI-PROJECT-26287025, KAKENHI-ORGANIZER-16H06429, KAKENHI-PROJECT-26460554, KAKENHI-PROJECT-17K10016, KAKENHI-PROJECT-16KT0111, KAKENHI-PROJECT-15H05707
  • [雑誌論文] Dynamics of tumor immune escape via adaptive change2018

    • 著者名/発表者名
      Naoki Nakada, Mizuho Nagata, Yueping Dong, Yasuhiro Takeuchi, and Shinji Nakaoka
    • 雑誌名

      Nonlinear Theory and Its Applications, IEICE

      巻: 9 号: 2 ページ: 295-304

    • DOI

      10.1587/nolta.9.295

    • NAID

      130006602760

    • ISSN
      2185-4106
    • 言語
      英語
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [雑誌論文] Dynamics of tumor immune escape via adaptive change2018

    • 著者名/発表者名
      Naoki Nakada, Mizuho Nagata, Yueping Dong, Yasuhiro Takeuchi, and Shinji Nakaoka
    • 雑誌名

      Nonlinear Theory and Its Applications

      巻: E9-N

    • NAID

      130006602760

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0147
  • [雑誌論文] Number of infection events per cell during HIV-1 cell-free infection2017

    • 著者名/発表者名
      Ito Y, Remion A, Tauzin A, Ejima K, Nakaoka S, Iwasa Y, Iwami S, Mammano F
    • 雑誌名

      Sci Rep

      巻: 7 号: 1 ページ: 6559-6559

    • DOI

      10.1038/s41598-017-03954-9

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0107, KAKENHI-PROJECT-16K13777, KAKENHI-PROJECT-16H04845, KAKENHI-PROJECT-26287025, KAKENHI-PROJECT-15H04423
  • [雑誌論文] Human-specific adaptations in Vpu conferring anti-tetherin activity are critical for efficient early HIV-1 replication in vivo.2017

    • 著者名/発表者名
      Eri Yamada, Shinji Nakaoka, Lukas Klein, Elisabeth Reith, Simon Langer, Kristina Hopfensperger, Shingo Iwami, Gideon Schreiber, Frank Kirchhoff, Yoshio Koyanagi, Daniel Sauter & Kei Sato
    • 雑誌名

      Cell Host & Microbe

      巻: 23 号: 1 ページ: 110-120

    • DOI

      10.1016/j.chom.2017.12.009

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16KT0111, KAKENHI-PROJECT-15KT0107, KAKENHI-PROJECT-16K13777, KAKENHI-PROJECT-16H04845, KAKENHI-PROJECT-26287025, KAKENHI-ORGANIZER-16H06429, KAKENHI-PUBLICLY-17H05813, KAKENHI-PROJECT-15K07166, KAKENHI-PROJECT-15KT0147
  • [雑誌論文] HIV-1 competition experiments in humanized mice show that APOBEC3H imposes selective pressure and promotes virus adaptation.2017

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Nakano, Naoko Misawa, Guillermo Juarez-Fernandez, Miyu Moriwaki, Shinji Nakaoka, Takaaki Funo, Eri Yamada, Andrew Soper, Rokusuke Yoshikawa, Diako Ebrahimi, Yuuya Tachiki, Shingo Iwami, Reuben S. Harris, Yoshio Koyanagi & Kei Sato
    • 雑誌名

      PLOS Pathogens

      巻: 13 号: 5 ページ: 31-31

    • DOI

      10.1371/journal.ppat.1006348

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16KT0111, KAKENHI-PROJECT-15KT0107, KAKENHI-PROJECT-16K13777, KAKENHI-PROJECT-17K15197, KAKENHI-PROJECT-16H04845, KAKENHI-PROJECT-26287025, KAKENHI-PUBLICLY-17H05813, KAKENHI-PROJECT-15K07166, KAKENHI-PROJECT-15KT0147
  • [雑誌論文] A highly pathogenic simian/human immunodeficiency virus effectively produces infectious virions compared with a less pathogenic virus in cell culture2017

    • 著者名/発表者名
      Iwanami S, Kakizoe Y, Morita S, Miura T, Nakaoka S, Iwami S
    • 雑誌名

      Theor Biol Med Model

      巻: 14 号: 1 ページ: 9-9

    • DOI

      10.1186/s12976-017-0055-8

    • NAID

      120006305768

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0107, KAKENHI-PROJECT-16K05265, KAKENHI-PROJECT-16K13777, KAKENHI-PROJECT-16H04845, KAKENHI-PROJECT-26287025, KAKENHI-PROJECT-16H04682, KAKENHI-PROJECT-16J03672, KAKENHI-PROJECT-15KT0147, KAKENHI-PROJECT-15H05707
  • [雑誌論文] Weighted enrichment method for prediction of transcription regulators from transcriptome and global chromatin immunoprecipitation data2016

    • 著者名/発表者名
      Eiryo Kawakami, Shinji Nakaoka, Tazro Ohta and Hiroaki Kitano
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 印刷中 号: 11 ページ: 5010-5021

    • DOI

      10.1093/nar/gkw355

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K21631, KAKENHI-PROJECT-15KT0147, KAKENHI-PROJECT-16KT0196
  • [雑誌論文] Quantifying the effect of Vpu on the promotion of HIV-1 replication in the humanized mouse model2016

    • 著者名/発表者名
      H. Ikeda, S Nakaoka, RJ. De Boer, S. Morita, N. Misawa, Y. Koyanagi, K. Aihara, K. Sato, and S. Iwami
    • 雑誌名

      Retrovirology

      巻: -

    • NAID

      120006353849

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0107
  • [雑誌論文] Identifying determinants of heterogeneous transmission dynamics of the Middle East respiratory syndrome (MERS) outbreak in the Republic of Korea, 2015: a retrospective epidemiological analysis.2016

    • 著者名/発表者名
      Nishiura H, Endo A, Saitoh M, Kinoshita R, Ueno R, Nakaoka S, Miyamatsu Y, Dong Y, Chowell G, Mizumoto K
    • 雑誌名

      BMJ Open

      巻: 6 号: 2 ページ: e009936-e009936

    • DOI

      10.1136/bmjopen-2015-009936

    • NAID

      120005855950

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K20936, KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [雑誌論文] Quantifying the effect of Vpu on the promotion of HIV-1 replication in the humanized mouse model2016

    • 著者名/発表者名
      H. Ikeda†, S Nakaoka†, RJ. De Boer, S. Morita, N. Misawa, Y. Koyanagi, K. Aihara, K. Sato‡, and S. Iwami‡
    • 雑誌名

      Retrovirology

      巻: 13 ページ: 2-2

    • NAID

      120006353849

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0107
  • [雑誌論文] Dynamics of epidermis: A mathematical model2016

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka, Sota Kuwahara, Chang Hyeong Lee, Hyejin Jeon, Junho Lee, Yasuhiro Takeuchi, Yangjin Kim
    • 雑誌名

      Applied Science

      巻: 6 号: 9 ページ: 252-252

    • DOI

      10.3390/app6090252

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0147, KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [雑誌論文] Quantifying the effect of Vpu on the promotion of HIV-1 replication in the humanized mouse model2016

    • 著者名/発表者名
      Ikeda H, Nakaoka S, de Boer RJ, Morita S, Misawa N, Koyanagi Y, Aihara K, Sato K, Iwami S
    • 雑誌名

      Retrovirology

      巻: 13 号: 1 ページ: 23-23

    • DOI

      10.1186/s12977-016-0252-2

    • NAID

      120006353849

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24115008, KAKENHI-PROJECT-16KT0111, KAKENHI-PROJECT-15K07166, KAKENHI-PROJECT-15H05707
  • [雑誌論文] Modelling Ebola virus dynamics: Implications for therapy.2016

    • 著者名/発表者名
      Martyushev A, Nakaoka S, Sato K, Noda T, Iwami S.
    • 雑誌名

      Antiviral Res

      巻: 135 ページ: 62-73

    • DOI

      10.1016/j.antiviral.2016.10.004

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16KT0111, KAKENHI-PROJECT-15K07166, KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [雑誌論文] Dynamics of HIV infection in lymphoid tissue network2016

    • 著者名/発表者名
      S. Nakaoka, S. Iwami, and K. Sato
    • 雑誌名

      Journal of Mathematical Biology

      巻: 72 ページ: 909-938

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0107
  • [雑誌論文] Cell-to-cell infection by HIV contributes over half of virus infection2015

    • 著者名/発表者名
      Shingo Iwami, Junko S. Takeuchi, Shinji Nakaoka, Fabrizio Mammano, François Clavel, Hisashi Inaba, Tomoko Kobayashi, Naoko Misawa, Kazuyuki Aihara, Yoshio Koyanagi & Kei Sato
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 4 ページ: 1-16

    • DOI

      10.7554/elife.08150

    • NAID

      120005997708

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K07166, KAKENHI-PROJECT-15KT0107, KAKENHI-PLANNED-24115008, KAKENHI-PROJECT-25400194, KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [雑誌論文] Effect of eclipse phase on quantifying viral dynamics of acute HIV-1 infection in humanized mouse model2015

    • 著者名/発表者名
      Ikeda H, Nakaoka S, Sato K, Misawa N, Koyanagi Y, Iwami S
    • 雑誌名

      Nonlinear Theory and Its Application, IEICE

      巻: 6

    • NAID

      130004960164

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [雑誌論文] Mathematical analysis and classification of tumor immune dynamics in T cell transfer treatment2015

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 雑誌名

      Nonlinear Theory and Its Application, IEICE

      巻: 6

    • NAID

      130004960165

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [雑誌論文] A conservation law for virus infection kinetics in vitro2015

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kakizoe, Satoru Morita, Shinji Nakaoka, Yasuhiro Takeuchi, Kei Sato, Tomoyuki Miura, Catherine A. A. Beauchemin, and Shingo Iwami
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 376 ページ: 39-47

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2015.03.034

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25800092, KAKENHI-PROJECT-25871132, KAKENHI-PROJECT-15K07166, KAKENHI-PROJECT-26287025
  • [雑誌論文] Dynamics of HIV infection in lymphoid tissue network2015

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka, Shingo Iwami & Kei Sato
    • 雑誌名

      Journal of Mathematical Biology

      巻: 72 号: 4 ページ: 909-938

    • DOI

      10.1007/s00285-015-0940-x

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K07166, KAKENHI-PROJECT-25871132, KAKENHI-PROJECT-26287025
  • [雑誌論文] A method to determine the duration of the eclipse phase for in vitro infection with a highly pathogenic SHIV strain2015

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kakizoe, Shinji Nakaoka, Catherine A. A. Beauchemin, Satoru Morita, Hiromi Mori, Tatsuhiko Igarashi, Kazuyuki Aihara, Tomoyuki Miura, Shingo Iwami
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: x

    • NAID

      120005689172

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [雑誌論文] Dynamical behavior of combinational immune boost against tumor2015

    • 著者名/発表者名
      Mizuho Nagata, Yutaro Furuta, Yasuhiro Takeuchi, and Shinji Nakaoka
    • 雑誌名

      Japan Journal of Industrial and Applied Mathematics

      巻: 32 号: 3 ページ: 759-770

    • DOI

      10.1007/s13160-015-0193-5

    • NAID

      210000174398

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [雑誌論文] Cost-effective length and timing of school closure during an influenza pandemic depend on the severity2014

    • 著者名/発表者名
      H. Nishiura, K. Ejima, K. Mizumoto, S. Nakaoka, H. Inaba, S. Imoto, R. Yamaguchi and M. Saito
    • 雑誌名

      Theor. Biol. Med. Modelling

      巻: 11:5 号: 1 ページ: 1-14

    • DOI

      10.1186/1742-4682-11-5

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25400194, KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [雑誌論文] Multi-scale mathematical modeling and simulation of cellular dynamical process2014

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 雑誌名

      Epidermal Cells: Methods and Protocols, Third Edition.

      巻: 印刷中

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [学会発表] Application of energy landscape analysis method to microbiome data2023

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      The 8th CIJK International Conference on Mathematical and Theoretical Biology
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19813
  • [学会発表] 数理・情報科学手法を用いた 食習慣と腸内細菌叢調節因子の探索2023

    • 著者名/発表者名
      中岡慎治
    • 学会等名
      日本栄養・食糧学会シンポジウム
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19813
  • [学会発表] 生成AIを用いた論文要約システム2023

    • 著者名/発表者名
      中岡慎治
    • 学会等名
      IIBMP2023
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19813
  • [学会発表] 数理科学を用いた腸内環境のデザインと保全にむけて2022

    • 著者名/発表者名
      中岡 慎治
    • 学会等名
      腸内デザイン学会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19813
  • [学会発表] 疑似時間再構成法の腸内細菌叢データへの適用2022

    • 著者名/発表者名
      中岡 慎治
    • 学会等名
      日本微生物生態学会 第35回大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19813
  • [学会発表] エネルギー地形を利用した腸内細菌叢データの数理解析2019

    • 著者名/発表者名
      中岡慎治
    • 学会等名
      第36回和漢医薬学会学術大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H05707
  • [学会発表] 疑似細胞分化過程からデータ駆動型数理モデルを導出する試み2019

    • 著者名/発表者名
      中岡慎治
    • 学会等名
      分子生物学会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H05707
  • [学会発表] Application of Energy Landscape Analysis for Cellular Differentiation Process2019

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      A3 foresight workshop ‘Modeling and Simulation of Hierarchical and Heterogeneous Flow Systems with Applications to Materials Science Ⅵ’
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H05707
  • [学会発表] Trajectory inference of disease onset from non-time series microbiome datasets2018

    • 著者名/発表者名
      S. Nakaoka
    • 学会等名
      South Lake Workshop in Bioinformatics and System Biology
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H05707
  • [学会発表] Mathematical and informatics analysis of community composition change of the gut microbiota2018

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      2018 INTERNATIONAL WORKSHOP ON MATHEMATICAL BIOLOGY
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0147
  • [学会発表] Trajectory inference of disease onset from non-time series microbiome datasets2018

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      South Lake Workshop in Bioinformatics and System Biology
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [学会発表] Trajectory inference of HIV progression with microbiome data2018

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      SMB&JSMB2018
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [学会発表] Compositional change of the gut microbiota in HIV infected humanized mice2018

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka, Kei Sato
    • 学会等名
      Next Gen Immunology
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [学会発表] Invasibility threshold and persistence of bacterial species2018

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      Annual meeting of Korean Society for Industrial and Applied Mathematics
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [学会発表] Mathematical and informatics analysis of community composition change of the gut microbiota2018

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      2018 INTERNATIONAL WORKSHOP ON MATHEMATICAL BIOLOGY
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [学会発表] Development and applications of an optimization method to detect neighbor equilibria of a trajectory for Lotka-Volterra systems2018

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      12TH AIMS INTERNATIONAL CONFERENCE
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [学会発表] Invasibility threshold and persistence of bacterial species2018

    • 著者名/発表者名
      S. Nakaoka
    • 学会等名
      Annual meeting of Korean Society for Industrial and Applied Mathematics
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H05707
  • [学会発表] Development and applications of an optimization method to detect neighbor equilibria of a trajectory for Lotka-Volterra systems2018

    • 著者名/発表者名
      S. Nakaoka
    • 学会等名
      12th AIMS International Conference
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H05707
  • [学会発表] Detection of responding factors to external perturbation in a microbial community2017

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      International Symposium on Nonlinear Theory and Its Applications
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [学会発表] ウイルス感染時における常在細菌叢との宿主免疫応系の代謝相互作用に関するデータマイニング2017

    • 著者名/発表者名
      中岡慎治,佐藤佳
    • 学会等名
      第90回日本細菌学会総会
    • 発表場所
      仙台、日本
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [学会発表] Detection of responding factors to external perturbation in a microbial community2017

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      Proceedings of International Symposium on Nonlinear Theory and Its Applications
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0147
  • [学会発表] Data mining of metabolic interactions in a gut microbial community induced by viral infection2017

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka, Kei Sato (佐藤佳)
    • 学会等名
      SMB 2017 Annual Meeting
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0147
  • [学会発表] ウイルス感染時における常在細菌叢との宿主免疫応系の代謝相互作用に関するデータマイニング2017

    • 著者名/発表者名
      中岡慎治,佐藤佳
    • 学会等名
      第90回日本細菌学会総会
    • 発表場所
      仙台国際センター
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0147
  • [学会発表] Data mining of metabolic interactions in a gut microbial community induced by viral infection2017

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka, Kei Sato
    • 学会等名
      SMB 2017 Annual Meeting
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [学会発表] 複合体が生み出すシグナル伝達確率的ダイナミクスの制御機構2016

    • 著者名/発表者名
      川上英良, 古関恵太, 中岡慎治
    • 学会等名
      第39回 日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16KT0196
  • [学会発表] 複合体が生み出すシグナル伝達確率的ダイナミクスの制御機構2016

    • 著者名/発表者名
      川上英良, 古関恵太, 中岡慎治
    • 学会等名
      第39回 日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0147
  • [学会発表] Exploration of combinatorial emergence in coupled boolean network systems2016

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      The 22nd International Conference on Difference Equations and Applications
    • 発表場所
      大阪, 日本
    • 年月日
      2016-07-24
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0147
  • [学会発表] 細菌感染を軸としたマルチスケールシミュレーション2016

    • 著者名/発表者名
      中岡慎治
    • 学会等名
      第89回日本細菌学会総会
    • 発表場所
      大阪国際交流センター
    • 年月日
      2016-03-23
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0147
  • [学会発表] Development of a computational grammar for immune cell processes2016

    • 著者名/発表者名
      中岡慎治
    • 学会等名
      日本数理生物学会年会
    • 発表場所
      博多、日本
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [学会発表] Investigation for population kinetics of reservoir cells in HIV infection2016

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      A3 Workshop on Interdisciplinary Research Connecting Mathematics and Biology
    • 発表場所
      北京, 中国
    • 年月日
      2016-04-22
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [学会発表] Exploration of combinatorial emergence in coupled boolean network systems2016

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      The 22nd International Conference on Difference Equations and Applications
    • 発表場所
      大阪, 日本
    • 年月日
      2016-07-24
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05265
  • [学会発表] 階層間フィードバックを考慮した生命系マルチスケール数理モデル研究2016

    • 著者名/発表者名
      中岡慎治
    • 学会等名
      非線形現象の数値シミュレーションと解析
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2016-03-08
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0147
  • [学会発表] Mathematical modeling and simulation for a coupled communication system of immune cells2015

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      4th IFAC Conference on Analysis and Control of Chaotic Systems
    • 発表場所
      Tokyo Metropolitan University
    • 年月日
      2015-08-26
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [学会発表] 遺伝子発現から転写制御因子を予測する確率的Gene Set Enrichment解析2015

    • 著者名/発表者名
      川上英良、中岡慎治、北野宏明
    • 学会等名
      BMB2015 (第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会 合同大会)
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      2015-12-04
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0147
  • [学会発表] Migratory dynamics of lymphocyte trafficking on a lymph node network2015

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      Winter Q-bio 2015
    • 発表場所
      Maui Hawaii
    • 年月日
      2015-02-19
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [学会発表] Micro-ecomics を支える数理2015

    • 著者名/発表者名
      中岡慎治
    • 学会等名
      第30回微生物生態学会
    • 発表場所
      土浦市役所 亀城プラザ
    • 年月日
      2015-10-20
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0147
  • [学会発表] Dynamics of HIV infection in lymphoid tissue network2015

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka, Shingo Iwami, Kei Sato
    • 学会等名
      2nd Virus Dynamics Workshop
    • 発表場所
      Fields Institute, Toronto, Canada
    • 年月日
      2015-07-17
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [学会発表] Ordinary differential equations for HIV infection in lymphoid tissue network2015

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka, Shingo Iwami, Kei Sato
    • 学会等名
      RIMS 研究集会「実領域における常微分方程式の定性的研究」
    • 発表場所
      京都大学数理解析研究所
    • 年月日
      2015-11-10
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [学会発表] 人工生態系に関連した理論の発展2015

    • 著者名/発表者名
      中岡慎治
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会 8.0
    • 発表場所
      大阪大学吹田キャンパス 銀杏会館
    • 年月日
      2015-11-13
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0147
  • [学会発表] HIV infection in lymphoid tissue-blood stream network2015

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka, Shingo Iwami, Kei Sato
    • 学会等名
      IMAID 2015 (Innovative Mathematical Modeling for the Analysis of Infectious Disease Data)
    • 発表場所
      Hokkaido University
    • 年月日
      2015-10-30
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [学会発表] Impaired balance between antagonistic transcriptional modules during the progression of inflammatory skin disease2015

    • 著者名/発表者名
      Eiryo Kawakami, Hisahiro Yoshida, Takuwa Yasuda, Shinji Nakaoka, Hiroaki Kitano
    • 学会等名
      Functional Genomics and Systems Biology: From Model Organisms to Human Health
    • 発表場所
      Welcome Trust Sanger Institute
    • 年月日
      2015-10-29
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0147
  • [学会発表] Mathematical modeling and simulation of HIV infection in a lymph node network2015

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      10th Colloquium on the Qualitative Theory of Differential Equations
    • 発表場所
      Bolyai Institute, Szeged, Hungary
    • 年月日
      2015-07-03
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [学会発表] 癌の免疫療法に対する数理モデル2014

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      第 11 回「生物数学の理論とその応用
    • 発表場所
      京都大学数理解析研究所
    • 年月日
      2014-09-11
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [学会発表] Stochastic cell fate determination of stem cell dynamics2014

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      JSMB/SMB2014
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 年月日
      2014-07-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [学会発表] Modeling of dynamic structural change of immune response during acute inflammation2014

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      JSMB/SMB2014
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 年月日
      2014-07-31
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [学会発表] Mathematical Modeling and Simulation of Tumor immune therapy2014

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      Application of ecological and mathematical theory to cancer: new challenges
    • 発表場所
      NIMS, South Korea
    • 年月日
      2014-05-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [学会発表] Mathematical modeling of tumor elimination by cell-mediated and humoral immunity2014

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      偏微分方程式岡山小研究集会
    • 発表場所
      岡山大学
    • 年月日
      2014-12-02
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [学会発表] Stochastic Simulations for Spatial Spread of Inflammatory Response2013

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      The 3rd International Symposium on Innovative Mathematical Modeling
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • [学会発表] Population dynamics of layer-structured epidermal cells --mathematical analysis and stochastic simulation-2013

    • 著者名/発表者名
      Shinji Nakaoka
    • 学会等名
      The Fourth Conference on Computational and Mathematical Population Dynamics (CMPD4)
    • 発表場所
      Taiyuan, China
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25871132
  • 1.  川上 英良 (30725338)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 5件
  • 2.  ギルモー スチュアート (20608913)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 0件
  • 3.  渋谷 健司 (50322459)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  井上 真奈美 (70250248)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 5.  ラハマン ミジャヌール (10726433)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 6.  阿部 サラ (60739530)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 7.  岩見 真吾 (90518119)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 13件
  • 8.  池田 奈由 (20573603)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 9.  齋藤 英子 (60738079)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 10.  合原 一幸 (40167218)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 11.  小椋 義俊 (40363585)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 12.  佐藤 佳 (10593684)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 6件
  • 13.  坂本 佳子 (80714196)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 14.  細田 一史 (30515565)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 15.  大田 えりか (40625216)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 16.  野村 周平 (10799282)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 17.  山本 則子 (90280924)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 18.  坂元 晴香 (50738549)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 19.  宮野 悟 (50128104)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 20.  鈴木 大慈 (60551372)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 21.  奥 牧人 (30633565)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 22.  藤原 寛太郎 (00557704)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 23.  森野 佳生 (90712737)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 24.  梶田 真司 (40804191)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 25.  鈴木 穣 (40323646)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 26.  城口 克之 (00454059)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 27.  水谷 哲也 (70281681)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 28.  宮崎 亮 (80712489)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 29.  芳山 三喜雄 (10510258)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 30.  池上 真木彦 (60791366)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 31.  久本 峻平 (00754748)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 32.  鎌倉 昌樹 (60363876)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 33.  横田 卓 (90374321)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 34.  中村 公則 (80381276)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 35.  佐藤 大介 (10646996)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 36.  吉村 健佑 (60801735)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 37.  藤田 卓仙 (80627646)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 38.  有水 遥子
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 39.  川久保 和道
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 40.  中岡 博史
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 41.  浅井 雄介
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 42.  林 佐奈衣
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 43.  小柳 義夫
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 3件
  • 44.  稲葉 寿
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 45.  水本 憲治
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 46.  小松 嘉人
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 47.  鈴木 健大
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 48.  伊東 潤平
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 49.  野田 岳志
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 50.  鈴木 亮彦
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 51.  澤 洋文
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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