林田守広 Hayashida Morihiro

研究者番号	40402929
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 松江工業高等専門学校, 電気情報工学科, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2022年度 – 2024年度: 松江工業高等専門学校, 電気情報工学科, 教授 2017年度 – 2021年度: 松江工業高等専門学校, 電気情報工学科, 准教授 2017年度 – 2018年度: 松江工業高等専門学校, その他部局等, 准教授 2007年度 – 2016年度: 京都大学, 化学研究所, 助教 2006年度: 京都大学, 化学研究所, 助手
審査区分/研究分野	研究代表者小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生体生命情報学 / 生命・健康・医療情報学研究代表者以外生体生命情報学 / 連携探索型数理科学 / 数学基礎・応用数学 / 知能情報学 / 知能情報学
キーワード	研究代表者アルゴリズム / 機械学習 / 中央文字列 / 文法圧縮 / タンパク質ドメイン / 整数線形計画問題 / タンパク質 / 生体生命情報学 / タンパク質RNA相互作用 / 中心文字列 … もっと見る / 条件付き確率場 / 情報圧縮 / 整数計画法 / グラフ / 深層学習 / バイオマーカー / タンパク質機能予測 / データ圧縮 / タンパク質相互作用 / コルモゴロフ複雑性 / 畳み込みオートエンコーダ / 条件付き敵対的生成ネットワーク / グラフ畳み込みニューラルネットワーク / 整数線形計画法 / 文字列球面 / レーベンシュタイン距離 / 拡張ハミング距離 / ラプラス様混合モデル / 画像認識 / 三角不等式 / Dicer切断部位 / 局所トポロジー / 宿主病原体相互作用 / 一般化series-parallelグラフ / イジングモデル / ニューラルネットワーク / 畳み込みニューラルネットワーク / EMアルゴリズム / ラプラス様混合確率分布 / 一般化Series-Parallelグラフ / タンパク質二量体予測 / タンパク質相互作用予測 / 正則化 / サポートベクトルマシン / カーネル関数 / SURF / SIFT / タンパク質立体構造 / オンライン学習 / タンパク質相互作用強度 / SIFT特徴量 / タンパク質複合体 / タンパク質RNA複合体 / Morganインデックス / グラフ文法 / 類似度 / 蛋白質 / べき乗則 / 分割型木文法 / 相互情報量 / 識別確率場 / バイオインフォマティクス … もっと見る研究代表者以外化学構造 / 特徴ベクトル / カーネル法 / 木構造 / 計算生物学 / バイオインフォマティクス / 統計学 / 確率論 / 文字列 / 生物情報ネットワーク / 構造列挙 / 外平面的グラフ / 立体異性体 / グラフ理論 / ケモインフォマティクス / サポートベクターマシン / グラフアルゴリズム / 計算生物 / 統計 / 確率 / 環境再生 / 予測 / 推定 / 微生物の群集 / 数理生物学 / 確率・統計 / 制御理論 / バイオレメディエーション / 制御 / 統計的推定 / ダイナミクス / DNA 配列の集団 / 文字列の位相半群 / subcellular location prediction / chemical structure / support vector machine / kernel method / Euler string / edit distance / triangle inequality / sequence alignment / 糖鎖 / 最大共通部分点集合 / 位置特異的スコア行列 / フランス / 国際情報交換 / モチーフ抽出 / パターンマッチング / タンパク質細胞内局在部位予測 / アルゴリズム / グラフカーネル / タンパク質配列 / クラスタリング / 平面的グラフ / 細胞内局在部位予測 / サポートベクタマシン / オイラー文字列 / 編集距離 / 三角不等式 / 配列アラインメント / 生物配列 / 機械学習 / グラフ列挙 / ヶモインフォマティクス / 構造比較 / ベンゼン環 / 異性体 / 外平面グラフ / 光学異性体 / 構造活性相関 / タンパク質立体構造 / RNA二次構造 / 動的計画法 / 列挙アルゴリズム隠す

タンパク質機能予測法とバイオマーカー探索への応用研究代表者
- 研究代表者
  
  林田守広
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  松江工業高等専門学校
タンパク質立体構造の進化的保存部位の解析と機能予測への応用研究代表者
- 研究代表者
  
  林田守広
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  松江工業高等専門学校
文字列の非可換位相半群上の確率・統計理論とそれらの環境再生生物工学への応用
- 研究代表者
  
  小谷野仁
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2018
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  連携探索型数理科学
- 研究機関
  東京工業大学
   国立研究開発法人理化学研究所
大域的構造抽出と相互作用確率モデルによるタンパク質機能予測法研究代表者
- 研究代表者
  
  林田守広
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2019
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  松江工業高等専門学校
   京都大学
離散的手法と統計的手法の融合による構造設計法
- 研究代表者
  
  阿久津達也
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2018
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  知能情報学
- 研究機関
  京都大学
文字列解析のための統計理論とその計算生化学への応用
- 研究代表者
  
  小谷野仁
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2016
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  数学基礎・応用数学
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
   京都大学
タンパク質部分構造のモデル化による相互作用予測法研究代表者
- 研究代表者
  
  林田守広
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2015
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  京都大学
離散的手法とカーネル法の融合による構造設計法
- 研究代表者
  
  阿久津達也
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2014
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  知能情報学
- 研究機関
  京都大学
タンパク質立体構造における類似部分構造の大域的抽出と解析研究代表者
- 研究代表者
  
  林田守広
- 研究期間 (年度)
  2009 – 2012
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  京都大学
グラフ理論とカーネル法の融合による化学構造設計法
- 研究代表者
  
  阿久津達也
- 研究期間 (年度)
  2007 – 2009
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  京都大学
構造を持つ生物情報データからの共通パターン抽出法
- 研究代表者
  
  阿久津達也
- 研究期間 (年度)
  2004 – 2006
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  京都大学

[雑誌論文] Volume formula and growth rates of the balls of strings under the edit distances2023
- 著者名/発表者名
  Koyano Hitoshi、Hayashida Morihiro
- 雑誌名
  
  Applied Mathematics and Computation
  
  巻: 458 ページ: 128202-128202
- DOI
  10.1016/j.amc.2023.128202
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12228, KAKENHI-PROJECT-23K20374
[雑誌論文] Computational prediction and interpretation of both general and specific types of promoters in Escherichia coli by exploiting a stacked ensemble-learning framework2020
- 著者名/発表者名
  Li Fuyi、Chen Jinxiang、Ge Zongyuan、Wen Ya、Yue Yanwei、Hayashida Morihiro、Baggag Abdelkader、Bensmail Halima、Song Jiangning
- 雑誌名
  
  Briefings in Bioinformatics
  
  巻: 22 号: 2 ページ: 2126-2140
- DOI
  10.1093/bib/bbaa049
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12228
[雑誌論文] Convolutional neural network approach to lung cancer classification integrating protein interaction network and gene expression profiles2019
- 著者名/発表者名
  Teppei Matsubara, Tomoshiro Ochiai, Morihiro Hayashida, Tatsuya Akutsu and Jose C. Nacher
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology
  
  巻: 17 号: 03 ページ: 1940007-1940007
- DOI
  10.1142/s0219720019400079
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11535, KAKENHI-PROJECT-18H04113, KAKENHI-PROJECT-15K01200, KAKENHI-PROJECT-16K00392
[雑誌論文] Optimal string clustering based on a Laplace-like mixture and EM algorithm on a set of strings2019
- 著者名/発表者名
  Koyano Hitoshi、Hayashida Morihiro、Akutsu Tatsuya
- 雑誌名
  
  Journal of Computer and System Sciences
  
  巻: 106 ページ: 94-128
- DOI
  10.1016/j.jcss.2019.07.003
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00392
[雑誌論文] Euler string-based compression of tree-structured data and its application to analysis of RNAs2018
- 著者名/発表者名
  L. Liu, T. Mori, Y. Zhao, M. Hayashida and T. Akutsu
- 雑誌名
  
  Current Bioinformatics
  
  巻: 13 号: 1 ページ: 25-33
- DOI
  10.2174/1574893611666160608102231
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Euler string-based compression of tree-structured data and its application to analysis of RNAs2018
- 著者名/発表者名
  Liu, L., Mori, T., Zhao, Y., Hayashida, M., and Akutsu., T.
- 雑誌名
  
  Current Bioinformatics
  
  巻: 13 ページ: 25-33
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Improving conditional random field model for prediction of protein-RNA residue-base contacts2018
- 著者名/発表者名
  Morihiro Hayashida, Noriyuki Okada, Mayumi Kamada, Hitoshi Koyano
- 雑誌名
  
  Quantitative Biology
  
  巻: 6 号: 2 ページ: 155-162
- DOI
  10.1007/s40484-018-0136-7
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00392
[雑誌論文] Improving prediction of heterodimeric protein complexes using combination with pairwise kernel2018
- 著者名/発表者名
  Ruan Peiying、Hayashida Morihiro、Akutsu Tatsuya、Vert Jean-Philippe
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 19 号: S1 ページ: 39-39
- DOI
  10.1186/s12859-018-2017-5
- NAID
  120006537092
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00392, KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Bastion6: a bioinformatics approach for accurate prediction of type VI secreted effectors2018
- 著者名/発表者名
  Wang, J., Yang, B., Leier, A., Marquez-Lago, T. T., Hayashida, M., Rocker, A., Zhang, Y., Akutsu, T., Chou, K.-C., Strugnell, R. A., Song, J., and Lithgow, T.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 34(15) 号: 15 ページ: 2546-2555
- DOI
  10.1093/bioinformatics/bty155
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] ncRNA-disease association prediction based on sequence information and tripartite network2018
- 著者名/発表者名
  T. Mori, H. Ngouv, M. Hayashida, T. Akutsu and J. C. Nacher
- 雑誌名
  
  BMC Systems Biology
  
  巻: 12 号: S1 ページ: 1-1
- DOI
  10.1186/s12918-018-0527-4
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25330351, KAKENHI-PROJECT-16K00392, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Analysis of critical and redundant vertices in controlling directed complex networks using feedback vertex sets2018
- 著者名/発表者名
  Yu Bao, Morihiro Hayashida, Pengyu Liu, Masayuki Ishitsuka, Jose Nacher, Tatsuya Akutsu
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Biology
  
  巻: 25 号: 10 ページ: 1071-1090
- DOI
  10.1089/cmb.2018.0019
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00392, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Improving conditional random field model for prediction of protein-RNA residue-base contacts2018
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Okada, N., Kamada, M., and Koyano, H.
- 雑誌名
  
  Quantitative Biology
  
  巻: 6(2) ページ: 155-162
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Improving conditional random field model for prediction of protein-RNA Residue-base contacts2018
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Kamada, M., and Koyano, H.
- 雑誌名
  
  Quantitative Biology
  
  巻: 印刷中
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Determining the minimum number of protein-protein interactions required to support known protein complexes2018
- 著者名/発表者名
  Natsu Nakajima, Morihiro Hayashida, Jesper Jansson, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu
- 雑誌名
  
  PLOS ONE
  
  巻: 13 号: 4 ページ: e0195545-e0195545
- DOI
  10.1371/journal.pone.0195545
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00392, KAKENHI-PROJECT-17K00407, KAKENHI-PROJECT-18H04113, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Finding median and center strings for a probability distribution on a set of strings under Levenshtein distance based on integer linear programming2017
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M. and Koyano, H.
- 雑誌名
  
  Communications in Computer and Information Science
  
  巻: 690 ページ: 108-121
- DOI
  10.1007/978-3-319-54717-6_7
- ISBN
  9783319547169, 9783319547176
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26610037, KAKENHI-PROJECT-16K00392
[雑誌論文] SecretEPDB: a comprehensive web-based resource for secreted effector proteins of the bacterial types III, IV and VI secretion systems2017
- 著者名/発表者名
  Y. An, J. Wang, J. Song, C. Li, J. Revote, T. Naderer, M. Hayashida, T. Akutsu, Y. Zhang, G. I. Webb, T. Lithgow
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 7 号: 1 ページ: 41031-41031
- DOI
  10.1038/srep41031
- NAID
  120005997781
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Online regression algorithm with nonlinear transformation and its application to prediction of protein-protein interaction strengths2017
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Kamada, M., and Koyano, H.
- 雑誌名
  
  IPSJ SIG Technical Report
  
  巻: 2017-MPS-114 ページ: 1-4
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] SecretEPDB: A comprehensive web-based resource for secreted effector proteins of the bacterial types III, IV and VI secretion systems2017
- 著者名/発表者名
  An, Y., Wang, J., Li, C., Revote, J., Zhang, Y., Naderer, T., Hayashida, M., Akutsu, T., Webb, G., Lithgow, T., Song, J.
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 7 ページ: 41031-41031
- NAID
  120005997781
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Finding median and center strings for a probability distribution on a set of strings under Levenshtein distance based on integer linear programming2017
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M. and Koyano, H.
- 雑誌名
  
  Communications in Computer and Information Science
  
  巻: 690 ページ: 108-121
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Critical evaluation of in silico methods for prediction of coiled-coil regions in proteins2016
- 著者名/発表者名
  Li, C., Chang, C. C. H., Porebski, B. T., Hayashida, M., Akutsu, T., Song, J., and Buckle, A. M.
- 雑誌名
  
  Briefings in Bioinformatics
  
  巻: 17 号: 2 ページ: 270-282
- DOI
  10.1093/bib/bbv047
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Integer linear programming approach to center and median strings for a probability distribution on a set of strings2016
- 著者名/発表者名
  Koyano, H. and Hayashida, M
- 雑誌名
  
  Communications in Computer and Information Science
  
  巻: 未定
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26610037
[雑誌論文] Enumeration method for structural isomers containing user-defined structures based on breadth-first search approach2016
- 著者名/発表者名
  J. Jindalertudomdee, M. Hayashida, T. Akutsu
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Biology
  
  巻: 23 号: 8 ページ: 625-640
- DOI
  10.1089/cmb.2016.0056
- 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] LBSizeCleav: improved support vector machine (SVM)-based prediction of Dicer cleavage sites using loop/bulge length2016
- 著者名/発表者名
  Y. Bao, M. Hayashida, T. Akutsu
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 17 号: 1 ページ: 487-487
- DOI
  10.1186/s12859-016-1353-6
- NAID
  120005973378
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-16KT0020, KAKENHI-PROJECT-16K00392
[雑誌論文] Complex network-based approaches to biomarker discovery2016
- 著者名/発表者名
  M. Hayashida, T. Akutsu
- 雑誌名
  
  Biomarkers in Medicine
  
  巻: 10 ページ: 621-632
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034
[雑誌論文] Improving accuracy for predicting heterodimeric protein complexes using combination kernels2016
- 著者名/発表者名
  Ruan, P., Hayashida, M., Akutsu, T., and Vert, J.-P.
- 雑誌名
  
  IPSJ SIG Technical Report
  
  巻: 2016-MPS-108 ページ: 12-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Integer linear programming approach to median and center strings for a probability distribution on a set of strings2016
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M. and Koyano, H.
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 9th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies
  
  巻: 3 ページ: 35-41
- DOI
  10.5220/0005666400350041
- NAID
  120005947093
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26610037, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Grammar-based compression for unrooted trees and subclass of plane graphs using integer linear programming2016
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Cao, Y., and Zhao, Y.
- 雑誌名
  
  IPSJ SIG Technical Report
  
  巻: 2016-MPS-108 ページ: 11-11
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Maximum margin classifier working in a set of strings2016
- 著者名/発表者名
  H. Koyano, M. Hayashida, T. Akutsu
- 雑誌名
  
  Proceedings of the Royal Society A
  
  巻: 472 号: 2187 ページ: 20150551-20150551
- DOI
  10.1098/rspa.2015.0551
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-26610037, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Enumeration method for tree-like chemical compounds with benzene rings and naphthalene rings by breadth-first search order2016
- 著者名/発表者名
  J. Jindalertudomdee, M. Hayashida, Y. Zhao, T. Akutsu
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 17 号: 1 ページ: 113-113
- DOI
  10.1186/s12859-016-0962-4
- NAID
  120005822781
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-24500361, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Complex network-based approaches to biomarker discovery2016
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M. and Akutsu, T.
- 雑誌名
  
  Biomarkers in Medicine
  
  巻: 10 号: 6 ページ: 621-632
- DOI
  10.2217/bmm-2015-0047
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020, KAKENHI-PROJECT-26540125
[雑誌論文] 文字列の集合上の確率分布における中央文字列および中心文字列に対する整数計画問題2016
- 著者名/発表者名
  林田守広、小谷野仁
- 雑誌名
  
  IPSJ SIG Technical Report
  
  巻: 2016-MPS-108 ページ: 7-7
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[雑誌論文] Host-pathogen protein interaction prediction based on local topology structures of a protein interaction network2016
- 著者名/発表者名
  J. Jindalertudomdee, M. Hayashida, J. Song, T. Akutsu
- 雑誌名
  
  Proc. IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering
  
  巻: - ページ: 7-12
- DOI
  10.1109/bibe.2016.26
- 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034
[雑誌論文] Grammar-based compression approach to extraction of common rules among multiple trees of glycans and RNAs2015
- 著者名/発表者名
  Y. Zhao, M. Hayashida, Y. Cao, J. Hwang, T. Akutsu
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 16 号: 1 ページ: 128-128
- DOI
  10.1186/s12859-015-0558-4
- NAID
  120005749951
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-24500361
[雑誌論文] Parallelization of enumerating tree-like chemical compounds by breadth-first search order2015
- 著者名/発表者名
  M. Hayashida, J. Jindalertudomdee, Y. Zhao, T. Akutsu
- 雑誌名
  
  BMC Medical Genomics
  
  巻: 8 (Suppl 2) 号: S2
- DOI
  10.1186/1755-8794-8-s2-s15
- NAID
  120005947140
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-24500361
[雑誌論文] Prediction of heterotrimeric protein complexes by two-phase learning using neighboring kernels2014
- 著者名/発表者名
  Peiying Ruan, Morihiro Hayashida, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 15
- NAID
  120005372925
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240009
[雑誌論文] Measuring the similarity of protein structures using image local feature descriptors SIFT and SURF2014
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Koyano, H., and Akutsu, T.
- 雑誌名
  
  2014 8th International Conference on Systems Biology (ISB)
  
  巻: - ページ: 167-171
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26610037
[雑誌論文] Proteome Compression via Protein Domain Compositions2014
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Ruan, P., Akutsu, T.
- 雑誌名
  
  Methods
  
  巻: 67 号: 3 ページ: 380-385
- DOI
  10.1016/j.ymeth.2014.01.012
- NAID
  120005466444
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500361, KAKENHI-PROJECT-26240034
[雑誌論文] Prediction of Protein-protein Interaction Strength Using Domain Features with Supervised Regression2014
- 著者名/発表者名
  Kamada, M., Sakuma, Y., Hayashida, M., Akutsu, T.
- 雑誌名
  
  The Scientific World Journal
  
  巻: 2014 ページ: 240673-240673
- DOI
  10.1155/2014/240673
- NAID
  120005462601
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500361, KAKENHI-PROJECT-26240034
[雑誌論文] Prediction of protein-RNA residue-base contacts using two-dimensional conditional random field with the lasso2013
- 著者名/発表者名
  Morihiro Hayashida, Mayumi Kamada, Jiangning Song, Tatsuya Akutsu
- 雑誌名
  
  BMC Systems Biology
  
  巻: 7
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240009
[雑誌論文] Prediction of heterotrimeric protein complexes by two-phase learning using neighboring kernels2013
- 著者名/発表者名
  Ruan, P., Hayashida, M., Maruyama, O., Akutsu, T.
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 15 号: S2
- DOI
  10.1186/1471-2105-15-s2-s6
- NAID
  120005372925
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500361
[雑誌論文] Survival analysis by penalized regression and matrix factorization2013
- 著者名/発表者名
  Yeuntyng Lai, Morihiro Hayashida, Tatsuya Akutsu
- 雑誌名
  
  The Scientific World Journal
  
  巻: 2013 号: 1 ページ: 632030-632030
- DOI
  10.1155/2013/632030
- NAID
  120005289846
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500361
[雑誌論文] Prediction of heterodimeric protein complexes from weighted protein-protein interaction networks using novel features and kernel functions2013
- 著者名/発表者名
  Peiying Ruan, Morihiro Hayashida, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu
- 雑誌名
  
  PLoS ONE
  
  巻: 8 号: 6 ページ: e65265-e65265
- DOI
  10.1371/journal.pone.0065265
- NAID
  120005296009
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-24500361
[雑誌論文] Prediction of protein-RNA residue-base contacts using two-dimensional conditional random field with the lasso2013
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Kamada, M., Song, J., Akutsu, T.
- 雑誌名
  
  BMC Systems Biology
  
  巻: 7 号: Suppl 2 ページ: S15-S15
- DOI
  10.1186/1752-0509-7-s2-s15
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500361
[雑誌論文] Breadth-first search approach to enumeration of tree-like chemical compounds2013
- 著者名/発表者名
  Y. Zhao, M. Hayashida, J. Jindalertudomdee, H. Nagamochi and T. Akutsu
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology
  
  巻: 11 号: 06 ページ: 1143007-1143007
- DOI
  10.1142/s0219720013430075
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-13J02920, KAKENHI-PROJECT-22240009
[雑誌論文] Protein complex prediction via improved verification methods using constrained domain-domain matching2012
- 著者名/発表者名
  Zhao, Y., Hayashida, M., Nacher, J. C., Nagamochi, H. and Akutsu, T
- 雑誌名
  
  International Journal of Bioinformatics Research and Applications
  
  巻: vol. 8 号: 3/4 ページ: 210-227
- DOI
  10.1504/ijbra.2012.048970
- NAID
  120005243442
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323, KAKENHI-PROJECT-22240009
[雑誌論文] A quadsection algorithm for grammar-based image compression2012
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Ruan, P. and Akutsu, T.
- 雑誌名
  
  Integrated Computer-Aided Engineering
  
  巻: vol. 19 号: 1 ページ: 23-38
- DOI
  10.3233/ica-2012-0389
- NAID
  110007993903
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[雑誌論文] Measuring the similarity of protein structures using image compression algorithms2011
- 著者名/発表者名
  林田守広, 阿久津達也
- 雑誌名
  
  IEICE Transactions on Information and Systems
  
  巻: E94-D ページ: 2468-2478
- NAID
  10030538198
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[雑誌論文] Conditional random field approach to prediction of protein-protein interactions using domain information2011
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Kamada, M., Song, J. and Akutsu, T
- 雑誌名
  
  BMC Systems Biology
  
  巻: vol. 5, Suppl. 1 号: Suppl 1 ページ: S8-S8
- DOI
  10.1186/1752-0509-5-s1-s8
- NAID
  120003238942
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323, KAKENHI-PROJECT-22240009
[雑誌論文] Measuring the similarity of protein structures using image compression algorithms2011
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M. and Akutsu, T
- 雑誌名
  
  IEICE Transactions on Information and Systems
  
  巻: vol. E94-D, no. 12 ページ: 2468-2478
- NAID
  10030538198
- URL
  http://search.ieice.org/bin/summary.php?id=e94-d_12_2468
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[雑誌論文] Comparing biological networks via graph compression2010
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M. and Akutsu, T
- 雑誌名
  
  BMC Systems Biology
  
  巻: vol. 4, Suppl. 2 号: S2
- DOI
  10.1186/1752-0509-4-s2-s13
- NAID
  120002561281
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[雑誌論文] The role of internal duplication in the evolution of multi-domain proteins2010
- 著者名/発表者名
  Nacher, J. C., Hayashida, M.and Akutsu, T
- 雑誌名
  
  BioSystems
  
  巻: vol. 101, no. 2 号: 2 ページ: 127-135
- DOI
  10.1016/j.biosystems.2010.05.005
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[雑誌論文] Comparing biological networks via graph compression2010
- 著者名/発表者名
  林田守広, 阿久津達也
- 雑誌名
  
  BMC Systems Biology
  
  巻: 4
- NAID
  120002561281
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[雑誌論文] The role of internal duplication in the evolution of multi-domain proteins2010
- 著者名/発表者名
  ナチェルホセ, 林田守広, 阿久津達也
- 雑誌名
  
  Biosystems
  
  巻: 101 ページ: 127-135
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[雑誌論文] Integer programming-based method for grammar-based tree compression and its application to pattern extraction of glycan tree structures2010
- 著者名/発表者名
  趙楊, 林田守広, 阿久津達也
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 11
- NAID
  120002723148
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[雑誌論文] Integer programming-based method for grammar-based tree compression and its application to pattern extraction of glycan tree structures2010
- 著者名/発表者名
  Y.Zhao, M.Hayashida, T.Akutsu
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 11(Suppl.11)
- NAID
  120002723148
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240009
[雑誌論文] Integer programming-based method for grammar-based tree compression and its application to pattern extraction of glycan tree structures2010
- 著者名/発表者名
  Zhao, Y., Hayashida, M.and Akutsu, T
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: vol. 11, Suppl 11 号: S11
- DOI
  10.1186/1471-2105-11-s11-s4
- NAID
  120002723148
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[雑誌論文] Comparing biological networks via graph compression2010
- 著者名/発表者名
  M.Hayashida, T.Akutsu
- 雑誌名
  
  BMC Systems Biology
  
  巻: 4(Suppl.2)
- NAID
  120002561281
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240009
[雑誌論文] A clustering method for analysis of sequence similarity networks of proteins using maximal components of graphs2008
- 著者名/発表者名
  M. Hayashida, T. Akutsu and H. Nagamochi
- 雑誌名
  
  IPSJ Transactions on Bioinformatics 49-Sig5
  
  ページ: 15-24
- NAID
  110006684906
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19200022
[雑誌論文] A clustering method for analysis of sequence similarity networks of proteins using maximal components of graphs2008
- 著者名/発表者名
  M.Hayashida, T.Akutsu, H.Nagamochi
- 雑誌名
  
  IPSJ Transactions on Bioinformatics 49-Sig 5
  
  ページ: 15-24
- NAID
  110006684906
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19200022
[雑誌論文] A novel clustering method for analysis of biological networks using maximal components of graphs2007
- 著者名/発表者名
  M.Hayashida, T.Akutsu, H.Nagamochi
- 雑誌名
  
  Proc. 5th Asia Pasific Bioinformatics Conference
  
  ページ: 257-266
- NAID
  110004823195
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16300092
[雑誌論文] A novel clustering method for analysis of biological networks using maximal components of graphs2007
- 著者名/発表者名
  M. Hayashida, T. Akutsu, H. Nagamochi
- 雑誌名
  
  Proc. 5th Asia-Pacific Bioinformatics Conference(APBC 2007)
  
  ページ: 257-266
- NAID
  110004823195
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16300092
[雑誌論文] A novel clustering method for analysis of biological networks using maximal components of graphs2007
- 著者名/発表者名
  M., Hayashida, T., Akutsu, H., Nagamochi
- 雑誌名
  
  Proc. 5th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2007)
  
  ページ: 257-266
- NAID
  110004823195
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16300092
[学会発表] 敵対的生成ネットワークとグラフ畳み込みニューラルネットワークを用いた遺伝子発現データからの肺がん予測2023
- 著者名/発表者名
  川上瞬汰, 林田守広, 藤嶋教彰, ナチェルホセ
- 学会等名
  情報処理学会第142回数理モデル化と問題解決研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12228
[学会発表] 整数線形計画法による文字列の集合上の確率分布における中心文字列探索の高速化の一検討2023
- 著者名/発表者名
  槇原このか, 林田守広, 小谷野仁, 村上享, 桑野淳一郎
- 学会等名
  情報処理学会第142回数理モデル化と問題解決研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12228
[学会発表] 畳み込みオートエンコーダを用いたタンパク質構造モチーフ探索の一検討2022
- 著者名/発表者名
  大塚竜星, 林田守広
- 学会等名
  情報処理学会第84回全国大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12228
[学会発表] 整数線形計画法による文字列の集合上の確率分布における中央文字列探索の高速化2022
- 著者名/発表者名
  槇原このか, 林田守広, 小谷野仁
- 学会等名
  情報処理学会第84回全国大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12228
[学会発表] Laplace 様混合モデルの基準化定数の計算2021
- 著者名/発表者名
  小谷野仁, 林田守広
- 学会等名
  情報処理学会第132回数理モデル化と問題解決研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12228
[学会発表] Measuring the Similarity of Proteomes using Grammar-based Compression via Domain Combinations2020
- 著者名/発表者名
  Hayashida Morihiro、Koyano Hitoshi、Nacher Jose
- 学会等名
  13th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12228
[学会発表] 一般化Series-Parallelグラフの文法圧縮と時間計算量の実験的解析2020
- 著者名/発表者名
  小村亘平, 林田守広, 小谷野仁, 阿久津達也
- 学会等名
  情報処理学会第127回数理モデル化と問題解決研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K12228
[学会発表] Artificial neural network approach to prediction of protein--RNA residue-base contacts2019
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M. and Koyano, H.
- 学会等名
  The 12th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[学会発表] Artificial neural network approach to prediction of protein-RNA residue-base contacts2019
- 著者名/発表者名
  Morihiro Hayashida, Jose Nacher, Hitoshi Koyano
- 学会等名
  The 12th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00392
[学会発表] ncRNA-disease association prediction based on sequence information and tripartite network2018
- 著者名/発表者名
  Mori, T., Ngouv, H., Hayashida, M., Akutsu, T., and Nacher, J.
- 学会等名
  16th Asia Pacific Bioinformatics Conference
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[学会発表] Grammar-based compression for directed and undirected generalized series-parallel graphs using integer linear programming2018
- 著者名/発表者名
  M. Hayashida, H. Koyano, T. Akutsu:
- 学会等名
  The 11th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034
[学会発表] Analyzing order of domains in grammar-based compression of proteomes2018
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Ishibashi, K., and Koyano, H.
- 学会等名
  The 24th International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[学会発表] Grammar-based compression for directed and undirected generalized series-parallel graphs using integer linear programming2018
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Koyano, H., and Akutsu, T.
- 学会等名
  The 9th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[学会発表] Analyzing order of domains in grammar-based compression of proteomes2018
- 著者名/発表者名
  Morihiro Hayashida, Kousei Ishibashi, Hitoshi Koyano
- 学会等名
  The 24th International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00392
[学会発表] ncRNA-disease association prediction based on sequence information and tripartite network2018
- 著者名/発表者名
  Takuya Mori, Hayliang Ngouv, Morihiro Hayashida, Tatsuya Akutsu, Jose Nacher
- 学会等名
  The 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00392
[学会発表] Convolutional neural network approach to lung cancer classification integrating protein interaction network and gene expression profiles2018
- 著者名/発表者名
  Teppei Matsubara, Tomoshiro Ochiai, Morihiro Hayashida, Tatsuya Akutsu, Jose Nacher
- 学会等名
  The 18th IEEE International Conference on Bioinformatics and BioEngineering
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00392
[学会発表] ncRNA-disease association prediction based on sequence information and tripartite network2018
- 著者名/発表者名
  T. Mori, H. Ngouv, M. Hayashida, T. Akutsu and J. Nacher
- 学会等名
  The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034
[学会発表] Grammar-based compression for directed and undirected generalized series-parallel graphs using integer linear programming2018
- 著者名/発表者名
  Morihiro Hayashida, Hitoshi Koyano, Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  The 9th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00392
[学会発表] Convolutional neural network approach to lung cancer classification integrating protein interaction network and gene expression profiles2018
- 著者名/発表者名
  Matsubara, T., Ochiai, T., Hayashida, M., Akutsu, T., and Nacher, J.
- 学会等名
  The 18th IEEE International Conference on Bioinformatics and BioEngineering
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[学会発表] Improving prediction of heterodimeric protein complexes using combination with pairwise kernel2018
- 著者名/発表者名
  Ruan, P., Hayashida, M., Akutsu, T., and Vert, J.-P.
- 学会等名
  28th International Conference on Genome Informatics
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[学会発表] ncRNA-disease association prediction based on sequence information and tripartite network2018
- 著者名/発表者名
  Mori, T., Ngouv, H., Hayashida, M., Akutsu, T., Nacher, J.
- 学会等名
  The 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[学会発表] Grammar-based compression for directed and undirected generalized series-parallel graphs using integer linear programming2018
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Koyano, H., and Akutsu, T.
- 学会等名
  9th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[学会発表] Optimal string clustering based on a statistical theory on a topological monoid of strings2017
- 著者名/発表者名
  Koyano, H., Hayashida, M., and Akutsu, T.
- 学会等名
  13th Workshop on Stochastic Models, Statistics and Their Applications
- 発表場所
  Berlin, Germany
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[学会発表] Optimal string clustering based on a statistical theory on a topological monoid of strings2017
- 著者名/発表者名
  Koyano, H., Hayashida, M., and Akutsu, T.
- 学会等名
  13th Workshop on Stochastic Models, Statistics and Their Applications
- 発表場所
  Berlin, Germany
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26610037
[学会発表] Predicting strengths of protein-protein interactions through online regression algorithms2017
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Kamada, M., and Koyano, H.
- 学会等名
  2017 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[学会発表] Improving conditional random field model for prediction of protein-RNA Residue-base contacts2017
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Okada, M., Kamada, M., and Koyano, H.
- 学会等名
  11th International Conference on Computational Systems Biology
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[学会発表] The 28th International Conference on Genome Informatics2017
- 著者名/発表者名
  P. Ruan, M. Hayashida, T. Akutsu and J-P. Vert
- 学会等名
  Improving prediction of heterodimeric protein complexes using combination with pairwise kernel
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034
[学会発表] Optimal string clustering based on a statistical theory on a topological monoid of strings2017
- 著者名/発表者名
  Koyano, H., Hayashida, M., and Akutsu, T.
- 学会等名
  2017 13th Workshop on Stochastic Models, Statistics and Their Applications
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[学会発表] Improving conditional random field model for prediction of protein-RNA residue-base contacts2017
- 著者名/発表者名
  Morihiro Hayashida, Noriyuki Okada, Mayumi Kamada, Hitoshi Koyano
- 学会等名
  The 11th International Conference on Computational Systems Biology
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00392
[学会発表] Host-pathogen protein interaction prediction based on local topology structures of a protein interaction network2016
- 著者名/発表者名
  Jindalertudomdee, J., Hayashida, M., Song, J., and Akutsu. T.
- 学会等名
  IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and BioEngineering
- 発表場所
  Taichung, Taiwan
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[学会発表] Host-pathogen protein interaction prediction based on local topology structures of a protein interaction network2016
- 著者名/発表者名
  Jira Jindalertudomdee, Morihiro Hayashida, Jianning Song, Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and BioEngineering
- 発表場所
  台中
- 年月日
  2016-10-31
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K00392
[学会発表] Host-pathogen protein interaction prediction based on local topology structures of a protein interaction network2016
- 著者名/発表者名
  J. Jindalertudomdee, M. Hayashida, J. Song, T. Akutsu
- 学会等名
  IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering
- 発表場所
  台湾・台中・Sprendor Hotel
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034
[学会発表] Integer linear programming approach to median and center strings for a probability distribution on a set of strings2016
- 著者名/発表者名
  Hayashida M. and Koyano, H.
- 学会等名
  15th European Conference on Computational Biology
- 発表場所
  The Hague, Netherlands
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16KT0020
[学会発表] 文字列の集合上の確率分布における中央文字列および中心文字列に対する整数計画問題2016
- 著者名/発表者名
  林田守広, 小谷野仁
- 学会等名
  日本情報処理学会「数理モデル化と問題解決研究会」, 「バイオ情報学研究会」及び日本電子情報通信学会「ニューロコンピューティング研究会」, 「情報論的学習理論と機械学習研究会」合同研究会
- 発表場所
  沖縄、日本
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26610037
[学会発表] Integer linear programming approach to median and center strings for a probability distribution on a set of strings2016
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Koyano, H.
- 学会等名
  The 7th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
- 発表場所
  Rome, Italy
- 年月日
  2016-02-21
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500361
[学会発表] Integer linear programming approach to center and median strings for a probability distribution on a set of strings2016
- 著者名/発表者名
  林田守広
- 学会等名
  7th International Conference on Bioinformatics Models, Methods, and Algorithms
- 発表場所
  Rome, Italy
- 年月日
  2016-02-21
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26610037
[学会発表] Online learning approach to prediction of protein-protein interaction strengths2015
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Kamada, M., Koyano, H.
- 学会等名
  The 9th International Conference on Systems Biology
- 発表場所
  Luoyang, China
- 年月日
  2015-08-21
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500361
[学会発表] Prediction of ncRNA-disease association based on sequence expression and tripartite network2015
- 著者名/発表者名
  H. Ngouv, M. Hayashida, J.C. Nacher, T. Akutsu
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会2015年大会
- 発表場所
  京都大学宇治キャンパス
- 年月日
  2015-10-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034
[学会発表] Prediction of heterotrimeric protein complexes by two-phase learning using neighboring kernels2014
- 著者名/発表者名
  Peiying Ruan, Morihiro Hayashida, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  The 20th Asia Pacific Bioinformatics Conference
- 発表場所
  Fudan University, Shanghai, China
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240009
[学会発表] Breadth first search approach to enumeration of tree-like chemical compounds2013
- 著者名/発表者名
  Yang Zhao, Morihiro Hayashida, Jira Jindalertudomdee, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  The 24th International Conference on Genome Informatics
- 発表場所
  Matrix, Biopolis, Singapore
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240009
[学会発表] ベンゼン環を持つ木状化学構造の幅優先探索による列挙手法2013
- 著者名/発表者名
  Jira Jindalertudomdee, 林田守広, 阿久津達也
- 学会等名
  第３６回情報化学討論会
- 発表場所
  筑波大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240009
[学会発表] Predicting protein-RNA residue-base contacts using two-dimensional conditional random field2012
- 著者名/発表者名
  Morihiro Hayashida, Mayumi Kamada, Jiangning Song, Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  2012 IEEE Conference on Systems Biology
- 発表場所
  Xi'an, China
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500361
[学会発表] Protein complex prediction via improved verification methods using constrained domain-domain matching2012
- 著者名/発表者名
  Y.Zhao, M.Hayashida, J.Nacher
- 学会等名
  The Tenth Asia Pacific Bioinformatics Conference
- 発表場所
  Rydges Melbourne, Australia
- 年月日
  2012-01-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240009
[学会発表] Protein complex prediction via improved verification methods using constrained domain-domain matching2012
- 著者名/発表者名
  趙楊, 林田守広, ナチェルホセ, 永持仁, 阿久津達也
- 学会等名
  The 10th Asia-Pacific Bioinformatics Conference
- 発表場所
  オーストラリア,メルボルン市
- 年月日
  2012-01-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[学会発表] Protein complex prediction via improved verification methods using constrained domain-domain matching2012
- 著者名/発表者名
  Zhao, Y., Hayashida, M., Nacher, J., Nagamochi, H. and Akutsu, T.
- 学会等名
  The 10th Asia-Pacific Bioinformatics Conference
- 発表場所
  メルボルン,オーストラリア
- 年月日
  2012-01-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[学会発表] Discriminative random field approach to prediction of protein residue contacts2011
- 著者名/発表者名
  Kamada, M., Hayashida, M., Song, J. and Akutsu, T.
- 学会等名
  2011 IEEE Conference on Systems Biology
- 発表場所
  珠海,中国
- 年月日
  2011-09-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[学会発表] Discriminative random field approach to prediction of protein residue contacts2011
- 著者名/発表者名
  鎌田真由美, 林田守広, 宋江寧, 阿久津達也
- 学会等名
  2011 IEEE Conference on Systems Biology
- 発表場所
  中国,珠海市
- 年月日
  2011-09-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[学会発表] Integer programming-based method for grammar-based tree compression and its application to pattern extraction of glycan tree structures2010
- 著者名/発表者名
  Zhao, Y., Hayashida, M.and Akutsu, T
- 学会等名
  The 21st International Conference on Genome Informatics
- 発表場所
  杭州,中国
- 年月日
  2010-12-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[学会発表] Conditional random field approach to prediction of protein-protein interactions using mutual information between domains2010
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Kamada, M., Song, J. and Akutsu, T
- 学会等名
  The Fourth International Conference on Computational Systems Biology
- 発表場所
  蘇州,中国
- 年月日
  2010-09-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[学会発表] Conditional random field approach to prediction of protein-protein interactions using mutual information between domains2010
- 著者名/発表者名
  林田守広, 鎌田真由美, 宋江寧, 阿久津達也
- 学会等名
  The Fourth International Conference on Computational Systems Biology
- 発表場所
  中国,蘇州市
- 年月日
  2010-09-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[学会発表] Integer programming-based method for grammar-based tree compression and its application to pattern extraction of glycantree structures2010
- 著者名/発表者名
  Y.Zhao, M.Hayashida, T.Akutsu
- 学会等名
  The 21st International Conference on Genome Informatics
- 発表場所
  The First World Hotel, Hangzhou, China
- 年月日
  2010-12-16
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240009
[学会発表] A quadsection algorithm for grammar-based image compression2010
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Ruan, P. and Akutsu, T.
- 学会等名
  The 2010 International Conference on Advanced Science and Technology
- 発表場所
  宮崎
- 年月日
  2010-06-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[学会発表] Comparing biological networks via graph compression2009
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M. and Akutsu, T
- 学会等名
  The Third International Symposium on Optimization and Systems Biology
- 発表場所
  張家界,中国
- 年月日
  2009-09-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[学会発表] Comparing biological networks via graph compression2009
- 著者名/発表者名
  林田守広、阿久津達也
- 学会等名
  The Third International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB2009)
- 発表場所
  Zhangjiajie, China
- 年月日
  2009-09-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700323
[学会発表] Proteome compression via protein domain compositions
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Ruan, P., Akutsu, T.
- 学会等名
  2013 IEEE Conference on Systems Biology
- 発表場所
  Huangshan, China
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500361
[学会発表] Inferring strengths of protein-protein interactions using support vector regression
- 著者名/発表者名
  Sakuma, Y., Kamada, M., Hayashida, M., Akutsu, T.
- 学会等名
  The 2013 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications
- 発表場所
  Las Vegas, USA
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500361
[学会発表] 文字列の距離空間上の確率論とその機械学習への応用
- 著者名/発表者名
  小谷野仁, 林田守広, 阿久津達也
- 学会等名
  日本応用数理学会 2014 年度年会
- 発表場所
  政策研究大学院大学
- 年月日
  2014-09-03 – 2014-09-05
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26610037
[学会発表] Probability theory on a topological monoid of strings and its application to statistical machine learning
- 著者名/発表者名
  Koyano, H. and Hayashida, M.
- 学会等名
  International Conference on Recent Advances in Pure and Applied Mathematics
- 発表場所
  Antalya, Turkey
- 年月日
  2014-11-06 – 2014-11-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26610037
[学会発表] Parallelization of Enumerating Tree-like Chemical Compounds by Breadth-first Search Order
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Jindalertudomdee, J., Zhao, Y., Akutsu, T.
- 学会等名
  The 8th International Conference on Systems Biology
- 発表場所
  Qingdao, China
- 年月日
  2014-10-24 – 2014-10-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500361
[学会発表] 文字列クラスタリングのための Laplace 様混合モデルに対する EM アルゴリズム
- 著者名/発表者名
  小谷野仁, 林田守広
- 学会等名
  日本情報処理学会第 77 回全国大会
- 発表場所
  京都大学
- 年月日
  2015-03-17 – 2015-03-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26610037
[学会発表] ナフタレン環を持つ木状化学構造の幅優先探索による列挙手法
- 著者名/発表者名
  Jindalertudomdee Jira, 林田守広, 趙楊, 阿久津達也
- 学会等名
  第37回情報化学討論会
- 発表場所
  豊橋商工会議所
- 年月日
  2014-11-27 – 2014-11-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034
[学会発表] 文字列の距離空間上の最大マージン識別器とそのタンパク質科学への応用
- 著者名/発表者名
  小谷野仁, 林田守広, 阿久津達也
- 学会等名
  日本情報処理学会「数理モデル化と問題解決研究会」,「バイオ情報学研究会」及び日本電子情報通信学会「ニューロコンピューティング研究会」,「情報論的学習理論と機械学習研究会」合同研究会
- 発表場所
  沖縄科学技術大学院大学
- 年月日
  2014-06-25 – 2014-06-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26610037
[学会発表] Measuring the similarity of protein structures using image local feature descriptors SIFT and SURF
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Koyano, H., and Akutsu, T.
- 学会等名
  The 8th International Conference on Systems Biology and the 4th Translational Bioinformatics Conference
- 発表場所
  Qingdao, China
- 年月日
  2014-10-24 – 2014-10-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26610037
[学会発表] Prediction of heterotrimeric protein complexes by two-phase learning using neighboring kernels
- 著者名/発表者名
  Ruan, P., Hayashida, M., Maruyama, O., Akutsu, T.
- 学会等名
  The 12th Asia Pacific Bioinformatics Conference
- 発表場所
  Shanghai, China
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500361
[学会発表] Parallelization of Enumerating Tree-like Chemical Compounds by Breadth-first Search Order
- 著者名/発表者名
  Morihiro Hayashida, Jira Jindalertudomdee, Yang Zhao, Tatsuya Akutsu
- 学会等名
  The 8th International Conference on Systems Bioloy
- 発表場所
  Qingdao, China
- 年月日
  2014-10-24 – 2014-10-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26240034
[学会発表] Measuring the Similarity of Protein Structures Using Image Local Feature Descriptors SIFT and SURF
- 著者名/発表者名
  Hayashida, M., Koyano, H., Akutsu, T.
- 学会等名
  The 8th International Conference on Systems Biology
- 発表場所
  Qingdao, China
- 年月日
  2014-10-24 – 2014-10-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500361
[学会発表] Study on weight of protein-protein interaction network for prediction of heterodimers
- 著者名/発表者名
  Ruan, P., Hayashida, M., Akutsu, T.
- 学会等名
  電子情報通信学会総合大会
- 発表場所
  新潟大学
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500361

1. 小谷野仁 (10570989)

共同の研究課題数: 4件

共同の研究成果数: 37件
2. 阿久津達也 (90261859)

共同の研究課題数: 4件

共同の研究成果数: 31件
3. 永持仁 (70202231)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 3件
4. 川端猛夫 (50214680)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
5. 前川真吾 (30467401)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 宮野悟 (50128104)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 丸山修 (20282519)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 上田展久 (80346048)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 細川浩 (90359779)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 緒方博之 (70291432)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 矢野孝次 (80467646)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 13件
12. ナチェルホセ

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件

林田 守広 Hayashida Morihiro

研究課題

研究成果

共同研究者

タンパク質機能予測法とバイオマーカー探索への応用研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質立体構造の進化的保存部位の解析と機能予測への応用研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

文字列の非可換位相半群上の確率・統計理論とそれらの環境再生生物工学への応用

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

大域的構造抽出と相互作用確率モデルによるタンパク質機能予測法研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

離散的手法と統計的手法の融合による構造設計法

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

文字列解析のための統計理論とその計算生化学への応用

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タンパク質部分構造のモデル化による相互作用予測法研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

離散的手法とカーネル法の融合による構造設計法

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

タンパク質立体構造における類似部分構造の大域的抽出と解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

グラフ理論とカーネル法の融合による化学構造設計法

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

構造を持つ生物情報データからの共通パターン抽出法

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Volume formula and growth rates of the balls of strings under the edit distances2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Computational prediction and interpretation of both general and specific types of promoters in Escherichia coli by exploiting a stacked ensemble-learning framework2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

林田守広 Hayashida Morihiro