水上卓 Mizukami Taku

研究者番号	50270955
その他のID
外部サイト
所属 (現在)	2025年度: 北陸先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2020年度 – 2022年度: 北陸先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 助教 2019年度: 北陸先端科学技術大学院大学, マテリアルサイエンス研究科, 助教 2016年度 – 2018年度: 北陸先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 助教 2013年度 – 2015年度: 北陸先端科学技術大学院大学, マテリアルサイエンス研究科, 助教 2008年度: 北陸先端科学技術大学院大学, マテリアルサイエンス研究科, 助教 … もっと見る 2005年度: 北陸先端科学技術大学院大学, 材料科学研究科, 助手 2000年度 – 2001年度: 北陸先端科学技術大学院大学, 材料科学研究科, 助手 1995年度: 北陸先端科学技術大学院大学, 材料科学研究科, 助手隠す
審査区分/研究分野	研究代表者生物物理学 / 生物物理学研究代表者以外小区分29010:応用物性関連 / 物理化学 / 生物物理学 / 理工系
キーワード	研究代表者 Lasso正則化 / ドッキング / 分子動力学 / 蛋白質 / 機械学習 / 特徴空間 / データマイニング / 分子動力学計算 / 水和 / タンパク質 … もっと見る / 赤外パルスレーザー / 反応速度分布 / 反応制御 / バクテリオロドプシン / レチナール蛋白質 / IRレーザーパルス … もっと見る研究代表者以外タンパク質 / バクテリオロドプシン / 磁性材料探索 / マテリアルインフォマティクス / 説明可能なAI / 結晶性磁性材料 / データ駆動型材料探索 / 第一原理計算 / データ駆動型AI / 磁性材料 / インシリコ創薬 / 分子動力学シミュレーション / 分子動力学法 / 自由エネルギー / 機械学習 / 分子ドッキング / 分子シミュレーション / 構造機能相関 / 触媒機構 / 炭酸脱水酵素 / MM / QM / NMR / プロトン移動 / 反応機構 / 触媒 / 互変異性 / ヒスチジン / 機能 / 酵素 / 振動現象 / 耐性菌 / アンチポーター / プロトンポンプ / pH感応蛍光色素 / 細胞内pH / 高度好塩菌 / 色素形成 / シクロデキストリン / 疎水性相互作用 / 位置選択性 / 光異性化反応 / レチノクロム / レチナ-ル隠す

構造物性機構への説明性を備えたデータ駆動型AIを用いた磁性材料の探索
- 研究代表者
  
  DAM HieuChi
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分29010:応用物性関連
- 研究機関
  北陸先端科学技術大学院大学
機械学習と分子シミュレーションの連帯による標的型分子ドッキング法の開発
- 研究代表者
  
  齋藤大明
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2019
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  物理化学
- 研究機関
  国立研究開発法人理化学研究所
水和水が媒介するタンパク質リガンド相互作用をデータマイニングで解明する研究代表者
- 研究代表者
  
  水上卓
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2016
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  北陸先端科学技術大学院大学
NMR・MM法による炭酸脱水酵素機能に重要なHis残基の挙動解析と触媒機構解明
- 研究代表者
  
  島原秀登
- 研究期間 (年度)
  2007 – 2008
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  北陸先端科学技術大学院大学
強い光照射による単細胞の忌避と振動応答反応過程の動的計測
- 研究代表者
  
  辻本和雄
- 研究期間 (年度)
  2005
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  北陸先端科学技術大学院大学
赤外パルスレーザによるバクテリオロドプシンプロトンポンプ機能の制御研究代表者
- 研究代表者
  
  水上卓
- 研究期間 (年度)
  2000 – 2001
- 研究種目
  
  萌芽的研究
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  北陸先端科学技術大学院大学
励起状態を制御する光反応場の研究
- 研究代表者
  
  辻本和雄
- 研究期間 (年度)
  1995
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  北陸先端科学技術大学院大学

すべて 2018 2017 2016 2015 2014 2013 2008 その他

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Molecular dynamics study of binary POPC bilayers: molecular condensing effects on membrane structure and dynamics2018
- 著者名/発表者名
  Hiroaki Saito, Tetsuya Morishita, Taku Mizukami, Ken-ichi Nishiyama, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao
- 雑誌名
  
  Journal of Physics: Conference Series
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K05648
[雑誌論文] Molecular dynamics study of binary POPC bilayers: molecular condensing effects on membrane structure and dynamics2018
- 著者名/発表者名
  Saito Hiroaki、Morishita Tetsuya、Mizukami Taku、Nishiyama Ken-ichi、Kawaguchi Kazutomo、Nagao Hidemi
- 雑誌名
  
  Journal of Physics: Conference Series
  
  巻: 1136 ページ: 012022-012022
- DOI
  10.1088/1742-6596/1136/1/012022
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0073, KAKENHI-PROJECT-16K05648, KAKENHI-PROJECT-18KK0197, KAKENHI-PUBLICLY-18H04636, KAKENHI-PROJECT-17H02209
[雑誌論文] Prediction of Solvation Free Energy of Proteins: Molecular Dynamics Simulation and QSPR Model Approach2015
- 著者名/発表者名
  Sri R. Natasia, Hiroaki Saito, Taku Mizukami, Kazutomo Kawaguchi and Hidemi Nagao
- 雑誌名
  
  Recent Development in Computational Science
  
  巻: 6 ページ: 100-111
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25650050
[雑誌論文] Molecular Dynamics Study of Gramicidin A in Lipid Bilayer: Electrostatic Map and Ion Conduction2014
- 著者名/発表者名
  Hiroaki SAITO, Masashi IWAYAMA, Kazutomo KAWAGUCHI, Taku MIZUKAMI, Takeshi MIYAKAWA, Masako TAKASU, and Hidemi NAGAO
- 雑誌名
  
  JPS Conf. Proc
  
  巻: volume 1 ページ: 012053-012053
- DOI
  10.7566/jpscp.1.012053
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23750008, KAKENHI-PROJECT-25650050, KAKENHI-PROJECT-26400429
[雑誌論文] Free Energy Calculation of Docking Structure of Azurin(I)-Cyto- chrome c551(III) Complex Systems by using the Energetic Representation2008
- 著者名/発表者名
  西川佳吾, 水上卓, 島原秀登, 長尾秀実, (他4名, 6番目)
- 雑誌名
  
  AIP Conference Proceedings 982巻
  
  ページ: 780-783
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770128
[雑誌論文] Tautomerism of histidine 64 associated with proton transfer in catalysis of Carbonic Anhydrase2008
- 著者名/発表者名
  島原秀登, 吉田卓也, 水上卓, 中沢隆, 長尾秀実, 大久保忠恭, 小林祐次, (他2名, 1番目)
- 雑誌名
  
  FASEB Journal 22巻
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770128
[雑誌論文] Theoretical Study of Free Energy in Docking Stability of Azurin(II)-Cytochrome c551(II) Complex System2008
- 著者名/発表者名
  山本哲徳, 水上卓, 島原秀登, 長尾秀実, (他4名, 6番目)
- 雑誌名
  
  AIP Conference Proceedings 982巻
  
  ページ: 784-787
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19770128
[学会発表] Free energy profiles of lipid translocation across binary POPC bilayer mixtures: a molecular dynamics study2018
- 著者名/発表者名
  Hiroaki Saito, Tetsuya Morishita, Taku Mizukami, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao
- 学会等名
  Joint Conference of EMLG/JMLG Annual Meeting 2018 and 41st Symposium on Solution Chemistry of Japan
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K05648
[学会発表] Molecular dynamic study on solvation free energy of water and model protein2018
- 著者名/発表者名
  Taku Mizukami, Hiroaki Saito
- 学会等名
  XXIX IUPAP Conference in Computational Physics (CCP2018)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K05648
[学会発表] Molecular dynamics study on the free energy profiles of lipid translocation across binary POPC bilayer mixtures2018
- 著者名/発表者名
  Hiroaki Saito, Tetsuya Morishita, Taku Mizukami, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao
- 学会等名
  XXIX IUPAP Conference in Computational Physics (CCP2018)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K05648
[学会発表] 混合脂質膜における脂質分子の膜透過自由エネルギー曲線2017
- 著者名/発表者名
  齋藤大明，森下徹也，水上卓，川口一朋，長尾秀実
- 学会等名
  分子科学討論 2017
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K05648
[学会発表] Free energy profiles of lipid translocation across mixed lipid bilayers: a molecular dynamics study2017
- 著者名/発表者名
  Hiroaki Saito, Tetsuya Morishita, Taku Mizukami, Ken-ichi Nishiyama, Kazutomo Kawaguchi, and Hidemi Nagao
- 学会等名
  onference on computational physics 2017 (CCP2017)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K05648
[学会発表] Development of a pharmacokinetics prediction system using multiscale integrated modeling: 5. Prediction of sites of drug metabolism by cytochrome P450 by molecular simulation2017
- 著者名/発表者名
  齋藤大明, 水上卓, 平野秀典, 大塚教雄, 沖本憲明, 泰地真弘人
- 学会等名
  CBI学会2017
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K05648
[学会発表] Machine-learning approach for behavior of hydration water; A pathway to discovery and prediction for biophysical and physiological properties of protein2017
- 著者名/発表者名
  Taku Mizukami, Nguyen Viet Cuong, Pham Tien Lam, Dam Heiu Chi
- 学会等名
  International Symposium on Biophysics of Rhodopsins Celebrating Prof. Yoshinori Shichida
- 発表場所
  京都大学（京都府京都市）
- 年月日
  2017-05-11
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25650050
[学会発表] 分子シミュレーションによるタンパク質の結合ポケット解析と基質の結合構造予測2016
- 著者名/発表者名
  齋藤大明, 水上卓, 沖本憲明, 泰地真弘人
- 学会等名
  第30回分子シミュレーション討論会
- 発表場所
  大阪大学（大阪府・豊中市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K05648
[学会発表] アンサンブルドッキングを用いたCYP1A2化合物の代謝部位予測2016
- 著者名/発表者名
  齋藤大明, 水上卓, 平野秀典, 大塚教雄, 沖本憲明, 泰地真弘人
- 学会等名
  生物物理学会　第54回年会
- 発表場所
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25650050
[学会発表] 機械学習によるタンパク質親水/疎水表面における水分子の動的振る舞いの解析2016
- 著者名/発表者名
  水上卓, Viet Cuong Nguyen, Ho Tu Bao, and Dam Hieu Chi
- 学会等名
  生物物理学会　第54回年会
- 発表場所
  つくば国際会議場（茨城県つくば市）
- 年月日
  2016-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25650050
[学会発表] 分子ドッキングと分子動力学シミュレーションを用いたシトクロム P450(CYP1A2)活性部位における化合物の結合分布解析2016
- 著者名/発表者名
  齋藤大明, 水上卓, 平野秀典, 大塚教雄, 沖本憲明, 泰地真弘人
- 学会等名
  分子科学討論会
- 発表場所
  神戸ファッションマート（兵庫県・神戸市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K05648
[学会発表] 分子シミュレーションを用いたCYP1A2に対する薬剤代謝部位予測2016
- 著者名/発表者名
  齋藤大明, 水上卓, 平野秀典, 大塚教雄, 沖本憲明, 泰地真弘人
- 学会等名
  CBI学会2016年大会
- 発表場所
  タワーホール船堀
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K05648
[学会発表] アンサンブルドッキングを用いたCYP1A2に対する薬剤代謝部位予測2016
- 著者名/発表者名
  齋藤大明, 水上卓, 平野秀典, 大塚教雄, 沖本憲明, 泰地真弘人
- 学会等名
  第54回日本生物物理年会
- 発表場所
  つくば国際会議場（茨城県・つくば市）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K05648
[学会発表] Simulation-based data-mining approach for the protein hydration water behavior2015
- 著者名/発表者名
  Taku Mizukami, Nguyen Viet Cuong, Ho Tu Bao, and Dam Hieu Chi
- 学会等名
  Pacifichem2015
- 発表場所
  USA, Honolulu
- 年月日
  2015-12-14
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25650050
[学会発表] Hydration Water Behavior Characterization by Simulation-Based Data-Mining Approach2015
- 著者名/発表者名
  Taku Mizukami, Viet Cuong Nguen, Tu Bao Ho, Hieu Chi Dam
- 学会等名
  The 8th Conference of the Asian Consortium on Computational Materials Science (ACCMS-8)
- 発表場所
  台湾，台北市
- 年月日
  2015-06-16
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25650050
[学会発表] シミュレーション・データマイニングによるリガンド結合系における水分子の振る舞い2015
- 著者名/発表者名
  水上卓, グェンベトクン, ホーツーバオ, ダムヒョウチ
- 学会等名
  生物物理学会年会
- 発表場所
  石川県金沢市，金沢大学
- 年月日
  2015-11-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25650050
[学会発表] L1型正則化線形回帰モデルを用いたシミュレーションデータからの二元合金の物性予測2013
- 著者名/発表者名
  鈴木大輔，川崎隆史, 杉山歩，水上卓,Dam Hieu Chi, Ho Tu Bao
- 学会等名
  第7回分子科学討論会
- 発表場所
  京都テルサ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25650050
[学会発表] A novel category of protein hydration water classified by simulated data mining approach2013
- 著者名/発表者名
  Taku Mizukami, Ayumu Sugiyama, Dam Hieu Chi, Ho Tu Bao
- 学会等名
  ACCMS-7
- 発表場所
  Thailand, Korat
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25650050
[学会発表] Structural analysis of protein hydration water by means of sparse model2013
- 著者名/発表者名
  水上卓, 杉山歩, 川崎隆史, 高木啓行, ホー・ツー・バオ, ダム・ヒョウ・チ
- 学会等名
  第7回分子科学討論会
- 発表場所
  京都テルサ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25650050
[学会発表] シミュレーション・データマイニングアプローチによる蛋白質ドッキング過程における水和水ダイナミクス2013
- 著者名/発表者名
  水上卓, 杉山歩, ホー・ツー・バオ, ダム・ヒョウ・チ
- 学会等名
  生物物理学会　第51回年会
- 発表場所
  京都国際会議場
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25650050
[学会発表] Hydration Water Behavior Characterization by Simulation-Based Data-Mining Approach
- 著者名/発表者名
  Taku Mizukami, Nguyen Viet Cuong, Ho Tu Bao, and Dam Hieu Chi
- 学会等名
  ACCMS8 (Conference of Asian Consortium on Computational Materials Science)
- 発表場所
  NTUST,Taipei, Taiwan
- 年月日
  2015-06-16 – 2015-06-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25650050
[学会発表] Hydration water behavior classified by mixture model : Simulation data-mining approach
- 著者名/発表者名
  Taku Mizukami, Viet Cuong Nguen, Tu Bao Ho, Hieu Chi Dam
- 学会等名
  第52回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  北海道札幌市・札幌コンベンションセンター
- 年月日
  2014-09-13 – 2014-09-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25650050

1. 辻本和雄 (50017414)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
2. 島原秀登 (40313704)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 3件
3. 大久保忠恭 (90272997)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
4. 吉田卓也 (00294116)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
5. 小林祐次 (20127228)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
6. 中沢隆 (30175492)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
7. 崎山文夫 (40029947)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 長尾秀実 (30291892)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 3件
9. 齋藤大明 (40506820)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 12件
10. DAM HieuChi (70397230)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 高橋哲郎 (90133769)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 杉森公一

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 西山賢一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

水上 卓 Mizukami Taku

研究課題

研究成果

共同研究者

構造物性機構への説明性を備えたデータ駆動型AIを用いた磁性材料の探索

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

機械学習と分子シミュレーションの連帯による標的型分子ドッキング法の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

水和水が媒介するタンパク質リガンド相互作用をデータマイニングで解明する研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

NMR・MM法による炭酸脱水酵素機能に重要なHis残基の挙動解析と触媒機構解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

強い光照射による単細胞の忌避と振動応答反応過程の動的計測

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

赤外パルスレーザによるバクテリオロドプシンプロトンポンプ機能の制御研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

励起状態を制御する光反応場の研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究機関

[雑誌論文] Molecular dynamics study of binary POPC bilayers: molecular condensing effects on membrane structure and dynamics2018

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Molecular dynamics study of binary POPC bilayers: molecular condensing effects on membrane structure and dynamics2018

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Prediction of Solvation Free Energy of Proteins: Molecular Dynamics Simulation and QSPR Model Approach2015

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Molecular Dynamics Study of Gramicidin A in Lipid Bilayer: Electrostatic Map and Ion Conduction2014

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Free Energy Calculation of Docking Structure of Azurin(I)-Cyto- chrome c551(III) Complex Systems by using the Energetic Representation2008

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Tautomerism of histidine 64 associated with proton transfer in catalysis of Carbonic Anhydrase2008

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[雑誌論文] Theoretical Study of Free Energy in Docking Stability of Azurin(II)-Cytochrome c551(II) Complex System2008

著者名/発表者名

雑誌名

データソース

[学会発表] Free energy profiles of lipid translocation across binary POPC bilayer mixtures: a molecular dynamics study2018

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Molecular dynamic study on solvation free energy of water and model protein2018

水上卓 Mizukami Taku

[学会発表] 分子シミュレーションによるタンパク質の結合ポケット解析と基質の結合構造予測2016