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木下 賢吾  Kinoshita Kengo

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 60332293
その他のID
外部サイト
所属 (現在) 2025年度: 東北大学, 情報科学研究科, 教授
2025年度: 東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2022年度 – 2024年度: 東北大学, 情報科学研究科, 教授
2021年度 – 2023年度: 東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 教授
2012年度 – 2018年度: 東北大学, 情報科学研究科, 教授
2016年度 – 2017年度: 東北大学, 大学院情報科学研究科, 教授
2014年度: 東北大学, 大学院情報科学研究科, 教授 … もっと見る
2009年度 – 2011年度: 東北大学, 大学院・情報科学研究科, 教授
2006年度 – 2008年度: 東京大学, 医科学研究所, 准教授
2004年度 – 2006年度: 東京大学, 医科学研究所, 助教授
2003年度: 横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 助手
2001年度 – 2002年度: 横浜市立大学, 総合理学研究科, 助手
2001年度: 横浜市立大学, 大学院・総合理学研究科, 助手
2000年度: 理化学研究所, ゲノム科学総合研究センター, 研究員 隠す
審査区分/研究分野
研究代表者
生命・健康・医療情報学 / 生物物理学 / 複合領域 / 生物系 / 応用ゲノム科学 / 生物物理学
研究代表者以外
生物系 / 基礎ゲノム科学 / 小区分52010:内科学一般関連 / 小区分49020:人体病理学関連 … もっと見る / 中区分55:恒常性維持器官の外科学およびその関連分野 / システムゲノム科学 / ソフトコンピューティング / 生物物理学 / 複合領域 / 生物物理学 隠す
キーワード
研究代表者
バイオインフォマティクス / タンパク質間相互作用 / タンパク質立体構造 / 変異 / ゲノム変異 / レアバリアント / 蛋白質立体構造 / 遺伝子共発現 / 静電ポテンシャル / リガンド結合部位 … もっと見る / 分子表面 / 立体構造 / 遺伝子発現量 / 生命情報 / 発現量変化 / 発現量 / ゲノム / ヒトゲノム / 蛋白質立体構構造 / 変異の意味づけ / ヒトタンパク質 / ホモロジーモデリング / 低頻度変異 / ネットワーククラスタリング / 遺伝子共発現ネットワーク / 相互作用ネットワーク / クラスター解析 / 種間比較 / 統合ネットワーク / 蛋白質間相互作用 / ブラウニアン動力学 / 膜タンパク質 / 生命情報科学 / 多階層シミュレーション / 分子動力学法 / 構造モデリング / イオンチャネル / ドッキングシュミレーション / シグナル伝達 / トランスポーター / 分子間相互作用 / 蛋白質 / トランスポートゾーム / タンパク質問相互作用 / 共発現 / 膜分子輸送複合体 / DNAマイクロアレイ / トランスポートソーム / 膜輸送複合体 / 立体構造-機能相関 / 立体構造・機能相関 / 機能部位予測 / X線結晶構造解析 / タンパク質 / データベース / モノヌクレオチド結合タンパク / 構造機能相関 / タンパク質の機能 … もっと見る
研究代表者以外
データベース / バイオインフォマティクス / 蛋白質 / 生物物理 / プロテオーム / 分子動力学 / 分子シミュレーション / 東北メディカル・メガバンク / 遺伝解析 / 脳MRI / UKバイオバンク / ToMMo / 遺伝 / 生活習慣病 / 加齢 / 脳 / MRI / 国際共同研究 / 分子標的 / がん関連線維芽細胞 / 膵管内腫瘍 / 化学療法 / ゲノム / オルガノイド / 胆道がん / 膵臓がん / 分子動力学シミュレーション / 構造生物学 / ナトリウムチャネル / 局所麻酔薬 / ゲノム進化 / 共発現データベース / シロイヌナズナ / ネットワーク生物学 / 遺伝子共発現 / 率的情報処理 / 確率的情報処理 / 情報統計力学 / 統計数学 / 機械学習 / 数理工学 / muscle-specific expression / in situ hybridization / model building / Markov chain / promoters / ascidians / ゲノム配列解析 / シスエレメント / モチーフ抽出 / 組織特異的プロモーター / 組織特異的発現 / モチーフ / カタユウレイボヤ / 筋肉特異的発現 / ハイブリダイゼーション / モデル化 / マルコフ連鎖 / プロモーター / ホヤ / myoglobin / Fermi resonance / mode coupling / vibrational reluxation / anharmonic vibration / proteins / ミオグロビンL / フレルミ共鳴 / 非線型振動 / ミオグロビン / フェルミ共鳴 / モードカップリング / 振動緩和 / 非線形振動 / 生物学 / 薬物動態学 / 代謝 / 全身循環 / 薬物動態 / 不整脈 / 心臓 / 生物物理学 / 生理学 / システム生物学 / 蛋白質間相互作用 / 生体分子 / 蛋白質の構造・機能予測 / ClassPPI / 蛋白質の会合表面 / 結晶水 / 原子占有率 / クリスタルパッキング / 会合表面間平均距離 / 会合空間体積 / ホモ二量体 / 溶媒接触表面積 / 蛋白質会合表面 / ドッキング計算 / 蛋白質ループ構造 / 構造アンサンブル予測 / 相互作用 / 生体生命情報学 / 立体構造 / 分子認識 / モノヌクレオチド / 構造機能相関 隠す
  • 研究課題

    (20件)
  • 研究成果

    (176件)
  • 共同研究者

    (52人)
  •  生活習慣病・脳の老化の遺伝的背景に関する、大規模データベースを用いた国際共同研究

    • 研究代表者
      鈴木 秀明
    • 研究期間 (年度)
      2023 – 2025
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分52010:内科学一般関連
    • 研究機関
      東北大学
  •  患者由来組織・オルガノイド培養細胞解析による膵胆道癌の治療抵抗機序の解明

    • 研究代表者
      古川 徹
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2025
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分49020:人体病理学関連
    • 研究機関
      東北大学
  •  クライオ電顕を用いたNaチャネルの構造解析による鎮痛特異的な局所麻酔薬の開発

    • 研究代表者
      山内 正憲
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2023
    • 研究種目
      挑戦的研究(萌芽)
    • 審査区分
      中区分55:恒常性維持器官の外科学およびその関連分野
    • 研究機関
      東北大学
  •  レアバリアントの遺伝子発現量に及ぼす影響の俯瞰的解析研究代表者

    • 研究代表者
      木下 賢吾
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2018
    • 研究種目
      挑戦的萌芽研究
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      東北大学
  •  ヒトゲノム低頻度変異の第一原理的理解に向けた基盤構築研究代表者

    • 研究代表者
      木下 賢吾
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2017
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      東北大学
  •  組織横断型遺伝子共発現法を用いた細胞間コミュニケーション解析

    • 研究代表者
      大林 武
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2017
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      システムゲノム科学
    • 研究機関
      東北大学
  •  非加算的体積とエントロピーによるコミュニティ抽出の確率的計算モデル設計理論

    • 研究代表者
      田中 和之
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2016
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      ソフトコンピューティング
    • 研究機関
      東北大学
  •  遺伝子細胞機能推定のための統合ネットワークの構築と解析研究代表者

    • 研究代表者
      木下 賢吾
    • 研究期間 (年度)
      2012 – 2014
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      東北大学
  •  統合的多階層生体機能学領域の確立とその応用

    • 研究代表者
      倉智 嘉久
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2015
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      大阪大学
  •  分子階層でのシミュレーション基盤技術研究研究代表者

    • 研究代表者
      木下 賢吾
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2014
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      東北大学
  •  構造インタラクトームの計算・情報科学による研究

    • 研究代表者
      中村 春木
    • 研究期間 (年度)
      2008 – 2010
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      大阪大学
  •  構造プロテオミクスに基づく蛋白質間相互作用の解析と予測

    • 研究代表者
      中村 春木
    • 研究期間 (年度)
      2005
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      大阪大学
  •  トランポートソームを対象とした分子実態を伴った相互作用ネットワークの解析に関する研究研究代表者

    • 研究代表者
      木下 賢吾
    • 研究期間 (年度)
      2005 – 2009
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      東北大学
  •  蛋白質の立体構造に基づく分子会合表面特性の解析

    • 研究代表者
      前田 美紀
    • 研究期間 (年度)
      2005 – 2007
    • 研究種目
      萌芽研究
    • 研究分野
      基礎ゲノム科学
    • 研究機関
      独立行政法人農業生物資源研究所
  •  カタユウレイボヤの転写制御領域に関する情報学的モデル構築とその検証

    • 研究代表者
      中井 謙太
    • 研究期間 (年度)
      2005 – 2006
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      基礎ゲノム科学
    • 研究機関
      東京大学
  •  蛋白質分子表面の形状と物性の類似性検索による機能予測法の開発研究代表者

    • 研究代表者
      木下 賢吾
    • 研究期間 (年度)
      2003 – 2005
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      応用ゲノム科学
    • 研究機関
      東京大学
      横浜市立大学
  •  蛋白質化学機能の立体構造からの第一原理的予測法の開発

    • 研究代表者
      池口 満徳
    • 研究期間 (年度)
      2001
    • 研究種目
      特定領域研究(C)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  モノヌクレオチド結合タンパク質の機能データベースの構築と構造機能相関の解析研究代表者

    • 研究代表者
      木下 賢吾
    • 研究期間 (年度)
      2001 – 2002
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      横浜市立大学
  •  蛋白質化学機能の立体構造からの第一原理的予測法の開発

    • 研究代表者
      池口 満徳
    • 研究期間 (年度)
      2000
    • 研究種目
      特定領域研究(C)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      東京大学
  •  蛋白質中の化学反応はどのように構造変化を引き起こすエネルギーに変換されるか

    • 研究代表者
      木寺 詔紀
    • 研究期間 (年度)
      1999 – 2001
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      横浜市立大学
      京都大学

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すべて 雑誌論文 学会発表 図書 産業財産権

  • [図書] 計算科学4巻計算と生命2012

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 出版者
      岩波書店
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [図書] Protein function prediction for omics era (chapter 11)2011

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita, T Obayashi
    • 出版者
      Springer Verlag
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [図書] トランスポートソームの世界2011

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾(金井好克、竹島浩、森泰生、久保義弘編)
    • 出版者
      京都廣川書店
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [図書] COXPRESdb:共発現データに基づいた機能関連遺伝子の探索(遺伝子医学MOOK)2011

    • 著者名/発表者名
      大林武、木下賢吾
    • 出版者
      メディカルドゥ
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [図書] タンパク質の立体構造入門(基礎から構造バイオインフォマティクスヘ)4章と6.3(節藤博幸編)2010

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 出版者
      講談社
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [図書] Prediction of proetin structures, functions and interactions2009

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita, H Kono, K Yura
    • 出版者
      Wiley and Sons
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [図書] Prediction of molecular interactions from 3D-structures : from small ligands to large protein complexes2009

    • 著者名/発表者名
      Kinoshita, H Kono, K Yura
    • 出版者
      Wiley and Sons(in press)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [図書] 立体構造からのタンパク質機能予測:現状と展望、遺伝子医学MOOK2009

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [図書] Prediction of proetin structures, functions and interactions(第7章: Prediction of molecular interactions from 3D-structures : from small ligands to large protein complexes)2009

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita, H Kono, K Yura
    • 総ページ数
      287
    • 出版者
      Wiley and Sons
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [図書] ペプチジルプロリルイソメラーゼの構造・機能相関、蛋白質核酸酵素2009

    • 著者名/発表者名
      伊倉貞吉、木下賢吾、伊藤暢聡
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [図書] タンパク質の機能部位の予測、実験医学増刊号(バイオインフォマティクスツールの開発と生命研究への応用の最前線)2008

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [図書] Prediction of molecular interactions from 3D-structures: from small ligands to large protein complexes2008

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita, H Kono, K Yura Janusz Bujnicki ed
    • 出版者
      Wiley and Sons
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [図書] Prediction of molecular interactions from 3D-structures : from small ligandsto large protein complexes2008

    • 著者名/発表者名
      Kengo Kinoshita
    • 出版者
      Wiley and Sons
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [図書] Prediction of molecular interactions from 3D-structures : from small ligands to large protein complexes(Janusz Bujnicki ed.)2008

    • 著者名/発表者名
      K. Kinoshita, H. Kono, K. Yura
    • 出版者
      Wiley & Sons
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [図書] タンパク質間相互作用に関するデータベースの構築、生体の科学2007

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Gene Rearrangement and Expression of PRKACA and PRKACB Govern Morphobiology of Pancreatobiliary Oncocytic Neoplasms2024

    • 著者名/発表者名
      Itoh T, Omori Y, Seino M, Hirose K, Date F, Ono Y, Mizukami Y, Aoki S, Ishida M, Mizuma M, Morikawa T, Higuchi R, Honda G, Okamura Y, Kinoshita K, Unno M, Furukawa T.
    • 雑誌名

      Modern Pathology

      巻: 37 号: 1 ページ: 100358-100358

    • DOI

      10.1016/j.modpat.2023.100358

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22KK0282, KAKENHI-PROJECT-22KK0125, KAKENHI-PROJECT-22K08858, KAKENHI-PROJECT-23K06759, KAKENHI-PROJECT-21H02996, KAKENHI-PROJECT-23K24101
  • [雑誌論文] ATTED-II in 2018: A Plant Coexpression Database based on Investigation of Statistical Property of the Mutual Rank Index.2018

    • 著者名/発表者名
      Obayashi T, Aoki Y, Tadaka S, Kagaya Y, Kinoshita K.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiology

      巻: 59 号: 1 ページ: e3-e3

    • DOI

      10.1093/pcp/pcx191

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18464, KAKENHI-PROJECT-15K20863
  • [雑誌論文] Matataki: an ultrafast mRNA quantification method for large-scale reanalysis of RNA-Seq data2018

    • 著者名/発表者名
      Okamura Yasunobu、Kinoshita Kengo
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 19 号: 1

    • DOI

      10.1186/s12859-018-2279-y

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K12519
  • [雑誌論文] New tools and functions in data-out activities at Protein Data Bank Japan (PDBj)2017

    • 著者名/発表者名
      Kinjo Akira R.、Bekker Gert-Jan、Wako Hiroshi、Endo Shigeru、Tsuchiya Yuko、Sato Hiromu、Nishi Hafumi、Kinoshita Kengo、Suzuki Hirofumi、Kawabata Takeshi、Yokochi Masashi、Iwata Takeshi、Kobayashi Naohiro、Fujiwara Toshimichi、Kurisu Genji、Nakamura Haruki
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 27 号: 1 ページ: 95-102

    • DOI

      10.1002/pro.3273

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00407, KAKENHI-PROJECT-15H02773
  • [雑誌論文] IBiSA_Tools: A Computational Toolkit for Ion-Binding State Analysis in Molecular Dynamics Trajectories of Ion Channels2016

    • 著者名/発表者名
      Kota Kasahara and Kengo Kinoshita
    • 雑誌名

      Plos One

      巻: 11 号: 12 ページ: e0167524-e0167524

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0167524

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H02773, KAKENHI-PROJECT-16K18526
  • [雑誌論文] Structural characterization of single nucleotide variants at ligand binding sites and enzyme active sites of human proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Kazunori D. Yamada, Hafumi Nishi, Junichi Nakata, Kengo Kinoshita
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 印刷中

    • NAID

      130005165370

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H02773
  • [雑誌論文] Distribution of single nucleotide variants on protein-protein interaction sites and its relation to minor allele frequency2016

    • 著者名/発表者名
      Hafumi Nishi, Junichi Nakata, and Kengo Kinoshita
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 25 号: 2 ページ: 316-321

    • DOI

      10.1002/pro.2845

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H02773
  • [雑誌論文] ALCOdb: Gene Coexpression Database for Microalgae.2016

    • 著者名/発表者名
      Aoki Y, Okamura Y, Ohta H, Kinoshita K, Obayashi T.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiology

      巻: 57 号: 1 ページ: e3-e3

    • DOI

      10.1093/pcp/pcv190

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18464, KAKENHI-PROJECT-15K20863, KAKENHI-ORGANIZER-24114001, KAKENHI-PLANNED-24114005
  • [雑誌論文] ATTED-II in 2016: a plant coexpression database towards lineage-specific coexpression.2016

    • 著者名/発表者名
      Aoki Y, Okamura Y, Tadaka S, Kinoshita K, Obayashi T.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiology

      巻: 57 号: 1 ページ: e5-e5

    • DOI

      10.1093/pcp/pcv165

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18464, KAKENHI-PROJECT-15K20863, KAKENHI-ORGANIZER-24114001, KAKENHI-PLANNED-24114005
  • [雑誌論文] Discrepancies between human DNA, mRNA and protein reference sequences and their relation to single nucleotide variants in the human population2016

    • 著者名/発表者名
      Matsuyuki Shirota and Kengo Kinoshita
    • 雑誌名

      Database

      巻: 1 ページ: 1-15

    • DOI

      10.1093/database/baw124

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H02773
  • [雑誌論文] NCMine: Core-peripheral based functional module detection using near-clique mining2016

    • 著者名/発表者名
      Shu Tadaka and Kengo Kinoshita
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 32 号: 22 ページ: 3454-3460

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btw488

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H02773
  • [雑誌論文] NLDB: a database for 3D protein-ligand interactions in enzymatic reactions2016

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Murakami, Satoshi Omori, and Kengo Kinoshita
    • 雑誌名

      J Struct Funct Genomics

      巻: 17 号: 4 ページ: 101-110

    • DOI

      10.1007/s10969-016-9206-0

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H02773, KAKENHI-PROJECT-26870045
  • [雑誌論文] Okamura Y, Aoki Y, Obayashi T, Tadaka S, Ito S1, Narise T, Kinoshita K.2015

    • 著者名/発表者名
      Okamura Y, Aoki Y, Obayashi T, Tadaka S, Ito S1, Narise T, Kinoshita K.
    • 雑誌名

      Nucleic Acid Res

      巻: 43 号: D1 ページ: D82-D86

    • DOI

      10.1093/nar/gku1163

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005, KAKENHI-ORGANIZER-24114001, KAKENHI-PLANNED-24114005, KAKENHI-PROJECT-24570176
  • [雑誌論文] Comparison of gene coexpression profiles and construction of conserved gene networks to find functional modules.2015

    • 著者名/発表者名
      Okamura Y, Obayashi T, Kinoshita K.
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 10 号: 7 ページ: e0132039-e0132039

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0132039

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18464, KAKENHI-ORGANIZER-24114001, KAKENHI-PLANNED-24114005
  • [雑誌論文] GIANT: pattern analysis of molecular interactions in 3D structures of protein-small ligand complexes2014

    • 著者名/発表者名
      Kasahara K and Kinoshita K
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 15 号: 1 ページ: 12-12

    • DOI

      10.1186/1471-2105-15-12

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005, KAKENHI-PROJECT-15H02773
  • [雑誌論文] COXPRESdb: a database of comparative gene coexpression networks of eleven species for mammals.2013

    • 著者名/発表者名
      Obayashi T, Okamura Y, Ito S, Tadaka S, Motoike IN, Kinoshita K
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 41(Database Issue) 号: D1 ページ: 1014-1020

    • DOI

      10.1093/nar/gks1014

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24570176, KAKENHI-ORGANIZER-24114001, KAKENHI-PLANNED-24114005
  • [雑誌論文] Analyses of the general rule on residue pair frequencies in local amino acid sequences of soluble ordered proteins2013

    • 著者名/発表者名
      Shirota M and Kinoshita K.
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: in press 号: 6 ページ: 725-733

    • DOI

      10.1002/pro.2255

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24570176
  • [雑誌論文] ATTED-II in 2014: Evaluation of Gene Coexpression in Agriculturally Important Plants2013

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Obayashi, Yasunobu Okamura, Satoshi Ito, Shu Tadaka, Yuichi Aoki, Matsuyuki Shirota and Kengo Kinoshita
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiology

      巻: 55 号: 1 ページ: e6-e6

    • DOI

      10.1093/pcp/pct178

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005, KAKENHI-ORGANIZER-24114001, KAKENHI-PLANNED-24114005, KAKENHI-PROJECT-24570176
  • [雑誌論文] Analyses of the general rule on residue pair frequencies in local amino acid sequences of soluble, ordered proteins2013

    • 著者名/発表者名
      Shirota M, Kinoshita K
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 22 号: 11 ページ: 725-733

    • DOI

      10.1002/pro.225

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24570176
  • [雑誌論文] COXPRESdb : a database to compare gene coexpression in seven model animals.2011

    • 著者名/発表者名
      T.Obayashi, K.Kinoshita
    • 雑誌名

      Nucl.Acids Res. 39

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [雑誌論文] Absolute quality evaluation of protein model structures using statistical potentials with respect to the native and reference states.2011

    • 著者名/発表者名
      M.Shirota, T.Ishida, K.Kinoshita
    • 雑誌名

      PROTEINS 79

      ページ: 1550-1563

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [雑誌論文] Absolute quality evaluation of protein model structures using statistical potentials with respect to the native and reference states2011

    • 著者名/発表者名
      M Shirota, T Ishida, K Kinoshita
    • 雑誌名

      Proteins

      巻: 79 号: 5 ページ: 1550-1563

    • DOI

      10.1002/prot.22982

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [雑誌論文] Community-wide assessment of protein-interface modeling suggests improvements to design methodology2011

    • 著者名/発表者名
      SJ Fleishman, TA Whitehead, EM Strauch, JE Com, S Qin, HX Zhou, JC Mitchell, ON Demerdash, M Takeda-Shitaka, G Terashi, IH Moal, X Li, PA Bates, M Zacharias, H Park, JS Ko, H Lee, C Seok, T Bourquard, J Bernauer, A Poupon, J Aze, S Soner, SK Ovali, P Ozbek, NB Tal, T Haliloglu, H Hwang, T Vreven, BG Pierce, Z Weng, L Perez-Cano, C Pons, J Fernandez-Recio, F Jiang, F Yang, X Gong, L Cao, X Xu, B Liu, P Wang, C Li, C Wang, CH Robert, M Guharoy, S Liu, Y Huang, L Li, D Guo, Y Chen, Y Xiao, N London, Z Itzhaki, O Schucler-Furman, Y Inbar, V Potapov, M Cohen, G Schreiber, Y Tsuchiya, E Kanamori, DM Standley, H Nakamura, K Kinoshita, CM Driggers, RG Hall, JL Morgan, VL Hsu, J Zhan, Y Yang, Y Zhou, PL Kastritis, AM Bonvin, W Zhang, CJ Camacho, KP Kilambi, A Sircar, JJ Gray, M Ohue, N Uchikoga, Y Matsuzaki, T Ishida, Y Akiyama, R Khashan, S Bush, D Fouches, A Tropsha, J Esquivel-Rodriguez, D Kihara, PB Stranges, R Jacak, B Kuhlman, SY Huang, X Zou, SJ Wodak, J Janin, D Baker
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: volume414 ページ: 289-382

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [雑誌論文] Assessing the utility of gene co-expression stability in combination with correlation in the analysis of protein-protein interaction networks2011

    • 著者名/発表者名
      A Patil, K Nakai, K Kinoshita
    • 雑誌名

      BMC genomics

      巻: 12 号: Suppl 3 ページ: S19-S19

    • DOI

      10.1186/1471-2164-12-s3-s19

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [雑誌論文] COXPRESdb : a database to compare gene coexpression in seven model animals2011

    • 著者名/発表者名
      T Obayashi, K Kinoshita
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 39

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [雑誌論文] Domain distribution and intrinsic disorder in hubs in the human protein-protein interaction network.2010

    • 著者名/発表者名
      A.Patil, K.Kinoshita, H.Nakamura
    • 雑誌名

      Protein Science 19

      ページ: 1461-1468

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [雑誌論文] Ligand-binding site prediction of proteins based on known fragment-fragment interactions2010

    • 著者名/発表者名
      K Kasahara, K Kinoshita, T Takagi
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 26 ページ: 1493-1499

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [雑誌論文] Inhibition of TRPC6 Channel Activity contributes to the Anti-hypertrophic Effects of Natriuretic Peptides-guanylyl cyclase-A signaling in the heart2010

    • 著者名/発表者名
      Hideyuki Kinoshita, Koichiro Kuwahara, Motohiro Nishida, Jian Zhong, Xianglu Rong, Shigeki Kiyonaka, Yoshihiro Kuwabara, Hitoshi Kurose, Ryuji Inoue, Yasuo Mori, Yuhao Li, Yasuaki Nakagawa, Masao Murakami, Masaki Harada, Shinji Yasuno, Satoru Usami, Masataka Fujiwara, Yuko Yamada, Takeya Minami, Kenji Ueshima, Eric N.Olson, Kazuwa Nakao
    • 雑誌名

      Circulation Research

      巻: 106(12) ページ: 1849-1860

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-22136001
  • [雑誌論文] Coexpression landscape in ATTED-II : usage of gene list and gene network for various types of pathways2010

    • 著者名/発表者名
      T Obayashi, K Kinoshita
    • 雑誌名

      J.Plant Res. (in press)

    • NAID

      10027218882

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Structural properties of hubs in protein-protein interaction networks.2010

    • 著者名/発表者名
      A.Patil, K.Kinoshita, H.Nakamura
    • 雑誌名

      Int.J.Mol.Sci. 11

      ページ: 1930-1943

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [雑誌論文] Development of new indices to evaluate protein-protein interfaces : Assembling space volume, assembling space distance, global shape descriptor.2009

    • 著者名/発表者名
      Maeda MH and Kinoshita K
    • 雑誌名

      J. Mol. Graph. Modell.

      巻: 27 号: 6 ページ: 706-711

    • DOI

      10.1016/j.jmgm.2008.11.002

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17651108
  • [雑誌論文] ATTED-II provides coexpressed gene networks for Arabidopsis2009

    • 著者名/発表者名
      T Obayashi, S Hayashi, M Saeki, H Ohta and K Kinoshita
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 37

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Rank of correlation coefficient as a comparable measure for biological significance of gene coexpression2009

    • 著者名/発表者名
      T Obayashi, K Kinoshita
    • 雑誌名

      DNA research 16,5

      ページ: 249-260

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Analyses on hydrophobic characteristics and attractive effects induced by the different reference states in all-atom-distance-dependent potentials2009

    • 著者名/発表者名
      M Shirota, T Ishida, K Kinoshita
    • 雑誌名

      Protein Sci. 18

      ページ: 1906-1915

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] PiSite : a database of protein interaction sites using multiple binding states in the PDB2009

    • 著者名/発表者名
      M Higurashi, T Ishida, and K Kinoshita
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 37

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] ATTED-II provides coexpressed gene networks for Arabidopsis2009

    • 著者名/発表者名
      T Obayashi, S Hayashi, M Saeki, H Ohta, K Kinoshita
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 37

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Analyses on hydrophobic characteristics and attractive effects induced by the different reference states in all-atom-distance-dependent potentials2009

    • 著者名/発表者名
      M Shirota, T Ishida, K Kinoshita
    • 雑誌名

      Protein Sci 18,9

      ページ: 1906-1915

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Classification of hetero-dimer interfaces using docking models and construction of scoring functions for the complex structure prediction2009

    • 著者名/発表者名
      Y Tsuchiya, E Kanamori, H Nakamura, K Kinoshita
    • 雑誌名

      Adv. Appl. Bioinfo. Chem 2,1

      ページ: 79-100

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Classification of hetero-dimer interfaces using docking models and construction of scoring functions for the complex structure prediction2009

    • 著者名/発表者名
      Y Tsuchiya, E Kanamori, H Nakamura, K Kinoshita
    • 雑誌名

      Adv.Appl.Bioinfo.Chem. 2

      ページ: 79-100

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Multi-dimensional correlations for gene coexpression and application to the large-scale data of Arabidopsis2009

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita, T Obayashi
    • 雑誌名

      Bioinformatics 25,20

      ページ: 2677-2684

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Classification of heterodimer interfaces using docking models and construction of scoring functions for the complex structure prediction.2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Tsuchiya, E.Kanamori, H.Nakamura, K.Kinoshita
    • 雑誌名

      Adv.Appl.Bioinfo.Chem. 2

      ページ: 79-10

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [雑誌論文] Development of new indices to evaluate protein-protein interfaces: Assembling space volume, assembling space distance, and global shape descriptor2009

    • 著者名/発表者名
      M Maeda, K Kinoshita
    • 雑誌名

      J. Mol. Graph. Mod 27,6

      ページ: 706-711

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Multi-dimensional correlations for gene coexpression and application to the large-scale data of Arabidopsis2009

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita T Obayashi
    • 雑誌名

      Bioinformatics 25

      ページ: 2677-2684

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] PiSite: a database of protein interaction sites using multiple binding states in the PDB2009

    • 著者名/発表者名
      M Higurashi, T Ishida, K Kinoshita
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 37

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] ATTED-II provides coexpressed gene networks for Arabidopsis.2009

    • 著者名/発表者名
      T.Obayashi, S.Hayashi, M.Saeki, H.Ohta, K.Kinoshita
    • 雑誌名

      Nucl.Acids Res. 37

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [雑誌論文] Rank of correlation coefficient as a comparable measure for biological significance of gene coexpression2009

    • 著者名/発表者名
      T Obayashi, K Kinoshita
    • 雑誌名

      DNA research 16

      ページ: 249-260

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Effects of surfacetovolume ratio of proteins on hydrophilic residues, decrease in occurrence and increase in buried fraction2008

    • 著者名/発表者名
      M Shirota, T Ishida, and K Kinoshita
    • 雑誌名

      Protein Sci 17

      ページ: 1596-1602

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Identification of transient hub proteins and genthe possible structural basis for their multiple interactions2008

    • 著者名/発表者名
      M Higurashi, T Ishida and K Kinoshita
    • 雑誌名

      Protein Sci 17

      ページ: 72-78

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Effects of surface-to-volume ratio of proteins on hydrophilic residues, decrease in occurrence and increase in buried fraction2008

    • 著者名/発表者名
      M Shirota, T Ishida, K Kinoshita
    • 雑誌名

      Protein Sci 17,9

      ページ: 1596-1602

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] COXPRESdb: a database of coexpressed gene networks in mammals2008

    • 著者名/発表者名
      T Obayashi, S Hayashi, M Shibaoka, M Saeki, H Ohta, K Kinoshita
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 36

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] A cavity with an appropriate size is the basis of the PPIase activity2008

    • 著者名/発表者名
      T Ikura, K Kinoshita, and N Ito
    • 雑誌名

      PEDS (in press)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Prediction of disordered protein regions based on meta-approach2008

    • 著者名/発表者名
      T Ishida, K Kinoshita
    • 雑誌名

      Bioinformatics 24,11

      ページ: 1344-1348

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Weak correlation between sequence conservation in promoter regions and protein-coding regions of human-mouse orthologous gene pairs2008

    • 著者名/発表者名
      H Chiba, R Yamashita, K Kinoshita, and K Nakai
    • 雑誌名

      BMC Genomics 9

      ページ: 152-152

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Discrimination between biological interfaces and crystal-packing contacts2008

    • 著者名/発表者名
      Y Tsuchiya, H Nakamura, K Kinoshita
    • 雑誌名

      Adv. Appl. Bioinfo. Chem 1,1

      ページ: 99-113

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] A novel strategy to search concerted transcription factor activities using gene expression profile and genomic data2008

    • 著者名/発表者名
      Y Hatanaka, M Nagasaki, R Yamaguchi, T Obayashi, K Numata, S Imoto, T Shimamura, K Kinoshita, K Nakai, S Miyano
    • 雑誌名

      Genome Informatics 21

      ページ: 101-103

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] COXPRESdb: a database of coexpressed gene networks in mammals2008

    • 著者名/発表者名
      T Obayashi, S Hayashi, M Shibaoka, M Saeki, H Ohta and K Kinoshita
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 36

      ページ: 77-82

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Discrimination between biological interfaces and crystalpacking contacts2008

    • 著者名/発表者名
      Y Tsuchiya, H Nakamura and K Kinoshita
    • 雑誌名

      Compt Biol Chem 1

      ページ: 99-113

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] A cavity with an appropriate size is the basis of the PPIase activity2008

    • 著者名/発表者名
      T Ikura, K Kinoshita, N Ito
    • 雑誌名

      Protein Eng Des Sel 21,2

      ページ: 83-89

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Discrimination between biological interfaces and crystal-packing contacts.2008

    • 著者名/発表者名
      Y.Tsuchiya, H.Nakamura, K.Kinoshita
    • 雑誌名

      Comput.Biol.Chem. 1

      ページ: 99-113

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [雑誌論文] Identification of transient hub proteins and the possible structural basis for their multiple interactions2008

    • 著者名/発表者名
      M Higurashi, T Ishida, K Kinoshita
    • 雑誌名

      Protein Sci 17,1

      ページ: 72-78

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Mutational analysis of block and facilitation of HERG current by a class III anti-arrhythmic agent, nifekalant2007

    • 著者名/発表者名
      Y Hosaka, M Iwata, N Kamiya, M Yamada, K Kinoshita, Y Fukunishi, K Tsujimae, H Hibino, Y Aizawa, A Inanobe, H Nakamura and Y Kurachi
    • 雑誌名

      Channels 1

      ページ: 198-208

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Docking of protein molecular surfaces with evolutionary trace analysis2007

    • 著者名/発表者名
      E Kanamori, Y Murakami, Y Tsuchiya, DM Standley, H Nakamura, K Kinoshita
    • 雑誌名

      Proteins 69,4

      ページ: 832-838

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Mutational analysis of block and facilitation of HERG current by a class III anti-arrhythmic agent, nifekalant2007

    • 著者名/発表者名
      Y Hosaka, M Iwata, N Kamiya, M Yamada, K Kinoshita, Y Fukunishi, K Tsujimae, H Hibino, Y Aizawa, A Inanobe, H Nakamura, Y Kurachi
    • 雑誌名

      Channels 1,1

      ページ: 198-208

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] タンパク質間相互作用に関するデータベースの構築2007

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 雑誌名

      生体の科学 58

      ページ: 334-337

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] ATTED-II: a database of co-expressed genes and cis elements for identifying co-regulated gene groups in Arabidopsis2007

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita, Kenta Nakai, Masayuki Shibaoka, Shinpei Hayashi, Motoshi Saeki, Daisuke Shibata, Kazuki Saito, Hiroyuki Ohta
    • 雑誌名

      Nuc Acid Rec 35

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] eF-seek: prediction of the functional sites of proteins by searching for similar electrostatic potential and molecular surface shape2007

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita, Y Murakami and H Nakamura
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 35

      ページ: 398-402

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Probabilistic alignment detects remote homology in a pair of protein sequences without homologous sequence information2007

    • 著者名/発表者名
      R Koike, K Kinoshita and A Kidera
    • 雑誌名

      Proteins 66

      ページ: 655-663

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] ATTED-II: a database of co-expressed genes and cis elements for identifying co-regulated gene groups in Arabidopsis2007

    • 著者名/発表者名
      T Obayashi, K Kinoshita, K Nakai, M Shibaoka, S Hayashi, M Saeki, D Shibata, K Saito, H Ohta
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 35

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] ATTED-II: a database of co-expressed genes and cis elements for identifying co-regulated gene groups in Arabidopsis2007

    • 著者名/発表者名
      T Obayashi, K Kinoshita, K Nakai, M Shibaoka, S Hayashi, M Saeki, D Shibata, K Saito and H Ohta
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 35

      ページ: 863-869

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] PrDOS: prediction of disordered protein regions from amino acid sequence2007

    • 著者名/発表者名
      T Ishida, K Kinoshita
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 35

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] eF-seek: prediction of the functional sites of proteins by searching for similar electrostatic potential and molecular surface shape2007

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita, Y Murakami, H Nakamura
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 35

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Docking of protein molecular surfaces with evolutionary trace analysis2007

    • 著者名/発表者名
      E Kanamori, Y Murakami, Y Tsuchiya, DM Standley, H Nakamura and K Kinoshita
    • 雑誌名

      Proteins 69

      ページ: 832-838

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Probablistic alignment detects remote homology in a pair of protein sequences without homologous sequence information2007

    • 著者名/発表者名
      Ryotaro Koike, Kengo Kinoshita, Akinori Kidera,
    • 雑誌名

      Proteins 66,

      ページ: 655-663

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] PrDOS: prediction of disordered protein regions from amino acid sequence2007

    • 著者名/発表者名
      T Ishida and K Kinoshita
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 35

      ページ: 460-464

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Analyses of homo-oligomer interfaces of proteins from the complementarity of molecular surface, electrostatic potential and hydrophobicity2006

    • 著者名/発表者名
      Y Tsuchiya, K Kinoshita, H Nakamura
    • 雑誌名

      Protein Eng Des Sel 19,9

      ページ: 421-429

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] DBTGR:a database of tunicate promoters and their regulatory elements2006

    • 著者名/発表者名
      Sierro, N., Kusakabe, T., Park, K.-J., Yamashita, R., Kinoshita, K., Nakai, K.
    • 雑誌名

      Nucl.Acids Res. 34

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17310114
  • [雑誌論文] Pre BI: Prediction of biological interfaces of proteins in crystals2006

    • 著者名/発表者名
      Yuko Tsuchiya, Kengo Kinoshita, Nobutoshi Ito, Haruki Nakamura,
    • 雑誌名

      Nuc Acid Res, 34

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Analysis of the three- dimensional structure of the "C-X-G-X-C" motif in the CMGCC and CAGYC regions of alpha- and beta-subunits of human chorionic gonadotropin : Importance of Glycine Residue (G) in the Motif in beta-subunit2006

    • 著者名/発表者名
      Kinoshita, K., Kusunoki, M., Miyai, K.
    • 雑誌名

      Endocrine J. 53

      ページ: 51-58

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] PreBI: prediction of biological interfaces of proteins in crystals2006

    • 著者名/発表者名
      Y Tsuchiya, K Kinoshita, N Ito, H Nakamura
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res 34

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Analysis of homo-oligomer interfaces of proteins from the complementarity of molecular surface, electrostatic potential and hydrophobicity2006

    • 著者名/発表者名
      Yuko Tsuchiya, Kengo Kinoshita, Haruki Nakamura
    • 雑誌名

      Protein Eng Des Sel. 19

      ページ: 421-429

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] DBTGR : a database of tunicate promoters and their regulatory elements.2006

    • 著者名/発表者名
      Sierro, N., Kusakabe, T., Park, K.-J., Yamashita, R., Kinoshita, K., Nakai, K.
    • 雑誌名

      Nuci. Acids Res. 34

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17310114
  • [雑誌論文] eF-siteを利用した機能部位の予測2006

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 雑誌名

      バイオテクノロジージャーナル 6

      ページ: 444-447

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Identification of the ligand binding sites on the molecular surface of proteins2005

    • 著者名/発表者名
      Kinoshita, K., Nakamura, H.
    • 雑誌名

      Protein Sci. 14

      ページ: 711-718

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15710150
  • [雑誌論文] プロテインインフォマティクスによるタンパク質の機能推定2005

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 雑誌名

      日本結晶学会誌 47

      ページ: 341-347

    • NAID

      10018280602

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] PreDs : a server for predicting dsDNA-binding site on protein molecular surfaces2005

    • 著者名/発表者名
      Tsuchiya, Y., Kinoshita, K, Nakamura, H.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21

      ページ: 1721-1723

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15710150
  • [雑誌論文] Identification of the ligand binding sites on the molecular surface of proteins2005

    • 著者名/発表者名
      Kinoshita K, Nakamura H
    • 雑誌名

      Protein Science 14

      ページ: 711-718

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15710150
  • [雑誌論文] P-cats : prediction of catalytic residues in proteins from their tertiary structures2005

    • 著者名/発表者名
      Kinoshita, K., Ota, M.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21

      ページ: 3570-3571

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15710150
  • [雑誌論文] PreDs : a server for predicting dsDNA-binding site on protein molecular surfaces.2005

    • 著者名/発表者名
      Tsuchiya Y, Kinoshita K, Nakamura H
    • 雑誌名

      Bioinformatics (In press)

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15710150
  • [雑誌論文] Structure-based prediction of DNA-binding sites on proteins using the empirical preference of electrostatic potential and the shape of molecular surfaces2004

    • 著者名/発表者名
      Tsuchiya Y, Kinoshita K, Nakamura H
    • 雑誌名

      Proteins : Struct.Funct.Bioinformatics 55

      ページ: 885-894

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15710150
  • [雑誌論文] タンパク質の表面物性の類似性にもとづく機能予測2004

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 雑誌名

      生物物理 44

      ページ: 150-154

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15710150
  • [雑誌論文] タンパク質の機能部位の予測

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 雑誌名

      実験医学増刊号(バイオインフォマティクスツールの開発と生命研究への応用の最前線) (印刷中)

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [雑誌論文] Protein Structure Databases with new web services for structural biology and biomedical research

    • 著者名/発表者名
      S Daron, A Kinjo, K Kinoshita, H Nakamura
    • 雑誌名

      Brief. Bioinform (in press)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [産業財産権] 免疫沈降用の内部標準分子および免疫沈降方法2015

    • 発明者名
      五十嵐和彦、落合恭子、中山啓子、木下賢吾、舟山亮ら7名
    • 権利者名
      五十嵐和彦、落合恭子、中山啓子、木下賢吾、舟山亮ら7名
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2015-035734
    • 出願年月日
      2015-02-25
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24570176
  • [学会発表] 高異型度PanIN/膵上皮内癌・小径膵癌の分子進化モデル2024

    • 著者名/発表者名
      伊藤泰斗、大森優子、小野裕介、高橋賢治、岡村容伸、木下賢吾、正宗淳、海野倫明、水上裕輔、古川徹
    • 学会等名
      第113回日本病理学会総会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K24101
  • [学会発表] Exploring the growth morphology and mucus secretion mechanism of IPMN using patients-derived organoids and comprehensive genome analysis.2023

    • 著者名/発表者名
      Shiihara M, Takahashi K, Ishikawa T, Omori Y, Hirose K, Nakagawa K, Mizuma M, Ohtsuka H, Motoi F, Unno M, Okamura Y, Kinoshita K, Furukawa T.
    • 学会等名
      A Joint International Conference Pancreas 2023
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K24101
  • [学会発表] Characteristics of growth and mucus secretion of patient-derived organoids may substantiate invasive phenotypes of IPMN.2022

    • 著者名/発表者名
      Shiihara M, Ishikawa T, Yoshida T, Omori Y, Hirose K, Morikawa T, Nakagawa K, Mizuma M, Otsuka H, Motoi F, Unno M, Okamura Y, Kinoshita K, Furukawa T.
    • 学会等名
      International Association of Pancreatology and Japan Pancreas Society Meeting 2022
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K24101
  • [学会発表] 東北における大規模コホート構築とゲノム・オミックス解析戦略2018

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      シンポジウム「理論生物物理学の現在と未来」
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K12519
  • [学会発表] A revised coexpression calculation procedure in ATTED-II version 9 with batch-normalization and bagging methods.2018

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Obayashi, Yuichi Aoki and Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      the 59th Annual Meeting of the Japanese Society of Plant Physiologists
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18464
  • [学会発表] ChIP-Seqデータのクラスタリングによる実験条件・解析手法に起因するバイアスの可視化2017

    • 著者名/発表者名
      安澤隼人, 木下賢吾
    • 学会等名
      NGS現場の会第五回研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K12519
  • [学会発表] Sample Alignment of Different Species toward Species-Specific Coexpression Analyses2017

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Obayashi, Yuichi Aoki, Shu Tadaka, Yasunobu Okamura, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      the 58th Annual Meeting of the Japanese Society of Plant Physiologists
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18464
  • [学会発表] A Challenge to Understand Functional Impacts of Rare Variants Using Protein Structural Information2017

    • 著者名/発表者名
      Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      2nd Karolinska-Tohoku Joint Symposium on Medical Sciences
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H02773
  • [学会発表] 薬物によるKir1.1チャネル阻害の基盤.2016

    • 著者名/発表者名
      古谷和春, 半田健一郎, 村上洋一, 木下賢吾, 倉智嘉久.
    • 学会等名
      第89回日本薬理学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(横浜市)
    • 年月日
      2016-03-10
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-22136001
  • [学会発表] Model based discrimination method of ChIPed data from control data in ChIP-seq experiment dataset2016

    • 著者名/発表者名
      Hayato Anzawa and Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      第5回 生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      東京国際交流館プラザ平成(東京都江東区)
    • 年月日
      2016-09-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K12519
  • [学会発表] Distribution of human single nucleotide variants at protein functional sites and its relation to minor allele frequency2016

    • 著者名/発表者名
      Hafumi Nishi, Kazunori D Yamada, Junichi Nakata, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      Gordon Conference
    • 発表場所
      South Hadley, MA, USA.
    • 年月日
      2016-06-13
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H02773
  • [学会発表] Development and application of a simple yet flexible framework for construction of gene-pair relationship database2016

    • 著者名/発表者名
      Shu Tadaka and Kengo KInoshita
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      東京国際交流プラザ平成(東京都江東区)
    • 年月日
      2016-09-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H02773
  • [学会発表] Impact of Evolutionary Age on Gene Coexpression Network and Gene Functional Relationship2016

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      第39回 日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-12-01
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18464
  • [学会発表] Gene age determines the fundamental structure of the gene coexpression network.2016

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      Intelligent Systems for Molecular Biology 2016
    • 発表場所
      Orlando, Florida, U.S.A
    • 年月日
      2016-07-11
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18464
  • [学会発表] Meta-analysis of gene coexpression in ATTED-II toward species-specific coexpression analyses2016

    • 著者名/発表者名
      大林武,青木裕一,岡村容伸,田高周,木下賢吾
    • 学会等名
      日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      岩手大学(岩手)
    • 年月日
      2016-03-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18464
  • [学会発表] Kir1.1チャネルにおける小分子結合部位の構造活性相関解析.2016

    • 著者名/発表者名
      古谷和春, 半田健一郎, 村上洋一, 木下賢吾, 倉智嘉久.
    • 学会等名
      第93回日本生理学会大会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌市)
    • 年月日
      2016-03-24
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-22136001
  • [学会発表] Prediction of biological and biochemical functions of uncharacterized genes2015

    • 著者名/発表者名
      Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      Data Science in Life Science and Engineering Collaboration and Symposium
    • 発表場所
      Case western university, USA
    • 年月日
      2015-07-30
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H02773
  • [学会発表] ヒトゲノム一塩基変異のタンパク質間相互作用面上での分布2015

    • 著者名/発表者名
      西羽美、中田純一、木下賢吾
    • 学会等名
      第15回日本蛋白質科学会
    • 発表場所
      あわぎんホール、徳島県
    • 年月日
      2015-06-25
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H02773
  • [学会発表] Molecular basis of Kir1.1 channel block2015

    • 著者名/発表者名
      Kenichiro Handa, Kazuharu Furutani, Yoichi Murakami, Kengo Kinoshita, Yoshihisa Kurachi
    • 学会等名
      新学術領域研究「多階層生体機能学」最終成果報告会
    • 発表場所
      大阪大学中之島センター(大阪市)
    • 年月日
      2015-03-05
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-22136001
  • [学会発表] Distribution of single nucleotide variants on protein-protein interaction sites2015

    • 著者名/発表者名
      Hafumi Nishi, Junichi Nakata, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      3Dsig2015, 23rd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
    • 発表場所
      Dublin, Ireland
    • 年月日
      2015-07-13
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H02773
  • [学会発表] DEG.js : Streaming web-based differential expression genes analysis tool for RNA-seq2014

    • 著者名/発表者名
      岡村容伸,大林武,木下賢吾
    • 学会等名
      生命情報科学若手の会 第6回研究会
    • 発表場所
      愛知県岡崎市
    • 年月日
      2014-10-30
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24570176
  • [学会発表] ゲノム情報解析の現状と課題2014

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      次世代PGSフォーラム設立記念シンポジウム
    • 発表場所
      品川プリンスホテル
    • 年月日
      2014-12-04
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [学会発表] 大規模ゲノム解析研究に必要なスパコン環境の構築2014

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      バイオスーパーコンピューティング東北
    • 発表場所
      東北大学
    • 年月日
      2014-06-02
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [学会発表] Development of descriptors of protein-ligand binding sites with genetic algorithm2013

    • 著者名/発表者名
      Kohei Nakamura, Kasahara Kota, Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      第2回 生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      東京
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [学会発表] 蛋白質低分子結合部位の予測に向けた結合部位多様性の解析2012

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      化学工学会第44回秋季大会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2012-09-21
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [学会発表] 次世代生命科学研究に必要な計算機インフラについて2012

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      データ駆動型生命情報科学の挑戦
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2012-05-10
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [学会発表] Illuminating the background and capabilities of statistical potentials of protein structures2011

    • 著者名/発表者名
      M Shirota, K Kinoshita
    • 学会等名
      The 11th KIAS Conference on Protein Structure and Function
    • 発表場所
      Korea Institute for Advanced Study, Seoul, Korea(招待講演)
    • 年月日
      2011-10-08
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [学会発表] Seeing in silico is believing, Brief introduction and some recent topics in bioinformatics2011

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita
    • 学会等名
      The 12^<th>, RIES-Hokudai International Symposium
    • 発表場所
      Chateraise Gateaux Kingdom Sapporo(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-22
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [学会発表] Estimation of native-like state of protein structure using statistical potentials for protein structure prediction2010

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      第48回生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大学、仙台
    • 年月日
      2010-09-22
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [学会発表] Application of distance dependent statistical pair potentials of protein folding to the evaluation of protein-protein interaction : Commonalities and differences between folding and docking.2010

    • 著者名/発表者名
      M. Shirota, K. Kasahara, Y. Tsuchiya, K. Kinoshita
    • 学会等名
      MPI 2010
    • 発表場所
      Lawrence(USA)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [学会発表] Relationship between physics and information science in statistical potentials of protein structures.2010

    • 著者名/発表者名
      M. Shirota, T. Ishida, K. Kinoshita
    • 学会等名
      AYRCOB 2010
    • 発表場所
      Tainan(Taiwan)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [学会発表] ヒトゲノム構造・機能アノテーションデータベースSAHGの構築2010

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター・札幌
    • 年月日
      2010-06-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [学会発表] Conservation of protein-ligand interactions : a data-mining of the PDB by using Gaussian mixture model2010

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      第48回生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大学、仙台
    • 年月日
      2010-09-20
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [学会発表] 蛋白質立体構造と複合体構造の評価関数の共通点と相違点2010

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター・札幌
    • 年月日
      2010-06-16
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [学会発表] タンパク質-低分子化合物フラグメント間相互作用情報を利用した結合部位・結合構造の予測2010

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター・札幌
    • 年月日
      2010-06-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [学会発表] 機能未知タンパク質の機能推定法の開発2009

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      第82回日本生化学大会
    • 発表場所
      神戸ポートピアアイランド
    • 年月日
      2009-10-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [学会発表] Web services for function prediction of proteins2009

    • 著者名/発表者名
      Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      Bioinfo2009
    • 発表場所
      韓国・釜山
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [学会発表] Multi-dimensional correlations for gene coexpression and application to the large-scale data of Arabidopsis2009

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita
    • 学会等名
      Bioinformatics beyond omics data analyses
    • 発表場所
      Ochanomizu University
    • 年月日
      2009-12-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [学会発表] Web services for function prediction of proteins2009

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita
    • 学会等名
      Bioinfo2009
    • 発表場所
      The Haeundae Grand Hotel, Busan, Korea
    • 年月日
      2009-11-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [学会発表] 基準振動に基づく蛋白質複合体界面の動的構造の解析2009

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      熊本全日空ホテルニュースカイ、能本
    • 年月日
      2009-05-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [学会発表] 蛋白質の会合形状を表す記述子 : Glocal shape descriptor(GS10)2009

    • 著者名/発表者名
      前田美紀, 木下賢吾
    • 学会等名
      日本薬学会第129年会
    • 発表場所
      北里大学薬学部
    • 年月日
      2009-03-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17651108
  • [学会発表] COXPRESdb : gene coexpression database for Human, mouse and rat2009

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      XXXVI International congress of Physiological Sciences
    • 発表場所
      Kyoto International conference center
    • 年月日
      2009-07-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [学会発表] 基準振動に基づく蛋白質-蛋白質相互作用の動的解析2009

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      アスティとくしま、徳島
    • 年月日
      2009-10-31
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20370061
  • [学会発表] 類似性検索による遺伝子機能推定2009

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      情報処理学会アルゴリズム研究会・特別講演
    • 発表場所
      東京大学医科学研究所
    • 年月日
      2009-05-11
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [学会発表] 蛋白質インターフェースに関する新規な記述子2009

    • 著者名/発表者名
      前田美紀, 木下賢吾
    • 学会等名
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      熊本全日空ホテルニュースカイ
    • 年月日
      2009-05-22
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17651108
  • [学会発表] Classification of hetero-dimer interfaces and development of multiple scoring functions for complex structure predictions of proteins2009

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita
    • 学会等名
      International symposium on multi-scale dynamics of protein complex formation and function
    • 発表場所
      Sanjo Conference Hall, The University of Tokyo
    • 年月日
      2009-07-14
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [学会発表] A new multi-dimensional index for gene coexpression and application to the large-scale data of Arabidopsis2009

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita
    • 学会等名
      The 1299th Biological Symposium at National Institute of Genetics
    • 発表場所
      National Institute of Genomics
    • 年月日
      2009-03-31
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [学会発表] COXPRESdb: gene coexpression database for Human, mouse and rat2009

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita
    • 学会等名
      XXXVI International congress of Physiological Sciences
    • 発表場所
      Kyoto
    • 年月日
      2009-07-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [学会発表] Coexpressed gene database for human, mouse, rat and Arabidopsis2008

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita
    • 学会等名
      Japan-UK symposium on protein informatics toward interactome analysis
    • 発表場所
      Senri Life science center
    • 年月日
      2008-09-01
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [学会発表] Coexpressed gene database for human, mouse, rat and Arabidopsis2008

    • 著者名/発表者名
      K Kinoshita
    • 学会等名
      Japan-UK symposium on protein informatics toward interactome analysis
    • 発表場所
      大阪・千里ライクサイエンスセンター
    • 年月日
      2008-09-02
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [学会発表] Ordered and Disordered Structure of Proteins2008

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      タンパク質研究の未来像
    • 発表場所
      東海大学
    • 年月日
      2008-03-07
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [学会発表] Prediction of protein-protein interaction using evolutionary trance method and molecular surface complementarity2007

    • 著者名/発表者名
      E Kanamori, Y Murakami, Y Tsuchiya, D Standley, K Kinoshita, H Nakamura
    • 学会等名
      CAPRI evaluation meeting
    • 発表場所
      Canada
    • 年月日
      2007-04-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [学会発表] 蛋白質立体構造情報を利用した機能推定2007

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      第41回遺伝医学研究会
    • 発表場所
      東京女子医科大学
    • 年月日
      2007-11-02
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [学会発表] 蛋白質の配列・構造・機能相関の博物学2007

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      生物物理学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-23
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [学会発表] Prediction of protein-protein interaction using evolutionary trance method and molecular surface complementarity2007

    • 著者名/発表者名
      E Kanamori, Y Murakami, Y Tsuchiya, D Standley, K Kinoshita, H Nakamura
    • 学会等名
      CAPRI evaluation meeting
    • 発表場所
      Toronto Canada
    • 年月日
      2007-04-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17081003
  • [学会発表] Identification of functional modules in protein network by near-clique detection

    • 著者名/発表者名
      Shu Tadaka, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      情報処理学会第33回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      東北大学
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24570176
  • [学会発表] ゲノム解析による個別化予防に向けた情報科学の挑戦

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      生体医工学大会
    • 発表場所
      仙台国際センター
    • 年月日
      2014-06-24 – 2014-06-26
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [学会発表] Analysis of the ion permeation mechanism of Kv1.2 using the molecular dynamics simulations of a single point mutant

    • 著者名/発表者名
      近藤寛子,城田松之,笠原浩太,齊藤俊幸,木下賢吾
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [学会発表] Behavior of potassium ions around the potassium channel in relation to permeation events

    • 著者名/発表者名
      Toshiyuki Saito, Kota Kasahara, Matsuyuki Shirota, Hiroko Kondo, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      生物物理学会
    • 発表場所
      京都
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [学会発表] Prediction of the biological and biochemical functions of uncharacterized genes

    • 著者名/発表者名
      Kinoshita K
    • 学会等名
      2014 Bilateral Workshop between Tohoku University & National Tsing Hua University
    • 発表場所
      宮城県松島市
    • 年月日
      2014-11-21 – 2014-11-22
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24570176
  • [学会発表] Classify RNA-seq runs as origin organs or other features by using machine learning

    • 著者名/発表者名
      Okamura Y, Obayashi T, Kinoshita K
    • 学会等名
      22st Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
    • 発表場所
      Boston, USA
    • 年月日
      2014-07-13 – 2014-07-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24570176
  • [学会発表] Functional gene network prediction based on conservation of gene expression patterns

    • 著者名/発表者名
      Yasunobu Okamura, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      21st Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
    • 発表場所
      Berlin, Germany
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24570176
  • [学会発表] タンパク質機能解析に向けた立体構造情報の活用基盤の構築

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [学会発表] NCMine: a novel method for exploring clusters in biological networks

    • 著者名/発表者名
      Shu Tadaka, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      分子生物学会
    • 発表場所
      神戸
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24570176
  • [学会発表] Detection of functional modules in protein networks by near-clique extraction

    • 著者名/発表者名
      Tadaka S, Obayashi T, Kinoshita K
    • 学会等名
      Genome Information Workshop 2014
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2014-12-15 – 2014-12-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24570176
  • [学会発表] In-Silico Approach to Predict the Biological and Biochemical Functions of Uncharacterized Genes.

    • 著者名/発表者名
      Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      NIH-Tohoku University-JSPS Symposium
    • 発表場所
      宮城
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [学会発表] 生命科学ビッグデータへの情報科学の挑戦

    • 著者名/発表者名
      木下賢吾
    • 学会等名
      東北大学電気・情報東京フォーラム2013
    • 発表場所
      東京
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22136005
  • [学会発表] GO analysis of gene expression patterns comparison among organs and species

    • 著者名/発表者名
      Yasunobu Okamura, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      タワーホール船堀
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24570176
  • 1.  中村 春木 (80134485)
    共同の研究課題数: 4件
    共同の研究成果数: 21件
  • 2.  池口 満徳 (60261955)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 3.  肥後 順一 (80265719)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 4.  神谷 成敏 (80420462)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 5.  倉智 嘉久 (30142011)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 6.  井上 隆司 (30232573)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 7.  山下 富義 (30243041)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 8.  鈴木 洋史 (80206523)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 9.  北野 宏明 (80500256)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 10.  大槻 純男 (60323036)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 11.  天野 晃 (60252491)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 12.  張 功幸 (50347423)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 13.  蒔田 直昌 (00312356)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 14.  石川 義弘 (40305470)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 15.  本荘 晴朗 (70262912)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 16.  中沢 一雄 (50198058)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 17.  奥野 恭史 (20283666)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 18.  楠原 洋之 (00302612)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 19.  影近 弘之 (20177348)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 20.  木寺 詔紀 (00186280)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 21.  北尾 彰朗 (30252422)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 22.  中井 謙太 (60217643)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 23.  日下部 岳広 (40280862)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 24.  山下 理宇 (10401259)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 25.  白井 剛 (00262890)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 26.  太田 元規 (40290895)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 27.  田中 和之 (80217017)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 28.  大林 武 (50397048)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 9件
  • 29.  山内 正憲 (00404723)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 30.  塩生 くらら (20403016)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 31.  前田 美紀 (50370680)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 32.  安田 宗樹 (20532774)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 33.  和泉 勇治 (90333872)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 34.  片岡 駿 (50737278)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 35.  杉野 繁一 (00423765)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 36.  渡部 聡 (50432357)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 37.  鈴木 隆史 (70508308)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 38.  古川 徹 (30282122)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 39.  海野 倫明 (70282043)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 40.  鈴木 秀明 (20705462)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 41.  安田 聡 (00431578)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 42.  麦倉 俊司 (20375017)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 43.  Hsu Chiou-Ting
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 44.  Furtlehner Cyril
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 45.  Zdeboraba Lenka
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 46.  Ricci-Tersenghi Federico
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 47.  Welling Max
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 48.  Zhang Pan
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 49.  猿渡 茂
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 50.  土屋 裕子
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 51.  輪湖 博
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 52.  大森 優子
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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