門田幸二 Kadota Koji

研究者番号	60392221
その他のID	https://orcid.org/0000-0002-3907-4336
所属 (現在)	2024年度: 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2022年度 – 2023年度: 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 2020年度 – 2021年度: 東京大学, 大学院情報学環・学際情報学府, 准教授 2019年度: 東京大学, 情報学環・学際情報学府, 准教授 2018年度: 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 2016年度 – 2017年度: 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任准教授 … もっと見る 2013年度 – 2016年度: 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 2015年度: 東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 特任准教授 2011年度 – 2015年度: 東京大学, 農学生命科学研究科, 特任准教授 2011年度: 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 特任准教授 2007年度 – 2011年度: 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 特任助教隠す
審査区分/研究分野	研究代表者小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生体生命情報学 / システムゲノム科学 / ゲノム情報科学研究代表者以外森林科学 / 生物系
キーワード	研究代表者バイオインフォマティクス / RNA-seq / 発現変動解析 / Rパッケージ / クラスタリング / R / 発現変動 / トランスクリプトーム / マイクロアレイ / DEG … もっと見る / 遺伝子クラスタリング / 統計解析 / カウントデータ / ガイドライン / 文献調査 / ウェブサーバ / パッケージ / データ正規化 / 発現解析 / 研究倫理 / 正規化 / 遺伝子発現 / HiCEP / AFLP … もっと見る研究代表者以外植物生態生理 / 植物生理 / 生理 / 生態ニッチ / マングローブ / 遺伝子発現変動 / アブラムシ / ヒメツリガネゴケ / 一塩基多 / 発現定量 / トランスクリプトーム解析 / 単分子シーケンサー / ゲノムアセンブリー / 計数比較 / RNA-seq / 遺伝学的地図 / ゲノムアセンブリ / 遺伝子発現比較 / トランスクリプトーム / ゲノム / アセンブリー隠す

RNA-seqデータの発現変動解析を遺伝子クラスタリングで行う研究代表者
- 研究代表者
  
  門田幸二
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2024
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東京大学
ウェブサイト「(Rで)塩基配列解析」の情報更新・拡充研究代表者
- 研究代表者
  
  門田幸二
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2021
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東京大学
ロングリード時代に対応したトランスクリプトームデータ解析ガイドラインの構築研究代表者
- 研究代表者
  
  門田幸二
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2018
- 研究種目
  
  基盤研究(Ｃ)
- 研究分野
  
  システムゲノム科学
- 研究機関
  東京大学
トランスクリプトームとエネルギー代謝から紐解くマングローブの生態ニッチ決定機構
- 研究代表者
  
  渡辺信
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2016
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  森林科学
- 研究機関
  琉球大学
シークエンスに基づく比較トランスクリプトーム解析のためのガイドライン構築研究代表者
- 研究代表者
  
  門田幸二
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2014
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京大学
非モデル生物におけるゲノム解析法の確立
- 研究代表者
  
  西山智明
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2015
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  金沢大学
マイクロアレイ解析の再現性・感度・特異度を飛躍的に向上させるデータ解析手法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  門田幸二
- 研究期間 (年度)
  2009 – 2011
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  ゲノム情報科学
- 研究機関
  東京大学
全生物種のトランスクリプトーム解析を加速するHiCEPデータ高速解析手法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  門田幸二
- 研究期間 (年度)
  2007 – 2008
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京大学

[図書] RNA-Seqデータ解析　WETラボのための鉄板レシピ（坊農秀雅編）2019
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 総ページ数
  255
- 出版者
  羊土社
- ISBN
  9784758122436
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11521
[図書] シリーズ Useful R 第7巻トランスクリプトーム解析2014
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 総ページ数
  226
- 出版者
  共立出版
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[図書] トランスクリプトーム解析2014
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 総ページ数
  240
- 出版者
  共立出版
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22128008
[図書] ニュートリゲノミクスを基盤としたバイオマーカーの開発・「トランスクリプトミクスの推奨データ解析ガイドライン」2013
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 総ページ数
  210
- 出版者
  シーエムシー出版
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[図書] Clustering-based peak alignment algorithm for objective and quantitative analysis of DNA fingerprinting data. Handbook of Molecular Microbial Ecology I : Metagenomics and complementary approaches2011
- 著者名/発表者名
  Ishii S, Kadota K, Senoo K
- 出版者
  Wiley-Blackwell
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[図書] データ解析総論,バイオチップ実用化ハンドブック2010
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 出版者
  NTS
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[図書] バイオチップ実用化ハンドブック2010
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 出版者
  NTS
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[図書] マイクロアレイデータ統計解析プロトコール2008
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 出版者
  羊土社
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[図書] 有意差検定とマーカー遺伝子の意義(他),(藤渕航・堀本勝久/編)実験医学別冊マイクロアレイデータ統計解析プロトコール2008
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 出版者
  羊土社
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[図書] 書評(統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析),バイオサイエンスとインダストリー65(11),282007
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 総ページ数
  28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[図書] バイオサイエンスとインダストリー2007
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 出版者
  バイオインダストリー協会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[雑誌論文] Enhanced clustering-based differential expression analysis method for RNA-seq data2023
- 著者名/発表者名
  Makino M, Shimizu K, Kadota K.
- 雑誌名
  
  MethodsX
  
  巻: 12 ページ: 102518-102518
- DOI
  10.1016/j.mex.2023.102518
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12120, KAKENHI-PROJECT-21K12122
[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法第21回シミュレーションデータの生成2023
- 著者名/発表者名
  利根悠介、孫建強、門田幸二
- 雑誌名
  
  日本乳酸菌学会誌
  
  巻: 34 ページ: 83-90
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12120
[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法第20回 RNA-seqカウントデータの性質と統計モデル2023
- 著者名/発表者名
  牧野磨音, 坂本光央, 清水謙多郎, 門田幸二
- 雑誌名
  
  日本乳酸菌学会誌
  
  巻: 34 ページ: 21029-21029
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12120
[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法：第18回遺伝子発現データのクラスタリング2022
- 著者名/発表者名
  牧野磨音, 清水謙多郎, 門田幸二
- 雑誌名
  
  日本乳酸菌学会誌
  
  巻: 33 ページ: 94-103
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12120
[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法第19回 R Markdown2022
- 著者名/発表者名
  牧野磨音, 清水謙多郎, 門田幸二
- 雑誌名
  
  日本乳酸菌学会誌
  
  巻: 33 ページ: 195-205
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12120
[雑誌論文] Differential expression analysis using a model-based gene clustering algorithm for RNA-seq data.2021
- 著者名/発表者名
  Osabe, T., Shimizu, K., and Kadota, K.
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 22 号: 1 ページ: 51-51
- DOI
  10.1186/s12859-021-04438-4
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12120
[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法(第16回)なぜ次から次へと新規手法が開発されるのか?2021
- 著者名/発表者名
  門田幸二, 清水謙多郎
- 雑誌名
  
  日本乳酸菌学会誌
  
  巻: 32 ページ: 123-128
- NAID
  40022749841
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11521
[雑誌論文] Commentary: A systematic evaluation of single cell RNA-seq analysis pipelines.2020
- 著者名/発表者名
  Kadota K and Shimizu K
- 雑誌名
  
  Frontiers in Genetics
  
  巻: 11 ページ: 941-941
- DOI
  10.3389/fgene.2020.00941
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11521
[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法第 15 回 RNA-seq 解析（その3）2020
- 著者名/発表者名
  寺田朋子, 清水謙多郎, 門田幸二
- 雑誌名
  
  日本乳酸菌学会誌
  
  巻: 31 号: 1 ページ: 25-34
- DOI
  10.4109/jslab.31.25
- NAID
  130008022525
- ISSN
  1343-327X, 2186-5833
- 年月日
  2020-03-09
- 言語
  日本語
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11521
[雑誌論文] TCC-GUI: a Shiny-based application for differential expression analysis of RNA-Seq count data2019
- 著者名/発表者名
  Su Wei、Sun Jianqiang、Shimizu Kentaro、Kadota Koji
- 雑誌名
  
  BMC Research Notes
  
  巻: 12 号: 1 ページ: 133-133
- DOI
  10.1186/s13104-019-4179-2
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11521, KAKENHI-PROJECT-15K06919
[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法：第14回RNA-seq 解析（その2）2019
- 著者名/発表者名
  寺田朋子, 清水謙多郎, 門田幸二
- 雑誌名
  
  日本乳酸菌学会誌
  
  巻: 30 ページ: 153-161
- NAID
  130007928708
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11521
[雑誌論文] Accurate Classification of Differential Expression Patterns in a Bayesian Framework With Robust Normalization for Multi-Group RNA-Seq Count Data.2019
- 著者名/発表者名
  Osabe T, Shimizu K, Kadota K
- 雑誌名
  
  Bioinform Biol Insights
  
  巻: 13
- DOI
  10.1177/1177932219860817
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11521
[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法：第13回RNA-seq 解析（その1）2019
- 著者名/発表者名
  寺田朋子, 坂本光央, 清水謙多郎, 門田幸二
- 雑誌名
  
  日本乳酸菌学会誌
  
  巻: 30 ページ: 38-45
- NAID
  130007844549
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11521
[雑誌論文] Silhouette scores for arbitrary defined groups in gene expression data and insights into differential expression results.2018
- 著者名/発表者名
  Zhao S, Sun J, Shimizu K, Kadota K
- 雑誌名
  
  Biol Proced Online
  
  巻: 20 号: 1 ページ: 5-5
- DOI
  10.1186/s12575-018-0067-8
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06919
[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法：第8回アセンブリ後の解析2016
- 著者名/発表者名
  谷澤靖洋, 神沼英里, 中村保一, 遠野雅徳, 寺田朋子, 清水謙多郎, 門田幸二
- 雑誌名
  
  日本乳酸菌学会誌
  
  巻: 27 ページ: 187-195
- NAID
  130006243121
- 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06919
[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法：第7回ロングリードアセンブリ2016
- 著者名/発表者名
  谷澤靖洋, 神沼英里, 中村保一, 遠野雅徳, 大崎研, 清水謙多郎, 門田幸二
- 雑誌名
  
  日本乳酸菌学会誌
  
  巻: 27 ページ: 101-110
- NAID
  130005773878
- 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06919
[雑誌論文] Evaluation of methods for differential expression analysis on multi-group RNA-seq count data.2015
- 著者名/発表者名
  Tang M, Sun J, Shimizu K, Kadota K
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: １６号: 1 ページ: 361-361
- DOI
  10.1186/s12859-015-0794-7
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06919, KAKENHI-PROJECT-15J10504
[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法：第1回イントロダクション2014
- 著者名/発表者名
  門田幸二, 孫建強, 湯敏, 西岡輔, 清水謙多郎
- 雑誌名
  
  日本乳酸菌学会誌
  
  巻: 25 ページ: 87-94
- NAID
  130005085094
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[雑誌論文] <b>次世代シーケンサーデータの解析手法第2 回GUI 環境からコマンドライン環境へ </b>2014
- 著者名/発表者名
  孫建強, 湯敏, 西岡輔, 清水謙多郎, 門田幸二
- 雑誌名
  
  日本乳酸菌学会誌
  
  巻: 25 号: 3 ページ: 166-174
- DOI
  10.4109/jslab.25.166
- NAID
  130004850500
- ISSN
  1343-327X, 2186-5833
- 言語
  日本語
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[雑誌論文] TCC: an R package for comparing tag count data with robust normalization strategies.2013
- 著者名/発表者名
  Sun, J., Nishiyama, T., Shimizu, K., and Kadota, K.
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 14 号: 1 ページ: 219-219
- DOI
  10.1186/1471-2105-14-219
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22128008, KAKENHI-PROJECT-23300109, KAKENHI-PROJECT-24500359
[雑誌論文] RNAシーケンシング2013
- 著者名/発表者名
  門田幸二、清水謙多郎
- 雑誌名
  
  細胞
  
  巻: 45 ページ: 49-52
- NAID
  40019691724
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[雑誌論文] A normalization strategy for comparing tag count data2012
- 著者名/発表者名
  Kadota K., Nishiyama T., Shimizu K.
- 雑誌名
  
  Algorithms Mol. Biol.
  
  巻: 7 号: 1 ページ: 5-5
- DOI
  10.1186/1748-7188-7-5
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22128008, KAKENHI-PROJECT-23300109, KAKENHI-PROJECT-24500359
[雑誌論文] Evaluating methods for ranking differentially expressed genes applied to MicroArray Quality Control data2011
- 著者名/発表者名
  Kadota K and Shimizu K
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 12 号: 1 ページ: 227-227
- DOI
  10.1186/1471-2105-12-227
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208, KAKENHI-PLANNED-22128008
[雑誌論文] Circadian clock in Ciona intestinalis revealed by microarray analysis and oxygen consumption2010
- 著者名/発表者名
  Minamoto T, Hanai S, Kadota K, Oishi K, Matsumae H, Fujie M, Azumi K, Satoh N, Satake M, Ishida N
- 雑誌名
  
  Journal of Biochemistry
  
  巻: 147(2) 号: 2 ページ: 175-184
- DOI
  10.1093/jb/mvp160
- NAID
  10027873640
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[雑誌論文] Gene Expression Profile of Hyperoxic/Hypoxic Retinas in Mouse Model of Oxygen-induced Retinopathy2010
- 著者名/発表者名
  Ishikawa K, Yoshida S, Kadota K, Nakamura T, Niiro H, Arakawa S, Yoshida A, Akashi K, Ishibashi T
- 雑誌名
  
  Investigative Ophthalmology & Visual Science
  
  巻: 51(8) 号: 8 ページ: 4307-4319
- DOI
  10.1167/iovs.09-4605
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[雑誌論文] Ranking differentially expressed genes from Affymetrix gene expression data : methods with reproducibility, sensitivity, and specificity2009
- 著者名/発表者名
  Kadota K, Nakai Y, Shimizu K
- 雑誌名
  
  Algorithms for Molecular Biology
  
  巻: 4 号: 1 ページ: 7-7
- DOI
  10.1186/1748-7188-4-7
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[雑誌論文] Effect of Quercetin on the Gene Expression Profile of the Mouse Intestine2009
- 著者名/発表者名
  Natsume Y, Kadota K, Satsu H, Shimizu M.
- 雑誌名
  
  Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 73(3)
  
  ページ: 722-725
- NAID
  10027539109
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[雑誌論文] Ranking differentially expressed genes from Affymetrix gene expression data : methods with reproducibility, sensitivity, and specificity2009
- 著者名/発表者名
  Kadota, K.
- 雑誌名
  
  Algorithms for Molecular Biology 4
  
  ページ: 7-7
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[雑誌論文] Ketogenic Diet Disrupts the Circadian Clock and Increases Hypofibrinolytic Risk by Inducing Expression of Plasminogen Activator Inhibitor-12009
- 著者名/発表者名
  Oishi K, Uchida D, Ohkura N, Doi R, Ishida N, Kadota K, Horie S
- 雑誌名
  
  Arteriosclerosis Thrombosis and Vascular Biology
  
  巻: 29(10) 号: 10 ページ: 1571-1577
- DOI
  10.1161/atvbaha.109.190140
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[雑誌論文] Application of a clustering-based peak alignment algorithm to analyze various DNA fingerprinting data2009
- 著者名/発表者名
  Ishii S, Kadota K, Senoo K
- 雑誌名
  
  Journal of Microbiological Methods
  
  巻: 78(3) 号: 3 ページ: 344-350
- DOI
  10.1016/j.mimet.2009.07.005
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[雑誌論文] A weighted average difference method for detecting differentially expressed genes from microarrav data2008
- 著者名/発表者名
  Kadota, K.
- 雑誌名
  
  Algorithms for Molecular Biology 3
  
  ページ: 5-5
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[雑誌論文] Up-regulation of genes related to the ubiquitin-proteasome system in the brown adipose tissue of 24-h-fasted rats2008
- 著者名/発表者名
  Nakai Y, Hashida H., Kadota K, Minami M, Shimizu K, Matsumoto I, Kato H, Abe K.
- 雑誌名
  
  Bioscience, Biotechnolgy, and Biochemistry 72(1)
  
  ページ: 139-148
- NAID
  10027523175
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[雑誌論文] A weighted average difference method for detecting differentially expressed genes from microarray data2008
- 著者名/発表者名
  Kadota K, Nakai Y, Shimizu K.
- 雑誌名
  
  Algorithms for Molecular Biology 3
  
  ページ: 8-8
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[雑誌論文] Biochemical and Genomic Analysis of Neoculin Compared to Monocot Mannose-Binding Lectins2008
- 著者名/発表者名
  Shimizu-Ibuka A, Nakai Y, Nakamori K, Morita Y, Nakajima KI, Kadota K, Watanabe H, Okubo S, Terada T, Asakura T, Misaka T, Abe K.
- 雑誌名
  
  Journal of Agricultural and Food Chemistry 56(13)
  
  ページ: 5338-5344
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[雑誌論文] GOGOT : a method for the identification of differentially expressed fragments from cDNA-AFLP data2007
- 著者名/発表者名
  Kadota, K.
- 雑誌名
  
  Algorithms for Molecular Biology 2
  
  ページ: 5-5
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[雑誌論文] Circadian variations in coagulation and fibrinolytic factors among four different strains of mice2007
- 著者名/発表者名
  Ohkura N, Oishi K, Sakata T, Kadota K, Kasamatsu M, Fukushima N, Kurata A, Tamai Y, Shirai H, Atsumi G Ishida N, Matsuda J, Horie S.
- 雑誌名
  
  Chronobiology International 24(4)
  
  ページ: 651-669
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[雑誌論文] Evaluation of two outlier-detection-based methods for detecting tissue-selective genes from microarray data2007
- 著者名/発表者名
  Kadota, K.
- 雑誌名
  
  Gene Regulation and Systems Biology 1
  
  ページ: 9-15
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[雑誌論文] GOGOT : a method for the identification of differentially expressed fragments from cDNA-AFLP data2007
- 著者名/発表者名
  Kadota K, Araki R, Nakai Y, Abe M.
- 雑誌名
  
  Algorithms for Molecular Biology 2
  
  ページ: 5-5
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[雑誌論文] Evaluation of two outlier-detection-based methods for detecting tissue-selective genes from microarray data2007
- 著者名/発表者名
  Kadota K, Konishi T, Shimizu K.
- 雑誌名
  
  Gene Regulation and Systems Biology 1
  
  ページ: 9-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] バイオインフォマティクス教育の今後2021
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  日本農芸化学会中部支部第190回例会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12120
[学会発表] トランスクリプトーム解析分野のバイオインフォマティクス系研究者の雑感2020
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  数理生物学セミナー2020@TMDU
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K11521
[学会発表] Rで塩基配列解析：ゲノム解析からトランスクリプトーム解析まで2016
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  HPCI講習会・バイオインフォマティクス実習コース
- 発表場所
  産総研・臨海副都心センター(東京)
- 年月日
  2016-03-03
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06919
[学会発表] NGS解析（中～上級）クラウド環境との連携、ロングリードデータの解析2016
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  平成28年度NGSハンズオン講習会
- 発表場所
  東京大学（東京都　文京区）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06919
[学会発表] ビッグデータ解析の一例としてのトランスクリプトーム解析とその周辺2015
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  日本臨床麻酔学会・第35回大会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(神奈川)
- 年月日
  2015-10-21
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06919
[学会発表] Benchmarking methods for simulation and analysis of RNA sequencing data.2015
- 著者名/発表者名
  湯敏, 孫建強, 清水謙多郎, 門田幸二
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会2015年大会
- 発表場所
  京都大学（京都）
- 年月日
  2015-10-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06919
[学会発表] DEGES-based method for estimating the gene dispersions of RNA-seq count data without replicate.2015
- 著者名/発表者名
  孫建強, 湯敏, 清水謙多郎, 門田幸二
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会2015年大会
- 発表場所
  京都大学（京都）
- 年月日
  2015-10-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15K06919
[学会発表] ビッグデータ解析とR2014
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会2014・HPCIワークショップ「医療とビッグデータ解析」
- 発表場所
  仙台国際センター(宮城)
- 年月日
  2014-10-04
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] 比較トランスクリプトーム解析とその周辺：モデル、正規化、発現変動検出など2014
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  よく分かる次世代シークエンサー解析ワークショップ
- 発表場所
  九州大学(福岡)
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] トランスクリプトームデータ解析戦略20142014
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  イルミナウェビナー・RNA-Seqシリーズ
- 発表場所
  イルミナ株式会社(東京)
- 年月日
  2014-07-22
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] Rでゲノム・トランスクリプトーム解析2014
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  HPCI チュートリアル・バイオインフォマティクス実習コース
- 発表場所
  産業技術総合研究所生命情報工学研究センター(東京)
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] RNA-seqカウントデータに対応した正規化法の性能比較2014
- 著者名/発表者名
  孫建強, 湯敏, 西山智明, 清水謙多郎, 門田幸二
- 学会等名
  生命情報科学若手の会・第5回研究会
- 発表場所
  東京大学検見川セミナーハウス(千葉)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] フリーソフトRを用いたビッグデータ解析：塩基配列解析を中心に2014
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会2014・中級者向けバイオインフォマティクス入門講習会
- 発表場所
  仙台国際センター(宮城)
- 年月日
  2014-10-04
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] Rでトランスクリプトーム解析2013
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  HPCI チュートリアルセミナー
- 発表場所
  東京 (産総研臨海副都心センター別館８階)
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22128008
[学会発表] トランスクリプトーム解析の現況：マイクロアレイ vs. RNA-seq2013
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会「オミックス・計算　そして創薬」・オミックス解析における実務者意見交換会
- 発表場所
  タワーホール船堀(東京)
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] TCC:頑健な正規化法を実装した発現変動解析用Rパッケージ2013
- 著者名/発表者名
  孫建強, 西山智明, 清水謙多郎, 門田幸二
- 学会等名
  NGS現場の会・第三回研究会
- 発表場所
  神戸国際会議場(兵庫)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] 食品機能解析研究とバイオインフォマティクス2013
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  日本農芸化学会2013年度大会・シンポジウム
- 発表場所
  東北大学(宮城)
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] 様々な実験デザインに対応した頑健なRNA-seq発現変動解析パイプラインTCCの開発2013
- 著者名/発表者名
  孫建強, 西山智明, 清水謙多郎, 門田幸二
- 学会等名
  第36回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  神戸国際会議場(兵庫)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] リードカウントの正規化手法の改良2013
- 著者名/発表者名
  孫建強、西山智明、清水謙多郎、門田幸二
- 学会等名
  生命情報科学若手の会第４回研究会
- 発表場所
  基礎生物学研究所（愛知）
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] 食品機能解析研究とバイオインフォマティクス2013
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  日本農芸化学会2013年度大会
- 発表場所
  仙台 (東北大学川内北キャンパス)
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22128008
[学会発表] ゲノム・トランスクリプトームの各種解析をRで行う2013
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  NAIST植物グローバル教育プロジェクト・平成25年度ワークショップ
- 発表場所
  奈良先端科学技術大学院大学(奈良)
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] Rでトランスクリプトーム解析2013
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  HPCI チュートリアルセミナー
- 発表場所
  生命情報工学研究センター(東京)
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] Rでトランスクリプトーム解析, 2011年度HPCIチュートリアルセミナー2012
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  生命情報工学研究センター
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2012-03-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] Rでトランスクリプトーム解析2012
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  2011年度HPCIチュートリアルセミナー
- 発表場所
  生命情報工学研究センター(東京都)
- 年月日
  2012-03-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] Rによるトランスクリプトーム解析～NGS由来塩基配列データを自在に解析する～2012
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会
- 発表場所
  理化学研究所横浜研究所(神奈川)
- 年月日
  2012-02-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] Rによるトランスクリプトーム解析～NGS由来塩基配列データを自在に解析する～2012
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会
- 発表場所
  理化学研究所横浜研究所(神奈川県)
- 年月日
  2012-02-22
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] トランスクリプトーム解析におけるバイオインフォマティクス要素技術-私の相場観-2010
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  日本バイオインフォマティクス学会・第2回アグリバイオインフォマティクス研究会
- 発表場所
  琉球大学(沖縄)
- 年月日
  2010-09-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] RNAseqによる定量的解析とqPCR、マイクロアレイなどとの比較2010
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  新学術領域研究「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」・複合適応形質進化インフォマティクスオープンセミナー
- 発表場所
  金沢大学(石川県)
- 年月日
  2010-12-28
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22128008
[学会発表] トランスクリプトーム解析の一手段としての次世代シーケンサーデータ解析～実演を中心に～2010
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  日本バイオインフォマティクス学会・第2回アグリバイオインフォマティクス研究会
- 発表場所
  琉球大学(沖縄県)
- 年月日
  2010-09-17
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22128008
[学会発表] RNAseqによる定量的解析とqPCR、マイクロアレイなどとの比較2010
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  新学術領域研究「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」・複合適応形質進化インフォマティクスオープンセミナー
- 発表場所
  金沢大学(石川)
- 年月日
  2010-12-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] トランスクリプトーム解析におけるバイオインフォマティクス要素技術～私の相場観～,日本バイオインフォマティクス学会2010
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  第2回アグリバイオインフォマティクス研究会第1部
- 発表場所
  琉球大学(沖縄)
- 年月日
  2010-09-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] RNAseqによる定量的解析とqPCR、マイクロアレイなどとの比較,新学術領域研究「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」2010
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  複合適応形質進化インフォマティクスオープンセミナー
- 発表場所
  金沢大学(石川)
- 年月日
  2010-12-28
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] マイクロアレイ解析の話 : 発現変動遺伝子検出あたりを中心に2009
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  日本バイオインフォマティクス学会・第5回九州地域部会講習会
- 発表場所
  福岡
- 年月日
  2009-02-26
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] 感度・特異度・再現性高く発現変動遺伝子を検出するための推奨ガイドライン2009
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  東京大学ILSI Japan 寄付講座「機能性食品ゲノミクス」公開シンポジウム・食品の機能予測とニュートリゲノミクス
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2009-05-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] マイクロアレイデータ解析結果の正しい?! 解釈について2009
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム・マイクロアレイデータ解析講習会
- 発表場所
  東京
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] IncP-7群プラスミドpCAR1を保持する異種Pseudomonas属細菌の形質およびトランスクリプトーム比較2009
- 著者名/発表者名
  高橋裕里香,新谷政己,徳丸裕樹,門田幸二,原啓文,宮腰昌利,西田洋巳,山根久和,野尻秀昭
- 学会等名
  第3回日本ゲノム微生物学会年会
- 発表場所
  東京
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] 食餌性亜鉛の欠乏がラット小腸の遺伝子発現に与える影響2009
- 著者名/発表者名
  成川真隆,中井雄治,南道子,門田幸二,三坂巧,阿部啓子
- 学会等名
  日本農芸化学会2009年度大会
- 発表場所
  福岡
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] マイクロアレイデータ解析結果の正しい?!解釈について,東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム2009
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  マイクロアレイデータ解析講習会
- 発表場所
  東京大学(東京)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] 感度・特異度・再現性高く発現変動遺伝子を検出するための推奨ガイドライン2009
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  東京大学ILSI Japan寄付講座「機能性食品ゲノミクス」公開シンポジウム・食品の機能予測とニュートリゲノミクス
- 発表場所
  東京大学(東京)
- 年月日
  2009-05-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] マイクロアレイ解析の話:発現変動遺伝子検山あたりを中心に2009
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  日本バイオインフォマティクス学会第5回九州地域部会講習会
- 発表場所
  福岡
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] pCAR1を有することが宿主であるPseudomonas属細菌に鉄欠乏を生じさせる2009
- 著者名/発表者名
  新谷政己,高橋裕里香,徳丸裕樹,門田幸二,原啓文,宮腰昌利,西田洋巳,山根久和,野尻秀昭
- 学会等名
  第3回日本ゲノム微生物学会年会
- 発表場所
  東京
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] トランスクリプトームデータの解析戦略とその周辺2009
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  東京大学大学院農学生命科学研究科第36回アグリバイオインフォマティクスセミナー
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2009-10-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] トランスクリプトームデータの解析戦略とその周辺2009
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  東京大学大学院農学生命科学研究科第36回アグリバイオインフォマティクスセミナー
- 発表場所
  東京大学(東京)
- 年月日
  2009-10-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] マイクロアレイを用いた遺伝子発現解析2009
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  基礎生物学研究所バイオインフォマティクス・トレーニングコース 2009
- 発表場所
  岡崎
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] マイクロアレイデータからの発現変動遺伝子検出法WAD2008
- 著者名/発表者名
  門田幸二,中井雄治,清水謙多郎
- 学会等名
  日本分子生物学会第31会年会(BMB2008)
- 発表場所
  神戸
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] Comparison of methods for detecting differentially expressed genes from microarray data2008
- 著者名/発表者名
  Kadota K., Nakai Y, Shimizu K.
- 学会等名
  日本バイオインフォマティクス学会年会
- 発表場所
  大阪
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] ニュートリゲノミクス研究におけるDNAマイクロアレイ解析戦略2008
- 著者名/発表者名
  中井雄治,門田幸二
- 学会等名
  日本農芸化学会2008年度大会
- 発表場所
  名古屋
- 年月日
  2008-03-29
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] トランスクリプトーム解析手法の開発2008
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  アグリバイオインフォマティクス成果報告シンポジウム
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2008-12-08
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] Comparison of methods for detecting differentially expressed genes from microarray data2008
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  2008年日本バイオインフォマティクス学会年会
- 発表場所
  大阪
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] マイクロアレイデータからの発現変動遺伝子検出法WAD2008
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  日本分子生物学会第31回年会(BMB2008)
- 発表場所
  神戸
- 年月日
  2008-12-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] The effect of quercetin on ER stress at intestinal epithelia2007
- 著者名/発表者名
  Natsume Y, Ito S, Satsu H, Kadota K, Ohsawa K, Shimizu M.
- 学会等名
  3rd International Conference on Polyphenols and Health (ICPH2007)
- 発表場所
  京都
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] A new method for detecting tissue-selective genes from microarray data and its comparative study2007
- 著者名/発表者名
  Kadota K, Ye J, Nakai Y, Terada T, Shimizu K.
- 学会等名
  The University of Tokyo International Symposium "Frontier of Microbial and Plant Biotechnology in Environmental and Life Sciences"
- 発表場所
  東京
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] HiCEPデータのマイクロアレイ様データへの変換:HiCEPもアレイ用解析手法が利用可能です2007
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  放射線医学総合研究所第14回重粒子医科学センター研究交流会
- 発表場所
  千葉
- 年月日
  2007-07-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] Rでお手軽にアレイ解析2007
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  特定領域研究「植物ゲノム障壁」マイクロアレイワークショップ
- 発表場所
  東京
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] Genes Related to the Ubiquitin-Proteasome System Are Up-regulated in the Brown Adipose Tissue of 24 h-Fasted Rats2007
- 著者名/発表者名
  Nakai Y, Hashida H, Kadota K, Minami M, Shimizu K, Matsumoto I, Kato H, Abe K.
- 学会等名
  The University of Tokyo International Symposium "Frontier of Microbial and Plant Biotechnology in Environmental and Life Sciences"
- 発表場所
  東京
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] マイクロアレイ解析手法あれこれ2007
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  日本バイオインフォマティクス学会第2会機能ゲノミクス研究会
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2007-04-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] HiCEPデータのマイクロアレイ様データへの変換 : HiCEPもアレイ用解析手法が利用可能です2007
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  放射線医学総合研究所第14回重粒子医科学センター研究交流会
- 発表場所
  千葉
- 年月日
  2007-07-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19700273
[学会発表] TCC: 頑健な正規化法を実装した発現変動解析用 R パッケージ
- 著者名/発表者名
  孫建強, 西山智明, 清水謙多郎, 門田幸二
- 学会等名
  NGS現場の会第三回研究会
- 発表場所
  神戸国際会議場
- 年月日
  2013-09-04 – 2013-09-05
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22128008
[学会発表] Rでゲノム・トランスクリプトーム解析：CpG解析から機能解析まで
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  HPCI講習会・バイオインフォマティクス実習コース
- 発表場所
  産総研・臨海副都心センター(東京)
- 年月日
  2015-03-05 – 2015-03-06
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] TCC: an R/Bioconductor package for differential expression analysis of RNA-seq data
- 著者名/発表者名
  Sun J, Tang M, Shimizu K, Kadota K
- 学会等名
  8th AYRCOB
- 発表場所
  National Chiao Tung University, HSINCHU TAIWAN
- 年月日
  2015-01-19 – 2015-01-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] A comparison of methods for differential expression detection from multi-group RNA-Seq data
- 著者名/発表者名
  Tang M, Sun J, Kadota K, Shimizu K
- 学会等名
  8th AYRCOB
- 発表場所
  Tung University, HSINCHU TAIWAN
- 年月日
  2015-01-19 – 2015-01-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359
[学会発表] 様々な実験デザインに対応した頑健なRNA-seq発現変動解析パイプラインTCCの開発
- 著者名/発表者名
  孫建強, 西山智明, 清水謙多郎, 門田幸二
- 学会等名
  第36回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  神戸ポートアイランド
- 年月日
  2013-12-03 – 2013-12-06
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22128008
[学会発表] マイクロアレイを用いた遺伝子発現解析
- 著者名/発表者名
  門田幸二
- 学会等名
  基礎生物学研究所バイオインフォマティクス・トレーニングコース2009
- 発表場所
  基礎生物学研究所(愛知)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21710208
[学会発表] Evaluation of methods for differential expression analysis from RNA-seq data
- 著者名/発表者名
  Tang M, Sun J, Kadota K, Shimizu K
- 学会等名
  生命医薬情報学連合大会2014
- 発表場所
  仙台国際センター（宮城）
- 年月日
  2014-10-02 – 2014-10-04
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24500359

1. 重信秀治 (30399555)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
2. 西山智明 (50390688)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 4件
3. 笠原雅弘 (60376605)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 渡辺信 (10396608)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 井上智美 (80435578)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
6. 光田展隆 (80450667)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 山口勝司

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 寺田朋子

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件

門田 幸二 Kadota Koji

研究課題

研究成果

共同研究者

RNA-seqデータの発現変動解析を遺伝子クラスタリングで行う研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ウェブサイト「(Rで)塩基配列解析」の情報更新・拡充研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

ロングリード時代に対応したトランスクリプトームデータ解析ガイドラインの構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

トランスクリプトームとエネルギー代謝から紐解くマングローブの生態ニッチ決定機構

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

シークエンスに基づく比較トランスクリプトーム解析のためのガイドライン構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

非モデル生物におけるゲノム解析法の確立

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

マイクロアレイ解析の再現性・感度・特異度を飛躍的に向上させるデータ解析手法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

全生物種のトランスクリプトーム解析を加速するHiCEPデータ高速解析手法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[図書] RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ（坊農秀雅 編）2019

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

ISBN

データソース

[図書] シリーズ Useful R 第7巻 トランスクリプトーム解析2014

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[図書] トランスクリプトーム解析2014

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[図書] ニュートリゲノミクスを基盤としたバイオマーカーの開発・「トランスクリプトミクスの推奨データ解析ガイドライン」2013

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[図書] Clustering-based peak alignment algorithm for objective and quantitative analysis of DNA fingerprinting data. Handbook of Molecular Microbial Ecology I : Metagenomics and complementary approaches2011

著者名/発表者名

出版者

データソース

[図書] データ解析総論,バイオチップ実用化ハンドブック2010

著者名/発表者名

出版者

門田幸二 Kadota Koji

[図書] RNA-Seqデータ解析　WETラボのための鉄板レシピ（坊農秀雅編）2019

[図書] シリーズ Useful R 第7巻トランスクリプトーム解析2014

[図書] 有意差検定とマーカー遺伝子の意義(他),(藤渕航・堀本勝久/編)実験医学別冊マイクロアレイデータ統計解析プロトコール2008

[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法第21回シミュレーションデータの生成2023

[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法第20回 RNA-seqカウントデータの性質と統計モデル2023

[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法：第18回遺伝子発現データのクラスタリング2022

[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法第19回 R Markdown2022

[雑誌論文] 次世代シーケンサーデータの解析手法第 15 回 RNA-seq 解析（その3）2020