大山拓次 OYAMA Takuji

研究者番号	60423133
その他のID	https://orcid.org/0000-0002-3411-7608
所属 (現在)	2025年度: 山梨大学, 大学院総合研究部, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2023年度: 山梨大学, 大学院総合研究部, 教授 2018年度 – 2020年度: 山梨大学, 大学院総合研究部, 准教授 2015年度 – 2016年度: 山梨大学, 総合研究部, 准教授 2015年度: 山梨大学, 准教授 2015年度: 山梨大学, 医学工学総合研究部, 准教授 … もっと見る 2014年度: 山梨大学, 総合研究部, 助教 2013年度: 山梨大学, 医学工学総合研究部, 助教 2008年度 – 2010年度: 大阪大学, 蛋白質研究所, 特任研究員 2007年度: 大阪大学, 蛋白質研究所, 寄附研究部門助教 2006年度: 大阪大学, 蛋白質研究所, 寄附研究部門助手隠す
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43020:構造生物化学関連 / 構造生物化学研究代表者以外中区分64:環境保全対策およびその関連分野 / 生命・健康・医療情報学 / 構造生物化学
キーワード	研究代表者結晶構造解析 / DNA複製 / 古細菌 / Ｘ線結晶構造解析 / DNAポリメラーゼD / X線結晶構造解析 / CMGヘリカーゼ複合体 / 超好熱古細菌 / CMGヘリカーゼ / タンパク質DNA複合体 … もっと見る研究代表者以外 … もっと見る立体構造解析 / 共生微生物 / 糖化酵素 / バイオマス / 高分子構造・物性アルゴリズム / 生体超分子構造 / アルゴリズム / 高分子構造・物性 / 分子機械 / 生体生命情報学 / クランプ / DNA複製 / 単粒子解析 / 立体構造 / 複合体 / 画像解析 / 生物物理 / 可視化 / 生体分子 / ナノバイオ / 電子顕微鏡 / プロテオミクス / 核磁気共鳴 / X線結晶構造解析 / 転写共役因子 / 脂肪酸代謝物 / 転写制御 / 脂肪酸 / 転写調節因子 / 蛋白質立体構造 / 脂質代謝物 / 核内受容体 / ホメオスターシス隠す

難培養性微生物の木質分解酵素の機能解明とバイオマス利用技術の基盤創出
- 研究代表者
  
  野田悟子
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 審査区分
  
  中区分64:環境保全対策およびその関連分野
- 研究機関
  茨城大学
古細菌CMGヘリカーゼとDNAポリメラーゼDの相互作用に関する構造生物学的研究研究代表者
- 研究代表者
  
  大山拓次
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2020
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分43020:構造生物化学関連
- 研究機関
  山梨大学
クランプローダーＲＦＣによるクランプＰＣＮＡ装てん機構の構造生物学的研究研究代表者
- 研究代表者
  
  大山拓次
- 研究期間 (年度)
  2014 – 2016
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  構造生物化学
- 研究機関
  山梨大学
生体分子構造データのグラフによる統一の試み
- 研究代表者
  
  白井剛
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2015
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  長浜バイオ大学
クランプによるレプリソームの制御機構の機能構造連関の研究
- 研究代表者
  
  真柳浩太
- 研究期間 (年度)
  2012 – 2015
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  構造生物化学
- 研究機関
  九州大学
生体内代謝産物をモニターする転写制御機構の構造基盤
- 研究代表者
  
  森川耿右
- 研究期間 (年度)
  2006 – 2010
- 研究種目
  
  学術創成研究費
- 研究機関
  大阪大学

[雑誌論文] Family D DNA polymerase interacts with GINS to promote CMG-helicase in the archaeal replisome.2022
- 著者名/発表者名
  Oki, K., Nagata, M., Yamagami, T., Numata, T., Ishino, S., Oyama, O., and Ishino, Y.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res.
  
  巻: 50 号: 7 ページ: 3601-3615
- DOI
  10.1093/nar/gkab799
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K22289, KAKENHI-PROJECT-20H02916, KAKENHI-PROJECT-20J12260, KAKENHI-PROJECT-20K21281, KAKENHI-PROJECT-18K06081
[雑誌論文] Preparation of co-crystals of human PPARα-LBD and ligand for high-resolution X-ray crystallography2021
- 著者名/発表者名
  Kamata Shotaro、Oyama Takuji、Ishii Isao
- 雑誌名
  
  STAR Protocols
  
  巻: 2 号: 1 ページ: 100364-100364
- DOI
  10.1016/j.xpro.2021.100364
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K16359, KAKENHI-PROJECT-18K06081
[雑誌論文] A crystallization and preliminary X-ray diffraction study of the Arabidopsis thaliana proliferating cell nuclear antigen (PCNA2) alone and in a complex with a PIP-box peptide from Flap endonuclease 12020
- 著者名/発表者名
  Kowalska Ewa、Strza?ka Wojciech、Oyama Takuji
- 雑誌名
  
  Acta Biochimica Polonica
  
  巻: 67 ページ: 49-52
- DOI
  10.18388/abp.2020_2896
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06081
[雑誌論文] PPARα Ligand-Binding Domain Structures with Endogenous Fatty Acids and Fibrates2020
- 著者名/発表者名
  Kamata Shotaro、Oyama Takuji、Saito Kenta、Honda Akihiro、Yamamoto Yume、Suda Keisuke、Ishikawa Ryo、Itoh Toshimasa、Watanabe Yasuo、Shibata Takahiro、Uchida Koji、Suematsu Makoto、Ishii Isao
- 雑誌名
  
  iScience
  
  巻: 23 号: 11 ページ: 101727-101727
- DOI
  10.1016/j.isci.2020.101727
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K16359, KAKENHI-PROJECT-18K06081, KAKENHI-PROJECT-17H06170
[雑誌論文] Direct visualization of DNA baton pass between replication factors bound to PCNA2018
- 著者名/発表者名
  Mayanagi Kouta、Ishino Sonoko、Shirai Tsuyoshi、Oyama Takuji、Kiyonari Shinichi、Kohda Daisuke、Morikawa Kosuke、Ishino Yoshizumi
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 8 号: 1 ページ: 16209-16209
- DOI
  10.1038/s41598-018-34176-2
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K05442, KAKENHI-PROJECT-18K06081, KAKENHI-PROJECT-17H01818, KAKENHI-PROJECT-18K06089
[雑誌論文] 細胞内の巨大な分子モーター「ダイニン」の構造解析2016
- 著者名/発表者名
  大山拓次、栗栖源嗣、昆隆英
- 雑誌名
  
  放射光
  
  巻: 29 ページ: 82-89
- NAID
  40020850525
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26440023
[雑誌論文] Atomic structure of an archaeal GAN suggests its dual roles as an exonuclease in DNA repair and a CMG component in DNA replication.2016
- 著者名/発表者名
  Oyama, T., Ishino, S., Shirai, T., Yamagami, T., Nagata, M., Ogino, H., Kusunoki, M., and Ishino, Y.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids, Res.
  
  巻: 44 号: 19 ページ: 9509-9517
- DOI
  10.1093/nar/gkw789
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26242075, KAKENHI-PROJECT-16J02633, KAKENHI-PROJECT-26440023
[雑誌論文] Peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARgamma) has multiple binding points that accommodate ligands in various conformations: Structurally similar PPARgamma partial agonists bind to PPARgamma LBD in different conformations2015
- 著者名/発表者名
  Ohashi M, Gamo K, Oyama T, Miyachi H
- 雑誌名
  
  Bioorg Med Chem Lett
  
  巻: 25 号: 14 ページ: 2758-2762
- DOI
  10.1016/j.bmcl.2015.05.025
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26440023, KAKENHI-PROJECT-24370046
[雑誌論文] Different structures of the two peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARγ) ligand-binding domains in homodimeric complex with partial agonist, but not full agonist2015
- 著者名/発表者名
  M. Ohashi, T. Oyama, H. Miyachi
- 雑誌名
  
  Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters
  
  巻: - 号: 13 ページ: 2639-2644
- DOI
  10.1016/j.bmcl.2015.04.076
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12J07435, KAKENHI-PROJECT-26440023, KAKENHI-PROJECT-24370046
[雑誌論文] Modification of Chimeric (2S, 3S)-butanediol dehydrogenase based on structural information.2015
- 著者名/発表者名
  Shimegi T, Mochizuki K, Oyama T, Ohtsuki T, Kusunoki M, Ui S
- 雑誌名
  
  Protein Pept Lett
  
  巻: 22 ページ: 226-233
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26440023
[雑誌論文] Integrated molecular mechanism directing nucleosome reorganization by human FACT2015
- 著者名/発表者名
  Tsunaka Y, Fujiwara Y, Oyama T, Hirose S, Morikawa K
- 雑誌名
  
  Genes Dev
  
  巻: 30(6) 号: 6 ページ: 673-686
- DOI
  10.1101/gad.274183.115
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046, KAKENHI-PROJECT-26251008, KAKENHI-PROJECT-26440023
[雑誌論文] Structural design and synthesis of arylalkynyl amide-type peroxisome proliferator-activated receptor γ (PPARγ)-selective antagonists based on the helix12-folding inhibition hypothesis.2015
- 著者名/発表者名
  M. Ohashi, K. Gamo, Y. Tanaka, M. Waki, Y. Beniyama, K. Matsuno, J. Wada, M. Tenta, J. Eguchi, M. Makishima, N. Matsuura, T. Oyama, H. Miyachi.
- 雑誌名
  
  European Journal of Medicinal Chemistry
  
  巻: 90 ページ: 53-67
- DOI
  10.1016/j.ejmech.2014.11.017
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12J07435, KAKENHI-PROJECT-24370046, KAKENHI-PROJECT-26440023
[雑誌論文] Modification of Chimeric (2S, 3S)-butanediol dehydrogenase based on structural information2014
- 著者名/発表者名
  Shimegi T, Mochizuki K, Oyama T, Kusunoki M, Ui S
- 雑誌名
  
  Protein Pept Lett
  
  巻: 22 ページ: 226-233
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[雑誌論文] Purification and characterization of a protease from Isaria cicadae2014
- 著者名/発表者名
  Takekawa C, Nakamura K, Homma H, Oyama T
- 雑誌名
  
  Mushroom Science and Biotechnology
  
  巻: 22 ページ: 74-78
- NAID
  110009863113
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of domain chimeric L-(2S, 3S)-butanediol dehydrogenase2014
- 著者名/発表者名
  Shimegi T, Oyama T, Ohtsuki T, Kurisu G, Kusunoki M, Ui S
- 雑誌名
  
  Acta Cryst F
  
  巻: 70 号: 4 ページ: 461-463
- DOI
  10.1107/s2053230x13032755
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046, KAKENHI-PROJECT-25280109, KAKENHI-PROJECT-26440023
[雑誌論文] Molecular dynamics study-guided identification of cyclic amine structures as novel hydrophobic tail components of hPPARγ agonists2014
- 著者名/発表者名
  Tanaka Y, Gamo K, Oyama T, Ohashi M, Waki M, Matsuo K, Matsuura N, Tokiwa H, Miyachi H
- 雑誌名
  
  Bioorg Med Chem
  
  巻: 24 号: 16 ページ: 4001-4005
- DOI
  10.1016/j.bmcl.2015.06.023
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[雑誌論文] Disordered interdomain region of Gins is important for functional tetramer formation to stimulate MCM helicase in Thermoplasma acidophilum2014
- 著者名/発表者名
  Ogino H, Ishino S, Oyama T, Kohda D, Ishino Y
- 雑誌名
  
  Biosci Biotechnol Biochem
  
  巻: 79 号: 3 ページ: 432-438
- DOI
  10.1080/09168451.2014.982503
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046, KAKENHI-PROJECT-26242075, KAKENHI-PROJECT-26440023, KAKENHI-PROJECT-12J03099
[雑誌論文] Revealing the intracellular ultrastructure of filopodia with cryo-electron tomography.2014
- 著者名/発表者名
  Shinji Aramaki, Kouta Mayanagi, Kazuhiro Aoyama and Takuo Yasunaga
- 雑誌名
  
  Microscopy (Oxf) Suppl.
  
  巻: 63 号: suppl 1 ページ: 133-134
- DOI
  10.1093/jmicro/dfu071
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-14J06623, KAKENHI-PROJECT-24370046, KAKENHI-PROJECT-25280109
[雑誌論文] Purification and characterization of a protease from Isaria cicadae2014
- 著者名/発表者名
  Takekawa C, Nakamura K, Homma H, Oyama T
- 雑誌名
  
  Mushroom Science and Biotechnology
  
  巻: 22 ページ: 74-78
- NAID
  110009863113
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26440023
[雑誌論文] Molecular dynamics study-guided identification of cyclic amine structures as novel hydrophobic tail components of hPPARγ agonists.2014
- 著者名/発表者名
  Y. Tanaka, K. Gamo, T. Oyama, M. Ohashi, M. Waki, K. Matsuno, N. Matsuura, H. Tokiwa, H. Miyachi.
- 雑誌名
  
  Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters
  
  巻: 24 号: 16 ページ: 4001-4005
- DOI
  10.1016/j.bmcl.2014.06.023
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12J07435, KAKENHI-PROJECT-25460157, KAKENHI-PROJECT-26440023
[雑誌論文] Structure of the entire stalk region of the dynein motor domain2014
- 著者名/発表者名
  Yosuke Nishikawa, Takuji Oyama, Narutoshi Kamiya, Takahide Kon, Yoko Y. Toyoshima, Haruki Nakamura, Genji Kurisu
- 雑誌名
  
  Journal of Molecular Biology
  
  巻: 426 号: 19 ページ: 3232-3245
- DOI
  10.1016/j.jmb.2014.06.023
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-24118001, KAKENHI-PLANNED-24118008, KAKENHI-PROJECT-24370046, KAKENHI-PUBLICLY-25113504, KAKENHI-PUBLICLY-25117503, KAKENHI-PROJECT-25280109, KAKENHI-PROJECT-25291031, KAKENHI-PROJECT-25440070, KAKENHI-PROJECT-26291014, KAKENHI-PROJECT-26291034, KAKENHI-PROJECT-26440023
[雑誌論文] Crystal Structures Of Copper-Depleted And Copper-Bound Fungal Pro-Tyrosinase: Insights Into Endogenous Cysteine-Dependent Copper Incorporation2013
- 著者名/発表者名
  Shinobu Itoh, et al.
- 雑誌名
  
  J. Biol.Chem.
  
  巻: 288 号: 30 ページ: 22128-22140
- DOI
  10.1074/jbc.m113.477612
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22105007, KAKENHI-PROJECT-24370046, KAKENHI-PROJECT-24655153, KAKENHI-PROJECT-25620044
[雑誌論文] Design and synthesis of a series of a-benzyl phenylpropanoic acid-type peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) gamma partial agonists with improved a queous solubility.2013
- 著者名/発表者名
  Masao Ohashi, et.al.
- 雑誌名
  
  Bioorg. Med Chem.
  
  巻: 21 号: 8 ページ: 2319-2332
- DOI
  10.1016/j.bmc.2013.02.003
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12J07435, KAKENHI-PROJECT-23247016, KAKENHI-PROJECT-23390329, KAKENHI-PROJECT-23590128, KAKENHI-PROJECT-24370046
[雑誌論文] Mutational and Structural Analyses of Caldanaerobius polysaccharolyticus Man5B Reveal Novel Active Site Residues for Family 5 Glycoside Hydrolases2013
- 著者名/発表者名
  Takuji Oyama, George E Schmitz, Dylan Dodd, Yejun Han, Alanna Burnett, Naoko Nagasawa, Roderick I Mackie, Haruki Nakamura, Kosuke Morikawa, & Isaac Cann
- 雑誌名
  
  PLoS ONE.
  
  巻: 8 号: 11 ページ: e80448-e80448
- DOI
  10.1371/journal.pone.0080448
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23247016, KAKENHI-PROJECT-23370071, KAKENHI-PROJECT-24370046
[雑誌論文] Bidirectional fluorescence properties of pyrene-based peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) α/δ dual agonist.2012
- 著者名/発表者名
  Shintaro Ban　他７名
- 雑誌名
  
  Bioorganic & Medicinal Chemistry
  
  巻: 20 号: 11 ページ: 3460-3464
- DOI
  10.1016/j.bmc.2012.04.015
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22249006, KAKENHI-PROJECT-23247016, KAKENHI-PROJECT-23590128, KAKENHI-PROJECT-24370046
[雑誌論文] Detecting structural similarity of ligand interactions in the lipid metabolic system including enzymes, lipid-binding proteins and nuclear receptors.2011
- 著者名/発表者名
  Shionyu-Mitsuyama, C., Waku, T., Shiraki, T., Oyama, T., Shirai, T., Morikawa, K.
- 雑誌名
  
  Protein Eng Des Sel 24
  
  ページ: 397-403
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Design, Synthesis, and Structural analysis of phenylpropanoic acid-Type PPARy-selective agonists : discovery of reversed stereochemistry-activity relationship.2011
- 著者名/発表者名
  Ohashi, M., Oyama, T., Nakagome, I., Satoh, M., Nishino, Y., Nobusada, H., Hirono, S., Morikawa, K., Hashimoto, Y., Miyachi, H.
- 雑誌名
  
  JMed Chem 54
  
  ページ: 331-341
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] The nuclear receptor PPARy individually responds to serotonin-and fatty acid-metabolites.2010
- 著者名/発表者名
  Waku, T., Shiraki, T., Oyama, T., Maebara, K., Nakamori, R., Morikawa, K.
- 雑誌名
  
  EMBO J 29
  
  ページ: 3395-3407
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Structural insight into PPARy activation through covalent modification with endogenous fatty acids.2009
- 著者名/発表者名
  Waku, T., Shiraki, T., Oyama, T., Fujimoto, Y., Maebara, K., Kamiya, N., Jingami, H., Morikawa, K.
- 雑誌名
  
  J Mol Biol 385
  
  ページ: 188-199
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Structural determinant for switching between the polymerase and exonuclease modes in the PCNA-replicative DNA polymerase complex2009
- 著者名/発表者名
  Nishida, H., Mayanagi, K., Kiyonari, S., Sato, Y., Oyama, T., Ishino, Y., Morikawa, K.
- 雑誌名
  
  Proc Natl Acad Sci USA. 106(49)
  
  ページ: 20693-20698
- NAID
  10026599264
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Crystal structures of the Arabidopsis thaliana proliferating cell nuclear antigen 1 and 2 proteins complexed with the human p21 c-terminal segment2009
- 著者名/発表者名
  Strzalka, W., Oyama, T., Tori, K., Morikawa, K.
- 雑誌名
  
  Protein Science (In press)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Structural insight into PPARgamma activation through covalent modification with endogenous fatty acids2009
- 著者名/発表者名
  Waku, T., Shiraki, T., Oyama, T., Fujimoto, Y., Maebara, K., Kamiya, N., Jingami, H., Morikawa, K.
- 雑誌名
  
  J Mol Biol 385
  
  ページ: 188-199
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Atomic structure of mutant PPARγ LBD complexed with 15d-PGJ2: novel modulation mechanism of PPARy/RXRa function by covalently bound ligands.2009
- 著者名/発表者名
  Waku, T., Shiraki, T., Oyama, T., Morikawa, K.
- 雑誌名
  
  FEBS Lett. 583
  
  ページ: 320-324
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Adaptability and selectivity of the human peroxisome profilerator-activated receptor(PPAR)pan agonists revealed from crystal structures2009
- 著者名/発表者名
  Oyama, T., Toyota, K., Waku, T., Hirakawa, Y., Nagasawa, N., Kasuga, J., Hashimoto, Y., Miyachi, H., Morikawa, K.
- 雑誌名
  
  Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 65
  
  ページ: 786-795
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Atomic structures and functional implications of the archaeal RecQ-like helicase Hjm2009
- 著者名/発表者名
  Oyama, T., Oka, H., Mayanagi, K., Shirai, T., Matoba, K., Fujikane, R., Ishino, Y., Morikawa, K.
- 雑誌名
  
  BMC Struct Biol 9
  
  ページ: 1-12
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Structural insight into PPARγ activation through covalent modification with endogenous fatty acids2009
- 著者名/発表者名
  Waku, T., Shiraki, T., Oyama, T., Fujimoto, Y., Maebara, K., Kamiya, N., Jingami, H. & Morikawa, K.
- 雑誌名
  
  J. Mol. Biol. 385
  
  ページ: 188-199
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Atomic structure of mutant PPARgamma LBD complexed with 15d-PGJ2: novel modulation mechanism of PPARgamma/RXRalpha function by covalently bound ligands2009
- 著者名/発表者名
  Waku, T., Shiraki T., Oyama T., Morikawa. K.
- 雑誌名
  
  FEBS Lett 583
  
  ページ: 320-324
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Atomic structures and functional implications of the archaeal RecQ-like helicase Hjm.2009
- 著者名/発表者名
  Oyama, T., Oka, H., Mayanagi, K., Shirai, T., Matoba, K., Fujikane, R., Ishino, Y., Morikawa, K.
- 雑誌名
  
  BMC Struct.Biol. 9
  
  ページ: 2-2
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Crystal structures of the Arabidopsis thaliana proliferating cell nuclear antigen 1 and 2 proteins complexed with the human p21 C-terminal segment.2009
- 著者名/発表者名
  Strzalka, W., Oyama, T., Tori, K., Morikawa, K.
- 雑誌名
  
  Protein Sci 18
  
  ページ: 1072-1080
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Atomic structure of mutant PPARγLBD complexed with 15d-PGJ2 : novel modulation mechanism of PPARγ/RXRαfunction by covalently bound ligands2009
- 著者名/発表者名
  Waku, T., Shiraki, T., Oyama, T. & Morikawa, K.
- 雑誌名
  
  FEBS Lett. 583
  
  ページ: 320-324
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Design and Synthesis of Peroxisome Proliferator-activated Receptor(PPAR)Delta Agonists and Its Implication to the Driving Force to Elicit PPAR Delta Selectivity2009
- 著者名/発表者名
  Kasuga, J., Oyama, T., Nakagome, I., Aoyama, A., Sako, K., Makishima, M., Hirono, S., Morikawa, K., Hashimoto, Y., Miyachi, H.
- 雑誌名
  
  Yakugaku Zasshi 129
  
  ページ: 709-718
- NAID
  130000136176
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] The chromosomal association of condensin II is regulated by a noncatalytic function of PP2A2009
- 著者名/発表者名
  Takemoto A, Maeshima K, Ikehara T, Yamaguchi K, Murayama A, Imamura S, Imamoto N, Yokoyama S, Hirano T, Watanabe Y, Hanaoka F, Yanagisawa J, Kimura K.
- 雑誌名
  
  Nature Structural & Molecular Biology 16
  
  ページ: 1302-1308
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Crystal structures of the Arabidopsis thaliana proliferating cell nuclear antigen 1 and 2 proteins complexed with the human p21 C-terminal segment2009
- 著者名/発表者名
  Strzalka, W., Oyama, T., Tori, K., Morikawa, K.
- 雑誌名
  
  Protein Sci 18
  
  ページ: 1072-1080
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Improvement of the transactivation activity of phenylpropanoic acid-type peroxisome proliferator-activated receptor pan agonists : effect of introduction of fluorine at the linker part.2008
- 著者名/発表者名
  Kasuga, J., Oyama, T., Hirakawa, Y., Makishima, M., Morikawa, K., Hashimoto, Y., Miyachi, H.
- 雑誌名
  
  Bioorg Med Chem Lett 18
  
  ページ: 4525-4528
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Structure-based design and synthesis of fluorescent PPARalpha/delta co-agonist and its application as a probe for fluorescent polarization assay of PPARdelta ligands2008
- 著者名/発表者名
  Araya, Y., Kasuga, J., Toyota, K., Hirakawa, Y., Oyama, T., Makishima, M., Morikawa, K., Hashimoto, Y., Miyachi, H.
- 雑誌名
  
  Chem Pharm Bull (Tokyo) 56
  
  ページ: 1357-1359
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) agonists with a 3, 4-dihydro-2H-benzo [e] [1, 3] oxazine and 2, 3, 4, 5-tetrahydrobenzo [f] [1, 4] oxazepine skeleton: effects of cyclization of linker moiety on PPAR-agonistic activity2008
- 著者名/発表者名
  Ohgane, K., Kasuga, J., Oyama, T., Hirakawa, Y., Morikawa, K., Makishima, M., Hashimoto, Y., Miyachi, H.
- 雑誌名
  
  Heterocycles 75
  
  ページ: 2187-2192
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Determination of the critical amino acids involved in the peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) delta selectivity of phenylpropanoic acid-derived agonists2008
- 著者名/発表者名
  Kasuga, J., Oyama, T., Nakagome, I., Makishima, M., Hirono, S., Morikawa, K., Hashimoto, Y., Miyachi, H.
- 雑誌名
  
  ChemMedChem 3
  
  ページ: 1662-1666
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Determination of the critical amino acids involved in the peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) delta selectivity of phenylpropanoic acid-derived agonists.2008
- 著者名/発表者名
  Kasuga, J., Oyama, T., Nakagome, I., Makishima, M., Hirono, S., Morikawa, K., Hashimoto, Y., Miyachi, H.
- 雑誌名
  
  ChemMedChem 3
  
  ページ: 1662-1666
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Improvement of the transactivation activity of phenylpropanoic acid-type per oxisome proliferator-activated receptor pan agonists: effect of introduction of fluorine at the linker part2008
- 著者名/発表者名
  Kasuga, J., Oyama, T., Hirakawa, Y., Makishima, M., Morikawa, K., Hashimoto, Y., Miyachi, H.
- 雑誌名
  
  Bioorg Med Chem Lett 18
  
  ページ: 4525-4528
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Analysis of the role of Aurora B on the chromosomal targeting of condensin I.2007
- 著者名/発表者名
  Takemoto, A., Muravama, A., Katano, M., Urano, T., Furukawa, K., Yokoyama, S., Yanagisawa, J., Hanaoka, F., Kimura, K.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res 35
  
  ページ: 2403-2412
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[雑誌論文] Crystal structures of autoinhibitory PDZ domain of Tamalin : implications for metabotropic glutamate receptor trafficking regulation.2007
- 著者名/発表者名
  Sugi, T., Oyama, T., Muto, T., Nakanishi, S., Morikawa, K., Jingami, H.
- 雑誌名
  
  EMBO J 26
  
  ページ: 2192-2205
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[学会発表] 結晶構造解析より明らかになったブタンジオール生産に重要なSerratia marcescens ニコチンアミダーゼの多量体構造2019
- 著者名/発表者名
  大山拓次、大槻隆司
- 学会等名
  日本結晶学会　2019年度年会ポスター
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06081
[学会発表] ブタンジオール生産能に関わるSerratia marcescens由来ニコチンアミダーゼのX 線結晶構造解析2019
- 著者名/発表者名
  大山拓次、大槻隆司
- 学会等名
  日本微生物生態学会　第33回大会ポスター
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K06081
[学会発表] 結晶構造から明らかになった古細菌GANのDNA複製でのCMG因子および修復でのヌクレアーゼとしての2つの役割2016
- 著者名/発表者名
  大山拓次、石野園子、白井剛、山上健、永田麻梨子、尾木野弘実、楠木正巳、石野良純
- 学会等名
  第39回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜（横浜市西区）
- 年月日
  2016-11-30
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26440023
[学会発表] Activation mechanism of the replicative helicase in the thermophilic archaeon, Thermoplasma acidophilum2013
- 著者名/発表者名
  Hiromi Ogino, Sonoko Ishino, Kouta Mayanagi, Takuji Oyama, Tsuyoshi Shirai, Kosuke Morikawa, Gyri Teien Haugland, Nils-Kare Birkeland, Daisuke Kohda, Yoshizumi Ishino
- 学会等名
  Thermophiles 2013
- 発表場所
  Regensburg, Germany
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] 核内受容体PPARδリガンド結合ドメインとパーシャルアゴニストJK122の複合体結晶構造2013
- 著者名/発表者名
  大山拓次、中村仁美、春日淳一、宮地弘幸、楠木正巳
- 学会等名
  平成25年度日本生化学会関東支部例会
- 発表場所
  山梨
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] ダイニンモータードメインのX線構造解析2013
- 著者名/発表者名
  昆隆英、大山拓次、下-昆理恵子、須藤和夫、栗栖源嗣
- 学会等名
  第13回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  鳥取
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] 組み替えhuman poly(ADP-ribose) polymerase 1の精製とその立体構造解析2013
- 著者名/発表者名
  Kenichi Koyama, Takayuki Eguchi, Hiroyuki Morita, Kazuo Kamemura, Yoshisuke Nishi, Masanao Miwa Tsuyoshi Shirai
- 学会等名
  生物物理学会年会
- 発表場所
  京都
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] Activation mechanism of the replicative helicase in the thermophilic archaeon, Thermoplasma acidophilum2013
- 著者名/発表者名
  Ogino H, Ishino S, Mayanagi K, Oyama T, Shirai T, Morikawa K, Haugland GT, Birkeland NK, Kohda D, Ishino Y
- 学会等名
  Thermophiles 2013
- 発表場所
  Regensburg, Germany
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25280109
[学会発表] Divergently evolved activation mechanism of the replicative helicase in the thermophilic archaeon, Thermoplasma acidophilum2013
- 著者名/発表者名
  Hiromi Ogino, Sonoko Ishino, Kouta Mayanagi, Takuji Oyama, Tsuyoshi Shirai, Kosuke Morikawa, Gyri Teien Haugland, Nils-Kare Birkeland, Daisuke Kohda, Yoshizumi Ishino
- 学会等名
  第36回日本分子生物学会
- 発表場所
  神戸
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] 核内受容体PPARγリガンド結合ドメインとスルホン酸含有新規パーシャルアゴニストの複合体結晶構造2013
- 著者名/発表者名
  大山拓次、大橋雅生、宮地弘幸、楠木正巳
- 学会等名
  第36回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  神戸
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] 好熱性アーキアThermoplasma acidophilumにおける複製ヘリカーゼ活性化機構の分岐進化2013
- 著者名/発表者名
  尾木野弘実, 石野園子, 真柳浩太, 大山拓次, 白井剛, 森川耿右, Haugland Gyri Teien, Birkeland Nils-Kare, 神田大輔, 石野良純
- 学会等名
  第１４回極限環境生物学会
- 発表場所
  川崎
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] Divergently evolved activation mechanism of the replicative helicase in the thermophilic archaeon, Thermoplasma acidophilum2013
- 著者名/発表者名
  Ogino H, Ishino S, Mayanagi K, Oyama T, Shirai T, Morikawa K, Haugland GT, Birkeland NK, Kohda D, Ishino Y
- 学会等名
  第36回日本分子生物学会
- 発表場所
  神戸, 兵庫県
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25280109
[学会発表] 組み替えhuman poly(ADP-ribose) polymerase 1の精製と予備的構造解析2013
- 著者名/発表者名
  Kenichi Koyama, Kouta Mayanagi, Takayuki Eguchi, Hiroyuki Morita, Kazuo Kamemura, Yoshisuke Nishi, Masanao Miwa Tsuyoshi Shirai
- 学会等名
  第８６回日本生化学会大会
- 発表場所
  横浜
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] 好熱性アーキアThermoplasma acidophilumにおける複製ヘリカーゼ活性化機構の分岐進化2013
- 著者名/発表者名
  尾木野弘実, 石野園子, 真柳浩太, 大山拓次, 白井剛, 森川耿右, Haugland Gyri Teien, Birkeland Nils-Kare, 神田大輔, 石野良純
- 学会等名
  第１４回極限環境生物学会
- 発表場所
  川崎, 神奈川県
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25280109
[学会発表] 線菌Saccharopolyspora rectivirgula由来の耐熱性β-ガラクトシダーゼ酵素の結晶構造生物2012
- 著者名/発表者名
  渡辺慎太郎、大山拓次、竹内耕平、中山亨、楠木正巳
- 学会等名
  第85回日本生化学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場、マリンメッセ福岡
- 年月日
  2012-12-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] Thermoplasma acidophilum由来Cdc6/Orclとホモ4量体のGINSによるMCMとの相乗的な活性化2012
- 著者名/発表者名
  尾木野弘実、石野園子、真柳浩太、大山拓次、白井剛、森川耿右、Gyri Teien Haugland、Nils-Kare Birkeland、石野良純
- 学会等名
  第35回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場、マリンメッセ福岡
- 年月日
  2012-12-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] 新規セントロメア特異的ヒストン様複合体CENP-TWSXの構造機能解析2012
- 著者名/発表者名
  西野達哉、竹内康造、Karen Gascoigne、鈴木應志、堀哲也、大山拓次、森川耿右、Iain Cheeseman、深川竜郎
- 学会等名
  第12回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  名古屋国際会議場
- 年月日
  2012-06-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] 放線菌Saccharopolyspora rectivirgula由来の耐熱性β-ガラクトシダーゼ野生型酵素の結晶構造解析2012
- 著者名/発表者名
  渡辺慎太郎、大山拓次、竹内耕平、中山亨、楠木正巳
- 学会等名
  平成24年度日本結晶学会年会
- 発表場所
  東北大学片平キャンパス
- 年月日
  2012-10-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] Structural basis for the activation of the nuclear receptor, PPARgamma, by fatty acid-and serotonin metabolites2012
- 著者名/発表者名
  Tsuyoshi Waku, Takuma Shiraki, Takuji Oyama, Clara Shinyu, Kosuke Morikawa
- 学会等名
  第85回日本生化学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場、マリンメッセ福岡
- 年月日
  2012-12-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] ダイニンモータードメインの2.8-Å結晶構造2012
- 著者名/発表者名
  昆隆英、大山拓次、下一昆理恵子、須藤和夫、栗栖源嗣
- 学会等名
  第12回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  名古屋国際会議場
- 年月日
  2012-06-20
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] モータータンパク質ダイニンに特徴的なストーク領域の構造研究2012
- 著者名/発表者名
  西河洋祐、大山拓次、枝松正樹、豊嶋陽子、昆隆英、栗栖源嗣
- 学会等名
  平成24年度日本結晶学会年会
- 発表場所
  東北大学片平キャンパス
- 年月日
  2012-10-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] Structural basis for the activation of the nuclear receptor, PPARgamma, by fatty acid-and serotonin metabolites2010
- 著者名/発表者名
  和久剛、白木琢磨、大山拓次、森川耿右
- 学会等名
  Korea-Japan Chromatin & Epigenetics Joint Symposium 2010
- 発表場所
  Hyundai sungwoo resort, Hoengseong Gun(韓国)
- 年月日
  2010-01-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[学会発表] ヒト由来PPARαと蛍光性アゴニストとの複合体の構造2009
- 著者名/発表者名
  大山拓次、長沢奈央子、宮地弘幸、森川耿右
- 学会等名
  第32回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  パシフィコ横浜(横浜)
- 年月日
  2009-12-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[学会発表] RecQに関連する古細菌由来Hjmヘリカーゼの結晶構造とその機能2009
- 著者名/発表者名
  大山拓次、真柳浩太、白井剛、藤兼亮輔、石野良純、森川耿右
- 学会等名
  第9回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本)
- 年月日
  2009-05-21
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[学会発表] リガンドの共通部分構造を認識する脂質シグナル系タンパク質部位の探索2008
- 著者名/発表者名
  塩生くらら、和久剛、大山拓次、白木琢磨、白井剛、森川耿右
- 学会等名
  第46回日本生物物理学会年会
- 発表場所
  福岡国際会議場
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[学会発表] リガンドの共通部分構造を認識する脂質シグナル系タンパク質部位の探索2008
- 著者名/発表者名
  塩生くらら、和久剛、大山拓次、白木琢磨、白井剛、森川耿右
- 学会等名
  第8回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  タワーホール船堀
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18GS0316
[学会発表] 大豆イソフラボングルコシルトランスフェラーゼGmIF7GTの結晶構造解析
- 著者名/発表者名
  桑名美貴子、楠木正巳、大山拓次、中山亨
- 学会等名
  平成26年度日本結晶学会年会
- 発表場所
  東京大学農学部（東京都文京区）
- 年月日
  2014-11-01 – 2014-11-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26440023
[学会発表] 大豆イソフラボングルコシルトランスフェラーゼGmIF7GTの結晶構造解析
- 著者名/発表者名
  桑名美貴子、楠木正巳、大山拓次、中山亨
- 学会等名
  平成26年度日本結晶学会年会
- 発表場所
  東京大学、東京
- 年月日
  2014-11-01 – 2014-11-03
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] 大豆イソフラボングルコシルトランスフェラーゼGmIF7GTの構造生物学
- 著者名/発表者名
  桑名美貴子、楠木正巳、大山拓次、中山亨
- 学会等名
  第87回日本生化学会年会
- 発表場所
  国立京都国際会館（京都市左京区）
- 年月日
  2014-10-15 – 2014-10-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26440023
[学会発表] 大豆イソフラボングルコシルトランスフェラーゼGmIF7GTの構造生物学
- 著者名/発表者名
  桑名美貴子、楠木正巳、大山拓次、中山亨
- 学会等名
  第87回日本生化学会年会
- 発表場所
  国立京都国際会館、京都
- 年月日
  2014-10-15 – 2014-10-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046
[学会発表] Revealing the intracellular ultrastructure of filopodia with cryo-electron tomography
- 著者名/発表者名
  Aramaki S, Mayanagi K, Aoyama K, Yasunaga T
- 学会等名
  日本顕微鏡学会第５８回シンポジウム
- 発表場所
  九州大学、福岡
- 年月日
  2014-11-16 – 2014-11-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24370046

1. 真柳浩太 (50418571)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 9件
2. 白井剛 (00262890)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 10件
3. 石野良純 (30346837)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 11件
4. 森川耿右 (80012665)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 30件
5. 村山明子 (50431656)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
6. 楯真一 (20216998)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 木村圭志 (50332268)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
8. 白木琢磨 (10311747)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 11件
9. 高尾敏文 (10197048)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 野田悟子 (80342830)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 石井俊輔

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
12. 伊東忍

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
13. 石野園子

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
14. 鎌田祥太郎

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
15. 中村春木

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

大山 拓次 OYAMA Takuji

研究課題

研究成果

共同研究者

難培養性微生物の木質分解酵素の機能解明とバイオマス利用技術の基盤創出

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

古細菌CMGヘリカーゼとDNAポリメラーゼDの相互作用に関する構造生物学的研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

クランプローダーＲＦＣによるクランプＰＣＮＡ装てん機構の構造生物学的研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

生体分子構造データのグラフによる統一の試み

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

クランプによるレプリソームの制御機構の機能構造連関の研究

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

生体内代謝産物をモニターする転写制御機構の構造基盤

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究機関

[雑誌論文] Family D DNA polymerase interacts with GINS to promote CMG-helicase in the archaeal replisome.2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Preparation of co-crystals of human PPARα-LBD and ligand for high-resolution X-ray crystallography2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] A crystallization and preliminary X-ray diffraction study of the Arabidopsis thaliana proliferating cell nuclear antigen (PCNA2) alone and in a complex with a PIP-box peptide from Flap endonuclease 12020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] PPARα Ligand-Binding Domain Structures with Endogenous Fatty Acids and Fibrates2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Direct visualization of DNA baton pass between replication factors bound to PCNA2018

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] 細胞内の巨大な分子モーター「ダイニン」の構造解析2016

著者名/発表者名

雑誌名

NAID

データソース

[雑誌論文] Atomic structure of an archaeal GAN suggests its dual roles as an exonuclease in DNA repair and a CMG component in DNA replication.2016

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARgamma) has multiple binding points that accommodate ligands in various conformations: Structurally similar PPARgamma partial agonists bind to PPARgamma LBD in different conformations2015

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Different structures of the two peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARγ) ligand-binding domains in homodimeric complex with partial agonist, but not full agonist2015

大山拓次 OYAMA Takuji