岡本祐幸 OKAMOTO Yuko

研究者番号	70185487
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所属 (現在)	2025年度: 名古屋大学, 情報連携推進本部, 招へい教員
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2016年度 – 2018年度: 名古屋大学, 理学研究科, 教授 2017年度: 名古屋大学, 理学研究科, 特任准教授 2012年度 – 2015年度: 名古屋大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 2014年度: 名古屋大学, 大学院理学研究科, 教授 2012年度 – 2013年度: 名古屋大学, 理学研究科, 教授 … もっと見る 2007年度 – 2012年度: 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 2006年度: 名古屋大学, 大学院理学研究科, 教授 2005年度: 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 2004年度: 分子科学研究所, 理論分子科学研究系, 助教授 2003年度: 岡崎国立共同研究機構, 分子科学研究所, 助教授 1995年度 – 1998年度: 岡崎国立共同研究機構, 分子科学研究所, 助教授 1993年度: 奈良女子大学, 理学部・物理学科, 助教授隠す
審査区分/研究分野	研究代表者理工系 / 生物物理学 / 理工系 / 生物物理・化学物理・ソフトマターの物理 / 物理学一般研究代表者以外理工系
キーワード	研究代表者拡張アンサンブル法 / マルチカノニカル法 / 立体構造予測 / 蛋白質 / 分子シミュレーション / 分子動力学法 / モンテカルロ法 / 自由エネルギー計算 / 生体系 / 核酸 … もっと見る / 徐冷法 / 最適化 / 徐冷モンテカルロ法 / タンパク質 / レプリカ交換法 / タンパク質の立体構造 / 最適化問題 / generalized-eusemble algorithm / murticanonieal algorithm / NMR experiment / X-ray experiment / structure determination / nudeic acid / proteiu / マルナカノニカル法 / NMR実験 / X線実験 / 立体構造決定 / Nucleic Acids / Generalized Ensemble / Multicanonical Algorithm / Simulated Annealing / Molecular Dynamics / Monte Carlo / Optimization / Protein Tertiary Structures / 創薬 / レプリカ交換溶質焼き戻し法 / レプリカ交換傘サンプル法 / ドッキング / 量子効果 / 密度汎関数法 / 分子動力学シミュレーション / 計算物理学 / 人工分子系 / 生体分子系 / 分子シュミレーション / 拡張アンサンブル / 自由エネルギー / エネルギー関数 / シミュレーション / 蛋白質折り畳み / 折り畳み / 膜タンパク質 / マルチバーリック法 / 計算機シミュレーション / タンパク質の折り畳み / タンパク質の主体構造 / 最適化アルゴリズム / タンパク質の折れたたみ / ペプチド / alpha-ヘリックス … もっと見る研究代表者以外離合集散 / 高次機能 / 集合離散 / 超分子 / 生命分子 / 動的秩序 / 分子科学 / 生物物理 / 分子シミュレーション / 電子状態計算 / 蛋白質 / 計算物理 / 反応 / 機能 / 生体分子 / ダイナミクス / 揺らぎ隠す

生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現の研究推進のための国際活動支援
- 研究代表者
  
  加藤晃一
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2018
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(新分野創成センター、アストロバイオロジーセンター、生命創成探究
   大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設)
生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現の研究に関する総括
- 研究代表者
  
  加藤晃一
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2017
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設)
生体分子集団および人工分子集団の相互作用と大規模構造転換研究代表者
- 研究代表者
  
  岡本祐幸
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2017
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  名古屋大学
拡張アンサンブル密度汎関数分子動力学法によるATP加水分解の研究研究代表者
- 研究代表者
  
  岡本祐幸
- 研究期間 (年度)
  2013
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  名古屋大学
拡張アンサンブル法による蛋白質への小分子結合機構の研究研究代表者
- 研究代表者
  
  岡本祐幸
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2017
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  生物物理・化学物理・ソフトマターの物理
- 研究機関
  名古屋大学
多自由度・大規模系における反応と構造空間探索
- 研究代表者
  
  倭剛久
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2014
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  名古屋大学
蛋白質系分子シミュレーションのための新規エネルギー関数の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  岡本祐幸
- 研究期間 (年度)
  2008
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  名古屋大学
揺らぎが機能を決める生命分子の科学の研究取りまとめ
- 研究代表者
  
  寺嶋正秀
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2013
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  京都大学
構造ゆらぎを促進する分子シミュレーション手法の開発と自由エネルギー計算研究代表者
- 研究代表者
  
  岡本祐幸
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2012
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  名古屋大学
拡張アンサンブル法による蛋白質折り畳み機構の研究研究代表者
- 研究代表者
  
  岡本祐幸
- 研究期間 (年度)
  2003 – 2007
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  理工系
- 研究機関
  名古屋大学
   分子科学研究所
   岡崎国立共同研究機構
拡張アンサンブル法による蛋白質の立体構造予測研究代表者
- 研究代表者
  
  岡本祐幸
- 研究期間 (年度)
  1997 – 1998
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  岡崎国立共同研究機構
マルチカノニカル法によるX線及びNMR実験データに基づく生体高分子の立体構造解析研究代表者
- 研究代表者
  
  岡本祐幸
- 研究期間 (年度)
  1997 – 1998
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  岡崎国立共同研究機構
新最適化アルゴリズムによるタンパク質の折れたたみの研究研究代表者
- 研究代表者
  
  岡本祐幸
- 研究期間 (年度)
  1996
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  岡崎国立共同研究機構
新最適化アルゴリズムによるタンパク質の折れたたみ機構の研究研究代表者
- 研究代表者
  
  岡本祐幸
- 研究期間 (年度)
  1995
- 研究種目
  
  重点領域研究
- 研究機関
  岡崎国立共同研究機構
徐冷モンテカルロ法及びマルチカノニカル法によるタンパク質の立体構造予測研究代表者
- 研究代表者
  
  岡本祐幸
- 研究期間 (年度)
  1995 – 1996
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 研究分野
  
  生物物理学
- 研究機関
  岡崎国立共同研究機構
徐冷モンテカルロ法によるタンパク質の立体構造予測研究代表者
- 研究代表者
  
  岡本祐幸
- 研究期間 (年度)
  1993
- 研究種目
  
  奨励研究(A)
- 研究分野
  
  物理学一般
- 研究機関
  奈良女子大学

[図書] Molecular Science of Fluctuations Toward Biological Functions2016
- 著者名/発表者名
  M. Terazima, M. Kataoka, R. Ueoka, and Y. Okamoto (eds.)
- 総ページ数
  270
- 出版者
  Springer
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[図書] Molecular Science of Fluctuations Toward Biological Functions2016
- 著者名/発表者名
  M. Terazima, M. Kataoka, R. Ueoka, and Y. Okamoto (eds.)
- 総ページ数
  270
- 出版者
  Springer
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[図書] “Conformational dynamics of oligosaccharides characterized by paramagnetism-assisted NMR spectroscopy in conjunction with molecular dynamics simulation” in Advances in Experimental Medicine and Biology 842: Biochemical Roles of Eukaryotic Cell Surface Macromolecules2015
- 著者名/発表者名
  Y. Zhang, T. Yamaguchi, T. Satoh, M. Yagi-Utsumi, Y. Kamiya, Y. Sakae, Y. Okamoto, and K. Kato　(edited by A. Chakrabarti and A. Surolia)
- 出版者
  Springer
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[図書] “Conformational dynamics of oligosaccharides characterized by paramagnetism-assisted NMR spectroscopy in conjunction with molecular dynamics simulation” in Advances in Experimental Medicine and Biology 842: Biochemical Roles of Eukaryotic Cell Surface Macromolecules2015
- 著者名/発表者名
  Y. Zhang, T. Yamaguchi, T. Satoh, M. Yagi-Utsumi, Y. Kamiya, Y. Sakae, Y. Okamoto, and K. Kato　(edited by A. Chakrabarti and A. Surolia)
- 出版者
  Springer
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[図書] Advances in Experimental Medicine and Biology2015
- 著者名/発表者名
  Y.Zhang, T.Yamaguchi, T.Satoh, M.Yagi-Utsumi, Y.Kamiya, Y.Sakae, Y.Okamoto, and K.Kato
- 総ページ数
  411
- 出版者
  Springer (Switzerland)
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[図書] "Optimizations of protein force fields" in Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes-; from Bioinformatics to Molecular Quantum Mechanics2014
- 著者名/発表者名
  Y. Sakae and Y. Okamoto, (A. Liwo ed.)
- 総ページ数
  810
- 出版者
  Springer-Verlag
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[図書] Advances in Experimental Medicine and Biology 805: Protein Conformational Dynamics2014
- 著者名/発表者名
  T. Yoda, Y. Sugita, and Y. Okamoto (edited by K.-L. Han, Xin Zhang, and M.-J. Yang)
- 総ページ数
  410
- 出版者
  Springer
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[図書] Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes – from Bioinformatics to Molecular Quantum Mechanics2014
- 著者名/発表者名
  Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto (edited by A. Liwo)
- 出版者
  Springer-Verlag
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[図書] “Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms” in Advances in Experimental Medicine and Biology 805: Protein Conformational Dynamics2014
- 著者名/発表者名
  T. Yoda, Y. Sugita, and Y. Okamoto (edited by K.-L. Han, Xin Zhang, and M.-J. Yang)
- 出版者
  Springer
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[図書] Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes – from Bioinformatics to Molecular Quantum Mechanics2014
- 著者名/発表者名
  Y. Sakae and Y. Okamoto (edited by A. Liwo)
- 出版者
  Springer-Verlag
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[図書] “Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms” in Advances in Experimental Medicine and Biology 805: Protein Conformational Dynamics2014
- 著者名/発表者名
  T. Yoda, Y. Sugita, and Y. Okamoto (edited by K.-L. Han, Xin Zhang, and M.-J. Yang)
- 出版者
  Springer
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[図書] 「計算科学講座」第９巻「超多自由度系の最適化」第２章「拡張アンサンブル法」2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸 (古橋武、笹井理生編）
- 出版者
  共立出版
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[図書] 計算科学講座第９巻「超多自由度系の最適化」第２章「拡張アンサンブル法」2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸（古橋武、笹井理生編集）
- 出版者
  共立出版
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-25104715
[図書] DOJIN BIOSCIENCEシリーズ「生体分子の動きを探るー揺らぎと生体機能ー」第１２章2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸（寺嶋正秀編）
- 出版者
  化学同人
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[図書] 計算科学講座第９巻「超多自由度系の最適化」　第２章拡張アンサンブル法2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸（古橋武、笹井理生編）
- 総ページ数
  248
- 出版者
  共立出版
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[図書] Proceedings of the 5th Japan-Russia International Workshop MSSMBS'12 "Molecular Simulations Studies in Material and Biological Sciences"2013
- 著者名/発表者名
  T. Yoda, Y. Sugita, and Y. Okamoto (edited by K. Kholmurodov)
- 出版者
  Nova Science
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[図書] Proceedings of the 5th Japan-Russia International Workshop MSSMBS'12 "Molecular Simulations Studies in Material and Biological Sciences"2013
- 著者名/発表者名
  T. Yoda, Y. Sugita, and Y. Okamoto (edited by K. Kholmurodov)
- 出版者
  Nova Science
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[図書] DOJIN BIOSCIENCEシリーズ「生体分子の動きを探る　―　揺らぎと生体機能　―」第12章2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸（寺嶋正秀編）
- 出版者
  化学同人
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[図書] "Ligand docking simulations by generalized-ensemble algorithms" in Advances in Protein Chemistry and Structural Biology, Vol. 922013
- 著者名/発表者名
  H. Kokubo, T. Tanaka, and Y. Okamoto (T. Karabencheva-Christova ed.)
- 総ページ数
  357
- 出版者
  Academic Press
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[図書] 「拡張アンサンブル法」,「計算科学講座」第9巻「超多自由度系の最適化」第2章2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 出版者
  古橋武、笹井理生編、共立出版
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[図書] "Salt effect on folding of villin headpiece subdomain HP36 studied by generalized-ensemble simulations" in Proceedings of the 5th Japan-Russia International Workshop MSSMBS'12 "Molecular Simulations Studies in Material and Biological Sciences"2013
- 著者名/発表者名
  T. Yoda, Y. Sugita, and Y. Okamoto (K. Kholmurodov ed.)
- 総ページ数
  219
- 出版者
  Nova Science
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[図書] 「計算科学講座」第９巻「超多自由度系の最適化」第２章「拡張アンサンブル法」2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸 (古橋武、笹井理生編）
- 出版者
  共立出版
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[図書] 揺らぎ・ダイナミクスと生体機能2013
- 著者名/発表者名
  寺嶋正秀、加藤晃一、芳坂貴弘、佐藤啓文、岡本祐幸（寺嶋正秀編）
- 総ページ数
  368
- 出版者
  化学同人
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[図書] Advances in Protein Chemistry and Structural Biology, Vol. 922013
- 著者名/発表者名
  H. Kokubo, T. Tanaka, and Y. Okamoto (edited by T. Karabencheva-Christova)
- 出版者
  Academic Press
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[図書] Advances in Protein Chemistry and Structural Biology　Vol.922013
- 著者名/発表者名
  H.Kokubo,T.Tanaka, and Y.Okamoto (edited by T.Karabencheva-Christova)
- 出版者
  Academic Press
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[図書] Generalized-ensemble algorithms for simulations of complex molecular systems," in Practical Aspects of Computational Chemistry II: An Overview of the Last Two Decades and Current Trends, J. Leszczynski and M.K. Shukla (eds.)2012
- 著者名/発表者名
  H. Okumura, S.G. Itoh, and Y. Okamoto
- 出版者
  Generalized-ensemble algorithms for simulations of complex molecular systems," in Practical Aspects of Computational Chemistry II: An Overview of the Last Two Decades and Current Trends, J. Leszczynski and M.K. Shukla (eds.)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[図書] "Enhanced sampling algorithms," in Biomolecular Simulations: Methods and Protocols, L. Monticelli and E. Salonen (eds.)2012
- 著者名/発表者名
  A. Mitsutake, Y. Mori, and Y. Okamoto
- 出版者
  Humana Press, New York
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[図書] Biomolecular Simulations: Methods and Protocols2012
- 著者名/発表者名
  A. Mitsutake, Y. Mori, and Y. Okamoto (edited by L. Monticelli and E. Salonen)
- 出版者
  Humana Press
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[図書] Practical Aspects of Computational Chemistry II: An Overview of the Last Two Decades and Current Trends2012
- 著者名/発表者名
  H. Okumura, S.G. Itoh, and Y. Okamoto (edited by J. Leszczynski and M.K. Shukla)
- 出版者
  Springer
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[図書] “Enhanced sampling algorithms’”, Biomolecular Simulations: Methods and Protocols, edited by L.Monticelli and E.Salonen, pp. 153-195.2012
- 著者名/発表者名
  A. Mitsutake, Y. Mori, and Y. Okamoto
- 総ページ数
  702
- 出版者
  Humana Press, New York
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[図書] Proceedings of the 4th Japan-Russia International Workshop MSSMBS'10 "Molecular Simulations Studies in Material and Biological Sciences", K.Kholmurodov (ed.), (Nova Science, Hauppauge)2011
- 著者名/発表者名
  Y Mori, A.Mitsutake, Y Okamoto
- 出版者
  Generalized-ensemble simulations in protein science
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[図書] Springer-Verlag, Berlin2009
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 出版者
  Generalized-ensemble algorithms for studying protein folding in Water and Biomolecules(K.Kuwajima, Y.Goto, F.Hirata, M.Kataoka, and M.Terazima, (eds.))
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[図書] "Generalized-ensemble algorithms for studying protein folding" in Water and Biomolecules (edited by K.Kuwajima, Y.Goto, F.Hirata, M.Kataoka, and M.Terazima)2009
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 出版者
  Springer-Verlag
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[図書] Lecture Notes in Physics, Springer-Verlag2008
- 著者名/発表者名
  Y. Sugita, A. Mitsutake, & Y. Okamoto (edited by W. Janke)
- 出版者
  Lecture Notes
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[図書] 分子科学者がいどむ12の謎2005
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸(分担執筆)
- 総ページ数
  235
- 出版者
  化学同人
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[図書] Enhanced sampling algorithms, in biomolecular simulations : methods and protocols(edited by L.Monticelli and E.Salonen)
- 著者名/発表者名
  A.Mitsutake, Y.Mori, Y.Okamoto
- 出版者
  Humana Press, Berlin(in press)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-22104009
[雑誌論文] Determination of the Structural Ensemble of the Molten Globule State of a Protein by Computer Simulations2019
- 著者名/発表者名
  Shimizu Masahiro、Kajikawa Yukihito、Kuwajima Kunihiro、Dobson Christopher M.、Okamoto Yuko
- 雑誌名
  
  Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics
  
  巻: in press 号: 8 ページ: 635-645
- DOI
  10.1002/prot.25688
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K07314, KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21708
[雑誌論文] Computational analysis for selectivity of histone deacetylase inhibitor by replica-exchange umbrella sampling molecular dynamics simulations2018
- 著者名/発表者名
  Tsukamoto Shuichiro、Sakae Yoshitake、Itoh Yukihiro、Suzuki Takayoshi、Okamoto Yuko
- 雑誌名
  
  The Journal of Chemical Physics
  
  巻: 148 号: 12 ページ: 125102-125102
- DOI
  10.1063/1.5019209
- NAID
  120006545081
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071, KAKENHI-PROJECT-16KT0060
[雑誌論文] Crystal structure of human proteasome assembly chaperone PAC4 involved in proteasome formation2017
- 著者名/発表者名
  Eiji Kurimoro, Tadashi Satoh, Yuri Ito, Eri Ishihara, Kenta Okamoto, Maho Yagi-Utsumi, Keiji Tanaka, and Koichi Kato
- 雑誌名
  
  Protein Sci.
  
  巻: 26 号: 5 ページ: 1080-1085
- DOI
  10.1002/pro.3153
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15H02491, KAKENHI-PROJECT-15K21680, KAKENHI-PROJECT-17K15441, KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102008, KAKENHI-PROJECT-26000014
[雑誌論文] Two major stable structures of amyloid-forming peptides: amorphous aggregates and amyloid fibrils2017
- 著者名/発表者名
  Nishikawa Naohiro、Sakae Yoshitake、Gouda Takuya、Tsujimura Yuichiro、Okamoto Yuko
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 43 号: 13-16 ページ: 1370-1376
- DOI
  10.1080/08927022.2017.1359746
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Conformational effects of N-glycan core fucosylation of immunoglobulin G Fc region on its interaction with Fcγ receptor IIIa2017
- 著者名/発表者名
  Sakae Yoshitake、Satoh Tadashi、Yagi Hirokazu、Yanaka Saeko、Yamaguchi Takumi、Isoda Yuya、Iida Shigeru、Okamoto Yuko、Kato Koichi
- 雑誌名
  
  Sci. Rep.
  
  巻: 7 号: 1 ページ: 13780-13780
- DOI
  10.1038/s41598-017-13845-8
- NAID
  120006545940
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102008, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071, KAKENHI-PROJECT-15K07935
[雑誌論文] Structure?function insights into direct lipid transfer between membranes by Mmm1?Mdm12 of ERMES2017
- 著者名/発表者名
  Kawano Shin、Tamura Yasushi、Kojima Rieko、Bala Siqin、Asai Eri、Michel Agn?s H.、Kornmann Beno?t、Riezman Isabelle、Riezman Howard、Sakae Yoshitake、Okamoto Yuko、Endo Toshiya
- 雑誌名
  
  The Journal of Cell Biology
  
  巻: 217 号: 3 ページ: 959-974
- DOI
  10.1083/jcb.201704119
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K19338, KAKENHI-PROJECT-16K18534, KAKENHI-PLANNED-17H06414, KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071, KAKENHI-PROJECT-15H05595
[雑誌論文] Conformational changes of ubiquitin under high pressure conditions: A pressure simulated tempering molecular dynamics study2017
- 著者名/発表者名
  Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Chemistry
  
  巻: 38 号: 15 ページ: 1167-1173
- DOI
  10.1002/jcc.24767
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K18532, KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] 計算生物物理学の将来2016
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 雑誌名
  
  生物物理
  
  巻: 56 号: 2 ページ: 075-075
- DOI
  10.2142/biophys.56.075
- NAID
  130005140938
- ISSN
  0582-4052, 1347-4219
- 言語
  日本語
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[雑誌論文] “Modeling 15N NMR chemical shift changes in protein backbone with pressure”2016
- 著者名/発表者名
  G. La Penna, Y. Mori, R. Kitahara, K. Akasaka, and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics
  
  巻: 145 号: 8 ページ: 085104-085104
- DOI
  10.1063/1.4961507
- NAID
  120006545080
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] QM/MM free energy simulations: recent progress and challenges2016
- 著者名/発表者名
  X. Lu, D. Fang, S. Ito, Y. Okamoto, V. Ovchinnikov, and Q. Cui
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 42 号: 13 ページ: 1056-1078
- DOI
  10.1080/08927022.2015.1132317
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102008, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] 分子動力学シミュレーションによる医学・創薬に向けたタンパク質の構造解析2016
- 著者名/発表者名
  榮慶丈，西川直宏，塚本修一朗，鈴木孝禎，岡本祐幸
- 雑誌名
  
  薬学雑誌
  
  巻: 136 号: 1 ページ: 113-120
- DOI
  10.1248/yakushi.15-00230-4
- NAID
  130005115191
- ISSN
  0031-6903, 1347-5231
- 年月日
  2016-01-01
- 言語
  日本語
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071, KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[雑誌論文] Implementation of replica-exchange umbrella sampling to DFTB+ simulation package2016
- 著者名/発表者名
  S. Ito, S. Irle, Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Comp. Phys. Commun.
  
  巻: accepted ページ: 1-10
- DOI
  10.1016/j.cpc.2016.02.010
- 査読あり / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26410013, KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Conformational dynamics of oligosaccharides characterized by paramagnetism-assisted NMR spectroscopy in conjunction with molecular dynamics simulation2015
- 著者名/発表者名
  Ying Zhang
- 雑誌名
  
  Adv. Exp. Med. Biol.
  
  巻: 842 ページ: 217-230
- DOI
  10.1007/978-3-319-11280-0_14
- ISBN
  9783319112794, 9783319112800
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-25121730, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Equilibrium molecular thermodynamics from Kirkwood sampling2015
- 著者名/発表者名
  S. Somani, Y. Okamoto, A.J. Ballard, and D.J. Wales
- 雑誌名
  
  J. Phys. Chem. B,
  
  巻: 119 号: 20 ページ: 6155-6169
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.5b01800
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21708, KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Designed-walk Replica-exchange Method for Simulations of Complex Systems2015
- 著者名/発表者名
  R. Urano, Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Comput. Phys. Commun.
  
  巻: - ページ: 380-383
- DOI
  10.1016/j.cpc.2015.07.007
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Conformational search simulations of Trp-cage using genetic crossover2015
- 著者名/発表者名
  Yoshitake Sakae, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Mikic, Katsuya Ishii & Yuko Okamoto
- 雑誌名
  
  Moleculer Simulation
  
  巻: 41 号: 10-12 ページ: 1045-1049
- DOI
  10.1080/08927022.2015.1016937
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Predictions of Tertiary Structures of a-helical Membrane Proteins by Replica-exchange Method with Consideration of Helix Deformations2015
- 著者名/発表者名
  R. Urano, H. Kokubo, Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  J. Phys. Soc. Jpn.
  
  巻: 84 号: 8 ページ: 084802-084802
- DOI
  10.7566/jpsj.84.084802
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Observation of Helix Associations for Insertion of a Retinal Molecule and Distortions of Helix Structures in Bacteriorhodopsin2015
- 著者名/発表者名
  R. Urano, Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  J. Chem. Phys.
  
  巻: 143 号: 23 ページ: 235101-235101
- DOI
  10.1063/1.4935964
- NAID
  120006545079
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Conformational search simulations of Trp-cage using genetic crossover2015
- 著者名/発表者名
  Y. Sakae, T. Hiroyasu, M. Miki, K. Ishii, and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 41 ページ: 1045-1049
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[雑誌論文] New Implementations of Replica-exchange Method for Simulations of Complex Systems: Dsigned-walk and Deterministic Replica-exchange Methods2015
- 著者名/発表者名
  R. Urano, Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Phys. Procedia.
  
  巻: 68 ページ: 100-104
- DOI
  10.1016/j.phpro.2015.07.116
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[雑誌論文] Molecular dynamics simulations to clarify the concentration dependency of protein aggregation2015
- 著者名/発表者名
  N. Nishikawa, Y. Sakae, and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  JPS Conference Proceedings
  
  巻: 5
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[雑誌論文] Editorial: ICMS2013 in Special Issue Special Issue: Proceedings of the 3rd International Conference on Molecular Simulation2015
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 41 号: 10-12 ページ: 779-779
- DOI
  10.1080/08927022.2015.1048075
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Replica-exchange molecular dynamics simulation for understanding the initial process of amyloid peptide aggregation2015
- 著者名/発表者名
  N. Nishikawa, P.H. Nguyen, P. Derreumaux, and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 41 号: 10-12 ページ: 1041-1044
- DOI
  10.1080/08927022.2014.938445
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Deterministic Replica-exchange Method without Pseudo Random Numbers for Simulations of Complex Systems2015
- 著者名/発表者名
  R. Urano, Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Comput. Phys. Commun.
  
  巻: 197 ページ: 128-135
- DOI
  10.1016/j.cpc.2015.08.020
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Molecular dynamics simulations to clarify the concentration dependency of protein aggregation2015
- 著者名/発表者名
  N. Nishikawa, Y. Sakae, and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  JPS Conference Proceedings: Proceedings of Computational Science Workshop 2014 (CSW2014)
  
  巻: * ページ: 011020-011020
- DOI
  10.7566/jpscp.5.011020
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] A conformational search method for protein systems using genetic crossover and metropolis criterion2014
- 著者名/発表者名
  Yoshitake Sakae, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki, Katsuya Ishii, Yuko Okamoto
- 雑誌名
  
  J. Phys.: Conf. Ser.
  
  巻: 487 ページ: 12003-12003
- DOI
  10.1088/1742-6596/487/1/012003
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[雑誌論文] A conformational search method for protein systems using genetic crossover and metropolis criterion2014
- 著者名/発表者名
  Y. Sakae, T. Hiroyasu, M. Miki, K. Ishii, and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Physics: Conference Series
  
  巻: 487
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[雑誌論文] Prediction of ligand binding affinity by the combination of replica-exchange method and double-decoupling method2014
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto, H. Kokubo, and T. Tanaka
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 10 号: 8 ページ: 3563-3569
- DOI
  10.1021/ct500539u
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Exploration of conformational spaces of high-mannose-type oligosaccharides by an NMR-validated simulation2014
- 著者名/発表者名
  T.Yamaguchi, Y.Sakae, Y.Zhang, S.Yamamoto, Y.Okamoto, and K.Kato
- 雑誌名
  
  Angew. Chem. Int. Ed.
  
  巻: 53 号: 41 ページ: 10941-10944
- DOI
  10.1002/ange.201406145
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24249002, KAKENHI-PROJECT-24750170, KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102008, KAKENHI-PROJECT-26560451
[雑誌論文] A conformational search method for protein systems using genetic crossover and Metropolis criterion2014
- 著者名/発表者名
  Yoshitake Sakae, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki, Katsuya Ishii, and Yuko Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Physics: Conference Series
  
  巻: 487
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Salt effects on hydrophobic-core formation in folding of a helical miniprotein studied by molecular dynamics simulations2014
- 著者名/発表者名
  T. Yoda, Y. Sugita, and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics
  
  巻: 82 号: 6 ページ: 933-943
- DOI
  10.1002/prot.24467
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071, KAKENHI-PROJECT-25330355
[雑誌論文] Exploration of conformational spaces of high-mannose-type oligosaccharides by an NMR-validated simulation2014
- 著者名/発表者名
  T. Yamaguchi, Y. Sakae, Y. Zhang, S. Yamamoto, Y. Okamoto, and K. Kato
- 雑誌名
  
  Angewandte Chemie International Edition
  
  巻: 53 号: 41 ページ: 10941-10944
- DOI
  10.1002/anie.201406145
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Simulated tempering with fast on-the-fly weight determination2013
- 著者名/発表者名
  P.H. Nguyen, Y. Okamoto, and P. Derreumaux
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics
  
  巻: 138
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Amino-acid-dependent main-chain torsion-energy terms for protein systems2013
- 著者名/発表者名
  Y. Sakae and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics
  
  巻: 138 号: 6
- DOI
  10.1063/1.4774159
- NAID
  120006545077
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Improvement of the backbone-torsion-energy term in the force field for protein systems by double Fourier series expansion2013
- 著者名/発表者名
  Y. Sakae and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 39 号: 2 ページ: 85-93
- DOI
  10.1080/08927022.2012.705432
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Simulated tempering with fast on-the-fly weight determination2013
- 著者名/発表者名
  P.H. Nguyen, Y. Okamoto, and P. Derreumaux
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics
  
  巻: 138 号: 6
- DOI
  10.1063/1.4792046
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Free-energy analyses of a proton transfer reaction by simulated-temperingumbrella sampling and first-principles molecular dynamics simulations2013
- 著者名/発表者名
  Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto
- 雑誌名
  
  Physical Review E
  
  巻: Volume 87 号: 2
- DOI
  10.1103/physreve.87.023301
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-11J05693, KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Application of simulated tempering and magnetizing to a two-dimensional Potts model2013
- 著者名/発表者名
  T. Nagai, Y. Okamoto, and W. Janke
- 雑誌名
  
  Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment 2013
  
  巻: P02039 ページ: 21-21
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Improvement of the backbone-torsion-energy term in the force field for protein systems by the double Fourier series expansion2013
- 著者名/発表者名
  Y. Sakae and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 39 ページ: 85-93
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Free-energy analyses of a proton transfer reaction by simulated-tempering umbrella sampling and first-principles molecular dynamics simulations2013
- 著者名/発表者名
  Y. Mori and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Physical Review E
  
  巻: 87
- NAID
  120006545928
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Application of simulated tempering and magnetizing to a two-dimensional Potss model2013
- 著者名/発表者名
  T. Nagai, Y. Okamoto, and W. Janke
- 雑誌名
  
  Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment
  
  巻: 2013 号: 02 ページ: P02039-P02039
- DOI
  10.1088/1742-5468/2013/02/p02039
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Amino-aciddependent main-chain torsion-energy terms for protein systems2013
- 著者名/発表者名
  Y. Sakae and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics
  
  巻: 138
- NAID
  120006545077
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Crossover scaling in the two-dimensional three-state Potts model2013
- 著者名/発表者名
  Tetsuro Nagai, Yuko Okamoto, and Wolfhard Janke
- 雑誌名
  
  Condensed Matter Physics
  
  巻: 16 号: 2 ページ: 23605-23605
- DOI
  10.5488/cmp.16.23605
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Two-dimensional replica-exchange method for predicting protein-ligand binding structures2013
- 著者名/発表者名
  Hironori Kokubo1, Toshimasa Tanaka, Yuko Okamoto
- 雑誌名
  
  J. Comput. Chem.
  
  巻: 34 号: 30 ページ: 2601-2614
- DOI
  10.1002/jcc.23427
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Prediction of protein-ligand binding structures by replica-exchange umbrella sampling simulations: application to kinase systems2013
- 著者名/発表者名
  Hironori Kokubo, Toshimasa Tanaka, Yuko Okamoto
- 雑誌名
  
  J. Chem. Theory Comput.
  
  巻: 9 号: 10 ページ: 4660-4671
- DOI
  10.1021/ct4004383
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001, KAKENHI-PLANNED-25102009, KAKENHI-PROJECT-25247071
[雑誌論文] Molecular simulations in generalized ensemble2012
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 38 号: 14-15 ページ: 1282-1296
- DOI
  10.1080/08927022.2012.690878
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] タンパク質分子シミュレーションのための力場関数2012
- 著者名/発表者名
  榮慶丈、依田隆夫、杉田有治、岡本祐幸
- 雑誌名
  
  日本物理学会誌
  
  巻: 67 ページ: 343-349
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Simulated tempering and magnetizing simulations of the Ising model2012
- 著者名/発表者名
  T. Nagai and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Physics Procedia
  
  巻: 34 ページ: 100-104
- DOI
  10.1016/j.phpro.2012.05.016
- NAID
  120006545937
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Phase behavior of a lipid bilayer system studied by a replica-exchange molecular dynamics simulation2012
- 著者名/発表者名
  T.Nagai, R.Ueoka, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of the Physical Society of Japan
  
  巻: 81 号: 2 ページ: 24002-24010
- DOI
  10.1143/jpsj.81.024002
- NAID
  40019151203
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002, KAKENHI-PROJECT-24656509, KAKENHI-PLANNED-20107007
[雑誌論文] タンパク質系分子シミュレーションのための力場関数2012
- 著者名/発表者名
  榮慶丈,依田隆夫,杉田有治,岡本祐幸
- 雑誌名
  
  日本物理学会誌
  
  巻: 67巻ページ: 343-349
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] 疎水コアとα-ヘリックスを含む小蛋白質のフォールディングシミュレーション2012
- 著者名/発表者名
  依田隆夫、杉田有治、岡本祐幸
- 雑誌名
  
  生物物理(日本生物物理学会誌)
  
  巻: 52 ページ: 22-23
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Simulated tempering and magnetizing: Application of two-dimensional simulated tempering to the two-dimensional Ising model and its crossover2012
- 著者名/発表者名
  T. Nagai and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Physical Review E
  
  巻: 86 号: 5
- DOI
  10.1103/physreve.86.056705
- NAID
  120006545927
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Residual entropy of ordinary ice calculated from multicanonical Monte Carlo simulations2012
- 著者名/発表者名
  B. A. Berg
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 38 号: 11 ページ: 856-860
- DOI
  10.1080/08927022.2011.651140
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-20107001, KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Generalized-ensemble algorithms for protein folding and unfolding2012
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Current Physical Chemistry
  
  巻: 2 ページ: 92-106
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] temperature and pressure dependence of complex systems2012
- 著者名/発表者名
  Generalized-ensemble algorithms for studying Y. Mori, Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 38 号: 5 ページ: 452-457
- DOI
  10.1080/08927022.2011.651139
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-20107001
[雑誌論文] Phase behavior of a lipid bilayer system studied by a replica-exchange molecular dynamics simulation2012
- 著者名/発表者名
  T. Nagai, R. Ueoka, and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of the Physical Society of Japan
  
  巻: 81
- NAID
  40019151203
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Ab initio prediction of protein-ligand binding structures by replica-exchange umbrella sampling simulations2011
- 著者名/発表者名
  H. Kokubo, T. Tanaka, and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Chemistry
  
  巻: 32 ページ: 2810-2821
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Dynamic structure of the polytheonamide B channel studied by normal mode analysis2011
- 著者名/発表者名
  T. Mori, H. Kokubo, S. Oiki, and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 37 ページ: 975-985
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Drug design by generalized-ensemble simulations2011
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Current Pharmaceutical Design
  
  巻: 17 ページ: 1758-1772
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Generalized-ensemble simulations in protein science2011
- 著者名/発表者名
  Y.Mori, A.Mitsutake, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 4th Japan-Russia International Workshop MSSMBS'10 "Molecular Simulations Studies in Material and Biological Sciences"
  
  ページ: 46-60
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] New conformational search method using genetic algorithm and knot theory for proteins2011
- 著者名/発表者名
  Y.Sakae, T.Hiroyasu, M.Miki, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Pacific Symposium on Biocomputing
  
  巻: 16 ページ: 217-228
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Protein structure predictions by parallel simulated annealing molecular dynamics using genetic crossover2011
- 著者名/発表者名
  Y. Sakae, T. Hiroyasu, M. Miki, and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Chemistry
  
  巻: 32 ページ: 1353-1360
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Determination method of the balance of the secondary-structure-forming tendencies of force fields2010
- 著者名/発表者名
  Y.Sakae, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation 36
  
  ページ: 159-165
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Controlling the secondary-structure-forming tendencies of proteins by a backbone torsion-energy term2010
- 著者名/発表者名
  Y.Sakae, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation 36
  
  ページ: 138-158
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] 計算機シミュレーションによるアミロイド病発現原理の追求2010
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 雑誌名
  
  Medical Bio(10月別冊、特集「揺らぎと生体機能」)
  
  ページ: 17-20
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] 『拡張アンサンブル法』の特集にあたって2010
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 雑誌名
  
  分子シミュレーション研究会会誌"アンナンブル"
  
  巻: 12 ページ: 6-7
- NAID
  130004566668
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] マルチカノニカルレプリカ交換分子動力学法による小蛋白質の折れ畳みシミュレーション2010
- 著者名/発表者名
  依田隆夫、杉田有治、岡本祐幸
- 雑誌名
  
  分子シミュレーション研究会会誌"アンサンブル"
  
  巻: 12 ページ: 15-18
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Hydrophobic core formation and dehydration in protein folding studied by generalized-ensemble simulations2010
- 著者名/発表者名
  T.Yoda, Y.Sugita, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Biophysical Journal 99
  
  ページ: 1637-1644
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Replica-exchange molecular dynamics simulations for various constant temperature algorithms2010
- 著者名/発表者名
  Y.Mori, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of the Physical Society of Japan
  
  巻: 79
- NAID
  40017205438
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Hydrophobic core formation and dehydration in protein folding studied by generalized-ensemble simulations2010
- 著者名/発表者名
  T. Yoda, Y. Sugita, and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Biophysical Journal
  
  巻: 99 ページ: 1637-1644
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Generalized-ensemble algorithms for the isobaric-isothermal ensemble.2010
- 著者名/発表者名
  Y.Mori , Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of the Physical Society of Japan 79
- NAID
  40017205440
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Generalized-ensemble algorithms for the isobaric-isothermal ensemble2010
- 著者名/発表者名
  Y. Mori and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of the Physical Society of Japan
  
  巻: 79
- NAID
  40017205440
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Multi-dimensional multicanonical algorithm, simulated tempering, replica-exchange method, and all that2010
- 著者名/発表者名
  A.Mitsutake, Y.Mori, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Physics Procedia
  
  巻: 4 ページ: 89-105
- NAID
  120006545938
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Helix-hairpin transitions of a designed peptide studied by a generalized-ensemble simulations2010
- 著者名/発表者名
  S.G.Itoh, A.Tamura, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 6 ページ: 979-983
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Helix-hairpin transitions of a designed peptide studied by a generalized-ensemble simulation2010
- 著者名/発表者名
  S.G. Itoh, A. Tamura, and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 6 ページ: 979-983
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Folding simulations of three proteins having all alpha-helix, all beta-stand and alpha/beta structures2010
- 著者名/発表者名
  Y. Sakae and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 36 ページ: 302-310
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Generalized-ensemble algorithms for the isobaric-isothermal ensembles2010
- 著者名/発表者名
  Y.Mori, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of the Physical Society of Japan
  
  巻: 79
- NAID
  40017205440
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Optimisation of OPLS-UA force-field parameters for protein systems using protein data bank2010
- 著者名/発表者名
  Y.Sakae, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 36 ページ: 1147-1155
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Hydrophobic core formation and dehydration in protein folding studied by generalized ensemble simulations2010
- 著者名/発表者名
  T.Yoda, Y.Sugita, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Biophysical Journal
  
  巻: 99 ページ: 1637-1644
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Replica-exchange method in van der Waals radius space : overcoming steric restrictions for biomolecules2010
- 著者名/発表者名
  S.G.Itoh, H.Okumura, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics
  
  巻: 132
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Replica-exchange method in van der Waals radius space: overcoming steric resctirctions for biomolecules2010
- 著者名/発表者名
  S.G. Itoh, H. Okumura, and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics
  
  巻: 132
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Optimisation of OPLS-UA force-field parameters for protein systems using protein data bank2010
- 著者名/発表者名
  Y. Sakae and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation
  
  巻: 36 ページ: 1148-1156
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Dependency of ligand free energy landscapes on charge parameters and solvent models2010
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto, T. Tanaka, and H. Kokubo
- 雑誌名
  
  Journal of Computer-Aided Molecular Design
  
  巻: 24 ページ: 699-712
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Replica-exchange molecular dynamics simulations for various constant temperature algorithms2010
- 著者名/発表者名
  Y. Mori and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of the Physical Society of Japan
  
  巻: 79
- NAID
  40017205438
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] タンパク質系のポテンシャル関数の比較と改良2009
- 著者名/発表者名
  榮慶丈、依田隆夫、杉田有治、岡本祐幸
- 雑誌名
  
  アンサンブル 11
  
  ページ: 8-12
- NAID
  130004566636
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Multidimensional generalized-ensemble algorithms for complex systems2009
- 著者名/発表者名
  A. Mitsutake and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics
  
  巻: 130
- NAID
  120001804816
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Folding simulations of gramicidin A into the β -helix conformations: simulated annealing molecular dynamics study2009
- 著者名/発表者名
  T. Mori and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics
  
  巻: 131
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Generalized-ensemble algorithms for protein structure predictions2009
- 著者名/発表者名
  Y.Sakae, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Proceedings of International Conference on Computational & Experimental Engineering (Tech Science Press, Norcross) and Sciences 2009 (ICCES'09)
  
  ページ: 791-801
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] From multidimensional replica-exchange method to multidimensional multicanonical algorithm and simulated tempering2009
- 著者名/発表者名
  A. Mitsutake and Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Physical Review E
  
  巻: 79
- NAID
  120006545926
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Multidimensional generalized-ensemble algorithms for complex systems2009
- 著者名/発表者名
  A.Mitsutake, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics 130
- NAID
  120001804816
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Multidimensional generalized- ensemble algorithms for complex systems.2009
- 著者名/発表者名
  A.Mitsutake , Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics 130
- NAID
  120001804816
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] From multidimensional replica-exchange method to multidimensional multicanonical algorithm and simulated tempering2009
- 著者名/発表者名
  A.Mitsutake, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Physical Review E 79
- NAID
  120006545926
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Analysis of helix-helix interactions of bacteriorhodopsin by replica-exchange simulations2009
- 著者名/発表者名
  H. Kokubo, Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Biophysical Journal 96(in press)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20038025
[雑誌論文] Folding simulations of gramicidin A into the β-helix conformations : simulated annealing molecular dynamics study2009
- 著者名/発表者名
  T.Mori, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics 131
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[雑誌論文] Thermodynamics of two lattice ice models in three dimensions2008
- 著者名/発表者名
  C. muguruma, Y. Okamoto, B.A. Berg
- 雑誌名
  
  Physical Review E 78
- NAID
  120006545924
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20038025
[雑誌論文] Temperuature and pressure dependence of alanine dipeptide studied by multibaric-multithermal molecular dynamics simulations2008
- 著者名/発表者名
  H. Okumura, Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Physical Chemistry B 112
  
  ページ: 12038-12049
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20038025
[雑誌論文] Multibaric-multithermal molecular dynamics simulation of alanine dipe ptide in explicit water2007
- 著者名/発表者名
  H. Okumura & Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Bulletin of the Chemical Society of Japan 80
  
  ページ: 1114-1123
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] A new generalized-ensemble algorithm : multicanonical-multioverlap algorithm2007
- 著者名/発表者名
  S.G.Itoh, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation 33
  
  ページ: 83-90
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Generalized-ensemble algorithms for molecular dynamics simulations2007
- 著者名/発表者名
  S.G.Itoh, H.Okumura, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation 33
  
  ページ: 47-56
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Replica-exchange moleculr dynamics simulation of diffracted X-ray tracking2007
- 著者名/発表者名
  Y.Kawashima, Y.C.Sasaki, Y.Sugita, T.Yoda, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation 33
  
  ページ: 97-102
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Cooperative folding mechanism of a β-hairpin peptide studied by a multicanonical replica-exchange molecular dynamics simulation2007
- 著者名/発表者名
  T.Yoda, Y.Sugita, Y Okamoto
- 雑誌名
  
  PROTEINS : Structure, Function, and Bioinformatics 66
  
  ページ: 846-859
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Multibaric-multithermal molecular dynamics simulation : generalized Nose-Poincare-Andersen method2007
- 著者名/発表者名
  H.Okumura, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation 33
  
  ページ: 91-96
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Residual entropy of ordinary ice from multicanonical simulations2007
- 著者名/発表者名
  B.A.Berg, C.Muguruma, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Physical Review B 75
- NAID
  120006545083
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Effective sampling in the configurational space of a small peptide by the multicanonical-multioverlap algorithm2007
- 著者名/発表者名
  S.G. Itoh & Y. Okamoto
- 雑誌名
  
  Physical Review E 76
  
  ページ: 2670510-2670510
- NAID
  120006545922
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Explicit symplectic integrators of molecular dynamics algorithms for rigid-body molecules in the canonical, isobaric-isothermal, and related ensembles2007
- 著者名/発表者名
  H.Okumura, S.G.Itoh, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics 126
- NAID
  120006545076
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Replica-exchange methods and predictions of helix configuration of membrane proteins2006
- 著者名/発表者名
  H.Kokubo, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Molecular Simulation 32
  
  ページ: 791-801
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Theoretical studies of transition states by the multioverlap molecular dynamics methods2006
- 著者名/発表者名
  S.G.Itoh, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Physics 124
- NAID
  120000975328
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Secondary-structure design of proteins by a backbone torsion energy2006
- 著者名/発表者名
  Y.Sakae, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Physical Society of Japan 75
- NAID
  110004702343
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] 拡張アンサンブル法による膜タンパク質の立体構造予測2006
- 著者名/発表者名
  小久保裕功, 岡本祐幸
- 雑誌名
  
  統計数理 54
  
  ページ: 211-222
- NAID
  120006019067
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] 生体系における大規模分子シミュレーション2006
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 雑誌名
  
  応用数理 16
  
  ページ: 15-19
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Multibaric-multithermal ensemble molecular dynamics simulations2006
- 著者名/発表者名
  H.Okumura, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Chemistry 27
  
  ページ: 379-395
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Structures of a peptide fragment of β2-microglobulin studied by replica-exchange molecular dynamics simulations - towards the understanding of the mechanism of amyloid formation2005
- 著者名/発表者名
  M.Nishino, Y.Sugita, T.Yoda, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  FEBS Letters 579
  
  ページ: 5425-5429
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Molecular simulations in the multibaric-multithermal ensembles2005
- 著者名/発表者名
  H.Okurnura, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Computer Physics Communications 169
  
  ページ: 317-321
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] PDBデータベースを用いたタンパク質力場パラメータの最適化2005
- 著者名/発表者名
  榮慶丈, 岡本祐幸
- 雑誌名
  
  生物物理 45
  
  ページ: 145-148
- NAID
  110001801950
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] マルチバーリック・マルチサーマルアンサンブルにおけるレナード・ジョーンズ流体のシミュレーション2005
- 著者名/発表者名
  奥村久士, 岡本祐幸
- 雑誌名
  
  物性研究 85
  
  ページ: 341-346
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Multibaric-multithermal ensemble simulations for fluid systems2005
- 著者名/発表者名
  H.Okumura, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Physica A 350
  
  ページ: 150-158
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Molecular dynamics simulations of DNA dimers based on replica-exchange umbrella sampling. II. Free energy analysis2005
- 著者名/発表者名
  Murata, Y.Sugita, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Theoretical & Computational Chemistry 4
  
  ページ: 433-448
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Effects of the fixed end in single-molecule imaging techniques : A replica-exchange molecular dynamics study2005
- 著者名/発表者名
  Y.Kawashima, Y.Sugita, T.Yoda, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters 414
  
  ページ: 449-455
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Replica-exchange molecular dynamics simulation of small peptide in water and in ethanol2005
- 著者名/発表者名
  K.Yoshida, T.Yamaguchi, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Chemical Physics Letters 412
  
  ページ: 280-284
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Molecular mechanism for stabilizing a short helical peptide studied by generalized-ensemble simulations with explicit solvent2005
- 著者名/発表者名
  Y.Sugita, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Biophysical Journal 88
  
  ページ: 3180-3190
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Molecular dynamics simulations of DNA dimers based on replica-exchange umbrella sampling. I. Test of sampling efficiency2005
- 著者名/発表者名
  K.Murata, Y.Sugita, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Journal of Theoretical & Computational Chemistry 4
  
  ページ: 411-432
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] タンパク質のフォールディングシミュレーションから立体構造予測問題に迫る2005
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸, 高田彰二
- 雑誌名
  
  現代化学 408
  
  ページ: 47-53
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Generalized-ensemble algorithms : enhanced sampling techniques for Monte Carlo and molecular dynamics simulations2004
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  J.Mol.Graphics Modell. 22
  
  ページ: 425-439
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Prediction of membrane protein structures by replica-exchange Monte Carlo simulations : case of two helices2004
- 著者名/発表者名
  H.Kokubo, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  J.Chem.Phys. 120
  
  ページ: 10837-10847
- NAID
  120006545074
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Multi-overlap molecular dynamics methods for biomolecular systems2004
- 著者名/発表者名
  S.G.Itoh, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Chem.Phys.Lett. 400
  
  ページ: 308-313
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Replica-exchange extensions of simulated tempering method2004
- 著者名/発表者名
  A.Mitsutake, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  J.Chem.Phys. 121
  
  ページ: 2491-2504
- NAID
  120006545075
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Protein force-field parameters optimized with the Protein Data Bank. II.Comparisons of force fields by folding simulations of short peptides2004
- 著者名/発表者名
  Y.Sakae, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  J.Theor.Comput.Chem. 3
  
  ページ: 359-378
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Comparisons of force fields for proteins by generalized-ensemble simulations2004
- 著者名/発表者名
  T.Yoda, Y.Sugita, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Chem.Phys.Lett. 386
  
  ページ: 460-467
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Secondary-structure preferences of force fields for proteins evaluated by generalized-ensemble simulations2004
- 著者名/発表者名
  T.Yoda, Y.Sugita, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Chem.Phys. 307
  
  ページ: 269-283
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Monte Carlo simulations in new generalized isobaric-isothermal ensemble2004
- 著者名/発表者名
  H.Okumura, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Trans.MRS-J. 29
  
  ページ: 3783-3786
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Monte Carlo simulations in generalized isobaric-isothermal ensembles2004
- 著者名/発表者名
  H.Okumura, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Phys.Rev.E 70
  
  ページ: 26702-26702
- NAID
  120006545921
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Multibaric-multithermal ensemble simulation for simple liquids2004
- 著者名/発表者名
  H.Okumura, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Mol.Sim. 30
  
  ページ: 847-852
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] New approach to the first-order phase transition of Lennard-Jones fluids2004
- 著者名/発表者名
  C.Muguruma, Y.Okamoto, M.Mikami
- 雑誌名
  
  J.Chem.Phys. 120
  
  ページ: 7557-7563
- NAID
  120006545073
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Classification and prediction of low-energy membrane protein helix configurations by replica-exchange Monte Carlo method2004
- 著者名/発表者名
  H.Kokubo, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  J.Phys.Soc.Jpn. 73
  
  ページ: 2571-2585
- NAID
  110001955018
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Liquid-gas phase transitions studied by multibaric-multithermal Monte Carlo simulations2004
- 著者名/発表者名
  H.Okumura, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  J.Phys.Soc.Jpn. 73
  
  ページ: 3304-3311
- NAID
  110001979299
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Self-assembly of transmembrane helices of bacteriorhodopsin by a replica-exchange simulation2004
- 著者名/発表者名
  H.Kokubo, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Chem.Phys.Lett. 392
  
  ページ: 168-175
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Combination of the replica-exchange Monte Carlo method and the reference interaction site model theory for simulating a peptide molecule in aqueous solution2004
- 著者名/発表者名
  A.Mitsutake, M.Kinoshita, Y.Okamoto, F.Hirata
- 雑誌名
  
  J.Phys.Chem.B 108
  
  ページ: 19002-19012
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Molecular dynamics simulations in multibaric-multithermal ensemble2004
- 著者名/発表者名
  H.Okumura, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  Chem.Phys.Lett. 383
  
  ページ: 403-408
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[雑誌論文] Protein force-field parameters optimized with the Protein Data Bank. I.Force-filed optimizations2004
- 著者名/発表者名
  Y.Sakae, Y.Okamoto
- 雑誌名
  
  J.Theor.Comput.Chem. 3
  
  ページ: 339-358
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of biological molecular assembly and artificial molecular assembly2018
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 6th International Symposium on Dynamical Ordering of Biological Systems for Creation of Integrated Functions
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of biological molecular assembly and artificial molecular assembly2018
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 6th International Symposium on Dynamical Ordering of Biological Systems for Creation of Integrated Functions
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Energy landscape of biomolecular systems studied by generalized-ensemble simulations2017
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Energy Landscapes 2017
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Conformational analysis of high mannose-type oligosaccharides by self-guided langevin dynamics simulation2017
- 著者名/発表者名
  Yoshitake Sakae, Takumi Yamaguchi, Xiongwu Wu, Bernard R. Brooks, Koichi Kato, and Yuko Okamoto
- 学会等名
  The 5th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems
- 発表場所
  東京大学駒場キャンパス（東京都目黒区）
- 年月日
  2017-01-21
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21708
[学会発表] Efficient sampling methods for classical and quantum simulations2017
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  TSRC Workshop on the Chemistry and Dynamics in Complex Environments (CHEM-DiCE)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Biomolecular simulations in generalized ensemble　Frontier Bioorganization2017
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Forum 2017: Dynamical Ordering and Integrated　Functions of Biomolecular Systems
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Biomolecular simulations in generalized ensemble　Frontier Bioorganization2017
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Forum 2017: Dynamical Ordering and Integrated　Functions of Biomolecular Systems
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms: enhanced conformational sampling methods2017
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 16th KIAS Protein Folding Winter School
- 発表場所
  High 1 Resort, Korea
- 年月日
  2017-01-16
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Classical and quantum molecular simulations in generalized ensemble2017
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  International Workshop on Molecular Simulations
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Energy landscape of biomolecular systems studied by generalized-ensemble simulations2017
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Energy Landscapes 2017
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for advanced materials simulations2017
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  IUMRS-ICAM 2017, The 15th International Conference on Advanced Materials
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Classical and quantum molecular simulations in generalized ensemble2017
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  International Workshop on Molecular Simulations
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms: enhanced conformational sampling methods2017
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  The 16th KIAS Protein Folding Winter School
- 発表場所
  High 1 Resort,seoul, Korea
- 年月日
  2017-01-16
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for materials and biomolecular simulations [Keynote Talk]2017
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Molecular Simulation Studies in Material
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 蛋白質高圧変性の分子シミュレーション2017
- 著者名/発表者名
  岡本　祐幸
- 学会等名
  第58回高圧討論会「生物関連高圧シンポジウム：高圧力と生命・生体分子」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Biomolecular simulations in generalized ensemble2017
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  Frontier Bioorganization Forum 2017: Dynamical ordering and integrated functions of biomolecular systems
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-INTERNATIONAL-15K21708
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for advanced materials simulations2017
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  IUMRS-ICAM 2017, The 15th International Conference on Advanced Materials
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Efficient sampling methods for classical and quantum simulations2017
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  TSRC Workshop on the Chemistry and Dynamics in Complex Environments (CHEM-DiCE)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for materials and biomolecular simulations [Keynote Talk]2017
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Molecular Simulation Studies in Material
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Conformational analysis of high mannose-type oligosaccharides by self-guided langevin dynamics simulation2017
- 著者名/発表者名
  Yoshitake Sakae, Takumi Yamaguchi, Xiongwu Wu, Bernard R. Brooks, Koichi Kato, and Yuko Okamoto
- 学会等名
  The 5th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems
- 発表場所
  東京大学駒場キャンパス（東京都目黒区）
- 年月日
  2017-01-21
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] 蛋白質高圧変性の分子シミュレーション2017
- 著者名/発表者名
  岡本　祐幸
- 学会等名
  第58回高圧討論会「生物関連高圧シンポジウム：高圧力と生命・生体分子」
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms: enhanced conformational sampling methods2017
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 16th KIAS Protein Folding Winter School
- 発表場所
  High 1 Resort, Korea
- 年月日
  2017-01-16
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 拡張アンサンブル法による複雑系の計算機シミュレーション2016
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  国際高等研究所　研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能ネットワークとダイナミクスの解明」第５回研究会
- 発表場所
  木津川市、日本
- 年月日
  2016-02-18
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Protein dynamics studied by generalized-ensemble simulations2016
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  The 251st American Chemical Society National Meeting
- 発表場所
  San Diego, U.S.A
- 年月日
  2016-03-13
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of complex systems2016
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  2016 NCTS March Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems
- 発表場所
  Hsinchu, Taiwan
- 年月日
  2016-03-28
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Introduction to Generalized-Ensemble MD　Simulations Including the Replica-Exchange　Umbrella Sampling (REUS) Method2016
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  2-Day Mini Workshop: Approximate DFT Methods for Extended Systems
- 発表場所
  Nagoya, Japan
- 年月日
  2016-06-20
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Enhanced sampling methods for classical and quantum molecular simulations2016
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  The 9th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
- 発表場所
  Gyeongju, Korea
- 年月日
  2016-11-14
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Introduction to Generalized-Ensemble MD　Simulations Including the Replica-Exchange　Umbrella Sampling (REUS) Method2016
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  2-Day Mini Workshop: Approximate DFT Methods for Extended Systems
- 発表場所
  Nagoya, Japan
- 年月日
  2016-06-20
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] レプリカ交換分子動力学シミュレーションによる抗体及びFc受容体内の糖鎖分子の解析2016
- 著者名/発表者名
  榮　慶丈，山口拓実，佐藤匡史，谷中冴子，加藤晃一，岡本祐幸
- 学会等名
  第43回生体分子科学討論会
- 発表場所
  名古屋大学大学院理学研究科（愛知県名古屋市）
- 年月日
  2016-06-25
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Enhanced sampling methods for classical and quantum molecular simulations2016
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 9th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
- 発表場所
  Gyeongju, Korea
- 年月日
  2016-11-14
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Energy landscape explored by generalized-ensemble algorithms2016
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Energy Landscapes: Theory and Applications (ELAND 2016)
- 発表場所
  Porquerolles, France
- 年月日
  2016-06-27
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms and free energy calculations2016
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  Symposium “Free Energy Landscape of Protein Folding and Dynamics by Simulations Based on Enhanced Conformational Sampling Algorithms”
- 発表場所
  Nagoya Univ.(Nagoya,Aichi, Japan)
- 年月日
  2016-08-06
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for classical and quantum molecular simulations (Plenary talk)2016
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 4th International Conference on Molecular Simulation (ICMS2016)
- 発表場所
  Shanghai, China
- 年月日
  2016-10-23
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for classical and quantum molecular simulations (Plenary talk)2016
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 4th International Conference on Molecular Simulation (ICMS2016)
- 発表場所
  Shanghai, China
- 年月日
  2016-10-23
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of complex systems2016
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  2016 NCTS March Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems
- 発表場所
  Hsinchu, Taiwan
- 年月日
  2016-03-28
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 拡張アンサンブル法による複雑系の計算機シミュレーション2016
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  国際高等研究所　研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能ネットワークとダイナミクスの解明」第５回研究会
- 発表場所
  木津川市、日本
- 年月日
  2016-02-18
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms and free energy calculations2016
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Symposium “Free Energy Landscape of Protein Folding and Dynamics by Simulations Based on Enhanced Conformational Sampling Algorithms”
- 発表場所
  Nagoya, Japan
- 年月日
  2016-08-06
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms and free energy calculations2016
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Symposium “Free Energy Landscape of Protein Folding and Dynamics by Simulations Based on Enhanced Conformational Sampling Algorithms”
- 発表場所
  Nagoya, Japan
- 年月日
  2016-08-06
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of complex systems2016
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  2016 NCTS March Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems
- 発表場所
  Hsinchu, Taiwan
- 年月日
  2016-03-28
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Protein dynamics studied by generalized-ensemble simulations2016
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 251st American Chemical Society National Meeting Symposium under the Computers in Chemistry (COMP) Division “30 Years of Protein Dynamics in Silico”
- 発表場所
  San Diego, California, U.S.A.
- 年月日
  2016-03-13
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Protein dynamics studied by generalized-ensemble simulations2016
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 251st American Chemical Society National Meeting Symposium under the Computers in Chemistry (COMP) Division “30 Years of Protein Dynamics in Silico”
- 発表場所
  San Diego, California, U.S.A.
- 年月日
  2016-03-13
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Energy landscape explored by generalized-ensemble algorithms2016
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  Energy landscape explored by generalized-ensemble algorithms
- 発表場所
  Porquerolles, France
- 年月日
  2016-06-27
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Enhanced sampling methods for classical and quantum molecular simulations2016
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 9th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
- 発表場所
  Gyeongju, Korea
- 年月日
  2016-11-14
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Energy landscape explored by generalized-ensemble algorithms2016
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Energy Landscapes: Theory and Applications (ELAND 2016)
- 発表場所
  Porquerolles, France
- 年月日
  2016-06-27
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Introduction to Generalized-Ensemble MD Simulations Including the Replica-Exchange Umbrella Sampling (REUS) Method2016
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  2-Day Mini Workshop: Approximate DFT Methods for Extended Systems
- 発表場所
  Nagoya Univ.(Nagoya,Aichi, Japan)
- 年月日
  2016-06-20
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for calculations of ligand binding affinity2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  BIRS Workshop: Free-Energy Calculations. A Mathematical Perspective
- 発表場所
  Oaxaca, Mexico
- 年月日
  2015-07-19
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 古典系および量子系の拡張アンサンブルシミュレーション2015
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  スーパーコンピュータワークショップ
- 発表場所
  岡崎市、日本
- 年月日
  2015-09-07
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] 拡張アンサンブル法による生体分子系のシミュレーション2015
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  リトリート分子科学研究所研修「分子科学の新世界：理論と実験のハーモニー」
- 発表場所
  岡崎市、愛知県、日本
- 年月日
  2015-01-24
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of classical and quantum molecular systems2015
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  The 6th Japan-Czech-Slovak International Symposium for Theoretical Chemistry
- 発表場所
  Smolenice, Slovakia
- 年月日
  2015-10-11
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of classical and quantum molecular systems2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 6th Japan-Czech-Slovak International Symposium for Theoretical Chemistry
- 発表場所
  Smolenice, Slovakia
- 年月日
  2015-10-11
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of classical and quantum molecular systems2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 6th Japan-Czech-Slovak International Symposium for Theoretical Chemistry
- 発表場所
  Smolenice, Slovakia
- 年月日
  2015-10-11
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Efficient sampling methods for complex systems2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 19th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE19)
- 発表場所
  Ubon Ratchathani, Thailand
- 年月日
  2015-06-17
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 拡張アンサンブル法による量子化学シミュレーション2015
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  分子研研究会「理論計算分子科学ワークショップ」
- 発表場所
  岡崎市、日本
- 年月日
  2015-10-22
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of complex systems2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  2015 NCTS International Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems
- 発表場所
  Hsinchu, Taiwan
- 年月日
  2015-08-15
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] 拡張アンサンブル法による量子化学シミュレーション2015
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  分子研研究会「理論計算分子科学ワークショップ」
- 発表場所
  岡崎市、日本
- 年月日
  2015-10-22
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble simulations2015
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  Hands-on Workshop on Computational Biophysics at Okazaki
- 発表場所
  岡崎コンファレンスセンター（愛知県岡崎市）
- 年月日
  2015-09-09
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of complex systems2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  2015 NCTS International Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems
- 発表場所
  Hsinchu, Taiwan
- 年月日
  2015-08-15
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for enhanced sampling and free energy calculations2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Summer Snowmass Biophysics Workshop Free Energy Calculations: Three Decades of Adventure in Chemistry and Biophysics
- 発表場所
  Snowmass, Colorado, U.S.A.
- 年月日
  2015-07-05
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] 拡張アンサンブル法による生体分子シミュレーション2015
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  バイオスーパーコンピューティング名古屋2015
- 発表場所
  名古屋市、愛知県、日本
- 年月日
  2015-01-22
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 拡張アンサンブル法による生体分子系のシミュレーション2015
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  リトリート分子科学研究所研修「分子科学の新世界：理論と実験のハーモニー」
- 発表場所
  岡崎市、愛知県、日本
- 年月日
  2015-01-24
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for calculations of ligand binding affinity2015
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  BIRS Workshop: Free-Energy Calculations. A Mathematical Perspective
- 発表場所
  Oaxaca, Mexico
- 年月日
  2015-07-19
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Efficient sampling methods for identifying transition states2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  TSRC Workshop on the Chemistry and Dynamics in Complex Environments (CHEM-DiCE)
- 発表場所
  Telluride, Colorado, U.S.A.
- 年月日
  2015-06-23
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] 古典系および量子系の拡張アンサンブルシミュレーション2015
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  スーパーコンピュータワークショップ
- 発表場所
  岡崎コンファレンスセンター（愛知県岡崎市）
- 年月日
  2015-09-07
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for enhanced sampling and free energy calculations2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Summer Snowmass Biophysics Workshop Free Energy Calculations: Three Decades of Adventure in Chemistry and Biophysics
- 発表場所
  Snowmass, Colorado, U.S.A.
- 年月日
  2015-07-05
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for enhanced configurational sampling2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Algorithms in Structural Bioinformatics: Sampling in Biomacromolecular Systems (AlgoSB Winter School - 2015)
- 発表場所
  Cargese, Corsica, France
- 年月日
  2015-11-29
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for enhanced configurational sampling2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Algorithms in Structural Bioinformatics: Sampling in Biomacromolecular Systems (AlgoSB Winter School - 2015)
- 発表場所
  Cargese, Corsica, France
- 年月日
  2015-11-29
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] 拡張アンサンブル法による量子化学シミュレーション2015
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  分子研研究会「理論計算分子科学ワークショップ」
- 発表場所
  岡崎コンファレンスセンター（愛知県岡崎市）
- 年月日
  2015-10-22
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for enhanced configurational sampling　Algorithms in Structural Bioinformatics: Sampling in Biomacromolecular Systems2015
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  AlgoSB Winter School - 2015
- 発表場所
  Corsica, France
- 年月日
  2015-11-29
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of complex systems2015
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  2015 NCTS International Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems
- 発表場所
  Hsinchu, Taiwan
- 年月日
  2015-08-15
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Efficient sampling methods for identifying transition states2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  TSRC Workshop on the Chemistry and Dynamics in Complex Environments (CHEM-DiCE)
- 発表場所
  Telluride, Colorado, U.S.A.
- 年月日
  2015-06-23
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble simulations2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Hands-on Workshop on Computational Biophysics at Okazaki
- 発表場所
  Okazaki, Japan
- 年月日
  2015-09-09
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 拡張アンサンブル法による生体分子シミュレーション2015
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  バイオスーパーコンピューティング名古屋2015
- 発表場所
  名古屋市、愛知県、日本
- 年月日
  2015-01-22
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Efficient sampling methods for complex systems2015
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  The 19th International Annual Symposium on Computational Science and　Engineering (ANSCSE19)
- 発表場所
  Ubon Ratchathani, Thailand
- 年月日
  2015-06-17
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] 古典系および量子系の拡張アンサンブルシミュレーション2015
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  スーパーコンピュータワークショップ
- 発表場所
  岡崎市、日本
- 年月日
  2015-09-07
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for calculations of ligand binding affinity2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  BIRS Workshop: Free-Energy Calculations. A Mathematical Perspective
- 発表場所
  Oaxaca, Mexico
- 年月日
  2015-07-19
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Enhanced sampling methods for exascale computational chemistry2015
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  PACIFICHEM 2015
- 発表場所
  Honolulu, U.S.A.
- 年月日
  2015-12-15
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] 拡張アンサンブル法による生体分子シミュレーション2015
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  バイオスーパーコンピューティング名古屋2015
- 発表場所
  名古屋工業大学（愛知県名古屋市）
- 年月日
  2015-01-22
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Enhanced sampling methods for exascale computational chemistry2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PACIFICHEM2015)
- 発表場所
  Honolulu, Hawaii, U.S.A.
- 年月日
  2015-12-15
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Efficient sampling methods for complex systems2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 19th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE19)
- 発表場所
  Ubon Ratchathani, Thailand
- 年月日
  2015-06-17
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for enhanced sampling and free energy calculations2015
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  Summer Snowmass Biophysics Workshop Free Energy Calculations: Three Decades of Adventure in Chemistry and Biophysics
- 発表場所
  Colorado U.S.A
- 年月日
  2015-07-05
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble simulations2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Hands-on Workshop on Computational Biophysics at Okazaki
- 発表場所
  Okazaki, Japan
- 年月日
  2015-09-09
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Enhanced sampling methods for exascale computational chemistry2015
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PACIFICHEM2015)
- 発表場所
  Honolulu, Hawaii, U.S.A.
- 年月日
  2015-12-15
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Efficient sampling methods for identifying transition states2015
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  TSRC Workshop on the Chemistry and Dynamics in Complex Environments (CHEM-DiCE)
- 発表場所
  Colorado U.S.A
- 年月日
  2015-06-23
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Reweighting techniques for Monte Carlo and molecular dynamics simulations2014
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 13th KIAS Protein Folding Winter School
- 発表場所
  High1Resort, Korea
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Enhanced sampling algorithms for biomolecular simulations2014
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  International Workshop on Computational Biomolecular
- 発表場所
  長野、日本
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Reweighting techniques for Monte Carlo and molecular dynamics simulations2014
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  The 13th KIAS Protein Folding Winter School
- 発表場所
  High 1 Resort, Korea
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Enhanced Sampling Techniques for Spin and Biomolecular Simulations2014
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  RIKEN Theoretical Science Colloquium
- 発表場所
  和光市、埼玉県、日本
- 年月日
  2014-09-16
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of biological molecular assembly and artificial molecular assembly2014
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  The 2nd International Symposium "Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
- 発表場所
  キャンパスプラザ京都(京都府）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Enhanced sampling algorithms for biomolecular simulations2014
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  International Workshop on Computational Biomolecular
- 発表場所
  おんたけ休暇村（長野県）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Enhanced Sampling Techniques for Spin and Biomolecular Simulations2014
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  RIKEN Theoretical Science Colloquium
- 発表場所
  和光市、埼玉県、日本
- 年月日
  2014-09-16
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] レプリカ交換法によるタンパク質の立体構造2014
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  HPCI第1回成果報告会
- 発表場所
  東京、日本
- 年月日
  2014-10-31
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Enhanced Sampling Techniques for Spin and Biomolecular Simulations2014
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  RIKEN Theoretical Science Colloquium
- 発表場所
  理化学研究所（埼玉県和光市）
- 年月日
  2014-09-16
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of biological molecular assembly and artificial molecular aseembly2014
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biological Systems for Creation of Integrated Functions
- 発表場所
  京都、日本
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] レプリカ交換法によるタンパク質の立体構造2014
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  HPCI第1回成果報告会
- 発表場所
  東京、日本
- 年月日
  2014-10-31
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 拡張アンサンブル法による分子シミュレーション2014
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  第3回産学連携シンポジウム「HPCの利用と成果と人材」
- 発表場所
  名古屋、日本
- 年月日
  2014-01-31
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Enhanced-sampling simulations of spin and biological systems2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  West-Lake International Workshop on Statistical Physics and Complex Systems
- 発表場所
  Hangzhou, China
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Replica-exchange, simulated tempering, and multicanonical algorithms for simulations of complex systems2013
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 5th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences - Experiments and Simulations
- 発表場所
  High 1 Resort, Korea
- 年月日
  2013-02-24
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Computer modeling of complex systems by generalized-ensemble simulations2013
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  The 2013 Hong Kong Workshop in Computer Modeling of Complex Processes
- 発表場所
  Hong Kong、China
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Computer modeling of complex systems by generalized-ensemble simulations2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 2013 Hong Kong Workshop in Computer Modeling of Complex Processes
- 発表場所
  Hong Kong
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for molecular simulations2013
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  The 3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS 2013)
- 発表場所
  Kobe, Japan
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for first-principles electronic structure calculations2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  16th Asian Workshop on First-Principles Electronic Structure Calculations (ASIAN-16)
- 発表場所
  Beijing, China
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-25104715
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for free energy calculations Free Energy Calculations2013
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  Three Decades of Adventure in Chemistry and Biophysics
- 発表場所
  Snowmass, Colorado, USA
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for free energy calculations2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  Free Energy Calculations: Three Decades of Adventure in Chemistry and Biophysics
- 発表場所
  Snowmass, Colorado, USA
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of spin and biological systems2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 1st International Symposium on Computational Materials and Biological Sciences
- 発表場所
  Tokyo, Japan
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-25104715
[学会発表] Generalized-ensemble simulations for biological and spin systems2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  Kavli Institute of Theoretical Physics Special Program on Advanced Molecular Simulation Methods in the Physical Sciences
- 発表場所
  Beinjing, China
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-25104715
[学会発表] 拡張アンサンブル法による生体分子の高次構造と機能の解明2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  物性研スパコン共同利用・CMSI合同研究会（第４回CMSI研究会）
- 発表場所
  東京大学柏キャンパス(千葉県）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for molecular simulations2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS 2013)
- 発表場所
  神戸、日本
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Simulational physics in generalized ensemble2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  VII Brazilian Meeting on Simulational Physics
- 発表場所
  Joao Pessoa, Brazil
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-25104715
[学会発表] Enhanced-sampling simulations of spin and biological systems2013
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  West-Lake International Workshop on Statistical Physics and Complex Systems
- 発表場所
  Hangzhou, China
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for free energy calculations2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  Free Energy Calculations: Three Decades of Adventure in Chemistry and Biophysics
- 発表場所
  Snowmass, Colorado, USA
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-25104715
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for first-principles electronic structure calculations2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  16th Asian Workshop on First-Principles Electronic Structure Calculations(ASIAN-16)
- 発表場所
  Beijing, China
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] 拡張アンサンブル密度汎関数分子動力学法によるＡＴＰ加水分解の研究2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  新学術領域研究「コンピューティクスによる物質デザイン：複合相関と非平衡ダイナミクス」平成25年度第１回研究会
- 発表場所
  東京、日本
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of spin and biological systems2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 1st International Symposium on Computational Materials and Biological Sciences
- 発表場所
  東京、日本
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Multidimensional generalized-ensemble simulations of biological systems2013
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  International Symposium on Protein Folding and Its Biological Significance
- 発表場所
  Okazaki, Japan
- 年月日
  2013-03-04
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of spin and biological systems2013
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  The 1st International Symposium on Computational Materials and Biological Sciences
- 発表場所
  早稲田大学（東京都新宿区）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for molecular simulations2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS 2013)
- 発表場所
  Kobe, Japan
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-25104715
[学会発表] 生体分子集団および人工分子集団の相互作用と大規模構造転換2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  新学術領域研究「動的秩序と機能」第1回公開シンポジウム
- 発表場所
  岡崎、日本
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Simulational physics in generalized ensemble2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  VII Brazilian Meeting on Simulational Physics
- 発表場所
  Joao Pessoa, Brazil
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Simulational physics in generalized ensemble2013
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  VII Brazilian Meeting on Simulational Physics
- 発表場所
  Joao Pessoa, Brazil
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] 生体分子集団および人工分子集団の相互作用と大規模構造転換2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  新学術領域研究「動的秩序と機能」第1回公開シンポジウム
- 発表場所
  岡崎、日本
- 年月日
  2013-10-02
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for first-principles electronic structure calculations2013
- 著者名/発表者名
  Yuko Okamoto
- 学会等名
  16th Asian Workshop on First-Principles Electronic Structure Calculations (ASIAN-16)
- 発表場所
  Beijing, China
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] 拡張アンサンブル法による生体分子の高次構造と機能の解明2013
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  物性研スパコン共同利用・CMSI合同研究会（第4回CMSI研究会）
- 発表場所
  柏市、日本
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Replica-exchange, simulated tempering, and multicanonical algorithms for simulations of complex systems2013
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 5th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences
- 発表場所
  Experiments and Simulations, High 1 Resort, Korea
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for classical and quantum simulations2012
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  International Workshop on Recent Advances in Computational and Theoretical Chemistry
- 発表場所
  Nagoya, Japan
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Multidimensional simulated tempering simulations of spin systems2012
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 24th Annual Workshop of the Center of Simulational Physics : Recent Developments in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics
- 発表場所
  Athens, Georgia (USA)(招待講演)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for classical and quantum simulations2012
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  International Workshop on Recent Advances in Computational and Theoretical Chemistry
- 発表場所
  Nagoya, Japan
- 年月日
  2012-11-09
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-20107001
[学会発表] Generalized-ensemble simulations in materials and biological sciences [plenary talk]2012
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 5th Japan-Russia International Workshop on Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS'12)
- 発表場所
  Dubna-Moscow, Russia
- 年月日
  2012-09-09
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble simulations in materials and biological sciences2012
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  [Plenary Talk] The 5th Japan-Russia International Workshop on Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS'12)
- 発表場所
  Dubna-Moscow, Russia
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Development of Molecular Simulation Methods that Enhance Conformational Fluctuations of Biomolecules2012
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  5th International Symposium on Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
- 発表場所
  奈良(日本)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Greneralized-ensemble simulations for protein folding, unfolding, and ligand binding2012
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 4th Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences-Experiments and Simulations
- 発表場所
  奈良(日本)(招待講演)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for simulations of bionanomaterials2012
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 1st International Conference on Emerging Advanced Nanomaterials (ICEAN 2012)
- 発表場所
  Brisbane, Australia
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Computational biophysics by generalized-ensemble algorithms2012
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 17th Biophysics Conference
- 発表場所
  Taipei, Taiwan
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Molecular simulations in generalized ensemble2012
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  Professor N. Quirke 60th Birthday Symposium
- 発表場所
  London, United Kingdom
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Structural fluctuations of proteins in folding, unfolding, and ligand docking studied by generalized-ensemble simulations2012
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 6th International Symposium on Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
- 発表場所
  Kyoto, Japan
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] 付加機能ソフト:REM(レプリカ交換法)2012
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  文部科学省「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第2回次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェア説明会
- 発表場所
  東京(日本)
- 年月日
  2012-01-26
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] 特別支援課題:拡張アンサンブル法による生体分子の高次構造と機能の解明2012
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  第2回CMSI研究会「新物質・エネルギー創成を目指して」
- 発表場所
  仙台(日本)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] US-Japan Workshops on Computational Physics-International Liaison Activities2011
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  American Physical Society March Meeting 2011
- 発表場所
  Dallas, Texas, USA
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Multidimensional generalized-ensemble algorithms for biomolecular simulations2011
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 3rd Korea-Japan Seminar on Biomolecular Sciences
- 発表場所
  Experiments and Simulations, Jeju, Korea
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] 185-Frypan sampling, a simple, knowledge-based improvement from umbrella sampling : Application to peptide folding2011
- 著者名/発表者名
  Daniel J Sindhikara, Y.Okamoto
- 学会等名
  Fall 2011 National Meeting & Exposition
- 発表場所
  Denver, Colorado, USA
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] レプリカ交換法を実現する付加機能ソフトREM2011
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  文部科学省「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第5回公開シンポジウム
- 発表場所
  神戸
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Quest for global minimizations : generalized-ensemble approach From Computational Biophysics to Systems Biology (CBSB11)2011
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  Celebrating Harold Scheraga's Forthcoming 90th Birthday
- 発表場所
  Juelich (Germany)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Computer simulations of biomolecular systems2011
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 7th Asian Biophysics Association (ABA) Symposium
- 発表場所
  New Delhi, India
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for protein aggregation and ligand binding2011
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  [Plenary Lecture] The 7th International Conference: Structure and Stability of Biomacromolecules (SSB2011)
- 発表場所
  Kosice, Slovakia
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Computer simulations of biomolecular system2011
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  The 7th Asian Biophysics Association (ABA) Symposium
- 発表場所
  New Delhi, India(招待)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Multidimensional generalized-ensemble algorithms for biomolecular simulations2011
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  The 3rd Korea-Japan Seminar on Biomolecular Sciences-Experiments and Simulations
- 発表場所
  Jeju, Korea(招待)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] New coformational search method using genetic algorithm and knot theory for proteins2011
- 著者名/発表者名
  Y.Sakae, T.Hiroyasu, M.Miki, Y.Okamoto
- 学会等名
  Pacific Symposium on Biocomputing 2011 (PSB2011), The Big Island of Hawaii, USA
- 発表場所
  The Big Island of Hawaii, USA
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for protein aggregation and ligand binding [Plenary Lecture]2011
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 7th International Conference : Structure and Stability of Biomacromolecules (SSB 2011)
- 発表場所
  Kosice (Slovakia)(招待講演)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms : powerful conformational sampling techniques for biomolecular simulations2011
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  Jawaharlal Nehru University International Conference, Biomolecular Simulation : Algorithm and Application
- 発表場所
  New Delhi, India(招待)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] 計算機シミュレーションによる生体分子科学研究2011
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  岡崎統合バイオサイエンスセンター「10周年記念シンポジウム」
- 発表場所
  岡崎(招待)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] 構造ゆらぎを促進する分子シミュレーション手法の開発と自由エネルギー計算2011
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  科研費新学術領域研究「揺らぎと生体機能」平成23年度合同班会議
- 発表場所
  夕張(日本)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of spin models and biomolecular systems2011
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  12th International NTZ-Workshop on New Developments in Computational Physics (CompPhys11)
- 発表場所
  Leipzig (Germany)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms: powerful conformational sampling techniques for biomolecular simulations2011
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  Jawaharlal Nehru University International Conference, Biomolecular Simulation: Algorithm and Application
- 発表場所
  New Delhi, India
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Efficient conformational sampling techniques for biomolecular simulations2011
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  G-COE Symposium in Nagoya on Biochemistry and Biotechnology
- 発表場所
  Nagoya, Japan(招待)
- 年月日
  2011-01-12
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] レプリカ交換法プログラム:REM2011
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  スーパーコンピュータワークショップ2011「分子科学プログラムライブラリの充実にむけて」
- 発表場所
  岡崎(招待)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble simulations in protein science2010
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  The 4th Japan-Russia International Workshop on Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS'10)
- 発表場所
  Dubna-Moscow, Russia(招待 Keynote Talk)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] 分子シミュレーションによる分子内運動の計測2010
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  真空・表面科学合同講演会
- 発表場所
  吹田(招待)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of protein folding2010
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  The 23rd Annual Workshop of the Center of Simulational Physics : Recent Developments in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics, Athens
- 発表場所
  Georgia, USA[Invited Talk]
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Folding and misfolding simulations of biomolecules2010
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 10th Taiwan International Symposium on Statistical Physics (StatPhys-Taiwan-2010)
- 発表場所
  Taipei, Taiwan
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble simulations in protein science2010
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  [Keynote Talk] The 4th Japan-Russia International Workshop on Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS'10)
- 発表場所
  Dubna-Moscow, Russia
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for multiscale biomolecular simulations2010
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  BioScience2010 Workshop on Expanding the Frontiers of Biomolecular Science
- 発表場所
  Juelich, Germany(招待)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Nagoya University and Biophysics Research2010
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  International Symposium : Fifty Years of Biophysics Research at Nagoya University
- 発表場所
  名古屋大学
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Molecular dynamics methods in generalized ensemble2010
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 239th American Chemical Society National Meeting
- 発表場所
  San Francisco, California, U.S.A.
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] レプリカ交換法による膜蛋白質の立体構造予測2010
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  次世代スパコンプロジェクト連続研究会「イオンチャネル(No.2)」
- 発表場所
  福井
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of protein folding (invited)2010
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  The 23rd Annual Workshop of the Center for Simulational Physics : Recent Developments in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics
- 発表場所
  Athens, Georgia, USA
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] 構造揺らぎを促進する分子シミュレーション手法の開発と自由エネルギー計算2010
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  新学術領域研究「揺らぎと生体機能」平成22年度合同班会議
- 発表場所
  片山津
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Computer simulations of protein folding and misfolding2010
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  第10回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  札幌(招待)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of protein folding2010
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 23rd Annual Workshop of the Center of Simulational Physics: Recent Developments in Computer Simulations Studies in Condensed Matter Physics
- 発表場所
  Athens, Georgia, U.S.A.
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Molecular dynamics methods in generalized ensemble (invited)2010
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  The 239th American Chemical Society National Meeting
- 発表場所
  San Francisco, California, USA
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generallized-ensemble algorithms for modeling of biological macromolecules2010
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  The Pacific Symposium on Biocomputing 2010
- 発表場所
  Big Island of Hawaii, USA
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble simulations in protein science2010
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  The 4th Japan-Russia International Workshop on Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS'10)
- 発表場所
  Dubna-Moscow, Russia[Invited Keynote Talk]
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Folding and misfolding simulations of biomolecules2010
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  The 10th Taiwan International Symposium on Statistical Physics (StatPhys-Taiwan-2010)
- 発表場所
  Taipei, Taiwan(招待)
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for multiscale biomolecular simulations2010
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  BioScience2010: Workshop on Expanding the Frontiers of Biomolecular Science
- 発表場所
  Juelich, Germany
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Residual entropy of ordinary ice calculated from multicanonical Monte Carlo simulations2010
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto, C.Muguruma, B.A.Berg
- 学会等名
  21st IUPAC International Conference on Chemical Thermodynamics ICCT-2010
- 発表場所
  Tsukuba Japan
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Protein structure predictions by generalized-ensemble simulations2009
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  Zing Conference on Nanobiophysics, Nanochemistry, Nanomedicine and Nanotoxicology
- 発表場所
  Antigua
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] 揺らぎを誘起する拡張アンサンブル法によるタンパク質の折畳みシミュレーション(招待講演)2009
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  第9回日本蛋白質科学会
- 発表場所
  熊本
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] 計算機シミュレーションによる蛋白質分子の立体構造予測(招待講演)2009
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  分子研シンポジウム
- 発表場所
  岡崎
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Protein folding simulations and optimization of potential energy functions for protein systems (invited)2009
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  第2回Road to Ab Initio Design of Materials and Bio-Artifacts研究会
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2009-06-25
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] 拡張アンサンブル法によるナノシミュレーション～蛋白質分子の立体構造予測～(招待講演)2009
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  日本材料学会分子動力学部門委員会・北陸信越支部合同研究会「ナノスケール現象のその場観察～顕微鏡と原子シミュレーションの役割～」
- 発表場所
  金沢大学
- 年月日
  2009-07-03
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of water and biomolecules (invited)2009
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 6^<th> Open Workshop of the Scientific Reseach in Priority Areas : Water and Biomolecules
- 発表場所
  Okazaki, Japan
- 年月日
  2009-03-16
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of bionanostructures (invited)2009
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  The 238th American Chemical Society National Meeting
- 発表場所
  Washington, D.C., USA
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of biomolecular systems (invited)2009
- 著者名/発表者名
  Y Okamoto
- 学会等名
  Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences-Experiments and Simulations
- 発表場所
  Seoul, Korea
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for protein structure predictions [Keynote Talk] (invited)2009
- 著者名/発表者名
  Y.SaKae, Y.Okamoto
- 学会等名
  2009 International Conference on Computational & Experimental Engineering and Sciences
- 発表場所
  Phuket, Thailand
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble simulations in biomolecular science (invited)2009
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  The 2nd Japan-Korea Seminars on Biomolecular Sciences-Experiments and Simulations
- 発表場所
  名古屋
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for protein structure predictions2009
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  2009 International Conference on Computational, &, Experimental Engineering and Sciences, ICCES'09
- 発表場所
  Phuket, Thailand[Invited Keynote Talk]
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of biomolecular systems2009
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences. Experiments and Simulations
- 発表場所
  Seoul, Korea
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for protein structure predictions2009
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  [Keynote Talk] 2009 International Conference on Computational & Experimental Engineering and Sciences, ICCES'09
- 発表場所
  Phuket, Thailand
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] 拡張アンサンブル法で探るタンパク質のフォールディングとミスフォールディング(招待講演)2009
- 著者名/発表者名
  伊藤暁、岡本祐幸
- 学会等名
  大阪大学蛋白質研究所セミナー「蛋白質立体構造を基盤とするプリオン現象の解明と制御」
- 発表場所
  大阪大学、吹田
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Protein structure predictions by generalized-ensemble simulations (invited)2009
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  Zing Conference on Nanobiophysics, Nanochemistry, Nanomedicine and Nanotoxicology
- 発表場所
  Antigua
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of bionanostructures2009
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 238th American Chemical Society National Meeting
- 発表場所
  Washington, D.C., U.S.A.
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] 拡張アンサンブル法:状態空間の効率的なサンプリング(招待講演)2009
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  分野横断型研究会「アルゴリズムによる計算科学の融合と発展」
- 発表場所
  筑波大学計算科学研究センター、つくば
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Molecular Simulations by Generalized-Ensemble Algorithms2009
- 著者名/発表者名
  Y.Okamoto
- 学会等名
  International Symposiumm on "Reaction Dynamics of Many-Body Chemical Systems" (RDMCS2009)
- 発表場所
  京都大学
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20107002
[学会発表] Computer simulationsof spin systems arid biomolecular systems in Geberalized ensembles2008
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 9^<th> Taiwan Inter. Symp. on Statistical Physics (Statphys-Taiwan-2008)
- 発表場所
  Taipei, Taiwan(invited)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20038025
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for protein folding and misfolding2008
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 8th KIAS-Yonsei Conf. on Protein Structure and Function
- 発表場所
  Seoul, Korea(invited)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20038025
[学会発表] Replica-exchange method and its generalizations2008
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 235^<th> American Chem. Soc Nat. Meeting Symp. Under the Computers in Chemistry
- 発表場所
  New Orleans, Luisiana, U.S.A(COMP) (invited)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20038025
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for simulations in molecular Nanoscience2008
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto
- 学会等名
  The 1^<st> Inter. Conf. of The Grand Challenge to Next-Generation Integrated nanscience
- 発表場所
  Tokyo, Japan(invited)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20038025
[学会発表] Protein folding simulations in generalized ensembles2007
- 著者名/発表者名
  Y. Okamoto(招待講演)
- 学会等名
  Mainz Materials Simulation Days 2007 (MMSD 2007)
- 発表場所
  Mainz, Germany
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15076213
[学会発表] Enhanced configurational sampling methods for spin systems and biomolecular systems
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  XXVI IUPAP Conference on Computational Physics, CCP2014
- 発表場所
  Boston, Massachusetts, USA
- 年月日
  2014-08-11 – 2014-08-14
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] 拡張アンサンブル法による分子シミュレーション
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  第3回産学連携シンポジウム「HPCの利用と成果と人材」
- 発表場所
  名古屋大学（愛知県）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Simulational physics in generalized ensemble
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  VII Brazilian Meeting on Simulational Physics
- 発表場所
  Joao Pessoa, Brazil
- 年月日
  2013-08-06 – 2013-08-10
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 分子シミュレーションにおける拡張アンサンブル法
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  第８回分子シミュレーションスクール　－基礎から応用までー
- 発表場所
  岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市）
- 年月日
  2014-10-14 – 2014-10-17
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Computer simulations of protein folding, ligand binding, and proton transfer
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  2nd International Conference on Computational Science and Engineering (2nd ICCSE 2014)
- 発表場所
  Ho Chi Minh City, Vietnam
- 年月日
  2014-08-21 – 2014-08-23
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] 生体分子集団および人工分子集団の相互作用と大規模構造転換
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  生命システムにおける動的秩序形成と高次機能発現　第1回公開シンポジウム
- 発表場所
  岡崎コンファレンスセンター(愛知県）
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Computer modeling of complex systems by generalized-ensemble simulations
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 2013 Hong Kong Workshop in Computer Modeling of Complex Processes
- 発表場所
  Hong Kong
- 年月日
  2013-12-17 – 2013-12-20
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Drug design by generalized-ensemble simulations
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 6th Japan-Russia International Workshop onMolecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS-2014)
- 発表場所
  Moscow, Russia
- 年月日
  2014-09-21 – 2014-09-22
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Enhanced sampling techniques for spin and biological systems
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 10th AIMS Conference on Dynamical Systems, Differential Equations and Applications
- 発表場所
  Madrid, Spain
- 年月日
  2014-07-07 – 2014-07-11
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] 拡張アンサンブル法による生体分子の立体構造予測
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  TCCI第5回研究会
- 発表場所
  岡崎市、愛知県、日本
- 年月日
  2014-10-17 – 2014-10-18
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of biological molecular assembly and artificial molecular aseembly
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biological Systems for Creation of Integrated Functions
- 発表場所
  京都、日本
- 年月日
  2014-01-11 – 2014-01-12
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Interactions among biological molecular assembly and among artificial molecular assebly and large-scale structural transformations
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
- 発表場所
  合歓の郷、志摩市、三重県、日本
- 年月日
  2015-01-10 – 2015-01-11
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 生体分子集団の相互作用と自由エネルギー計算
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  第14回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  横浜市、神奈川県、日本
- 年月日
  2014-06-25 – 2014-06-27
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 拡張アンサンブル密度汎関数分子動力学法によるＡＴＰ加水分解の研究
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  新学術領域研究「コンピューティクスによる物質デザイン：複合相関と非平衡ダイナミクス」平成25年度第１回研究会
- 発表場所
  東京、日本
- 年月日
  2013-07-08 – 2013-07-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Reweighting techniques for Monte Carlo and molecular dynamics simulations
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 13th KIAS Protein Folding Winter School
- 発表場所
  High1Resort, Korea
- 年月日
  2014-01-19 – 2014-01-24
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for free energy calculations
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  Free Energy Calculations: Three Decades of Adventure in Chemistry and Biophysics
- 発表場所
  Snowmass, Colorado, USA
- 年月日
  2013-07-15 – 2013-07-19
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Drug design by generalized-ensemble simulations
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 6th Japan-Russia International Workshop onMolecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS-2014)
- 発表場所
  Moscow, Russia
- 年月日
  2014-09-21 – 2014-09-22
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Protein folding and ligand binding simulations by generaized-ensemble algorithms [Invited Talk]
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 7th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
- 発表場所
  Seoul 、Korea
- 年月日
  2014-11-26 – 2014-11-28
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble simulations of spin and biological systems
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 1st International Symposium on Computational Materials and Biological Sciences
- 発表場所
  東京、日本
- 年月日
  2013-09-10 – 2013-09-12
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Enhanced-sampling simulations of spin and biological systems
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  West-Lake International Workshop on Statistical Physics and Complex Systems
- 発表場所
  Hangzhou, China
- 年月日
  2013-11-08 – 2013-11-10
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Computer simulations of protein folding, ligand binding, and proton transfer
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  2nd International Conference on Computational Science and Engineering (2nd ICCSE 2014)
- 発表場所
  Ho Chi Minh City, Vietnam
- 年月日
  2014-08-21 – 2014-08-23
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Enhanced sampling techniques for spin and biological systems
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 10th AIMS Conference on Dynamical Systems, Differential Equations and Applications Special Session “Enhanced Sampling Techniques in Simulation of Complex Systems”
- 発表場所
  Madrid, Spain
- 年月日
  2014-07-07 – 2014-07-11
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 生体分子集団および人工分子集団の相互作用と大規模構造転換
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  新学術領域研究「動的秩序と機能」全体班会議
- 発表場所
  小松市、石川県、日本
- 年月日
  2014-08-04 – 2014-08-07
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Protein folding and ligand binding simulations by generaized-ensemble algorithms
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 7th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences – Experiments and Simulations
- 発表場所
  Seoul, Korea
- 年月日
  2014-11-26 – 2014-11-28
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Lecture 1: An introduction to replica-exchange molecular dynamics simulation Lecture 2: Generalized-ensemble algorithms
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 11th Thai Summer School of Computational Chemistry 2015 Workshop: Replica Exchange Molecular Dynamics Simulation
- 発表場所
  Nan, Thailand
- 年月日
  2015-01-04 – 2015-01-07
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 拡張アンサンブル法による生体分子の立体構造予測
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  TCCI第5回研究会
- 発表場所
  岡崎市、愛知県、日本
- 年月日
  2014-10-17 – 2014-10-18
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Protein folding and ligand binding simulations by generaized-ensemble algorithms
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 7th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences – Experiments and Simulations
- 発表場所
  Seoul, Korea
- 年月日
  2014-11-26 – 2014-11-28
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Enhanced sampling techniques for spin and biological systems
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 10th AIMS Conference on Dynamical Systems, Differential Equations and Applications Special Session “Enhanced Sampling Techniques in Simulation of Complex Systems”
- 発表場所
  Madrid, Spain
- 年月日
  2014-07-07 – 2014-07-11
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] 分子シミュレーションにおける拡張アンサンブル法
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  第８回分子シミュレーションスクール　－基礎から応用までー
- 発表場所
  岡崎市、愛知県、日本
- 年月日
  2014-10-14 – 2014-10-17
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] 分子シミュレーションにおける拡張アンサンブル法
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  第８回分子シミュレーションスクール　－基礎から応用までー
- 発表場所
  岡崎市、愛知県、日本
- 年月日
  2014-10-14 – 2014-10-17
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] An introduction to replica-exchange molecular dynamics simulation
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 11th Thai Summer School of Computational Chemistry 2015 Workshop: Replica Exchange Molecular Dynamics Simulation
- 発表場所
  Nan, Thailand
- 年月日
  2015-01-04 – 2015-01-07
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Enhanced sampling algorithms for biomolecular simulations
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  International Workshop on Computational Biomolecular
- 発表場所
  長野、日本
- 年月日
  2014-03-31 – 2014-04-01
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 生体分子集団の相互作用と自由エネルギー計算
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  第14回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  横浜市、神奈川県、日本
- 年月日
  2014-06-25 – 2014-06-27
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for molecular simulations
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS 2013)
- 発表場所
  神戸市、日本
- 年月日
  2013-11-18 – 2013-11-20
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Enhanced configurational sampling methods for spin systems and biomolecular systems
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  XXVI IUPAP Conference on Computational Physics, CCP2014
- 発表場所
  Boston, Massachusetts, USA
- 年月日
  2014-08-11 – 2014-08-14
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for first-principles electronic structure calculations
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  16th Asian Workshop on First-Principles Electronic Structure Calculations (ASIAN-16)
- 発表場所
  Beijing, China
- 年月日
  2013-10-27 – 2013-10-30
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 拡張アンサンブル法による生体分子の高次構造と機能の解明
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  物性研スパコン共同利用・CMSI合同研究会（第4回CMSI研究会）
- 発表場所
  柏市、日本
- 年月日
  2013-12-11 – 2013-12-13
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Invitation to serve as a Discussion Leader and present the following talk:“Generalized-ensemble algorithms for simulations of spin and bimolecular systems”
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 28th Annual Workshop of the Center of Simulational Physics: Recent Developments in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics
- 発表場所
  Athens, Georgia, U.S.A.
- 年月日
  2015-02-23 – 2015-02-27
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Computer simulations of protein folding, ligand binding, and proton transfer
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  2nd International Conference on Computational Science and Engineering (2nd ICCSE 2014)
- 発表場所
  Ho Chi Minh City, Vietnam
- 年月日
  2014-08-21 – 2014-08-23
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Protein folding and unfolding simulations by generalized-ensemble algorithms
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Dushanbe Symposium on Computational Materials and Biological Sciences (DSCMBS-2014)
- 発表場所
  Dushanbe, Tajikistan
- 年月日
  2014-09-23 – 2014-09-28
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Generalized-ensemble algorithms for simulations of spin and bimolecular systems
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 28th Annual Workshop of the Center of Simulational Physics: Recent Developments in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics
- 発表場所
  Athens, Georgia, U.S.A.
- 年月日
  2015-02-23 – 2015-02-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 生体分子集団および人工分子集団の相互作用と大規模構造転換
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  新学術領域研究「動的秩序と機能」全体班会議
- 発表場所
  小松市、石川県、日本
- 年月日
  2014-08-04 – 2014-08-07
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Enhanced configurational sampling methods for spin systems and biomolecular systems
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  XXVI IUPAP Conference on Computational Physics, CCP2014
- 発表場所
  Boston, Massachusetts, USA
- 年月日
  2014-08-11 – 2014-08-14
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] 拡張アンサンブル法による分子シミュレーション
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  第3回産学連携シンポジウム「HPCの利用と成果と人材」
- 発表場所
  名古屋、日本
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Drug design by generalized-ensemble simulations
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 6th Japan-Russia International Workshop onMolecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS-2014)
- 発表場所
  Moscow, Russia
- 年月日
  2014-09-21 – 2014-09-22
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001
[学会発表] Protein folding and unfolding simulations by generalized-ensemble algorithms
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Dushanbe Symposium on Computational Materials and Biological Sciences (DSCMBS-2014)
- 発表場所
  Dushanbe, Tajikistan
- 年月日
  2014-09-23 – 2014-09-28
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Interactions among biological molecular assembly and among artificial molecular assebly and large-scale structural transformations
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
- 発表場所
  合歓の郷、志摩市、三重県、日本
- 年月日
  2015-01-10 – 2015-01-11
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] Protein folding and unfolding simulations by generalized-ensemble algorithms
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  Dushanbe Symposium on Computational Materials and Biological Sciences (DSCMBS-2014)
- 発表場所
  Dushanbe, Tajikistan
- 年月日
  2014-09-23 – 2014-09-28
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25247071
[学会発表] Lecture 1: An introduction to replica-exchange molecular dynamics simulation Lecture 2: Generalized-ensemble algorithms
- 著者名/発表者名
  Yuko OKAMOTO
- 学会等名
  The 11th Thai Summer School of Computational Chemistry 2015 Workshop: Replica Exchange Molecular Dynamics Simulation
- 発表場所
  Nan, Thailand
- 年月日
  2015-01-04 – 2015-01-07
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-25102009
[学会発表] 生体分子集団の相互作用と自由エネルギー計算
- 著者名/発表者名
  岡本祐幸
- 学会等名
  第14回日本蛋白質科学会年会
- 発表場所
  ワークピア横浜(神奈川県横浜市）
- 年月日
  2014-06-25 – 2014-06-27
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-ORGANIZER-25102001

1. 寺嶋正秀 (00188674)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 1件
2. 加藤晃一 (20211849)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 8件
3. 芳坂貴弘 (30263619)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 1件
4. 中沢隆 (30175492)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
5. 平岡秀一 (10322538)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
6. 稲垣直之 (20223216)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
7. 上久保裕生 (20311128)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
8. 佐藤宗太 (40401129)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 4件
9. 佐藤啓文 (70290905)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 4件
10. 片岡幹雄 (30150254)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 上岡龍一 (70099076)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 平田文男 (90218785)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 桑島邦博 (70091444)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
14. 倭剛久 (90251587)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
15. 光武亜代理 (00338253)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
16. 足立伸一 (60260220)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
17. 奥村久士 (80360337)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 12件
18. 山口拓実

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
19. 佐藤匡史

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
20. 矢木宏和

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
21. 矢木真穂

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
22. 田村康

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
23. IRLE Stephan

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
24. 森義治

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

岡本 祐幸 OKAMOTO Yuko

研究課題

研究成果

共同研究者

生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現の研究推進のための国際活動支援

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現の研究に関する総括

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

生体分子集団および人工分子集団の相互作用と大規模構造転換研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

拡張アンサンブル密度汎関数分子動力学法によるATP加水分解の研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

拡張アンサンブル法による蛋白質への小分子結合機構の研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

多自由度・大規模系における反応と構造空間探索

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

蛋白質系分子シミュレーションのための新規エネルギー関数の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

揺らぎが機能を決める生命分子の科学の研究取りまとめ

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

構造ゆらぎを促進する分子シミュレーション手法の開発と自由エネルギー計算研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

拡張アンサンブル法による蛋白質折り畳み機構の研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

拡張アンサンブル法による蛋白質の立体構造予測研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究機関

マルチカノニカル法によるX線及びNMR実験データに基づく生体高分子の立体構造解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

新最適化アルゴリズムによるタンパク質の折れたたみの研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究機関

岡本祐幸 OKAMOTO Yuko

[図書] 「計算科学講座」第９巻「超多自由度系の最適化」第２章「拡張アンサンブル法」2013