市瀬夏洋 Ichinose Natsuhiro

研究者番号	70302750
その他のID
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所属 (現在)	2025年度: 京都女子大学, データサイエンス学部, 教授 2025年度: 京都大学, 情報学研究科, 特定准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2025年度: 京都女子大学, データサイエンス学部, 教授 2023年度: 京都女子大学, データサイエンス学部, 教授 2021年度 – 2023年度: 京都大学, 情報学研究科, 特定准教授 2015年度 – 2020年度: 京都大学, 情報学研究科, 助教 2012年度: 京都大学, 情報研究科, 助教 … もっと見る 2008年度 – 2012年度: 京都大学, 情報学研究科, 助教 2003年度 – 2004年度: 京都大学, 情報学研究科, 助手 2003年度: 京都大学, 大学院・情報学研究科, 助手 2001年度 – 2002年度: 東京大学, 医科学研究所, 助手 2000年度: 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助手隠す
審査区分/研究分野	研究代表者小区分61040:ソフトコンピューティング関連 / 生物系 / ゲノム情報科学 / 情報通信工学研究代表者以外中区分60:情報科学、情報工学およびその関連分野 / 中区分45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野 / 構成的システム生物学 / 基礎ゲノム科学 / システムゲノム科学 / 工学基礎
キーワード	研究代表者遺伝子ネットワーク / ロバスト性 / 汎化 / 機械学習 / ロバスト性評価法 / 概念形成 / リカレントネットワーク / ニューラルネットワーク / ネットワークロバスト性 / S-system … もっと見る / genome switching network / 3D visualization / genetic programming / genetic algorithms / non-linear dynamics / evolutionary computation / gene regulatory network / 数理モデリング / 分岐理論 / ネットワーク再構成 / 非線形力学系 / 非線形ダイナミクス / 人工遺伝子ネットワーク / 分岐解析 / 安定性解析 / 非線型ダイナミクス / DNAマイクロアレイ / 摂動 / ゆらぎ / ネットワーク推定 / 対話型進化論的手法 / 進化論的計算手法 / 遺伝的プログラミング / 遺伝的アルゴリズム / 転写制御 / ゲノム / 生体生命情報学 / 決定論的相関 / 決定論性 / スパイク重畳 / 非同期型神経回路 / コインシデンス・ディテクタ / 複合通信 / スパイク列 / 神経回路網モデル … もっと見る研究代表者以外新規細胞タイプ / ウニ / ヒトデ / 遺伝子ネットワーク / 棘皮動物 / 遺伝子制御ネットワーク / 6 / Smc5 / ChIP-chip / ゲノム / 記号論理 / 演繹推論 / ニューラルネットワーク / 機械学習 / 非モデル生物 / 新奇遺伝子 / 変異ロバスト性 / 発生学的浮動 / 遺伝子調節ネットワーク / 進化 / プロモーター / 新規細胞 / 発生進化 / 発生の頑健性 / 遺伝子発現ネットワーク / 個体変異 / 柔軟性 / ネットワーク / 転写制御ネットワーク / 砂時計モデル / 新規遺伝子 / SPILE遺伝子群 / 幼生骨片 / 発生システム浮動 / ネットワーク理論 / 軟体動物 / 形態進化 / chromatin immuno-precipitation / DNA chip / chromosome / cell cycle / cohesin / DNA array / 染色体分配 / 染色体複製 / DNAchip / 染色体代謝 / ゲノム解析 / レプリコン構造 / 複製制御 / 染色体動態 / 染色体構造 / 染色体免疫沈降 / DNAチップ / 染色体 / 細胞周期 / コヒーシン / DNAアレイ / 生物進化 / 選択的スプライシング / 遺伝子発見 / アライメント / 配列比較 / アセスメント / アルゴリズム / スプライシング / 比較ゲノム / RNA-Seq / アラインメント / 次世代シークエンサー / 多様性 / カオス / 反復関数系 / 差分微分代数方程式 / 数理モデル / 画像データ / 形態 / 昆虫隠す

Transformerの演繹推論能力の解明と説明可能なAIへの応用
- 研究代表者
  
  山本章博
- 研究期間 (年度)
  2025 – 2029
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分60:情報科学、情報工学およびその関連分野
- 研究機関
  京都大学
遺伝子ネットワークの変異ロバスト性およびホメオスタシスをもとにした機械学習の汎化研究代表者
- 研究代表者
  
  市瀬夏洋
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分61040:ソフトコンピューティング関連
- 研究機関
  京都女子大学
   京都大学
複雑ネットワークの視点からの新規細胞タイプの進化
- 研究代表者
  
  和田洋
- 研究期間 (年度)
  2018 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野
- 研究機関
  筑波大学
転写制御ネットワークの頑健性と柔軟性、相転移の実験的検証
- 研究代表者
  
  和田洋
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2018
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  構成的システム生物学
- 研究機関
  筑波大学
大量シークエンシング時代に向けた新規配列比較法の開発
- 研究代表者
  
  後藤修
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2012
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  システムゲノム科学
- 研究機関
  独立行政法人産業技術総合研究所
   京都大学
転写制御の符号論的理解研究代表者
- 研究代表者
  
  市瀬夏洋
- 研究期間 (年度)
  2008 – 2010
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  ゲノム情報科学
- 研究機関
  京都大学
網羅的DNA-蛋白相互作用データに基づく染色体のモデル表現
- 研究代表者
  
  白髭克彦
- 研究期間 (年度)
  2003 – 2005
- 研究種目
  
  基盤研究(B)
- 研究分野
  
  基礎ゲノム科学
- 研究機関
  東京工業大学
   独立行政法人理化学研究所
神経回路網を基にしたスパイク列による複合通信に関する研究研究代表者
- 研究代表者
  
  市瀬夏洋
- 研究期間 (年度)
  2000 – 2001
- 研究種目
  
  奨励研究(A)
- 研究分野
  
  情報通信工学
- 研究機関
  東京大学
昆虫の複雑形態の多様性に関する画像解析と数理モデル化
- 研究代表者
  
  合原一幸
- 研究期間 (年度)
  2000 – 2001
- 研究種目
  
  萌芽的研究
- 研究分野
  
  工学基礎
- 研究機関
  東京大学
遺伝子・タンパク質系ダイナミクスの非線形システム的理解研究代表者
- 研究代表者
  
  伊庭斉志, 市瀬夏洋
- 研究期間 (年度)
  2000 – 2004
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学

すべて 2021 2018 2017 2012 2010 2008

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Dynamical robustness and its structural dependence in biological networks2021
- 著者名/発表者名
  Ichinose N, Kawashima T, Yada T, Wada H
- 雑誌名
  
  J Theor Biol
  
  巻: 526 ページ: 110808-110808
- DOI
  10.1016/j.jtbi.2021.110808
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H03335, KAKENHI-PROJECT-18H04004
[雑誌論文] Quasiperiodic-Chaotic Neural Networks and Short-Term Analog Memory.2021
- 著者名/発表者名
  N. Ichinose
- 雑誌名
  
  Int. J. Bifurc. Chaos
  
  巻: 31 号: 01 ページ: 1-18
- DOI
  10.1142/s0218127421300032
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18H04004
[雑誌論文] Asymmetry in indegree and outdegree distributions of gene regulatory networks arising from dynamical robustness2018
- 著者名/発表者名
  Natsuhiro Ichinose, Tetsushi Yada, and Hiroshi Wada
- 雑誌名
  
  Phys. Rev. E
  
  巻: 97 号: 6 ページ: 062315-062315
- DOI
  10.1103/physreve.97.062315
- NAID
  120007133990
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-15KT0074
[雑誌論文] Estimating optimal sparseness of developmental gene networks using a semi-quantitative model.2017
- 著者名/発表者名
  Ichinose N, Yada T, Wada H.
- 雑誌名
  
  PLoS One
  
  巻: 12 号: 4 ページ: e0176492-e0176492
- DOI
  10.1371/journal.pone.0176492
- NAID
  120006309309
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-15H01358, KAKENHI-PROJECT-15KT0074
[雑誌論文] Identification of a new clock-related element EL-box involved in circadian regulation by BMAL1/CLOCK and HES12012
- 著者名/発表者名
  Ueshima, T., Kawamoto, T., Honda, K.K, Noshiro, M., Fujimoto, K., Nakao, S., Ichinose, N., Hashimoto, S., Gotoh, O., Kato, Y
- 雑誌名
  
  Gene
  
  巻: 510 (2) 号: 2 ページ: 118-125
- DOI
  10.1016/j.gene.2012.08.022
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22310124, KAKENHI-PROJECT-22590223, KAKENHI-PROJECT-22592067, KAKENHI-PROJECT-22592068
[雑誌論文] Large-scale motif discovery using DNA Gray code and equiprobable oligomers2012
- 著者名/発表者名
  Ichinose,N., Yada,T.,Gotoh,O.
- 雑誌名
  
  Bioinform
  
  巻: 28 号: 1 ページ: 25-31
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btr606
- NAID
  120004873969
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240032, KAKENHI-PROJECT-22310124, KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] Reconstruction of transcription-translation dynamics with a model of gene networks2008
- 著者名/発表者名
  N. Ichinose, T. Yada, O. Gotoh, K. Aihara
- 雑誌名
  
  Journal of Theoretical Biology 255(4)
  
  ページ: 378-386
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20651053
[学会発表] Detection of splice junctions from mid-to-long RNA-seq reads by Spaln2012
- 著者名/発表者名
  Zeng, C., Iwata, H., Ichinose, N., Yata, T., Gotoh, O
- 学会等名
  GIW 2012
- 発表場所
  National Cheng Kung University, Tainan, Taiwan
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22310124
[学会発表] Memory Management of Pairwise Alignment Using Garbage Collection2010
- 著者名/発表者名
  Ichinose, N., Yada, T. and Gotoh, O
- 学会等名
  JSBi
- 発表場所
  九州大学医学部百年講堂,, Fukuoka(福岡県)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22310124
[学会発表] Memory management of pairwise alignment using garbage collection2010
- 著者名/発表者名
  市瀬夏洋、矢田哲士、後藤修
- 学会等名
  The 2010 annual conference of the Japanese society for bioinformatics
- 発表場所
  九州
- 年月日
  2010-12-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20651053
[学会発表] Memory Management of Pairwise Alignment Using Garbage Collection2010
- 著者名/発表者名
  Ichinose, N., Yada, T., Gotoh O.
- 学会等名
  the 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
- 発表場所
  Fukuoka
- 年月日
  2010-12-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22310124
[学会発表] DNA Gray Code on Regular Polyhedra2008
- 著者名/発表者名
  N. Ichinose, T. Yada, O. Gotoh
- 学会等名
  2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
- 発表場所
  大阪
- 年月日
  2008-12-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20651053

1. 矢田哲士 (10322728)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 4件
2. 合原一幸 (40167218)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
3. 伊庭斉志 (40302773)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
4. 和田洋 (60303806)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 1件
5. 後藤修 (40142111)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 4件
6. 陳洛南 (20298813)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 白髭克彦 (90273854)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 坂東優篤 (90360627)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 野口英樹 (50333349)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 川島武士 (10378531)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 山本章博 (30230535)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 佐藤健 (00271635)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 杉山麿人 (10733876)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
14. 大久保好章 (40271639)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
15. 伊藤公人 (60396314)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
16. 明石望洋 (90973553)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件

市瀬 夏洋 Ichinose Natsuhiro

研究課題

研究成果

共同研究者

Transformerの演繹推論能力の解明と説明可能なAIへの応用

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

遺伝子ネットワークの変異ロバスト性およびホメオスタシスをもとにした機械学習の汎化研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

複雑ネットワークの視点からの新規細胞タイプの進化

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

転写制御ネットワークの頑健性と柔軟性、相転移の実験的検証

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

大量シークエンシング時代に向けた新規配列比較法の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

転写制御の符号論的理解研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

網羅的DNA-蛋白相互作用データに基づく染色体のモデル表現

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

神経回路網を基にしたスパイク列による複合通信に関する研究研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

昆虫の複雑形態の多様性に関する画像解析と数理モデル化

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

遺伝子・タンパク質系ダイナミクスの非線形システム的理解研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] Dynamical robustness and its structural dependence in biological networks2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Quasiperiodic-Chaotic Neural Networks and Short-Term Analog Memory.2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Asymmetry in indegree and outdegree distributions of gene regulatory networks arising from dynamical robustness2018

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

NAID

データソース

市瀬夏洋 Ichinose Natsuhiro