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市瀬 夏洋  Ichinose Natsuhiro

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 70302750
その他のID
外部サイト
所属 (現在) 2019年度: 京都大学, 情報学研究科, 助教
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2015年度 – 2019年度: 京都大学, 情報学研究科, 助教
2012年度: 京都大学, 情報研究科, 助教
2008年度 – 2012年度: 京都大学, 情報学研究科, 助教
2003年度 – 2004年度: 京都大学, 情報学研究科, 助手
2003年度: 京都大学, 大学院・情報学研究科, 助手
2001年度 – 2002年度: 東京大学, 医科学研究所, 助手
2000年度: 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助手
審査区分/研究分野
研究代表者
情報通信工学 / ゲノム情報科学 / 生物系
研究代表者以外
工学基礎 / システムゲノム科学 / 基礎ゲノム科学 / 構成的システム生物学 / 中区分45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野
キーワード
研究代表者
神経回路網モデル / スパイク列 / 複合通信 / コインシデンス・ディテクタ / 非同期型神経回路 / スパイク重畳 / 決定論性 / 決定論的相関 / 生体生命情報学 / ゲノム … もっと見る / 転写制御 / 遺伝的アルゴリズム / 遺伝的プログラミング / 進化論的計算手法 / 対話型進化論的手法 / 遺伝子ネットワーク / ネットワーク推定 / ゆらぎ / 摂動 / DNAマイクロアレイ / 非線型ダイナミクス / 安定性解析 / 分岐解析 / 人工遺伝子ネットワーク / 非線形ダイナミクス / 非線形力学系 / ネットワーク再構成 / 分岐理論 / 数理モデリング / gene regulatory network / evolutionary computation / non-linear dynamics / genetic algorithms / genetic programming / 3D visualization / genome switching network / S-system … もっと見る
研究代表者以外
ChIP-chip / Smc5 / 6 / 遺伝子ネットワーク / ヒトデ / ウニ / 棘皮動物 / 新規細胞タイプ / 昆虫 / 形態 / 画像データ / 数理モデル / 差分微分代数方程式 / 反復関数系 / カオス / 多様性 / 次世代シークエンサー / アラインメント / ゲノム / RNA-Seq / 比較ゲノム / スプライシング / アルゴリズム / アセスメント / 配列比較 / アライメント / 遺伝子発見 / 選択的スプライシング / 生物進化 / DNAアレイ / コヒーシン / 細胞周期 / 染色体 / DNAチップ / 染色体免疫沈降 / 染色体構造 / 染色体動態 / 複製制御 / レプリコン構造 / ゲノム解析 / 染色体代謝 / DNAchip / 染色体複製 / 染色体分配 / DNA array / cohesin / cell cycle / chromosome / DNA chip / chromatin immuno-precipitation / 幼生骨片 / 軟体動物 / SPILE遺伝子群 / 新規遺伝子 / 形態進化 / 砂時計モデル / 転写制御ネットワーク / 遺伝子制御ネットワーク / 発生学的浮動 隠す
  • 研究課題

    (8件)
  • 研究成果

    (9件)
  • 共同研究者

    (15人)
  •  複雑ネットワークの視点からの新規細胞タイプの進化継続中

    • 研究代表者
      和田 洋
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 審査区分
      中区分45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野
    • 研究機関
      筑波大学
  •  転写制御ネットワークの頑健性と柔軟性、相転移の実験的検証継続中

    • 研究代表者
      和田 洋
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      構成的システム生物学
    • 研究機関
      筑波大学
  •  大量シークエンシング時代に向けた新規配列比較法の開発

    • 研究代表者
      後藤 修
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2012
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      システムゲノム科学
    • 研究機関
      独立行政法人産業技術総合研究所
      京都大学
  •  転写制御の符号論的理解研究代表者

    • 研究代表者
      市瀬 夏洋
    • 研究期間 (年度)
      2008 – 2010
    • 研究種目
      挑戦的萌芽研究
    • 研究分野
      ゲノム情報科学
    • 研究機関
      京都大学
  •  網羅的DNA-蛋白相互作用データに基づく染色体のモデル表現

    • 研究代表者
      白髭 克彦
    • 研究期間 (年度)
      2003 – 2005
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      基礎ゲノム科学
    • 研究機関
      東京工業大学
      独立行政法人理化学研究所
  •  神経回路網を基にしたスパイク列による複合通信に関する研究研究代表者

    • 研究代表者
      市瀬 夏洋
    • 研究期間 (年度)
      2000 – 2001
    • 研究種目
      奨励研究(A)
    • 研究分野
      情報通信工学
    • 研究機関
      東京大学
  •  昆虫の複雑形態の多様性に関する画像解析と数理モデル化

    • 研究代表者
      合原 一幸
    • 研究期間 (年度)
      2000 – 2001
    • 研究種目
      萌芽的研究
    • 研究分野
      工学基礎
    • 研究機関
      東京大学
  •  遺伝子・タンパク質系ダイナミクスの非線形システム的理解研究代表者

    • 研究代表者
      伊庭 斉志, 市瀬 夏洋
    • 研究期間 (年度)
      2000 – 2004
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      東京大学

すべて 2017 2012 2010 2008

すべて 雑誌論文 学会発表

  • [雑誌論文] Estimating Optimal Sparseness of Developmental Gene Networks Using a Semi-quantitative Model2017

    • 著者名/発表者名
      Natsuhiro Ichinose, Testushi Yada and Hiroshi Wada
    • 雑誌名

      Plos One

      巻: 12

    • DOI
      10.1371/journal.pone.0176492.g008
    • 査読あり / オープンアクセスとしている
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15KT0074
  • [雑誌論文] Identification of a new clock-related element EL-box involved in circadian regulation by BMAL1/CLOCK and HES1.2012

    • 著者名/発表者名
      Ueshima, T., Kawamoto, T., Honda, K.K, Noshiro, M., Fujimoto, K., Nakao, S., Ichinose, N., Hashimoto, S., Gotoh, O., Kato, Y
    • 雑誌名

      Gene

      巻: 510 (2) ページ: 118-125

    • DOI
      10.1016/j.gene.2012.08.022
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310124, KAKENHI-PROJECT-22590223, KAKENHI-PROJECT-22592067, KAKENHI-PROJECT-22592068
  • [雑誌論文] Large-scale motif discovery using DNA Gray code and equiprobabile oligomers2012

    • 著者名/発表者名
      Ichinose,N., Yada,T.,Gotoh,O.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 28 ページ: 25-31

    • DOI
      10.1093/bioinformatics/btr606
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240032, KAKENHI-PROJECT-22310124, KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] Reconstruction of transcription-translation dynamics with a model of gene networks2008

    • 著者名/発表者名
      N. Ichinose, T. Yada, O. Gotoh, K. Aihara
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology 255(4)

      ページ: 378-386

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20651053
  • [学会発表] Detection of splice junctions from mid-to-long RNA-seq reads by Spaln2012

    • 著者名/発表者名
      Zeng, C., Iwata, H., Ichinose, N., Yata, T., Gotoh, O
    • 学会等名
      GIW 2012
    • 発表場所
      National Cheng Kung University, Tainan, Taiwan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310124
  • [学会発表] Memory Management of Pairwise Alignment Using Garbage Collection2010

    • 著者名/発表者名
      Ichinose, N., Yada, T. and Gotoh, O
    • 学会等名
      JSBi
    • 発表場所
      九州大学医学部百年講堂,, Fukuoka(福岡県)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310124
  • [学会発表] Memory management of pairwise alignment using garbage collection2010

    • 著者名/発表者名
      市瀬夏洋、矢田哲士、後藤修
    • 学会等名
      The 2010 annual conference of the Japanese society for bioinformatics
    • 発表場所
      九州
    • 年月日
      2010-12-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20651053
  • [学会発表] Memory Management of Pairwise Alignment Using Garbage Collection2010

    • 著者名/発表者名
      Ichinose, N., Yada, T., Gotoh O.
    • 学会等名
      the 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 年月日
      2010-12-14
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22310124
  • [学会発表] DNA Gray Code on Regular Polyhedra2008

    • 著者名/発表者名
      N. Ichinose, T. Yada, O. Gotoh
    • 学会等名
      2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2008-12-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20651053
  • 1.  矢田 哲士 (10322728)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 2件
  • 2.  伊庭 斉志 (40302773)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 3.  和田 洋 (60303806)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 1件
  • 4.  後藤 修 (40142111)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 5件
  • 5.  合原 一幸 (40307218)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 6.  陳 洛南 (20298813)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 7.  白髭 克彦 (90273854)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 8.  合原 一幸 (40167218)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 9.  坂東 優篤 (90360627)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 10.  野口 英樹 (50333349)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 11.  川島 武士 (10378531)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 12.  五斗 進
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 13.  能城 光秀
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 14.  藤本 勝巳
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 15.  河本 健
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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