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杉田 有治  SUGITA Yuji

ORCIDORCID連携する *注記
… 別表記

杉田 有冶  スギタ ユウジ

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研究者番号 80311190
その他のID
外部サイト
所属 (現在) 2025年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究所, 主任研究員
2025年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, 副センター長
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2018年度 – 2024年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 主任研究員
2016年度 – 2017年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 主任研究員研究室等, 主任研究員
2015年度 – 2017年度: 国立研究開発法人理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 主任研究員
2016年度: 理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 主任研究員
2015年度: 国立研究開発法人理化学研究所, その他部局等, 主任研究員 … もっと見る
2014年度: 独立行政法人理化学研究所, その他部局等, その他
2012年度 – 2014年度: 独立行政法人理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 主任研究員
2010年度 – 2011年度: 独立行政法人理化学研究所, 杉田理論生物化学研究室, 准主任研究員
2008年度: 独立行政法人理化学研究所, 杉田理論生物化学研究室, 准主任研究員
2007年度: 理化学研究所, 杉田理論生物化学研究室, 准主任研究員
2006年度: 独立行政法人理化学研究所, 中央研究所, 准主任研究員
2002年度 – 2006年度: 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 講師
1999年度 – 2001年度: 岡崎国立共同研究機構, 分子科学研究所, 助手 隠す
審査区分/研究分野
研究代表者
生物系 / 複合領域 / 学術変革領域研究区分(Ⅲ) / 大区分G / 生命・健康・医療情報学 / 生物物理学 / 生物物理学
研究代表者以外
複合領域 / 学術変革領域研究区分(Ⅲ) / 物理系薬学 / 生命・健康・医療情報学 / 生体関連化学 / 理工系
キーワード
研究代表者
分子動力学 / 分子動力学法 / レプリカ交換法 / 拡張アンサンブル法 / 膜タンパク質 / マルチカノニカル法 / 細胞内環境 / 生体超分子複合体 / 自由エネルギー計算 / Tom20複合体 … もっと見る / 蛋白質間相互作用 / シミュレーション / 分子動力学計算 / 膜蛋白質 / データ駆動方モデリング / クロススケールモデリング / データ駆動モデリング / 分子ダイナミクス / クロススケールモデル / 分子動力学シミュレーション / マルチスケールシミュレーション / 蛋白質の構造柔軟性 / 酵素反応 / 蛋白質構造柔軟性 / マルチスケール / 機械学習 / 酵素反応解析 / 分子混雑環境 / スーパーコンピュータ / SAXS / NMR / 酵素反応ダイナミクス / 液液相分離 / 細胞内分子混雑環境 / マルチスケールモデル / 電子顕微鏡 / 構造解析法 / マルチスケール法 / 粗視化分子モデル / マルチスケール・マルチレゾリューション / フレキシブルフィッティグ / 一分子構造解析 / クライオ電子顕微鏡 / CMAP補正 / レプリカ交換分子動力学法 / レクチン / 糖鎖 / 低親和性複合体構造予測 / タンパク質ーリガンド認識 / レクチンOS9 / 分子認識 / 糖鎖複合体 / 分子シミュレーション / 有限温度String法 / 動的な複合体形成 / プレ配列認識機構 / 動的平衡 / 蛋白質/蛋白質相互作用 / 自由エネルギー / 分子認識機構 / 膜タンパク / イオン能動輸送 / プロトン化 / 生体膜 / 膜透過装置 / 物質輸送 / トランスロコン / イオンポンプ / 分子力場ポテンシャル / アミノ酸変異 / ヒトリゾチーム / 自由エネルギー摂動法 / C-peptide / Met-enkehpalin / 分子シミュレーション法 / 蛋白質折れ畳み問題 … もっと見る
研究代表者以外
N型糖鎖 / NMR / 動的構造 / 蛋白質 / X線結晶解析 / クライオ電電子線トモグラフィー / in-cell AFM / In-cell AFM / In-cell NMR / 超解像イメージング / クライオ電子線トモグラフィー / クロススケール / 新測定技術 / 構造生命科学 / DCIR2 / CLEC-2 / GnT-III / バイセクトGlcNAc / PIM / ZG16p / DCIR / PHA-E / Calsepa / 大量発現 / 気相電気泳動法 / βグルカン / Dectin-1 / 立体構造 / 分子動力学 / X線結晶構造解析 / 相互作用 / 分枝構造 / ダイナミクス / レクチン / 糖鎖 / 立体構造予測 / 衝突断面積 / イオンモビリティー質量スペクトル / レプリカ交換法 / 分子動力学計算 / 海外共同研究者受入 / 海外研究者招聘 / 海外講演者招聘 / 海外研究者受入 / 海外派遣 / 国際共同研究 / 環境科学 / 窒素循環 / 分子進化 / 温室効果ガス / 酵素反応 / 膜タンパク質 / 金属酵素 / 呼吸酵素 / 一酸化窒素還元酵素 / 脱窒 / 一酸化窒素 / X線結晶学 / X線結晶学 / AFM / NMR / 計算科学 / タンパク質 / 計算シミュレーション / 結晶解析 / ODMR / AFM / 測定技術 / ATPase / X線結晶 / イオンポンプ / 膜蛋白質 / 能動輸送 / 生物物理 / スピン軌道相互作用 / モデル内殻ポテンシャル / 分子軌道法 隠す
  • 研究課題

    (21件)
  • 研究成果

    (319件)
  • 共同研究者

    (51人)
  •  総括班:クロススケール新生物学

    • 研究代表者
      吉川 雅英
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2025
    • 研究種目
      学術変革領域研究(A)
    • 審査区分
      学術変革領域研究区分(Ⅲ)
    • 研究機関
      東京大学
  •  クロススケール細胞内分子構造動態の実験データ融合モデリング研究代表者

    • 研究代表者
      杉田 有治
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2025
    • 研究種目
      学術変革領域研究(A)
    • 審査区分
      学術変革領域研究区分(Ⅲ)
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  「動的構造生命科学を拓く新発想測定技術」の成果取りまとめを目指した組織活動

    • 研究代表者
      神田 大輔
    • 研究期間 (年度)
      2019
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      九州大学
  •  マルチスケール分子動力学シミュレーションによる細胞内分子動態の解明研究代表者

    • 研究代表者
      杉田 有治
    • 研究期間 (年度)
      2019 – 2023
    • 研究種目
      基盤研究(S)
    • 審査区分
      大区分G
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  動的構造生命科学研究領域における海外ネットワーク形成を目指した支援活動

    • 研究代表者
      神田 大輔
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2018
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      九州大学
  •  動的構造生命科学を拓く新発想測定技術-タンパク質が動作する姿を活写する-

    • 研究代表者
      神田 大輔
    • 研究期間 (年度)
      2014 – 2018
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      九州大学
  •  マルチレゾリューション法を用いたタンパク質複合体の高解像度動的解析研究代表者

    • 研究代表者
      杉田 有治
    • 研究期間 (年度)
      2014 – 2018
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  一酸化窒素の生体内動態の分子科学

    • 研究代表者
      城 宜嗣
    • 研究期間 (年度)
      2014 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(S)
    • 研究分野
      生体関連化学
    • 研究機関
      兵庫県立大学
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  タンパク質・糖鎖の低親和性複合体構造の予測研究代表者

    • 研究代表者
      杉田 有治
    • 研究期間 (年度)
      2013
    • 研究種目
      挑戦的萌芽研究
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      独立行政法人理化学研究所
  •  糖鎖立体構造の網羅的モデリングとデー タベース開発

    • 研究代表者
      李 秀栄
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2015
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  分岐型糖鎖における分枝構造の非対称性の解析とその構造基盤

    • 研究代表者
      山口 芳樹
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2016
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      物理系薬学
    • 研究機関
      国立研究開発法人理化学研究所
  •  タンパク質複合体形成の分子機構と自由エネルギー解析研究代表者

    • 研究代表者
      杉田 有治
    • 研究期間 (年度)
      2012 – 2013
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      独立行政法人理化学研究所
  •  タンパク質複合体形成のダイナミクスと分子認識機構の解明研究代表者

    • 研究代表者
      杉田 有治
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2011
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      独立行政法人理化学研究所
  •  分子シミュレーションによる膜タンパク質の構造変化と物質輸送機構の解明研究代表者

    • 研究代表者
      杉田 有治
    • 研究期間 (年度)
      2003 – 2008
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      独立行政法人理化学研究所
      東京大学
  •  巨大膜蛋白質・脂質二重膜複合体の高精度分子動力学計算システムの開発研究代表者

    • 研究代表者
      杉田 有治
    • 研究期間 (年度)
      2003 – 2004
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      東京大学
  •  拡張アンサンブル法に基づく蛋白質フォールディング機構解析法の確立研究代表者

    • 研究代表者
      杉田 有治
    • 研究期間 (年度)
      2002
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      東京大学
  •  P型イオンポンプによる能動輪送機構の構造的解明

    • 研究代表者
      豊島 近
    • 研究期間 (年度)
      2002 – 2006
    • 研究種目
      学術創成研究費
    • 研究機関
      東京大学
  •  新拡張アンサンブル法による蛋白質フォールディング機構の自由エネルギー解析研究代表者

    • 研究代表者
      杉田 有治
    • 研究期間 (年度)
      2001
    • 研究種目
      特定領域研究(C)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      岡崎国立共同研究機構
  •  アミノ酸変異による蛋白質の機能と安定性変化の物理化学的解明研究代表者

    • 研究代表者
      杉田 有治
    • 研究期間 (年度)
      2001 – 2002
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      生物物理学
    • 研究機関
      東京大学
      岡崎国立共同研究機構
  •  レプリカ交換法による蛋白質立体構造予測法の開発研究代表者

    • 研究代表者
      杉田 有治
    • 研究期間 (年度)
      2000
    • 研究種目
      特定領域研究(C)
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      岡崎国立共同研究機構
  •  新しい高精度のモデル内殻ポテンシャルの開発とそれらの応用

    • 研究代表者
      三好 永作
    • 研究期間 (年度)
      1999
    • 研究種目
      特定領域研究(A)
    • 審査区分
      理工系
    • 研究機関
      岡崎国立共同研究機構

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すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] In-cell NMR Spectroscopy: From Molecular Sciences to Cell Biology2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita, Michael Feig
    • 総ページ数
      305
    • 出版者
      Royal Society of Chemistry
    • ISBN
      9781788012171
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [図書] Biomolecular Simulation: Methods and Protocols2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita, Motoshi Kamiya, Hiraku Oshima, Suyong Re
    • 総ページ数
      578
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      9781493996070
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [図書] Rugged Free Energy Landscapes2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Sugita, et al.
    • 総ページ数
      412
    • 出版者
      Springer
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Free-energy landscapes of transmembrane homodimers by bias-exchange adaptively biased molecular dynamics2024

    • 著者名/発表者名
      Ito Shingo、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Biophysical Chemistry

      巻: 307 ページ: 107190-107190

    • DOI

      10.1016/j.bpc.2024.107190

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] SPANA: Spatial decomposition analysis for cellular-scale molecular dynamics simulations2024

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Takaharu Mori, Daisuke Matsuoka, Donatas Surblys, Yuji Sugita1
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 45 号: 8 ページ: 498-505

    • DOI

      10.1002/jcc.27260

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K05389, KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PLANNED-21H05157, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] GENESIS CGDYN: large-scale coarse-grained MD simulation with dynamic load balancing for heterogeneous biomolecular systems2024

    • 著者名/発表者名
      Jung Jaewoon、Tan Cheng、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1 ページ: 3370-3370

    • DOI

      10.1038/s41467-024-47654-1

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PLANNED-21H05282, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Development of Hidden Markov Modeling of Molecular Orientations and Structures from High-Speed Atomic Force Microscopy Time-Series Images2023

    • 著者名/発表者名
      Tomonori Ogane, Daisuke Noshiro, Toshio Ando, Atsuko Yamashita, Yuji Sugita, Yasuhiro Matsunaga
    • 雑誌名

      PLoS Comp. Biol.

      巻: 18 号: 12 ページ: e1010384-e1010384

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1010384

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-22H00405, KAKENHI-PROJECT-20H03195, KAKENHI-PROJECT-20K21380
  • [雑誌論文] Acceleration of generalized replica exchange with solute tempering simulations of large biological systems on massively parallel supercomputer2023

    • 著者名/発表者名
      Jung Jaewoon、Kobayashi Chigusa、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: - 号: 20 ページ: 1740-1749

    • DOI

      10.1002/jcc.27124

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05282, KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Extension of the iSoLF implicit-solvent coarse-grained model for multicomponent lipid bilayers2023

    • 著者名/発表者名
      Ugarte La Torre Diego、Takada Shoji、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 159 号: 7 ページ: 75101-75101

    • DOI

      10.1063/5.0160417

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Highly charged proteins and their repulsive interactions antagonize biomolecular condensation2023

    • 著者名/発表者名
      Cheng Tan, Ai Niitsu, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      JACS Au

      巻: 3 号: 3 ページ: 834-848

    • DOI

      10.1021/jacsau.2c00646

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PLANNED-21H05282, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-21J40162
  • [雑誌論文] Allosteric regulation of ホイ-reaction stage I in tryptophan synthase upon the ホア-ligand binding2023

    • 著者名/発表者名
      Shingo Ito, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 158 号: 11 ページ: 115101-115101

    • DOI

      10.1063/5.0134117

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20H02701, KAKENHI-PUBLICLY-22H04761
  • [雑誌論文] Protein Folding Intermediates on the Dimensionality Reduced Landscape with UMAP and Native Contact Likelihood2022

    • 著者名/発表者名
      Mao Oide, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 157 号: 7 ページ: 75101-75101

    • DOI

      10.1063/5.0099094

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Protein assembly and crowding simulations2022

    • 著者名/発表者名
      Lim Heo, Yuji Sugita, Michael Feig
    • 雑誌名

      Curr. Opin. Struct. Biol.

      巻: 73 ページ: 102340-102340

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2022.102340

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] 筋小胞体カルシウムポンプにおける構造変化と自由エネルギー解析2022

    • 著者名/発表者名
      小林千草, 松永康佑, Jaewoon Jung, 杉田有治
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 62 号: 5 ページ: 298-300

    • DOI

      10.2142/biophys.62.298

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 言語
      日本語
    • オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [雑誌論文] Yuxia Zhang, Chigusa Kobayashi, Xiaohan Cai, Satoshi Watanabe, Akihisa Tsutsumi, Masahide Kikkawa, Yuji Sugita, Kenji Inaba2022

    • 著者名/発表者名
      Yuxia Zhang, Chigusa Kobayashi, Xiaohan Cai, Satoshi Watanabe, Akihisa Tsutsumi, Masahide Kikkawa, Yuji Sugita, Kenji Inaba
    • 雑誌名

      Cell reports

      巻: 41 号: 10 ページ: 111760-111760

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2022.111760

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PLANNED-21H05253, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-21H04758
  • [雑誌論文] Practical Protocols for Efficient Sampling of Kinase-Inhibitor Binding Pathways Using Two-Dimensional Replica-Exchange Molecular Dynamics2022

    • 著者名/発表者名
      Shinobu Ai、Re Suyong、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Frontiers in Molecular Biosciences

      巻: 9 ページ: 878830-878830

    • DOI

      10.3389/fmolb.2022.878830

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Implementation of residue-level coarse-grained models I GENESIS for large-scale molecular dynamics simulations2022

    • 著者名/発表者名
      Cheng Tan, Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Diego Ugarte, Shoji Takada, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      PLoS Comp. Biol.

      巻: 18 号: 4 ページ: e1009578-e1009578

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1009578

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PLANNED-21H05282, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Structural Effects of Spike Protein D614G Mutation in SARS-CoV-22022

    • 著者名/発表者名
      Hisham M. Dokainish, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      Biophys. J.

      巻: 122 号: 14 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2022.11.025

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Modified protein-water interactions in CHARMM36m for thermodynamics and kinetics of proteins in dilute and crowded solutions2022

    • 著者名/発表者名
      Daiki Matsubara, Kento Kasahara, Hisham Dokainish, Hiraku Oshima, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 27 号: 17 ページ: 5726-5726

    • DOI

      10.3390/molecules27175726

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Weight average approaches for predicting dynamical properties of biomolecules2022

    • 著者名/発表者名
      Yagi Kiyoshi、Re Suyong、Mori Takaharu、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 72 ページ: 88-94

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2021.08.008

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K06532, KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PLANNED-21H05157, KAKENHI-PROJECT-20H02701, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Computational analysis on the allostery of tryptophan synthase: relationship between α/β-ligand binding and distal domain closure2022

    • 著者名/発表者名
      Shingo Ito, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 126 号: 17 ページ: 3300-3308

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c01556

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20H02701
  • [雑誌論文] Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation2022

    • 著者名/発表者名
      Matsunaga Yasuhiro、Kamiya Motoshi、Oshima Hiraku、Jung Jaewoon、Ito Shingo、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 14 号: 6 ページ: 1503-1512

    • DOI

      10.1007/s12551-022-01030-9

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05282, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20K21380
  • [雑誌論文] Modified Hamiltonian in FEP Calculations for Reducing the Computational Cost of Electrostatic Interactions2022

    • 著者名/発表者名
      Hiraku Oshima, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      J. Chem. Inf. Model.

      巻: 62 号: 11 ページ: 2846-2856

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.1c01532

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Towards de novo design of transmembrane α-helical assemblies using structural modelling and molecular dynamics simulation2022

    • 著者名/発表者名
      Ai Niitsu, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      Biophys. Rev.

      巻: 14 号: 5 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1039/d2cp03972a

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PUBLICLY-22H05438, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-21J40162, KAKENHI-PUBLICLY-21H00412
  • [雑誌論文] The inherent flexibility of receptor binding domains in SARS-CoV-2 spike protein2022

    • 著者名/発表者名
      Dokainish Hisham M、Re Suyong、Mori Takaharu、Kobayashi Chigusa、Jung Jaewoon、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 11

    • DOI

      10.7554/elife.75720

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K06532, KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-20K15737, KAKENHI-PLANNED-21H05249, KAKENHI-PLANNED-21H05157, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Exploring the Minimum-Energy Pathways and Free-Energy Profiles of Enzymatic Reactions with QM/MM Calculations2021

    • 著者名/発表者名
      Yagi Kiyoshi、Ito Shingo、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 125 号: 18 ページ: 4701-4713

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c01862

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H02701, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Efficient Flexible Fitting Refinement with Automatic Error Fixing for De Novo Structure Modeling from Cryo-EM Density Maps2021

    • 著者名/発表者名
      Mori Takaharu、Terashi Genki、Matsuoka Daisuke、Kihara Daisuke、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 61 号: 7 ページ: 3516-3528

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.1c00230

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K06532, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Structural and energetic analysis of metastable intermediate states in the E1P-E2P transition of Ca2+-ATPase2021

    • 著者名/発表者名
      C. Kobayashi, Y. Matsunaga, J. Jung, Y. Sugita
    • 雑誌名

      Proceeding of the National Academy of Sciences of the United States of America

      巻: 118 号: 40

    • DOI

      10.1073/pnas.2105507118

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K21380, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Coarse-Grained Modeling of Multiple Pathways in Conformational Transitions of Multi-Domain Proteins2021

    • 著者名/発表者名
      A. Shinobu, C. Kobayashi, Y. Matsunaga, and Y. Sugita
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 61 号: 5 ページ: 2427-2443

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.1c00286

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K21380, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Molecular Basis for Two Stereoselective Diels-Alderases that Produce Decalin Skeletons2021

    • 著者名/発表者名
      Fujiyama Keisuke、Kato Naoki、Re Suyong、Kinugasa Kiyomi、Watanabe Kohei、Takita Ryo、Nogawa Toshihiko、Hino Tomoya、Osada Hiroyuki、Sugita Yuji、Takahashi Shunji、Nagano Shingo
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 60 号: 41 ページ: 22401-22410

    • DOI

      10.1002/anie.202106186

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K06992, KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-20K15273, KAKENHI-PLANNED-19H05780, KAKENHI-PUBLICLY-20H05445, KAKENHI-PROJECT-20K05858, KAKENHI-PROJECT-20K05872, KAKENHI-PROJECT-21K19099, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20H00416, KAKENHI-PLANNED-17H06412
  • [雑誌論文] Anharmonic Vibrational Calculations Based on Group-Localized Coordinates: Applications to Internal Water Molecules in Bacteriorhodopsin2021

    • 著者名/発表者名
      Yagi Kiyoshi、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 17 号: 8 ページ: 5007-5020

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.1c00060

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H02701, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Multi-Scale Flexible Fitting of Proteins to Cryo-EM Density Maps at Medium Resolution2021

    • 著者名/発表者名
      Kulik Marta、Mori Takaharu、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Frontiers in Molecular Biosciences

      巻: 8

    • DOI

      10.3389/fmolb.2021.631854

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Reduced Efficacy of a Src Kinase Inhibitor in Crowded Protein Solution.2021

    • 著者名/発表者名
      Kento Kasahara, Suyong Re, Grzegorz Nawrocki, Hiraku Oshima, Chiemi Mishima-Tsumagari, Yukako Miyata-Yabuki, Mutsuko Kukimoto-Niino, Isseki Yu, Mikako Shirouzu, Michael Feig, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 4099-4099

    • DOI

      10.1038/s41467-021-24349-5

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Elucidation of interactions regulating conformational stability and dynamics of SARS-CoV-2 S-protein2021

    • 著者名/発表者名
      Mori Takaharu、Jung Jaewoon、Kobayashi Chigusa、Dokainish Hisham M.、Re Suyong、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 120 号: 6 ページ: 1060-1071

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2021.01.012

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K06532, KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Optimized Hydrogen Mass Repartitioning Scheme Combined with Accurate Temperature/Pressure Evaluations for Thermodynamic and Kinetic Properties of Biological Systems2021

    • 著者名/発表者名
      Jaewoon Jung, Kento Kasahara, Chigusa Kobayashi, Hiraku Oshima, Takaharu Mori, and Yuji Sugita
    • 雑誌名

      J. Chem. Theory Comput.

      巻: 17 号: 8 ページ: 5312-5321

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.1c00185

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Unraveling the Coupling between Conformational Changes and Ligand Binding in Ribose Binding Protein Using Multiscale Molecular Dynamics and Free-Energy Calculations2021

    • 著者名/発表者名
      Ren Weitong、Dokainish Hisham M.、Shinobu Ai、Oshima Hiraku、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 125 号: 11 ページ: 2898-2909

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c11600

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20K15737
  • [雑誌論文] Exploring Large Domain Motions in Proteins Using Atomistic Molecular Dynamics with Enhanced Conformational Sampling2020

    • 著者名/発表者名
      Dokainish Hisham M.、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 22 号: 1 ページ: 270-270

    • DOI

      10.3390/ijms22010270

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-20K15737
  • [雑誌論文] Free Energy Analysis of a Conformational Change of Heme ABC Transporter BhuUV-T2020

    • 著者名/発表者名
      Tamura Koichi、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 11 号: 8 ページ: 2824-2829

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.0c00547

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Group-based evaluation of temperature and pressure for molecular dynamics simulation with a large time step2020

    • 著者名/発表者名
      Jung Jaewoon、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 153 号: 23 ページ: 234115-234115

    • DOI

      10.1063/5.0027873

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Use of single-molecule time-series data for refining conformational dynamics in molecular simulations2020

    • 著者名/発表者名
      Matsunaga Yasuhiro、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 61 ページ: 153-159

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2019.12.022

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Prediction of Protein-Ligand Binding Pose and Affinity Using the gREST+FEP Method2020

    • 著者名/発表者名
      Oshima Hiraku、Re Suyong、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 60 号: 11 ページ: 5382-5394

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.0c00338

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] A singularity-free torsion angle potential for coarse-grained molecular dynamics simulations2020

    • 著者名/発表者名
      Tan Cheng、Jung Jaewoon、Kobayashi Chigusa、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 153 号: 4 ページ: 044110-044110

    • DOI

      10.1063/5.0013089

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] New parallel computing algorithm of molecular dynamics for extremely huge scale biological systems2020

    • 著者名/発表者名
      Jung Jaewoon、Kobayashi Chigusa、Kasahara Kento、Tan Cheng、Kuroda Akiyoshi、Minami Kazuo、Ishiduki Shigeru、Nishiki Tatsuo、Inoue Hikaru、Ishikawa Yutaka、Feig Michael、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 42 号: 4 ページ: 231-241

    • DOI

      10.1002/jcc.26450

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Atg9 is a lipid scramblase that mediates autophagosomal membrane expansion2020

    • 著者名/発表者名
      Matoba Kazuaki、Kotani Tetsuya、Tsutsumi Akihisa、Tsuji Takuma、Mori Takaharu、Noshiro Daisuke、Sugita Yuji、Nomura Norimichi、Iwata So、Ohsumi Yoshinori、Fujimoto Toyoshi、Nakatogawa Hitoshi、Kikkawa Masahide、Noda Nobuo N.
    • 雑誌名

      Nature Structural & Molecular Biology

      巻: 27 号: 12 ページ: 1185-1193

    • DOI

      10.1038/s41594-020-00518-w

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K06532, KAKENHI-PROJECT-19K07265, KAKENHI-PROJECT-19K16071, KAKENHI-PROJECT-19K16344, KAKENHI-PLANNED-19H05707, KAKENHI-PUBLICLY-20H05339, KAKENHI-PROJECT-16H06375, KAKENHI-PROJECT-19H05645, KAKENHI-PROJECT-18H03989, KAKENHI-PROJECT-18H04023, KAKENHI-PROJECT-19H00923, KAKENHI-PROJECT-18K05334, KAKENHI-PROJECT-18K06097, KAKENHI-PLANNED-19H05708, KAKENHI-PLANNED-19H05777
  • [雑誌論文] CHARMM-GUI Free Energy Calculator for Absolute and Relative Ligand Solvation and Binding Free Energy Simulations2020

    • 著者名/発表者名
      Kim Seonghoon、Oshima Hiraku、Zhang Han、Kern Nathan R.、Re Suyong、Lee Jumin、Roux Benoit、Sugita Yuji、Jiang Wei、Im Wonpil
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 16 号: 11 ページ: 7207-7218

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.0c00884

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K12229, KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [雑誌論文] Acceleration of cryo-EM Flexible Fitting for Large Biomolecular Systems by Efficient Space Partitioning2019

    • 著者名/発表者名
      Mori Takaharu、Kulik Marta、Miyashita Osamu、Jung Jaewoon、Tama Florence、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 27 号: 1 ページ: 161-174.e3

    • DOI

      10.1016/j.str.2018.09.004

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07286, KAKENHI-PROJECT-17K07305, KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Refining Markov state models for conformational dynamics using ensemble-averaged data and time-series trajectories2018

    • 著者名/発表者名
      Matsunaga Y.、Sugita Y.
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 148 号: 24 ページ: 241731-241731

    • DOI

      10.1063/1.5019750

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Flexible selection of the solute region in replica exchange with solute tempering: Application to protein-folding simulations2018

    • 著者名/発表者名
      Kamiya Motoshi、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 149 号: 7 ページ: 072304-072304

    • DOI

      10.1063/1.5016222

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Optimal Temperature Evaluation in Molecular Dynamics Simulations with a Large Time Step2018

    • 著者名/発表者名
      Jung Jaewoon、Kobayashi Chigusa、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 15 号: 1 ページ: 84-94

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.8b00874

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PROJECT-16K05526
  • [雑誌論文] Linking time-series of single-molecule experiments with molecular dynamics simulations by machine learning2018

    • 著者名/発表者名
      Matsunaga Yasuhiro、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 7 ページ: 32668-32668

    • DOI

      10.7554/elife.32668

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Flexible fitting to cryo-EM density map using ensemble molecular dynamics simulations2017

    • 著者名/発表者名
      Miyashita O, Kobayashi C, Mori T, Sugita Y, Tama F
    • 雑誌名

      J. Comp. Chem

      巻: 38 号: 16 ページ: 1447-1461

    • DOI

      10.1002/jcc.24785

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PROJECT-16K07286
  • [雑誌論文] Neural Network and Nearest Neighbor Algorithms for Enhancing Sampling of Molecular Dynamics2017

    • 著者名/発表者名
      Raimondas Galvelis, and Yuji Sugita
    • 雑誌名

      J. Chem. Theor. Comp

      巻: 13 号: 6 ページ: 2489-2500

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.7b00188

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Tunnel Formation Inferred from the I-Form Structures of the Proton-Driven Protein Secretion Motor SecDF2017

    • 著者名/発表者名
      Arata Furukawa, Kunihito Yoshikaie, Takaharu Mori, Hiroyuki Mori, Yusuke V. Morimoto, Yasunori Sugano, Shigehiro Iwaki, Tohru Minamino, Yuji Sugita, Yoshiki Tanaka, Tomoya Tsukazaki
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 19 号: 5 ページ: 1-7

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2017.04.030

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-15H01335, KAKENHI-PROJECT-15H05593, KAKENHI-PROJECT-15K14498, KAKENHI-PROJECT-17K07334, KAKENHI-PUBLICLY-17H05666, KAKENHI-PUBLICLY-17H05669, KAKENHI-PUBLICLY-17H05879, KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PLANNED-26119007, KAKENHI-PROJECT-15J08235, KAKENHI-PROJECT-15K06972, KAKENHI-PROJECT-16K14713, KAKENHI-PROJECT-25000013
  • [雑誌論文] Slow-Down in Diffusion in Crowded Protein Solutions Correlates with Transient Cluster Formation2017

    • 著者名/発表者名
      Grzegorz Nawrocki, Po-hung Wang, Isseki Yu, Yuji Sugita, and Michael Feig
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B.

      巻: 121 号: 49 ページ: 11072-11084

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.7b08785

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Enhanced Conformational Sampling of N-Glycans in Solution with Replica State Exchange Metadynamics2017

    • 著者名/発表者名
      Raimondas Galvelis, Suyong Re, and Yuji Sugita
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 13 号: 5 ページ: 1934-1942

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.7b00079

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00415, KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Dynamics of Nitric Oxide Controlled by Protein Complex in Bacterial System2017

    • 著者名/発表者名
      E. Terasakaa, K. Yamada, P.-H. Wang, K. Hosokawa, R. Yamagiwa, K. Matsumoto, S. Ishii, T. Mori, K. Yagi, H. Sawai, H. Arai, H. Sugimotoa, Y. Sugitac, Y. Shiroa, T. Tosha
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acd. SCI. USA

      巻: 印刷中

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26220807
  • [雑誌論文] Dynamics of Nitric Oxide Controlled by Protein Complex in Bacterial System2017

    • 著者名/発表者名
      Erina Terasaka, Kenta Yamada, Po-Hung Wang, Kanta Hosokawa, Raika Yamagiwa, Kimi Matsumoto, Shoko Ishii, Takaharu Mori, Kiyoshi Yagi, Hitomi Sawai, Hiroyuki Arai, Hiroshi Sugimoto, Yuji Sugita, Yoshitsugu Shiro and Takehiko Tosha
    • 雑誌名

      PNAS

      巻: 114 号: 37 ページ: 9888-9893

    • DOI

      10.1073/pnas.1621301114

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PROJECT-26220807, KAKENHI-PROJECT-17H03092, KAKENHI-PROJECT-15K07351
  • [雑誌論文] GENESIS 1.1: A hybrid-parallel molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms on multiple computational platforms2017

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Chigusa、Jung Jaewoon、Matsunaga Yasuhiro、Mori Takaharu、Ando Tadashi、Tamura Koichi、Kamiya Motoshi、Sugita Yuji
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 38 号: 25 ページ: 2193-2206

    • DOI

      10.1002/jcc.24874

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K05526, KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Dimensionality of Collective Variables for Describing Conformational Changes of a Multi-Domain Protein2016

    • 著者名/発表者名
      Y. Matsunaga, Yasuaki Komuro, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Takaharu Mori, and Y. Sugita
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 7 号: 8 ページ: 1446-1451

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.6b00317

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-26120533, KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Anharmonic Vibrational Analyses of Pentapeptide Conformations Explored with Enhanced Sampling Simulations2016

    • 著者名/発表者名
      H. Otaki, K. Yagi, S. Ishiuchi, M. Fujii, and Y. Sugita
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B

      巻: 120 号: 39 ページ: 10199-10213

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.6b06672

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-16H00857, KAKENHI-PLANNED-25104008, KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] 3.Mechanisms for Two-Step Proton Transfer Reactions in the Outward-Facing Form of MATE Transporter2016

    • 著者名/発表者名
      Wataru Nishima, Wataru Mizukami, Yoshiki Tanaka, Ryuichiro Ishitani, Osamu Nureki, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      Biophys. J

      巻: 110 号: 6 ページ: 1346-1354

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2016.01.027

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PROJECT-25291011
  • [雑誌論文] Dynamics and Interactions of OmpF and LPS: Influence on Pore Accessibility and Ion Permeability.2016

    • 著者名/発表者名
      Dhilon S. Patel, Suyong Re, Emilia L. Wu, Yifei Qi, Phillip E. Klebba, Goran Widmalm, Min Sun Yeom, Yuji Sugita and Wonpil Im
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 110 号: 4 ページ: 930-938

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2016.01.002

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330358
  • [雑誌論文] Biomolecular interactions modulate macromolecular structure and dynamics in atomistic model of a bacterial cytoplasm2016

    • 著者名/発表者名
      Yu I, Mori T, Ando T, Harada R, Jung J, Sugita Y, Feig M
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 5

    • DOI

      10.7554/elife.19274

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PROJECT-15J03797, KAKENHI-PROJECT-25410025, KAKENHI-PROJECT-16H06164
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms2016

    • 著者名/発表者名
      Takaharu Mori, Naoyuki Miyashita, Wonpil Im, Michael Feig, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes

      巻: in Press 号: 7 ページ: 1635-1651

    • DOI

      10.1016/j.bbamem.2015.12.032

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26330341, KAKENHI-PROJECT-15H05594, KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Graphics Processing Unit Acceleration and Parallelization of GENESIS for Large-Scale Molecular Dynamics Simulations2016

    • 著者名/発表者名
      Jung J, Naruse A, Kobayashi C, Sugita Y,
    • 雑誌名

      J. Chem. Theory Comput.

      巻: 12 号: 10 ページ: 4947-4958

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.6b00241

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Hierachical domain-motion analysis of conformational changes in sarcoplasmic reticulum Ca2+-ATPase2015

    • 著者名/発表者名
      Chigusa Kobayashi, Ryotaro Koike, Motonori Ota, and Yuji Sugita
    • 雑誌名

      PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics

      巻: 83 号: 4 ページ: 746-756

    • DOI

      10.1002/prot.24763

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] 5.Domain Motion Enhanced (DoME) Model for Efficient Conformational Sampling of Multidomain Proteins2015

    • 著者名/発表者名
      Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, Ryotaro Koike, Motonori Ota, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 119 号: 46 ページ: 14584-14593

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.5b07668

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PUBLICLY-26120533
  • [雑誌論文] 11.GENESIS: A hybrid-parallel and multi-scale molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms for biomolecular and cellular simulations2015

    • 著者名/発表者名
      Jaewoon Jung, Takaharu Mori, Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, Takao Yoda, Michael Feig, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      WIREs Comp. Mol. Sci.

      巻: 5 号: 4 ページ: 310-323

    • DOI

      10.1002/wcms.1220

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PUBLICLY-26120533
  • [雑誌論文] 7.Crystal Structures of SecYEG in Lipidic Cubic Phase Elucidate a Precise Resting and a Peptide-Bound State2015

    • 著者名/発表者名
      Yoshiki Tanaka, Yasunori Sugano, Mizuki Takemoto, Takaharu Mori, Arata Furukawa, Tsukasa Kusakizako, Kaoru Kumazaki, Ayako Kashima, Ryuichiro Ishitani, Yuji Sugita, Osamu Nureki, Tomoya Tsukazaki
    • 雑誌名

      Cell report

      巻: 13 号: 8 ページ: 1561-1568

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2015.10.025

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PLANNED-26119007, KAKENHI-PROJECT-15J08129, KAKENHI-PROJECT-15J08235, KAKENHI-PROJECT-13J08353, KAKENHI-PROJECT-14J09020, KAKENHI-PROJECT-26291023
  • [雑誌論文] REIN: Replica-Exchange INterface for Simulating Protein Dynamics and Function2015

    • 著者名/発表者名
      Naoyuki Miyashita, Suyong Re, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      International Journal of Quantum Chemistry

      巻: 115 号: 5 ページ: 325-332

    • DOI

      10.1002/qua.24785

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330358, KAKENHI-PROJECT-26330341
  • [雑誌論文] 9.Sequential data assimilation for single-molecule FRET photon-counting data2015

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Matsunaga, Akinori Kidera, Yuji Sugita
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 142 号: 21 ページ: 214115-214115

    • DOI

      10.1063/1.4921983

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006, KAKENHI-PUBLICLY-26120533
  • [雑誌論文] Rational design of crystal contact-free space in protein crystals for analyzing spatial distribution of motions within protein molecules.2015

    • 著者名/発表者名
      Matsuoka R, Shimada A, Komuro Y, Sugita Y, Kohda D
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 25 号: 3 ページ: 754-768

    • DOI

      10.1002/pro.2867

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119002, KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] Mosaic of water orientation structures at a neutral zwitterion lipid/water interface revealed by molecular dynamics simulations2014

    • 著者名/発表者名
      Syong RE, Wataru NISHIMA, Tahei TAHARA and Yuji SUGITA
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. Lett.

      巻: 5 号: 24 ページ: 4343-4348

    • DOI

      10.1021/jz502299m

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-25104005, KAKENHI-PROJECT-25330358, KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [雑誌論文] CHARMM Force-fields with Modified Polyphosphate Parameters Allow Stable Simulation of the ATP-Bound Structure of Ca2+-ATPase2014

    • 著者名/発表者名
      Yasuaki Komuro, Suyong Re, Chigusa Kobayashi, Eiro Muneyuki and Yuji Sugita
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 10 号: 9 ページ: 4133-4142

    • DOI

      10.1021/ct5004143

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-14J05682, KAKENHI-PROJECT-24570187, KAKENHI-PROJECT-25330358, KAKENHI-PUBLICLY-26103528
  • [雑誌論文] Crystal structure of α5β1 integrin ectodomain : Atomic details of the fibronectin receptor2012

    • 著者名/発表者名
      Nagae, M., Re, S., Mihara, E., Nogi, T., Sugita, Y., Takagi, J.
    • 雑誌名

      Journal of Cell Biology

      巻: (In press)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-22121521
  • [雑誌論文] Structural Diversity and Changes in Conformational □Equilibria of Biantennary Complex-Type N-Glycans in Water Revealed by Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulation2011

    • 著者名/発表者名
      Re, S., Miyashita, N., Yamaguchi, Y., Sugita, Y.
    • 雑誌名

      Biophysical Journal (Letter)

      巻: 101 号: 10 ページ: L44-L46

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2011.10.019

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-22121521
  • [雑誌論文] Insight into the relationship between Ca^<2+>-affinity and shielding of bulk water in the Ca^<2+>-pump from molecular dynamics simulations.2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Sugita, et al.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA

      巻: 107 ページ: 21465-21469

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-22121521
  • [雑誌論文] 京速コンピュータで実現する次世代の生命科学シミュレーション2010

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 雑誌名

      日本の科学者

      巻: 45 ページ: 674-679

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-22121521
  • [雑誌論文] Transmembrane Structures of Amyloid Precursor Protein Dimer Predicted by Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations2009

    • 著者名/発表者名
      N. Miyashita, J. E. Straub, D. Thirumalai, Y. Sugita
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 131(10)

      ページ: 3438-3439

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Free-energy landscapes of proteins in solution by generalized-ensemble simulations2009

    • 著者名/発表者名
      Y. Sugita
    • 雑誌名

      Frontiers in Bioscience 14

      ページ: 1292-1303

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Mg^<2+>-sensing mechanism of Mg^<2+> transporter MgtE probed by molecular dynamics study2008

    • 著者名/発表者名
      R. Ishitani, Y. Sugita, N. Dohmae, N. Furuya, M. Hattori, O. Nureki
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 105(40)

      ページ: 15393-15398

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Generalized-Ensemble Algorithms for Protein Folding Simulations2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Sugita, A. Mitsutake, Y. Okamoto
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Physics 736

      ページ: 369-407

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] カルシウムポンプの機能制御機構2008

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 雑誌名

      生化学 61-6

      ページ: 582-584

    • NAID

      10022594597

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] ぞくぞくとわかってきた膜を隔てたイオン輸送装置構造2008

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 雑誌名

      生物物理 48(6)

      ページ: 330-332

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Conformational transition of Sec machinery inferred from bacterial SecYE structures2008

    • 著者名/発表者名
      T. Tsukazaki, H. Mori, S. Fukai, R. Ishitani, T. Mori, N. Dohmae, A. Perederina, Y. Sugita, D.G. Vassylyev, K. Ito, O. Nureki
    • 雑誌名

      Nature 455

      ページ: 938-992

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] カルシウムポンプの機能制御機構2008

    • 著者名/発表者名
      杉田 有治
    • 雑誌名

      生化学 80

      ページ: 917-924

    • NAID

      10022594597

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] 生体分子の構造探索の理論2008

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 雑誌名

      化学と工業 61-6

      ページ: 582-584

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Replica-exchange molecular dynamics simulations of diffracted X-ray tracking2007

    • 著者名/発表者名
      Y. Kawashima, Y.C. Sasaki, Y. Sugita, T. Yoda, Y. Okamoto
    • 雑誌名

      Molecular simulation 33

      ページ: 97-102

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Cooperative Folding Mechanism of a b-Hairpin Peptide Studied by Using a Multicanonical Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulation2007

    • 著者名/発表者名
      Yoda T, Sugita Y, Okamoto Y
    • 雑誌名

      PROTEINS : Structure, Function, and Bioinformatics 66

      ページ: 846-859

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] New implementation of a combined quantum mechanical and molecular mechanical method using modified generalized hybrid orbitals2007

    • 著者名/発表者名
      J. Jung, C.H. Choi, Y. Sugita, S. Ten-no
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys. 127

      ページ: 204102-204102

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Physical basis for characterizing native structures of proteins2007

    • 著者名/発表者名
      Y. Harano, R. Roth, Y. Sugita, M. Ikeguchi, M. Kinoshita
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett. 437

      ページ: 112-116

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Structural Changes in the Cytoplasmic Domain of Phospholamban at Serl6 : A Molecular Dynamics Study2006

    • 著者名/発表者名
      Sugita et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45

      ページ: 11752-11761

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] 膜蛋白質の分子動力学2006

    • 著者名/発表者名
      杉田 有治 et al.
    • 雑誌名

      物性研究 50

      ページ: 1271-1277

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Structural changes of the cytoplasmic domain of phospholamban by phosphorylation at Ser16: A molecular dynamics study.2006

    • 著者名/発表者名
      Y. Sugita
    • 雑誌名

      Biochemistry 45

      ページ: 11752-11761

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-14GS0308
  • [雑誌論文] 膜蛋白質の分子動力学2006

    • 著者名/発表者名
      杉田有治, 池口満徳
    • 雑誌名

      物性研究 50

      ページ: 1271-1277

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Structural Changes in the Cytoplasmic Domain of Phospholamban by Phosphorylation at Ser16 : A Molecular Dynamics Study2006

    • 著者名/発表者名
      Sugita Y, Miyashita N, Yoda T, Ikeguchi M, Toyoshima C
    • 雑誌名

      Biochemistry 45

      ページ: 11752-11761

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Structures of a peptide fragment of β_2-microgloblin studied by replica-exchange molecular dynamics simulations : towards the understanding of the mechanism of amyloid formation2005

    • 著者名/発表者名
      Nishino M, Sugita Y, Yoda T, Okamoto Y
    • 雑誌名

      FEBS Lett. 579

      ページ: 5425-5429

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Structural role of countertransport revealed in Ca^<2+> pump crystal structure in the absence of Ca^<2+>2005

    • 著者名/発表者名
      Obara K, Miyashita N, Xu C, Toyoshima I, Sugita Y, Ineshi G, Toyoshima C
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acid, Sci. USA. 102

      ページ: 14489-14496

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Molecular mechanism for stabilizing a short helical peptide studied by generalized-ensemble simulations with explicit solvent.2005

    • 著者名/発表者名
      Sugita et al.
    • 雑誌名

      Biophys.J. 88

      ページ: 3180-3190

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Molecular mechanism for stabilizing a short helical peptide studied by generalized-ensemble simulations with explicit solvent2005

    • 著者名/発表者名
      Sugita Y, Okamoto Y
    • 雑誌名

      Biophysical J. 88

      ページ: 3180-3190

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of DNA dimers based on replica-exchange umbrella sampling. II. Free energy analysis2005

    • 著者名/発表者名
      Murata K, Sugita Y, Okamoto Y
    • 雑誌名

      J. Theor. Comp. Chem. 4

      ページ: 433-448

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Protonation of the acidic residues in the transmembrane cation-binding sites of the Ca^<2+>-pump2005

    • 著者名/発表者名
      Sugita Y, Miyashita N, Ikeguchi M, Kidera A, Toyoshima C
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 127

      ページ: 6150-6151

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] カルシウムポンプの構造と機能2005

    • 著者名/発表者名
      杉田有治, 豊島近
    • 雑誌名

      蛋白質・核酸・酵素, 増刊号「生命秩序を担う生体超分子」 50

      ページ: 1271-1277

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Protonation of the acidic residues in the transmembrane cation-binding sites of the Ca^<2+>-pump2005

    • 著者名/発表者名
      Sugita et al.
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc. 127

      ページ: 6150-6151

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Protonation of the acidic residues in the transmembrane cation-binding sites of the Ca^<2+> pump.2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Sugita
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 127

      ページ: 6150-6451

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-14GS0308
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of DNA dimers based on replica-exchange umbrella sampling. I. Test of sampling efficiency2005

    • 著者名/発表者名
      Murata K, Sugita Y, Okamoto Y
    • 雑誌名

      J. Theor. Comp. Chem. 4

      ページ: 411-432

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Effects of the Fixed End in Single-Molecular Imaging Techiques : A Replica Exchange Molecular Dynamics Simulation2005

    • 著者名/発表者名
      Kawashima Y, Sugita Y, Yoda T, Okamoto Y
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett. 414

      ページ: 449-455

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Free energy calculations for DNA base stacking by replica-exchange umbrella sampling2004

    • 著者名/発表者名
      K. Murata, Y. Sugita, Y. Okamoto
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett. 385

      ページ: 1-7

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Secondary-Structure Preferences of Force Fields for Proteins Evaluated by Generalized-Ensemble Simulations2004

    • 著者名/発表者名
      T. Yoda, Y. Sugita, Y. Okamoto
    • 雑誌名

      Chem. Phys.

      ページ: 269-283

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [雑誌論文] Comparisons of Force Fields for Proteins by Generalized-Ensemble Simulations2004

    • 著者名/発表者名
      T. Yoda, Y. Sugita, Y. Okamoto
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett. 386

      ページ: 460-467

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] Protein Functions in Crowded Cellular Environments2024

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 6th Symposium on Biophysics Postgraduate Research in Hong Kong
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] NMR studies of multi-domain adaptor proteins in signal transduction pathways2024

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Ito,Teppei Ikeya,Sayeesh P.M.,Mao Oide,Yuji Sugita
    • 学会等名
      TJ2024 (Taiwan-Japan NMR Symposium 2024)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Refinement of Markov State Model using experimental data and nonlinear dimensional reduction methods2024

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      ACS Symposium on Markov State Modeling of Conformational Dynamics in the Wake of Machine Learning
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Integrated Modeling of Flexible Multi-Domain Protein Structures in Solution2024

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita, Mao Oide, Teppei Ikeya, Yutaka Ito
    • 学会等名
      9th Polish-Korean Conference on Protein Folding
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Protein Functions in Crowded Cellular Environments2024

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 6th Symposium on Biophysics Postgraduate Research in Hong Kong
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Refinement of Markov State Model using experimental data and nonlinear dimensional reduction methods2024

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      ACS Symposium on Markov State Modeling of Conformational Dynamics in the Wake of Machine Learning
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Integrated Modeling of Flexible Multi-Domain Protein Structures in Solution2024

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita, Mao Oide, Teppei Ikeya, Yutaka Ito
    • 学会等名
      9th Polish-Korean Conference on Protein Folding
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] 細胞内環境における蛋白質の構造・ダイナミクス・機能2023

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Multi-scale molecular dynamics simulations on protein function in intracellular environments2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      CCP2023
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Computational studies of conformational dynamics of membrane transporters and pumps2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Monomeric Structures of GRB2 in Solution by Integrated Modeling2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita, Mao Oide, Teppei Ikeya, Yutaka Ito
    • 学会等名
      EMBO workshop on Computational Structural Biology
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Enhanced Conformational Sampling for Protein Dynamics and Function2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      8th Polish-Korean Conference on Protein Folding
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Conformational Dynamics and Functions of Proteins in Crowded Cellular Environments2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      BPS Thematic Meeting Hamburg
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Molecular dynamics simulation of the substrate channeling in tryptophan synthetase2023

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 伊東真吾, 八木清, 杉田有治
    • 学会等名
      第61回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Protein Dynamics and Functions using enhanced MD simulations2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 23rd Sanibel Meeting
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] How cellular environments are regulated by non-specific molecular interaction2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Biomolecules and Nanostructures 8
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Crowding effects on protein structure, dynamics, and functions2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 21st KIAS Conference on Protein Folding and Function
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Analysis of the mechanism underlying multivalent interactions between GRB2 and SOS1 and their LLPS using solution NMR2023

    • 著者名/発表者名
      Teppei Ikeya,Mao Oide,W. Ren,Keita Tateno,Takami Ando,Haruka Sugasawa,Yuji Sugita,Yutaka Ito
    • 学会等名
      第61回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Protein dynamics and functions using enhanced MD simulations2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      CECAM Workshop
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Regulation of Biomolecular Condensation Studied with Large-Scale Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations in GENESIS2023

    • 著者名/発表者名
      Cheng Tan, Ai Niitsu, Jaewoon Jung, Yuji Sugita
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Regulation of Biomolecular Condensation Studied with Large-Scale Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations in GENESIS2023

    • 著者名/発表者名
      Cheng Tan, Ai Niitsu, Jaewoon Jung, Yuji Sugita
    • 学会等名
      第61回生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Extension of the Implicit Solvent Lipid Force Field, iSoLF, for the simulation of large multi-component lipidic systems using GENESIS2023

    • 著者名/発表者名
      Diego Ugarte, Shoji Takada, Yuji Sugita
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] GRB2とSOS1による多価相互作用と液液相分離の溶液NMR解析2023

    • 著者名/発表者名
      池谷鉄兵,菅澤はるか,富樫直之,林 俊文,美川 務,杉田有治,伊藤 隆
    • 学会等名
      第62回NMR討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 分子動力学ソフトウェアGENESISの開発と細胞内における蛋白質動態解析2023

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      兵庫県MI研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] 計算科学で挑む細胞内環境の生物学2023

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第48回生体分子科学討論会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Monomeric Structures of GRB2 in Solution by Integrated Modeling2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita, Mao Oide, Teppei Ikeya, Yutaka Ito
    • 学会等名
      EMBO workshop on Computational Structural Biology
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Multi-scale molecular dynamics simulations on protein function in intracellular environments2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      CCP2023
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Accurate Langevin integration for isothermal-isobaric condition with a large time step2023

    • 著者名/発表者名
      Jaewoon Jung, Yuji Sugita
    • 学会等名
      CCP2023
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Crowding effects on protein structure, dynamics, and functions2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 21st KIAS Conference on Protein Folding and Function
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Protein Dynamics and Functions using enhanced MD simulations2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 23rd Sanibel Meeting
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Binding free energy landscape of c-Src kinase to its inhibitors sampled by molecular dynamics simulations: effect of ligand size and flexibility2023

    • 著者名/発表者名
      Ai Shinobu, Suyong Re, Yuji Sugita
    • 学会等名
      BPS2023
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Coarse-grained modeling and simulations of protein and lipid dynamics2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      MBSJ
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Coarse-grained modeling and simulations of protein and lipid dynamics2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      MBSJ
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Enhanced Conformational Sampling for Protein Dynamics and Function2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      8th Polish-Korean Conference on Protein Folding
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Protein dynamics and functions using enhanced MD simulations2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      CECAM Workshop
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Accurate Langevin integration for isothermal-isobaric condition with a large time step2023

    • 著者名/発表者名
      Jaewoon Jung, Yuji Sugita
    • 学会等名
      CCP2023
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Molecular dynamics simulation of large multi-component lipid bilayers in GENESIS using the iSoLF coarse-grained model2023

    • 著者名/発表者名
      Diego Ugarte, Shoji Takada, Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 5th R-CCS International Symposium
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] How cellular environments are regulated by non-specific molecular interaction2023

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Biomolecules and Nanostructures 8
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] 静電相互作用の計算コストを抑えた自由エネルギー摂動法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      尾嶋拓, 杉田有治
    • 学会等名
      第36回分子シミュレーション討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Reduced efficacy of a Src kinase inhibitor in crowded protein solution2022

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Prof. Sihyun Ham Memorial Symposium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] 分子動力学計算によるF1-ATPaseのリン酸放出経路の探索2022

    • 著者名/発表者名
      本橋昌大, 大出真央, 宗行英朗, 杉田有治
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Microscopic Investigation on the Protein Aggregation Inhibition by ATP in Cell2022

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 杉田有治
    • 学会等名
      第9回HPCIシステム利用研究課題 成果報告会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 常磁性NMRを用いたマルチドメイン蛋白質GRB2の立体構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      安藤 考史,菅澤 はるか,館野 桂太,田端 真彩子,美川 務,宮野入 洋平,川端 庸平,Hisham Dokainish,Weitong Ren,大出 真央,寺内 勉,猪股 晃介,三島 正規,甲斐荘 正恒,杉田 有治,池谷 鉄兵,伊藤 隆
    • 学会等名
      第61回NMR討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 計算科学で挑む細胞内環境の生物学2022

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第48回生体分子科学討論会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Development of the free-energy perturbation method toward drug discovery on supercomputer Fugaku2022

    • 著者名/発表者名
      尾嶋拓, 杉田有治
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Multi-scale simulations of large biological systems on Fugaku2022

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      R-CCS symposium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] 新型コロナウイルススパイクタンパク質の糖鎖による構造安定性2022

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第19回糖鎖科学コンソーシアムシンポジウム
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Stability and dynamics of de novo designed transmembrane peptide barrels2022

    • 著者名/発表者名
      Ai Niitsu, Jaewoon Jung, and Yuji Sugita
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Multi-scale simulations of large biological systems on Fugaku2022

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      R-CCS symposium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Free Energy Perturbation Method in GENESIS2022

    • 著者名/発表者名
      尾嶋拓, 杉田有治
    • 学会等名
      CBI学会2022年大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 分子動力学ソフトウェアGENESISの開発と細胞内における蛋白質動態解析2022

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      兵庫県MI研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Conformational Dynamics and Functions of Proteins in Crowded Cellular Environments2022

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      BPS Thematic Meeting Hamburg
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] De novo design of membrane coiled-coil barrels2022

    • 著者名/発表者名
      Ai Niitsu, Andrew R Thomson, Alistair Scott, Jason T Sengel, Kozhinjampara R Mahendran, Yuji Sugita, R Leo Brady, Mark I Wallace, Hagan Bayley, and Derek N Woolfson
    • 学会等名
      Alpbach Workshop: Coiled coils, fibrous & repeat proteins
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 静電相互作用計算を高速化した自由エネルギー摂動法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      尾嶋拓, 杉田有治
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Reduced efficacy of a Src kinase inhibitor in crowded protein solution2022

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Prof. Sihyun Ham Memorial Symposium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Residue-level coarse-grained models in GENESIS for large-scale molecular dynamics simulations2022

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      ACS Spring 2022
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Stability and interaction of macromolecules altered by nucleoside triphosphates in cellular crowding2022

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 山崎竜人, Feig Michael, 杉田有治
    • 学会等名
      第60回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] マルチドメイン蛋白質GRB2とSOS1-PRM領域の相互作用解析2022

    • 著者名/発表者名
      館野 桂太,菅澤 はるか,安藤 考史,田端 真彩子,美川 務,猪股 晃介,甲斐荘 正恒,三島 正規,杉田 有治,池谷 鉄兵,伊藤 隆
    • 学会等名
      第61回NMR討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Free-energy calculations of protein-ligand binding in solution and crowded environments2022

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      WCB2022
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 細胞内環境の生物物理学2022

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      東京大学理学部物理コロキウム
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Binding free energy landscapes of Src Kinase to its inhibitors sampled by two-dimensional replica exchange molecular dynamics simulations2022

    • 著者名/発表者名
      信夫愛、李秀栄、杉田有治
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Computational studies of conformational dynamics of membrane transporters and pumps2022

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 分子動力学計算によるトリプトファン合成酵素におけるアロステリック機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      伊東真吾,八木清,杉田有治
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Src Kinase inhibitor binding free energy landscape sampled by Molecular-dynamics simulations: effect of ligand size and flexibility2022

    • 著者名/発表者名
      信夫愛、李秀栄、杉田有治
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡像に基づく蛋白質動態の自由エネルギー地形推定法の開発と検討2022

    • 著者名/発表者名
      大出真央, 杉田有治
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 細胞内環境における蛋白質の構造・ダイナミクス・機能2022

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Cryo-EM flexible fitting refinement with automatic error fixing for de novo protein structure modeling2021

    • 著者名/発表者名
      森貴治、寺師玄記、松岳大輔、木原大亮、杉田有治
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Parallel computing algorithms in molecular dynamics simulations for extremely large-scale biological systems2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      HITS Colloquium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] 新型コロナウイルス 表面のタンパク質動的構造予測2021

    • 著者名/発表者名
      杉田 有治
    • 学会等名
      HPCIフォーラム
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Finding the reaction path of metalloenzyme using QM/MM in GENESIS2021

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita
    • 学会等名
      Pachifichem symposium (#83)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Molecular mechanisms for conformational changes and chemical reactions in the Ca2+-ATPase2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Pachifichem symposium (#206)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 富岳を用いた新型コロナウイルス 表面のスパイクタンパク質動的構造予測2021

    • 著者名/発表者名
      杉田 有治
    • 学会等名
      近畿化学協会コンピュータ化学部会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Intrinsic Conformational Flexibility of SARS-CoV-2 Spike-Protein Simulated on Fugaku2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 3rd R-CCS International Symposium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] How macromolecular crowding environments affect protein-ligand binding kinetics and thermodynamics2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Pachifichem symposium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Capturing drastic state transitions of biological macromolecules by molecular dynamics simulation and nonlinear dimensionality reduction2021

    • 著者名/発表者名
      大出真央, 杉田有治
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] In situ Analysis of Protein Dynamics with All atom Cytoplasm Simulations2021

    • 著者名/発表者名
      優乙石, Po-hung Wang , 杉田有治
    • 学会等名
      第8回HPCIシステム利用研究課題 成果報告会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Procedures to obtain reliable free-energy profiles of conformational changes in membrane transporters2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      ACS Fall 2021
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Multi-scale MD simulations using GENESIS on Fugaku2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 1st Fugaku Bio-supercomputing Workshop on Cellular-Scale Molecular Dynamics Simulations
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Mechanisms for conformational changes of proteins upon ligand bindings2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Molecular mechanisms for conformational changes and chemical reactions in the Ca2+-ATPase2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Pachifichem symposium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Enhanced Sampling Techniques2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      CECAM CHARMM-GUI Workshop
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Development of Trajectory Analyzer for Cellular-Scale Molecular Dynamics Simulations2021

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 杉田有治
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Parallel computing algorithms in molecular dynamics simulations for extremely large-scale biological systems2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      HITS Colloquium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Mechanisms for conformational changes of proteins upon ligand bindings2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Polish-Korean Protein Folding Conference
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Mechanisms for conformational changes of proteins upon ligand bindings2021

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによる蛋白質の動的構造と基質結合:分子混雑環境の影響とSARS-CoV-2スパイク蛋白質に関する計算2021

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      構造活性フォーラム2021
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 分子動力学計算プログラムGENESISにおけるQM/MM法の開発と応用2021

    • 著者名/発表者名
      八木清、杉田有治
    • 学会等名
      第23回理論化学討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] How macromolecular crowding environments affect protein-ligand binding kinetics and thermodynamics2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Pachifichem symposium (#200)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Conformational flexibility and stability of SARS-CoV-2 spike protein in solution2021

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      ACS Spring 2021
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Development of GENESIS MD software on Fugaku supercomputer for understanding large scale biomolecular phenomena in cellular environments2021

    • 著者名/発表者名
      Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Yuji Sugita
    • 学会等名
      Pachifichem symposium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21H05249
  • [学会発表] Development of GENESIS MD software on Fugaku supercomputer for understanding large scale biomolecular phenomena in cellular environments2021

    • 著者名/発表者名
      Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Yuji Sugita
    • 学会等名
      Pachifichem symposium
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Optimized hydrogen mass repartitioning scheme combined with accurate temperature/pressure evaluations for thermodynamic and kinetic properties of biological systems2021

    • 著者名/発表者名
      Jaewoon Jung, 笠原健人, 小 林千草, 尾嶋拓, 森貴治, 杉田有治
    • 学会等名
      第 35 回分子シミュレーション討論会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] スーパーコンピュータが明らかにする蛋白質の動的構造と機能2020

    • 著者名/発表者名
      杉田 有治
    • 学会等名
      理研・東北大学連携シンポジウム「計測科学が拓く生命科学の新展開」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 計算機シミュレーションで細胞の中を観る2020

    • 著者名/発表者名
      杉田 有治
    • 学会等名
      京都大学MACSコロキアム
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Reduced protein-protein interactions in the cellular crowding with binding of nucleoside triphosphates2020

    • 著者名/発表者名
      優乙石, Michael Feig, 杉田有治
    • 学会等名
      第58回生物物理学会年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 細胞環境はどのようにタンパク質の構造・ダイナミクス・機能に影響を与えるか?2020

    • 著者名/発表者名
      杉田 有治
    • 学会等名
      CBI学会2020年大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] All-atom molecular dynamics simulations of spike protein on the surface of SARS-CoV-2 in solution2020

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      RIKEN-NRC HPC Workshop
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 新型コロナウイルス表面のタンパク質動的構造予測2020

    • 著者名/発表者名
      杉田 有治
    • 学会等名
      第9回JCAHPCセミナー
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Use of enhanced conformational sampling for the analysis of protein-ligand binding processes2020

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Telluride Summer Research Conference
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Free-Energy Calculations of Protein-Ligand Binding by Enhanced Sampling Methods2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 10th Toyota RIKEN International Workshop on Science of Life Phenomena Woven by Water and Biomolecules
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] スパコン「京」とGENESISを用いた創薬自由エネルギー計算2019

    • 著者名/発表者名
      杉田有治, 李秀栄
    • 学会等名
      第4回理研ー製薬協連携フォーラム「創薬専用MDシミュレーターの産学共同開発」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Free-Energy Landscape of Protein-Ligand Binding by generalized REST2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      257th ACS national meeting
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] 分子動力学で見る細胞質内での分子の動き2019

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      Chemical Probe第二回合同合宿セミナー
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Simulations of Biomolecules in Cellular Crowded Environments2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Albany 2019. the 20th Conversation
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Large-scale molecular dynamics simulation of biomolecules in cellular environments2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Accelerated Data Analytics and Computing Workshop 8
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Free-Energy Calculations of Protein-Ligand Binding in Solution and in Cellular Environments2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Free Energy Workshop
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Slow-down of protein and metabolite diffusion in crowded protein solution", TSRC workshop on macromolecular crowding2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Telluride Summer Conference
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Molecular Dynamics and Interaction of Protein-Ligand Binding in Crowded Cellular Environments2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      the 42th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Protein-protein and protein-ligand interaction in cellular environments2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      PSSJ 19th Annual Symposium
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Machine learning approach to link MD simulation with single-molecule experiment for understanding protein folding and dynamics2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 5th Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Enhanced Conformational Sampling Methods for Free Energy Calculation2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      CHARMM-GUI Workshop
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Free-Energy Calculations of Protein-Ligand Binding using GENESIS2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Supercomputer Symposium at IMS
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Free-Energy Calculations of Protein-Ligand Binding using GENESIS software2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      ICMS2019
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H05645
  • [学会発表] Protein-Drug Interaction in Dilute Solution and in Cellular Environments2018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The XIV-th ICISE Workshop on Computational Biophysics at the Molecular and Meso Scales
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Data-driven molecular simulations for integrative dynamic structural biology2018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita and Yasuhiro Matsunaga
    • 学会等名
      Second workshop on Advances in Theory and Computation of Complex Systems - Biological Systems.
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Conformational changes between E1P and E2P states of SERCA by MD simulations based on string method and free-energy calculations2018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Symposium on “Membrane Protein Simulations and Free Energy Approaches” in the 256th ACS National Meeting in Boston
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Optimization and Parallelization of GENESIS on GPU platforms2018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      International Workshop on GPU accelerated Molecular Dynamics Simulations
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Mechanisms for Protein-Ligand Binding in Solution and in Cellular Environments2018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 18th KIAS conference on Protein Structure and Function
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Molecular Simulations for Understanding Protein Functions in Cellular Environments2018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 41st Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Development of the flexible-fitting MD simulation method for cryo-EM images of large macromolecular structures and dynamics2018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Symposium on “COMP Meets CRYO: New Frontiers in Flexible Fitting, Image Processing & Refinement of Cryo-EM Data” in in the 256th ACS National Meeting in Boston
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] 分子動力学ソフトウェアGENESISの開発と細胞内分子ダイナミクスのシミュレーション2017

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第9回シグナルネットワーク研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] バクテリア細胞質の全原子分子動力学シミュレーションによる分子ダイナミクスの解析2017

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第4回森野ディスカッション
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Molecular Dynamics Simulations of Conformational Changes in SR Ca2+-ATPase2017

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      P-type ATPase Meeting 2017
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Machine Learning Approach for Protein Dynamics by combining smFRET and MD simulations2017

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      Telluride Summer Conference on Free Energy Calculations: Three decades of adventure in chemistry and biophysics
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Rapid Nitric Oxide Transport in the Nitrite Reductase:Nitric Oxide Reductase Complex2017

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 1st Samsung Global Research Symposium on “Structure Dynamics, and Thermodynamics of Biomolecular Networks”
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Experimental and Computational Analysis of Protein-Protein Interaction in Cellular Environments2017

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      生物物理学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] 動的構造と生体環境を考慮した創薬応用シミュレーション2017

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      CBI学会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] 分子動力学を用いた細胞内分子動態の解析2017

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      構造活性相関シンポジウム
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Molecular dynamics simulations on biomolecular-structure-dynamics-function relationship in cellular environments2017

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] 2.Recent development of replica-exchange molecular dynamics simulation methods2016

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      251st ACS national meeting & exposition
    • 発表場所
      San Diego, USA
    • 年月日
      2016-03-16
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Enhanced conformational sampling methods for conformational dynamics of proteins, membranes, and N-glycans2016

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      International Workshop on Frontiers in Molecular Biophysics
    • 発表場所
      Shanghai・China
    • 年月日
      2016-07-23
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Two-Step Proton Transfer Mechanisms in the Outward-Facing Form of MATE Multidrug Transporter2016

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      IAS Focused Program on Molecular Machines of Life: Simulation Meets Experiment
    • 発表場所
      Hong Kong・China
    • 年月日
      2016-05-26
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] 細胞環境における蛋白質の動態解析のためのNMRおよび計算科学的アプローチ2016

    • 著者名/発表者名
      白川昌宏,杉田有治
    • 学会等名
      シンポジウム「細胞環境における蛋白質の動態解析のためのNMRおよび計算科学的アプローチ」
    • 発表場所
      京都市 京都大学
    • 年月日
      2016-03-28
    • データソース
      KAKENHI-ORGANIZER-26119001
  • [学会発表] Ion mobility spectrometry separation of isomeric N-glycan structures2016

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Y, Hirose K, Nishima W, Re S, Sugita Y
    • 学会等名
      RIKEN-Max Planck Joint Research Center for Systems Chemical Biology 5th Annual Symposium
    • 発表場所
      Berlin, Germany
    • 年月日
      2016-04-18
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25460054
  • [学会発表] In-vivo macromolecular crowding effects2016

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Telluride Summer Conference
    • 発表場所
      Telluride Colorado・USA
    • 年月日
      2016-06-27
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] 細胞内分子ダイナミクスを理解するために必要なシミュレーションと放射光生命科学2016

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第29回日本放射光学年会放射光科学合同シンポジウム
    • 発表場所
      柏の葉カンファレンスセンター, 千葉県柏市
    • 年月日
      2016-01-11
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Enhanced conformational sampling methods for membrane protein folding and dynamics2016

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      4th International Conference on Molecular Simulations 2016 (ICMS2016)
    • 発表場所
      Shanghai・China
    • 年月日
      2016-10-25
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] 7.Role of lipid molecules on molecular functions of membrane proteins2015

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学、石川県金沢市
    • 年月日
      2015-09-13
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] レプリカ交換分子動力学計算による糖鎖イオン移動度質量スペクトルの予測2015

    • 著者名/発表者名
      李秀栄、渡部茂久、二島渉、宗行英朗、山口芳樹、杉田有治
    • 学会等名
      第1回理化学研究所・産業技術総合研究所共同シンポジウム「ビッグデータとビッグシミュレーションによる生命医科学の未来」
    • 発表場所
      産業技術総合研究所(東京都、江東区)
    • 年月日
      2015-06-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330358
  • [学会発表] 膜輸送タンパク質におけるプロトン対抗輸送の役割2015

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      分子研研究会「膜タンパク質内部のプロトン透過を考える」
    • 発表場所
      分子科学研究所、愛知県岡崎市
    • 年月日
      2015-04-21
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] 9.Parallel MD simulations for enhanced conformational sampling of biological systems2015

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 8th International Congress on Industrial and Applied Mathematics
    • 発表場所
      Beijing, China
    • 年月日
      2015-08-19
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] 5.Free-energy calculations of conformational changes in membrane proteins by multi-resolution methods2015

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 25th Hot Spring Harbor International Symposium
    • 発表場所
      九州大学, 福岡県福岡市
    • 年月日
      2015-11-14
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] 4.Role of lipid molecules on the proton antiproton in MATE multi drug transporter, 杉田有治, BMB20152015

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド, 兵庫県神戸市
    • 年月日
      2015-12-02
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Hydration structure at ceramide/water interface: A molecular dynamics simulation study.2015

    • 著者名/発表者名
      Suyong Re, Wataru Nishima, Tahei Tahara, Yuji Sugita
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学(石川県、金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330358
  • [学会発表] Modeling the MAPK/ERK pathway under crowding environment by the combined multi-scale simulations.2015

    • 著者名/発表者名
      Suyong Re, Po-Hung Wang, Isseki Yu, and Yuji Sugita
    • 学会等名
      Supercomputational Life Science 2015 (SCLS2015)
    • 発表場所
      東京大学(東京都、文京区)
    • 年月日
      2015-10-20
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330358
  • [学会発表] 分子動力学計算の高速化と大規模生体分子シミュレーション2014

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      バイオスーパーコンピューティング研究会2014(第6回)総会・講演会
    • 発表場所
      理研, 埼玉県和光市広沢
    • 年月日
      2014-10-15
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] 理論・計算化学に基づく脂質ダイナミクスの解析2014

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第87回日本生化学会大会
    • 発表場所
      京都国際会議場, 京都市左京区
    • 年月日
      2014-10-17
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] REMD-based prediction of structure and function of glycans」新学術領域「動的秩序と機能2014

    • 著者名/発表者名
      李秀栄, 二島渉, 渡部茂久, 杉田有治
    • 学会等名
      第2回国際シンポジウム
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2014-01-12
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25540138
  • [学会発表] REMD-based prediction of structure and function of glycans2014

    • 著者名/発表者名
      李秀栄、二島渉、渡部茂久、杉田有治
    • 学会等名
      新学術領域「動的秩序と機能」第2回国際シンポジウム
    • 発表場所
      キャンパスプラザ京都(京都)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330358
  • [学会発表] 細胞内環境での蛋白質の運動と分子認識2014

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      CBI研究会
    • 発表場所
      東京大学山上会館
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-24121726
  • [学会発表] 糖鎖の化学シフト計算と立体構造予測への応用2013

    • 著者名/発表者名
      李秀栄, 山口芳樹, 杉田有治
    • 学会等名
      第7回分子科学討論会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2013-09-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25540138
  • [学会発表] Revised CHARMM carbohydrate force field for improved description of conformational diversity of N-glycans2013

    • 著者名/発表者名
      李秀栄, 渡部茂久, 二島渉, 杉田有治
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2013-10-30
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25540138
  • [学会発表] レプリカ交換分子動力学計算によるPA 化糖鎖の立体構造解析2013

    • 著者名/発表者名
      渡部茂久, 李秀栄, 宗行英朗, 杉田有治
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2013-10-30
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25540138
  • [学会発表] 糖鎖の化学シフト計算と立体構造予測への応用2013

    • 著者名/発表者名
      李秀栄、山口芳樹、杉田有治
    • 学会等名
      第7回分子科学討論会
    • 発表場所
      京都テルサ
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25540138
  • [学会発表] Prediction of Structure and Dynamics of Glycans from Molecular Dynamics Simulations.2013

    • 著者名/発表者名
      李秀栄、二島渉、渡部茂久、杉田有治
    • 学会等名
      3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
    • 発表場所
      神戸国際会議場(神戸)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25540138
  • [学会発表] Conformational analysis of PA-glycans by replica-exchange molecular dynamics simulation2013

    • 著者名/発表者名
      渡部茂久, 李秀栄, 二島渉, 宗行英朗, 杉田有治
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2013-11-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25540138
  • [学会発表] 糖鎖の化学シフト計算と立体構造予測への応用2013

    • 著者名/発表者名
      李秀栄、山口芳樹、杉田有治
    • 学会等名
      第7回分子科学討論会
    • 発表場所
      京都テルサ(京都)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330358
  • [学会発表] Revised CHARMM carbohydrate force field for improved description of conformational diversity of N-glycans2013

    • 著者名/発表者名
      李秀栄、渡部茂久、二島渉、杉田有治
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館(京都)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25540138
  • [学会発表] Revised CHARMM carbohydrate force field for improved description of conformational diversity of N-glycans2013

    • 著者名/発表者名
      李秀栄、渡部茂久、二島渉、杉田有治
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館(京都)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330358
  • [学会発表] Conformational analysis of PA-glycans by replica-exchange molecular dynamics simulation.2013

    • 著者名/発表者名
      渡部茂久、李秀栄、二島渉、宗行英朗、杉田有治
    • 学会等名
      3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
    • 発表場所
      神戸国際会議場(神戸)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330358
  • [学会発表] レプリカ交換分子動力学計算によるPA化糖鎖の立体構造解析2013

    • 著者名/発表者名
      渡部茂久、李秀栄、宗行英朗、杉田有治
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館(京都)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330358
  • [学会発表] Prediction of Structure and Dynamics of Glycans from Molecular Dynamics Simulations.2013

    • 著者名/発表者名
      李秀栄、二島渉、渡部茂久、杉田有治
    • 学会等名
      3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
    • 発表場所
      神戸国際会議場(神戸)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330358
  • [学会発表] Prediction of Structure and Dynamics of Glycans from Molecular Dynamics Simulations2013

    • 著者名/発表者名
      李秀栄, 二島渉, 渡部茂久, 杉田有治
    • 学会等名
      3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2013-11-20
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25540138
  • [学会発表] レプリカ交換分子動力学シミュレーションによる水中N型糖鎖の構造多様性とその調節機構の研究2011

    • 著者名/発表者名
      二島渉、宮下尚之、山口芳樹、杉田有治、李秀栄
    • 学会等名
      第25回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2011-12-05
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-22121521
  • [学会発表] ミトコンドリアへの輸送蛋白質に付加されたプレ配列認識モデルの分子動力学計算による検証2011

    • 著者名/発表者名
      小室靖明、森貫治、宗行英朗、齊藤貫士、神田大輔、杉田有治
    • 学会等名
      第25回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2011-12-05
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-22121521
  • [学会発表] Prediction of dynamical conformation of biantennary complex-type N-glycan in water by replica-exchange molecular dynamics simulations2011

    • 著者名/発表者名
      李秀栄、宮下尚之、山口芳樹、杉田有治
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫
    • 年月日
      2011-09-18
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-22121521
  • [学会発表] Molecular dynamics simulation of outer mitochondrial membrane protein Tom20-presequence complex2011

    • 著者名/発表者名
      小室靖明,森貴治、宗行英朗、齊藤貴士、神田大輔、杉田有治
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫
    • 年月日
      2011-09-18
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-22121521
  • [学会発表] All-atom molecular dynamics simulations of the Sec translocon in biological membrane2010

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      第33回日本分子生物物理学会年会
    • 発表場所
      ポートピアホテル、神戸
    • 年月日
      2010-12-09
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-22121521
  • [学会発表] Soft interactions between calcium pump (SERCA) and phospholamban (PLN)2010

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第48回 日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大学川内キャンパス、仙台
    • 年月日
      2010-09-21
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-22121521
  • [学会発表] Replica-exchange molecular dynamics simulations of proteins in solution and in biological membrane2010

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Telluride Summer Conference on "Protein and Peptide Interactions in Cellular Environments"
    • 発表場所
      Telluride, Colorado, USA
    • 年月日
      2010-07-20
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-22121521
  • [学会発表] 生体膜と膜蛋白質の分子動力学計算2010

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター、札幌
    • 年月日
      2010-06-18
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-22121521
  • [学会発表] Replica-exchange molecular dynamics simulations of proteins in solution and in biological membrane2010

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The 10^<th> KIAS Conference on Protein Structure and Function
    • 発表場所
      KIAS, Seoul, Korea
    • 年月日
      2010-10-02
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-22121521
  • [学会発表] Molecular Dynamics Simulations of Soft Interactions at the Membrane Interface2009

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      International Symposium on Molecular Soft Interactions in Biological Systems
    • 発表場所
      大阪
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] 膜蛋白質の分子動力学計算2009

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      計算科学研究センター・ワークショップ
    • 発表場所
      岡崎
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] Molecular Dynamics Study of Sarcoplasmic Reticulum Calcium Pump2008

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 (BMB2008)
    • 発表場所
      神戸
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] Toward a complete understanding of molecular mechanism of ion transport by membrane proteins2008

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      1st Joint Workshop on Computational Science
    • 発表場所
      和光
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] カルシウムポンプの機能発現機構に関する分子動力学計算2008

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      日本物理学会第63回年次大会
    • 発表場所
      東大阪
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] 分子シミュレーションからカルシウムポンプの構造柔軟性を考える2008

    • 著者名/発表者名
      杉田 有治
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2008-12-22
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] Protein-Lipid Interactions Revealed by Molecular Dynamics Simulations2008

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      九州大学次世代研究スーパースター養成プログラム公開シンポジウム
    • 発表場所
      博多
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] Molecular mechanism for stabilizing Ca^<2+> at the transmembrane binding sites in Ca^<2+>-pump2008

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      1st CMD International Symposium Chemical Computations
    • 発表場所
      Seoul
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] Molecular Dynamics Study of Sarcoplasmic Reticulum Calcium Pump2008

    • 著者名/発表者名
      杉田 有治
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会・第81回日本生化学会合同大会
    • 発表場所
      神戸ポートピアホテル
    • 年月日
      2008-12-09
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] Molecular Dynamics simulations of protein dynamics in biological membrane2008

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      次世代ナノ情報機能・材料グループ成果報告会
    • 発表場所
      仙台
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] Molecular Dynamics Simulations on the Conformational Stability of the Ca^<2+>-binding sites in Ca^<2+>-pump2007

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      BNL-RIKEN Life Science Workshop
    • 発表場所
      Upton
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] 分子シミュレーションからカルシウムポンプの構造柔軟性を考える2007

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] カルシウムポンプによるイオン能動輸送の分子機構2007

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      理研シンポジウム「計算機と生物学 in Silico Biology」
    • 発表場所
      和光
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] カルシウムポンプとその阻害剤の分子動力学計算2006

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      スーパーコンピュータワークショップ
    • 発表場所
      自然科学機構・岡崎共通研究施設・計算科学研究センター
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] カルシウムポンプの分子動力学計算 : 構造から機能の理解へ2006

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      京都大学ウイルス研セミナー
    • 発表場所
      京都大学ウイルス研究所
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] 分子動力学計算によるカルシウムポンプの機能制御機構の解析2006

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      大阪大学蛋白研セミナー
    • 発表場所
      大阪大学蛋白質研究所
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] レプリカ交換法による蛋白質機能解析2006

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第6回蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      京都国際会議場
    • 年月日
      2006-04-26
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] Molecular dynamics simulations of sarcoplasimc reticulum calcium pump in membrane2006

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      In Satellite meeting for 20^<th> IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology & 11^<th> FAOBMB Congress on Molecular Mechanism and Regulation in Cation Transport ATPases and Related Genetic Diseases
    • 発表場所
      京都リサーチパーク
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] Theoretical studies on the proton countertransport by sarcoplasmic reticulum calcium pump2006

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      In KAIST seminar
    • 発表場所
      KAIST、Korea
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] SR Ca^<2+>-ATPaseによるCa^<2+>輸送とプロトン対抗輸送の分子機構2006

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第4回特定領域研究「膜インターフェイス」公開シンポジウム
    • 発表場所
      京都大学百周年記念ホール
    • 年月日
      2006-07-05
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] 分子動力学計算による蛋白質原子揺らぎの収束性について2006

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      大阪大学蛋白研セミナー
    • 発表場所
      大阪大学蛋白質研究所
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] SR Ca^<2+>-ATPase Atomic Structure and Molecular Dynamics Simulations2005

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita, Chikashi Toyoshima
    • 学会等名
      In 11-th International ATPase Conference and 59-th Annual Meeting and Symposium of the Society of General Physiologists
    • 発表場所
      Marine Biological Laboratory, Woods Hole, Massachusetts
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] 筋小胞体Ca^<2+>-ATPaseの機能に関する分子動力学計算2005

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第28回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      福岡ドーム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] Molecular dynamics studies on the biological functions of sarcoplasmic reticulum Ca^<2+>-ATPase.2005

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      In P-Chem seminar
    • 発表場所
      Boston University、Boston
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] Molecular dynamics studies on Sarcoplasmic reticulum Ca^<2+>-ATPase2005

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      In Theoretical Biophysics Seminar
    • 発表場所
      Rutgars University, New Jersey
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] Molecular dynamics simulations SR Ca^<2+>-ATPase in the Ca^<2+>-bound and unbound states2005

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita, Chikashi Toyoshima
    • 学会等名
      In 2005 FASEB Summer Research Conferences
    • 発表場所
      Vermont Academy, Saxton River, Vermont, USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] Molecular Mechanism of cooperative Ca^<2+>-binding by Ca2+-ATPase, insight from molecular dynamics simulations2005

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      In the 2^<nd> symposium of membrane interface
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] 脂質二重膜中におけるカルシウムポンプの運動と機能2005

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      生体分子ダイナミックス研究会
    • 発表場所
      東京大学農学部
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] 脂質二重膜中でのカルシウムポンプの分子動力学2004

    • 著者名/発表者名
      杉田有治
    • 学会等名
      第1回特定領域研究「膜インターフェイス」公開シンポジウム
    • 発表場所
      東京大学山上会館
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15083201
  • [学会発表] Domain motion analysis of membrane proteins by bioinformatics and molecular dynamics simulations

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      The international workshop on computational science and engineering
    • 発表場所
      Hong Kong City University, Hong Kong
    • 年月日
      2014-12-13 – 2014-12-16
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] Confident Identification of Isomeric N-glycan Structures by Combined Ion Mobility Mass Spectrometry and Hydrophilic Interaction Liquid Chromatograph

    • 著者名/発表者名
      Y. Yamaguchi, K. Hirose, W. Nishima, S. Re and Y. Sugita
    • 学会等名
      American Society for Mass Spectrometry (ASMS)
    • 発表場所
      Minneapolis, USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25460054
  • [学会発表] レプリカ交換分子動力学計算を用いた糖鎖イオンモビリティー質量スペクトルの予測

    • 著者名/発表者名
      李秀栄、渡部茂久、二島渉、山口芳樹、杉田有治
    • 学会等名
      第33回日本糖質学会年会
    • 発表場所
      名古屋大学豊田講堂(名古屋)
    • 年月日
      2014-08-10 – 2014-08-12
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330358
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるN型糖鎖衝突断 面積の計算

    • 著者名/発表者名
      李秀栄、渡部茂久、二島渉、宗行英朗、山口芳樹、杉田有治
    • 学会等名
      第34回日本糖質学会年会
    • 発表場所
      東京大学安田講堂(東京)
    • 年月日
      2015-07-31 – 2015-08-02
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330358
  • [学会発表] Structure and orientation of hydrating water molecules at phospholipid/water interface revealed by molecular dynamics simulation.

    • 著者名/発表者名
      李秀栄、二島渉、田原太平、杉田有治
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(札幌)
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330358
  • [学会発表] Domain motion analysis of proteins based on multiple atomic structures and coarse-grained molecular dynamics simulations

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sugita
    • 学会等名
      Telluride Workshop on Coarse-grained modeling of structure and dynamics of biomolecules, Telluride
    • 発表場所
      Telluride Science Research Center, Telluride, Collorado, USA
    • 年月日
      2014-08-04 – 2014-08-08
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26119006
  • [学会発表] A mosaic of water orientation structures at a neutral zwitterion lipid/water interface revealed by molecular dynamics simulations.

    • 著者名/発表者名
      李秀栄、二島渉、田原太平、杉田有治
    • 学会等名
      5th AICS International Symposium
    • 発表場所
      理化学研究所計算科学研究機構(神戸)
    • 年月日
      2014-12-08 – 2014-12-09
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330358
  • [学会発表] Experimental and theoretical approaches to understand the conformational differences in isomeric

    • 著者名/発表者名
      Y. Yamaguchi, K. Matsumoto, K. Hirose, W. Nishima, S. Re, Y. Sugita
    • 学会等名
      22nd International Symposium on Glycoconjugates
    • 発表場所
      Dalian, China
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25460054
  • 1.  西田 紀貴 (50456183)
    共同の研究課題数: 4件
    共同の研究成果数: 0件
  • 2.  李 秀栄 (50390670)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 31件
  • 3.  山口 芳樹 (90323451)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 9件
  • 4.  神田 大輔 (80186618)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 1件
  • 5.  安藤 敏夫 (50184320)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 0件
  • 6.  白川 昌宏 (00202119)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 1件
  • 7.  塚崎 智也 (80436716)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 0件
  • 8.  TAMA FLORENCE (20648191)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 1件
  • 9.  稲垣 冬彦 (70011757)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 10.  近藤 洋平 (30436604)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 11.  城 宜嗣 (70183051)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 12.  花島 慎弥 (50373353)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 13.  長江 雅倫 (60619873)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 14.  三好 永作 (70148914)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 15.  茂木 孝一 (30304835)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 16.  酒井 嘉子 (40091392)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 17.  豊島 近 (70172210)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 18.  津田 岳夫 (10345233)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 19.  木寺 詔紀 (00186280)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 20.  鈴木 裕 (50183421)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 21.  澤井 仁美 (50584851)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 22.  甲斐荘 正恒 (20137029)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 23.  伊藤 隆 (80261147)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 9件
  • 24.  優 乙石 (90402544)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 71件
  • 25.  吉川 雅英 (80272425)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 26.  稲葉 謙次 (10423039)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 27.  水上 進 (30420433)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 28.  田中 元雅 (40321781)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 29.  仁田 亮 (40345038)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 30.  山本 林 (80551283)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 31.  倉永 英里奈 (90376591)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 32.  福間 剛士 (90452094)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 33.  笠原 健人 (10824469)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 34.  阿久津 秀雄
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 35.  嶋田 一夫
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 36.  西村 善文
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 37.  杉本 宏
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 38.  當舎 武彦
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 39.  中村 寛夫
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 40.  久野 玉雄
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 41.  久保 稔
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 42.  八木 清
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 4件
  • 43.  松永 康佑
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 4件
  • 44.  滝田 良
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 45.  ガルベリス ライモンダス
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 46.  宮下 治
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 47.  鄭 載運
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 48.  田原 太平
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 49.  森 貴治
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 5件
  • 50.  森本 雄祐
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 51.  宮下 尚之
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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