福永津嵩 FUKUNAGA Tsukasa

研究者番号	80791433
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2022年度 – 2023年度: 早稲田大学, 高等研究所, 准教授(任期付) 2020年度 – 2022年度: 早稲田大学, 高等研究所, 講師(任期付) 2017年度 – 2020年度: 東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 助教
審査区分/研究分野	研究代表者複合領域 / 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生物系研究代表者以外中区分62:応用情報学およびその関連分野
キーワード	研究代表者アルゴリズム / 遺伝子機能推定 / 高速化 / 系統プロファイル法 / 機械学習 / メタゲノム / 機能未知遺伝子 / 確率モデル / lncRNA / 深層学習 … もっと見る / RNA二次構造 / 進化 / ゲノム進化 / 比較ゲノム / 論理関係 / 多重検定補正 / ゲノム解析 / データベース … もっと見る研究代表者以外散在的リピート / BERT / 長鎖ノンコーディングRNA / 難溶性RNA / RNA結合タンパク質 / lncRNA / アルゴリズム / トランスポゾン / リピート要素隠す

深層学習を用いたRNA二次構造情報解析の高速化研究代表者
- 研究代表者
  
  福永津嵩
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  早稲田大学
大規模メタゲノムデータを用いた高精度機能未知遺伝子推定手法の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  福永津嵩
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2023
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  複合領域
- 研究機関
  早稲田大学
逆イジングモデル法に基づく機能未知な微生物遺伝子の機能推定研究代表者
- 研究代表者
  
  福永津嵩
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2021
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  複合領域
- 研究機関
  早稲田大学
リピート要素のde novo発見に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明
- 研究代表者
  
  浜田道昭
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分62:応用情報学およびその関連分野
- 研究機関
  早稲田大学
統計的論理関係解析法に基づく機能未知遺伝子の機能推定研究代表者
- 研究代表者
  
  福永津嵩
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2022
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  早稲田大学
   東京大学
lncRNA-mRNAの相互作用ネットワークに基づくlncRNAの機能推定研究代表者
- 研究代表者
  
  福永津嵩
- 研究期間 (年度)
  2017 – 2018
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  東京大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] REPrise: De novo repeat detection using inexact seeding2024
- 著者名/発表者名
  Atsushi Takeda, Daisuke Nonaka, Yuta Imazu, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada
- 雑誌名
  
  biorxiv
  
  巻: -
- DOI
  10.1101/2024.01.21.576581
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23KJ2044, KAKENHI-PROJECT-20H00624
[雑誌論文] DeepRaccess: high-speed RNA accessibility prediction using deep learning2023
- 著者名/発表者名
  Hara Kaisei、Iwano Natsuki、Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
- 雑誌名
  
  Frontiers in Bioinformatics
  
  巻: 3 ページ: 1275787-1275787
- DOI
  10.3389/fbinf.2023.1275787
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K16997, KAKENHI-PUBLICLY-22H04891, KAKENHI-PROJECT-20H00624, KAKENHI-PROJECT-22H04925
[雑誌論文] Mirage 2.0: fast and memory-efficient reconstruction of gene-content evolution considering heterogeneous evolutionary patterns among gene families2022
- 著者名/発表者名
  Tsukasa Fukunaga、Wataru Iwasaki
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 38 号: 16 ページ: 4039-4041
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btac433
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-19K20395, KAKENHI-PLANNED-19H05688, KAKENHI-PUBLICLY-20H05582
[雑誌論文] Inverse Potts model improves accuracy of phylogenetic profiling2022
- 著者名/発表者名
  Fukunaga Tsukasa、Iwasaki Wataru
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 38 号: 7 ページ: 1794-1800
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btac034
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20395, KAKENHI-PLANNED-19H05688, KAKENHI-PUBLICLY-20H05582
[雑誌論文] LinAliFold and CentroidLinAliFold: fast RNA consensus secondary structure prediction for aligned sequences using beam search methods2022
- 著者名/発表者名
  Tsukasa Fukunaga、Michiaki Hamada
- 雑誌名
  
  Bioinformatics Advances
  
  巻: 2 号: 1
- DOI
  10.1093/bioadv/vbac078
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PUBLICLY-20H05582
[雑誌論文] Mirage: estimation of ancestral gene-copy numbers by considering different evolutionary patterns among gene families2021
- 著者名/発表者名
  Fukunaga Tsukasa、Iwasaki Wataru
- 雑誌名
  
  Bioinformatics Advances
  
  巻: 1 号: 1
- DOI
  10.1093/bioadv/vbab014
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-19H05688, KAKENHI-PROJECT-19K20395, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PUBLICLY-20H05582
[雑誌論文] Targeting the TR4 nuclear receptor-mediated lncTASR/AXL signaling with Tretinoin increases the Sunitnib sensitivity to better suppress the RCC progression2020
- 著者名/発表者名
  Hangchuan Shi, Yin Sun, Miao He, Xiong Yang, Michiaki Hamada, Tsukasa Fukunaga, Xiaoping Zhang and Chawnshang Chang.
- 雑誌名
  
  Oncogene
  
  巻: 39 号: 3 ページ: 530-545
- DOI
  10.1038/s41388-019-0962-8
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05605, KAKENHI-PROJECT-16H05879
[雑誌論文] Logicome Profiler: Exhaustive detection of statistically significant logic relationships from comparative omics data2020
- 著者名/発表者名
  Fukunaga Tsukasa、Iwasaki Wataru
- 雑誌名
  
  PLOS ONE
  
  巻: 15 号: 5 ページ: e0232106-e0232106
- DOI
  10.1371/journal.pone.0232106
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20395
[雑誌論文] LncRRIsearch: a web server for lncRNA-RNA interaction prediction integrated with tissue-specific expression and subcellular localization data2019
- 著者名/発表者名
  Tsukasa Fukunaga, Junichi Iwakiri, Yukiteru Ono and Michiaki Hamada
- 雑誌名
  
  Front. Genet.
  
  巻: - ページ: 462-462
- DOI
  10.3389/fgene.2019.00462
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K20032, KAKENHI-PROJECT-16K16143, KAKENHI-PUBLICLY-17H05605, KAKENHI-PROJECT-16H05879, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] A Novel Method for Assessing the Statistical Significance of RNA-RNA Interactions Between Two Long RNAs2018
- 著者名/発表者名
  Fukunaga Tsukasa、Hamada Michiaki
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Biology
  
  巻: 25 号: 9 ページ: 976-986
- DOI
  10.1089/cmb.2017.0260
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-16H01318, KAKENHI-PUBLICLY-17H05605, KAKENHI-PROJECT-16H05879
[学会発表] 相同配列情報を活用した高速なRNA二次構造予測手法の開発.2024
- 著者名/発表者名
  西村友宏, 久保顕登, 福永津嵩, 浜田道昭.
- 学会等名
  情報処理学会第77回バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K16997
[学会発表] 比較ゲノム解析により明らかとなった, Synechocystis sp. PCC 6803におけるユニバーサルストレスタンパク質のステート遷移制御機能2023
- 著者名/発表者名
  福永津嵩, 小川敬子, 岩崎渉, 園池公毅.
- 学会等名
  第65回植物生理学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04891
[学会発表] DeepRaccess: 深層学習を用いた高速なRNAアクセシビリティ予測2023
- 著者名/発表者名
  原快成、岩野夏樹、福永津嵩、浜田道昭.
- 学会等名
  第76回バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-23K16997
[学会発表] DeepRaccess: 深層学習を用いた高速なRNAアクセシビリティ予測2023
- 著者名/発表者名
  原快成、岩野夏樹、福永津嵩、浜田道昭.
- 学会等名
  第76回バイオ情報学研究会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-22H04891
[学会発表] Mirage: A phylogenetic mixture model to reconstruct gene content evolutionary history using a realistic evolutionary rate model2020
- 著者名/発表者名
  福永津嵩、岩崎渉
- 学会等名
  第9回生命医薬情報学連合大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20395
[学会発表] MotiMul: A significant discriminative sequence motif discovery algorithm with multiple testing correction.2020
- 著者名/発表者名
  Koichi Mori, Haruka Ozaki and Tsukasa Fukunaga
- 学会等名
  IEEE BIBM 2020
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20395
[学会発表] 統計的有意性を担保可能な系列パターンマイニングに基づく配列モチーフ検出ソフトウェアの開発2020
- 著者名/発表者名
  Koichi Mori, Haruka Ozaki and Tsukasa Fukunaga
- 学会等名
  第9回生命医薬情報学連合大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20395
[学会発表] RNA相互作用解析のためのバイオインフォマティクスソフトウェア開発2019
- 著者名/発表者名
  福永津嵩
- 学会等名
  RNAフロンティアミーティング2019
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05605
[学会発表] Tarone法を用いた系列パターンマイニングの多重検定補正2019
- 著者名/発表者名
  毛利公一、福永津嵩
- 学会等名
  日本バイオインフォマティクス学会2019年年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20395
[学会発表] Tarone法を用いた頻出部分文字列マイニングの多重検定補正2019
- 著者名/発表者名
  毛利公一、福永津嵩
- 学会等名
  IBIS2019
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K20395
[学会発表] ヒトlncRNA-RNAの網羅的相互作用予測及びデータベースの構築2017
- 著者名/発表者名
  福永津嵩、岩切淳一、小野幸輝、浜田道昭
- 学会等名
  第五回NGS現場の会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05605
[学会発表] lncRNA-mRNAの網羅的相互作用予測へ向けた高速なRNA-RNA相互作用予測ソフトウェアRIblastの開発2017
- 著者名/発表者名
  福永津嵩、浜田道昭
- 学会等名
  第19回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05605
[学会発表] RIblast: An ultrafast RNA-RNA interaction prediction system based on a seed-and-extension approach.2017
- 著者名/発表者名
  福永津嵩、浜田道昭
- 学会等名
  第６回生命医薬情報学連合大会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-17H05605

1. 浜田道昭 (00596538)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 3件
2. 足達俊吾 (90783803)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 小野口真広 (30645297)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 岩崎渉

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
5. 岩切淳一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

福永 津嵩 FUKUNAGA Tsukasa

研究課題

研究成果

共同研究者

深層学習を用いたRNA二次構造情報解析の高速化研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

大規模メタゲノムデータを用いた高精度機能未知遺伝子推定手法の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

逆イジングモデル法に基づく機能未知な微生物遺伝子の機能推定研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

リピート要素のde novo発見に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

統計的論理関係解析法に基づく機能未知遺伝子の機能推定研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

lncRNA-mRNAの相互作用ネットワークに基づくlncRNAの機能推定研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] REPrise: De novo repeat detection using inexact seeding2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] DeepRaccess: high-speed RNA accessibility prediction using deep learning2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Mirage 2.0: fast and memory-efficient reconstruction of gene-content evolution considering heterogeneous evolutionary patterns among gene families2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Inverse Potts model improves accuracy of phylogenetic profiling2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] LinAliFold and CentroidLinAliFold: fast RNA consensus secondary structure prediction for aligned sequences using beam search methods2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Mirage: estimation of ancestral gene-copy numbers by considering different evolutionary patterns among gene families2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Targeting the TR4 nuclear receptor-mediated lncTASR/AXL signaling with Tretinoin increases the Sunitnib sensitivity to better suppress the RCC progression2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Logicome Profiler: Exhaustive detection of statistically significant logic relationships from comparative omics data2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

福永津嵩 FUKUNAGA Tsukasa