曽超 Zeng Chao

研究者番号	80822460
その他のID	https://orcid.org/0000-0002-6130-2438
所属 (現在)	2024年度: 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 次席研究員(研究院講師)
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2021年度 – 2024年度: 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 次席研究員(研究院講師) 2020年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 産総研特別研究員
審査区分/研究分野	研究代表者小区分43060:システムゲノム科学関連研究代表者以外中区分62:応用情報学およびその関連分野 / 中区分50:腫瘍学およびその関連分野
キーワード	研究代表者 chromatin / TF / repetitive element / R-loop / NMD / RNA decay / lncRNA / Genetic compensation / RNA degradation / RNA-chromatin / 遺伝子補償応答 / genetic compensation / GCR … もっと見る研究代表者以外 … もっと見る分子シミュレーション / バイオインフォマティクス / RNA結合タンパク質 / ノンコーディングRNA / 相分離 / TP53 / ロングリード解析 / イントロン-エクソン化RNA / 大腸癌 / NEAT1 / hnRNP H1 / EXOSC4 / MTR4 / RNAエキソソーム複合体 / RNA品質管理機構隠す

RNAを中心とした分子ネットワークに基づく生物学的相分離の俯瞰的・体系的理解
- 研究代表者
  
  浜田道昭
- 研究期間 (年度)
  2023 – 2025
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分62:応用情報学およびその関連分野
- 研究機関
  早稲田大学
Identification of repetitive elements involving genome regulation研究代表者
- 研究代表者
  
  曽超
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2024
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分43060:システムゲノム科学関連
- 研究機関
  早稲田大学
RNA品質管理機構によるイントロン-エクソン化RNA生成と癌維持機構への関与
- 研究代表者
  
  谷上賢瑞
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2022
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 審査区分
  
  中区分50:腫瘍学およびその関連分野
- 研究機関
  東京大学
Identification and characterization of lncRNAs involved in genetic compensation研究代表者
- 研究代表者
  
  曽超
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2022
- 研究種目
  
  若手研究
- 審査区分
  
  小区分43060:システムゲノム科学関連
- 研究機関
  早稲田大学
   国立研究開発法人産業技術総合研究所

すべて 2022 2021 2020

すべて雑誌論文学会発表

[雑誌論文] Binding patterns of RNA-binding proteins to repeat-derived RNA sequences reveal putative functional RNA elements2021
- 著者名/発表者名
  Onoguchi Masahiro、Zeng Chao、Matsumaru Ayako、Hamada Michiaki
- 雑誌名
  
  NAR Genomics and Bioinformatics
  
  巻: 3 号: 3
- DOI
  10.1093/nargab/lqab055
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H05879, KAKENHI-PROJECT-21K06133, KAKENHI-PROJECT-17K20032, KAKENHI-PROJECT-20K15784, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Impact of human gene annotations on RNA-seq differential expression analysis2021
- 著者名/発表者名
  Hamaguchi Yu、Zeng Chao、Hamada Michiaki
- 雑誌名
  
  BMC Genomics
  
  巻: 22 号: 1 ページ: 730-730
- DOI
  10.1186/s12864-021-08038-7
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H05879, KAKENHI-PROJECT-17K20032, KAKENHI-PROJECT-20K15784, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Association analysis of repetitive elements and R-loop formation across species2021
- 著者名/発表者名
  Zeng Chao、Onoguchi Masahiro、Hamada Michiaki
- 雑誌名
  
  Mobile DNA
  
  巻: 12 号: 1 ページ: 3-3
- DOI
  10.1186/s13100-021-00231-5
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15784, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-16H05879, KAKENHI-PROJECT-17K20032
[雑誌論文] Long Non-Coding RNA CRNDE Is Involved in Resistance to EGFR Tyrosine Kinase Inhibitor in EGFR-Mutant Lung Cancer via eIF4A3/MUC1/EGFR Signaling2021
- 著者名/発表者名
  Takahashi Satoshi、Noro Rintaro、Seike Masahiro、Zeng Chao、Matsumoto Masaru、Yoshikawa Akiko、Nakamichi Shinji、Sugano Teppei、Hirao Mariko、Matsuda Kuniko、Hamada Michiaki、Gemma Akihiko
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 22 号: 8 ページ: 4005-4005
- DOI
  10.3390/ijms22084005
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15784, KAKENHI-PROJECT-16H05879, KAKENHI-PROJECT-17K20032, KAKENHI-PROJECT-20K17200, KAKENHI-PROJECT-17KK0177
[雑誌論文] Detection and Characterization of Ribosome-Associated Long Noncoding RNAs2020
- 著者名/発表者名
  Zeng Chao、Hamada Michiaki
- 雑誌名
  
  Methods in Molecular Biology
  
  巻: 2254 ページ: 179-194
- DOI
  10.1007/978-1-0716-1158-6_11
- ISBN
  9781071611579, 9781071611586
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15784, KAKENHI-PROJECT-16H05879, KAKENHI-PROJECT-17K20032
[雑誌論文] RNA-Seq Analysis Reveals Localization-Associated Alternative Splicing across 13 Cell Lines2020
- 著者名/発表者名
  Zeng Chao、Hamada Michiaki
- 雑誌名
  
  Genes
  
  巻: 11 号: 7 ページ: 820-820
- DOI
  10.3390/genes11070820
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15784, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[学会発表] De novo assembly and characterization of semi-extractable RNAs2022
- 著者名/発表者名
  Chao Zeng, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose, Michiaki Hamada
- 学会等名
  第23回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15784
[学会発表] Identify the effect of R-loop on transcriptional regulatory mechanisms2022
- 著者名/発表者名
  Eito Ichihashi, Mai Kubota, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Kazuko Nisikura, Yusuke Siromoto, Masayuki Sakurai
- 学会等名
  第23回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K15093
[学会発表] ヒト遺伝子アノテーションがRNA-seq解析に与える影響の評価2021
- 著者名/発表者名
  Yu Hamaguchi, Chao Zeng and Michiaki Hamada
- 学会等名
  第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15784
[学会発表] Binding patterns of RNA binding proteins to repeat-derived RNA sequences reveal putative functional RNA elements2021
- 著者名/発表者名
  Masahiro Onoguchi, Chao Zeng, Yukiteru Ono, Michiaki Hamada
- 学会等名
  Noncoding RNAs: Biology and Applications (Keystone Symposia)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15784
[学会発表] Searching for Repeat-derived Functional Elements in RNAs2021
- 著者名/発表者名
  Chao Zeng, Michiaki Hamada
- 学会等名
  第22回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15784
[学会発表] リピート配列由来の機能エレメントの探索2021
- 著者名/発表者名
  曽超、浜田道昭
- 学会等名
  第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15784
[学会発表] 転写因子結合部位として働く反復配列の発見とその機能の解明2021
- 著者名/発表者名
  Ryo Niwa, Chao Zeng and Michiaki Hamada
- 学会等名
  第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15784
[学会発表] Binding Patterns of RNA Binding Proteins To Repeat-Derived RNA Sequences Reveal Putative Functional RNA Elements2021
- 著者名/発表者名
  Masahiro Onoguchi, Chao Zeng, Yukiteru Ono, Michiaki Hamada
- 学会等名
  第22回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15784
[学会発表] Bioinformatic approaches for understanding RNA reincarnation2020
- 著者名/発表者名
  Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Michiaki Hamada
- 学会等名
  第43回日本分子生物学会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15784
[学会発表] Sequence characterization of R-loop-forming RNAs in mammals2020
- 著者名/発表者名
  Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Risa Maemura, Michiaki Hamada
- 学会等名
  Transposable Elements
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K15784

1. 谷上賢瑞 (90648627)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
2. 浜田道昭 (00596538)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
3. 小野口真広 (30645297)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. 栗崎以久男 (50583340)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件

曽 超 Zeng Chao

研究課題

研究成果

共同研究者

RNAを中心とした分子ネットワークに基づく生物学的相分離の俯瞰的・体系的理解

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

Identification of repetitive elements involving genome regulation研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

RNA品質管理機構によるイントロン-エクソン化RNA生成と癌維持機構への関与

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

Identification and characterization of lncRNAs involved in genetic compensation研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] Binding patterns of RNA-binding proteins to repeat-derived RNA sequences reveal putative functional RNA elements2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Impact of human gene annotations on RNA-seq differential expression analysis2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Association analysis of repetitive elements and R-loop formation across species2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Long Non-Coding RNA CRNDE Is Involved in Resistance to EGFR Tyrosine Kinase Inhibitor in EGFR-Mutant Lung Cancer via eIF4A3/MUC1/EGFR Signaling2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Detection and Characterization of Ribosome-Associated Long Noncoding RNAs2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

ISBN

データソース

[雑誌論文] RNA-Seq Analysis Reveals Localization-Associated Alternative Splicing across 13 Cell Lines2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[学会発表] De novo assembly and characterization of semi-extractable RNAs2022

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Identify the effect of R-loop on transcriptional regulatory mechanisms2022

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] ヒト遺伝子アノテーションがRNA-seq解析に与える影響の評価2021

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Binding patterns of RNA binding proteins to repeat-derived RNA sequences reveal putative functional RNA elements2021

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] Searching for Repeat-derived Functional Elements in RNAs2021

著者名/発表者名

学会等名

データソース

[学会発表] リピート配列由来の機能エレメントの探索2021

曽超 Zeng Chao