張耀中 Zhang Yaozhong

研究者番号	60817138
所属 (現在)	2025年度: 東京大学, 医科学研究所, 准教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2023年度: 東京大学, 医科学研究所, 准教授 2021年度 – 2022年度: 東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 2019年度: 東京大学, 医科学研究所, 助教
審査区分/研究分野	研究代表者小区分62010:生命、健康および医療情報学関連研究代表者以外複合領域
キーワード	研究代表者深層学習 / 構造変異 / ナノポアシーケンシング / nanopore sequencing / 全ゲノム表現学習 / k-mer / 事前表現学習モデル / メチル化 / pre-training / representation learning … もっと見る / k-mer model / nanopore methylation / deep learning / nanopore / methylation … もっと見る研究代表者以外人工知能 / バイオインフォマティクス / 統計的モデリング / システム生物学 / がん隠す

遺伝子変異を考慮しナノポアシーケンスから高精度にメチル化を検出する情報技術の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  張耀中
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(C)
- 審査区分
  
  小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
- 研究機関
  東京大学
スーパーコンピューティングと革新的情報技術によるがんシステムの新次元探索
- 研究代表者
  
  宮野悟
- 研究期間 (年度)
  2015 – 2019
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  複合領域
- 研究機関
  東京大学

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2017 その他

すべて雑誌論文学会発表その他

[雑誌論文] Predicting cell types with supervised contrastive learning on cells and their types2024
- 著者名/発表者名
  Heryanto Yusri Dwi、Zhang Yao-zhong、Imoto Seiya
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 14 号: 1 ページ: 1-16
- DOI
  10.1038/s41598-023-50185-2
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12104
[雑誌論文] Imputing time-series microbiome abundance profiles with diffusion model2023
- 著者名/発表者名
  Seki Misato、Zhang Yao-Zhong、Imoto Seiya
- 雑誌名
  
  IEEE Xplore
  
  巻: BIBM 2023 ページ: 914-919
- DOI
  10.1109/bibm58861.2023.10385703
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12104, KAKENHI-PROJECT-21H03538
[雑誌論文] Zero-shot-capable identification of phage?host relationships with whole-genome sequence representation by contrastive learning2023
- 著者名/発表者名
  Zhang Yao-zhong、Liu Yunjie、Bai Zeheng、Fujimoto Kosuke、Uematsu Satoshi、Imoto Seiya
- 雑誌名
  
  Briefings in Bioinformatics
  
  巻: 24 号: 5 ページ: 1-10
- DOI
  10.1093/bib/bbad239
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K16329, KAKENHI-PROJECT-21K12104, KAKENHI-PROJECT-22H00477, KAKENHI-PROJECT-21H03538
[雑誌論文] Investigation of the BERT model on nucleotide sequences with non-standard pre-training and evaluation of different k-mer embeddings2023
- 著者名/発表者名
  Zhang Yao-zhong、Bai Zeheng、Imoto Seiya
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 39 号: 10 ページ: 1-10
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btad617
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12104, KAKENHI-PROJECT-21H03538
[雑誌論文] Microbial Gene Ontology informed deep neural network for microbe functionality discovery in human diseases2023
- 著者名/発表者名
  Liu Yunjie、Zhang Yao-zhong、Imoto Seiya
- 雑誌名
  
  PLOS ONE
  
  巻: 18 号: 8 ページ: 1-13
- DOI
  10.1371/journal.pone.0290307
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12104, KAKENHI-PROJECT-21H03538
[雑誌論文] Identification of bacteriophage genome sequences with representation learning2022
- 著者名/発表者名
  Bai Zeheng、Zhang Yao-zhong、Miyano Satoru、Yamaguchi Rui、Fujimoto Kosuke、Uematsu Satoshi、Imoto Seiya
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 38 号: 18 ページ: 4264-4270
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btac509
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12104, KAKENHI-PROJECT-22H00477, KAKENHI-PROJECT-21H03538, KAKENHI-PROJECT-21K19495
[雑誌論文] Dysfunctional analysis of the pre-training model on nucleotide sequences and the evaluation of different k-mer embeddings2022
- 著者名/発表者名
  Zhang Yao-zhong、Bai Zeheng、Imoto Seiya
- 雑誌名
  
  bioAxiv
  
  巻: preprint ページ: 1-7
- DOI
  10.1101/2022.12.05.518770
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12104
[雑誌論文] Discovering microbe functionality in human disease with a gene-ontology-aware model2021
- 著者名/発表者名
  Liu Yunjie、Zhang Yaozhong、Imoto Seiya
- 雑誌名
  
  Proceedings of 2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine
  
  ページ: 1873-1880
- DOI
  10.1109/bibm52615.2021.9669492
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12104
[雑誌論文] Identification of Bacteriophages Using Deep Representation Model with Pre-training2021
- 著者名/発表者名
  Bai Zeheng、Zhang Yao-zhong、Miyano Satoru、Yamaguchi Rui、Uematsu Satoshi、Imoto Seiya
- 雑誌名
  
  BioAxiv
  
  ページ: 1-7
- DOI
  10.1101/2021.09.25.461359
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12104
[雑誌論文] On the application of BERT models for nanopore methylation detection2021
- 著者名/発表者名
  Zhang Yao-Zhong、Yamaguchi Kiyoshi、Hatakeyama Sera、Furukawa Yoichi、Miyano Satoru、Yamaguchi Rui、Imoto Seiya
- 雑誌名
  
  Proceedings of 2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine
  
  ページ: 320-327
- DOI
  10.1109/bibm52615.2021.9669841
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12104
[雑誌論文] Enhancing breakpoint resolution with deep segmentation model: A general refinement method for read-depth based structural variant callers2021
- 著者名/発表者名
  Zhang Yao-zhong、Imoto Seiya、Miyano Satoru、Yamaguchi Rui
- 雑誌名
  
  PLOS Computational Biology
  
  巻: 17 号: 10 ページ: 1009186-1009186
- DOI
  10.1371/journal.pcbi.1009186
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12104
[雑誌論文] Nanopore base-calling from a perspective of instance segmentation2020
- 著者名/発表者名
  Zhang Y-Z, Akdemir A, Tremmel G, Imoto S, Miyano S, Shibuya T, Yamaguchi R.
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 23;21(Suppl 3) 号: S3 ページ: 136-136
- DOI
  10.1186/s12859-020-3459-0
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-17H01693, KAKENHI-PROJECT-17K20023
[雑誌論文] Identification of a p53-repressed gene module in breast cancer cells2017
- 著者名/発表者名
  Miyamoto T, Tanikawa C, Yodsurang V, Zhang YZ, Imoto S, Yamaguchi R, Miyano S, Nakagawa H, Matsuda K
- 雑誌名
  
  Oncotarget
  
  巻: 8(34) 号: 34 ページ: 55821-55836
- DOI
  10.18632/oncotarget.19608
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PUBLICLY-16H01566
[雑誌論文] The Transcriptional Landscape of p53 Signalling Pathway2017
- 著者名/発表者名
  Tanikawa C, Zhang YZ, Yamamoto R, Tsuda Y, Tanaka M, Funauchi Y, Mori J, Imoto S, Yamaguchi R, Nakamura Y, Miyano S, Nakagawa H, Matsuda K
- 雑誌名
  
  EBioMedicine
  
  巻: 20 ページ: 109-119
- DOI
  10.1016/j.ebiom.2017.05.017
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PUBLICLY-16H01566
[雑誌論文] Sequence-specific bias correction for RNA-seq data using recurrent neural networks2017
- 著者名/発表者名
  Zhang Y-Z, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S
- 雑誌名
  
  BMC Genomics
  
  巻: 18(Suppl 1) 号: S1 ページ: 1044-1044
- DOI
  10.1186/s12864-016-3262-5
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-16H02676
[学会発表] Zero-shot-capable identification of phage-host relationships with whole-genome sequence representation by contrastive learning2023
- 著者名/発表者名
  Yao-zhong Zhang
- 学会等名
  International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12104
[学会発表] Dysfunctional analysis of the pre-training model on nucleotide sequences and the evaluation of different k-mer embeddings2023
- 著者名/発表者名
  Yao-zhong Zhang
- 学会等名
  27th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12104
[学会発表] Imputing time-series microbiome abundance profiles with diffusion model2023
- 著者名/発表者名
  Misato Seki, Yao-zhong Zhang, Seiya Imoto
- 学会等名
  International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM)
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12104
[学会発表] On the application of BERT models for nanopore methylation detection2021
- 著者名/発表者名
  Yao-zhong Zhang
- 学会等名
  IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12104
[学会発表] Discovering microbe functionality in human disease with a gene-ontology-aware model2021
- 著者名/発表者名
  Yunjie Liu,Yao-zhong Zhang, Seiya Imoto
- 学会等名
  Biological Ontologies and Knowledge Bases workshop 2021
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K12104
[]

1. 宮野悟 (50128104)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 4件
2. 島村徹平 (00623943)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
3. 白石友一 (70516880)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
4. PARK HEEWON (70756642)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
5. 山口類 (90380675)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 4件
6. 新井田厚司 (00772493)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
7. 片山琴絵 (40581195)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 井元清哉 (10345027)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 4件
9. 玉田嘉紀 (80435495)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 藤本康介

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

張 耀中 Zhang Yaozhong

研究課題

研究成果

共同研究者

遺伝子変異を考慮しナノポアシーケンスから高精度にメチル化を検出する情報技術の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

スーパーコンピューティングと革新的情報技術によるがんシステムの新次元探索

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[雑誌論文] Predicting cell types with supervised contrastive learning on cells and their types2024

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Imputing time-series microbiome abundance profiles with diffusion model2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Zero-shot-capable identification of phage?host relationships with whole-genome sequence representation by contrastive learning2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Investigation of the BERT model on nucleotide sequences with non-standard pre-training and evaluation of different k-mer embeddings2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Microbial Gene Ontology informed deep neural network for microbe functionality discovery in human diseases2023

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Identification of bacteriophage genome sequences with representation learning2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Dysfunctional analysis of the pre-training model on nucleotide sequences and the evaluation of different k-mer embeddings2022

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Discovering microbe functionality in human disease with a gene-ontology-aware model2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Identification of Bacteriophages Using Deep Representation Model with Pre-training2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] On the application of BERT models for nanopore methylation detection2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Enhancing breakpoint resolution with deep segmentation model: A general refinement method for read-depth based structural variant callers2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Nanopore base-calling from a perspective of instance segmentation2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Identification of a p53-repressed gene module in breast cancer cells2017

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

張耀中 Zhang Yaozhong