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山口 類  YAMAGUCHI RUI

研究者番号 90380675
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0003-1224-227X
所属 (現在) 2025年度: 愛知県がんセンター(研究所), システム解析学分野, 分野長
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2019年度 – 2025年度: 愛知県がんセンター(研究所), システム解析学分野, 分野長
2018年度: 愛知県がんセンター(研究所), 分野長, 分野長
2015年度 – 2018年度: 東京大学, 医科学研究所, 准教授
2010年度 – 2015年度: 東京大学, 医科学研究所, 講師
2013年度: 東京大学, 東京大学, 講師
2008年度: 東京大学, 医科学研究所, 講師
2006年度: 東京大学, 医科学研究所, 特任講師
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 生体生命情報学 / 中区分90:人間医工学およびその関連分野 / 生命・健康・医療情報学
研究代表者以外
小区分50020:腫瘍診断および治療学関連 / 小区分56030:泌尿器科学関連 / 小区分53010:消化器内科学関連 / 中区分50:腫瘍学およびその関連分野 / 複合領域 / 生体生命情報学 … もっと見る / 小区分50010:腫瘍生物学関連 / 小区分58030:衛生学および公衆衛生学分野関連:実験系を含まない / 小区分49020:人体病理学関連 / 中区分56:生体機能および感覚に関する外科学およびその関連分野 / 小区分55040:呼吸器外科学関連 / 小区分55020:消化器外科学関連 / 小区分48040:医化学関連 / 整形外科学 / 生命・健康・医療情報学 / ゲノム医科学 隠す
キーワード
研究代表者
バイオインフォマティクス / 一細胞計測 / T細胞受容体 / ネットワーク推定 / シングルセルデータ解析 / ネットワーク解析 / ネットワーク / 説明可能AI / 一細胞シークエンス / 免疫細胞受容体 … もっと見る / 機械学習 / ベイズモデル / ペプチドHLA複合体 / タンパク質デザイン / 病態予測モデル / スパースモデリング / 個別変異データ / 病態遷移モデル / 変異検出 / 微小残存病変 / 有用情報抽出 / 異種情報統合 / 異種多次元データ / 情報統合 / 病態予測 / 免疫細胞集団シークエンスデータ情報処理分野 / 適応免疫 / 免疫細胞集団シークエンス / B細胞受容体 / 免疫細胞受容体レパトア解析 / 免疫細胞シークエンスデータ解析 / 時系列遺伝子発現データ / 薬剤構造 / 薬剤応答 / 統計的時系列モデル / データ解析 / システム生物学 / 統計的モデリング / 状態空間モデル / 薬剤効果 … もっと見る
研究代表者以外
がん / プロテオミクス / 膵癌 / 化合物スクリーニング / バイオインフォマティクス / システム生物学 / 遺伝子ネットワーク / 肺癌 / がんワクチン / PDXモデル / バイオマーカー / プロテオゲノミクス / ゼブラフィッシュ / 癌 / ゲノム / 統計的モデリング / シミュレーション / cfDNA / 次世代シークエンシング / 残存微小がん / 細胞死 / 癌精巣遺伝子 / 術後再発予防 / T細胞 / 腫瘍抗原 / 膵癌マウスモデル / 自己抗体 / 血漿プロテオーム解析 / 膵のう胞 / 早期診断 / 癌・精巣RNA / リボヌクレオタンパク質 / 癌・精巣遺伝子 / 格差 / がん対策 / 空間疫学 / 地理的格差 / NGS / 分子ネットワークモデル / がん組織 / マルチオミックス / 個別化医療 / 次世代シークエンス / ctDNA / 血液バイオマーカー / 尿路上皮がん / シークエンシング / モデル / クロナリティ / 統合オミクスデータベース / EUS-FNA / CRISPR-Cas9 / 抗体薬物複合体 / 細胞表面タンパク質 / 多層オミクス解析 / 患者由来細胞株 / 自己抗体結合タンパク / HL Aリガンドーム / 免疫グロブリン結合タンパク質 / PDC / 患者由来細胞 / 自己抗体結合抗原 / HLAクラスI結合ペプチド / 個別化がんワクチン / がん抗原 / 難治がん / ネオ抗原 / 免疫チェックポイント阻害剤 / 免疫原性細胞死 / 化学療法 / 循環腫瘍細胞 / 非小細胞肺癌 / 腫瘍免疫 / Virtual dissection / PDXマウス / がん微小環境 / Virtual dissectionモデル / 患者由来Xenograft / 癌ワクチン / 癌特異的抗原 / がん特異的抗原 / がん免疫 / HLAリガンドーム / マイクロペプチド / シングルセルRNAシークエンス法 / CRISPRスクリーニング法 / CRISPRスクリーニング / シングルセルRNAシークエンス / PDX / 骨軟部肉腫 / 整形外科 / 融合遺伝子 / 骨軟部腫瘍 / がんゲノム / ゲノム解析 / 肉腫 / 人工知能 / シリコンシークエンサー / 血液腫瘍 / 消化器癌 / シリコン・シークエンサー / 個別化ゲノム医療 / メディカルインフォマティクス / 大腸癌 / メチル基転移酵素 / ヒストン / 大腸がん / 疾患関連遺伝子 / Bayesiamネットワーク / 薬剤応答パスウェィ / ベトリネット / パスウェイ解析 / 状態空間モデル / ペトリネット / ベイジアンネットワーク / パ スウェイ解析 / 動的モデル / 薬剤応答パスウェイ / シークエンス解析 / スーパーコンピュータ / 遺伝統計学 / ゲノム科学 / 自己分泌パスウェイ / タンパク質相互作用 / マイクロアレイ / 漢方薬 / Gefitinib / Fenofibrate / 創薬ターゲット遺伝子 / 遺伝子発現マイクロアレイデータ 隠す
  • 研究課題

    (28件)
  • 研究成果

    (162件)
  • 共同研究者

    (113人)
  •  癌・生殖細胞ネットワークの解明と新たな細胞死誘導経路を標的とした新規抗がん剤開発

    • 研究代表者
      細野 祥之
    • 研究期間 (年度)
      2025 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分50020:腫瘍診断および治療学関連
    • 研究機関
      岡山大学
  •  微小残存がんを検出する次世代シークエンシングを用いた革新的手法の開発と検証研究

    • 研究代表者
      植村 元秀
    • 研究期間 (年度)
      2025 – 2027
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分56030:泌尿器科学関連
    • 研究機関
      福島県立医科大学
  •  HFLACの有用な分子を抽出するためのネットワーク解析法の確立

    • 研究代表者
      笠島 理加
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2026
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分49020:人体病理学関連
    • 研究機関
      地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立がんセンター(臨床研究所)
  •  統合的高深度プロテオーム解析に基づく膵癌早期診断法の開発

    • 研究代表者
      田口 歩
    • 研究期間 (年度)
      2023 – 2025
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分53010:消化器内科学関連
    • 研究機関
      愛知県がんセンター(研究所)
  •  時空間内包型数理的解析手法によるがん細胞のクロナリティの新たな理解

    • 研究代表者
      植村 元秀
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2024
    • 研究種目
      挑戦的研究(萌芽)
    • 審査区分
      中区分56:生体機能および感覚に関する外科学およびその関連分野
    • 研究機関
      福島県立医科大学
  •  癌・精巣リボヌクレオタンパク質の機能解明と、新規抗がん剤創出

    • 研究代表者
      細野 祥之
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分50010:腫瘍生物学関連
    • 研究機関
      岡山大学
  •  説明可能AIによる1細胞計測大規模ネットワークデータからの知識発見技術の開発研究代表者

    • 研究代表者
      山口 類
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
    • 研究機関
      愛知県がんセンター(研究所)
  •  肺癌における腫瘍抗原の違いによるT細胞の運命決定と術後再発予防効果に関する検討

    • 研究代表者
      松下 博和
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分50020:腫瘍診断および治療学関連
    • 研究機関
      愛知県がんセンター(研究所)
  •  免疫一細胞データ解析による改変型T細胞受容体デザイン技術の開発研究代表者

    • 研究代表者
      山口 類
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2022
    • 研究種目
      挑戦的研究(萌芽)
    • 審査区分
      中区分90:人間医工学およびその関連分野
    • 研究機関
      愛知県がんセンター(研究所)
  •  社会経済的格差に着目したがん対策に資する空間疫学的ビッグデータ解析研究

    • 研究代表者
      伊藤 秀美
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分58030:衛生学および公衆衛生学分野関連:実験系を含まない
    • 研究機関
      愛知県がんセンター(研究所)
  •  ヒトとゼブラフィッシュの類似点・相違点を利用した、遺伝子と化合物スクリーニング

    • 研究代表者
      細野 祥之
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2023
    • 研究種目
      挑戦的研究(開拓)
    • 審査区分
      中区分50:腫瘍学およびその関連分野
    • 研究機関
      岡山大学
      愛知県がんセンター(研究所)
  •  難治がん検体からのNon-coding region由来マイクロペプチドーム測定

    • 研究代表者
      阿部 雄一
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分48040:医化学関連
    • 研究機関
      愛知県がんセンター(研究所)
  •  がん微小環境情報を考慮したがんゲノム解析モデルの開発

    • 研究代表者
      笠島 理加
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分55020:消化器外科学関連
    • 研究機関
      地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立がんセンター(臨床研究所)
  •  末梢血中循環腫瘍細胞を用いた非小細胞肺癌への化学療法による免疫原性細胞死の解析

    • 研究代表者
      高橋 祐介
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分55040:呼吸器外科学関連
    • 研究機関
      愛知県がんセンター(研究所)
  •  個別化がんワクチン療法に向けた統合プロテオミクスによる新規がん抗原同定法の開発

    • 研究代表者
      田口 歩
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2023
    • 研究種目
      挑戦的研究(萌芽)
    • 審査区分
      中区分50:腫瘍学およびその関連分野
    • 研究機関
      愛知県がんセンター(研究所)
  •  PDXモデルの高深度サーフェスオーム解析に基づく革新的膵癌個別化治療法の開発

    • 研究代表者
      田口 歩
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分53010:消化器内科学関連
    • 研究機関
      愛知県がんセンター(研究所)
  •  がん組織を用いたマルチオミックス解析による個別化医療開発プラットフォームの構築

    • 研究代表者
      植村 元秀
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分56030:泌尿器科学関連
    • 研究機関
      福島県立医科大学
  •  多次元異種データ統合モデルによる個別化病態の経過予測とその制御研究代表者

    • 研究代表者
      山口 類
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2020
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
    • 研究機関
      愛知県がんセンター(研究所)
      東京大学
  •  骨軟部腫瘍における診断マーカーの同定と腫瘍概念の再構築を目指した融合遺伝子の探索

    • 研究代表者
      松田 浩一
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2020
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 研究分野
      整形外科学
    • 研究機関
      東京大学
  •  T細胞受容体シークエンスデータ解析手法の開発と細胞集団多様性の理解研究代表者

    • 研究代表者
      山口 類
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2017
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      東京大学
  •  スーパーコンピューティングと革新的情報技術によるがんシステムの新次元探索

    • 研究代表者
      宮野 悟
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2019
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      東京大学
  •  パーソナルゲノム医療に向けたメディカルインフォマティクスの情報基盤研究

    • 研究代表者
      宮野 悟
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2015
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      東京大学
  •  多種薬剤応答パネルデータからの知識抽出法の開発研究代表者

    • 研究代表者
      山口 類
    • 研究期間 (年度)
      2012 – 2013
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      東京大学
  •  統合ゲノム解析による大腸癌におけるヒストンメチル基転移酵素の機能解析

    • 研究代表者
      古川 洋一
    • 研究期間 (年度)
      2011 – 2013
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      ゲノム医科学
    • 研究機関
      東京大学
  •  計算とシミュレーションによるがんシステム学の創成

    • 研究代表者
      宮野 悟
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2014
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      東京大学
  •  ネットワーク解析による薬剤応答パスウェイの解析法の研究

    • 研究代表者
      宮野 悟
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2012
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      東京大学
  •  状態空間モデルによる動的薬剤効果推定手法の開発研究代表者

    • 研究代表者
      山口 類
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2011
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      東京大学
  •  遺伝子ネットワークによる創薬ターゲットパスウェイのイン・シリコ探索技術

    • 研究代表者
      宮野 悟
    • 研究期間 (年度)
      2006 – 2008
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      東京大学

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017 2016 2015 2014 2013 2012 2011 2010 2009 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] 遺伝統計学と疾患ゲノムデータ解析(第2章-6: T細胞受容体レパトア解析)2018

    • 著者名/発表者名
      井元清哉、長谷川嵩矩、山口類
    • 総ページ数
      272
    • 出版者
      メディカルドゥ
    • ISBN
      9784944157631
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00399
  • [図書] Chapter2: A TCR sequence data analysis pipeline: Tcrip. In Immunopharmacogenomics. Nakamura, Y. (Ed.)2015

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S
    • 総ページ数
      17
    • 出版者
      Springer Japan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00399
  • [雑誌論文] Single-cell sequencing on CD8<sup>+</sup>TILs revealed the nature of exhausted T cells recognizing neoantigen and cancer/testis antigen in non-small cell lung cancer2023

    • 著者名/発表者名
      Komuro H, Shinohara S, Fukushima Y, Demachi-Okamura A, Muraoka D, Masago K, Hamana H, Kishi H, Miura D, Tanaka Y, Onoue K, Onoguchi K, Yamashita Y, Stratford R, Clancy T, Yamaguchi R, Kuroda H, Doi K, Iwata H, Matsushita H.
    • 雑誌名

      J Immunother Cancer

      巻: 11 号: 8 ページ: e007180-e007180

    • DOI

      10.1136/jitc-2023-007180

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K24195
  • [雑誌論文] Machine learning methods for protein-protein binding affinity prediction in protein design2022

    • 著者名/発表者名
      Zhongliang Guo and Rui Yamaguchi
    • 雑誌名

      Frontiers in Bioinformatics

      巻: 2 ページ: 1065703-1065703

    • DOI

      10.3389/fbinf.2022.1065703

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K18003, KAKENHI-PROJECT-21K19939
  • [雑誌論文] New evaluation of the tumor immune microenvironment of non-small cell lung cancer and its association with prognosis2022

    • 著者名/発表者名
      Shinohara Shuichi、Takahashi Yusuke、Demachi-Okamura Ayako et al.
    • 雑誌名

      Journal for ImmunoTherapy of Cancer

      巻: 10 号: 4 ページ: e003765-e003765

    • DOI

      10.1136/jitc-2021-003765

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K09232, KAKENHI-PROJECT-19H03528, KAKENHI-PROJECT-20K09187
  • [雑誌論文] Clinical guideline‐guided outcome consistency for surgically resected stage iii non‐small cell lung cancer: A retrospective study2021

    • 著者名/発表者名
      Kuroda H, Sugita Y, Masago K, Takahashi Y, Nakada T, Sasaki E, Sakakura N, Yamaguchi R, Matsushita H, Hida T.
    • 雑誌名

      Cancers (Basel)

      巻: 13 号: 11 ページ: 2531-2531

    • DOI

      10.3390/cancers13112531

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K09187, KAKENHI-PROJECT-21K06940
  • [雑誌論文] Theoretical Foundation of the Performance of Phylogeny-Based Somatic Variant Detection2020

    • 著者名/発表者名
      Moriyama Takuya、Imoto Seiya、Miyano Satoru、Yamaguchi Rui
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: 12508 ページ: 87-101

    • DOI

      10.1007/978-3-030-64511-3_9

    • ISBN
      9783030645106, 9783030645113
    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [雑誌論文] Variant analysis of prostate cancer in Japanese patients and a new attempt to predict related biological pathways2020

    • 著者名/発表者名
      Kasajima R, Yamaguchi R, Shimizu E, Tamada Y, Niida A, Tremmel G, Kishida T,Aoki I, Imoto S, Miyano S, Uemura H, Miyagi Y
    • 雑誌名

      Oncol Rep.

      巻: 43(3) ページ: 943-952

    • DOI

      10.3892/or.2020.7481

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912
  • [雑誌論文] Successful clinical sequencing by molecular tumor board in an elderly patient with refractory Sezary syndrome2020

    • 著者名/発表者名
      Hijikata K, Yokoyama K (co-1st and co-corresponding author), Yokoyama N, Matsubara Y, Shimizu E, Nakashima M, Yamagishi M, Ota Y, Lim L, Yamaguchi R, Ito M, Tanaka Y, Denda T, Tani K, Yotsuyanagi H, Imoto S, Miyano S, Uchimaru K, Tojo A.
    • 雑誌名

      JCO Precis Oncol

      巻: 4 号: 4 ページ: 534-560

    • DOI

      10.1200/po.19.00254

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K16605, KAKENHI-PROJECT-17H01547, KAKENHI-PROJECT-18H03329, KAKENHI-PROJECT-19H03575, KAKENHI-PROJECT-18K08317, KAKENHI-PROJECT-19K16580
  • [雑誌論文] Automatic sparse principal component analysis2020

    • 著者名/発表者名
      Park Heewon、Yamaguchi Rui、Imoto Seiya、Miyano Satoru
    • 雑誌名

      Canadian Journal of Statistics

      巻: Online first 号: 3 ページ: 1-24

    • DOI

      10.1002/cjs.11579

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20402, KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [雑誌論文] Nanopore base-calling from a perspective of instance segmentation2020

    • 著者名/発表者名
      Zhang Y-Z, Akdemir A, Tremmel G, Imoto S, Miyano S, Shibuya T, Yamaguchi R.
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 23;21(Suppl 3) 号: S3 ページ: 136-136

    • DOI

      10.1186/s12859-020-3459-0

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-17H01693, KAKENHI-PROJECT-17K20023
  • [雑誌論文] Global gene network exploration based on explainable artificial intelligence approach2020

    • 著者名/発表者名
      Park Heewon、Maruhashi Koji、Yamaguchi Rui、Imoto Seiya、Miyano Satoru
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 15 号: 11 ページ: e0241508-e0241508

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0241508

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K20402, KAKENHI-PROJECT-18H03328, KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [雑誌論文] Accurate and Flexible Bayesian Mutation Call from Multi-regional Tumor Samples2019

    • 著者名/発表者名
      Moriyama Takuya、Imoto Seiya、Miyano Satoru、Yamaguchi Rui
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: 11826 ページ: 47-61

    • DOI

      10.1007/978-3-030-35210-3_4

    • ISBN
      9783030352097, 9783030352103
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03329, KAKENHI-PROJECT-17J08884
  • [雑誌論文] An Unusually Short Latent Period of Therapy-Related Myeloid Neoplasm Harboring a Rare MLL-EP300 Rearrangement: Case Report and Literature Review2019

    • 著者名/発表者名
      Takeda R, Yokoyama K (corresponding author), Kobayashi S, Kawamata T, S Nakamura, Tomofusa F, Ito M, Yusa N, Shimizu E, Ohno N, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S, Uchimaru K, and Tojo A.
    • 雑誌名

      Case Rep Hematol

      巻: epub ページ: 4532434-4532434

    • DOI

      10.1155/2019/4532434

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K16605, KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [雑誌論文] ALPHLARD-NT: Bayesian Method for Human Leukocyte Antigen Genotyping and Mutation Calling through Simultaneous Analysis of Normal and Tumor Whole-Genome Sequence Data2019

    • 著者名/発表者名
      Hayashi S, Moriyama T, Yamaguchi R, Mizuno S, Komura M, Miyano S, Nakagawa H, Imoto S
    • 雑誌名

      J Comput Biol.

      巻: 26(9) 号: 9 ページ: 923-937

    • DOI

      10.1089/cmb.2018.0224

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-18H03328
  • [雑誌論文] Integrated exome and RNA sequencing of dedifferentiated liposarcoma2019

    • 著者名/発表者名
      Hirata Makoto、Matsubara Daisuke (21th) etc
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 10 号: 1 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1038/s41467-019-13286-z

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K07441, KAKENHI-PROJECT-19K07791, KAKENHI-PROJECT-19K09206, KAKENHI-PROJECT-19K12215, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-16H02676, KAKENHI-PROJECT-17H03596, KAKENHI-PROJECT-18H02933, KAKENHI-PROJECT-19H03444, KAKENHI-PROJECT-16K08672
  • [雑誌論文] Virtual Grid Engine: a simulated grid engine environment for large-scale supercomputers2019

    • 著者名/発表者名
      Ito S, Yadome M, Nishiki T, Ishiduki S, Inoue H, Yamaguchi R, Miyano S
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics.

      巻: 20(Suppl 16) 号: S16 ページ: 591-591

    • DOI

      10.1186/s12859-019-3085-x

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912
  • [雑誌論文] A Bayesian model integration for mutation calling through data partitioning2019

    • 著者名/発表者名
      Moriyama T, Imoto S, Hayashi S, Shiraishi Y, Miyano S, Yamaguchi R
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 35(21) 号: 21 ページ: 4247-4254

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btz233

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912
  • [雑誌論文] Massively parallel sequencing of tenosynovial giant cell tumors reveals novel CSF1 fusion transcripts and novel somatic CBL mutations2019

    • 著者名/発表者名
      Tsuda Yusuke、Matsubara Daisuke (5th) etc
    • 雑誌名

      International Journal of Cancer

      巻: 145 号: 12 ページ: 3276

    • DOI

      10.1002/ijc.32421

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K07441, KAKENHI-PROJECT-19K12215, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-16H02676, KAKENHI-PROJECT-17H03596, KAKENHI-PROJECT-18H02933, KAKENHI-PROJECT-19H03444, KAKENHI-PROJECT-16K08672, KAKENHI-PROJECT-18K15303
  • [雑誌論文] Prognostic impact of circulating tumor DNA status post-allogeneic hematopoietic stem cell transplantation in AML and MDS.2019

    • 著者名/発表者名
      Nakamura S, Yokoyama K (co-1st and co-corresponding author), Shimizu E, Yusa N, Kondoh K, Ogawa M, Takei T, Kobayashi A, Ito M, Isobe M, Konuma T, Kato S, Kasajima R, Wada Y, Inoue-Nagamura T, Yamaguchi R, Takahashi S, Imoto S, Miyano S, and Tojo A.
    • 雑誌名

      Blood

      巻: 133 号: 25 ページ: 2682-2695

    • DOI

      10.1182/blood-2018-10-880690

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K16605, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [雑誌論文] Virtual Grid Engine: Accelerating thousands of omics sample analyses using large-scale supercomputers2019

    • 著者名/発表者名
      Ito S, Yadome M, Nishiki T, Ishiduki S, Inoue H, Yamaguchi R, Miyano S
    • 雑誌名

      IEEE BIBM 2018

      巻: 印刷中 ページ: 387-392

    • DOI

      10.1109/bibm.2018.8621285

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912
  • [雑誌論文] Development of an MSI-positive colon tumor with aberrant DNA methylation in a PPAP patient2019

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi K, Shimizu E, Yamaguchi R, Imoto S, Komura M, Hatakeyama S, Noguchi R, Takane K, Ikenoue T, Gohda Y, Yano H, Miyano S, Furukawa Y
    • 雑誌名

      J Hum Genet.

      巻: 64(8) 号: 8 ページ: 729-740

    • DOI

      10.1038/s10038-019-0611-7

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-17H03575, KAKENHI-PROJECT-17K16530, KAKENHI-PROJECT-17K07214
  • [雑誌論文] Accurate and Flexible Bayesian Mutation Call from Multi-regional Tumor Samples2019

    • 著者名/発表者名
      Moriyama T, Imoto s, Miyano S, Yamaguchi R
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: 11826 ページ: 47-61

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912
  • [雑誌論文] The first case of elderly TCF3-HLF-positive B-cell acute lymphoblastic leukemia.2019

    • 著者名/発表者名
      Takeda R, Yokoyama K (corresponding author), Ogawa M, Kawamata T, Tomofusa F, Kondoh K, Tomomi T, Nakamura S, Ito M, Yusa N, Shimizu E, Ohno N, Uchimaru K, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S, and Tojo A.
    • 雑誌名

      Leuk lymphoma.

      巻: 60 号: 11 ページ: 2821-2824

    • DOI

      10.1080/10428194.2019.1602267

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K16605, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [雑誌論文] Genomic Heterogeneity Within Individual Prostate Cancer Foci Impacts Predictive Biomarkers of Targeted Therapy2018

    • 著者名/発表者名
      VanderWeele DJ, Finney R, Katayama K, Gillard M, Paner G, Imoto S, Yamaguchi R, Wheeler D, Lack J, Cam M, Pontier A, Nguyen YTM, Maejima K, Sasaki-Oku A, Nakano K, Tanaka H, Vander Griend D, Kubo M, Ratain MJ, Miyano S, Nakagawa H
    • 雑誌名

      Eur Urol Focus

      巻: pii: S2405-4569(18) 号: 3 ページ: 30007-5

    • DOI

      10.1016/j.euf.2018.01.006

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-19K12215
  • [雑誌論文] Cell-lineage level-targeted sequencing to identify acute myeloid leukemia with myelodysplasia-related changes2018

    • 著者名/発表者名
      Yokoyama K, Shimizu E, Yokoyama N, Nakamura S, Kasajima R, Ogawa M, Takei T,Ito M, Kobayashi A, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S, Tojo A
    • 雑誌名

      Blood Adv

      巻: 2(19) 号: 19 ページ: 2513-2521

    • DOI

      10.1182/bloodadvances.2017010744

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912
  • [雑誌論文] Characterization of the B-cell receptor repertoires in peanut allergic subjects undergoing oral immunotherapy2018

    • 著者名/発表者名
      Kiyotani K, Mai TH, Yamaguchi R, Yew PY, Kulis M, Orgel K, Imoto S, Miyano S, Burks AW, Nakamura Y
    • 雑誌名

      J Hum Genet

      巻: 63(2) 号: 2 ページ: 239-248

    • DOI

      10.1038/s10038-017-0364-0

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-15H02775, KAKENHI-PROJECT-15K00399
  • [雑誌論文] Phenotype-Based Gene Analysis Allowed Successful Diagnosis of X-Linked Neutropenia Associated with a Novel Wasp Mutation.2018

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi M, Yokoyama K, Shimizu E, Yusa N, Ito M, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S, and Tojo A.
    • 雑誌名

      Ann Hematol

      巻: 97 号: 2 ページ: 367-369

    • DOI

      10.1007/s00277-017-3134-3

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K21012, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-16J02129, KAKENHI-PROJECT-16H00660
  • [雑誌論文] ALPHLARD: a Bayesian method for analyzing HLA genes from whole genome sequence data2018

    • 著者名/発表者名
      Hayashi S, Yamaguchi R, Mizuno S, Komura M, Miyano S, Nakagawa H, Imoto S
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 19(1) 号: 1 ページ: 790-790

    • DOI

      10.1186/s12864-018-5169-9

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-18H03328
  • [雑誌論文] Azacitidine effectively reduces TP53-mutant leukemic cell burden in secondary acute myeloid leukemia after cord blood transplantation2018

    • 著者名/発表者名
      Takei Tomomi、Yokoyama Kazuaki、Shimizu Eigo、Konuma Takaaki、Takahashi Satoshi、Yamaguchi Rui、Imoto Seiya、Miyano Satoru、Tojo Arinobu
    • 雑誌名

      Leukemia & Lymphoma

      巻: In press 号: 11 ページ: 1-2

    • DOI

      10.1080/10428194.2018.1443335

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K19570, KAKENHI-PROJECT-16H06277, KAKENHI-PLANNED-15H05912
  • [雑誌論文] Circulating tumor DNA dynamically predicts response and/or relapse in patients with hematological malignancies2018

    • 著者名/発表者名
      Nakamura S, Yokoyama K, Yusa N, Ogawa M, Takei T, Kobayashi A, Ito M, Shimizu E, Kasajima R, Wada Y, Yamaguchi R, Imoto S, Nagamura-Inoue T, Miyano S, Tojo A
    • 雑誌名

      Int J Hematol

      巻: 108(4) 号: 4 ページ: 402-410

    • DOI

      10.1007/s12185-018-2487-2

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [雑誌論文] Different Clonal Dynamics of Chronic Myeloid Leukaemia between Bone Marrow and the Central Nervous System.2017

    • 著者名/発表者名
      Ogawa M, Yokoyama K, Hirano M, Jimbo K, Ochi K, Kawamata T, Ohno N, Shimizu E, Yokoyama N, Yamaguchi R, Imoto S, Uchimaru K, Takahashi N, Miyano S, Imai Y, and Tojo A.
    • 雑誌名

      Br J Haematol

      巻: - 号: 5 ページ: 842-845

    • DOI

      10.1111/bjh.15065

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K21012, KAKENHI-PROJECT-16H06277, KAKENHI-PLANNED-15H05912
  • [雑誌論文] Identification of a p53-repressed gene module in breast cancer cells2017

    • 著者名/発表者名
      Miyamoto T, Tanikawa C, Yodsurang V, Zhang YZ, Imoto S, Yamaguchi R, Miyano S, Nakagawa H, Matsuda K
    • 雑誌名

      Oncotarget

      巻: 8(34) 号: 34 ページ: 55821-55836

    • DOI

      10.18632/oncotarget.19608

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PUBLICLY-16H01566
  • [雑誌論文] The Transcriptional Landscape of p53 Signalling Pathway2017

    • 著者名/発表者名
      Tanikawa C, Zhang YZ, Yamamoto R, Tsuda Y, Tanaka M, Funauchi Y, Mori J, Imoto S, Yamaguchi R, Nakamura Y, Miyano S, Nakagawa H, Matsuda K
    • 雑誌名

      EBioMedicine

      巻: 20 ページ: 109-119

    • DOI

      10.1016/j.ebiom.2017.05.017

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PUBLICLY-16H01566
  • [雑誌論文] Sequence-specific bias correction for RNA-seq data using recurrent neural networks2017

    • 著者名/発表者名
      Zhang Y-Z, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 18(Suppl 1) 号: S1 ページ: 1044-1044

    • DOI

      10.1186/s12864-016-3262-5

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-16H02676
  • [雑誌論文] Wide-spread ignorance on the treatment of subcutaneous malignant tumors; a questionnaire-based study2017

    • 著者名/発表者名
      Kikuta Kazutaka、Nakayama Robert、Yamaguchi Sayaka、Nishiwaki Yuuji、Susa Michiro、Nishimoto Kazumasa、Horiuchi Keisuke、Nakamura Masaya、Matsumoto Morio、Morioka Hideo
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Clinical Oncology

      巻: 48 号: 2 ページ: 130-134

    • DOI

      10.1093/jjco/hyx184

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K10874, KAKENHI-PROJECT-16H02676
  • [雑誌論文] Analysis of the Infiltrative Features of Chordoma: The Relationship Between Micro-Skip Metastasis and Postoperative Outcomes2017

    • 著者名/発表者名
      Akiyama Toru、Ogura Koichi、Gokita Tabu、Tsukushi Satoshi、Iwata Shintaro、Nakamura Tomoki、Matsumine Akihiko、Yonemoto Tsukasa、Nishida Yoshihiro、Saita Kazuo、Kawai Akira、Matsumoto Seiichi、Yamaguchi Takehiko
    • 雑誌名

      Annals of Surgical Oncology

      巻: 25 号: 4 ページ: 912-919

    • DOI

      10.1245/s10434-017-6268-6

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16H02676
  • [雑誌論文] Identification of a p53 target, CD137L, that mediates growth suppression and immune response of osteosarcoma cells2017

    • 著者名/発表者名
      Tsuda Y, Tanikawa C, Miyamoto T, Hirata M, Yodsurang V, Zhang YZ, Imoto S, Yamaguchi R, Miyano S, Takayanagi H, Kawano H, Nakagawa H, Tanaka S, Matsuda K
    • 雑誌名

      Sci Rep

      巻: 7 号: 1 ページ: 10739-10739

    • DOI

      10.1038/s41598-017-11208-x

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PUBLICLY-16H01566, KAKENHI-PROJECT-16H02676, KAKENHI-PROJECT-17H03596, KAKENHI-PROJECT-15H05703
  • [雑誌論文] Circulating exosomal microRNA-203 is associated with metastasis possibly via inducing tumor-associated macrophages in colorectal cancer2017

    • 著者名/発表者名
      Takano Y, Masuda T, Iinuma H, Yamaguchi R, Sato K, Tobo T, Hirata H, Kuroda Y, Nambara S, Hayashi N, Iguchi T, Ito S, Eguchi H, Ochiya T, Yanaga K, Miyano S, Mimori K
    • 雑誌名

      Oncotarget

      巻: 8(45) 号: 45 ページ: 78598-78613

    • DOI

      10.18632/oncotarget.20009

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K07177, KAKENHI-PROJECT-16K10543, KAKENHI-PROJECT-17K10608, KAKENHI-PROJECT-17K10655, KAKENHI-PROJECT-17K19608, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-15H04921, KAKENHI-PROJECT-15K10150, KAKENHI-PROJECT-15K10170
  • [雑誌論文] Clinical significance of T cell clonality and expression levels of immune-related genes in endometrial cancer2017

    • 著者名/発表者名
      Ikeda Y, Kiyotani K, Yew PY, Sato S, Imai Y, Yamaguchi R, Miyano S, Fujiwara K, Hasegawa K, Nakamura Y
    • 雑誌名

      Oncol Rep

      巻: 37(5) 号: 5 ページ: 2603-2610

    • DOI

      10.3892/or.2017.5536

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K16865, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-15H02775, KAKENHI-PROJECT-15K00399
  • [雑誌論文] The hypusine cascade promotes cancer progression and metastasis through the regulation of RhoA in squamous cell carcinoma.2016

    • 著者名/発表者名
      Muramatsu T, Kozaki KI, Imoto S, Yamaguchi R, Tsuda H, Kawano T, Fujiwara N, Morishita M, Miyano S, Inazawa J.
    • 雑誌名

      Oncogene

      巻: - 号: 40 ページ: 5304-5316

    • DOI

      10.1038/onc.2016.71

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K18401, KAKENHI-PLANNED-15H05908, KAKENHI-PROJECT-25250019, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-16K14630
  • [雑誌論文] Characterization of T cell repertoire in tumor tissues and blood in advanced colorectal cancers through deep T cell receptor sequencing2016

    • 著者名/発表者名
      Tamura K, Hazama S, Yamaguchi R, Imoto S, Takenouchi H, Inoue Y, Kanekiyo S, Shindo Y, Satoru Miyano S, Nakamura Y, Kiyotani K
    • 雑誌名

      Oncology Letters

      巻: 印刷中 号: 6 ページ: 3643-3649

    • DOI

      10.3892/ol.2016.4465

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00399, KAKENHI-PROJECT-15K19894
  • [雑誌論文] Characterization of T-cell receptor repertoire in inflamed tissues of patients with crohn's disease through deep sequencing2016

    • 著者名/発表者名
      Chapman CG, Yamaguchi R, Tamura K, Weidner J, Imoto S, Kwon J, Fang H, Yew PY, Marino SR, Miyano S, Nakamura Y, Kiyotani K
    • 雑誌名

      Inflamm Bowel Dis

      巻: 22(6) 号: 6 ページ: 1275-1285

    • DOI

      10.1097/mib.0000000000000752

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-15H02775
  • [雑誌論文] Characterization of T Cell Receptor Repertoire in Inflamed Tissues of Crohn’s Disease through Deep Sequencing2016

    • 著者名/発表者名
      Chapman CG, Yamaguchi R, Tamura K, Weidner J, Imoto S, Kwon J, Marino SR, Miyano S, Nakamura Y, Kiyotani K
    • 雑誌名

      Inflammatory Bowel Diseases

      巻: 印刷中

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00399
  • [雑誌論文] Gene set differential analysis of time course expression profiles via sparse estimation in functional logistic model with application to time-dependent biomarker detection2016

    • 著者名/発表者名
      Kayano M, Matsui H, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S
    • 雑誌名

      Biostatistics

      巻: 17 号: 2 ページ: 235-248

    • DOI

      10.1093/biostatistics/kxv037

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-15H02670, KAKENHI-PROJECT-24700290, KAKENHI-PROJECT-25730017, KAKENHI-PROJECT-25250017
  • [雑誌論文] 8q24 Polymorphisms and Diabetes Mellitus Regulate Apolipoprotein A-IV in Colorectal Carcinogenesis2016

    • 著者名/発表者名
      Sugimachi K, Yamaguchi R, Eguchi H, Ueda M, Niida A, Sakimura S, Hirata H, Uchi R, Shinden Y, Iguchi T, Morita K, Yamamoto K, Miyano S, Mori M, Maehara Y, Mimori K
    • 雑誌名

      Ann Surg Oncol

      巻: 23(Suppl 4) 号: S4 ページ: 546-551

    • DOI

      10.1245/s10434-016-5374-1

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PUBLICLY-16H01576, KAKENHI-PROJECT-15H04921, KAKENHI-PROJECT-15K10168, KAKENHI-PROJECT-16K07177, KAKENHI-PROJECT-16K19197
  • [雑誌論文] A novel mouse model of intrahepatic cholangiocarcinoma induced by liver-specific Kras activation and Pten deletion2016

    • 著者名/発表者名
      Ikenoue T, Terakado Y, Nakagawa H, Hikiba Y, Fujii T, Matsubara D, Noguchi R, Zhu C, Yamamoto K, Kudo Y, Asaoka Y, Yamaguchi K, Ijichi H, Tateishi K, Fukushima N, Maeda S, Koike K, Furukawa Y
    • 雑誌名

      Sci Rep

      巻: 6 号: 1 ページ: 23899-23899

    • DOI

      10.1038/srep23899

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26860206, KAKENHI-PROJECT-25280105, KAKENHI-PROJECT-25290045, KAKENHI-PROJECT-25460432, KAKENHI-PROJECT-26460425, KAKENHI-PROJECT-26461031, KAKENHI-PROJECT-26462136, KAKENHI-PROJECT-16K15422, KAKENHI-PROJECT-16K08672, KAKENHI-PROJECT-16K10558, KAKENHI-PROJECT-26860227, KAKENHI-PROJECT-15H04806
  • [雑誌論文] OVarCall: bayesian mutation calling method utilizing overlapping paired-end reads2016

    • 著者名/発表者名
      Moriyama T, Shiraishi Y, Chiba K, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S
    • 雑誌名

      IEEE Trans Nanobioscience

      巻: 14 号: 2 ページ: 1-6

    • DOI

      10.1109/tnb.2017.2670601

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-16H02676
  • [雑誌論文] Reduced expression of APC-1B but not APC-1A by the deletion of promoter 1B is responsible for familial adenomatous polyposis2016

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi K, Nagayama S, Shimizu E, Komura M, Yamaguchi R, Shibuya T, Arai M, Hatakeyama S, Ikenoue T, Ueno M, Miyano S, Imoto S, Furukawa Y
    • 雑誌名

      Sci Rep

      巻: 6 号: 1 ページ: 26011-26011

    • DOI

      10.1038/srep26011

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PUBLICLY-16H01569
  • [雑誌論文] Relationship between smoking and multiple colorectal cancers in patients with Japanese Lynch syndrome: a cross-sectional study conducted by the Japanese Society for Cancer of the Colon and Rectum.2015

    • 著者名/発表者名
      Tanakaya K, Furukawa Y, Nakamura Y, Hirata K, Tomita N, Tamura K, Sugano K, Ishioka C, Yoshida T, Ishida H, Watanabe T, Sugihara K.
    • 雑誌名

      Jpn J Clin Oncol.

      巻: 45(3) 号: 3 ページ: 307-310

    • DOI

      10.1093/jjco/hyu218

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24591984, KAKENHI-PROJECT-25280105
  • [雑誌論文] Attenuated familial adenomatous polyposis with desmoids by an APC mutation2015

    • 著者名/発表者名
      Ikenoue T, Yamaguchi K, Komura M, Imoto S, Yamaguchi R, Shimizu E, Kasuya S, Shibuya T, Hatakeyama S, Miyano S, Furukawa Y
    • 雑誌名

      Human Genome Variation

      巻: 2 号: 1 ページ: 15011-15011

    • DOI

      10.1038/hgv.2015.11

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25280105
  • [雑誌論文] Detection of APC mosaicism by next-generation sequencing in an FAP patient.2015

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi K, Komura M, Yamaguchi R, Imoto S, Shimizu E, Kasuya S, Shibuya T, Hatakeyama S, Takahashi N, Ikenoue T, Hata K, Tsurita G, Shinozaki M, Suzuki Y, Sugano S, Miyano S, Furukawa Y
    • 雑誌名

      J Hum Genet

      巻: 60(5) 号: 5 ページ: 227-231

    • DOI

      10.1038/jhg.2015.14

    • NAID

      40020462565

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26860206, KAKENHI-PROJECT-25280105
  • [雑誌論文] Genomic data assimilation using a higher moment filtering technique for restoration of gene regulatory networks2015

    • 著者名/発表者名
      Hasegawa T, Mori T, Yamaguchi R, Shimamura T, Miyano S, Imoto S, Akutsu T
    • 雑誌名

      MC Syst Biol

      巻: 9(1) ページ: 14-14

    • NAID

      120005749949

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] A novel APC mosaicism in a patient with familial adenomatous polyposis.2015

    • 著者名/発表者名
      Moriya Iwaizumi, Ken Sugimoto, et al.
    • 雑誌名

      Hum Genome Var

      巻: 10 号: 1 ページ: 15057-15057

    • DOI

      10.1038/hgv.2015.57

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25460948, KAKENHI-PROJECT-25860530, KAKENHI-PROJECT-26860206, KAKENHI-PROJECT-25280105
  • [雑誌論文] A likelihood-free filtering method via approximate Bayesian computation in evaluating biological simulation models2015

    • 著者名/発表者名
      Hasegawa T, Niida A, Mori T, Shimamura T, Yamaguchi R, Miyano S, Akutsu T, Imoto S
    • 雑誌名

      Computational Statistics & Data Analysis

      巻: 94 ページ: 63-74

    • DOI

      10.1016/j.csda.2015.08.003

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K12139, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-15H06008, KAKENHI-PROJECT-25730173
  • [雑誌論文] Quantitative characterization of T-cell repertoire in allogeneic hematopoietic stem cell transplant recipients2015

    • 著者名/発表者名
      Yew PY, Alachkar H, Yamaguchi R, Kiyotani K, Fang H, Yap KL, Liu HT, Wickrema A, Artz A, van Besien K, Imoto S, Miyano S, Bishop MR, Stock W, Nakamura Y
    • 雑誌名

      Bone Marrow Transplantation

      巻: 50 号: 9 ページ: 1227-1234

    • DOI

      10.1038/bmt.2015.133

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00399, KAKENHI-PLANNED-15H05912
  • [雑誌論文] Comparison of clinical features between suspected familial colorectal cancer type X and Lynch syndrome in Japanese patients with colorectal cancer:2015

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi T, Furukawa Y, Nakamura Y, Matsubara N, Ishikawa H, Arai M, Tomita N, Tamura K, Sugano K, Ishioka C, Yoshida T, Moriya Y, Ishida H, Watanabe T, Sugihara K;
    • 雑誌名

      Jpn J Clin Oncol.

      巻: 45(2) 号: 2 ページ: 153-159

    • DOI

      10.1093/jjco/hyu190

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24591984, KAKENHI-PROJECT-25280105
  • [雑誌論文] Molecular profiles of high-grade and low-grade pseudomyxoma peritonei.2015

    • 著者名/発表者名
      Noguchi R, Yano H, Gohda Y, Suda R, Igari T, Ohta Y, Yamashita N, Yamaguchi K, Terakado Y, Ikenoue T, Furukawa Y
    • 雑誌名

      Cancer Med

      巻: 4(12) 号: 12 ページ: 1809-1816

    • DOI

      10.1002/cam4.542

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26860206, KAKENHI-PROJECT-25280105
  • [雑誌論文] Elevated β-catenin pathway as a novel target for patients with resistance to EGF receptor targeting drugs2015

    • 著者名/発表者名
      Nakata A, Yoshida R, Yamaguchi R, Yamauchi M, Tamada Y, Fujita A, Shimamura T, Imoto S, Higuchi T, Nomura M, Kimura T, Nokihara H, Higashiyama M, Kondoh K, Nishihara H, Tojo A, Yano S, Miyano S, Gotoh N
    • 雑誌名

      Scientific Report

      巻: 5 号: 1 ページ: 13076-13076

    • DOI

      10.1038/srep13076

    • NAID

      120005764206

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K12139, KAKENHI-PROJECT-15K18426, KAKENHI-PROJECT-15K20965, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-15H04294, KAKENHI-PROJECT-26640072, KAKENHI-PROJECT-25730173
  • [雑誌論文] Overexpression of cohesion establishment factor DSCC1 through E2F in colorectal cancer2014

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi K, Yamaguchi R, Takahashi N, Ikenoue T, Fujii T, Shinozaki M, Tsurita G, Hata K, Niida A, Imoto S, Miyano S, Nakamura Y, Furukawa Y
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 9

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137
  • [雑誌論文] An efficient data assimilation schema for restoration and extension of gene regulatory networks using time-course observation data2014

    • 著者名/発表者名
      Hasegawa T, Mori T, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S, Akutsu T
    • 雑誌名

      J Comput Biol

      巻: 21(11) ページ: 785-798

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Lung adenocarcinoma subtypes definable by lung development-related miRNA expression profiles in association with clinicopathologic features2014

    • 著者名/発表者名
      Arima C, Kajino T, Tamada Y, Imoto S, Shimada Y, Nakatochi M, Suzuki M, Isomura H, Yatabe Y, Yamaguchi T, Yanagisawa K, Miyano S, Takahashi T
    • 雑誌名

      Carcinogenesis

      巻: 35(10) ページ: 2224-2231

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Identification of two Wnt-responsive elements in the intron of RING Finger Protein 43 (RNF43) gene.2014

    • 著者名/発表者名
      Takahashi N, Yamaguchi K, Ikenoue T, Fujii T, Furukawa Y.
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 9 号: 1 ページ: e86582-e86582

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0086582

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137
  • [雑誌論文] Identification of two Wnt-responsive elements in the intron of RING Finger Protein 43 (RNF43) gene2014

    • 著者名/発表者名
      Takahashi N, Yamaguchi K, Ikenoue T, Fujii T, Furukawa Y
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 9

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137
  • [雑誌論文] Overexpression of cohesion establishment factor DSCC1 through E2F in colorectal cancer.2014

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi K, Rui Yamaguchi R, Takahashi N, Ikenoue T, Fujii T, Shinozaki M, Tsurita G, Hata K, Niida A, Imoto S, Miyano S, Nakamura Y, Furukawa Y
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 9 号: 1 ページ: e85750-e85750

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0085750

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137, KAKENHI-PROJECT-25280105
  • [雑誌論文] An efficient method of exploring simulation models by assimilating literature and biological observational data2014

    • 著者名/発表者名
      Hasegawa T, Nagasaki M, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S
    • 雑誌名

      Biosystems

      巻: 121 ページ: 54-66

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] The rs6983267 SNP is associated with MYC transcription efficiency, which promotes progression and worsens prognosis of colorectal cancer2013

    • 著者名/発表者名
      Takatsuno Y, Mimori K, Yamamoto K, Sato T, Niida A, Inoue H, Imoto S, Kawano S, Yamaguchi R, Toh H, Iinuma H, Ishimaru S, Ishii H, Suzuki S, Tokudome S, Watanabe M, Tanaka JI, Kudo SE, Mochizuki H, Kusunoki M, Yamada K, Shimada Y, Moriya Y, Miyano S, Sugihara K, Mori M
    • 雑誌名

      Ann Surg Oncol.

      巻: 20(4) ページ: 1395-1402

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Multi-omics approach for estimating metabolic networks using low-order partial correlations2013

    • 著者名/発表者名
      Kayano M, Imoto S, Yamaguchi R, Miyano S.
    • 雑誌名

      J Comput Biol.

      巻: 20(8) ページ: 571-582

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Wnt3a stimulates maturation of impaired neutrophils developed from severe congenital neutropenia-derived pluipotent stem cells with heterozygous ELANE mutation.2013

    • 著者名/発表者名
      Hiramoto T
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA

      巻: 110 号: 8 ページ: 3023-3028

    • DOI

      10.1073/pnas.1217039110

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22591161, KAKENHI-PROJECT-23310137, KAKENHI-PROJECT-23650150, KAKENHI-PROJECT-23790126, KAKENHI-PROJECT-24390257, KAKENHI-PROJECT-24390272, KAKENHI-PROJECT-24659489, KAKENHI-PROJECT-25293231, KAKENHI-PLANNED-23106004
  • [雑誌論文] Twist2 functions as a tumor suppressor in murine osteosarcoma cells2013

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa T, Shimizu T, Ueki A, Yamaguchi SI, Onishi N, Sugihara E, Kuninaka S, Miyamoto T, Morioka H, Nakayama R, Kobayashi E, Toyama Y, Mabuchi Y, Matsuzaki Y, Yamaguchi R, Miyano S, Saya H.
    • 雑誌名

      Cancer Sci.

      巻: 104(7) ページ: 880-888

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Molecular features of triple negative breast cancer cells by genome-wide gene expression profiling analysis.2013

    • 著者名/発表者名
      Komatsu M, Yoshimaru T, Matsuo T, Kiyotani K, Miyoshi Y, Tanahashi T, Rokutan K, Yamaguchi R, Saito A, Imoto S, Miyano S, Nakamura Y, Sasa M, Shimada M, Katagiri T.
    • 雑誌名

      Int J Oncol.

      巻: 42(2) 号: 2 ページ: 478-506

    • DOI

      10.3892/ijo.2012.1744

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-21119003, KAKENHI-PROJECT-22390146, KAKENHI-PROJECT-24501342, KAKENHI-PROJECT-25670352, KAKENHI-PLANNED-22134004, KAKENHI-PUBLICLY-23134504
  • [雑誌論文] Recurrent mutations in multiple components of the cohesin complex in myeloid neoplasms2013

    • 著者名/発表者名
      Kon A, Shih LY, Sanada M, Shiraishi Y, Okuno Y, Nagae G, Nishimoto A, Nowak D, Sato Y, Shimamura T, Tanaka H, Chiba K, Yamaguchi T, Otsu M, Obara N, Nakamaki T, Ishiyama K, Nolte F, Hofmann WK, Miyawaki S, Chiba S, Mori H, Nakauchi H, Koeffler HP, Aburatani H, Haferlach T, Shirahige K, Miyano S, Ogawa S.
    • 雑誌名

      Nature Genet.

      巻: 45(10) ページ: 1232-1237

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Targeting BIG3-PHB2 interaction to overcome tamoxifen resistance in breast cancer cells2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshimaru T, Komatsu M, Matsuo T, Chen YA, Murakami Y, Mizuguchi K, Mizohata E, Inoue T, Akiyama M, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S, Miyoshi Y, Sasa M, Nakamura Y, Katagiri T
    • 雑誌名

      Nature Commun.

      巻: 4 ページ: 2443-2013

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Wnt3a stimulates maturation of impaired neutrophils developed from severe congenital neutropenia patient-derived pluripotent stem cells2013

    • 著者名/発表者名
      Hiramoto T, Ebihara Y, Mizoguchi Y, Nakamura K, Yamaguchi K, Ueno K, Michizuki S, Yamamoto S, Nagasaki M, Furukawa Y, Tani K, Nakauchi H, Kobayashi M, Tsuji K
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      巻: 110(8) ページ: 3023-3028

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137
  • [雑誌論文] Computational gene network analysis reveals TNF-induced angiogenesis2012

    • 著者名/発表者名
      Ogami K, Yamaguchi R, Imoto S, Tamada Y, Araki H, Print C, Miyano S
    • 雑誌名

      BMC Systems Biology

      巻: 6(Supple 2) 号: S2

    • DOI

      10.1186/1752-0509-6-s2-s12

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700292, KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Epidermal growth factor receptor tyrosine kinase defines critical prognostic genes of stage I lung adenocarcinoma2012

    • 著者名/発表者名
      後藤 典子
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 7 号: 9 ページ: e43923-e43923

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0043923

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22130009, KAKENHI-PROJECT-22300099, KAKENHI-PROJECT-23390062, KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Identifying Gene pathways associated with cancer characteristics via sparse statistical methods2012

    • 著者名/発表者名
      Kawano S, Shimamura T, Niida A, Imoto S, Yamaguchi R, Nagasaki M, Yoshida R, Print C, Miyano S
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: 9(4) 号: 4 ページ: 966-972

    • DOI

      10.1109/tcbb.2012.48

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Increased Risk for CRC in Diabetic Patients with the Nonrisk Allele of SNPs at 8q242012

    • 著者名/発表者名
      Ishimaru S, Iinuma H, et al
    • 雑誌名

      Ann Surg Oncol

      巻: 21(in press) 号: 9 ページ: 21-21

    • DOI

      10.1245/s10434-012-2278-6

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21591734, KAKENHI-PROJECT-21592014, KAKENHI-PROJECT-22570172, KAKENHI-PROJECT-23390199, KAKENHI-PROJECT-24591984, KAKENHI-PLANNED-22134004, KAKENHI-PUBLICLY-23112514
  • [雑誌論文] Identifying regulational alterations in gene regulatory networks by state space representation of vector autoregressive models and variational annealing2012

    • 著者名/発表者名
      後藤 典子
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: Suppl. 1, 号: S1

    • DOI

      10.1186/1471-2164-13-s1-s6

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22130009, KAKENHI-PLANNED-22134004, KAKENHI-PROJECT-23390062
  • [雑誌論文] Identification of genes up-regulated in ALK-positive and EGFR/KRAS/ALK-negative lung adenocarcinoma.2012

    • 著者名/発表者名
      後藤 典子
    • 雑誌名

      Cancer Res

      巻: 72 号: 1 ページ: 100-111

    • DOI

      10.1158/0008-5472.can-11-1403

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22130009, KAKENHI-PLANNED-22134004, KAKENHI-PROJECT-23390062
  • [雑誌論文] Computational gene network analysis reveals TNF-induced angiogenesis2012

    • 著者名/発表者名
      Ogami K, Yamaguchi R, Imoto S, Tamada Y, Araki H, Print C, Miyano S.
    • 雑誌名

      BMC Systems Biology

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700292
  • [雑誌論文] Comprehensive pharmacogenomic pathway screening by data assimilation2011

    • 著者名/発表者名
      Hasegawa T, Yamaguchi R, Nagasaki M, Imoto S, Miyano S
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Bioinformatics

      巻: 6674 ページ: 160-171

    • DOI

      10.1007/978-3-642-21260-4_18

    • ISBN
      9783642212598, 9783642212604
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004, KAKENHI-PROJECT-22300099
  • [雑誌論文] N-cadherin expression is a potential survival mechanism of gefitinib-resistant lung cancer cells2011

    • 著者名/発表者名
      Yamauchi M, Yoshino I, Yamaguchi R, Shimamura T, Nagasaki M, Imoto S, Niida A, Koizumi F, Kohno T, Yokota J, Miyano S, Gotoh N
    • 雑誌名

      Am J Cancer Res

      巻: 1(7) ページ: 828-833

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] MRG-binding protein contributes to development of colorectal cancer2011

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi K, Sakai M, Kim J, Tsunesumi SI, Fujii T, Ikenoue T, Yamada Y, Akiyama Y, Muto Y, Yamaguchi R, Miyano S, Nakamura Y, Furukawa Y
    • 雑誌名

      Cancer Science

      巻: 102(8) 号: 8 ページ: 1486-1492

    • DOI

      10.1111/j.1349-7006.2011.01971.x

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] SiGN : large-scale gene network estimation environment for high performance computing2011

    • 著者名/発表者名
      Tamada Y, Shimamura T, Yamaguchi R, Imoto S, Nagasaki M, Miyano S
    • 雑誌名

      Genome Informatics

      巻: 25 ページ: 40-52

    • NAID

      130004567842

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Smyd3 is required for the development of cardiac and skeletal muscle in zebrafish2011

    • 著者名/発表者名
      Fujii T, Tsunesumi S, Yamaguchi K, Watanabe S, Furukawa Y
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 6

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137
  • [雑誌論文] Inferring contagion in regulatory networks2011

    • 著者名/発表者名
      Fujita A, Sato JR, Demas MAA, Yamaguchi R, Shimamura T, Ferreira CE, Sogayar, MC, Miyano S
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: 8(2) 号: 2 ページ: 570-576

    • DOI

      10.1109/tcbb.2010.40

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Frequent pathway mutations of splicing machinery in myelodysplasia2011

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshida
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 478 号: 7367 ページ: 64-69

    • DOI

      10.1038/nature10496

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22130002, KAKENHI-PLANNED-22134004, KAKENHI-PROJECT-22390191, KAKENHI-PROJECT-22659058, KAKENHI-PROJECT-22790895, KAKENHI-PLANNED-23106004, KAKENHI-PUBLICLY-23118503, KAKENHI-PROJECT-23390269, KAKENHI-PROJECT-23659482, KAKENHI-PROJECT-23659533, KAKENHI-PROJECT-23791068, KAKENHI-PROJECT-23791075
  • [雑誌論文] A novel network profiling analysis reveals system changes in epithelial-mesenchymal transition2011

    • 著者名/発表者名
      Shimamura, T., Imoto, S., Shimada, Y., Hosono, Y., Niida, A., Nagasaki, M., Yamaguchi, R., Takahashi, T., Miyano, S
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 6 号: 6 ページ: e20804-e20804

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0020804

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21249037, KAKENHI-PLANNED-22134004, KAKENHI-PLANNED-22134005
  • [雑誌論文] MRG-binding protein contributes to colorectal cancer development2011

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi K, Sakai M, Kim J, Tsunesumi S, Fujii T, Ikenoue T, Yamada Y, Akiyama Y, Muto Y, Yamaguchi R, Miyano S, Nakamura Y, Furukawa Y
    • 雑誌名

      Cancer Sci

      巻: 102(8) ページ: 1486-92

    • NAID

      10030242078

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137
  • [雑誌論文] SiGN-SSM : open source parallel software for estimating gene networks with state space models2011

    • 著者名/発表者名
      Tamada Y, Yamaguchi R, Imoto S, Hirose O, Yoshida R, Nagasaki M, Miyano S
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 27(8) 号: 8 ページ: 1172-1173

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btr078

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004, KAKENHI-PROJECT-22300099, KAKENHI-PROJECT-22700308, KAKENHI-PROJECT-23700346
  • [雑誌論文] SiGN large-scale gene network estimation environment for high performance computing2011

    • 著者名/発表者名
      Tamada Y, Shimamura T, Yamaguchi R, Imoto S, Nagasaki M, Miyano S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics

      巻: 25巻 ページ: 40-52

    • NAID

      130004567842

    • URL

      http://www.jstage.jst.go.jp/article/gi/25/1/25_1_40/_article

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700308
  • [雑誌論文] SiGN-SSM : open source parallel software for estimating gene networks with state space models2011

    • 著者名/発表者名
      Tamada Y, Yamaguchi R, Imoto S, Hirose O, Yoshida R, Nagasaki M, Miyano S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 27 ページ: 1172-1173

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700308
  • [雑誌論文] Smyd3 is required for the development of cardiac and skeletal muscle in zebrafish2011

    • 著者名/発表者名
      Fujii T, Tsunesumi S, Yamaguchi K, Watanabe S, & Furukawa Y
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 6(8)

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137
  • [雑誌論文] MRG-binding protein contributes to colorectal cancer development2011

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi K, Sakai M, Kim J, Tsunesumi S, Fujii T, Ikenoue T, Yamada Y, Akiyama Y, Muto Y, Yamaguchi R, Miyano S, Nakamura Y, Furukawa Y
    • 雑誌名

      Cancer Science

      巻: 102 ページ: 1486-1492

    • NAID

      10030242078

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137
  • [雑誌論文] SiGN : large-scale gene network estimation environment for high performance computing2011

    • 著者名/発表者名
      Tamada Y, Shimamura T, Yamaguchi R, Imoto S, Nagasaki M, Miyano S
    • 雑誌名

      Genome Informatics

      巻: 25 ページ: 40-52

    • NAID

      130004567842

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700308
  • [雑誌論文] Network-based predictions and simulations by biological state space mo dels : Search for drug mode of action2010

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi, R., Imoto, S., Miyan o, S.
    • 雑誌名

      J.Computer Science and Technology

      巻: 25(1) ページ: 131-153

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300099
  • [雑誌論文] Gene set-based module discovery decodes cis-regulatory codes governing diverse gene expression across human multiple tissues2010

    • 著者名/発表者名
      Niida, A., Imoto, S., Yamaguchi, R., Nagasaki, M., Miyano, S.
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 5(6):e10910(掲載確定)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Inferring dynamic gene networks under varying conditions for transcriptomic network comparison2010

    • 著者名/発表者名
      Shimamura, T., Imoto, S., Yamaguchi, R., Nagasaki, M., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 26(8) ページ: 1064-1072

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Network-based predictions and simulations by biological state space models: Search for drug mode of action. J2010

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S
    • 雑誌名

      Computer Science and Technology

      巻: 25(1) 号: 1 ページ: 131-153

    • DOI

      10.1007/s11390-010-9311-7

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300099
  • [雑誌論文] Discovering functional gene pathways associated with cancer heterogeneity via sparse supervised learning2010

    • 著者名/発表者名
      Kawano, S., Shimamura, T., Niida, A., Imoto, S., Yamaguchi, R., Nagasaki, M., Yoshida, R., Print, C., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Proc.IEEE 10th International Symposium on Bioinformatics & Bioengineering

      ページ: 253-258

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Identifying hidden confounders in gene networks by Bayesian networks2010

    • 著者名/発表者名
      Higashigaki, T., Kojima, K., Yamaguchi, R., Inoue, M., Imoto, S., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Proc.10th IEEE Bioinformatics and Bioengineering

      ページ: 168-173

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300099
  • [雑誌論文] Whole-genome sequencing and comprehensive variant analysis of a Japanese individual using massively parallel sequencing2010

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto, A., Nakagawa, H., Hosono, N., Nakano, K., Abe, G., Boroevich, K.A., Nagasaki, M., Yamaguchi, R., Shibuya, T., Kubo, M., Miyano, S., Nakamura, Y., Tsunoda, T.
    • 雑誌名

      Nature Genetics

      巻: 42 ページ: 931-936

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Collocation-based sparse estimation for constructing dynamic gene networks2010

    • 著者名/発表者名
      Shimamura, T., Imoto, S., Nagasaki, M., Yamauchi, M., Yamaguchi, R., Fujita, A., Tamada, Y, Gotoh, N., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics

      巻: 24 ページ: 164-178

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Model-free unsupervised gene set screening based on information enrichment in expression profiles2010

    • 著者名/発表者名
      Niida, A., Imoto, S., Yamaguchi, R., Nagasaki, M., Fujita, A., Shimamura, T., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 26(24) ページ: 3090-3097

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Identifying hidden confounders in gene networks by Bayesian networks2010

    • 著者名/発表者名
      Higashigaki, T., Kojima, K., Yamaguchi, R., Inoue, M., Imoto, S., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Proc.10th IEEE Bioinformatics and Bioengineering

      ページ: 168-173

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Identifying hidden confounders in gene networks by Bayesian networks. Proc.2010

    • 著者名/発表者名
      Higashigaki T, Kojima K, Yamaguchi R, Inoue M, Imoto S, Miyano S.
    • 雑誌名

      10th IEEE Bioinformatics and Bioengineering

      ページ: 168-173

    • URL

      http://doi.ieeecomputersociety.org/10.1109/BIBE.2010.35

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300099
  • [雑誌論文] Orengedokuto and berberine improve indomethacin-induced small intestinal injury via adenosine2009

    • 著者名/発表者名
      Watanabe-Fukuda, Y., Yamamoto, M., Miura, N., Fukutake, M., Ishige, A., Yamaguchi, R., Nagasaki, M., Saito, A., Imoto, S., Miyano, S., Takeda, J., Watanabe, K.
    • 雑誌名

      J.Gastroenterology 44(5)

      ページ: 380-389

    • NAID

      10025174631

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18300097
  • [雑誌論文] Orengedokuto and berberine improve indomethacin-induced small intestinal injury via adenosine2009

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, Y., Yamamoto, M., Miura, N., Fukutake, M., Ishige, A., Yamaguchi, R., Nagasaki, M., Saito, A., Imoto, S., Miyano, S., Takeda, J., Watanabe, K.
    • 雑誌名

      J. Gastroenterology (印刷中)

    • NAID

      10025174631

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18300097
  • [雑誌論文] Predicting differences in gene regulatory systems by state space models2008

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi, R., Imoto, S., Yamauchi, M., Nagasaki, M., Yoshida, R., Shimamura, T., Hatanaka, Y., Ueno, K., Higuchi, T., Gotoh, N., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 21

      ページ: 101-113

    • NAID

      130003997534

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18300097
  • [雑誌論文] Statistical absolute evaluation of gene ontology terms with gene expression data2007

    • 著者名/発表者名
      Gupta, P.K., Yoshida, R., Imoto, S., Yamaguchi, R., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Bioinformatics 4463

      ページ: 146-157

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18300097
  • [雑誌論文] Identification of activated transcription factors from microarray gene expression data of Kampo-medicine treated mice2007

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi, R., Yamamoto, M., Imoto, S., Nagasaki, M., Yoshida, R., Tsujii, K., Ishiga, A., Asou, H., Watanabe, K., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 18

      ページ: 119-129

    • NAID

      130003812136

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18300097
  • [雑誌論文] Identification of activated transcription factors from microarray gene expression data of Kampo-medicine treated mice2007

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi, R., Yamamoto, M., Imoto, S., Nagasaki, M. Ybshida, R., Tsujii, K., Ishiga, A., Asou, H., Watanabe, K., Miano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 18

      ページ: 119-129

    • NAID

      130003812136

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18300097
  • [雑誌論文] Genetic alterations in Japanese extrahepatic biliary tract cancer

    • 著者名/発表者名
      Noguchi R, Yamaguchi K, Ikenoue T, Terakado Y, Ohta Y, Yamashita N, Kainuma O, Yokoi S, Maru Y, Nagase H, Furukawa Y. Genetic alterations in Japanese extrahepatic biliary tract cancer
    • 雑誌名

      Oncology Letters

      巻: 印刷中

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25280105
  • [学会発表] Detection of differentially regulated systems behind personalized omics profiling data2023

    • 著者名/発表者名
      Rui Yamaguchi
    • 学会等名
      Japan-US Research Collaboration Week
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K24947
  • [学会発表] A proteogenomic approach for identification of novel IgG-bound antigens in pancreatic cancer2023

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Abe, Hisanori Isomura, Zhou Shuang, Taisuke Kajino, Rui Yamaguchi, Waki Hosoda, Kazuo Hara, Ayumu Taguchi
    • 学会等名
      第82回日本癌学会学術集会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H03669
  • [学会発表] A proteogenomic approach for identification of novel IgG-bound antigens in pancreatic cancer2023

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Abe, Hisanori Isomura, Zhou Shuang, Taisuke Kajino, Rui Yamaguchi, Waki Hosoda, Kazuo Hara, Ayumu Taguchi
    • 学会等名
      第82回日本癌学会学術集会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K21556
  • [学会発表] 時系列RNA-seqとPINNによるmRNAライフサイクルにおける転写及び転写後調節ダイナミクスの推論2023

    • 著者名/発表者名
      武藤理、山口類
    • 学会等名
      第5回日本メディカルAI学会学術集会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K24947
  • [学会発表] Single Cell解析を活用した非小細胞性肺癌におけるネオ抗原および癌・精巣抗原特異的なCD8+T細胞集団の同定2022

    • 著者名/発表者名
      小室裕康、篠原周一、福嶋恭啓、杉田裕介、松井琢哉、高橋祐介、岡村文子、村岡大輔、福山隆、浜名洋、岸裕幸、田中雄希、尾上広祐、小野口和英、山下慶子、山口類、黒田浩章、岩田尚、松下博和
    • 学会等名
      第26回日本がん免疫学会総会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21K19939
  • [学会発表] Single Cell解析を活用した非小細胞性肺癌におけるネオ抗原および癌・精巣抗原特異的なCD8+T細胞集団の同定2022

    • 著者名/発表者名
      小室裕康, 篠原周一, 福嶋恭啓, 杉田裕介, 松井琢哉, 高橋祐介, 岡村文子, 村岡大輔, 福山隆, 浜名洋, 岸裕幸, 田中雄希, 尾上広祐, 小野口和英, 山下慶子, 山口類, 黒田浩章, 岩田尚, 松下博和
    • 学会等名
      第26回日本がん免疫学会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23K24195
  • [学会発表] Prediction of specific pathways in high grade fetal lung adenocarcinoma using gene network analysis2021

    • 著者名/発表者名
      Rika Kasajima, Masaki Suzuki,Eigo Shimizu, Yoshinori Tamada, Atsushi Niida, Rui Yamaguchi, Yoichi Furukawa, Satoru Miyano, Seiya Imoto,Tomoyuki Yokose, Yohei Miyagi
    • 学会等名
      第80回日本癌学会学術総会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K09068
  • [学会発表] Theoretical Foundation of the Performance of Phylogeny-Based Somatic Variant Detection2020

    • 著者名/発表者名
      Moriyama Takuya、Imoto Seiya、Miyano Satoru、Yamaguchi Rui
    • 学会等名
      International Symposium on Mathematical and Computational Oncology
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [学会発表] 治療関連骨髄系腫瘍15例のゲノム解析と液体生検によるファウンダークローンの後方視的追跡2019

    • 著者名/発表者名
      近藤 幹也, 横山 和明, 遊佐 希, 伊藤 美香, 清水 英悟, 中村 聡介, 小川 弥穂, 武井 智美, 小林 麻子, 笠島 理加, 和田 結花, 山口 類, 井元 清哉, 長村 登紀子, 内丸 薫, 宮野 悟, 東條 有伸
    • 学会等名
      日本血液学会学術集会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [学会発表] 臨床シークエンスにて確定診断に至った慢性好中球性白血病の2例2019

    • 著者名/発表者名
      小川 弥穂, 横山 和明, 塚田 信弘, 余語 孝夫3, 近藤 幹也, 武井 智美, 中村 聡介, 伊藤 美香, 小林 麻子, 遊佐 希, 山本 茉子, 笠島 理加, 清水 英悟, 山口 類, 井元 清哉, 宮野 悟, 東條 有伸
    • 学会等名
      日本血液学会学術集会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [学会発表] Accurate and Flexible Bayesian Mutation Call from Multi-regional Tumor Samples2019

    • 著者名/発表者名
      Moriyama Takuya、Imoto Seiya、Miyano Satoru、Yamaguchi Rui
    • 学会等名
      International Symposium on Mathematical and Computational Oncology
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [学会発表] The utility of exome sequence of circulating tumor DNA in drug-resistant and/or advanced phase chronic myeloid leukemia2019

    • 著者名/発表者名
      Tomomi Takei, Kazuaki Yokoyama, Sousuke Nakamura, Miho Ogawa, Kanya Kondoh, Eigo Shimizu, Rika Kasajima, Rui Yamaguchi, Seiya Imoto, Satoru Miyano, Arinobu Tojo
    • 学会等名
      日本癌学会学術総会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [学会発表] Circulating tumor DNA predicts post-allogeneic hematopoietic stem cell transplantation in AML and MDS2019

    • 著者名/発表者名
      Nakamura S, Yokoyama K, Shimizu E, Yusa N, Ogawa M, Takei T, Kobayashi A, Ito M, Isobe M, Konuma T, Kato S, Kasajima R, Wada Y, Nagamura-Inoue T, Yamaguchi R, Takahashi S, Imoto S, Miyano S, Tojo A
    • 学会等名
      Molecular Med Tri-Con
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [学会発表] Prognostic Impact of Circulating Tumor DNA Status Post-Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation in Acute Myeloid Leukemia and Myelodysplastic Syndrome2018

    • 著者名/発表者名
      Nakamura S, Yokoyama K, Shimizu E, Yusa N, Kondoh K, Ogawa M, Takei T, Kobayashi A, Ito M, Isobe M, Konuma T, Kato S, Kasajima R, Wada Y, Inoue-Nagamura T, Yamaguchi R, Takahashi S, Imoto S, Miyano S, Tojo A
    • 学会等名
      60th ASH Annual Meeting
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [学会発表] Circulating tumor DNA predicts relapse after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation in AML and MDS2018

    • 著者名/発表者名
      中村聡介、横山和明、近藤幹也、武井智美、清水英悟、笠島理加、山口類、井元清哉、宮野悟、東條有伸
    • 学会等名
      第77回日本癌学会学術集会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [学会発表] Residual circulating tumor DNA status in relapse prediction post allogeneic hematopoietic stem cell transplantation2018

    • 著者名/発表者名
      Nakamura S, Yokoyama K, Yusa N, Kondo K, Ogawa M, Takei T, Kobayashi A, Ito M, Jimbo K, Tanoue S, Isobe M, Konuma T, Kato S, Shimizu E, Kasajima R, Wada Y, Yamaguchi R, Imoto S, Nagamura-Inoue T, Takahashi S, Miyano S, Tojo A
    • 学会等名
      第13回生命医科学研究所ネットワーク国際シンポジウム
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [学会発表] Successful application of RHOA p.G17V for diagnosis and disease monitoring in a case of AITL2018

    • 著者名/発表者名
      水澤 舞、小川弥穂、横山和明、川俣豊隆、安藤匠平、近藤幹也、武井智美、中村聡介、伊藤美香、遊佐 希、笠島理加、清水英悟、牧山純也、安井 寛、山口 類、井本清哉、宮野 悟、吉川賢忠、田中廣壽、今井陽一、東條有伸
    • 学会等名
      第80回日本血液学会学術集会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [学会発表] Impact of residual circulating tumor DNA status post allogeneic hematopoietic stem cell transplantation on outcome in acute myeloid leukemia and myelodysplastic syndrome2018

    • 著者名/発表者名
      Nakamura S, Yokoyama K, Yusa N, Kondo K, Ogawa M, Takei T, Kobayashi A, Ito M, Jimbo K, Tanoue S, Isobe M, Konuma T, Kato S, Shimizu E, Kasajima R, Wada Y, Yamaguchi R, Imoto S, Nagamura-Inoue T, Takahashi S, Miyano S, Tojo A
    • 学会等名
      45th IMSUT Founding Commemorative Symposium
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [学会発表] Residual circulating tumor DNA status in relapse prediction post allogeneic hematopoietic stem cell transplantation2018

    • 著者名/発表者名
      中村 聡介、横山 和明、遊佐 希、近藤 幹也、小川 弥穂、武井 智美、小林 麻子、伊藤 美香、神保 光児、田上 晋、磯部 優理、小沼 貴晶、加藤 せい子、清水 英悟 、笠島 理加、和田 結花、山口 類、井元 清哉、長村 登紀子、高橋 聡、宮野 悟、東條 有伸
    • 学会等名
      第18回東京大学生命科学シンポジウム
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [学会発表] 腫瘍由来循環DNAを用いたAMLおよびMDSの移植後微小残存病変の検出に関する後方視的解析2018

    • 著者名/発表者名
      Nakamura S, Yokoyama K, Yusa N, Kondo K, Ogawa M, Takei T, Kobayashi A, Ito M, Jimbo K, Tanoue S, Isobe M, Konuma T, Kato S, Shimizu E, Kasajima R, Wada Y, Yamaguchi R, Imoto S, Nagamura-Inoue T, Takahashi S, Miyano S, Tojo A
    • 学会等名
      第80回日本血液学会学術総会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03329
  • [学会発表] 大腸癌患者におけるペプチドワクチン特異的T細胞のTCRシークエンス解析2017

    • 著者名/発表者名
      清谷 一馬、田村 賢司、山口 類、井元 清哉、竹之内 寛子、宮野悟、硲 彰一、中村 祐輔
    • 学会等名
      日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      神奈川県横浜市
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00399
  • [学会発表] MYD88 L265P Mutated Splenic Marginal Zone Lymphoma associated with Cold Agglutinin Disease2016

    • 著者名/発表者名
      越智清純、横山和明、遊佐 希、伊藤美香、小林真之、小川弥穂、竹田玲奈、武井智美、川俣豊隆、福山朋房、大野伸広、高橋聡、山口 類、内丸薫、井元清哉、古川洋一、宮野 悟、東條有伸
    • 学会等名
      第78回日本血液学会学術集会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-10-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25280105
  • [学会発表] WASPの一アミノ酸変異に起因するX連鎖重症好中球減少症の本邦第一例2016

    • 著者名/発表者名
      小林真之、横山和明、遊佐 希、川俣豊隆、大野伸広、清水英悟、山口 類、井元清哉、古川洋一、宮野 悟、東條有伸
    • 学会等名
      第78回日本血液学会学術集会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-10-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25280105
  • [学会発表] コグニティブ・コンピューティングの造血器腫瘍臨床シーケンスへの試験的導入2016

    • 著者名/発表者名
      横山和明、遊佐 希、伊藤美香、小林真之、小川弥穂、竹田玲奈、武井智美、越智清純、川俣豊隆、小沼貴晶、加藤せい子、清水英悟、小山尚彦、大野伸広、高橋聡、内丸薫、山口 類、井元清哉、古川洋一、宮野 悟、東條有伸
    • 学会等名
      第78回日本血液学会学術集会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-10-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25280105
  • [学会発表] Modeling of dynamic drug effect on gene networks2013

    • 著者名/発表者名
      Maruyama Y, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S
    • 学会等名
      The 13th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB2013)
    • 発表場所
      京都大学宇治キャンパス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700292
  • [学会発表] Modeling of dynamic drug effect on gene networks2013

    • 著者名/発表者名
      Maruyama Y, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S.
    • 学会等名
      The 13^<th> Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2013-08-01
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700292
  • [学会発表] リングフィンガープロテイン43の転写調節機構および下流遺伝子解析2013

    • 著者名/発表者名
      髙橋則彦 山口貴世志 池上恒雄 古川洋一
    • 学会等名
      第72回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137
  • [学会発表] Idenntification of a single nucleotide polymorphism associated with SIAH2 expression2013

    • 著者名/発表者名
      Seham Elgazzar 髙橋則彦 山口貴世志 前仏均 片桐豊雅 池上恒雄 中村祐輔 古川洋一
    • 学会等名
      第72回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      横浜
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137
  • [学会発表] DSCC1 is a novel biomarker for chemo-resistant colorectal cancer.2013

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Yamaguchi, Rui Yamaguchi, Masaru Shinozaki, GIichiro Tsurita, Keisuke Hata, Seiya Imoto, Satoru Miyano, Yusuke Nakamura, Yoichi Furukawa
    • 学会等名
      The 9th AACR-JCA Joint Conference
    • 発表場所
      Maui HI, USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137
  • [学会発表] Computational gene network analysis reveals TNF-induced angiogenesis2012

    • 著者名/発表者名
      尾上健太郎、山口類、井元清哉、玉田嘉紀、荒木啓充、Cristin Print、宮野悟
    • 学会等名
      The 23rd International Conference on Genome Informatics (GIW2012)
    • 発表場所
      台湾、台南市
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700292
  • [学会発表] Estimation of dynamic drug effects on gene modules from time-course transcriptome data by using state-space mode2012

    • 著者名/発表者名
      Rui Yamaguchi, Seiya Imoto, Mai Yamauchi, Asuka Nakata, Kunihiko Hinohara, Yoshinori Tamada, Ryo Yoshida, Teppei Shimamura, Masao Nagasaki, Noriko Gotoh, Satoru Miyano
    • 学会等名
      X-Gen Congress & Expo
    • 発表場所
      Hilton hotel,米国(San Diego)
    • 年月日
      2012-03-06
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700308
  • [学会発表] Estimation of dynamic drug effects on gene modules from time-course transcriptome data by using state-space model2012

    • 著者名/発表者名
      Rui Yamaguchi, 他
    • 学会等名
      X-Gen Congress & Expo
    • 発表場所
      Hilton hotel,米国(San Diego)
    • 年月日
      2012-03-06
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700308
  • [学会発表] Computational gene network analysis reveals TNF-induced angiogenesis2012

    • 著者名/発表者名
      尾上健太郎、山口類、井元清也、玉田嘉紀、荒木啓充、Cristin Pring、宮野悟
    • 学会等名
      The 23^<rd> International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      台湾
    • 年月日
      2012-12-12
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700292
  • [学会発表] Identifying the target of histone methyltransferase SMYD3 in colorectal cancer cells2012

    • 著者名/発表者名
      山口貴世志、池上恒雄、宮野悟、中村祐輔、古川洋一
    • 学会等名
      第71回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      ロイトン札幌(札幌)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137
  • [学会発表] DSCC1 promotes survival of colorectal cancer cells through the inhibition of BCL2 expression2012

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Yamaguchi, Rui Yamaguchi, Masaru Shinozaki, GIichiro Tsurita, Keisuke Hata, Seiya Imoto, Satoru Miyano, Yusuke Nakamura, Yoichi Furukawa
    • 学会等名
      The 8th, International Symposium on Cancer Research and Therapy
    • 発表場所
      東京会館(東京)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137
  • [学会発表] Identification of dissimilarities in high-dimensional gene regulatory systems by predicted discrepancies from state space model2011

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi R
    • 学会等名
      Joint Meeting of the 2011 Taipei International Statistical Symposium and 7th Conference of the Asian Regional Section of the IASC
    • 発表場所
      Academia Sinica, Taipei, Taiwan(招待講演)
    • 年月日
      2011-12-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300099
  • [学会発表] Defective in sister chromatoid cohesion 1 homolog (DSCC1), a novel target of E2F1 is overexpressed in colorectal cancer2011

    • 著者名/発表者名
      山口貴世志、藤井智明、池上恒雄、中村祐輔、古川洋一
    • 学会等名
      第70回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2011-10-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137
  • [学会発表] MRGBP (C20orf20) contributes to development of colorectal cancer2011

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Yamaguchi, Michihiro Sakai, Joohun Kim, Yoshinao Yamada, Yoshiyuki Akiyama, Yusuke Nakamura, Yoichi Furukawa
    • 学会等名
      The 102th. Annual meeting of American Association for Cancer Research
    • 発表場所
      Orlando FL, USA
    • 年月日
      2011-04-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23310137
  • [学会発表] Identification of dissimilarities in high-dimensional gene regulatory systems by predicted discrepancies from state space model2011

    • 著者名/発表者名
      Rui Yamaguchi
    • 学会等名
      The Joint Meeting of the 2011 Taipei International Statistical Symposium and 7th Conference of the Asian Regional Section of the IASC
    • 発表場所
      Academia Sinica,台湾(台北)(招待講演)
    • 年月日
      2011-12-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700308
  • [学会発表] Identification of dissimilarities in high-dimensional gene regulatory systems by predicted discrepancies from state space model2011

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi R
    • 学会等名
      Joint Meeting of the 2011 TaipeiInternational Statistical Symposium and 7th Conference of the Asian Regional Section of the IASC
    • 発表場所
      Academia Sinica,Taipei,Taiwan
    • 年月日
      2011-12-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22300099
  • [学会発表] Identification of dissimilarities in high-dimensional gene regulatory systems by predicted discrepancies from state space model2011

    • 著者名/発表者名
      Rui Yamaguchi
    • 学会等名
      The Joint Meeting of the 2011 Taipei International Statistical Symposium and 7th Conference of the Asian Regional Section of the IASC
    • 発表場所
      Academia Sinica、台湾
    • 年月日
      2011-12-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700308
  • [学会発表] 状態空間モデリングによる遺伝子発現制御に関わる動的薬剤効果の推定2010

    • 著者名/発表者名
      山口類, 井元清哉, 山内麻衣, 島村徹平, 後藤典子, 宮野悟
    • 学会等名
      2010年度統計関連学会連合大会
    • 発表場所
      早稲田大学 東京
    • 年月日
      2010-09-08
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700308
  • [学会発表] Detection of Systematic Differences in Gene Regulations and Extraction of Gene Signatures by Using State Space Model2010

    • 著者名/発表者名
      Rui Yamaguchi
    • 学会等名
      2010 NCTS International Conference on Probability and Statistics with Applications in Biology
    • 発表場所
      National Center for Theoretical Sciences, Taiwan
    • 年月日
      2010-07-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700308
  • [学会発表] Detection of Systematic Differences in Gene Regulations and Extraction of Gene Signatures by Using State Space Model2010

    • 著者名/発表者名
      Rui Yamaguchi
    • 学会等名
      2010 NCTS International Conference on Probability and Statistics with Applications in Biology
    • 発表場所
      National Center for Theoretical Sciences,台湾
    • 年月日
      2010-07-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700308
  • [学会発表] 動的予測による遺伝子間制御関係の異常探索2010

    • 著者名/発表者名
      山口類
    • 学会等名
      大分統計談話会第42回大会
    • 発表場所
      富士通大分ソフトウェアラボラトリ 大分
    • 年月日
      2010-10-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700308
  • [学会発表] 状態空間モデリングによる遺伝子発現制御に関わる動的薬剤効果の推定2010

    • 著者名/発表者名
      山口類、井元清哉、山内麻衣、島村徹平、後藤典子、宮野悟
    • 学会等名
      2010年度統計関連学会連合大会
    • 発表場所
      早稲田大学、東京
    • 年月日
      2010-09-08
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700308
  • [学会発表] 動的予測による遺伝子間制御関係の異常探索2010

    • 著者名/発表者名
      山口類
    • 学会等名
      大分統計談話会第42回大会
    • 発表場所
      富士通大分ソフトウェアラボラトリ、大分
    • 年月日
      2010-10-21
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22700308
  • [学会発表] Identification of Oncogenic Co-regulators using Infinite Relational Models

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Chikahara, Atsushi Niida, Rui Yamaguchi, Seiya Imoto, Satoru Miyano
    • 学会等名
      The 15th International Conference on Systems Biology (ICSB) 2014
    • 発表場所
      メルボルン(オーストラリア)
    • 年月日
      2014-09-14 – 2014-09-18
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • 1.  井元 清哉 (10345027)
    共同の研究課題数: 9件
    共同の研究成果数: 54件
  • 2.  宮野 悟 (50128104)
    共同の研究課題数: 6件
    共同の研究成果数: 57件
  • 3.  松下 博和 (80597782)
    共同の研究課題数: 5件
    共同の研究成果数: 2件
  • 4.  田口 歩 (50817567)
    共同の研究課題数: 4件
    共同の研究成果数: 2件
  • 5.  片山 琴絵 (40581195)
    共同の研究課題数: 4件
    共同の研究成果数: 1件
  • 6.  長崎 正朗 (90396862)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 17件
  • 7.  細野 祥之 (60820363)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 0件
  • 8.  植村 元秀 (40631015)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 0件
  • 9.  吉田 亮 (70401263)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 3件
  • 10.  白石 友一 (70516880)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 3件
  • 11.  玉田 嘉紀 (80435495)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 5件
  • 12.  島村 徹平 (00623943)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 12件
  • 13.  後藤 典子 (10251448)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 5件
  • 14.  古川 洋一 (20272560)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 21件
  • 15.  山口 貴世志 (50466843)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 18件
  • 16.  阿部 雄一 (30731632)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 17.  笠島 理加 (20630875)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 1件
  • 18.  PARK HEEWON (70756642)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 2件
  • 19.  細田 和貴 (00728412)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 1件
  • 20.  原 和生 (80740258)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 1件
  • 21.  小島 祥敬 (60305539)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 22.  林 陽平 (00588056)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 23.  佐藤 綾人 (10512428)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 24.  日紫喜 光良 (30324271)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 25.  樋口 知之 (70202273)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 26.  茅野 光範 (20590095)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 27.  渡 賢治 (70191757)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 28.  池上 恒雄 (80396712)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 10件
  • 29.  東條 有伸 (00211681)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 30.  松田 浩一 (90401257)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 31.  高橋 祐介 (00445214)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 32.  新井田 厚司 (00772493)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 33.  張 耀中 (60817138)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 4件
  • 34.  中村 卓郎 (00180373)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 35.  中山 タラントロバート (00365298)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 36.  竹中 聡 (00588379)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 37.  高阪 真路 (00627119)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 38.  松本 嘉寛 (10346794)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 39.  植田 幸嗣 (10509110)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 40.  穴澤 卯圭 (20245525)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 41.  比留間 徹 (20254188)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 42.  河野 博隆 (20345218)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 43.  阿江 啓介 (20376726)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 44.  小林 寛 (20407951)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 45.  堀内 圭輔 (30327564)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 46.  河本 旭哉 (30420558)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 47.  平賀 博明 (30501530)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 48.  土屋 弘行 (40227434)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 49.  坂本 昭夫 (40335964)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 50.  朴木 寛弥 (40336863)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 51.  秋山 達 (40376471)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 52.  大隈 知威 (40806189)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 53.  元井 亨 (50291315)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 54.  西田 佳弘 (50332698)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 55.  中川 英刀 (50361621)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 56.  平田 真 (50401071)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 57.  米本 司 (50506318)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 58.  馬場 一郎 (60330073)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 59.  小田 義直 (70291515)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 60.  末原 義之 (70509405)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 61.  國定 俊之 (80346428)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 62.  山田 聡 (80405208)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 63.  相羽 久輝 (70793834)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 64.  松原 大祐 (80415554)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 65.  川井 章 (90252965)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 66.  筑紫 聡 (90378109)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 67.  綿貫 宗則 (90451575)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 68.  王谷 英達 (60727965)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 69.  吉川 秀樹 (60191558)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 70.  中 紀文 (90601964)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 71.  岡本 健 (30414113)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 72.  五嶋 孝博 (20272544)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 73.  岩田 慎太郎 (90549685)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 74.  横山 和明 (00647498)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 17件
  • 75.  松井 佑介 (90761495)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 76.  廣島 幸彦 (60718021)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 77.  岡村 文子 (10546948)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 78.  太田 元規 (40290895)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 79.  加藤 大悟 (70648021)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 80.  洪 陽子 (70824754)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 81.  宮城 洋平 (00254194)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 82.  鈴木 理樹 (00770108)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 83.  伊藤 秀美 (90393123)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 84.  高橋 邦彦 (50323259)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 85.  大谷 隆浩 (30726146)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 86.  松坂 方士 (70431434)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 87.  金村 政輝 (80418615)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 88.  大木 いずみ (50296092)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 89.  西野 善一 (70302099)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 90.  杉山 裕美 (40393425)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 91.  衣斐 寛倫 (00645145)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 92.  丸橋 弘治 (20417504)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 93.  黒田 浩章 (20365274)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 94.  籠谷 勇紀 (70706960)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 95.  真砂 勝泰 (80338160)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 96.  小林 恭 (00642406)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 97.  野々村 祝夫 (30263263)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 98.  寺田 直樹 (60636637)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 99.  星 誠二 (70813137)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 100.  土井 敦
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 101.  杉本 健
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 102.  三森 功士
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 103.  渡辺 聡明
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 104.  村松 智輝
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 105.  飯沼 久恵
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 106.  郭 中梁
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 107.  森岡 秀夫
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 108.  菊田 一貴
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 109.  高橋 隆
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 110.  六反 一仁
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 111.  江口 英利
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 112.  池田 悠至
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 113.  小沼 貴晶
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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