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白石 友一  shiraisi yuichi

研究者番号 70516880
その他のID
  • ORCIDhttps://orcid.org/0000-0001-6144-5845
所属 (現在) 2025年度: 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2021年度 – 2024年度: 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長
2018年度 – 2020年度: 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, ユニット長
2013年度 – 2017年度: 東京大学, 医科学研究所, 助教
2012年度 – 2013年度: 東京大学, 医科学研究所, 特任助教
2010年度: 東京大学, 医科学研究所, 特任研究員
2009年度: 独立行政法人理化学研究所, 細胞システムモデル化研究チーム, 特別研究員
審査区分/研究分野
研究代表者
小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 統計科学 / 生命・健康・医療情報学
研究代表者以外
小区分53030:呼吸器内科学関連 / 複合領域 / 小区分55040:呼吸器外科学関連 / 小区分63020:放射線影響関連 / 生物系 / 中区分48:生体の構造と機能およびその関連分野 / 中区分50:腫瘍学およびその関連分野 / 腫瘍生物学 / 消化器内科学
キーワード
研究代表者
スプライシング / がんゲノム / クラウド / ゲノム変異 / 大規模データ解析 / トランスクリプトーム / 機械学習 / 統計科学 / ゲノム / スプライシング異常 … もっと見る / 公共データ / 後天的変異 / がん / 最適化 / トピックモデル / 統計モデル / 変異シグナチャー / 統計手法 / 可視化 / パターンマイニング / 癌 / 統計数学 / 次世代シークエンス解析 / ベイズ統計学 / state space model / gene regulatory network / groun lasso / stacking / ensemble learning / マルコフ連鎖モンテカルロ / 統計的検定理論 / バイオインフォマティクス / 相乗効果 / 遺伝子発現 / 多値判別 / スパース正則化学習 / 統計的学習理論 … もっと見る
研究代表者以外
がん / バイオインフォマティクス / 非小細胞肺癌 / Keap1-Nrf2経路 / 酸化ストレス応答経路 / 遺伝統計学 / 統計的モデリング / システム生物学 / ゲノム構造多型 / スプライシング異常 / 肺癌 / 薬剤耐性 / 核酸医薬 / 肺がん / クロマチン / ゲノム不安定性 / ATR / DNA複製ストレス / DNA複製ストレス耐性 / ゲノム・エピゲノム解析 / 加齢 / クローン進化 / 体細胞モザイク / スプライシング / 酸化ストレス経路 / 抗癌剤耐性 / 小細胞肺癌 / バイインフォマティクス / eQTL効果 / 細胞組織特異性 / 横断的オミクス解析 / 全ゲノムシークエンス / CRISPR / 悪性リンパ腫 / 転写制御 / 転写・代謝制御 / がん代謝 / 低pH / がん微小環境 / 人工知能 / シークエンス / 肝炎 / 病原体 / 肝がん / ゲノム / シークエンス解析 / 遺伝子ネットワーク / スーパーコンピュータ / ゲノム科学 隠す
  • 研究課題

    (16件)
  • 研究成果

    (137件)
  • 共同研究者

    (56人)
  •  がんと正常組織におけるクローン進化の解明

    • 研究代表者
      小川 誠司
    • 研究期間 (年度)
      2024 – 2027
    • 研究種目
      特別推進研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      京都大学
  •  薬剤耐性と核酸医薬治療

    • 研究代表者
      小林 祥久
    • 研究期間 (年度)
      2023 – 2025
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分55040:呼吸器外科学関連
    • 研究機関
      国立研究開発法人国立がん研究センター
  •  肺癌における酸化ストレス応答系の新規破綻機序の解明と標的治療の探索

    • 研究代表者
      光石 陽一郎
    • 研究期間 (年度)
      2023 – 2025
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分53030:呼吸器内科学関連
    • 研究機関
      順天堂大学
  •  ATR依存的なDNA複製ストレス耐性による細胞生存戦略の解明

    • 研究代表者
      塩谷 文章
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2025
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分63020:放射線影響関連
    • 研究機関
      国立研究開発法人国立がん研究センター
  •  大規模トランスクリプトームからの自律的知能獲得システム基盤の開発研究代表者

    • 研究代表者
      白石 友一
    • 研究期間 (年度)
      2021 – 2023
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
    • 研究機関
      国立研究開発法人国立がん研究センター
  •  小細胞肺癌における酸化ストレス応答系の破綻機序の解明

    • 研究代表者
      光石 陽一郎
    • 研究期間 (年度)
      2020 – 2024
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 審査区分
      小区分53030:呼吸器内科学関連
    • 研究機関
      順天堂大学
  •  横断的オミクス解析と全ゲノムシークエンスを駆使した疾患病態と組織特異性の解明

    • 研究代表者
      岡田 随象
    • 研究期間 (年度)
      2019 – 2021
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 審査区分
      中区分48:生体の構造と機能およびその関連分野
    • 研究機関
      大阪大学
  •  CRISPRライブラリースクリーニングによるリンパ腫発症の遺伝子基盤の統合的理解

    • 研究代表者
      片岡 圭亮
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2020
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 審査区分
      中区分50:腫瘍学およびその関連分野
    • 研究機関
      国立研究開発法人国立がん研究センター
  •  転写異常に繋がるゲノム変異の網羅的探索法の開発とゲノム医療への応用研究代表者

    • 研究代表者
      白石 友一
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2020
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 審査区分
      小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
    • 研究機関
      国立研究開発法人国立がん研究センター
  •  低pH腫瘍微小環境による悪性化機構の解明

    • 研究代表者
      大澤 毅
    • 研究期間 (年度)
      2016 – 2017
    • 研究種目
      挑戦的萌芽研究
    • 研究分野
      腫瘍生物学
    • 研究機関
      東京大学
  •  大規模がんゲノム変異データマイニングのための統計的手法の開発研究代表者

    • 研究代表者
      白石 友一
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2017
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      東京大学
  •  スーパーコンピューティングと革新的情報技術によるがんシステムの新次元探索

    • 研究代表者
      宮野 悟
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2019
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      東京大学
  •  シークエンス解析による新規の肝炎・肝癌関連微生物の探索

    • 研究代表者
      中川 英刀
    • 研究期間 (年度)
      2013 – 2014
    • 研究種目
      挑戦的萌芽研究
    • 研究分野
      消化器内科学
    • 研究機関
      独立行政法人理化学研究所
  •  癌の病態、発病機序をゲノムレベルで理解するための統計学的手法の開発研究代表者

    • 研究代表者
      白石 友一
    • 研究期間 (年度)
      2012 – 2013
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      統計科学
    • 研究機関
      東京大学
  •  計算とシミュレーションによるがんシステム学の創成

    • 研究代表者
      宮野 悟
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2014
    • 研究種目
      新学術領域研究(研究領域提案型)
    • 審査区分
      複合領域
    • 研究機関
      東京大学
  •  統計学及びゲーム理論に基づくモデルの組合せ法の研究研究代表者

    • 研究代表者
      白石 友一
    • 研究期間 (年度)
      2009 – 2010
    • 研究種目
      若手研究(B)
    • 研究分野
      統計科学
    • 研究機関
      東京大学
      独立行政法人理化学研究所

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すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] 実験医学増刊 41 (7)2023

    • 著者名/発表者名
      白石友一、岡田愛、河野隆志
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      羊土社
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [図書] 医学のあゆみ 283 (9)2022

    • 著者名/発表者名
      白石友一、岡田愛
    • 総ページ数
      8
    • 出版者
      医歯薬出版
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [図書] 実験医学2022

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      クラウドを使ったゲノム解析環境の構築
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [図書] 「がんゲノムにおけるスプライシング変異の検出」、医学のあゆみ 2675巻 5号2020

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      医歯薬出版
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03327
  • [雑誌論文] Assessing the efficacy of target adaptive sampling long-read sequencing through hereditary cancer patient genomes2024

    • 著者名/発表者名
      Nakamura Wataru、Hirata Makoto、 Akira、Kawai、Noguchi Michio、Umezawa Akihiro、Ito Shuichi、Yoshida Teruhiko、Shiraishi Yuichi、NCBN Controls WGS Consortium et al
    • 雑誌名

      npj Genomic Medicine

      巻: 9 号: 1 ページ: 11-11

    • DOI

      10.1038/s41525-024-00394-z

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03062, KAKENHI-PROJECT-21H03549, KAKENHI-PROJECT-23K24468
  • [雑誌論文] Precise characterization of somatic complex structural variations from tumor/control paired long-read sequencing data with nanomonsv2023

    • 著者名/発表者名
      Shiraishi Yuichi、Koya Junji、Chiba Kenichi、Okada Ai、Arai Yasuhito、Saito Yuki、Shibata Tatsuhiro、Kataoka Keisuke
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 51 号: 14 ページ: e74-e74

    • DOI

      10.1093/nar/gkad526

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [雑誌論文] An ATR-PrimPol pathway confers tolerance to oncogenic KRAS-induced and heterochromatin-associated replication stress2023

    • 著者名/発表者名
      Igarashi Taichi、Mazevet Marianne、Yasuhara Takaaki、Yano Kimiyoshi、Mochizuki Akifumi、Nishino Makoto、Yoshida Tatsuya、Yoshida Yukihiro、Takamatsu Nobuhiko、Yoshimi Akihide、Shiraishi Kouya、Horinouchi Hidehito、Kohno Takashi、Hamamoto Ryuji、Adachi Jun、Zou Lee、Shiotani Bunsyo
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 4991-4991

    • DOI

      10.1038/s41467-023-40578-2

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20KK0339, KAKENHI-PUBLICLY-22H05585, KAKENHI-PUBLICLY-23H04274, KAKENHI-PROJECT-21H04828, KAKENHI-PROJECT-23K21750, KAKENHI-PROJECT-23K24999
  • [雑誌論文] Phasing analysis of lung cancer genomes using a long read sequencer2022

    • 著者名/発表者名
      Sakamoto Yoshitaka、Miyake Shuhei、Oka Miho、Kanai Akinori、Kawai Yosuke、Nagasawa Satoi、Shiraishi Yuichi、Tokunaga Katsushi、Kohno Takashi、Seki Masahide、Suzuki Yutaka、Suzuki Ayako
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 3464-3464

    • DOI

      10.1038/s41467-022-31133-6

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20H00545, KAKENHI-PROJECT-21H03549, KAKENHI-PROJECT-21J13203, KAKENHI-PROJECT-23K23970
  • [雑誌論文] Systematic identification of intron retention associated variants from massive publicly available transcriptome sequencing data2022

    • 著者名/発表者名
      Shiraishi Yuichi、Okada Ai、Chiba Kenichi、Kawachi Asuka、Omori Ikuko、Mateos Ra?l Nicol?s、Iida Naoko、Yamauchi Hirofumi、Kosaki Kenjiro、Yoshimi Akihide
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 5357-5357

    • DOI

      10.1038/s41467-022-32887-9

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H04828, KAKENHI-PROJECT-21H03549, KAKENHI-PROJECT-22KF0409
  • [雑誌論文] Genetic architecture of microRNA expression and its link to complex diseases in the Japanese population2021

    • 著者名/発表者名
      Sonehara Kyuto、Sakaue Saori、Maeda Yuichi、Hirata Jun、Kishikawa Toshihiro、Yamamoto Kenichi、Matsuoka Hidetoshi、Yoshimura Maiko、Nii Takuro、Ohshima Shiro、Kumanogoh Atsushi、Okada Yukinori
    • 雑誌名

      Human Molecular Genetics

      巻: - 号: 11 ページ: 1806-1820

    • DOI

      10.1093/hmg/ddab361

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19H01021, KAKENHI-PROJECT-22H00476
  • [雑誌論文] Whole gut virome analysis of 476 Japanese revealed a link between phage and autoimmune disease2021

    • 著者名/発表者名
      Tomofuji Yoshihiko et al.
    • 雑誌名

      Annals of the Rheumatic Diseases

      巻: 81 号: 2 ページ: 278-288

    • DOI

      10.1136/annrheumdis-2021-221267

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H05282, KAKENHI-PROJECT-19H01021
  • [雑誌論文] Systematic identification of intron retention associated variants from massive publicly available transcriptome sequencing data2021

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shirishi et al.,
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: NA

    • DOI

      10.1101/2021.10.05.463278

    • オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [雑誌論文] Metagenome-wide association study revealed disease-specific landscape of the gut microbiome of systemic lupus erythematosus in Japanese2021

    • 著者名/発表者名
      Tomofuji Yoshihiko、Maeda Yuichi、Oguro-Igashira Eri、Kishikawa Toshihiro、Yamamoto Kenichi、Sonehara Kyuto、Motooka Daisuke、Matsumoto Yuki、Matsuoka Hidetoshi、Yoshimura Maiko、Yagita Mayu、Nii Takuro、Ohshima Shiro、Nakamura Shota、Inohara Hidenori、Takeda Kiyoshi、Kumanogoh Atsushi、Okada Yukinori
    • 雑誌名

      Annals of the Rheumatic Diseases

      巻: 80 号: 12 ページ: 1575-1583

    • DOI

      10.1136/annrheumdis-2021-220687

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H05282, KAKENHI-PROJECT-19H01021
  • [雑誌論文] Comprehensive Analysis of Indels in Whole-genome Microsatellite Regions and Microsatellite Instability across 21 Cancer Types2020

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto A*, Fujita M, Hasegawa T, Wong JH, Maejima K, Oku-Sasaki A, Nakano K, Shiraishi Y, Miyano S, Yamamoto G, Akagi K, Imoto S, and Nakagawa H
    • 雑誌名

      Genome Research

      巻: 30 号: 3 ページ: 334-34

    • DOI

      10.1101/gr.255026.119

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K19426, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PLANNED-18H05511, KAKENHI-PROJECT-18H04049, KAKENHI-PROJECT-18H02680, KAKENHI-PROJECT-18H03328, KAKENHI-PROJECT-19K09206
  • [雑誌論文] Invariant patterns of clonal succession determine specific clinical features of myelodysplastic syndromes2019

    • 著者名/発表者名
      Nagata Yasunobu、Ogawa Seishi., et al.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 10 号: 1 ページ: 5386-5386

    • DOI

      10.1038/s41467-019-13001-y

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-19H05656, KAKENHI-PROJECT-19H01053
  • [雑誌論文] Frequent germline mutations of HAVCR2 in sporadic subcutaneous panniculitis-like T-cell lymphoma2019

    • 著者名/発表者名
      Polprasert C, Takeuchi Y, Kakiuchi N, Yoshida K, Assanasen T, Sitthi W, Bunworasate U, Pirunsarn A, Wudhikarn K, Lawasut P, Uaprasert N, Kongkiatkamon S, Moonla C, Sanada M, Akita N, Takeda J, Fujii Y, Suzuki H, Nannya Y, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Miyano S, Rojnuckarin P, Ogawa S, Makishima H
    • 雑誌名

      Blood Advances

      巻: 3 号: 4 ページ: 588-595

    • DOI

      10.1182/bloodadvances.2018028340

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K10136, KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-16H05338, KAKENHI-PROJECT-19H05656, KAKENHI-PROJECT-19H01053
  • [雑誌論文] Frequent structural variations involving programmed death ligands in Epstein-Barr virus-associated lymphomas2019

    • 著者名/発表者名
      Kataoka Keisuke, Miyoshi Hiroaki, Sakata Seiji, Dobashi Akito, Couronne Lucile, Kogure Yasunori, Sato Yasuharu, Nishida Kenji, Gion Yuka, Shiraishi Yuichi, Tanaka Hiroko, et al
    • 雑誌名

      Leukemia

      巻: Epub ahead of print 号: 7 ページ: 1687-1699

    • DOI

      10.1038/s41375-019-0380-5

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07205, KAKENHI-PROJECT-17K10136, KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PLANNED-26115009, KAKENHI-PROJECT-16H05338, KAKENHI-PROJECT-19K09232, KAKENHI-PROJECT-19H05656, KAKENHI-PROJECT-19H01053, KAKENHI-PROJECT-17K18335
  • [雑誌論文] Molecular heterogeneity in peripheral T-cell lymphoma, not otherwise specified revealed by comprehensive genetic profiling2019

    • 著者名/発表者名
      Watatani Yosaku,Ogawa Seishi., et al.
    • 雑誌名

      Leukemia

      巻: 33 号: 12 ページ: 2867-2883

    • DOI

      10.1038/s41375-019-0473-1

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-19H05656, KAKENHI-PROJECT-19H01053, KAKENHI-PROJECT-17J05245, KAKENHI-PROJECT-17K09931, KAKENHI-PROJECT-17K10136
  • [雑誌論文] Effectiveness of integrated interpretation of exome and corresponding transcriptome data for detecting splicing variants of genes associated with autosomal recessive disorders2019

    • 著者名/発表者名
      Yamada Mamiko、Suzuki Hisato、Shiraishi Yuichi、Kosaki Kenjiro
    • 雑誌名

      Molecular Genetics and Metabolism Reports

      巻: 21 ページ: 100531-100531

    • DOI

      10.1016/j.ymgmr.2019.100531

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19K17342, KAKENHI-PROJECT-18H03327
  • [雑誌論文] Age-related remodelling of oesophageal epithelia by mutated cancer drivers.2019

    • 著者名/発表者名
      Yokoyama A, Ogawa S., et al.
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 565 号: 7739 ページ: 312-317

    • DOI

      10.1038/s41586-018-0811-x

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PLANNED-26115009, KAKENHI-PROJECT-16H05338, KAKENHI-PROJECT-18H02692, KAKENHI-PROJECT-17K19595, KAKENHI-PROJECT-17K19608, KAKENHI-PROJECT-15H05791
  • [雑誌論文] Frequent mutations that converge on the NFKBIZ pathway in ulcerative colitis2019

    • 著者名/発表者名
      Kakiuchi Nobuyuki et al.
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 577 号: 7789 ページ: 260-265

    • DOI

      10.1038/s41586-019-1856-1

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K07224, KAKENHI-PROJECT-18K15747, KAKENHI-PROJECT-18K16084, KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PUBLICLY-19H04806, KAKENHI-PROJECT-19H05656, KAKENHI-PROJECT-19H01053, KAKENHI-PROJECT-17H04157, KAKENHI-PROJECT-19H03560, KAKENHI-PROJECT-17J05245, KAKENHI-PROJECT-15H05707, KAKENHI-PROJECT-18H05278
  • [雑誌論文] A Bayesian model integration for mutation calling through data partitioning2019

    • 著者名/発表者名
      Moriyama T, Imoto S, Hayashi S, Shiraishi Y, Miyano S, Yamaguchi R
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 35(21) 号: 21 ページ: 4247-4254

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btz233

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912
  • [雑誌論文] Defective Epstein-Barr virus in chronic active infection and haematological malignancy.2019

    • 著者名/発表者名
      Okuno Y, Murata T, Sato Y,Yoshida K, Sawada A, Inoue M, Kawa K, Seto M, Ohshima K, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Miyano S, Nishida T, Kiyoi H, Kato S, Nakamura S, Morishima S, Yoshikawa T, Fujiwara S, Shimizu N, Isobe Y, Noguchi M, Kikuta A, Iwatsuki K, Takahashi Y, Kojima S, Ogawa S, Kimura H.
    • 雑誌名

      Nat Microbiol.

      巻: 4 号: 3 ページ: 404-413

    • DOI

      10.1038/s41564-018-0334-0

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K09921, KAKENHI-PROJECT-17K09934, KAKENHI-PROJECT-17K10107, KAKENHI-PROJECT-18K07816, KAKENHI-PROJECT-18K15165, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PROJECT-19H05656, KAKENHI-PROJECT-17H04081
  • [雑誌論文] Early detection and evolution of preleukemic clones in therapy-related myeloid neoplasms following autologous SCT2018

    • 著者名/発表者名
      Berger G,Ogawa S., et al.
    • 雑誌名

      Blood

      巻: 131 号: 16 ページ: 1846-1857

    • DOI

      10.1182/blood-2017-09-805879

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-26221308
  • [雑誌論文] Integrated Molecular Characterization of the Lethal Pediatric Cancer Pancreatoblastoma2018

    • 著者名/発表者名
      Isobe T, Seki M, Yoshida K, Sekiguchi M, Shiozawa Y, Shiraishi Y,..., Kataoka K, Sato Y, Kawai T, Chiba K, Tanaka H, Shimamura T, Kato M, Iguchi A, Hama A, Taguchi T, Akiyama M, Fujimura J, Inoue A, Ito T, Deguchi T, Kiyotani C, Iehara T, Hosoi H, Oka A, Sanada M, Tanaka Y, Hata K, Miyano S, Ogawa S, Takita J
    • 雑誌名

      Cancer Res

      巻: 78(4) 号: 4 ページ: 865-876

    • DOI

      10.1158/0008-5472.can-17-2581

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-17H04224, KAKENHI-PROJECT-15K12139, KAKENHI-PROJECT-15H05325
  • [雑誌論文] A comprehensive characterization of cis-acting splicing-associated variants in human cancer.2018

    • 著者名/発表者名
      Shiraishi Y, Kataoka K, Chiba K, Okada A, Kogure Y, Tanaka H, Ogawa S, Miyano S.
    • 雑誌名

      Genome Res.

      巻: 28 号: 8 ページ: 1111-1125

    • DOI

      10.1101/gr.231951.117

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-18H03327
  • [雑誌論文] Aberrant splicing and defective mRNA production induced by somatic spliceosome mutations in myelodysplasia.2018

    • 著者名/発表者名
      Shiozawa Y, Malcovati L, Gall A, Sato-Otsubo A, Kataoka K, Sato Y, Watatani Y, Suzuki H, Yoshizato T, Yoshida K, Sanada M, Makishima H, Shiraishi Y, Chiba K, Hellstrom-Lindberg E, Miyano S, Ogawa S, Cazzola M
    • 雑誌名

      Nat. Commun.

      巻: 9 号: 1 ページ: 3649-3649

    • DOI

      10.1038/s41467-018-06063-x

    • NAID

      120006537149

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PLANNED-26115009, KAKENHI-PROJECT-26221308, KAKENHI-PROJECT-16H05338, KAKENHI-PROJECT-17H04990
  • [雑誌論文] A novel genetic and morphologic phenotype of ARID2-mediated myelodysplasia2018

    • 著者名/発表者名
      Sakai H, Hosono N, Nakazawa H, Przychodzen B, Polprasert C, Carraway HE, Sekeres MA, Radivoyevitch T, Yoshida K, Sanada M, Yoshizato T, Kataoka K, Nakagawa MM, Ueno H, Nannya Y, Kon A, Shiozawa Y, Takeda J, Shiraishi Y, Chiba K, Miyano S, Singh J, Padgett RA, Ogawa S, Maciejewski JP, Makishima H
    • 雑誌名

      Leukemia

      巻: 32(3) 号: 3 ページ: 839-843

    • DOI

      10.1038/leu.2017.319

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PLANNED-26115009, KAKENHI-PROJECT-16H05338, KAKENHI-PROJECT-16K19574, KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PROJECT-17H04990
  • [雑誌論文] Gene expression and risk of leukemic transformation in myelodysplasia2017

    • 著者名/発表者名
      Shiozawa Y, Malcovati L, Galli A, Pellagatti A, Karimi M, Sato-Otsubo A, Sato Y, Suzuki H, Yoshizato T, Yoshida K, Shiraishi Y, Chiba K, Makishima H, Boultwood J, Hellstroem-Lindberg E, Miyano S, Cazzola M, Ogawa S
    • 雑誌名

      Blood

      巻: 130(24) 号: 24 ページ: 2642-2653

    • DOI

      10.1182/blood-2017-05-783050

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-16H05338
  • [雑誌論文] Hypoxic adaptation of leukemic cells infiltrating the CNS affords a therapeutic strategy targeting VEGFA2017

    • 著者名/発表者名
      Kato Itaru、Nishinaka Yoko、Nakamura Masahiro、et al.
    • 雑誌名

      Blood

      巻: 129 号: 23 ページ: 3126-3129

    • DOI

      10.1182/blood-2016-06-721712

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K10136, KAKENHI-PROJECT-17KT0108, KAKENHI-PROJECT-17K16251, KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-15J04640, KAKENHI-PROJECT-15K06921
  • [雑誌論文] A framework for generating interactive reports for cancer genome analysis2017

    • 著者名/発表者名
      Ai Okada, Kenichi Chiba, Hiroko Tanaka, Satoru Miyano, Yuichi Shiraishi
    • 雑誌名

      The Journal of Open Source Software

      巻: 2(20) 号: 20 ページ: 457-457

    • DOI

      10.21105/joss.00457

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00398
  • [雑誌論文] Haploinsufficiency of TNFAIP3 (A20) by germline mutation is involved in autoimmune lymphoproliferative syndrome.2017

    • 著者名/発表者名
      Takagi M, Ogata S, Ueno H, Yoshida K, Yeh T, Hoshino A, Piao J, Yamashita M, Nanya M, Okano T, Kajiwara M, Kanegane H, Muramatsu H, Okuno Y, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Bando Y, Kato M, Hayashi Y, Miyano S, Imai K, Ogawa S, Kojima S, Morio T.
    • 雑誌名

      J Allergy Clin Immunol.

      巻: - 号: 6 ページ: 31286-6

    • DOI

      10.1016/j.jaci.2016.09.038

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PROJECT-26221308, KAKENHI-PROJECT-26293244, KAKENHI-PROJECT-26461570, KAKENHI-PROJECT-15K09640, KAKENHI-PROJECT-17K10099, KAKENHI-PLANNED-15H05912
  • [雑誌論文] ynamics of clonal evolution in myelodysplastic syndromes.2017

    • 著者名/発表者名
      Makishima H, et al.
    • 雑誌名

      Nat Genet.

      巻: 49 号: 2 ページ: 204-212

    • DOI

      10.1038/ng.3742

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PLANNED-26115009, KAKENHI-PROJECT-26221308, KAKENHI-PROJECT-16H05338, KAKENHI-PROJECT-15H05668, KAKENHI-PROJECT-15H05707, KAKENHI-PROJECT-16H02660, KAKENHI-PUBLICLY-15H01504
  • [雑誌論文] A comprehensive characterization of cis-acting splicing-associated variants in human cancer2017

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi, Keisuke Kataoka, Kenichi Chiba, Ai Okada, Yasunori Kogure, Hiroko Tanaka, Seishi Ogawa, Satoru Miyano
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/162560

    • オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00398
  • [雑誌論文] Whole genome sequencing discriminates hepatocellular carcinoma with intrahepatic metastasis from multi-centric tumors2017

    • 著者名/発表者名
      Furuta M, Ueno M, Fujimoto A, Hayami S, Yasukawa S, Kojima F, Arihiro K, Kawakami Y, Wardell CP, Shiraishi Y, Tanaka H, Nakano K, Maejima K, Sasaki-Oku A, Tokunaga N, Boroevich KA, Abe T, Aikata H, Ohdan H, Gotoh K, Kubo M, Tsunoda T, Miyano S, Chayama K, Yamaue H, Nakagawa H
    • 雑誌名

      J Hepatol

      巻: 66(2) 号: 2 ページ: 363-373

    • DOI

      10.1016/j.jhep.2016.09.021

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-26293308, KAKENHI-PROJECT-15K19915, KAKENHI-PROJECT-17K10675, KAKENHI-PROJECT-26430196, KAKENHI-PROJECT-15H04814
  • [雑誌論文] Clonal evolution in myelodysplastic syndromes.2017

    • 著者名/発表者名
      da Silva-Coelho P, Kroeze LI, Yoshida K, Koorenhof-Scheele TN, Knops R, van de Locht LT, de Graaf AO, Massop M, Sandmann S, Dugas M, Stevens-Kroef MJ, Cermak J, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Miyano S, de Witte T, Blijlevens NMA, Muus P, Huls G, van der Reijden BA, Ogawa S, Jansen JH.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 印刷中 号: 1 ページ: 15099-15099

    • DOI

      10.1038/ncomms15099

    • NAID

      130005163316

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15H05668, KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-26221308
  • [雑誌論文] Recurrent SPI1 (PU.1) fusions in high-risk pediatric T cell acute lymphoblastic leukemia.2017

    • 著者名/発表者名
      Seki M, Kimura S, Isobe T, Yoshida K, (13 authors), Masuda K, Kawamoto H, Ohki K, Kato M, Arakawa Y, Koh K, Hanada R, Moritake H, Akiyama M, Kobayashi R, Deguchi T, Hashii Y, Imamura T, Sato A, Kiyokawa N, Oka A, Hayashi Y, Takagi M, Manabe A, Ohara A, Horibe K, Sanada M, Iwama A, Mano H, Miyano S, Ogawa S, Takita J
    • 雑誌名

      Nature Genetics

      巻: 49 号: 8 ページ: 1274-1281

    • DOI

      10.1038/ng.3900

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K09870, KAKENHI-PROJECT-17K10130, KAKENHI-PROJECT-17K10136, KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-15H02544, KAKENHI-PROJECT-17H04224, KAKENHI-PROJECT-17H04234, KAKENHI-PROJECT-15K12139, KAKENHI-PROJECT-16K15498, KAKENHI-PROJECT-16K19574, KAKENHI-PROJECT-17K16242, KAKENHI-PROJECT-15H05707, KAKENHI-PROJECT-15H05325
  • [雑誌論文] Abnormal hematopoiesis and autoimmunity in human subjects with germline IKZF1 mutations.2017

    • 著者名/発表者名
      Hoshino A, Okada S, Yoshida K, Nishida N, Okuno Y, Ueno H, Yamashita M, Okano T, Tsumura M, Nishimura S, Sakata S, Kobayashi M, Nakamura H, Kamizono J, Mitsui-Sekinaka K, Ichimura T, Ohga S, Nakazawa Y, Takagi M, Imai K, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Miyano S, Ogawa S, Kojima S, Nonoyama S, Morio T, Kanegane H.
    • 雑誌名

      J Allergy Clin Immunol.

      巻: - 号: 1 ページ: 390-400

    • DOI

      10.1016/j.jaci.2016.09.029

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PROJECT-26221308, KAKENHI-PROJECT-26293244, KAKENHI-PROJECT-26293250, KAKENHI-PROJECT-26461570, KAKENHI-PROJECT-15K15386, KAKENHI-PROJECT-15K21189, KAKENHI-PROJECT-15K09640, KAKENHI-PROJECT-17K10099, KAKENHI-PROJECT-17K10112, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-16H05355, KAKENHI-PROJECT-16K15528
  • [雑誌論文] A novel adaptive penalized logistic regression for uncovering biomarker associated with anti-cancer drug sensitivity2017

    • 著者名/発表者名
      Park H, Shiraishi Y, Imoto S, Miyano S
    • 雑誌名

      EEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform

      巻: - 号: 4 ページ: 771-782

    • DOI

      10.1109/tcbb.2016.2561937

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912
  • [雑誌論文] Impact of genetic alterations in stem-cell transplantation for myelodysplasia and secondary acute myeloid leukemia.2017

    • 著者名/発表者名
      Yoshizato T, et. al., Sanada M, et. al., Ogawa S.
    • 雑誌名

      Blood

      巻: 129 号: 17 ページ: 2347-2358

    • DOI

      10.1182/blood-2016-12-754796

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-26115009, KAKENHI-PROJECT-16H05338, KAKENHI-PROJECT-15H05668, KAKENHI-PROJECT-15J02911, KAKENHI-PROJECT-17K16189, KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-26221308, KAKENHI-PROJECT-17H04209
  • [雑誌論文] Prognostic relevance of integrated genetic profiling in adult T-cell leukemia/lymphoma2017

    • 著者名/発表者名
      Kataoka Keisuke、Iwanaga Masako、Yasunaga Jun-ichirou、et al.
    • 雑誌名

      Blood

      巻: 131 号: 2 ページ: 215-225

    • DOI

      10.1182/blood-2017-01-761874

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K07166, KAKENHI-PROJECT-17K09931, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-16H05248, KAKENHI-PROJECT-17H04209, KAKENHI-PROJECT-16H06249, KAKENHI-PROJECT-17J05245, KAKENHI-PROJECT-15K09507, KAKENHI-PROJECT-26460554, KAKENHI-PROJECT-16H06277, KAKENHI-PROJECT-17K16189, KAKENHI-PLANNED-15H05909
  • [雑誌論文] Genomic Landscape of Esophageal Squamous Cell Carcinoma in a Japanese Population.2016

    • 著者名/発表者名
      G. Sawada (他43名, 山本21番目)
    • 雑誌名

      Gastroenterology

      巻: 150 号: 5 ページ: 1171-1182

    • DOI

      10.1053/j.gastro.2016.01.035

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K05577, KAKENHI-PROJECT-15K12139, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-24221011, KAKENHI-PROJECT-15H04921, KAKENHI-PROJECT-14J10908, KAKENHI-PROJECT-25461953, KAKENHI-PROJECT-26670608, KAKENHI-PROJECT-25730173, KAKENHI-PROJECT-26861003, KAKENHI-PROJECT-25290043, KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PROJECT-15H05791, KAKENHI-PROJECT-16H04692, KAKENHI-PROJECT-26293303, KAKENHI-PROJECT-26461994, KAKENHI-PROJECT-15K15496
  • [雑誌論文] Whole genome mutational landscape and characterization of non-coding and structural mutations in liver cancer.2016

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto A et al.
    • 雑誌名

      Nat Genet

      巻: 48 号: 5 ページ: 500-509

    • DOI

      10.1038/ng.3547

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PUBLICLY-26114721, KAKENHI-PROJECT-15H04814, KAKENHI-PROJECT-26293308, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-24221011, KAKENHI-PROJECT-15K08987, KAKENHI-PROJECT-26430196
  • [雑誌論文] Variegated RHOA mutations in adult T-cell leukemia/lymphoma2016

    • 著者名/発表者名
      Nagata Y, Kontani K, Enami T, Kataoka K, Ishii R, Totoki Y, Kataoka TR, Hirata M, Aoki K, Nakano K, Kitanaka A, Sakata-Yanagimoto M, Egami S, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Shiozawa Y, Yoshizato T, (9名), Miyano S, Nureki O, Shibata T, Haga H, Shimoda K, Katada T, Chiba S, Watanabe T, Ogawa S
    • 雑誌名

      Blood

      巻: 127 号: 5 ページ: 596-604

    • DOI

      10.1182/blood-2015-06-644948

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-26893127, KAKENHI-PROJECT-14J03784, KAKENHI-PROJECT-26650029, KAKENHI-PROJECT-26290053, KAKENHI-PROJECT-26291038, KAKENHI-PROJECT-25461407, KAKENHI-PROJECT-23229001
  • [雑誌論文] Integrated Multiregional Analysis Proposing a New Model of Colorectal Cancer Evolution.2016

    • 著者名/発表者名
      R. Uchi (他40名, 山本36番目)
    • 雑誌名

      PLoS Genetics

      巻: 12 号: 2 ページ: 1-24

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1005778

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K05577, KAKENHI-PROJECT-15K10150, KAKENHI-PROJECT-15K12139, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-15H05707, KAKENHI-PROJECT-24221011, KAKENHI-PROJECT-15H04921, KAKENHI-PROJECT-25461953, KAKENHI-PROJECT-25462038, KAKENHI-PROJECT-25462070, KAKENHI-PROJECT-25730173, KAKENHI-PROJECT-25860521, KAKENHI-PROJECT-26861003, KAKENHI-PLANNED-15H05909, KAKENHI-PROJECT-26461994, KAKENHI-PROJECT-15K19899, KAKENHI-PROJECT-15K10170, KAKENHI-PROJECT-15H05325
  • [雑誌論文] Aberrant PD-L1 expression via 3’-UTR disruption in multiple cancers.2016

    • 著者名/発表者名
      K.Kataoka, (27名) N. Minato, K.Kashiwase, K. Izutsu, A. Takaori-Kondo, Y. Miyazaki, S. Takahashi, T. Shibata, H. Kawamoto, Y. Akatsuka, K. Shimoda, K. Takeuchi, T. Seya, S. Miyano, S. Ogawa.
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 534 号: 7607 ページ: 402-406

    • DOI

      10.1038/nature18294

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-24111008, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-ORGANIZER-24111001, KAKENHI-PROJECT-26220207, KAKENHI-PROJECT-26221004, KAKENHI-PROJECT-15H04743, KAKENHI-PROJECT-15K09480, KAKENHI-PROJECT-16H06276
  • [雑誌論文] OVarCall: bayesian mutation calling method utilizing overlapping paired-end reads2016

    • 著者名/発表者名
      Moriyama T, Shiraishi Y, Chiba K, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S
    • 雑誌名

      IEEE Trans Nanobioscience

      巻: 14 号: 2 ページ: 1-6

    • DOI

      10.1109/tnb.2017.2670601

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-16H02676
  • [雑誌論文] Whole-genome mutational landscape of liver cancers displaying biliary phenotype reveals hepatitis impact and molecular diversity2015

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto A, Furuta M, Shiraishi Y, Shigemizu D, Abe T, Boroevich KA, Nakano K, Yamamoto Y, Tanaka H, Shibuya T, Shibata T, Kubo M, Chayama K, Miyano S, Tsunoda T, Nakagawa H, 他
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 6 号: 1 ページ: 6120-6120

    • DOI

      10.1038/ncomms7120

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134008, KAKENHI-PUBLICLY-25134717, KAKENHI-PUBLICLY-25134720, KAKENHI-PROJECT-25670375, KAKENHI-PUBLICLY-26114721, KAKENHI-PROJECT-26430196
  • [雑誌論文] PRPF8 defects cause missplicing in myeloid malignancies2015

    • 著者名/発表者名
      Kurtovic-Kozaric A, Przychodzen B, Singh J, Konarska MM, Clemente MJ, Otrock ZK, Nakashima M, Hsi ED, Yoshida K, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Miyano S, Ogawa S, Boultwood J, Makishima H, Maciejewski JP, Padgett RA
    • 雑誌名

      Leukemia

      巻: 29(1) ページ: 126-136

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Whole-genome mutational landscape of liver cancers displaying biliary phenotype reveals hepatitis impact and molecular diversity2015

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto A, Furuta M, Shiraishi Y, Gotoh K, Kawakami Y, Arihiro K, Nakamura T, Ueno M, Ariizumi SI, Hai Nguyen H, Shigemizu D, Abe T, Boroevich KA, Nakano K, Sasaki A, Kitada R, Maejima K, Yamamoto Y, Tanaka H, Shibuya T, Shibata T, Ojima H, Shimada K, Hayami S, Shigekawa Y, Aikata H, Ohdan H, Marubashi S, et al.
    • 雑誌名

      Nat Commun.

      巻: 6 ページ: 6120-6120

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] A Simple Model-Based Approach to Inferring and Visualizing Cancer Mutation Signatures2015

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi , Georg Tremmel, Satoru Miyano, Matthew Stephens
    • 雑誌名

      PLoS Genetics

      巻: 11(12) 号: 12 ページ: e1005657-e1005657

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1005657

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00398, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-25280105
  • [雑誌論文] Integrated molecular analysis of adult T cell leukemia/lymphoma.2015

    • 著者名/発表者名
      Kataoka K, Nagata Y, Kitanaka A, Shiraishi Y, Shimamura T, Yasunaga J, Totoki Y, Chiba K, Sato-Otsubo A, Nagae G, et al.
    • 雑誌名

      Nat Genet.

      巻: 47(11) 号: 11 ページ: 1304-15

    • DOI

      10.1038/ng.3415

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K08987, KAKENHI-PROJECT-15K09479, KAKENHI-PROJECT-15K09507, KAKENHI-PROJECT-26460554, KAKENHI-PROJECT-15K12139, KAKENHI-PLANNED-15H05912, KAKENHI-PROJECT-24221011, KAKENHI-PROJECT-25250020, KAKENHI-PROJECT-26893127, KAKENHI-PROJECT-25730173, KAKENHI-PROJECT-25860521, KAKENHI-PROJECT-25293219
  • [雑誌論文] Genomon ITDetector: A tool for somatic internal tandem duplication detection from cancer genome sequencing data. Bioinformatics2015

    • 著者名/発表者名
      Chiba K, Shiraishi Y, Nagata Y, Yoshida K, Imoto S, Ogawa S, Miyano S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 31(1) ページ: 116-118

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] High performance computing of a fusion gene detection pipeline on the K computer2015

    • 著者名/発表者名
      Ito S, Shiraishi Y, Shimamura T, Chiba K, Miyano S
    • 雑誌名

      BIBM

      巻: 2015 ページ: 1441-1447

    • DOI

      10.1109/bibm.2015.7359888

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-15H05912
  • [雑誌論文] Integrated analysis of whole genome and transcriptome sequencing reveals diverse transcriptomic aberrations driven by somatic genomic changes in liver cancers2014

    • 著者名/発表者名
      Shiraishi Y, Fujimoto A, Furuta M, Tanaka H, Chiba K, Boroevich KA, Abe T, Kawakami Y, Ueno M, Gotoh K, Ariizumi S, Shibuya T, Nakano K, Sasaki A, Maejima K, Kitada R, Hayami S, Shigekawa Y, Marubashi S, Yamada T, Kubo M, et. al.
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 9(12)

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Recurrent genetic defects on chromosome 7q in myeloid neoplasms2014

    • 著者名/発表者名
      Hosono N, Makishima H, Jerez A, Yoshida K, Przychodzen B, McMahon S, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Miyano S, Sanada M, Gomez-Segui I, Verma AK, McDevitt MA, Sekeres MA, Ogawa S, Maciejewski JP
    • 雑誌名

      Leukemia

      巻: 28(6) ページ: 1348-1351

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Landscape of genetic lesions in 944 patients with myelodysplastic syndromes2014

    • 著者名/発表者名
      Haferlach T, Nagata Y, Grossmann V, Okuno Y, Bacher U, Nagae G, Schnittger S, Sanada M, Kon A, Alpermann T, Yoshida K, Roller A, Nadarajah N, Shiraishi Y, Shiozawa Y, Chiba K, Tanaka H, Koeffler HP, Klein HU, Dugas M, Aburatani H, Kohlmann A, Miyano S, Haferlach C, Kern W, Ogawa S
    • 雑誌名

      Leukemia

      巻: 28(2) ページ: 241-247

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Tracing the development of acute myeloid leukemia in CBL syndrome2014

    • 著者名/発表者名
      Becker H, Yoshida K, Blagitko-Dorfs N, Claus R, Pantic M, Abdelkarim M, Niemoller C, Greil C, Hackanson B, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Miyano S, Dohner K, Schnittger S, Henneke P, Niemeyer CM, Flotho C, Pfeifer D, Ogawa S, Lubbert M
    • 雑誌名

      Blood

      巻: 123(12) ページ: 1883-1886

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Deep sequencing reveals stepwise mutation acquisition in paroxysmal nocturnal hemoglobinuria2014

    • 著者名/発表者名
      Shen W, Clemente MJ, Hosono N, Yoshida K, Przychodzen B, Yoshizato T, Shiraishi Y, Miyano S, Ogawa S, Maciejewski JP, Makishima H
    • 雑誌名

      J Clin Invest

      巻: 124(10) ページ: 4529-4538

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Clonal leukemic evolution in myelodysplastic syndromes with TET2 and IDH1/2 mutations2014

    • 著者名/発表者名
      Lin TL, Nagata Y, Kao HW, Sanada M, Okuno Y, Huang CF, Liang DC, Kuo MC, Lai CL, Lee EH, Shih YS, Tanaka H, Shiraishi Y, Chiba K, Lin TH, Wu JH, Miyano S, Ogawa S, Shih LY
    • 雑誌名

      Haematologica

      巻: 99(1) ページ: 28-36

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Somatic RHOA mutation in angioimmunoblastic T cell lymphoma2014

    • 著者名/発表者名
      Sakata-Yanagimoto M, Enami T, Yoshida K, Shiraishi Y, Ishii R, Miyake Y, Muto H, Tsuyama N, Sato-Otsubo A, Okuno Y, Sakata S, Kamada Y, Nakamoto-Matsubara R, et. al.
    • 雑誌名

      Nat Genet.

      巻: 46(2) ページ: 171-175

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Haploinsufficiency of Sf3b1 leads to compromised stem cell function but not to myelodysplasia2014

    • 著者名/発表者名
      Matsunawa M, Yamamoto R, Sanada M, Sato-Otsubo A, Shiozawa Y, Yoshida K, Otsu M, Shiraishi Y, Miyano S, Isono K, Koseki H, Nakauchi H, Ogawa S
    • 雑誌名

      Leukemia

      巻: 28(9) ページ: 1844-1850

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Biallelic DICER1 mutations in sporadic pleuropulmonary blastoma2014

    • 著者名/発表者名
      Seki M, Yoshida K, Shiraishi Y, Shimamura T, Sato Y, Nishimura R, Okuno Y, Chiba K, Tanaka H, Kato K, Kato M, Hanada R, Nomura Y, Park MJ, Ishida T, Oka A, Igarashi T, Miyano S, Hayashi Y, Ogawa S, Takita J
    • 雑誌名

      Cancer Res.

      巻: 74(10) ページ: 2742-2749

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Acquired initiating mutations in early hematopoietic cells of CLL patients2014

    • 著者名/発表者名
      Damm F, Mylonas E, Cosson A, Yoshida K, Della Valle V, Mouly E, Diop M, Scourzic L, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Miyano S, Kikushige Y, Davi F, Lambert J, Gautheret D, Merle-Beral H, Sutton L, Dessen P, Solary E, Akashi K, Vainchenker W, Mercher T, Droin N, Ogawa S, Nguyen-Khac F, Bernard OA
    • 雑誌名

      Cancer Discov

      巻: 4(9) ページ: 1088-1101

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Integrated analysis of whole genome and transcriptome sequencing reveals diverse transcriptomic aberrations driven by somatic genomic changes in liver cancers2014

    • 著者名/発表者名
      Shiraishi Y, Fujimoto A, Furuta M, Chayama K, Tsunoda T, Miyano S, and Nakagawa H, 他
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 9 号: 12 ページ: e114263-e114263

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0114263

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134008, KAKENHI-PUBLICLY-25134717, KAKENHI-PROJECT-25670375, KAKENHI-PROJECT-26430196, KAKENHI-PROJECT-26670383, KAKENHI-PROJECT-221S0001
  • [雑誌論文] HapMuC: somatic mutation calling using heterozygous germline variants near candidate mutations2014

    • 著者名/発表者名
      Usuyama N, Shiraishi Y, Sato Y, Kume H, Homma Y, Ogawa S, Miyano S, Imoto S
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 30(23) ページ: 3302-3309

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Recurrent somatic mutations underlie corticotropin-independent Cushing's syndrome2014

    • 著者名/発表者名
      Sato Y, Maekawa S, Ishii R, Sanada M, Morikawa T, Shiraishi Y, Yoshida K, Nagata Y, Sato-Otsubo A, Yoshizato T, Suzuki H, Shiozawa Y, Kataoka K, Kon A, Aoki K, Chiba K, Tanaka H, Kume H, Miyano S, Fukayama M, Nureki O, Homma Y, Ogawa S
    • 雑誌名

      Science

      巻: 344(6186) ページ: 917-920

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Novel recurrent mutations in the RAS-like GTP-binding gene RIT1 in myeloid malignancies2013

    • 著者名/発表者名
      Gomez-Segui I, Makishima H, Jerez A, Yoshida K, Przychodzen B, Miyano S, Shiraishi Y, Husseinzadeh HD, Guinta K, Clemente M, Hosono N, McDevitt MA, Moliterno AR, Sekeres MA, Ogawa S, Maciejewski JP.
    • 雑誌名

      Leukemia

      巻: 27(9) ページ: 1943-1946

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] ACTN1 mutations cause congenital macrothrombocytopenia2013

    • 著者名/発表者名
      Kunishima S, Okuno Y, Yoshida K, Shiraishi Y, Sanada M, Muramatsu H, Chiba K, Tanaka H, Miyazaki K, Sakai M, Ohtake M, Kobayashi R, Iguchi A, Niimi G, Otsu M, Takahashi Y, Miyano S, Saito H, Kojima S and Ogawa S.
    • 雑誌名

      American Journal of Human Genetics

      巻: 92(3) ページ: 431-438

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • [雑誌論文] The landscape of somatic mutations in Down syndrome-related myeloid disorders.2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshida K
    • 雑誌名

      Nature Genet.

      巻: 45 号: 11 ページ: 1293-1200

    • DOI

      10.1038/ng.2759

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-12J04216, KAKENHI-PLANNED-22134006, KAKENHI-PROJECT-23249052, KAKENHI-PROJECT-23390266, KAKENHI-PROJECT-23390273, KAKENHI-PROJECT-23591560, KAKENHI-PROJECT-24390242, KAKENHI-PROJECT-24390262, KAKENHI-PROJECT-24390268, KAKENHI-PROJECT-24659458, KAKENHI-PROJECT-24700272, KAKENHI-PROJECT-24791054, KAKENHI-PROJECT-25461611, KAKENHI-PROJECT-25670446, KAKENHI-PROJECT-25670482
  • [雑誌論文] Integrated molecular analysis of clear-cell renal cell carcinoma2013

    • 著者名/発表者名
      Sato Y, Yoshizato T, Shiraishi Y, Maekawa S, Okuno Y, Kamura T, Shimamura T, Sato-Otsubo A, Nagae G, Suzuki H, Nagata Y, Yoshida K, Kon A, Suzuki Y, Chiba K, Tanaka H, Niida A, Fujimoto A, Tsunoda T, Morikawa T, Maeda D, Kume H, Sugano S, Fukayama M, Aburatani H, Sanada M, Miyano S, Homma Y and Ogawa S.
    • 雑誌名

      Nature Genetics

      巻: 45(8) ページ: 860-7

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • [雑誌論文] Somatic SETBP1 mutations in myeloid malignancies2013

    • 著者名/発表者名
      Makishima H, Yoshida K, Nguyen N, Okuno Y, Ng KP, Gudmundsson KO, Vishwakarma BA, Jerez A, Gomez-Segui I, Takahashi M, Shiraishi Y, Nagata Y, Guinta K, Mori H, Sekeres MA, Chiba K, Tanaka H, Muramatsu H, Sakaguchi H, Paquette RL, McDevitt MA, Kojima S, Saunthararajah Y, Miyano S, Shih LY, Du Y, Ogawa S, Maciejewski JP.
    • 雑誌名

      Nature Genet.

      巻: 45(8) ページ: 942-946

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] An empirical Bayesian framework for somatic mutation detection from cancer genome sequencing data2013

    • 著者名/発表者名
      Shiraishi Y, Sato Y, Chiba K, Okuno Y, Nagata Y, Yoshida K, Shiba N, Hayashi Y, Kume H, Homma Y, Sanada M, Ogawa S and Miyano S.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 41(7)

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • [雑誌論文] Recurrent mutations in multiple components of the cohesin complex in myeloid neoplasms2013

    • 著者名/発表者名
      Kon A, Shih LY, Minamino M, Sanada M, Shiraishi Y, Nagata Y, Yoshida K, Okuno Y, Bando M, Nakato R, Ishikawa S, Sato-Otsubo A, Nagae G, Nishimoto A, Haferlach C, Nowak D, Sato Y, Alpermann T, Nagasaki M, Shimamura T, Tanaka H, Chiba K, Yamamoto R, Yamaguchi T, Otsu M, Obara N, Sakata-Yanagimoto M, Nakamaki T, Ishiyama K, Nolte F, Hofmann WK, Miyawaki S, Chiba S, Mori H, Nakauchi H, Koeffler HP, Aburatani H, Haferlach T, Shirahige K, Miyano S and Ogawa S.
    • 雑誌名

      Nature Genetics

      巻: 45(10) ページ: 1232-7

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • [雑誌論文] An empirical Bayesian framework for somatic mutation detection from cancer2013

    • 著者名/発表者名
      Shiraishi Y, Sato Y, Chiba K, Okuno Y, Nagata Y, Yoshida K, Shiba N, Hayashi Y, Kume H, Homma Y, Sanada M, Ogawa S, Miyano S
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 41(7)

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] BCOR and BCORL1 mutations in myelodysplastic syndromes and related disorders2013

    • 著者名/発表者名
      Damm F, Chesnais V, Nagata Y, Yoshida K, Okuno Y, Itzykson R, Sanada M, Shiraishi Y, Gelsi-Boyer V, Miyano S, Mori H, Shih LY, Park S, Dreyfus F, Rose C, Cheze S, Vey N, Legentil M, Duffourd Y, de Botton S, Preudhomme C, Birnbaum D, Bernard OA, Ogawa S, Fontenay M, Kosmider O.
    • 雑誌名

      Blood

      巻: 122(18) ページ: 3169-3177

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Exome sequencing identifies secondary mutations of SETBP1 and JAK3 in juvenile myelomonocytic leukemia2013

    • 著者名/発表者名
      Sakaguchi H, Okuno Y, Muramatsu H, Yoshida K, Shiraishi Y, Takahashi M, Kon A, Sanada M, Chiba K, Tanaka H, Makishima H, Wang X, Xu Y, Doisaki S, Hama A, Nakanishi K, Takahashi Y, Yoshida N, Maciejewski JP, Miyano S, Ogawa S and Kojima S.
    • 雑誌名

      Nature Genetics

      巻: 45(8) ページ: 937-41

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • [雑誌論文] Recurrent mutations in multiple components of the cohesin complex in myeloid neoplasms2013

    • 著者名/発表者名
      Kon A, Shih LY, Sanada M, Shiraishi Y, Okuno Y, Nagae G, Nishimoto A, Nowak D, Sato Y, Shimamura T, Tanaka H, Chiba K, Yamaguchi T, Otsu M, Obara N, Nakamaki T, Ishiyama K, Nolte F, Hofmann WK, Miyawaki S, Chiba S, Mori H, Nakauchi H, Koeffler HP, Aburatani H, Haferlach T, Shirahige K, Miyano S, Ogawa S.
    • 雑誌名

      Nature Genet.

      巻: 45(10) ページ: 1232-1237

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] An empirical Bayesian framework for somatic mutation detection from cancer genome sequencing data2013

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi
    • 雑誌名

      Nucleic Acid Research

      巻: 41 号: 7 ページ: e89-e89

    • DOI

      10.1093/nar/gkt126

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-23249052, KAKENHI-PROJECT-23591560, KAKENHI-PROJECT-24390242, KAKENHI-PROJECT-24390268, KAKENHI-PROJECT-24659458, KAKENHI-PROJECT-24700272, KAKENHI-PROJECT-25670482, KAKENHI-PLANNED-22134006
  • [雑誌論文] Integrated molecular analysis of clear-cell renal cell carcinoma2013

    • 著者名/発表者名
      Sato Y, Yoshizato T, Shiraishi Y, Maekawa S, Okuno Y, Kamura T, Shimamura T, Sato-Otsubo A, Nagae G, Suzuki H, Nagata Y, Yoshida K, Kon A, Suzuki Y, Chiba K, Tanaka H, Niida A, Fujimoto A, Tsunoda T, Morikawa T, Maeda D, Kume H, Sugano S, Fukayama M, Aburatani H, Sanada M, Miyano S, Homma Y, Ogawa S.
    • 雑誌名

      Nature Genet.

      巻: 45(8) ページ: 860-867

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Exome sequencing identifies secondary mutations of SETBP1 and JAK3 in juvenile myelomonocytic leukemia2013

    • 著者名/発表者名
      Sakaguchi H, Okuno Y, Muramatsu H, Yoshida K, Shiraishi Y, Takahashi M, Kon A, Sanada M, Chiba K, Tanaka H, Makishima H, Wang X, Xu Y, Doisaki S, Hama A, Nakanishi K, Takahashi Y, Yoshida N, Maciejewski JP, Miyano S, Ogawa S, Kojima S.
    • 雑誌名

      Nature Genet.

      巻: 45(8) ページ: 937-941

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Integrated molecular analysis of clear-cell renal cell carcinoma.2013

    • 著者名/発表者名
      Sato Y, Yoshida K
    • 雑誌名

      Nature Genet.

      巻: 45 号: 8 ページ: 860-867

    • DOI

      10.1038/ng.2699

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-12J04216, KAKENHI-PLANNED-22134008, KAKENHI-PLANNED-24112006, KAKENHI-PROJECT-24221011, KAKENHI-PROJECT-24700272, KAKENHI-PROJECT-25291023, KAKENHI-PROJECT-25670446, KAKENHI-PROJECT-25730173, KAKENHI-PROJECT-25860521
  • [雑誌論文] The landscape of somatic mutations in Down syndrome-related myeloid disorders2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshida K, Toki T, Okuno Y, Kanezaki R, Shiraishi Y, Sato-Otsubo A, Kon A, Nagata Y, Sato Y, Wang R, Shiba N, Chiba K, Tanaka H, Hama A, Hasegawa D, Nakamura K, Kanegane H, Tsukamoto K, Adachi S, Kawakami K, Kato K, Nishimura R, Izraeli S, Hayashi Y, Miyano S, Kojima S, Ito E, Ogawa S
    • 雑誌名

      Nature Genet.

      巻: 45 ページ: 1293-1299

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] The landscape of somatic mutations in Down syndrome-related myeloid disorders2013

    • 著者名/発表者名
      Yoshida K, Toki T, Okuno Y, Kanezaki R, Shiraishi Y, Sato-Otsubo A, Sanada M, Park MJ, Terui K, Suzuki H, Kon A, Nagata Y, Sato Y, Wang R, Shiba N, Chiba K, Tanaka H, Hama A, Muramatsu H, Hasegawa D, Nakamura K, Kanegane H, Tsukamoto K, Adachi S, Kawakami K, Kato K, Nishimura R, Izraeli S, Hayashi Y, Miyano S, Kojima S, Ito E, Ogawa S.
    • 雑誌名

      Nature Genetics

      巻: 45(11) ページ: 1293-9

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • [雑誌論文] Clonal selection in xenografted TAM recapitulates the evolutionary process of myeloid leukemia in Down syndrome2013

    • 著者名/発表者名
      Saida S, Watanabe K, Sato-Otsubo A, Terui K, Yoshida K, Okuno Y, Toki T, Wang RN, Shiraishi Y, Miyano S, Kato I, Morishima T, Fujino H, Umeda K, Hiramatsu H, Adachi S, Ito E, Ogawa S, Ito M, Nakahata T, Heike T.
    • 雑誌名

      Blood

      巻: 121(21) ページ: 4377-4387

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] Identification of genes up-regulated in ALK-positive and EGFR/KRAS/ALK-negative lung adenocarcinoma.2012

    • 著者名/発表者名
      後藤 典子
    • 雑誌名

      Cancer Res

      巻: 72 号: 1 ページ: 100-111

    • DOI

      10.1158/0008-5472.can-11-1403

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22130009, KAKENHI-PLANNED-22134004, KAKENHI-PROJECT-23390062
  • [雑誌論文] A rank-based statistical test for measuring synergistic effects between two gene sets2011

    • 著者名/発表者名
      Shiraishi U, Okada-Hatakeyama M, Miyano S
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 27(17) 号: 17 ページ: 2399-2405

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btr382

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004
  • [雑誌論文] ClipCrop : a tool for detecting structural variations with single-base resolution using soft-clipping information2011

    • 著者名/発表者名
      Suzuki S, Yasuda T, Shiraishi Y, Miyano S, Nagasaki M
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 12 号: S14

    • DOI

      10.1186/1471-2105-12-s14-s7

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22134004, KAKENHI-PROJECT-23650150
  • [雑誌論文] Statistical approaches for combining binary classifiers for multiclass classification2011

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi, Kenji Fukumizu
    • 雑誌名

      Neurocomputing 74

      ページ: 680-688

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700316
  • [雑誌論文] Frequent pathway mutations of splicing machinery in myelodysplasia2011

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshida
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 478 号: 7367 ページ: 64-69

    • DOI

      10.1038/nature10496

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PLANNED-22130002, KAKENHI-PLANNED-22134004, KAKENHI-PROJECT-22390191, KAKENHI-PROJECT-22659058, KAKENHI-PROJECT-22790895, KAKENHI-PLANNED-23106004, KAKENHI-PUBLICLY-23118503, KAKENHI-PROJECT-23390269, KAKENHI-PROJECT-23659482, KAKENHI-PROJECT-23659533, KAKENHI-PROJECT-23791068, KAKENHI-PROJECT-23791075
  • [雑誌論文] Statistical approaches for combining binary classifiers for multiclass classification2011

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi, Kenji Fukumizu
    • 雑誌名

      Neurocomputing

      巻: 74 ページ: 680-688

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700316
  • [雑誌論文] Frequent pathway mutations of splicing machinery in myelodysplasia2011

    • 著者名/発表者名
      Yoshida K, Sanada M, Shiraishi Y, Nowak D, Nagata Y, Yamamoto R, Sato Y, Sato-Otsubo A, Kon A, Nagasaki M, Chalkidis G, Suzuki Y, Shiosaka M, Kawahata R, Yamaguchi T, Otsu M, Obara N, Sakata-Yanagimoto M, Ishiyama K, Mori H, Nolte F, Hofmann WK, Miyawaki S, Sugano S, Haferlach C, Koeffler HP, Shih LY, Haferlach T, Chiba S, Nakauchi H, Miyano S and Ogawa S.
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 478 ページ: 64-69

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • [雑誌論文] Inferring cluster-based networks from differently stimulated multiple time-course gene expression data2010

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi, Shuhei Kimura, Mariko Okada
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 26 ページ: 1073-1081

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700316
  • [雑誌論文] Inferring cluster-based networks from differently stimulated multiple time-course gene expression data2010

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi, Shuhei Kimura, Mariko Okada
    • 雑誌名

      Bioinformatics 26

      ページ: 1073-1081

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700316
  • [学会発表] 大規模公共データを用いたスプライスサイト生成変異の網羅的探索2024

    • 著者名/発表者名
      白石 友一
    • 学会等名
      計算疾患システム生物学シンポジウム
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [学会発表] Systematic discovery of splice-site creating variants from massive publicly available transcriptome sequencing data2023

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi
    • 学会等名
      CSHL Genome Informatics Meetings
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [学会発表] 完全がんゲノム配列の再構成に向けたロングリードシークエンス解析基盤の開発2023

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      令和4年度国際がん研究シンポジウム「WGS, Long-read and Beyond」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [学会発表] Integrated whole genome and transcriptome analysis platform applied to adolescent and young adult cancers2022

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      第81回 日本癌学会学術総会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [学会発表] 高精度に構造異常を検出するための解析基盤2022

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      日本メディカルAI学会 ToMMo 共催企画サテライトシンポジウム「コホート・バイオバンクとビッグデータ解析の可能性」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [学会発表] 大規模公共トランスクリプトームレポジトリからの自律的知識獲得システム基盤2022

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      2021年度国立遺伝学研究所研究会「ゲノム医科学とバイオインフォマティクスの接点と集学研究」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [学会発表] 知識発見を加速するゲノム解析プラットフォームについて2022

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      和3年度国際がん研究シンポジウム「全ゲノム解析が変革するがん研究・がん医療」
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [学会発表] クラウドを使ったゲノム解析基盤2022

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      第11回マルチNGSオミクス解析研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [学会発表] 知識発見を加速するオミクス解析基盤2022

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      大阪大学医学系研究科バイオインフォマティクスセミナー
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [学会発表] Systematic identification of intron retention associated variants from massive publicly available transcriptome sequencing data2021

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi
    • 学会等名
      International Conference on Genomics (IGC-16)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [学会発表] Massive in-silico screening of intron retention causing variants using publicly available transcriptome sequencing data2021

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi
    • 学会等名
      nternational Caparica Conference in splicing 2021 (splicing2021)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21H03549
  • [学会発表] Splicing Junction Variant-based Naive Bayes Classifier as a Tool for Hot Spot Mutation Status Prediction in Pancancer2020

    • 著者名/発表者名
      Raul Mateos, Naoko Iida, Kenichi Chiba, Ai Okada, Yuichi Shiraishi
    • 学会等名
      79th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03327
  • [学会発表] An atlas of intron retention associated variants collected by cloud-based transcriptome analysis platform2020

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi
    • 学会等名
      3rd International Caparica Conference in Splicing 2020
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03327
  • [学会発表] Detecting genomic variants causing abnormal splicing using only transcriptome data2020

    • 著者名/発表者名
      Naoko Iida, Kenichi Chiba, Raul Mateos, Yuichi Shiraishi
    • 学会等名
      79th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03327
  • [学会発表] 大規模トランスクリプトーム解析の情報基盤2020

    • 著者名/発表者名
      白石 友一
    • 学会等名
      第2回日本メディカルAI学会学術集会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03327
  • [学会発表] 大規模トランスクリプトーム解析の情報基盤2019

    • 著者名/発表者名
      白石 友一
    • 学会等名
      第92回日本生化学会大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03327
  • [学会発表] がんゲノムにおけるスプライシング変異の網羅的な検出2018

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03327
  • [学会発表] がんゲノムにおけるスプライシング変異の網羅的な検出2018

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      第91回日本生化学会大会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03327
  • [学会発表] がんゲノム・トランスクリプトームの統合解析2018

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      2018年度統計関連学会連合大会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03327
  • [学会発表] Systematic Identification of Splicing Associated Variants toward Precision Medicine2018

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      第49回高松宮妃癌研究基金国際シンポジウム
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H03327
  • [学会発表] The landscape of splicing associated variants revealed bylarge scale whole exome and transcriptome analysis2017

    • 著者名/発表者名
      白石 友一、片岡 圭亮、千葉 健一、岡田 愛、田中 洋子、小川 誠司、宮野 悟
    • 学会等名
      第77回日本癌学会学術総会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00398
  • [学会発表] 大規模がんゲノム変異データマイニングのための統計学的手法2016

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      第五回生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-09-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00398
  • [学会発表] 大規模がんゲノム変異データマイニングのための統計学的手法2016

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      2016年度統計関連学会連合大会
    • 発表場所
      金沢
    • 年月日
      2016-09-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00398
  • [学会発表] Genomon-SVを使った大規模エキソーム解析で明らかになった構造変異の全体像2016

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      第75回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2016-10-06
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00398
  • [学会発表] がんゲノムにおける変異シグナチャーを検出する新たな統計的手法について2015

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      第74回日本癌学会総会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(愛知県名古屋市)
    • 年月日
      2015-10-08
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00398
  • [学会発表] Extraction of Latent Probabilistic Mutational Signature in Cancer Genomes2015

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi
    • 学会等名
      RECOMB-Seq/CCB-2015
    • 発表場所
      ワルシャワ、ポーランド
    • 年月日
      2015-04-10
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15K00398
  • [学会発表] An empirical Bayesian framework for somatic mutation detection from cancer genome sequencing data2014

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi
    • 学会等名
      Pacific Symposium on Biocomputing, 2014
    • 発表場所
      Hawaii, USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • [学会発表] Integrated analysis of whole genome and whole transcriptome sequencing of HBV-associated hepatocellular carcinoma2013

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      NGS現場の会、第三回研究会
    • 発表場所
      神戸
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • [学会発表] Integrated analysis of whole genome and whole transcriptome sequencing of HBV-associated hepatocellular carcinoma2013

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi
    • 学会等名
      COLD SPRING HARBOR ASIA CONFERENCES Frontiers in Bioinformatics, 2013
    • 発表場所
      Suzhou, China
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • [学会発表] Integrated analysis of whole genome and whole transcriptome sequencing of HBV-associated hepatocellular carcinoma2013

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi
    • 学会等名
      COLD SPRING HARBOR CONFERENCES, The Biology of Genomes, 2013
    • 発表場所
      COLD SPRING HARBOR, USA
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • [学会発表] An empirical Bayesian framework for somatic mutation detection from cancer genome sequencing data2013

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi
    • 学会等名
      Mutation Detection 2013
    • 発表場所
      Lake Louise, Canada
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • [学会発表] An empirical Bayesian framework for somatic mutation detection from cancer genome sequencing data2013

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi
    • 学会等名
      Clinical Genomics & Informatics Europe conference & expo, 2013
    • 発表場所
      Lisbon, Portugal
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • [学会発表] A rank-based statistical test for measuring synergistic effects between two gene sets2010

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会合同大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2010-12-10
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700316
  • [学会発表] Predicting regulatory networks from large scale time-course microarray data under several stimulation conditions on MCF-7 cells2010

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      9th European Conference on Computational Biology
    • 発表場所
      Ghent, Belgium
    • 年月日
      2010-09-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700316
  • [学会発表] Arank-based statistical test for measuring synergistic effects between two gene sets2010

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会合同大会
    • 発表場所
      神戸・神戸ポートアイランド
    • 年月日
      2010-12-10
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700316
  • [学会発表] Predicting regulatory networks from large scale time-course microarray data under several stimulation conditions on MCF-7 cells2010

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi
    • 学会等名
      9th European Conference on Computational Biology
    • 発表場所
      Ghent, Belgium.
    • 年月日
      2010-09-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700316
  • [学会発表] Inferring cluster-based networks from differently stimulated multiple time-course gene expression data2009

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      17th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
    • 発表場所
      Stockholm, Sweden
    • 年月日
      2009-06-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700316
  • [学会発表] Inferring cluster-based networks from differently stimulated multiple time-course gene expression data2009

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi
    • 学会等名
      17th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
    • 発表場所
      Stockholm, Sweden.
    • 年月日
      2009-06-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700316
  • [学会発表] Inferring cluster-based networks from differently stimulated multiple time-course gene expression data2009

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      2009年度統計関連学会連合大会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-09-07
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700316
  • [学会発表] Statistical approaches for combining binary classifiers for multiclass classification2009

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      2009年度統計関連学会連合大会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-09-08
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700316
  • [学会発表] An empirical Bayesian framework for mutation detection from cancer genome sequencing data

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Shiraishi, Yusuke Sato, Yusuke Okuno, Kenichi Yoshida, Yasunobu Nagata, Masashi Sanda, Seishi Ogawa, Satoru Miyano
    • 学会等名
      2012 Sapporo Workshop on Machine Learning and Applications to Biology
    • 発表場所
      札幌
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • [学会発表] がんの病態,発病機序を理解するためのゲノム解析

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      第15回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2012)
    • 発表場所
      東京
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • [学会発表] 第12回日本再生医療学会総会

    • 著者名/発表者名
      白石友一
    • 学会等名
      がんゲノムにおける後天的変異を高感度に検出するための統計的手法について
    • 発表場所
      横浜
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24700272
  • 1.  島村 徹平 (00623943)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 5件
  • 2.  宮野 悟 (50128104)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 32件
  • 3.  井元 清哉 (10345027)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 12件
  • 4.  山口 類 (90380675)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 3件
  • 5.  玉田 嘉紀 (80435495)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 6.  片岡 圭亮 (90631383)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 7.  PARK HEEWON (70756642)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 1件
  • 8.  光石 陽一郎 (10647001)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 9.  高橋 和久 (80245711)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 10.  長崎 正朗 (90396862)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 11.  樋口 知之 (70202273)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 12.  茅野 光範 (20590095)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 13.  後藤 典子 (10251448)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 14.  中川 英刀 (50361621)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 15.  藤本 明洋 (30525853)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 4件
  • 16.  古田 繭子 (00647183)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 17.  大澤 毅 (50567592)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 18.  神吉 康晴 (00534869)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 19.  岡田 随象 (70727411)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 20.  新井田 厚司 (00772493)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 21.  片山 琴絵 (40581195)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 22.  張 耀中 (60817138)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 23.  細道 一善 (50420948)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 24.  林 大久生 (70569128)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 25.  飯田 直子 (40360557)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 26.  吉見 昭秀 (80609016)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 27.  小川 誠司 (60292900)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 8件
  • 28.  西川 博嘉 (10444431)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 29.  佐藤 俊朗 (70365245)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 30.  塩谷 文章 (10627665)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 31.  小林 祥久 (30734628)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 32.  田島 健 (50384102)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 33.  南谷 泰仁
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 34.  真田 昌
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 35.  山本 健
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 36.  角田 達彦
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 37.  宮 冬樹
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 38.  川井 章
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 39.  平田 真
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 40.  吉田 朗彦
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 41.  野口 玲
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 42.  江藤 浩之
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 43.  牧島 秀樹
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 2件
  • 44.  鈴木 絢子
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 45.  河野 隆志
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 46.  永江 玄太
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 47.  吉田 健一
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 48.  坂田 征士
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 49.  増田 喬子
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 50.  山田 茉未子
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 51.  清井 仁
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 52.  佐藤 悠佑
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 53.  安原 崇哲
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 54.  湊 長博
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 55.  熊郷 淳
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 56.  安永 純一朗
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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