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阿久津 達也  Akutsu Tatsuya

ORCIDORCID連携する *注記
研究者番号 90261859
その他のID
外部サイト
所属 (現在) 2025年度: 京都大学, 化学研究所, 教授
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記 2001年度 – 2024年度: 京都大学, 化学研究所, 教授
2007年度: 京都大学, 京都大学・化学研究所, 教授
1997年度 – 2000年度: 東京大学, 医科学研究所, 助教授
1995年度: 群馬大学, 工学部, 助教授
審査区分/研究分野
研究代表者
生命・健康・医療情報学 / 中区分61:人間情報学およびその関連分野 / 感性情報学・ソフトコンピューティング / 生体生命情報学 / 計算機科学 / 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連 / 中区分62:応用情報学およびその関連分野 / ソフトコンピューティング / 知能情報学 / 知能情報学 / 生物系 … もっと見る
研究代表者以外
… もっと見る 生物系 / 知能情報学 / 生体生命情報学 隠す
キーワード
研究代表者
ブーリアンネットワーク / 特徴ベクトル / カーネル法 / 遺伝子ネットワーク / 木構造 / 化学構造 / ケモインフォマティクス / バイオインフォマティクス / ニューラルネットワーク / 編集距離 … もっと見る / グラフアルゴリズム / 生物情報ネットワーク / スケールフリーネットワーク / 代謝ネットワーク / アルゴリズム / パターンマッチング / ReLU関数 / 自己符号化器 / 深層学習 / 整数計画法 / 逆問題 / モチーフ抽出 / 最大共通部分点集合 / サポートベクタマシン / 最小支配集合 / 構造的可制御性 / 構造列挙 / オイラー文字列 / 外平面的グラフ / 立体異性体 / タンパク質立体構造 / グラフ理論 / サポートベクターマシン / 遺伝子発現 / 電気泳動 / 遺伝子進化 / 遺伝子変異 / 遺伝子発現量 / タンパク質相互作用ネットワーク / 汎がんモジュール / Machine learning, / Data fusion / Protein cleavage / bioinformatics / data fution / protease / caspase / 離散原像問題 / 多層ネットワーク / 定常状態制御 / 生体ネットワーク / 生成AI / subcellular location prediction / chemical structure / support vector machine / kernel method / Euler string / edit distance / triangle inequality / sequence alignment / 糖鎖 / 位置特異的スコア行列 / フランス / 国際情報交換 / タンパク質細胞内局在部位予測 / グラフカーネル / タンパク質配列 / クラスタリング / 平面的グラフ / 細胞内局在部位予測 / 三角不等式 / 配列アラインメント / Local alignment / Position specific score matrix / Kernel method / Algorithms / Sequence motif / Pattern matching / Bioinformatics / ローカルサーチ / 相対エントロピー / GIBBSサンプリング / 構造アライメント / スポットマッチング / 最大クリーク / 近似マッチング / 合同性判定 / 点集合 / ホモロジー検索 / ローカルアライメント / 局所アライメント / 位置依存スコア行列 / 配列モチーフ / ロバストネス / 複雑ネットワーク / グラフ列挙 / ヶモインフォマティクス / Canalyzing関数 / NP完全 / アトラクター / 制御 / 確率ブーリアンネットワーク / 線形離散時間システム / 代謝流束解析 / 制御理論 / 複雑生体ネットワーク / 構造比較 / ベンゼン環 / 異性体 / 画像圧縮 / Eulerツアー / グラフ構造 / 無順序木 / データ圧縮 / 生体構造 / 文字列圧縮 / 発生 / 文脈自由文法 / 複雑系 / 文法圧縮 / グラフ文法 / L-system / 外平面グラフ / 光学異性体 / 構造活性相関 / RNA二次構造 / 動的計画法 / 列挙アルゴリズム / 遺伝子間相互作用 / べき乗則 / システム生物学 / 概日リズム / ネットワーク定常状態 / オペロン / 遺伝子発現データ / 神経細胞 / 形態形成 / 緑膿菌 / 進化動力学モデル / スケールフリー / 大規模進化動力学モデル / タンパク質ドメイン / タンパク質相互作用 / DNAマイクロアレイ / 幾何マッチング / 計算幾何学 … もっと見る
研究代表者以外
データベース / アルゴリズム / 遺伝子ネットワーク / Bioinformatics / siRNA / バイオインフォマティクス / ゲノム情報 / ゲノム / データマイニング / 知識発見 / 学習 / Database / 分子間相互作用 / タンパク質立体構造予測 / simulation / pathway modeling / protein-RNA interaction prediction / protein-protein interaction / gene network / protein network / パスウェイシミュレーション / マイクロアレイ解析 / タンパク質相互作用 / シミュレーション / パスウェイモデリング / タンパク質-RNA相互作用予測 / タンパク質相互作用情報 / タンパク質ネットワーク / Computational learning / Systems biology / Hybrid Petri net / Microarray / Boolean network / Qualitative network / Knowledge discovery / Gene network / ブーリアンネットワーク / システムバイオロジー / ハイブリッドペトリネット / マイクロアレイ / ブーリンアンネットワーク / 質的ネットワーク / Network topology / GRID / Reaction network / Molecular interaction / Algorithm / Ontology / マイクロアレイ発現データ / 知識抽出 / ゲノムデータベース / 相関ルール発見手法 / リンク情報 / アミノ酸配列類似度データ / 経路探索 / 相関クラスタ / グラフ比較 / 酵素反応 / 分子生物学データベース / グリッドコンピューティング / タンパク質間相互作用予測 / 文献からの知識抽出 / 統合データベース / グラフトポロジー / 糖鎖構造データベース / 化合物構造比較 / ネットワークトポロジー / グリッド / 反応ネットワーク / オントロジー / Image Processing of Micrographs / Phenome / Comparative Genomics / Transcription Start Site Analysis / Genome Sequencing / アミノ酸モチーフ / アラインメント / ヒトゲノム / オリゴマ設計 / DNAチップ / ゲノム解析ソフトウエア / ゲノム配列解読 / 遺伝子発現量解析 / RNAi / ゲノムアノテーション / 遺伝子予測 / 顕微鏡画像解析 / フェノーム / 表現型 / 比較ゲノム / 転写開始点 / ゲノム解読 / genome / entropy / computational complexity / data mining / pattern matching algorithm / knowledge discovery / learning / binary decision diagram / データマインイング / 情報量 / 計算量 / パターンマッチングアルゴリズム / 二分決定グラフ / Genetic diseases / Pathway / Molecular interactions / Network / Protein structure prediction / Gene function prediction / Genome analysis / 配列解析 / 遺伝子疾患 / パスウェイ / ネットワーク / 遺伝子機能予測 / ゲノム解析 / fault-tolerant / synchronization / communication / device / semi-conductor / computer / algorithm / distribution / parallel / デバイスシミュレーション / 遺伝情報解析 / AND-EXOR論理式 / VLSIレイアウト / 耐故障性 / 並列・分散アルゴリズム / 並列オペレーティングシステム / 並列・分散処理 / 同期 / 通信 / デバイス / 半導体 / 計算機 / 分散 / 並列 隠す
  • 研究課題

    (23件)
  • 研究成果

    (398件)
  • 共同研究者

    (53人)
  •  一細胞遺伝子発現データを用いた細胞個別化制御手法研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2023 – 2025
    • 研究種目
      特別研究員奨励費
    • 審査区分
      小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
    • 研究機関
      京都大学
  •  複数生体ネットワークの定常状態の解析と制御研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2024
    • 研究種目
      挑戦的研究(萌芽)
    • 審査区分
      中区分62:応用情報学およびその関連分野
    • 研究機関
      京都大学
  •  離散原像問題の深化と展開研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2022 – 2026
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 審査区分
      中区分61:人間情報学およびその関連分野
    • 研究機関
      京都大学
  •  離散原像問題の解析と応用研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2018 – 2022
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 審査区分
      中区分61:人間情報学およびその関連分野
    • 研究機関
      京都大学
  •  汎がんモジュールとネットワーク解析による制御部分ネットワークの同定研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2017 – 2019
    • 研究種目
      特別研究員奨励費
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      京都大学
  •  データ融合によるタンパク質切断解析および疾患との関連性発見研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2015 – 2016
    • 研究種目
      特別研究員奨励費
    • 研究分野
      生命・健康・医療情報学
    • 研究機関
      京都大学
  •  離散的手法と統計的手法の融合による構造設計法研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2014 – 2018
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 研究分野
      知能情報学
    • 研究機関
      京都大学
  •  複雑ネットワークに対する構造的に頑健な制御手法研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2014 – 2017
    • 研究種目
      挑戦的萌芽研究
    • 研究分野
      ソフトコンピューティング
    • 研究機関
      京都大学
  •  離散的手法とカーネル法の融合による構造設計法研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2014
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 研究分野
      知能情報学
    • 研究機関
      京都大学
  •  複雑生体ネットワークの離散モデルに基づく制御研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2010 – 2012
    • 研究種目
      挑戦的萌芽研究
    • 研究分野
      感性情報学・ソフトコンピューティング
    • 研究機関
      京都大学
  •  グラフ理論とカーネル法の融合による化学構造設計法研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2007 – 2009
    • 研究種目
      基盤研究(A)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      京都大学
  •  複雑生体構造のデータ圧縮を通じた発生原理の解明研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2007 – 2009
    • 研究種目
      挑戦的萌芽研究
    • 研究分野
      感性情報学・ソフトコンピューティング
    • 研究機関
      京都大学
  •  生物情報ネットワークの構造および動的挙動の数理解析研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2005 – 2009
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      京都大学
  •  構造を持つ生物情報データからの共通パターン抽出法研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2004 – 2006
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      京都大学
  •  プロテオーム解析データからの知識発見に関する情報科学的基礎付け

    • 研究代表者
      宮野 悟
    • 研究期間 (年度)
      2003 – 2005
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      生体生命情報学
    • 研究機関
      東京大学
  •  バイオインフォマティクスのための共通パターン抽出アルゴリズムの研究研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      2001 – 2003
    • 研究種目
      基盤研究(C)
    • 研究分野
      計算機科学
    • 研究機関
      京都大学
  •  ゲノム統合データベースからの知識発見

    • 研究代表者
      森下 真一
    • 研究期間 (年度)
      2000 – 2004
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      東京大学
  •  高度データベースの構築と検索

    • 研究代表者
      五斗 進
    • 研究期間 (年度)
      2000 – 2004
    • 研究種目
      特定領域研究
    • 審査区分
      生物系
    • 研究機関
      京都大学
  •  cDNAマイクロアレイデータからの知識発見に関する情報科学的基礎付け

    • 研究代表者
      宮野 悟
    • 研究期間 (年度)
      2000 – 2002
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      知能情報学
    • 研究機関
      東京大学
  •  非線形の歪みに対応可能な幾何図形のマッチング・アルゴリズム研究代表者

    • 研究代表者
      阿久津 達也
    • 研究期間 (年度)
      1998 – 1999
    • 研究種目
      奨励研究(A)
    • 研究分野
      計算機科学
    • 研究機関
      東京大学
  •  二分決定グラフを知識表現に用いたデータマイニングシステムの開発

    • 研究代表者
      宮野 悟
    • 研究期間 (年度)
      1997 – 1999
    • 研究種目
      基盤研究(B)
    • 研究分野
      知能情報学
    • 研究機関
      東京大学
  •  ゲノムの生物知識情報

    • 研究代表者
      金久 實
    • 研究期間 (年度)
      1996 – 2000
    • 研究種目
      特定領域研究(A)
    • 研究機関
      京都大学
  •  並列及び分散計算とその応用

    • 研究代表者
      五十嵐 善英
    • 研究期間 (年度)
      1995 – 1996
    • 研究種目
      国際学術研究
    • 研究機関
      群馬大学

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すべて 雑誌論文 学会発表 図書

  • [図書] 複雑ネットワークと制御理論2023

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也、ホセ・ナチェル
    • 総ページ数
      216
    • 出版者
      森北出版
    • ISBN
      9784627818811
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K19830
  • [図書] バイオインフォマティクス, Python による実践レシピ2020

    • 著者名/発表者名
      Antao,T. (著)、阿久津 達也、竹本和広 (訳)
    • 総ページ数
      320
    • 出版者
      朝倉書店
    • ISBN
      9784254122541
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [図書] Algorithms for Analysis, Inference, and Control of Boolean Networks2018

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu
    • 総ページ数
      228
    • 出版者
      World Scientific
    • ISBN
      9789813233423
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [図書] バイオインフォマティクスの数理とアルゴリズム2007

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 総ページ数
      223
    • 出版者
      共立出版
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [図書] バイオインフォマティクスの数理とアルゴリズム2007

    • 著者名/発表者名
      阿久津 達也
    • 総ページ数
      223
    • 出版者
      共立出版
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [図書] バイオインフォマティクス-配列データ解析と構造予測-2007

    • 著者名/発表者名
      丸山修、阿久津達也
    • 総ページ数
      190
    • 出版者
      朝倉書店
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [図書] 朝倉書店2007

    • 著者名/発表者名
      丸山修, 阿久津達也
    • 総ページ数
      190
    • 出版者
      バイオインフォマティクス-配列データ解析と構造予測-
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [図書] バイオインフォマティクスの数理とアルゴリズム2007

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 総ページ数
      223
    • 出版者
      共立出版
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [図書] 共立出版2007

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 総ページ数
      223
    • 出版者
      バイオインフォマティクスの数理とアルゴリズム
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [図書] 遺伝子発現情報解析のための数理モデルとアルゴリズム2003

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 総ページ数
      36
    • 出版者
      (財)国際高等研究所
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] DiCleave: a deep learning model for predicting human Dicer cleavage sites2024

    • 著者名/発表者名
      Mu Lixuan、Song Jiangning、Akutsu Tatsuya、Mori Tomoya
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 25 号: 1 ページ: 13-13

    • DOI

      10.1186/s12859-024-05638-4

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K19830, KAKENHI-PROJECT-22H00532
  • [雑誌論文] Measuring criticality in control of complex biological networks2024

    • 著者名/発表者名
      Someya Wataru、Akutsu Tatsuya、Schwartz Jean-Marc、Nacher Jose C.
    • 雑誌名

      npj Systems Biology and Applications

      巻: 10(1) 号: 1 ページ: 9-9

    • DOI

      10.1038/s41540-024-00333-9

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K19830, KAKENHI-PROJECT-22H00532
  • [雑誌論文] Multi-shelled ECIF: improved extended connectivity interaction features for accurate binding affinity prediction2023

    • 著者名/発表者名
      Shiota Koji、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Bioinformatics Advances

      巻: 3(1) 号: 1

    • DOI

      10.1093/bioadv/vbad155

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K19830, KAKENHI-PROJECT-22H00532
  • [雑誌論文] eSPRESSO: topological clustering of single-cell transcriptomics data to reveal informative genes for spatio-temporal architectures of cells2023

    • 著者名/発表者名
      Mori Tomoya、Takase Toshiro、Lan Kuan-Chun、Yamane Junko、Alev Cantas、Kimura Azuma、Osafune Kenji、Yamashita Jun K.、Akutsu Tatsuya、Kitano Hiroaki、Fujibuchi Wataru
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 24 号: 1 ページ: 252-252

    • DOI

      10.1186/s12859-023-05355-4

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K19830, KAKENHI-PROJECT-22H00532
  • [雑誌論文] Common Attractors in Multiple Boolean Networks2023

    • 著者名/発表者名
      Cao Yu、Pi Wenya、Lin Chun-Yu、M?nzner Ulrike、Ohtomo Masahiro、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: 20 号: 5 ページ: 2862-2873

    • DOI

      10.1109/tcbb.2023.3268795

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K19830
  • [雑誌論文] Identification of periodic attractors in Boolean networks using a priori information2022

    • 著者名/発表者名
      Munzner Ulrike、Mori Tomoya、Krantz Marcus、Klipp Edda、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      PLOS Computational Biology

      巻: 18 号: 1 ページ: e1009702-e1009702

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1009702

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] A novel graph convolutional neural network for predicting interaction sites on protein kinase inhibitors in phosphorylation2022

    • 著者名/発表者名
      Wang Feiqi、Chen Yun-Ti、Yang Jinn-Moon、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 号: 1 ページ: 229-229

    • DOI

      10.1038/s41598-021-04230-7

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] A Method for Molecular Design Based on Linear Regression and Integer Programming2022

    • 著者名/発表者名
      Zhu Jianshen、Azam Naveed A.、Haraguchi Kazuya、Zhao Liang、Nagamochi Hiroshi、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Proc. 12th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics

      巻: N/A ページ: 21-28

    • DOI

      10.1145/3510427.3510431

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] Adjustive Linear Regression and Its Application to the Inverse QSAR2022

    • 著者名/発表者名
      Zhu Jianshen、Haraguchi Kazuya、Nagamochi Hiroshi、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Proc. 15th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies - BIOINFORMATICS

      巻: N/A ページ: 144-151

    • DOI

      10.5220/0010853700003123

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] On the Complexity of Tree Edit Distance with Variables2022

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu, Tomoya Mori, Naotoshi Nakamura, Satoshi Kozawa, Yuhei Ueno, Thomas N. Sato
    • 雑誌名

      Proceedings of 33rd International Symposium on Algorithms and Computation

      巻: LIPIcs 248

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K19830
  • [雑誌論文] MSNet-4mC: learning effective multi-scale representations for identifying DNA N4-methylcytosine sites2022

    • 著者名/発表者名
      Liu Chunting、Song Jiangning、Ogata Hiroyuki、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 38 号: 23 ページ: 5160-5167

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btac671

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22H00532
  • [雑誌論文] Densest subgraph-based methods for protein-protein interaction hot spot prediction2022

    • 著者名/発表者名
      Li Ruiming、Lee Jung-Yu、Yang Jinn-Moon、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 23 号: 1

    • DOI

      10.1186/s12859-022-04996-1

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22H00532
  • [雑誌論文] An Improved Integer Programming Formulation for Inferring Chemical Compounds with Prescribed Topological Structures2021

    • 著者名/発表者名
      Zhu Jianshen、Azam Naveed Ahmed、Haraguchi Kazuya、Zhao Liang、Nagamochi Hiroshi、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: 12798 ページ: 197-209

    • DOI

      10.1007/978-3-030-79457-6_17

    • ISBN
      9783030794569, 9783030794576
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] Molecular Design Based on Artificial Neural Networks, Integer Programming and Grid Neighbor Search2021

    • 著者名/発表者名
      Azam Naveed Ahmed、Zhu Jianshen、Haraguchi Kazuya、Zhao Liang、Nagamochi Hiroshi、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Proc. 2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine

      巻: N/A ページ: 360-363

    • DOI

      10.1109/bibm52615.2021.9669710

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] A novel method for inference of acyclic chemical compounds with bounded branch-height based on artificial neural networks and integer programming2021

    • 著者名/発表者名
      Azam Naveed Ahmed、Zhu Jianshen、Sun Yanming、Shi Yu、Shurbevski Aleksandar、Zhao Liang、Nagamochi Hiroshi、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Algorithms for Molecular Biology

      巻: 16 号: 1 ページ: 18-18

    • DOI

      10.1186/s13015-021-00197-2

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113, KAKENHI-PROJECT-20K11691
  • [雑誌論文] Probabilistic Critical Controllability Analysis of Protein Interaction Networks Integrating Normal Brain Ageing Gene Expression Profiles2021

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Eimi、Akutsu Tatsuya、Nacher Jose C.
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 22 号: 18 ページ: 9891-9891

    • DOI

      10.3390/ijms22189891

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113, KAKENHI-PROJECT-18K11535
  • [雑誌論文] Discrimination of attractors with noisy nodes in Boolean networks2021

    • 著者名/発表者名
      Cheng Xiaoqing、Ching Wai-Ki、Guo Sini、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Automatica

      巻: 130 ページ: 109630-109630

    • DOI

      10.1016/j.automatica.2021.109630

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] Uncovering and classifying the role of driven nodes in control of complex networks2021

    • 著者名/発表者名
      Yuma Shinzawa, Tatsuya Akutsu and Jose C. Nacher
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 9627-9627

    • DOI

      10.1038/s41598-021-88295-4

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K11535, KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] An Inverse QSAR Method Based on a Two-Layered Model and Integer Programming2021

    • 著者名/発表者名
      Shi Yu、Zhu Jianshen、Azam Naveed Ahmed、Haraguchi Kazuya、Zhao Liang、Nagamochi Hiroshi、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 22 号: 6 ページ: 2847-2847

    • DOI

      10.3390/ijms22062847

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K04978, KAKENHI-PROJECT-20K11691, KAKENHI-PROJECT-18J23484, KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] ReCGBM: a gradient boosting-based method for predicting human dicer cleavage sites2021

    • 著者名/発表者名
      Liu Pengyu、Song Jiangning、Lin Chun-Yu、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 22 号: 1 ページ: 63-63

    • DOI

      10.1186/s12859-021-03993-0

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] An Inverse QSAR Method Based on Decision Tree and Integer Programming2021

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Kouki、Zhu Jianshen、Azam Naveed Ahmed、Haraguchi Kazuya、Zhao Liang、Nagamochi Hiroshi、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: 12837 ページ: 628-644

    • DOI

      10.1007/978-3-030-84529-2_53

    • ISBN
      9783030845285, 9783030845292
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] 機械学習QSARの整数計画法に基づく逆解析法2021

    • 著者名/発表者名
      NAGAMOCHI Hiroshi、ZHU Jianshen、AZAM Naveed Ahmed、HARAGUCHI Kazuya、ZHAO Liang、AKUTSU Tatsuya
    • 雑誌名

      Journal of Computer Chemistry, Japan

      巻: 20 号: 3 ページ: 106-111

    • DOI

      10.2477/jccj.2021-0030

    • NAID

      130008130265

    • ISSN
      1347-1767, 1347-3824
    • 言語
      英語
    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113, KAKENHI-PROJECT-20K11691
  • [雑誌論文] Weighted minimum feedback vertex sets and implementation in human cancer genes detection2021

    • 著者名/発表者名
      Li Ruiming、Lin Chun-Yu、Guo Wei-Feng、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 22 号: 1 ページ: 143-143

    • DOI

      10.1186/s12859-021-04062-2

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] A New Integer Linear Programming Formulation to the Inverse QSAR/QSPR for Acyclic Chemical Compounds Using Skeleton Trees2020

    • 著者名/発表者名
      Zhang Fan、Zhu Jianshen、Chiewvanichakorn Rachaya、Shurbevski Aleksandar、Nagamochi Hiroshi、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: 12114 ページ: 433-444

    • DOI

      10.1007/978-3-030-55789-8_38

    • NAID

      120006893967

    • ISBN
      9783030557881, 9783030557898
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] Extracting boolean and probabilistic rules from trained neural networks2020

    • 著者名/発表者名
      Liu Pengyu、Melkman Avraham A.、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Neural Networks

      巻: 126 ページ: 300-311

    • DOI

      10.1016/j.neunet.2020.03.024

    • NAID

      120006936364

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] A novel method for inference of chemical compounds of cycle index two with desired properties based on artificial neural networks and integer programming2020

    • 著者名/発表者名
      Jianshen Zhu, Chenxi Wang, Aleksandar Shurbevski, Hiroshi Nagamochi,Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      Algorithms

      巻: 13 号: 5 ページ: 124-124

    • DOI

      10.3390/a13050124

    • NAID

      120006993972

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-20K11691, KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] Comparison of Pseudoknotted RNA Secondary Structures by Topological Centroid Identification and Tree Edit Distance2020

    • 著者名/発表者名
      Wang Feiqi、Akutsu Tatsuya、Mori Tomoya
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology

      巻: 27 号: 9 ページ: 1443-1451

    • DOI

      10.1089/cmb.2019.0512

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] Probabilistic controllability approach to metabolic fluxes in normal and cancer tissues2019

    • 著者名/発表者名
      Jean-Marc Schwartz, Hiroaki Otokuni, Tatsuya Akutsu and Jose C. Nacher
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 10 号: 1 ページ: 2725-2725

    • DOI

      10.1038/s41467-019-10616-z

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K11535, KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] On the Number of Driver Nodes for Controlling a Boolean Network when the Targets are Restricted to Attractors2019

    • 著者名/発表者名
      Wenpin Hou, Peying Ruan, Wai-Ki. Ching, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biolog

      巻: 463 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2018.12.012

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] Deep learning with evolutionary and genomic profiles for identifying cancer subtypes2019

    • 著者名/発表者名
      C-Y. Lin, P. Ruan, R. Li, J-M. Yang, S. See, J. Song, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: 17 号: 03 ページ: 1940005-1940005

    • DOI

      10.1142/s0219720019400055

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113, KAKENHI-PROJECT-17F17353
  • [雑誌論文] Identification of the structure of a probabilistic Boolean network from samples including frequencies of outcomes2019

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, A. A. Melkman
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems

      巻: 30 号: 8 ページ: 2383-2396

    • DOI

      10.1109/tnnls.2018.2884454

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] Resource Cut, a New Bounding Procedure to Algorithms for Enumerating Tree-Like Chemical Graphs2019

    • 著者名/発表者名
      Yuhei Nishiyama, Aleksandar Shurbevski , Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: 16 号: 1 ページ: 77-90

    • DOI

      10.1109/tcbb.2018.2832061

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113, KAKENHI-PROJECT-17K00014
  • [雑誌論文] Convolutional neural network approach to lung cancer classification integrating protein interaction network and gene expression profiles2019

    • 著者名/発表者名
      Teppei Matsubara, Tomoshiro Ochiai, Morihiro Hayashida, Tatsuya Akutsu and Jose C. Nacher
    • 雑誌名

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: 17 号: 03 ページ: 1940007-1940007

    • DOI

      10.1142/s0219720019400079

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18K11535, KAKENHI-PROJECT-18H04113, KAKENHI-PROJECT-15K01200, KAKENHI-PROJECT-16K00392
  • [雑誌論文] Deep Learning with Evolutionary and Genomic Profiles for Identifying Cancer Subtypes2018

    • 著者名/発表者名
      Lin, C. Y., Ruan, P. Y., Li, R. M., Yang, J. M., See S., and Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Proc. IEEE 18th International Conference on BioInformatics and BioEngineering

      巻: N/A ページ: 147-150

    • DOI

      10.1109/bibe.2018.00035

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17F17353
  • [雑誌論文] PROSPERous: high-throughput prediction of substrate cleavage sites for 90 proteases with improved accuracy2018

    • 著者名/発表者名
      J. Song, F. Li, A. Leier, T. T. Marquez-Lago. T. Akutsu, G. Haffari, K-C. Chou, G. I. Webb and R. N. Pike
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 34 号: 4 ページ: 684-687

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btx670

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [雑誌論文] Identifying a Probabilistic Boolean Threshold Network From Samples2018

    • 著者名/発表者名
      Avraham A. Melkman, Xiaoqing Cheng, Wai-Ki Ching, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems

      巻: 29 号: 4 ページ: 869-881

    • DOI

      10.1109/tnnls.2017.2648039

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] Euler string-based compression of tree-structured data and its application to analysis of RNAs2018

    • 著者名/発表者名
      L. Liu, T. Mori, Y. Zhao, M. Hayashida and T. Akutsu
    • 雑誌名

      Current Bioinformatics

      巻: 13 号: 1 ページ: 25-33

    • DOI

      10.2174/1574893611666160608102231

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
  • [雑誌論文] Improving prediction of heterodimeric protein complexes using combination with pairwise kernel2018

    • 著者名/発表者名
      Ruan Peiying、Hayashida Morihiro、Akutsu Tatsuya、Vert Jean-Philippe
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 19 号: S1 ページ: 39-39

    • DOI

      10.1186/s12859-018-2017-5

    • NAID

      120006537092

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00392, KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
  • [雑誌論文] Enumerating Substituted Benzene Isomers of Tree-Like Chemical Graphs2018

    • 著者名/発表者名
      J. Li, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Trans. Comput. Biology Bioinform.

      巻: 15(2) 号: 2 ページ: 633-646

    • DOI

      10.1109/tcbb.2016.2628888

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17K00014, KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [雑誌論文] PREvaIL, an integrative approach for inferring catalytic residues using sequence, structural, and network features in a machine-learning framework2018

    • 著者名/発表者名
      J. Song, F. Li, K. Takemoto, G. HaHaffari, T. Akutsu, K-C. Chou, and G. I. Webb
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 443 ページ: 125-137

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2018.01.023

    • NAID

      120007026466

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-17H04703
  • [雑誌論文] Determining the minimum number of protein-protein interactions required to support known protein complexes2018

    • 著者名/発表者名
      Natsu Nakajima, Morihiro Hayashida, Jesper Jansson, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 13 号: 4 ページ: e0195545-e0195545

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0195545

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00392, KAKENHI-PROJECT-17K00407, KAKENHI-PROJECT-18H04113, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
  • [雑誌論文] On the parameterized complexity of associative and commutative unification2017

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, J. Jansson, A. Takasu, T. Tamura
    • 雑誌名

      Theoretical Computer Science

      巻: 660 ページ: 57-74

    • DOI

      10.1016/j.tcs.2016.11.026

    • NAID

      120006537095

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-16K00391
  • [雑誌論文] Discrimination of singleton and periodic attractors in Boolean networks2017

    • 著者名/発表者名
      Cheng Xiaoqing、Tamura Takeyuki、Ching Wai-Ki、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Automatica

      巻: 84 ページ: 205-213

    • DOI

      10.1016/j.automatica.2017.07.012

    • NAID

      120006542020

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391, KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Critical controllability analysis of directed biological networks using efficient graph reduction2017

    • 著者名/発表者名
      M. Ishitsuka1, T. Akutsu, J. C. Nacher
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 号: 1 ページ: 14361-14361

    • DOI

      10.1038/s41598-017-14334-8

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-25330351, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Averaged n-dependence estimators for positive unlabeled learning2017

    • 著者名/発表者名
      F. Li, J. Song, C. Li, T. Akutsu and Y. Zhang
    • 雑誌名

      ICIC Express Letters, Part B: Applications

      巻: 8 ページ: 1287-1297

    • 査読あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [雑誌論文] An accessibility-incorporated method for accurate prediction of RNA-RNA interactions from sequence data2017

    • 著者名/発表者名
      Y. Kato, T. Mori, K. Sato, S. Maegawa, H. Hosokawa, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 33 号: 2 ページ: 202-209

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btw603

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-25330348, KAKENHI-PROJECT-15K00401
  • [雑誌論文] SecretEPDB: a comprehensive web-based resource for secreted effector proteins of the bacterial types III, IV and VI secretion systems2017

    • 著者名/発表者名
      Y. An, J. Wang, J. Song, C. Li, J. Revote, T. Naderer, M. Hayashida, T. Akutsu, Y. Zhang, G. I. Webb, T. Lithgow
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 号: 1 ページ: 41031-41031

    • DOI

      10.1038/srep41031

    • NAID

      120005997781

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
  • [雑誌論文] hosphoPredict: A bioinformatics tool for prediction of human kinase-specific phosphorylation substrates and sites by integrating heterogeneous feature selection2017

    • 著者名/発表者名
      J. Song, H. Wang, J. Wang, A, Leier, T. Marquez-Lago, B. Yang, Z. Zhang, T. Akutsu, G. I. Webb and R. J. Daly
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41598-017-07199-4

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [雑誌論文] LBSizeCleav: improved support vector machine (SVM)-based prediction of Dicer cleavage sites using loop/bulge length2016

    • 著者名/発表者名
      Y. Bao, M. Hayashida, T. Akutsu
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 17 号: 1 ページ: 487-487

    • DOI

      10.1186/s12859-016-1353-6

    • NAID

      120005973378

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-16KT0020, KAKENHI-PROJECT-16K00392
  • [雑誌論文] Complex network-based approaches to biomarker discovery2016

    • 著者名/発表者名
      Hayashida, M. and Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Biomarkers in Medicine

      巻: 10 号: 6 ページ: 621-632

    • DOI

      10.2217/bmm-2015-0047

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16KT0020, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Finding influential genes using gene expression data and Boolean models of metabolic networks2016

    • 著者名/発表者名
      T. Tamura, C-Y. Lin, J-M. Yang, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Proc. IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering

      巻: - ページ: 57-63

    • DOI

      10.1109/bibe.2016.25

    • 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Analysis of the effect of degree correlation on the size of minimum dominating sets in complex networks2016

    • 著者名/発表者名
      Takemoto K, Akutsu T
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 11 号: 6 ページ: e0157868-e0157868

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0157868

    • NAID

      120005819482

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25700030, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Maximum margin classifier working in a set of strings2016

    • 著者名/発表者名
      H. Koyano, M. Hayashida, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Proceedings of the Royal Society A

      巻: 472 号: 2187 ページ: 20150551-20150551

    • DOI

      10.1098/rspa.2015.0551

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-26610037, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
  • [雑誌論文] Minimum dominating set-based Methods for Analyzing Biological Networks2016

    • 著者名/発表者名
      J.C. Nacher and T. Akutsu
    • 雑誌名

      Methods

      巻: 印刷中 ページ: 57-63

    • DOI

      10.1016/j.ymeth.2015.12.017

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330351, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Critical controllability in proteome-wide protein interaction network integrating transcriptome2016

    • 著者名/発表者名
      M. Ishitsuka, T. Akutsu and J.C. Nacher
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 6 号: 1 ページ: 1-14

    • DOI

      10.1038/srep23541

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330351, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Enumerating naphthalene isomers of tree-like chemical graphs2016

    • 著者名/発表者名
      F. He, A. Hanai, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Proc. 9th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies

      巻: 3 ページ: 258-265

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [雑誌論文] Finding and analyzing the minimum set of driver nodes in control of Boolean networks2016

    • 著者名/発表者名
      Wenpin Hou, Takeyuki Tamura, Wai-Ki. Ching and Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      Advances in Complex Systems

      巻: 19 号: 03 ページ: 1650006-1650006

    • DOI

      10.1142/s0219525916500065

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16K00391, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Enumeration method for tree-like chemical compounds with benzene rings and naphthalene rings by breadth-first search order2016

    • 著者名/発表者名
      J. Jindalertudomdee, M. Hayashida, Y. Zhao, T. Akutsu
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 17 号: 1 ページ: 113-113

    • DOI

      10.1186/s12859-016-0962-4

    • NAID

      120005822781

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-24500361, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
  • [雑誌論文] Enumeration method for structural isomers containing user-defined structures based on breadth-first search approach2016

    • 著者名/発表者名
      J. Jindalertudomdee, M. Hayashida, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology

      巻: 23 号: 8 ページ: 625-640

    • DOI

      10.1089/cmb.2016.0056

    • 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-16KT0020
  • [雑誌論文] Complex network-based approaches to biomarker discovery2016

    • 著者名/発表者名
      M. Hayashida, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Biomarkers in Medicine

      巻: 10 ページ: 621-632

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [雑誌論文] Exact identification of the structure of a probabilistic Boolean network from samples2016

    • 著者名/発表者名
      X. Cheng, T. Mori, Y. Qiu, W-K. Ching, T. Akutsu
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: 13 号: 6 ページ: 1107-1116

    • DOI

      10.1109/tcbb.2015.2505310

    • NAID

      120006863512

    • 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Host-pathogen protein interaction prediction based on local topology structures of a protein interaction network2016

    • 著者名/発表者名
      J. Jindalertudomdee, M. Hayashida, J. Song, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Proc. IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering

      巻: - ページ: 7-12

    • DOI

      10.1109/bibe.2016.26

    • 査読あり / 謝辞記載あり / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [雑誌論文] On the complexity of finding a largest common subtree of bounded degree2015

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, T. Tamura, A.A. Melkman, A. Takasu
    • 雑誌名

      Theoretical Computer Science

      巻: 590 ページ: 2-16

    • DOI

      10.1016/j.tcs.2014.10.012

    • NAID

      120005689204

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-25730005
  • [雑誌論文] Grammar-based compression approach to extraction of common rules among multiple trees of glycans and RNAs2015

    • 著者名/発表者名
      Y. Zhao, M. Hayashida, Y. Cao, J. Hwang, T. Akutsu
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 16 号: 1 ページ: 128-128

    • DOI

      10.1186/s12859-015-0558-4

    • NAID

      120005749951

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-24500361
  • [雑誌論文] Similar subtree search using extended tree inclusion2015

    • 著者名/発表者名
      T. Mori, A. Takasu, J. Jansson, J. Hwang, T. Tamura, T. Akutsu
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering

      巻: 27 号: 12 ページ: 3360-3373

    • DOI

      10.1109/tkde.2015.2457922

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-25730005, KAKENHI-PROJECT-15H02789
  • [雑誌論文] Determining associations between human diseases and non-coding RNAs with critical roles in network control2015

    • 著者名/発表者名
      H. Kagami, T. Akutsu, S. Maegawa, H. Hosokawa, J. C. Nacher
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 5 号: 1 ページ: 14577-14577

    • DOI

      10.1038/srep14577

    • NAID

      120005818233

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125, KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [雑誌論文] Computing smallest intervention strategies for multiple metabolic networks in a boolean model.2015

    • 著者名/発表者名
      Lu, W., Tamura, T., Song, J. & Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Journal of computational biology

      巻: 22 号: 2 ページ: 85-110

    • DOI

      10.1089/cmb.2014.0274

    • NAID

      120005657917

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25250028, KAKENHI-PROJECT-25730005, KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Structurally Robust Control of Complex Networks2015

    • 著者名/発表者名
      J.C. Nacher and T. Akutsu
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 91 号: 1 ページ: 0128261-19

    • DOI

      10.1103/physreve.91.012826

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330351, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Computational methods for modification of metabolic networks2015

    • 著者名/発表者名
      T. Tamura, W. Liu, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Computational and Structural Biotechnology Journal

      巻: 12 ページ: 376-381

    • DOI

      10.1016/j.csbj.2015.05.004

    • NAID

      120005712915

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125, KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-25730005, KAKENHI-PROJECT-25250028
  • [雑誌論文] A Fixed-Parameter Algorithm for Detecting a Singleton Attractor in an AND/OR Boolean Network with Bounded Treewidth2015

    • 著者名/発表者名
      Chia-Jung Chang, Takeyuki Tamura, Kun-Mao Chao and Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences

      巻: E98.A 号: 1 ページ: 384-390

    • DOI

      10.1587/transfun.E98.A.384

    • NAID

      130004770922

    • ISSN
      0916-8508, 1745-1337
    • 言語
      英語
    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25730005, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Matrix Network: A New Data Structure for Efficient Enumeration of Microstates of a Genetic Regulatory Network2015

    • 著者名/発表者名
      X. Cong, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Information Processing

      巻: 23 号: 6 ページ: 804-813

    • DOI

      10.2197/ipsjjip.23.804

    • NAID

      130005109167

    • ISSN
      1882-6652
    • 言語
      英語
    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125, KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [雑誌論文] Parallelization of enumerating tree-like chemical compounds by breadth-first search order2015

    • 著者名/発表者名
      M. Hayashida, J. Jindalertudomdee, Y. Zhao, T. Akutsu
    • 雑誌名

      BMC Medical Genomics

      巻: 8 (Suppl 2) 号: S2

    • DOI

      10.1186/1755-8794-8-s2-s15

    • NAID

      120005947140

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034, KAKENHI-PROJECT-24500361
  • [雑誌論文] Proteome Compression via Protein Domain Compositions2014

    • 著者名/発表者名
      Hayashida, M., Ruan, P., Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Methods

      巻: 67 号: 3 ページ: 380-385

    • DOI

      10.1016/j.ymeth.2014.01.012

    • NAID

      120005466444

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24500361, KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [雑誌論文] Analysis of critical and redundant nodes in controlling directed and undirected complex networks using dominating sets2014

    • 著者名/発表者名
      J.C. Nacher and T. Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Complex Networks

      巻: 2 号: 4 ページ: 394-412

    • DOI

      10.1093/comnet/cnu029

    • 査読あり / 謝辞記載あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-25330351, KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [雑誌論文] Efficient Enumeration of Monocyclic Chemical Graphs with Given Path Frequencies2014

    • 著者名/発表者名
      Masaki Suzuki, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Cheminformatics

      巻: 6 号: 1 ページ: 31-31

    • DOI

      10.1186/1758-2946-6-31

    • NAID

      120005456003

    • 査読あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [雑誌論文] Prediction of heterotrimeric protein complexes by two-phase learning using neighboring kernels2014

    • 著者名/発表者名
      Peiying Ruan, Morihiro Hayashida, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 15

    • NAID

      120005372925

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] Prediction of Protein-protein Interaction Strength Using Domain Features with Supervised Regression2014

    • 著者名/発表者名
      Kamada, M., Sakuma, Y., Hayashida, M., Akutsu, T.
    • 雑誌名

      The Scientific World Journal

      巻: 2014 ページ: 240673-240673

    • DOI

      10.1155/2014/240673

    • NAID

      120005462601

    • 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-24500361, KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [雑誌論文] Approximation and parameterized algorithms for common subtrees and edit distance between unordered trees2013

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu, Daiji Fukagawa, Magnus M. Halldorsson, Atsuhiro Takasu, Keisuke Tanaka
    • 雑誌名

      Theoretical Computer Science

      巻: 470 ページ: 10-22

    • DOI

      10.1016/j.tcs.2012.11.017

    • NAID

      120005241356

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-23500010, KAKENHI-PROJECT-24240001
  • [雑誌論文] Breadth-first search approach to enumeration of tree-like chemical compounds2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Zhao, M. Hayashida, J. Jindalertudomdee, H. Nagamochi and T. Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: 11 号: 06 ページ: 1143007-1143007

    • DOI

      10.1142/s0219720013430075

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13J02920, KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] Prediction of protein-RNA residue-base contacts using two-dimensional conditional random field with the lasso2013

    • 著者名/発表者名
      Morihiro Hayashida, Mayumi Kamada, Jiangning Song, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      BMC Systems Biology

      巻: 7

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] Prediction of heterodimeric protein complexes from weighted protein-protein interaction networks using novel features and kernel functions2013

    • 著者名/発表者名
      Peiying Ruan, Morihiro Hayashida, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 8 号: 6 ページ: e65265-e65265

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0065265

    • NAID

      120005296009

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-24500361
  • [雑誌論文] A polynomial-time algorithm for computing the maximum common connected edge subgraph of outerplanar graphs of bounded degree2013

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu, Takeyuki Tamura
    • 雑誌名

      Algorithms

      巻: 6 号: 1 ページ: 119-135

    • DOI

      10.3390/a6010119

    • NAID

      120005243648

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [雑誌論文] Flux balance impact degree : a new definition of impact degree to properly treat reversible reactions in metabolic networks2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Zhao, T. Tamura, T. Akutsu and J-P. Vert
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 29 号: 17 ページ: 2178-2185

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btt364

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13J02920, KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] Comparison and enumeration of chemical graphs2013

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu, Hiroshi Nagamochi
    • 雑誌名

      Computational and Structural Biotechnology Journal

      巻: 5 号: 6 ページ: e201302004-e201302004

    • DOI

      10.5936/csbj.201302004

    • NAID

      120005243649

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] Analysis of the impact degree distribution in metabolic networks using branching process approximation2012

    • 著者名/発表者名
      K. Takemoto, T. Tamura, Y. Cong,W-K. Ching, J-P. Vert, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Physica A

      巻: 391 号: 1-2 ページ: 379-397

    • DOI

      10.1016/j.physa.2011.08.011

    • NAID

      120003497116

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [雑誌論文] Protein complex prediction via improved verification methods using constrained domain-domain matching2012

    • 著者名/発表者名
      Zhao, Y., Hayashida, M., Nacher, J. C., Nagamochi, H. and Akutsu, T
    • 雑誌名

      International Journal of Bioinformatics Research and Applications

      巻: vol. 8 号: 3/4 ページ: 210-227

    • DOI

      10.1504/ijbra.2012.048970

    • NAID

      120005243442

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700323, KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] Two-level support vector regression approach for protein backbone torsion angle prediction from primary sequences2012

    • 著者名/発表者名
      J.Song, H.Tan, M.Wang, G.I.Webb, T.Akutsu
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 7 号: 2 ページ: e30361-e30361

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0030361

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] A Clique-Based Method Using Dynamic Programming for Computing Edit Distance Between Unordered Trees2012

    • 著者名/発表者名
      Tomoya Mori, Takeyuki Tamura, Daiji Fukagawa, Atsuhiro Takasu, Etsuji Tomita, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology

      巻: 19(10) 号: 10 ページ: 1089-1104

    • DOI

      10.1089/cmb.2012.0133

    • NAID

      120004920413

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700178, KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [雑誌論文] Dominating scale-free networks with variable scaling exponent: Heterogeneous networks are notdifficult to control2012

    • 著者名/発表者名
      J. C. Nacher, T. Akutsu
    • 雑誌名

      New Journal of Physics

      巻: 14 号: 7 ページ: 73005-73005

    • DOI

      10.1088/1367-2630/14/7/073005

    • NAID

      120004419126

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [雑誌論文] Network completion using dynamic programming and least-squares fitting2012

    • 著者名/発表者名
      N. Nakajima, T. Tamura, Y. Yamanishi, K. Horimoto, T. Akutsu
    • 雑誌名

      The Scientific World Journal

      巻: 2012 ページ: 957620-957620

    • DOI

      10.1100/2012/957620

    • NAID

      120005054551

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045, KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [雑誌論文] Singleton and 2-periodic attractors of sign-definite Boolean networks2012

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, A. A. Melkman, T. Tamura
    • 雑誌名

      Information Processing Letters

      巻: 112 号: 1-2 ページ: 35-38

    • DOI

      10.1016/j.ipl.2011.10.002

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045, KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [雑誌論文] DAFS: simultaneous aligning and folding of RNA sequences via dual decomposition2012

    • 著者名/発表者名
      Kengo Sato, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai, Yasubumi Sakakibara
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 28 号: 24 ページ: 3218-3224

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/bts612

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-23241066, KAKENHI-PROJECT-23650153, KAKENHI-PROJECT-24700296, KAKENHI-PROJECT-221S0002
  • [雑誌論文] Finding a periodic attractor of a Boolean network2012

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, S. Kosub, A. A. Melkman, T.Tamura
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: 9 号: 5 ページ: 1410-1421

    • DOI

      10.1109/tcbb.2012.87

    • NAID

      120004873985

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045, KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [雑誌論文] Inferring a graph from path frequency2012

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu, Daiji Fukagawa, Jesper Jansson, Kunihiko Sadakane
    • 雑誌名

      Discrete Applied Mathematics

      巻: 160 号: 10-11 ページ: 1416-1428

    • DOI

      10.1016/j.dam.2012.02.002

    • NAID

      120004057190

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-23240002
  • [雑誌論文] Integer Programming-Based Approach to Attractor Detection and Control of Boolean Networks2012

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, Y. Zhao, M. Hayashida, T.Tamura
    • 雑誌名

      IEICE Transactions on Information and Systems

      巻: E95.D 号: 12 ページ: 2960-2970

    • DOI

      10.1587/transinf.E95.D.2960

    • NAID

      10031161464

    • ISSN
      0916-8532, 1745-1361
    • 言語
      英語
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045, KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [雑誌論文] On the degree distribution of projected networks mappedfrom bipartite networks2011

    • 著者名/発表者名
      J. C. Nacher, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Physica A

      巻: 390 号: 23-24 ページ: 4636-4651

    • DOI

      10.1016/j.physa.2011.06.073

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045, KAKENHI-PROJECT-23700352
  • [雑誌論文] Determining a singletonattractor of a Boolean network with nested canalyzing functions2011

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, A. A. Melkman, T. Tamura, M. Yamamoto
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology

      巻: 18 号: 10 ページ: 1275-1290

    • DOI

      10.1089/cmb.2010.0281

    • NAID

      120003517916

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [雑誌論文] Using binding profiles to predict RNA binding sites of target RNAs2011

    • 著者名/発表者名
      U.Poolsap, Y.Kato, K.Sato, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Tournal of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: 9 号: 06 ページ: 697-713

    • DOI

      10.1142/s0219720011005628

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-22700305, KAKENHI-PROJECT-22700313, KAKENHI-PROJECT-23650153
  • [雑誌論文] Efficient enumeration of stereoisomers of outerplanar chemical graphs using dynamic programming2011

    • 著者名/発表者名
      T.Imada, S.Ota, H.Nagamochi, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 51 号: 11 ページ: 2788-2807

    • DOI

      10.1021/ci200084b

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] IPknot : fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming2011

    • 著者名/発表者名
      K.Sato, Y.Kato, M.Hamada, T.Akutsu, K.Asai
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 27 号: 13 ページ: i85-i93

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btr215

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-22700305, KAKENHI-PROJECT-22700313, KAKENHI-PROJECT-23650153
  • [雑誌論文] Efficient enumeration of stereoisomers of tree structured molecules using dynamic programming2011

    • 著者名/発表者名
      T.Imada, S.Ota, H.Nagamochi, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Mathematical Chemistry

      巻: 49 ページ: 910-970

    • NAID

      120003001339

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] Kernel Methods for Chemical Compounds: From Classification to Design2011

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu, H.Nagamochi
    • 雑誌名

      IEICE Transactions on Information and Systems

      巻: E94-D 号: 10 ページ: 1846-1853

    • DOI

      10.1587/transinf.E94.D.1846

    • NAID

      10030193064

    • ISSN
      0916-8532, 1745-1361
    • 言語
      英語
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] An Efficient Method of Computing Impact Degrees for Multiple Reactions in Metabolic Networks with Cycles2011

    • 著者名/発表者名
      T. Tamura, Y. Cong, T. Akutsu, W-K. Ching
    • 雑誌名

      IEICE Transactions on Information and Systems

      巻: E94-D 号: 12 ページ: 2393-2399

    • DOI

      10.1587/transinf.E94.D.2393

    • NAID

      10030538036

    • ISSN
      0916-8532, 1745-1361
    • 言語
      英語
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045, KAKENHI-PROJECT-23700017
  • [雑誌論文] Conditional random field approach to prediction of protein-protein interactions using domain information2011

    • 著者名/発表者名
      Hayashida, M., Kamada, M., Song, J. and Akutsu, T
    • 雑誌名

      BMC Systems Biology

      巻: vol. 5, Suppl. 1 号: Suppl 1 ページ: S8-S8

    • DOI

      10.1186/1752-0509-5-s1-s8

    • NAID

      120003238942

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-21700323, KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] Enumerating tree-like chemical graphs with given upper and lower bounds on path frequencies2011

    • 著者名/発表者名
      M.Shimizu, H.Nagamochi, T.Akutsu
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 12 号: S14

    • DOI

      10.1186/1471-2105-12-s14-s3

    • NAID

      120004770232

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] Cascleave : towards more accurate prediction of caspase substrate cleavage sites2010

    • 著者名/発表者名
      J.Song, H.Tan, H.Shen, K.Mahmood, S.E.Boyd, G.I.Webb, T.Akutsu, J.C.Whisstock
    • 雑誌名

      Bioinfornatics 26

      ページ: 752-760

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Kato, K.Sato, M.Hamada, Y.Watanabe, K.Asai, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 26

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] Approximating tree edit distance through string edit distance2010

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu, D.Fukagawa, A.Takasu
    • 雑誌名

      Algorithmica 57

      ページ: 325-348

    • NAID

      120002141662

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19650053
  • [雑誌論文] Compound analysis via graph kernels incorporating chirality2010

    • 著者名/発表者名
      J.B.Brown, T.Urata, T.Tamura, M.A.Arai, T.Kawabata, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: 8(Suppl.1) ページ: 63-81

    • NAID

      120002709552

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] Branch-and-bound algorithms forenumerating treelike chemical graphswith given path frequency usingdetachment-cut2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Ishida, Y.Kato, L.Zhao, H.Nagamochi, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of ChemicalInformation and Modeling 50

      ページ: 934-946

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] Tree edit distance problems : algorithms and applications to bioinformatics2010

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 雑誌名

      IEICE Transactions on Information and Systems E93-D

      ページ: 208-218

    • NAID

      10026813476

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19650053
  • [雑誌論文] Integer programming-based method for grammar-based tree compression and its application to pattern extraction of glycan tree structures2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Zhao, M.Hayashida, T.Akutsu
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 11(Suppl.11)

    • NAID

      120002723148

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] Exact algorithms for finding a minimum reaction cut under a Boolean model of metabolic networks2010

    • 著者名/発表者名
      T. Tamura and T. Akutsu
    • 雑誌名

      IEICE Trans. Fundamentals

      巻: E93-A ページ: 1497-1507

    • NAID

      10027367933

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [雑誌論文] Exact algorithms for finding a minimum reaction cut under a Boolean model of metabolic networks2010

    • 著者名/発表者名
      T.Tamura, T.Akutsu
    • 雑誌名

      IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences

      巻: E93-A ページ: 1497-1507

    • NAID

      10027367933

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [雑誌論文] A bisection algorithm for grammar-based compression of ordered trees2010

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 雑誌名

      Information Processing Letters

      巻: 110 ページ: 815-820

    • NAID

      120002949715

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] Branch-and-bound algorithms for enumerating treelike chemical graphs with given path frequency using detachment-cut2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Ishisa, Y.Kato, L.Zhao, H.Nagamochi, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling 50(採録決定)

      ページ: 834-946

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] Determining a singleton attractor of an AND/OR Boolean network in O(1.587^n) time2010

    • 著者名/発表者名
      A. A. Melkman, T. Tamura and T. Akutsu
    • 雑誌名

      Information Processing Letters

      巻: 110 号: 14-15 ページ: 565-569

    • DOI

      10.1016/j.ipl.2010.05.001

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [雑誌論文] Comparing biological networks via graph compression2010

    • 著者名/発表者名
      M.Hayashida, T.Akutsu
    • 雑誌名

      BMC Systems Biology

      巻: 4(Suppl.2)

    • NAID

      120002561281

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [雑誌論文] A mathematical model for the detection mechanism of DNA double-strand breaks depending on autophosphorylation of ATM2009

    • 著者名/発表者名
      K.Mouri, J.C.Nacher, T.Akutsu
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 4

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Constant factor approximation of edit distance of bounded height unordered trees2009

    • 著者名/発表者名
      D.Fukagawa, T.Akutsu, A.Takasu
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 5721

      ページ: 7-17

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19650053
  • [雑誌論文] Enumerating stereoisomers of tree structured molecules using dynamic programming2009

    • 著者名/発表者名
      T.Imada, S.Ota, H.Nagamochi, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 5878

      ページ: 14-23

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] Comparing biological networks via graph compression2009

    • 著者名/発表者名
      M.Hayashida, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Operations Research 11

      ページ: 168-176

    • NAID

      120002561281

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19650053
  • [雑誌論文] Distribution and enumeration of attractors in probabilistic Boolean networks2009

    • 著者名/発表者名
      M.Hayashida, T.Tamura, T.Akutsu, W-K.Ching, Y.Cong
    • 雑誌名

      IET Systems Biology

      巻: 3 ページ: 465-474

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] A grammatical approach to RNA-RNA interaction prediction2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Kato, T.Akutsu, H.Seki
    • 雑誌名

      Pattern Recognition 42

      ページ: 531-538

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] Detecting a singleton attractor in a Boolean network utilizing SAT algorithms2009

    • 著者名/発表者名
      T. Tamura and T. Akutsu
    • 雑誌名

      IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences E92-A

      ページ: 493-501

    • NAID

      10026855697

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Finding minimum reaction cuts of metabolic networks under a Boolean model using integer programming and feedback vertex sets2009

    • 著者名/発表者名
      T.Tamura, K.Takemoto, T.Akutsu
    • 雑誌名

      International Journal of Knowledge Discovery in Bioinformatics

      巻: 1 ページ: 14-31

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Algorithms for singleton attractor detection in planar and nonplanar AND/OR Boolean networks2009

    • 著者名/発表者名
      T.Tamura, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Mathematics in Computer Science

      巻: 2 ページ: 401-420

    • NAID

      120001921981

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Dynamic programming algorithms and grammatical modeling for protein beta-sheet prediction2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Kato, T.Akutsu, H.Seki
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology 16

      ページ: 945-957

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] Prodepth : predict residue depth by support vector regression approach from sequences only2009

    • 著者名/発表者名
      J.Song, H.Tan, K.Mamhood, R.H.P Law, A.M.Buckle, G.I.Webb, T.Akutsu, J.C.Whisstock
    • 雑誌名

      PLoS ONE 4

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] Optimal control policy for probabilistic Boolean networks with hard constraints2009

    • 著者名/発表者名
      W-K. Ching, S-Q. Zhang, Y. Jiao, T. Akutsu, N-K. Tsing and A.S. Wong
    • 雑誌名

      IET Systems Biology 3

      ページ: 90-99

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Enumerating stereoisomers of tree structured molecules using dynamic programming2009

    • 著者名/発表者名
      T. Imada, S. Ota, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science No. 5878

      ページ: 14-23

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] Identification of novel DNA repair proteins via primary sequence2009

    • 著者名/発表者名
      J. B. Brown, T. Akutsu
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics 10

      ページ: 25-25

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] Prediction of RNA secondary structure with pseudoknots using integer programming2009

    • 著者名/発表者名
      U. Poolsap, Y. Kato, T. Akutsu
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics 10

    • NAID

      110006595413

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] Emergence of scale-free distribution in protein-protein interaction networks based on random selection of interacting domain pairs2009

    • 著者名/発表者名
      J. C. Nacher, M. Hayashida and T. Akutsu
    • 雑誌名

      BioSystems 95

      ページ: 155-159

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Emergence of scale-free distribution in protein-protein interaction networks based on random selection of interacting domain pairs2009

    • 著者名/発表者名
      Nacher, J.C., Hayashida, M., Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Bio Systems 95

      ページ: 155-159

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] A mathematical model for generating bipartite graphs and its application to protein networks2009

    • 著者名/発表者名
      J.C.Nacher, T.Ochiai, M.Hayashida, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Physics A : Mathematical and Theoretical

      巻: 42

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Enumerating stereoisomers oftree structured molecules usingdynamic programming2009

    • 著者名/発表者名
      T.Imada, S.Ota, H.Nagamochi, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Lecture Notes inComputer Science 5878

      ページ: 14-23

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] A grammatical approach to RNA-RNA interaction prediction2009

    • 著者名/発表者名
      Y. Kato, T. Akutsu, H. Seki
    • 雑誌名

      Pattern Recognition 42

      ページ: 531-538

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] A clustering method for analysis of sequence similarity networks of proteins using maximal components of graphs2008

    • 著者名/発表者名
      M.Hayashida, T.Akutsu, H.Nagamochi
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics 49-Sig 5

      ページ: 15-24

    • NAID

      110006684906

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] Analyses and algorithms for predecessor and control problems for Boolean networks of bounded indegree2008

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, M. Hayashida, S-Q. Zhang, W-K. Ching and M. K. Ng
    • 雑誌名

      IPST Transactions on Bioinformatics 1

      ページ: 23-34

    • NAID

      130000120676

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Enumerating tree-like chemical graphs with given path frequency2008

    • 著者名/発表者名
      H. Fujiwara, J. Wang, L. Zhao, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling Vol. 48

      ページ: 1345-1357

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] Algorithms and complexity analyses for control of singleton attractors in Boolean networks2008

    • 著者名/発表者名
      M. Hayashida, T. Tamura, T. Akutsu. S-Q. Zhang and W-K. Ching
    • 雑誌名

      EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology 2008

    • NAID

      120004754352

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Enumerating tree-like chemical graphs with given path frequency2008

    • 著者名/発表者名
      H.Fujiwara, J.Wang, L.Zhao, H.Nagamochi, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling 48

      ページ: 1345-1357

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] Origin of structural difference in metabolic networks with respect to temperature2008

    • 著者名/発表者名
      K. Takemoto and T. Akutsu
    • 雑誌名

      BMC Syslems Biology 2

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Improved approximation of the largest common subtree of two unordered trees of bounded height2008

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, D. Fukagawa, A. Takasu
    • 雑誌名

      Information Processing Letters 109

      ページ: 165-170

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19650053
  • [雑誌論文] Enumerating tree-like chemical graphs with given path frequency2008

    • 著者名/発表者名
      H. Fujiwara, J. Wang, L. Zhao, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling 48

      ページ: 1345-1357

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] HSEpred : predict half-sphere exposure from protein sequences2008

    • 著者名/発表者名
      J. Song, H. Tan, K. Takemoto, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Bioinformatics 24

      ページ: 1489-1497

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] 遺伝子制御ネットワークの離散モデルと制御2008

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 雑誌名

      計測と制御 47

      ページ: 664-669

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Image compression-based approach to measuring the similarity of protein structures2008

    • 著者名/発表者名
      M. Hayashida and T. Akutsu
    • 雑誌名

      Proceedings of the 6th Asia-Pacific Bioinformatics Conference

      ページ: 221-230

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19650053
  • [雑誌論文] A grammatical approach to RNA-RNA interaction prediction2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Kato, T. Akutsu, H. Seki
    • 雑誌名

      Pattern Recognition Vol. 42

      ページ: 531-538

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] Integer programming-based approach to allocation of reporter genes for cell array analysis2008

    • 著者名/発表者名
      M. Hayashida, F. Sun, S. Aburatani, K. Horimoto and T. Akutsu
    • 雑誌名

      International Journal of Bioinformatics Research and Applications 4

      ページ: 385-399

    • NAID

      110006402728

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] A clustering method for analysis of sequence similarity networks of proteins using maximal components of graphs2008

    • 著者名/発表者名
      M. Hayashida, T. Akutsu and H. Nagamochi
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics 49-Sig5

      ページ: 15-24

    • NAID

      110006684906

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] An approximation method for solving the steady-state probability distribution of probabilistic Boolean networks2007

    • 著者名/発表者名
      Ching, W-K., Zhang, S-Q., Ng, M. K., and Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 23

      ページ: 1511-1518

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] On the complexity of deriving position specific score matrices from positive and negative sequences2007

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, H. Bannai, S. Miyano, S. Ott
    • 雑誌名

      Discrete Applied Mathematics 155

      ページ: 676-685

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] On the complexity of deriving position specific score matrices from positive and negative sequences2007

    • 著者名/発表者名
      T., Akutsu, H., Bannai, S., Miyano, S., Ott
    • 雑誌名

      Discrete Applied Mathematics 155

      ページ: 676-685

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Emergence of the self-similar property in gene expression dynamics2007

    • 著者名/発表者名
      Ochiai, T., Nacher, J. C., and Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Physica A 382

      ページ: 739-752

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Subcellular location prediction of proteins using support vector machines with alignment of block sequences utilizing amino acid composition2007

    • 著者名/発表者名
      T. Tamura and T. Akutsu
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics 8

      ページ: 466-466

    • NAID

      120004754353

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [雑誌論文] Correlation between structure and temperature in prokaryotic metabolic networks2007

    • 著者名/発表者名
      Takemoto, K., Nacher, J. C., and Akutsu, T.
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics 8(論文番号)

      ページ: 303-303

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] A novel clustering method for analysis of biological networks using maximal components of graphs2007

    • 著者名/発表者名
      M.Hayashida, T.Akutsu, H.Nagamochi
    • 雑誌名

      Proc. 5th Asia Pasific Bioinformatics Conference

      ページ: 257-266

    • NAID

      110004823195

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Recent progress on the analysis of power-law features in complex cellular networks2007

    • 著者名/発表者名
      Nacher, J. C., and Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Cell Biochemistry and Biophysics 49

      ページ: 37-47

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] A novel clustering method for analysis of biological networks using maximal components of graphs2007

    • 著者名/発表者名
      M., Hayashida, T., Akutsu, H., Nagamochi
    • 雑誌名

      Proc. 5th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2007)

      ページ: 257-266

    • NAID

      110004823195

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] A novel clustering method for analysis of biological networks using maximal components of graphs2007

    • 著者名/発表者名
      M. Hayashida, T. Akutsu, H. Nagamochi
    • 雑誌名

      Proc. 5th Asia-Pacific Bioinformatics Conference(APBC 2007)

      ページ: 257-266

    • NAID

      110004823195

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Inferring a chemical structure from a feature vector based on frequency of labeled paths and small fragments2007

    • 著者名/発表者名
      T., Akutsu, D., Fukagawa
    • 雑誌名

      Proc. 5th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2007)

      ページ: 165-174

    • NAID

      110004710250

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Algorithms for finding small attractors in Boolean networks2007

    • 著者名/発表者名
      Zhang, M-Q., Hayashida, M., Akutsu, T., Ching, W-K., and Ng, M. K.
    • 雑誌名

      EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology 2007(論文番号)

      ページ: 20180-20180

    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Inferring a chemical structure from a feature vector based on frequency of labeled paths and small fragments2007

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, D. Fukagawa
    • 雑誌名

      Proc. 5th Asia-Pacific Bioinformatics Conference(APBC 2007)

      ページ: 165-174

    • NAID

      110004710250

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Control of Boolean networks: hardness results and algorithms for tree structured networks2007

    • 著者名/発表者名
      Akutsu, T., Hayashida, M., Ching, W-K., Ng, M.K.
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology 24

      ページ: 670-679

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Algorithms for point set matching with k-differences2006

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 雑誌名

      International Journal of Foundations of Computer Science 17

      ページ: 903-917

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Optimizing amino acid substitution matrices with a local alignment kernel2006

    • 著者名/発表者名
      H. Saigo, J-P. Vert, T. Akutsu
    • 雑誌名

      BMG Bioinformatics 7

      ページ: 246-246

    • NAID

      110004687501

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Approximating tree edit distance through string edit distance2006

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu, D.Fukagawa, A.Takasu
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 4288

      ページ: 90-99

    • NAID

      120002141662

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Algorithms for point set matching with k-differences2006

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 雑誌名

      International Journal of Foundations of Computer Science 17

      ページ: 903-917

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] A relation between edit distance for ordered trees and edit distance for Euler strings2006

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 雑誌名

      Information Processing Letters 100

      ページ: 105-109

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Approximating tree edit distance through string edit distance2006

    • 著者名/発表者名
      T., Akutsu, D., Fukagawa, A., Takasu
    • 雑誌名

      Proc. 17th International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2006), Lecture Notes in Computer Science 4288

      ページ: 90-99

    • NAID

      120002141662

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Optimizing amino acid substitution matrices with a local alignment kernel2006

    • 著者名/発表者名
      H., Saigo, J-P., Vert, T., Akutsu
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics 7

      ページ: 246-246

    • NAID

      110004687501

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Fast algorithms for comparison of similar unordered trees2006

    • 著者名/発表者名
      D., Fukagawa, T., Akutsu
    • 雑誌名

      International Journal of Foundations of Computer Science 17

      ページ: 703-729

    • NAID

      110003178860

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Fast algorithms for comparison of similar unordered trees2006

    • 著者名/発表者名
      D. Fukagawa, T. Akutsu
    • 雑誌名

      International Journal of Foundations of Computer Science 17

      ページ: 703-729

    • NAID

      110003178860

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Approximating tree edit distance through string edit distance2006

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, D. Fukagawa, A. Takasu
    • 雑誌名

      Proc. 17th International Symposium on Algorithms and Computation(ISAAC 2006), Lecture Notes in Computer Science 4288

      ページ: 90-99

    • NAID

      120002141662

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Protein domain networks : scale-free mixing of positive and negative exponents2006

    • 著者名/発表者名
      Nacher, J.C., Hayashida, M., Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Physica A 367

      ページ: 538-552

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] A relation between edit distance for ordered trees and edit distance for Euler strings2006

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 雑誌名

      Information Processing Letters 100

      ページ: 105-109

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Algorithms for point set matching with k-differences2006

    • 著者名/発表者名
      T., Akutsu
    • 雑誌名

      International Journal of Foundations of Computer Science 17

      ページ: 903-917

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] A relation between edit distance for ordered trees and edit distance for Euler strings2006

    • 著者名/発表者名
      T., Akutsu
    • 雑誌名

      Information Processing Letters 100

      ページ: 105-109

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Identification of metabolic units induced by environmental signals2006

    • 著者名/発表者名
      Nacher, J.C., Schwartz, J.M., Kanehisa, M., Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 22

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Optimizing amino acid substitution matrices with a local alignment kernel2006

    • 著者名/発表者名
      H.Saigo, J-P.Vert, T.Akutsu
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics 7

      ページ: 246-246

    • NAID

      110004687501

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] A stochastic approach to multi-gene expression dynamics2005

    • 著者名/発表者名
      Ochiai, T.Nacher, J.C., Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Physics Letters A 839

      ページ: 1-9

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Graph kernels for molecular structure-activity relationship analysis with support vector machines2005

    • 著者名/発表者名
      P.Mahe, N.Ueda, T.Akutsu, J-L.Perret J-P.Vert
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling 45

      ページ: 939-951

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] A novel representation of protein sequences for prediction of subcellular location using support vector machines2005

    • 著者名/発表者名
      S. Matsuda, J-P. Vert, H. Saigo, N. Ueda, H. Toh, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Protein Science 14

      ページ: 2804-2813

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Flexible construction of hierarchical scale-free networks with general exponent2005

    • 著者名/発表者名
      Nacher, J.C., Ueda, N., Kanehisa, M., Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Physical Review E, 71

      ページ: 36132-36132

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Fast and accurate database homology search using upper bounds of local alignment scores2005

    • 著者名/発表者名
      M. Itoh, S. Goto, T. Akutsu, M. Kanehisa
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21

      ページ: 912-921

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] A novel representation of protein sequences for prediction of subcellular location using support vector machines2005

    • 著者名/発表者名
      S., Matsuda, J-P., Vert, H., Saigo, N., Ueda, H., Toh, T.,Akutsu
    • 雑誌名

      Protein Science 14

      ページ: 2804-2813

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Fast and accurate database homology search using upper bounds of local alignment2005

    • 著者名/発表者名
      Itoh, M., Goto, S., Akutsu, T., Kanehisa, M.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21

      ページ: 912-921

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-12208007
  • [雑誌論文] Two complementary representations of a scale-free network2005

    • 著者名/発表者名
      Nacher, J.C., Yamada, T., Goto, S., Kanehisa, M., Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Physica A 349

      ページ: 349-363

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-12208007
  • [雑誌論文] Graph kernels for molecular structure-activity relationship analysis with support vector machines2005

    • 著者名/発表者名
      P. Mahe, T. Akutsu, J-L. Perret, J-P. Vert
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling 45

      ページ: 939-951

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Fast and accurate database homology search using upper bounds of local alignment scores2005

    • 著者名/発表者名
      M., Itoh, S., Goto, T.,Akutsu, M., Kanehisa
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21

      ページ: 912-921

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] A novel representation of protein sequences for prediction of subcellular location using support vector machines2005

    • 著者名/発表者名
      S.Matsuda, J-P.Vert, H.Saigo, N.Ueda, H.Toh, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Protein Science 14

      ページ: 2804-2813

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Graph kernels for molecular structure-activity relationship analysis with support vector machines2005

    • 著者名/発表者名
      P., Mahe, T., Akutsu,J-L., Perret, J-P., Vert
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling 45

      ページ: 939-951

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Inferring a graph from path frequency2005

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu, D.Fukagawa
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 3537

      ページ: 371-382

    • NAID

      120004057190

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Inferring a graph from path frequency2005

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, D. Fukagawa
    • 雑誌名

      Proc. 16th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching(CPM 2005), Lecture Notes in Computer Science 3537

      ページ: 371-382

    • NAID

      120004057190

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] On the relation between fluctuations and scaling-law in gene expression series from yeast to human2005

    • 著者名/発表者名
      Nacher, J.C., Ochiai, T., Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Modern Physics Letters B 19

      ページ: 1169-1177

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [雑誌論文] Fast and accurate database homology search using upper bounds of local alignment scores2005

    • 著者名/発表者名
      M.Itoh, S.Goto, T.Akutsu, M.Kanehisa
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21

      ページ: 912-921

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Inferring a graph from path frequency2005

    • 著者名/発表者名
      T., Akutsu, D., Fukagawa
    • 雑誌名

      Proc. 16th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2005), Lecture Notes in Computer Science 3537

      ページ: 371-382

    • NAID

      120004057190

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Algorithms for point set matching with k-differences2004

    • 著者名/発表者名
      T., Akutsu
    • 雑誌名

      Proc. 10th Int. Computing and Combinatorics Conference (COCOON 2004), Lecture Notes in Computer Science 3106

      ページ: 249-258

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Algorithms for point set matching with k-differences2004

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 雑誌名

      Proc. 10th Int. Computing and Combinatorics Conference(COCOON 2004), Lecture Notes in Computer Science 3106

      ページ: 249-258

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] KCaM (KEGG Carbohydrate Matcher) : a software tool for analyzing the structures of carbohydrate sugar chains2004

    • 著者名/発表者名
      K.F.Aoki, A.Yamaguchi, N.Ueda, T.Akutsu, et al.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 32

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] KCaM(KEGG Carbohydrate Matcher):a software tool for analyzing the structures of carbohydrate sugar chains2004

    • 著者名/発表者名
      K. F. Aoki, A. Yamaguchi, N. Ueda, T. Akutsu, H. Mamitsuka, S. Goto, M. Kanehisa
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 32

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Extensions of marginalized graph kernels2004

    • 著者名/発表者名
      P. Mahe, N. Ueda, T. Akutsu, J-L. Perret, J-P. Vert
    • 雑誌名

      Proc. 21st Int. Conf. Machine Learning(ICML 2004)

      ページ: 552-559

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Algorithms for point set matching with k-differences2004

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 3106

      ページ: 249-258

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] Efficient extraction of mapping rules of atoms from enzymatic reaction data2004

    • 著者名/発表者名
      T., Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology 11

      ページ: 449-462

    • NAID

      10011887302

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Efficient extraction of mapping rules of atoms from enzymaticreaction data2004

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology 11

      ページ: 449-462

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] A simple method for inferring strengths of protein-protein interactions2004

    • 著者名/発表者名
      Hayashida, M., Ueda, N., Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 15・1

      ページ: 56-68

    • NAID

      130003812081

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15300099
  • [雑誌論文] A Simple Method for Inferring Strengths of Protein-Protein Interactions2004

    • 著者名/発表者名
      Hayashida, M., Ueda, N., Akutsu, T
    • 雑誌名

      Genome Informatics 15(1)

      ページ: 56-68

    • NAID

      130003812081

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15300099
  • [雑誌論文] Extensions of marginalized graph kernels2004

    • 著者名/発表者名
      P., Mahe, N., Ueda, T., Akutsu,J-L., Perret, J-P., Vert
    • 雑誌名

      Proc. 21st Int. Conf. Machine Learning (ICML 2004)

      ページ: 552-559

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Fast algorithms for comparison of similar unordered trees2004

    • 著者名/発表者名
      D. Fukagawa, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Proc. 15th Int. Symp. Algorithms and Computation(ISAAC 2004), Lecture Notes in Computer Science 3341

      ページ: 452-463

    • NAID

      110003178860

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Extensions of marginalized graph kernels2004

    • 著者名/発表者名
      P.Mahe, N.Ueda, T.Akutsu, J-L.Perret, J-P.Vert
    • 雑誌名

      Proc.21st Int.Conf.Machine Learning(ICML 2004)

      ページ: 552-559

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Protein homology detection using string alignment kernels2004

    • 著者名/発表者名
      H.Saigo, J-P.Vert, N.Ueda, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Bioinformatics 20

      ページ: 1682-1689

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] Fast algorithms for comparison of similar unordered trees2004

    • 著者名/発表者名
      D., Fukagawa, T.,Akutsu
    • 雑誌名

      Proc. 15th IM. Symp. Algorithms and Computation (ISAAC 2004), Lecture Notes in Computer Science 3341

      ページ: 452-463

    • NAID

      110003178860

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] A Simple Method for Inferring Strengths of Protein-Protein Interactions.2004

    • 著者名/発表者名
      Hayashida, M., Ueda, N., Akutsu, T.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 15(1)

      ページ: 56-68

    • NAID

      130003812081

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15300099
  • [雑誌論文] Fast algorithms for comparison of similar unordered trees2004

    • 著者名/発表者名
      D.Fukagawa, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 3341

      ページ: 452-463

    • NAID

      110003178860

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] KCaM (KEGG Carbohydrate Matcher) : a software tool for analyzing the structures of carbohydrate sugar chains2004

    • 著者名/発表者名
      K.F., Aoki, A., Yamaguchi, N., Ueda, T., Akutsu, H., Mamitsuka, S., Goto, M., Kanehisa
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 32

      ページ: 267-272

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Efficient extraction of mapping rules of atoms from enzymatic reaction data2004

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Computational Biology 11

      ページ: 449-462

    • NAID

      10011887302

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 査読あり
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Algorithms for point set matching with k-differences2004

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 3106

      ページ: 249-258

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Identification of genetic networks by strategic gene disruptions and gene overexpressions under a boolean model2003

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu, S.Kuhara, O.Maruyama, S.Miyano
    • 雑誌名

      Theoretical Computer Science 298

      ページ: 235-251

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] Point matching under non-uniform distortions2003

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu, K.Kanaya, A.Ohyama, A.Fujiyama
    • 雑誌名

      Discrete Applied Mathematics 127

      ページ: 5-21

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] Finding optimal degenerated patterns in DNA sequences2003

    • 著者名/発表者名
      D.Shinozaki, T.Akutsu, O.Maruyama
    • 雑誌名

      Bioinformatics 19

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] A simple greedy algorithm for finding functional relations : efficient implementation and average case analysis2003

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu, S.Miyano, S.Kuhara
    • 雑誌名

      Theoretical Computer Science 292

      ページ: 481-495

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] Inferring strengths of protein-protein interactions from experimental data using linear programming2003

    • 著者名/発表者名
      M.Hayashida, N.Ueda, T.Akutsu
    • 雑誌名

      Bioinformatics 19

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] Point matching under non-uniform distortions and protein side chain packing based on an efficient maximum clique algorithm2002

    • 著者名/発表者名
      K.C.D.Bahadur, T.Akutsu, E.Tomita, T.Seki, A.Fujiyama
    • 雑誌名

      Genome Informatics 13

      ページ: 143-152

    • NAID

      130003997148

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] Inferring a union of halfspaces from examples2002

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu, S.Ott
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 2387

      ページ: 117-126

    • NAID

      110002812493

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] On the complexity of deriving position specific score matrices from examples2002

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu, H.Bannai, S.Miyano, S.Ott
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 2373

      ページ: 168-177

    • NAID

      110002812473

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] A local search algorithm for local multiple alignment : special case analysis and application to cancer classification2001

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 雑誌名

      Proc. 2001 Int.Conf. Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications

      ページ: 1284-1290

    • NAID

      110002936539

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] Local multiple alignment of numerical sequences : detection of subtle motifs from protein sequences and structures2001

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu, K.Horimoto
    • 雑誌名

      Genome Informatics 12

      ページ: 83-92

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] A local search algorithm for local multiple alignment : special case analysis and application to cancer classification2001

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 雑誌名

      Proc.2001 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications

      ページ: 1284-1290

    • NAID

      110002936539

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] Local multiple alignment of numerical sequences : detection of subtlemotifs from protein sequences and structures2001

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu, K.Horimoto
    • 雑誌名

      Genome Informatics 12

      ページ: 83-92

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-13680394
  • [雑誌論文] On the complexity of deriving position specific score matrices from positive and negative sequences

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu, H.Bannai, S.Miyano, S.Ott
    • 雑誌名

      Discrete Applied Mathematics (In press)

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [雑誌論文] Branch-and-bound algorithms for enumerating treelike chemical graphs with given path frequency using detachment-cut

    • 著者名/発表者名
      Y. Ishida, Y. Kato, L. Zhao, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling (in press)

    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] On the Number of Nodes in Autoencoders with Linear Threshold Activation Functions and Random Forests2024

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      Prediction Science Seminar (Riken)
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22H00532
  • [学会発表] A Simple and Efficient Method for Target Control Based on the Path Cover Problem2023

    • 著者名/発表者名
      Someya Wataru, Akutsu Tatsuya, Nacher Jose
    • 学会等名
      The 12th International Conference on Complex Networks and their Applications
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K19830
  • [学会発表] Predicting Aqueous Solubility Based on Multiple Linear Regression and Graph Theoretic Features2023

    • 著者名/発表者名
      Muniba Batool, Naveed Ahmed Azam, Jianshen Zhu, Kazuya Haraguchi, Liang Zhao and Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      The 6th Conference on Emerging Materials and Processes
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22H00532
  • [学会発表] ランダムフォレストとMILPを用いた化合物推定法2023

    • 著者名/発表者名
      武智 將平, 朱 見深, アザム ナビード アフマド, 原口 和也, 趙 亮, 阿久津 達也
    • 学会等名
      2023年日本オペレーションズ・リサーチ学会秋季研究発表会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22H00532
  • [学会発表] A Deep Learning-Based Approach for Identifying DNA N4-Methylcytosine Sites2023

    • 著者名/発表者名
      Liu Chunting、Song Jiangning、Ogata Hiroyuki、Akutsu Tatsuya
    • 学会等名
      2023 13th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22H00532
  • [学会発表] Graph Theoretic Approaches to Analysis of Biological Networks2023

    • 著者名/発表者名
      Akutsu Tatsuya
    • 学会等名
      2023 13th International Conference on Biomedical Engineering and Technology (ICBET 2023)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K19830
  • [学会発表] A Method for Molecular Design Based on Linear Regression and Integer Programming2022

    • 著者名/発表者名
      Zhu Jianshen、Azam Naveed A.、Haraguchi Kazuya、Zhao Liang、Nagamochi Hiroshi、Akutsu Tatsuya
    • 学会等名
      12th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] 生体ネットワークの推定と制御のための数理とアルゴリズム2022

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      2022年日本バイオインフォマティクス学会年会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K19830
  • [学会発表] Network-based Approaches to Identification of Important Genes and Proteins2022

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      2022 10th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22K19830
  • [学会発表] Adjustive Linear Regression and Its Application to the Inverse QSAR2022

    • 著者名/発表者名
      Zhu Jianshen、Haraguchi Kazuya、Nagamochi Hiroshi、Akutsu Tatsuya
    • 学会等名
      15th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies - BIOINFORMATICS
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] Network-based Approaches to Identification of Important Genes and Proteins2022

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      2022 10th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22H00532
  • [学会発表] On the Compressive Power of Boolean Threshold Autoencoders2021

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      The 1st Online Conference on Algorithms
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] Control and Observation of Boolean Networks when Targets are Restricted to Attractors2021

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      Modeling and Control of Boolean Dynamical Systems (Workshop in European Control Conference 2021)
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] An Inverse QSAR Method Based on Decision Tree and Integer Programming2021

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Kouki、Zhu Jianshen、Azam Naveed Ahmed、Haraguchi Kazuya、Zhao Liang、Nagamochi Hiroshi、Akutsu Tatsuya
    • 学会等名
      17th International Conference on Intelligent Computing
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] Graph Theoretic Approaches to Analysis and Control of Biological Networks2021

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      2021 IEEE the 9th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] An Improved Integer Programming Formulation for Inferring Chemical Compounds with Prescribed Topological Structures2021

    • 著者名/発表者名
      Zhu Jianshen、Azam Naveed Ahmed、Haraguchi Kazuya、Zhao Liang、Nagamochi Hiroshi、Akutsu Tatsuya
    • 学会等名
      34th International Conference on Industrial, Engineering and Other Applications of Applied Intelligent Systems
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] 機械学習QSARの整数計画法に基づく逆解析法2021

    • 著者名/発表者名
      NAGAMOCHI Hiroshi、ZHU Jianshen、AZAM Naveed Ahmed、HARAGUCHI Kazuya、ZHAO Liang、AKUTSU Tatsuya
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2021年春季年会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] Molecular Design Based on Artificial Neural Networks, Integer Programming and Grid Neighbor Search2021

    • 著者名/発表者名
      Azam Naveed Ahmed、Zhu Jianshen、Haraguchi Kazuya、Zhao Liang、Nagamochi Hiroshi、Akutsu Tatsuya
    • 学会等名
      2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] A New Integer Linear Programming Formulation to the Inverse QSAR/QSPR for Acyclic Chemical Compounds Using Skeleton Trees2020

    • 著者名/発表者名
      F. Zhang, J. Jianshen, R. Chiewvanichakorn , A. Shurbevski, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 学会等名
      33rd International Conference on Industrial, Engineering and Other Applications of Applied Intelligent Systems (IEA/AIE 2020)
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] A method for the inverse QSAR/QSPR based on artificial neural networks and mixed integer linear programming2020

    • 著者名/発表者名
      R. Chiewvanichakorn, C. Wang, Z. Zhan, A. Shurbevski, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 学会等名
      12th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] A novel method for the inverse QSAR/QSPR based on artificial neural networks and mixed integer linear programming with guaranteed admissibility2020

    • 著者名/発表者名
      N. A. Azam, R. Chiewvanichakorn, F. Zhang, A. Shurbevski, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 学会等名
      13th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] A novel method for the inverse QSAR/QSPR to monocyclic chemical compounds based on artificial neural networks and integer programming2020

    • 著者名/発表者名
      R. Ito, N. A. Azam, C. Wang, A. Shurbevski, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 学会等名
      21st International Conference on Bioinformatics & Computational Biology
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] A method for the inverse QSAR/QSPR based on artificial neural networks and mixed integer linear programming2019

    • 著者名/発表者名
      R. Chiewvanichakorn, C. Wang, Z. Zhan, A. Shurbevski, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 学会等名
      第123回MPS・第58回BIO合同研究発表会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] Graph theoretic approaches to controllability of biological networks2019

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      Workshop on Bioinformatics and Data Analysis
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] Integration and Analysis of Heterogeneous Biological Data via Convolutional Neural Networks and Matrix Factorization2019

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      9th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] A Mixed Integer Linear Programming Formulation to Artificial Neural Networks2019

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu, Hiroshi Nagamochi
    • 学会等名
      2nd International Conference on Information Science and System
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] 細胞種情報解析における数理モデル概説2019

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      第1回 幹細胞情報学イニシアティブ研究会
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] Grammar-based compression for directed and undirected generalized series-parallel graphs using integer linear programming2018

    • 著者名/発表者名
      M. Hayashida, H. Koyano, T. Akutsu:
    • 学会等名
      The 11th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [学会発表] Deep Learning with Evolutionary and Genomic Profiles for Identifying Cancer Subtypes2018

    • 著者名/発表者名
      Chun-Yu Lin, Ruiming Li, Tatsuya. Akutsu, Peiyng Ruan, Simon Sea, Jinn-Moon. Yang
    • 学会等名
      International Workshop on Cancer Bioinformatics and Intelligent Medicine 2018
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] ncRNA-disease association prediction based on sequence information and tripartite network2018

    • 著者名/発表者名
      T. Mori, H. Ngouv, M. Hayashida, T. Akutsu and J. Nacher
    • 学会等名
      The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [学会発表] Convolutional Neural Network Approach to Lung Cancer Classification Integrating Protein Interaction Network and Gene Expression Profiles2018

    • 著者名/発表者名
      Teppei Matsubara, Jose C. Nacher, Tomoshiro Ochiai, Morihiro Hayashida, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      International Workshop on Cancer Bioinformatics and Intelligent Medicine 2018
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] New and Improved Algorithms for Unordered Tree Inclusion2018

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu, Jesper Jansson, Ruiming Li, Atsuhiro Takasu, Takeyuki Tamura
    • 学会等名
      29th International Symposium on Algorithms and Computation
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] Resource cut, a new bounding procedure to algorithms for Enumerating tree-like chemical graphs2018

    • 著者名/発表者名
      Y. Nishiyama, A. Shurbevski, H. Nagamochi and T. Akutsu
    • 学会等名
      The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [学会発表] Algorithms for Analysis and Control of Boolean Networks2018

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      5th International Conference on Algorithms for Computational Biology
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-18H04113
  • [学会発表] Deep Learning with Evolutionary and Genomic Profiles for Identifying Cancer Subtypes2018

    • 著者名/発表者名
      Lin, C. Y., Ruan, P. Y., Li, R. M., Yang, J. M., See S., and Akutsu, T.
    • 学会等名
      IEEE 18th International Conference on BioInformatics and BioEngineering
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17F17353
  • [学会発表] Pan-cancer module network analysis for identifying dominating networks across human cancers2018

    • 著者名/発表者名
      Lin, C. Y., Yang, J. M., and Akutsu, T.
    • 学会等名
      The 7th joint Conference on Informatics In Biology, Medicine and Pharmacology
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17F17353
  • [学会発表] Enumerating chemical mono-block 3-augmented trees with two junctions2018

    • 著者名/発表者名
      Y. Tamura, A. Shurbevski, H. Nagamochi, and T. Akutsu
    • 学会等名
      The 8th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [学会発表] 最小支配集合に基づく有向生体ネットワーク解析のための高速アルゴリズム2017

    • 著者名/発表者名
      石塚雅之, 阿久津達也, ナチェルホセ
    • 学会等名
      情報処理学会第113回MPS・第50回BIO合同研究発表会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [学会発表] On the minimum number of genes required for discriminating steady states under a Boolean model2017

    • 著者名/発表者名
      X. Cheng, T. Tamura, W-K. Ching, T. Akutsu
    • 学会等名
      情報処理学会第51回バイオ情報学研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [学会発表] 最小支配集合に基づく有向生体ネットワーク解析のための高速アルゴリズム2017

    • 著者名/発表者名
      石塚雅之, 阿久津達也, ナチェルホセ
    • 学会等名
      情報処理学会第113回MPS・第50回BIO合同研究発表会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [学会発表] The 28th International Conference on Genome Informatics2017

    • 著者名/発表者名
      P. Ruan, M. Hayashida, T. Akutsu and J-P. Vert
    • 学会等名
      Improving prediction of heterodimeric protein complexes using combination with pairwise kernel
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [学会発表] On exact identification of the structure of a probabilistic Boolean threshold network from samples2017

    • 著者名/発表者名
      A. A. Melkman, X. Cheng, W-K. Ching, T. Akutsu
    • 学会等名
      情報処理学会第113回MPS・第50回BIO合同研究発表会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [学会発表] A short review of methods for Caspase cleavage site prediction2017

    • 著者名/発表者名
      B. Yu、M. Simone、T. Takeyuki、K. Mayumi、M. Shingo、H. Hiroshi、S. Jiangning、T. Akutsu
    • 学会等名
      情報処理学会第51回バイオ情報学研究会
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [学会発表] Data Fusion for cleavage target prediction2016

    • 著者名/発表者名
      S.Marini, A. Demartini, F. Vitali, R. Bellazzi, T. Akutsu
    • 学会等名
      Bioinformatics Italian Society National Congress
    • 発表場所
      University of Salerno, Italy
    • 年月日
      2016-06-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-15F15788
  • [学会発表] Extensions and Applications of the Minimum Dominating Set-Based Approach to Controllability of Complex Networks2016

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      Controlling Complex Networks (Satellite Symposium of International School and Conference on Network Science)
    • 発表場所
      韓国・ソウル ・K-Hotel
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [学会発表] Minimum Dominating Set-based Approaches for Analyzing and Controlling Biological Networks2016

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      第26回日本数理生物学会大会
    • 発表場所
      九州大学伊都キャンパス
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [学会発表] Minimum Dominating Set-based Approaches for Analyzing and Controlling Biological Networks2016

    • 著者名/発表者名
      T. Tamura, C-Y. Lin, J-M. Yang, T. Akutsu
    • 学会等名
      IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering
    • 発表場所
      台湾・台中・Sprendor Hotel
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [学会発表] Finding Influential Genes Using Gene Expression Data and Boolean Models of Metabolic Networks2016

    • 著者名/発表者名
      T. Tamura, C-Y. Lin, J-M. Yang, T. Akutsu
    • 学会等名
      IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering
    • 発表場所
      台湾・台中・Splendor Hotel
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [学会発表] Host-pathogen protein interaction prediction based on local topology structures of a protein interaction network2016

    • 著者名/発表者名
      J. Jindalertudomdee, M. Hayashida, J. Song, T. Akutsu
    • 学会等名
      IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering
    • 発表場所
      台湾・台中・Sprendor Hotel
    • 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [学会発表] Minimum Dominating Set-Based Approaches for Controlling and Analyzing Biological Networks2016

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      Controlling Complex Network Systems in Biology (Workshop)
    • 発表場所
      理研和光キャンパス
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [学会発表] Minimum Dominating Set-based Approaches for Analyzing and Controlling Biological Networks2016

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      2016 Biotech and Pharmaceutical Service Platform - Biological Network Analysis Conference
    • 発表場所
      台湾・国立交通大学
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [学会発表] On the efficient identification of proteins with control roles in large networks2015

    • 著者名/発表者名
      M. Ishitsuka, T. Akutsu, J. C. Nacher
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会2015年大会
    • 発表場所
      京都大学宇治キャンパス
    • 年月日
      2015-10-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [学会発表] Minimum Dominating Set-based Approaches for Analyzing and Controlling Biological Networks2015

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      9th Asian Biophysics Association Symposium
    • 発表場所
      Shangyu International Hotel, China
    • 年月日
      2015-05-09
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [学会発表] Prediction of ncRNA-disease association based on sequence expression and tripartite network2015

    • 著者名/発表者名
      H. Ngouv, M. Hayashida, J.C. Nacher, T. Akutsu
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会2015年大会
    • 発表場所
      京都大学宇治キャンパス
    • 年月日
      2015-10-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [学会発表] Integer programming-based method for designing synthetic metabolic networks by Minimum Reaction Insertion in a Boolean Model2015

    • 著者名/発表者名
      W. Lu, T. Tamura, J. Song, T. Akutsu
    • 学会等名
      情報処理学会 バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      慶応義塾大学
    • 年月日
      2015-09-12
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [学会発表] Minimum Dominating Set-based Approach to Analysis and Control of Biological Networks2015

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      The Protein Network Workshop
    • 発表場所
      Institute for Mathematical Sciences, NUS, Singapore
    • 年月日
      2015-06-08
    • 招待講演 / 国際共著/国際学会である
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [学会発表] non-coding RNA-タンパク質相互作用ネットワークとその制御性の特徴分析2014

    • 著者名/発表者名
      香々見春菜, 阿久津達也, ホセ・ナチェル
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      産業技術総合研究所 臨海副都心センター別館
    • 年月日
      2014-12-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [学会発表] Prediction of heterotrimeric protein complexes by two-phase learning using neighboring kernels2014

    • 著者名/発表者名
      Peiying Ruan, Morihiro Hayashida, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      The 20th Asia Pacific Bioinformatics Conference
    • 発表場所
      Fudan University, Shanghai, China
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] ブーリアントネットワークにおけるアトラクターの検出、観測、制御2014

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会 生命システム理論研究会
    • 発表場所
      京都大学 iPS細胞研究所
    • 年月日
      2014-11-18
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26540125
  • [学会発表] 代謝ネットワークの頑健性解析と化学グラフの比較と列挙2014

    • 著者名/発表者名
      阿久津 達也
    • 学会等名
      第27期CAMM(コンピュータによる材料開発・物質設計を考える会)本例会
    • 発表場所
      アイビーホール, 東京
    • 招待講演
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] ベンゼン環を持つ木状化学構造の幅優先探索による列挙手法2013

    • 著者名/発表者名
      Jira Jindalertudomdee, 林田 守広, 阿久津 達也
    • 学会等名
      第36回情報化学討論会
    • 発表場所
      筑波大学
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] Breadth first search approach to enumeration of tree-like chemical compounds2013

    • 著者名/発表者名
      Yang Zhao, Morihiro Hayashida, Jira Jindalertudomdee, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      The 24th International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      Matrix, Biopolis, Singapore
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] On the complexity of the maximum common subgraph problem for partial k-trees of bounded degree2012

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      23rd International Symposium on Algorithms and Computation
    • 発表場所
      National Taiwan University, Taipei, Taiwan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] 遺伝子ネットワークと代謝ネットワークの離散数理モデルとその制御2012

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      2012年電子情報通信学会総合大会
    • 発表場所
      岡山大学
    • 年月日
      2012-03-22
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] 遺伝子ネットワークと代謝ネットワークの離散数理モデルとその制御2012

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      2012年電子情報通信学会総合大会
    • 発表場所
      岡山大学(招待講演)
    • 年月日
      2012-03-22
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] パス頻度の上下限制約を満たす木状化合物の二段階列挙法2012

    • 著者名/発表者名
      鈴木政喜, 永持仁, 阿久津達也
    • 学会等名
      情報処理学会・第28回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      東北大学
    • 年月日
      2012-03-29
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] 上下限パス頻度に基づいた環構造を一つ持つ化合物の列挙法2012

    • 著者名/発表者名
      鈴木政喜, 永持仁, 阿久津達也
    • 学会等名
      第35回情報化学討論会
    • 発表場所
      広島大学
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] Enumerating chemical graphs of 1-tree structure from given upper and lower bounds on path frequencies2012

    • 著者名/発表者名
      Masaki Suzuki, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      23rd International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      National Cheng Kung University, Tainan, Taiwan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] A polynomial-time algorithm for computing the maximum common subgraph of outerplanar graphs of bounded degree2012

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      37th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science
    • 発表場所
      Hotel Sorea Regia, Bratislava, Slovakia
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] Integer programming method for completing ortholog-based gene-protein-reaction network by gene essentiality2012

    • 著者名/発表者名
      Takeyuki Tamura, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      23rd International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      National Cheng Kung University, Tainan, Taiwan
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] Controlling bipartite networks with power-law degree distributions using dominating sets2012

    • 著者名/発表者名
      Jose C. Nacher, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      International Conference on Systems Medicine (SYSMED 2012)
    • 発表場所
      Carton House Hotel & Conference Centre, Dublin, Ireland
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] Analysis on controlling complex networks based on dominating sets2012

    • 著者名/発表者名
      Jose C. Nacher, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences, IC-MSQUARE
    • 発表場所
      Budapest, Hungary
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] ブーリアンネットワークとスケールフリーネットワークの制御2012

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      計測自動制御学会 関西支部 物理と情報をつなぐ次世代システム制御研究会
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2012-10-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] Analyzing metabolic networks using Boolean models2011

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 学会等名
      The International Conference on Computational and Systems Biology 2011
    • 発表場所
      Great Tang Hotel Shanghai, China(招待講演)
    • 年月日
      2011-10-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] An improved clique-based method for computing edit distance between unordered2011

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu, T.Mori, T.Tamura, D.Fukagawa, A.Takasu, E.
    • 学会等名
      The 4th International Workshop on Intelligent Informatics in Biology and Medicine
    • 発表場所
      Korean Bible University, Seol, Korea
    • 年月日
      2011-06-30
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] Analyzing metabolic networks using Boolean models2011

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      Modeling andAnalysis in the Life Sciences: A ReaDiLab Conference in Tokyo
    • 発表場所
      東京大学
    • 年月日
      2011-11-28
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] Enumerating tree-like chemical graphs with given upper and lower bounds on path frequencies2011

    • 著者名/発表者名
      M.Shimizu, H.Nagamochi, T.Akutsu
    • 学会等名
      The 22nd International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      Haeundae Grand Hotel, Busan, Korea
    • 年月日
      2011-12-05
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] Analyzing metabolic networks using Boolean models2011

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      The International Conference on Computational and Systems Biology 2011
    • 発表場所
      Great Tang Hotel Shanghai, China
    • 年月日
      2011-10-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] Analyzing metabolic networks using Boolean models2011

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 学会等名
      Modeling and Analysis in the Life Sciences : A ReaDiLab Conference in Tokyo
    • 発表場所
      東京大学大学院数理科学研究科(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-28
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] Inference and enumeration of chemical structures from feature vectors2011

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 学会等名
      IPAM Workshop II : Optimization, Search and Graph-Theoretical Algorithms for Chemical Compound Space
    • 発表場所
      ULCA, LA, USA
    • 年月日
      2011-04-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] 上下限付きパス頻度に基づく木状化合物の列挙2011

    • 著者名/発表者名
      清水雅章, 永持仁, 阿久津達也
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      京都大学化学研究所
    • 年月日
      2011-03-10
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] An improved clique-based method for computing edit distance between rooted unordered trees2011

    • 著者名/発表者名
      森智弥, 田村武幸, 深川大路, 高須淳宏, 富田悦次, 阿久津達也
    • 学会等名
      情報処理学会・第26回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      神戸大学
    • 年月日
      2011-09-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] Attractor detection and control of Boolean networks2011

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 学会等名
      International Symposium on Symbolic Systems Biology
    • 発表場所
      湘南国際村センター
    • 年月日
      2011-11-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] Control of Boolean networks and probabilistic Boolean networks2010

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 学会等名
      2nd Symposium on Systems and Synthetic Biology
    • 発表場所
      CBRC, Tokyo, Japan(招待講演)
    • 年月日
      2010-10-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] Integer programming-based method for grammar-based tree compression and its application to pattern extraction of glycantree structures2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Zhao, M.Hayashida, T.Akutsu
    • 学会等名
      The 21st International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      The First World Hotel, Hangzhou, China
    • 年月日
      2010-12-16
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] Algorithmic aspects of analysis and control of Boolean networks2010

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      Every Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics
    • 発表場所
      Evry, France
    • 年月日
      2010-05-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] Data compression-based approaches to analysis of biological networks2010

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 学会等名
      The 4th International Conference on Computational Systems Biology
    • 発表場所
      Suzhou University, Suzhou, China(招待講演)
    • 年月日
      2010-09-09
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] Algorithmic aspects of analysis and control of Boolean networks2010

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 学会等名
      Every Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics
    • 発表場所
      Evry, France(招待講演)
    • 年月日
      2010-05-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] Compound analysis via graph kernels incorporating chirality2010

    • 著者名/発表者名
      J.B.Brown, T.Urata, T.Tamura, M.A.Arai, T.Kawabata, T.Akutsu
    • 学会等名
      The 21st International Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      The First World Hotel, Hangzhou, China
    • 年月日
      2010-12-16
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] Control of Boolean networks and probabilistic Boolean networks2010

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      2nd Symposium on Systems and Synthetic Biology
    • 発表場所
      産業技術総合研究所CBRC, 東京
    • 年月日
      2010-10-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] Dynamic programming algorithms for RNA structure prediction with binding sites2010

    • 著者名/発表者名
      U.Poolsap, Y.Kato, T.Akutsu
    • 学会等名
      Pacific Symposium on Biocomputing 2010(PSB 2010)
    • 発表場所
      Fairmont Orchid, Hawaii, USA
    • 年月日
      2010-01-07
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] Mathematical models and computational methods for analysis of structures of biological networks2010

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu
    • 学会等名
      The 2nd International Conference on Advanced Science and Technology
    • 発表場所
      Seagaia, Miyazaki, Japan(招待講演)
    • 年月日
      2010-06-25
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22240009
  • [学会発表] Finding optimal control policy in probabilistic Boolean networks with hard constraints by using integer programming and dynamic programming2010

    • 著者名/発表者名
      X.Chen, T.Akutsu, T.Tamura, T., W-K.Ching
    • 学会等名
      IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine 2010
    • 発表場所
      Hong Kong, China
    • 年月日
      2010-12-19
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-22650045
  • [学会発表] Integer programming-based methods for attractor detection and control of Boolean networks2009

    • 著者名/発表者名
      T.Akutsu, M.Hayashida, T.Tamura
    • 学会等名
      The combined 48th IEEE Conference on Decision and Control and 28th Chinese Control Conference
    • 発表場所
      Shanghai, China
    • 年月日
      2009-12-17
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [学会発表] Enumerating stereoisomers of tree structured molecules using dynanic programming2009

    • 著者名/発表者名
      T.Imada, S.Ota, H.Nagamochi, T.Akutsu
    • 学会等名
      20th International Symposium on Algorithms and Computation(ISAAC 2009)
    • 発表場所
      Ala Moana Hotel, Hawaii, USA
    • 年月日
      2009-12-16
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] A bipartite graph based model of protein domain networks2009

    • 著者名/発表者名
      J. Nacher, T. Ochiai, M. Havashida and T. Akutsu
    • 学会等名
      The First International Conference on Complex Sciences : Theory and Applications
    • 発表場所
      Shanghai, China
    • 年月日
      2009-02-24
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [学会発表] Comparing biological networks via graph compression2009

    • 著者名/発表者名
      M.Hayashida, T.Akutsu
    • 学会等名
      3rd International Symposium on Optimization and Systems Biology
    • 発表場所
      Zhangjiajie, China
    • 年月日
      2009-09-20
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [学会発表] 木構造および化学構造に対する特徴ベクトル : 埋め込み、検索、構造推定2009

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      第12回情報論的学習理論ワークショップ
    • 発表場所
      九州大学医学部 百年講堂
    • 年月日
      2009-10-20
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] 木構造および化学構造に対する特徴ベクトル : 埋め込み、検索、構造推定2009

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      第12回情報論的学習理論ワークショップ
    • 発表場所
      九州大学医学部百年講堂
    • 年月日
      2009-10-20
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19650053
  • [学会発表] Enumerating stereoisomers of tree structured molecules using dynamic programming2009

    • 著者名/発表者名
      T.Imada, S.Ota, H.Nagamochi, T.Akutsu
    • 学会等名
      20th International Symposium on Algorithms and Computation
    • 発表場所
      Hawaii, USA
    • 年月日
      2009-12-16
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] 木の文法圧縮を行う分割型アルゴリズム2009

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      人工知能学会 第77回人工知能基本問題研究会
    • 発表場所
      北海道大学百年記念会館
    • 年月日
      2009-03-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19650053
  • [学会発表] 木構造および化学構造に対する特徴ベクトル:埋め込み、検索、構造推定2009

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      第12回情報論的学習理論ワークショップ
    • 発表場所
      九州大学(福岡)
    • 年月日
      2009-10-20
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] 無順序木の編集距離計算のための厳密アルゴリズム2009

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也, 深川大路, 高須淳宏, 田村武幸
    • 学会等名
      情報処理学会 第129回アルゴリズム研究会
    • 発表場所
      東芝科学館
    • 年月日
      2009-03-05
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19650053
  • [学会発表] 化合物に対するカーネル法 : 分類から設計へ2009

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      第41回 人工知能学会 分子生物情報研究会
    • 発表場所
      京都大学 工学部10号館
    • 年月日
      2009-08-28
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] 木構造および化学構造に対する特徴ベクトル : 埋め込み、検索、構造推定2009

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      第12回情報論的学習理論ワークショップ
    • 発表場所
      九州大学
    • 年月日
      2009-10-20
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] Measuring structural robustness of metabolic networks under a Boolean model using integer programming and feedback vertex2009

    • 著者名/発表者名
      T. Tamura, K. Takemoto and T. Akutsu
    • 学会等名
      The 2nd International Workshop on Intelligent Informatics in Biology and Medicine
    • 発表場所
      福岡工業大学
    • 年月日
      2009-03-19
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [学会発表] Improved algorithms for enumerating tree-like chemical graphs with given path frequency2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Ishida, L. Zhao, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 学会等名
      The 19th Int. Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      Gold Coast, Australia
    • 年月日
      2008-12-01
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] Structural Analysis of Biological Information Networks2008

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      RERF Symposium on Bioinformatics
    • 発表場所
      放射線影響研究所(広島)
    • 年月日
      2008-03-24
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [学会発表] 列挙型アルゴリズムのバイオインフォマティクスへの応用2008

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      第7回情報科学技術フォーラム
    • 発表場所
      慶応義塾大学(神奈川)
    • 年月日
      2008-09-02
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] Improved algorithms for enumerating tree-like chemical graphs with given path frequency2008

    • 著者名/発表者名
      Y.Ishida, L.Zhao, H.Nagamochi, T.Akutsu
    • 学会等名
      The 19th Int.Conference on Genome Informatics
    • 発表場所
      Gold Coast, Australia
    • 年月日
      2008-12-01
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] An improved algorithm for detecting a singleton attractor in a Boolean network consisting of AND/OR nodes2008

    • 著者名/発表者名
      T. Tamura and T. Akutsu
    • 学会等名
      The 3rd International Conference on Algebraic Biology
    • 発表場所
      Hagenberg, Austria
    • 年月日
      2008-07-31
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [学会発表] Detection and enumeration of steady states in biological information networks2008

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      Kyoto RIMS Workshop on Acceleration and Visualization of Computation for Enumeration Problems
    • 発表場所
      京都大学数理解析研究所
    • 年月日
      2008-09-30
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [学会発表] 不斉炭素原子を考慮した化合物に対するグラフカーネル法2008

    • 著者名/発表者名
      浦田隆史, J.B.Brown, 田村武幸, 川端猛夫, 阿久津達也
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      九州大学(福岡)
    • 年月日
      2008-03-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] 列挙型アルゴリズムのバイオインフォマティクスヘの応用2008

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      第7回情報科学技術フォーラム
    • 発表場所
      慶応義塾大学
    • 年月日
      2008-09-02
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] 遺伝子ネットワークの離散モデルとその制御2008

    • 著者名/発表者名
      阿久津 達也
    • 学会等名
      第2回SICE生物制御システム調査研究会
    • 発表場所
      京都工芸繊維大学
    • 年月日
      2008-01-31
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [学会発表] 木の編集距離の近似アルゴリズム2008

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      日本オペレーシヨンズ・リサーチ学会コンピュテーシヨン研究部会
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2008-12-04
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19650053
  • [学会発表] Prediction of RNA secondary structure with pseudoknots using integer Drogramming2008

    • 著者名/発表者名
      U. Poolsap, Y. Kato, T. Akutsu
    • 学会等名
      8th International Workshop on Bioinformatics, Systems Biology
    • 発表場所
      Berlin, Germany
    • 年月日
      2008-06-08
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] 化合物に対するカーネル法 -分類から設計へ-2008

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      人工知能学会第71回人工知能基本問題研究会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2008-09-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] On distribution and enumeration of attractors in probabilistic Boolean networks2008

    • 著者名/発表者名
      Akutsu, M Hayashida, T. Tamura and W-K Ching
    • 学会等名
      ReaDiLab : Mathematical Understanding of Complex Systems arising in Biology and Medicine
    • 発表場所
      明治大学
    • 年月日
      2008-10-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [学会発表] 酸化ストレス化におけるアポトーシス制御機構の数理的解明2008

    • 著者名/発表者名
      毛利一成,J. C. Nacher,阿久津達也
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      2008-12-03
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [学会発表] Algorithms for inference, analysis and control of Boolean networks2008

    • 著者名/発表者名
      Akutsu, T., Hayashida, M., Tamura, T.
    • 学会等名
      The 3rd International Conference on Algebraic Biology
    • 発表場所
      Hagenberg, Austria
    • 年月日
      2008-07-31
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [学会発表] Prediction of protein beta-sheets : dynamic programming versus grammatical approach2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Kato, T. Akutsu, H. Seki
    • 学会等名
      3rd IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics
    • 発表場所
      Melbourne, Australia
    • 年月日
      2008-10-15
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] Improved approximation of the largest common subtree of two unordered trees of bounded height2008

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu, D. Fukagawa, A. Takasu
    • 学会等名
      電子情報通信学会コンピューテーション研究会
    • 発表場所
      九州産業大学
    • 年月日
      2008-05-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19650053
  • [学会発表] On distribution and enumeration of attractors in probabilistic Boolean networks2008

    • 著者名/発表者名
      M. Hayashida, T. Tamura, T. Akutsu and W-K Ching
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology
    • 発表場所
      Lijiang, China
    • 年月日
      2008-11-01
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [学会発表] Kernel-based approachs to classification and design of chemical compounds2008

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      The 2nd Taiwan-Japan Young Researchers Conferenceon Computational and Systems Biology
    • 発表場所
      産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
    • 年月日
      2008-11-05
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] A graph kernel method incorporating chirality2007

    • 著者名/発表者名
      T.Urata, J.B.Brown, T. Tamura, T.Kawabata, T. Akutsu
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会年会
    • 発表場所
      日本未来館(東京)
    • 年月日
      2007-12-19
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] 生育温度による代謝ネットワーク構造の差異2007

    • 著者名/発表者名
      竹本和広, ホセ・C・ナチェル, 阿久津達也
    • 学会等名
      情報処理学会 バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      はこだて未来大学
    • 年月日
      2007-09-13
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-17017019
  • [学会発表] Subcellular location prediction of proteins using support vector machines with alignment and amino acid composition2007

    • 著者名/発表者名
      T., Tamura, T., Akutsu
    • 学会等名
      IPSJ, Special Interest Group on Bioinformatics
    • 発表場所
      Osaka University
    • 年月日
      2007-03-05
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] Hardness results on local multiple alignment of biological sequences2007

    • 著者名/発表者名
      T., Akutsu, H., Arimura, S.,Shimozono
    • 学会等名
      IPSJ, Special Interest Group on Bioinformatics
    • 発表場所
      Osaka University
    • 年月日
      2007-03-05
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] アラインメントとアミノ酸構成比に基づいたサポートベクターマシンによるタンパク質の細胞内局在予測2007

    • 著者名/発表者名
      田村武幸, 阿久津達也
    • 学会等名
      情報処理学会 第8回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      大阪大学
    • 年月日
      2007-03-05
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] 生物配列の局所マルチプルアラインメントの計算困難性2007

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也, 有村博紀, 下薗真一
    • 学会等名
      情報処理学会 第8回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      大阪大学
    • 年月日
      2007-03-05
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] An efficient algorithm for generating colored outerplanar graphs2007

    • 著者名/発表者名
      W. Jiexun, Z. Liang, H. Nagamochi and T. Akutsu
    • 学会等名
      The 4th Annual Conference on Theory and Applications of Models of Computation
    • 発表場所
      Shanghai, China
    • 年月日
      2007-05-25
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] A graph kernel method incorporating chirality2007

    • 著者名/発表者名
      T. Urata, J. B. Brown, T. Tamura, T. Kawabata, T. Akutsu
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会年会
    • 発表場所
      日本未来館 (東京)
    • 年月日
      2007-12-18
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19200022
  • [学会発表] Image compression-based approach to measuring the similarity of protein structures2007

    • 著者名/発表者名
      M. Hayashida and T. Akutsu
    • 学会等名
      The Seventh Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology
    • 発表場所
      東京大学医科学研究所
    • 年月日
      2007-07-31
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-19650053
  • [学会発表] Optimizing amino acid substitution matrices with local alignment kernels2006

    • 著者名/発表者名
      H., Saigo, J-P., Vert, T., Akutsu
    • 学会等名
      IPSJ, Special Interest Group on Mathematical Modeling and Problem Solving
    • 発表場所
      Toyooka, Hyogo
    • 年月日
      2006-03-17
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] Kernel-based approaches to classification and design of protein sequences and chemical compounds2006

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      The First Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics
    • 発表場所
      東京大学
    • 年月日
      2006-03-13
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] Kernel-based approaches to classification and design of protein sequences and chemical compounds2006

    • 著者名/発表者名
      T., Akutsu
    • 学会等名
      The First Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics
    • 発表場所
      The University of Tokyo
    • 年月日
      2006-03-13
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] Inferring a chemical structure from a feature vector based on frequency of labeled paths and small fragments2006

    • 著者名/発表者名
      T., Akutsu, D., Fukagawa
    • 学会等名
      IPSJ, Special Interest Group on Bioinformatics
    • 発表場所
      Hokkaido University
    • 年月日
      2006-02-10
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] 木の編集距離の文字列の編集距離による近似2006

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也, 深川大路, 高須淳宏
    • 学会等名
      電子情報通信学会コンピューテーション研究会
    • 発表場所
      九州工業大学
    • 年月日
      2006-05-24
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] Enumerating tree-like chemical structures from feature vector2006

    • 著者名/発表者名
      H., Fujiwara, Z., Liang, H., Nagamochi, T., Akutsu
    • 学会等名
      IPSJ, Special Interest Group on Bioinformatics
    • 発表場所
      The University of Electro-Communications
    • 年月日
      2006-12-22
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] 特徴ベクトルからの化学構造の推定2006

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也, 深川大路
    • 学会等名
      情報処理学会 第4回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2006-02-10
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] 局所アラインメントカーネルを用いたアミノ酸置換行列の最適化2006

    • 著者名/発表者名
      西郷浩人, J-P. Vert, 阿久津達也
    • 学会等名
      情報処理学会 第58回数理モデル化と問題解決研究会
    • 発表場所
      兵庫県豊岡市
    • 年月日
      2006-03-17
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] Approximating tree edit distance through string edit distance2006

    • 著者名/発表者名
      T., Akutsu, D., Fukagawa, A., Takasu
    • 学会等名
      IEICE, Technical Group on Computation
    • 発表場所
      Kyushu Institute of Technology
    • 年月日
      2006-05-24
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] 特徴ベクトルに基づく木状の化学分子の列挙アルゴリズム2006

    • 著者名/発表者名
      藤原大樹, 趙亮, 永持仁, 阿久津達也
    • 学会等名
      情報処理学会 第7回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      電気通信大学
    • 年月日
      2006-12-22
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] パス頻度ベクトルからのグラフ推定問題の困難性について2005

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也, 深川大路
    • 学会等名
      電子情報通信学会 コンピューテーション研究会
    • 発表場所
      関西学院大学
    • 年月日
      2005-04-18
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] Kernel-based approaches to classification and design of protein sequences and chemical compounds2005

    • 著者名/発表者名
      T., Akutsu
    • 学会等名
      2005 International Joint Conference of InCoB(AASBi and KSBI)
    • 発表場所
      Busan, Korea
    • 年月日
      2005-09-22
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] Kernel-based approaches to classification and design of protein sequences and chemical compounds2005

    • 著者名/発表者名
      T. Akutsu
    • 学会等名
      2005 International Joint Conference of InCoB, AASBi and KSBI
    • 発表場所
      Busan, Korea
    • 年月日
      2005-09-22
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] On the complexity of inferring a graph from path frequency2005

    • 著者名/発表者名
      T., Akutsu, D., Fukagawa
    • 学会等名
      IEICE, Technical Group on Computation
    • 発表場所
      Kwansei Gakuin University
    • 年月日
      2005-04-18
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] Algorithms for point set matching with k-differences2004

    • 著者名/発表者名
      T., Akutsu
    • 学会等名
      IEICE, Technical Group on Computation
    • 発表場所
      Kyoto University
    • 年月日
      2004-04-22
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] k個のミスマッチを許した点集合マッチング・アルゴリズム2004

    • 著者名/発表者名
      阿久津達也
    • 学会等名
      電子情報通信学会 コンピューテーション研究会
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2004-04-22
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] Fast algorithms for comparison of similar unordered trees2004

    • 著者名/発表者名
      D., Fukagawa, T., Akutsu
    • 学会等名
      IEICE, Technical Group on Computation
    • 発表場所
      Hokkaido University
    • 年月日
      2004-09-17
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] 類似度の高い無順序木の比較に対する高速アルゴリズム2004

    • 著者名/発表者名
      深川大路, 阿久津達也
    • 学会等名
      電子情報通信学会 コンピューテーション研究会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2004-09-17
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-16300092
  • [学会発表] Computing Smallest Intervention Strategies for Multiple Metabolic Networks in a Boolean Model

    • 著者名/発表者名
      Wei Lu, Takeyuki Tamura, Jiangning Song, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      14th International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology
    • 発表場所
      Humboldt University, Berlin, Germany
    • 年月日
      2014-07-20 – 2014-07-23
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [学会発表] ナフタレン環を持つ木状化学構造の幅優先探索による列挙手法

    • 著者名/発表者名
      Jindalertudomdee Jira, 林田守広, 趙楊, 阿久津達也
    • 学会等名
      第37回情報化学討論会
    • 発表場所
      豊橋商工会議所
    • 年月日
      2014-11-27 – 2014-11-28
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • [学会発表] Parallelization of Enumerating Tree-like Chemical Compounds by Breadth-first Search Order

    • 著者名/発表者名
      Morihiro Hayashida, Jira Jindalertudomdee, Yang Zhao, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      The 8th International Conference on Systems Bioloy
    • 発表場所
      Qingdao, China
    • 年月日
      2014-10-24 – 2014-10-27
    • データソース
      KAKENHI-PROJECT-26240034
  • 1.  宮野 悟 (50128104)
    共同の研究課題数: 6件
    共同の研究成果数: 6件
  • 2.  永持 仁 (70202231)
    共同の研究課題数: 5件
    共同の研究成果数: 53件
  • 3.  林田 守広 (40402929)
    共同の研究課題数: 4件
    共同の研究成果数: 38件
  • 4.  丸山 修 (20282519)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 1件
  • 5.  細川 浩 (90359779)
    共同の研究課題数: 3件
    共同の研究成果数: 1件
  • 6.  五斗 進 (40263149)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 2件
  • 7.  川端 猛夫 (50214680)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 5件
  • 8.  久原 哲 (00153320)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 9.  松田 秀雄 (50183950)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 10.  篠原 歩 (00226151)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 0件
  • 11.  上田 展久 (80346048)
    共同の研究課題数: 2件
    共同の研究成果数: 12件
  • 12.  望月 敦史 (10304726)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 13.  時田 恵一郎 (00263195)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 14.  前川 真吾 (30467401)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 1件
  • 15.  五十嵐 善英 (60006260)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 16.  茂木 和弘 (00251124)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 17.  白石 洋一 (80261858)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 18.  西谷 泰昭 (60198463)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 19.  金久 實 (70183275)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 20.  高木 利久 (30110836)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 21.  下薗 真一 (70243988)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 22.  正代 隆義 (50226304)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 23.  森下 真一 (90292854)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 24.  後藤 修 (40142111)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 25.  土井 晃一郎 (10345126)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 26.  瀬々 潤 (40361539)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 27.  佐藤 賢二 (10215783)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 28.  服部 正泰 (60372554)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 29.  奥野 恭史 (20283666)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 30.  松野 浩嗣 (10181744)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 31.  大海 忍 (20160046)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 32.  井元 清哉 (10345027)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 33.  坂内 英夫 (20323644)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 34.  中井 謙太 (60217643)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 35.  森 浩禎 (90182203)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 36.  蓑島 伸生 (90181966)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 37.  内田 智之 (70264934)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 38.  西田 友是 (10131690)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 39.  原口 和也 (80453356)
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 3件
  • 40.  WILKINSON Ti
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 41.  MCCANN Julie
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 42.  MURRAY Kevin
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 43.  DOWLING Geof
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 44.  OSMON Peter
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 45.  浅井 潔
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 46.  MARINI SIMONE
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 2件
  • 47.  LIN CHUN-YU
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 9件
  • 48.  SUN LIANGJIE
    共同の研究課題数: 1件
    共同の研究成果数: 0件
  • 49.  ナチェル ホセ
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 7件
  • 50.  深川 大路
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 51.  田村 武幸
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 3件
  • 52.  竹本 和広
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件
  • 53.  Shurbevski A
    共同の研究課題数: 0件
    共同の研究成果数: 1件

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