櫻庭俊 Sakuraba Shun

研究者番号	90647380
その他のID
所属 (現在)	2025年度: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 上席研究員
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2021年度 – 2024年度: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 主幹研究員 2020年度 – 2021年度: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 主任研究員 2018年度 – 2020年度: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学領域, 主任研究員(任常) 2018年度: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 関西光科学研究所量子生命科学研究部, 主任研究員(任常) 2016年度 – 2017年度: 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任助教
審査区分/研究分野	研究代表者複合領域 / 中区分13:物性物理学およびその関連分野 / 生物物理・化学物理・ソフトマターの物理研究代表者以外学術変革領域研究区分(Ⅲ) / 中区分62:応用情報学およびその関連分野 / システムゲノム科学
キーワード	研究代表者分子動力学法 / 分子動力学 / 分子動力学シミュレーション / 拡張アンサンブル / 分子シミュレーション / 自由エネルギー計算 / 力場 / タンパク質 / ハイブリッドモンテカルロ法 / タンパク質構造 … もっと見る / 構造サンプリング / 主成分分析 / 質量テンソル分子動力学法 / 機械学習 / 敵対的生成ネットワーク / 生成モデル / パラメータサーチ / 記号回帰 / 活性化エネルギー / 発動分子 / 拡張アンサンブル法 / 経験的原子価結合法 / 化学物理 / リボ核酸 / 古典分子動力学シミュレーション / 零多重極子和法 / 二次構造予測 / 修飾核酸 / N6-メチルアデニン / イノシン / 力場パラメータ / 修飾核酸塩基 / RNA修飾 / RNA … もっと見る研究代表者以外分子動力学 / RNA２次構造 / 修飾塩基 / 種間障壁 / 自他識別 / 受精前障壁 / MDシミュレーション / 有機化学 / タンパク質間相互作用 / 生殖 / 植物 / mRNA翻訳 / 翻訳効率 / RNA修飾塩基 / 異分野技術融合 / 国際活動支援 / 異分野コア技術群支援 / ゲノム動態 / 繁殖適応戦略 / 両性花 / エピトランスクリプトーム解析 / エピとランスクリプトーム解析 / ＲＮＡ2次構造 / エヒトランスプリクトーム / RNA2次構造 / エネルギーパラメタ / バイオインフォマティクス / エピトランスクリプトーム隠す

植物の挑戦的な繁殖適応戦略を駆動する両性花とその可塑性を支えるゲノム動態
- 研究代表者
  
  赤木剛士
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2026
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅲ)
- 研究機関
  岡山大学
植物両性花システムにおける生殖選択コアの動的分子機構
- 研究代表者
  
  藤井壮太
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2026
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(A)
- 審査区分
  
  学術変革領域研究区分(Ⅲ)
- 研究機関
  東京大学
修飾塩基を持つRNAの情報解析基盤技術の開発
- 研究代表者
  
  浅井潔
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分62:応用情報学およびその関連分野
- 研究機関
  東京大学
分布適合原理と機械学習に基づくシミュレーション技法の開拓研究代表者
- 研究代表者
  
  櫻庭俊
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2023
- 研究種目
  
  挑戦的研究(萌芽)
- 審査区分
  
  中区分13:物性物理学およびその関連分野
- 研究機関
  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構
タンパク質の大きな構造変化をさっと出す研究代表者
- 研究代表者
  
  櫻庭俊
- 研究期間 (年度)
  2020 – 2021
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  複合領域
- 研究機関
  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構
拡張アンサンブル法と経験的原子価結合法による生体発動分子の解析研究代表者
- 研究代表者
  
  櫻庭俊
- 研究期間 (年度)
  2019 – 2020
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 審査区分
  
  複合領域
- 研究機関
  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構
修飾核酸の分子動力学計算のための基盤構築研究代表者
- 研究代表者
  
  櫻庭俊
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2019
- 研究種目
  
  若手研究(B)
- 研究分野
  
  生物物理・化学物理・ソフトマターの物理
- 研究機関
  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構
   東京大学
エピトランスクリプトーム解析のためのRNAインフォマティクス基盤技術
- 研究代表者
  
  浅井潔
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2018
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  システムゲノム科学
- 研究機関
  東京大学

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017 2016

すべて雑誌論文学会発表産業財産権

[雑誌論文] Prediction of Ciclesonide Binding Site on Middle-East Respiratory Syndrome Coronavirus Nsp15 Multimer by Molecular Dynamics Simulations2021
- 著者名/発表者名
  Sakuraba Shun, Kono Hidetoshi
- 雑誌名
  
  chemrxiv
  
  巻: -
- DOI
  10.26434/chemrxiv.13602731.v1
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05410
[雑誌論文] Modeling the SARS-CoV-2 nsp1-5’-UTR complex via the extended ensemble simulations2021
- 著者名/発表者名
  Sakuraba Shun, Xie Qilin, Kasahara Kota, Iwakiri Junichi, Kono Hidetoshi
- 雑誌名
  
  bioRxiv
  
  巻: -
- DOI
  10.1101/2021.02.24.432807
- オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05410
[雑誌論文] Free-Energy Calculation of Ribonucleic Inosines and Its Application to Nearest-Neighbor Parameters2020
- 著者名/発表者名
  Sakuraba Shun、Iwakiri Junichi、Hamada Michiaki、Kameda Tomoshi、Tsuji Genichiro、Kimura Yasuaki、Abe Hiroshi、Asai Kiyoshi
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 16 号: 9 ページ: 5923-5935
- DOI
  10.1021/acs.jctc.0c00270
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K12041, KAKENHI-PUBLICLY-19H05410, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Performance Evaluation of the Zero-Multipole Summation Method in Modern Molecular Dynamics Software2018
- 著者名/発表者名
  Shun Sakuraba, Ikuo Fukuda
- 雑誌名
  
  Journal of Computational Chemistry
  
  巻: 印刷中号: 20 ページ: 1551-1560
- DOI
  10.1002/jcc.25228
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K17778
[雑誌論文] Capturing alternative secondary structures of RNA by decomposition of base-pairing probabilities2018
- 著者名/発表者名
  Hagio Taichi、Sakuraba Shun、Iwakiri Junichi、Mori Ryota、Asai Kiyoshi
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 19 号: Suppl 1 ページ: 38-38
- DOI
  10.1186/s12859-018-2018-4
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143, KAKENHI-PROJECT-16K17778, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-16H02484
[雑誌論文] Enhanced Sampling of Molecular Dynamics Simulations of a Polyalanine Octapeptide: Effects of the Periodic Boundary Conditions on Peptide Conformation2018
- 著者名/発表者名
  Kasahara Kota、Sakuraba Shun、Fukuda Ikuo
- 雑誌名
  
  The Journal of Physical Chemistry B
  
  巻: 122 号: 9 ページ: 2495-2503
- DOI
  10.1021/acs.jpcb.7b10830
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17K05143, KAKENHI-PROJECT-16K17778, KAKENHI-PROJECT-16K18526
[雑誌論文] Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data2018
- 著者名/発表者名
  Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
- 雑誌名
  
  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
  
  巻: 印刷中
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K17778
[雑誌論文] Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data2018
- 著者名/発表者名
  Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, and Michiaki Hamada
- 雑誌名
  
  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
  
  巻: - 号: 5 ページ: 1645-1655
- DOI
  10.1109/tcbb.2018.2813388
- 説明
  in press
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-16H05879, KAKENHI-PROJECT-16H02484
[産業財産権] 新規ヒトインターロイキンー１８変異体及びその用途2021
- 発明者名
  田中義正, 櫻庭俊
- 権利者名
  長崎大、神戸医療産業機構、量研機構
- 産業財産権種類
  特許
- 産業財産権番号
  2021-019418
- 出願年月日
  2021
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05410
[学会発表] 多腕banditによるタンパク質安定化提案の成功と失敗2023
- 著者名/発表者名
  櫻庭俊
- 学会等名
  CPS研究会2023年勉強会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K20907
[学会発表] 記号回帰による軽量な相互作用関数の探索2023
- 著者名/発表者名
  櫻庭俊
- 学会等名
  第37回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K20907
[学会発表] 記号回帰による量子相互作用模倣2022
- 著者名/発表者名
  櫻庭俊
- 学会等名
  量子生命科学会第4回大会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K20907
[学会発表] 記号回帰による「都合の良い」ポテンシャル関数の探索2022
- 著者名/発表者名
  櫻庭俊
- 学会等名
  第36回　分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K20907
[学会発表] モデリング構造に基づく経験的原子価結合法による酵素反応活性化エネルギー予測2021
- 著者名/発表者名
  櫻庭　俊
- 学会等名
  発動分子科学　第五回領域会議
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05410
[学会発表] SARS-CoV-2 nsp1の自己認識機構をさぐる2021
- 著者名/発表者名
  櫻庭　俊
- 学会等名
  計算タンパク質科学研究会第1回オンライン勉強会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05410
[学会発表] 経験的原子価結合法による酵素の活性化自由エネルギー計算2020
- 著者名/発表者名
  櫻庭　俊
- 学会等名
  量子生命科学会第２回大会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05410
[学会発表] A COMPUTATIONAL STUDY OF FREE-ENERGY CHANGES UPON PROTEIN MUTATIONS2020
- 著者名/発表者名
  Shun Sakuraba
- 学会等名
  2020 Biophysical Society Annual Meeting
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05410
[学会発表] モデリング構造に基づく経験的原子価結合法による酵素反応活性化エネルギー予測2020
- 著者名/発表者名
  櫻庭　俊
- 学会等名
  発動分子科学　第四回領域会議
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05410
[学会発表] Stable Interdomain Interfaces of Heterochromatin Protein 1: Modeling all-atom Dinucleosome HP1 complex2019
- 著者名/発表者名
  Amarjeet Kumar, Shun Sakuraba, Atsushi Matsumoto, Hidetoshi Kono
- 学会等名
  3rd QST International Symposium
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K17778
[学会発表] Empirical Valence Bond Calculation of Triosephosphate Isomerase2019
- 著者名/発表者名
  Shun Sakuraba
- 学会等名
  The 1st International Symposium on Molecular Engine
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05410
[学会発表] FEP/REST法によるタンパク質変異体の自由エネルギー計算2019
- 著者名/発表者名
  櫻庭俊
- 学会等名
  第33回分子シミュレーション討論会, 分子シミュレーション学会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05410
[学会発表] RNA nearest-neighbor parameters for inosine-cytosine pairs derived from a combined experiment-simulation approach2019
- 著者名/発表者名
  Shun Sakuraba, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Tomoshi Kameda, Genichiro Tsuji, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Kiyoshi Asai
- 学会等名
  Annual Meeting of the Biophysical Society
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K17778
[学会発表] FEP/RESTによるタンパク質の変異安定性予測2019
- 著者名/発表者名
  櫻庭　俊
- 学会等名
  計算タンパク質科学研究会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K17778
[学会発表] FEP/RESTによるタンパク質の変異安定性予測2019
- 著者名/発表者名
  櫻庭俊
- 学会等名
  CPS研究会2019年勉強会
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05410
[学会発表] FEP/REST法によるタンパク質変異体の自由エネルギー計算2019
- 著者名/発表者名
  櫻庭　俊
- 学会等名
  第33回分子シミュレーション討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K17778
[学会発表] Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data2017
- 著者名/発表者名
  Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
- 学会等名
  The 28th International Conference on Genome Informatics GIW/BIOINFO 2017
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02484
[学会発表] Capturing Alternative Secondary Structures of RNA by Decomposition of Base Pairing Probabilities2017
- 著者名/発表者名
  Taichi Hagio, Shun Sakuraba, Junichi Iwakiri, Ryota Mori and Kiyoshi Asai
- 学会等名
  The 28th International Conference on Genome Informatics GIW/BIOINFO 2017
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02484
[学会発表] Predicting RNA-RNA duplex dimerization energy from the molecular dynamics simulation2016
- 著者名/発表者名
  Shun Sakuraba, Tomoshi Kameda and Kiyoshi Asai
- 学会等名
  RNA2016
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02484

1. 浅井潔 (30356357)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 4件
2. 阿部洋 (80415067)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
3. 藤井壮太 (90716713)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
4. 草野修平 (80759291)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
5. 浜田道昭 (00596538)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
6. 亀田倫史 (40415774)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
7. 赤木剛士 (50611919)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
8. 木下哲 (60342630)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
9. 伊藤寿朗 (90517096)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
10. 榊原恵子 (90590000)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
11. 奥田哲弘 (90727702)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
12. 清水健太郎 (10742629)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
13. 井澤毅 (10263443)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
14. 白澤健太 (60527026)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
15. 渡辺正夫 (90240522)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
16. 内田誠一 (70315125)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
17. 遠藤真咲 (40546371)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
18. 小田原瑛美子 (40802054)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
19. 越阪部晃永 (70632107)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
20. 加藤義宣 (10869390)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
21. 岩切淳一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
22. 福田育夫

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
23. 位田隆一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

櫻庭 俊 Sakuraba Shun

研究課題

研究成果

共同研究者

植物の挑戦的な繁殖適応戦略を駆動する両性花とその可塑性を支えるゲノム動態

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

植物両性花システムにおける生殖選択コアの動的分子機構

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

修飾塩基を持つRNAの情報解析基盤技術の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

分布適合原理と機械学習に基づくシミュレーション技法の開拓研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

タンパク質の大きな構造変化をさっと出す研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

拡張アンサンブル法と経験的原子価結合法による生体発動分子の解析研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

修飾核酸の分子動力学計算のための基盤構築研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

エピトランスクリプトーム解析のためのRNAインフォマティクス基盤技術

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

[雑誌論文] Prediction of Ciclesonide Binding Site on Middle-East Respiratory Syndrome Coronavirus Nsp15 Multimer by Molecular Dynamics Simulations2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Modeling the SARS-CoV-2 nsp1-5’-UTR complex via the extended ensemble simulations2021

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Free-Energy Calculation of Ribonucleic Inosines and Its Application to Nearest-Neighbor Parameters2020

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Performance Evaluation of the Zero-Multipole Summation Method in Modern Molecular Dynamics Software2018

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Capturing alternative secondary structures of RNA by decomposition of base-pairing probabilities2018

著者名/発表者名

雑誌名

DOI

データソース

[雑誌論文] Enhanced Sampling of Molecular Dynamics Simulations of a Polyalanine Octapeptide: Effects of the Periodic Boundary Conditions on Peptide Conformation2018

著者名/発表者名

雑誌名

櫻庭俊 Sakuraba Shun