浅井潔 Asai Kiyoshi

研究者番号	30356357
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所属 (現在)	2025年度: 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 2025年度: 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 招聘研究員
所属 (過去の研究課題情報に基づく) *注記	2021年度 – 2024年度: 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 2015年度 – 2019年度: 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 2012年度 – 2015年度: 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 2010年度 – 2011年度: 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 2009年度: 東京大学, 新学術領域創成科学研究科, 教授 2003年度 – 2009年度: 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 2002年度: 産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター, 主任研究員
審査区分/研究分野	研究代表者中区分62:応用情報学およびその関連分野 / システムゲノム科学 / 生命・健康・医療情報学 / 生体生命情報学研究代表者以外生物系 / 生命・健康・医療情報学
キーワード	研究代表者 RNA２次構造 / 翻訳効率 / RNA修飾塩基 / 修飾塩基 / RNA2次構造 / バイオインフォマティクス / 配列設計 / mRNA翻訳 / エピトランスクリプトーム解析 / エピとランスクリプトーム解析 … もっと見る / ＲＮＡ2次構造 / エヒトランスプリクトーム / エネルギーパラメタ / 分子動力学 / エピトランスクリプトーム / RNA立体構造 / RNA・タンパク質相互作用 / RNAタンパク質相互作用 / ドッキング計算 / RNA-タンパク質相互作用 / RNA-RNA相互作用 / 確率モデル / マイクロRNA / snoRNA / RNA / 機能性RNA … もっと見る研究代表者以外ゲノム / メタゲノム / エピゲノム / バイオインフォマティクス / リシーケンシング / 次世代DNAシーケンサー / スーパーコンピュータ / 空間的オミックス解析 / RNA解析 / ゲノム・メタゲノム / 次世代シーケンサー / シングルセル解析 / オミックス解析 / ゲノムアノテーション / ゲノム多型 / ゲノムアッセンブル / スーパーコンピューター / メタゲノム解析 / 1細胞解析 / RNA-Seq / 新規ゲノム配列決定 / 配列検索 / データベース検索 / 暗号 / 化合物 / プライバシー / 準同型暗号 / 配列アラインメント / PPDM / 隠れマルコフモデル / アラインメント / 化合物検索 / プライバシー保護 / machine learning / stochastic model / gene finding / sequence analysis / bioinformatics / ソフトウェア / アルゴリズム / コンピュータ / アノテーション / 遺伝子 / ヒト / データマイニング / 認識アルゴリズム / 学習アルゴリズム / 統計推定 / 生物配列解析 / ゲノム生物学 / カーネル法 / 機械学習 / 確率モデル / 遺伝子発見 / 配列解析 / 次世代DNAシーケンサ / インフォームドコンセント / GWAS / 個人ゲノム / de novo配列決定 / ChIP-seq / RNA-seq / スコア行列 / 2次構造 / 構造的アライメント / 非コードRNA / 分子進化距離 / シンテニーブロック / 次世代シークエンサー / アセンブリ / 機能性RNA / 2次構造予測 / ゲノム再編成 / マルチプルアライメント / 比較ゲノム隠す

化学修飾を含むmRNA配列設計の基盤技術研究代表者
- 研究代表者
  
  浅井潔
- 研究期間 (年度)
  2024 – 2027
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分62:応用情報学およびその関連分野
- 研究機関
  東京大学
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム
- 研究代表者
  
  黒川顕
- 研究期間 (年度)
  2022 – 2027
- 研究種目
  
  学術変革領域研究(学術研究支援基盤形成)
- 研究機関
  国立遺伝学研究所
修飾塩基を持つRNAの情報解析基盤技術の開発研究代表者
- 研究代表者
  
  浅井潔
- 研究期間 (年度)
  2021 – 2023
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 審査区分
  
  中区分62:応用情報学およびその関連分野
- 研究機関
  東京大学
エピトランスクリプトーム解析のためのRNAインフォマティクス基盤技術研究代表者
- 研究代表者
  
  浅井潔
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2018
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  システムゲノム科学
- 研究機関
  東京大学
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム
- 研究代表者
  
  小原雄治
- 研究期間 (年度)
  2016 – 2021
- 研究種目
  
  新学術領域研究（研究領域提案型）『学術研究支援基盤形成』
- 研究機関
  国立遺伝学研究所
RNA・タンパク質相互作用の網羅的予測と検証研究代表者
- 研究代表者
  
  浅井潔
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2015
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  東京大学
プライバシー保護バイオインフォマティクス基盤技術の開発と応用
- 研究代表者
  
  浜田道昭
- 研究期間 (年度)
  2013 – 2015
- 研究種目
  
  挑戦的萌芽研究
- 研究分野
  
  生命・健康・医療情報学
- 研究機関
  早稲田大学
   東京大学
ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援
- 研究代表者
  
  小原雄治
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2015
- 研究種目
  
  新学術領域研究(研究領域提案型)
- 研究機関
  国立遺伝学研究所
マイクロＲＮＡおよびｓｎｏＲＮＡとその標的の網羅的予測研究代表者
- 研究代表者
  
  浅井潔
- 研究期間 (年度)
  2010 – 2012
- 研究種目
  
  基盤研究(A)
- 研究分野
  
  生体生命情報学
- 研究機関
  東京大学
比較ゲノム解析のための情報変換モデルの構築と計算手法の開発
- 研究代表者
  
  榊原康文
- 研究期間 (年度)
  2005 – 2009
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  慶應義塾大学
情報表現モデルによるゲノム配列情報のモデル化と予測
- 研究代表者
  
  矢田哲士
- 研究期間 (年度)
  2000 – 2004
- 研究種目
  
  特定領域研究
- 審査区分
  
  生物系
- 研究機関
  京都大学
   東京大学
   理化学研究所

[図書] Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology2018
- 著者名/発表者名
  Junichi Iwakiri, Kiyoshi Asai
- 総ページ数
  3284
- 出版者
  Elsevier
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[図書] RNA structural alignments, part II: non-Sankoff approaches for structural alignments N.J.: Clifton, RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods, Methods in molecular biology.2014
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
- 総ページ数
  11
- 出版者
  Springer
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[図書] 統計科学のフロンティア9生物配列の統計 : 核酸・タンパクから情報を読む2003
- 著者名/発表者名
  岸野洋久, 浅井潔
- 総ページ数
  264
- 出版者
  岩波書店
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208010
[雑誌論文] The history of ancient Japanese dogs revealed by mitogenomes2024
- 著者名/発表者名
  Xiayire Xiaokaiti, Takao Sato, Kenji Kasai, Kenichi Machida, Kyomi Yamazaki, Naomitsu Yamaji, Hiroki Kikuchi, Jun Gojobori1, Hitomi Hongo, Yohey Terai, Takashi Gakuhari
- 雑誌名
  
  Ａｎｔｈｒｏｐｏｌｏｇｉｃａｌ　Ｓｃｉｅｎｃｅ
  
  巻: 132 号: 1 ページ: 1-11
- DOI
  10.1537/ase.230617
- ISSN
  0918-7960, 1348-8570
- 言語
  英語
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-20H05819, KAKENHI-PLANNED-20H05822, KAKENHI-PLANNED-23H04846, KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-21H04358, KAKENHI-PROJECT-23K22009
[雑誌論文] Claspin is Required for Growth Recovery from Serum Starvation through Regulating the PI3K-PDK1-mTOR Pathway in Mammalian Cells2023
- 著者名/発表者名
  Yang Chi-Chun、Masai Hisao
- 雑誌名
  
  Molecular and Cellular Biology
  
  巻: 43 号: 1 ページ: 1-21
- DOI
  10.1080/10985549.2022.2160598
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20KK0157, KAKENHI-PROJECT-22H04922, KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-20K21410, KAKENHI-PUBLICLY-21H00264, KAKENHI-PUBLICLY-22H04707, KAKENHI-PROJECT-20H00463
[雑誌論文] Water-Soluble Gd(III)-Porphyrin Complexes Capable of Both Photosensitization and Relaxation Enhancement2023
- 著者名/発表者名
  Nemeth Tamas、Yoshizawa-Sugata Naoko、Pallier Agnes、Tajima Youichi、Ma Yue、Toth Eva、Masai Hisao、Yamakoshi Yoko
- 雑誌名
  
  Chemical Biomedical Imaging
  
  巻: 1 号: 2 ページ: 157-167
- DOI
  10.1021/cbmi.3c00007
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20KK0157, KAKENHI-PUBLICLY-22H04707, KAKENHI-PROJECT-22H04922, KAKENHI-PROJECT-22H04925
[雑誌論文] Cell fusion upregulates PD-L1 expression for evasion from immunosurveillance2023
- 著者名/発表者名
  Tajima Youichi、Shibasaki Futoshi、Masai Hisao
- 雑誌名
  
  Cancer Gene Therapy
  
  巻: 31 号: 1 ページ: 158-173
- DOI
  10.1038/s41417-023-00693-0
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20KK0157, KAKENHI-PUBLICLY-22H04707, KAKENHI-PROJECT-22H04922, KAKENHI-PROJECT-22H04925
[雑誌論文] Histone Modification Analysis of Low-Mappability Regions2023
- 著者名/発表者名
  Naoko Yoshizawa-Sugata , Hisao Masai
- 雑誌名
  
  Methods Mol Biol
  
  巻: 2519 ページ: 163-185
- DOI
  10.1007/978-1-0716-2433-3_18
- ISBN
  9781071624326, 9781071624333
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H04922, KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-20K21410, KAKENHI-PUBLICLY-21H00264, KAKENHI-PROJECT-20KK0157, KAKENHI-PUBLICLY-22H04707
[雑誌論文] Aberrant association of chromatin with nuclear periphery induced by Rif1 leads to mitotic defect2023
- 著者名/発表者名
  Kanoh Yutaka、Ueno Masaru、Hayano Motoshi、Kudo Satomi、Masai Hisao
- 雑誌名
  
  Life Science Alliance
  
  巻: 6 号: 4 ページ: e202201603-e202201603
- DOI
  10.26508/lsa.202201603
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20KK0157, KAKENHI-PROJECT-22H04922, KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-20K21410, KAKENHI-PUBLICLY-21H00264, KAKENHI-PUBLICLY-22H04707, KAKENHI-PROJECT-20H00463
[雑誌論文] Cdc7 kinase is required for postnatal brain development2023
- 著者名/発表者名
  Hori Karin、Yamazaki Satoshi、Ohtaka‐Maruyama Chiaki、Ono Tomio、Iguchi Tomohiro、Masai Hisao
- 雑誌名
  
  Genes to Cells
  
  巻: 28 号: 10 ページ: 679-693
- DOI
  10.1111/gtc.13059
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20KK0157, KAKENHI-PUBLICLY-22H04707, KAKENHI-PROJECT-22H04922, KAKENHI-PROJECT-22H04925
[雑誌論文] Condensed but liquid-like domain organization of active chromatin regions in living human cells2023
- 著者名/発表者名
  Nozaki Tadasu、Shinkai Soya、Ide Satoru、Higashi Koichi、Tamura Sachiko、Shimazoe Masa A.、Nakagawa Masaki、Suzuki Yutaka、Okada Yasushi、Sasai Masaki、Onami Shuichi、Kurokawa Ken、Iida Shiori、Maeshima Kazuhiro
- 雑誌名
  
  Science Advances
  
  巻: 9 号: 14 ページ: 1-19
- DOI
  10.1126/sciadv.adf1488
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-21H05763, KAKENHI-PROJECT-23K21326, KAKENHI-PROJECT-23KJ0996, KAKENHI-PUBLICLY-23H04297, KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-22H00406
[雑誌論文] Claspin-Dependent and -Independent Chk1 Activation by a Panel of Biological Stresses2023
- 著者名/発表者名
  Hsiao Hao-Wen、Yang Chi-Chun、Masai Hisao
- 雑誌名
  
  Biomolecules
  
  巻: 13 号: 1 ページ: 125-125
- DOI
  10.3390/biom13010125
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20KK0157, KAKENHI-PROJECT-22H04922, KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-20K21410, KAKENHI-PUBLICLY-21H00264, KAKENHI-PUBLICLY-22H04707, KAKENHI-PROJECT-20H00463
[雑誌論文] Claustrum mediates bidirectional and reversible control of stress-induced anxiety responses.2022
- 著者名/発表者名
  Niu M, Kasai A, Tanuma M, Seiriki K, Igarashi H, Kuwaki T, Nagayasu K, Miyaji K, Ueno H, Tanabe W, Seo K, Yokoyama R, Ohkubo J, Ago Y, Hayashida M, Inoue KI, Takada M, Yamaguchi S, Nakazawa T, Kaneko S, Okuno H, Yamanaka A, Hashimoto H.
- 雑誌名
  
  Science Advances
  
  巻: 8 号: 11
- DOI
  10.1126/sciadv.abi6375
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20H03556, KAKENHI-PROJECT-19H05467, KAKENHI-PUBLICLY-20H05062, KAKENHI-PROJECT-19H03328, KAKENHI-PROJECT-19H03335, KAKENHI-PROJECT-20J20247, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-20K07064, KAKENHI-PROJECT-22K19378, KAKENHI-PROJECT-20H03391, KAKENHI-PUBLICLY-21H00200, KAKENHI-PROJECT-20H00492
[雑誌論文] QRNAstruct: a method for extracting secondary structural features of RNA via regression with biological activity2022
- 著者名/発表者名
  Terai Goro、Asai Kiyoshi
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: na 号: 13 ページ: e73-e73
- DOI
  10.1093/nar/gkac220
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K15075, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-21H04912
[雑誌論文] PBSIM3: a simulator for all types of PacBio and ONT long reads2022
- 著者名/発表者名
  Yukiteru Ono、Michiaki Hamada、Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  NAR Genomics and Bioinformatics
  
  巻: 4 号: 4
- DOI
  10.1093/nargab/lqac092
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H04925
[雑誌論文] Replicon hypothesis revisited2022
- 著者名/発表者名
  Masai Hisao
- 雑誌名
  
  Biochemical and Biophysical Research Communications
  
  巻: 633 ページ: 77-80
- DOI
  10.1016/j.bbrc.2022.09.060
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20KK0157, KAKENHI-PROJECT-22H04922, KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-20K21410, KAKENHI-PUBLICLY-21H00264, KAKENHI-PUBLICLY-22H04707, KAKENHI-PROJECT-20H00463
[雑誌論文] DDX41 coordinates RNA splicing and transcriptional elongation to prevent DNA replication stress in hematopoietic cells2022
- 著者名/発表者名
  Satoru Shinriki;Mayumi Hirayama;Akiko Nagamachi;Akihiko Yokoyama;Takeshi Kawamura;Akinori Kanai;Hidehiko Kawai;Junichi Iwakiri;Rin Liu;Manabu Maeshiro;Saruul Tungalag;Masayoshi Tasaki;Mitsuharu Ueda;Kazuhito Tomizawa;Naoyuki Kataoka;Takashi Ideue;Yutaka Suzuki;Kiyoshi Asai;Tokio Tani;Toshiya Inaba;Hirotaka Matsui
- 雑誌名
  
  Leukemia
  
  巻: 36 号: 11 ページ: 2605-2620
- DOI
  10.1038/s41375-022-01708-9
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21K06174, KAKENHI-PROJECT-21K08395, KAKENHI-PROJECT-21K08419, KAKENHI-PROJECT-21K12239, KAKENHI-PROJECT-22K10195, KAKENHI-PROJECT-22K12375, KAKENHI-PROJECT-22K20997, KAKENHI-PROJECT-22KK0119, KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-21H02948, KAKENHI-PROJECT-20K12041, KAKENHI-PROJECT-23K24368
[雑誌論文] Remarkable improvement in detection of readthrough downstream-of-gene transcripts by semi-extractable RNA-sequencing2022
- 著者名/発表者名
  Iwakiri Junichi、Tanaka Kumiko、Chujo Takeshi、Takakuwa Hiro、Yamazaki Tomohiro、Terai Goro、Asai Kiyoshi、Hirose Tetsuro
- 雑誌名
  
  RNA
  
  巻: 29 号: 2 ページ: 170-177
- DOI
  10.1261/rna.079469.122
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22K19293, KAKENHI-PLANNED-21H05276, KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-20H00448, KAKENHI-PROJECT-20K12041, KAKENHI-PUBLICLY-21H00253, KAKENHI-PROJECT-23K23809
[雑誌論文] TT-pocket/HIRAN: binding to 3′-terminus of DNA for recognition and processing of stalled replication forks2022
- 著者名/発表者名
  Masai Hisao
- 雑誌名
  
  The Journal of Biochemistry
  
  巻: 172 号: 2 ページ: 57-60
- DOI
  10.1093/jb/mvac042
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20KK0157, KAKENHI-PROJECT-22H04922, KAKENHI-PROJECT-22H04925, KAKENHI-PROJECT-20K21410, KAKENHI-PUBLICLY-21H00264, KAKENHI-PUBLICLY-22H04707, KAKENHI-PROJECT-20H00463
[雑誌論文] Discovery of AS-0141, a Potent and Selective Inhibitor of CDC7 Kinase for the Treatment of Solid Cancers2021
- 著者名/発表者名
  Irie Takayuki、Asami Tokiko、Sawa Ayako、Uno Yuko、Taniyama Chika、Funakoshi Yoko、Masai Hisao、Sawa Masaaki
- 雑誌名
  
  Journal of Medicinal Chemistry
  
  巻: 64 号: 19 ページ: 14153-14164
- DOI
  10.1021/acs.jmedchem.1c01319
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-20H05399, KAKENHI-PUBLICLY-21H00264, KAKENHI-PROJECT-20K21410, KAKENHI-PROJECT-20KK0157, KAKENHI-PROJECT-16H06276, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-20H00463
[雑誌論文] m6A modification of HSATIII lncRNAs regulates temperature‐dependent splicing2021
- 著者名/発表者名
  Ninomiya Kensuke、Iwakiri Junichi、Aly Mahmoud Khamis、Sakaguchi Yuriko、Adachi Shungo、Natsume Tohru、Terai Goro、Asai Kiyoshi、Suzuki Tsutomu、Hirose Tetsuro
- 雑誌名
  
  The EMBO Journal
  
  巻: 40 号: 15
- DOI
  10.15252/embj.2021107976
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06478, KAKENHI-PUBLICLY-20H05377, KAKENHI-PLANNED-21H05276, KAKENHI-PROJECT-20H00448, KAKENHI-PROJECT-20K12041, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-18H05272
[雑誌論文] A stem cell marker KLF5 regulates CCAT1 via three-dimensional genome structure in colorectal cancer cells2021
- 著者名/発表者名
  Takeda Takashi、Yokoyama Yuhki、Takahashi Hidekazu、Okuzaki Daisuke、Asai Kaho、Itakura Hiroaki、Miyoshi Norikatsu、Kobayashi Shogo、Uemura Mamoru、Fujita Toshitsugu、Ueno Hiroo、Mori Masaki、Doki Yuichiro、Fujii Hodaka、Eguchi Hidetoshi、Yamamoto Hirofumi
- 雑誌名
  
  British Journal of Cancer
  
  巻: 126 号: 1 ページ: 109-119
- DOI
  10.1038/s41416-021-01579-4
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K09056, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Regulation of HP1 protein by phosphorylation during transcriptional repression and cell cycle2021
- 著者名/発表者名
  Oki Masaya、Masai Hisao
- 雑誌名
  
  The Journal of Biochemistry
  
  巻: －号: 6 ページ: 629-632
- DOI
  10.1093/jb/mvab040
- NAID
  40022686976
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H01418, KAKENHI-PUBLICLY-21H00264, KAKENHI-PROJECT-20K21410, KAKENHI-PROJECT-20KK0157, KAKENHI-PROJECT-16H06276, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-20H00463
[雑誌論文] Loss of full-length DNA replication regulator Rif1 in two-cell embryos is associated with zygotic transcriptional activation2021
- 著者名/発表者名
  Yoshizawa-Sugata Naoko、Yamazaki Satoshi、Mita-Yoshida Kaoru、Ono Tomio、Nishito Yasumasa、Masai Hisao
- 雑誌名
  
  Journal of Biological Chemistry
  
  巻: 297 号: 6 ページ: 101367-101367
- DOI
  10.1016/j.jbc.2021.101367
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-20H05399, KAKENHI-PUBLICLY-21H00264, KAKENHI-PROJECT-20K21410, KAKENHI-PROJECT-20KK0157, KAKENHI-PROJECT-16H06276, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-20H00463
[雑誌論文] ConsAlifold : considering RNA structural alignments improves prediction accuracy of RNA consensus secondary structures2021
- 著者名/発表者名
  Masaki Tagashira, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 38 号: 3 ページ: 710-719
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btab738
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-21H04912
[雑誌論文] Scent test using Caenorhabditis elegans to screen for early-stage pancreatic cancer2021
- 著者名/発表者名
  Asai Ayumu、Konno Masamitsu、Ozaki Miyuki、Kawamoto Koichi、Chijimatsu Ryota、Kondo Nobuaki、Hirotsu Takaaki、Ishii Hideshi
- 雑誌名
  
  Oncotarget
  
  巻: 12 号: 17 ページ: 1687-1696
- DOI
  10.18632/oncotarget.28035
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18KK0251, KAKENHI-PROJECT-20H00541, KAKENHI-PROJECT-21K19526, KAKENHI-PROJECT-20K18053, KAKENHI-PROJECT-16H06276, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Single-molecule RNA sequencing for simultaneous detection of m6A and 5mC2021
- 著者名/発表者名
  Ohshiro Takahito、Konno Masamitsu、Asai Ayumu、Komoto Yuki、Yamagata Akira、Doki Yuichiro、Eguchi Hidetoshi、Ofusa Ken、Taniguchi Masateru、Ishii Hideshi
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 11 号: 1 ページ: 19304-19304
- DOI
  10.1038/s41598-021-98805-z
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K07688, KAKENHI-PROJECT-20K16414, KAKENHI-PROJECT-18KK0251, KAKENHI-PROJECT-19H00852, KAKENHI-PROJECT-20H00541, KAKENHI-PROJECT-21K19526, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-23K21064
[雑誌論文] Free-Energy Calculation of Ribonucleic Inosines and Its Application to Nearest-Neighbor Parameters2020
- 著者名/発表者名
  Sakuraba Shun、Iwakiri Junichi、Hamada Michiaki、Kameda Tomoshi、Tsuji Genichiro、Kimura Yasuaki、Abe Hiroshi、Asai Kiyoshi
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Theory and Computation
  
  巻: 16 号: 9 ページ: 5923-5935
- DOI
  10.1021/acs.jctc.0c00270
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K12041, KAKENHI-PUBLICLY-19H05410, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Exchange of endogenous and heterogeneous yeast terminators in Pichia pastoris to tune mRNA stability and gene expression2020
- 著者名/発表者名
  Ito Yoichiro、Terai Goro、Ishigami Misa、Hashiba Noriko、Nakamura Yasuyuki、Bamba Takahiro、Kumokita Ryota、Hasunuma Tomohisa、Asai Kiyoshi、Ishii Jun、Kondo Akihiko
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 48 号: 22 ページ: 13000-13012
- DOI
  10.1093/nar/gkaa1066
- NAID
  120006954873
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K15734, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Finding the Direct Optimal RNA Barrier Energy and Improving Pathways with an Arbitrary Energy Model2020
- 著者名/発表者名
  Hiroki Takizawa, Junichi Iwakiri, Goro Terai and Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 36 号: Supplement_1 ページ: i227-i235
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btaa469
- 説明
  in press
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-20K12041
[雑誌論文] COVID-19 Drug Discovery Using Intensive Approaches2020
- 著者名/発表者名
  Asai Ayumu、Konno Masamitsu、Ozaki Miyuki、Otsuka Chihiro、Vecchione Andrea、Arai Takahiro、Kitagawa Toru、Ofusa Ken、Yabumoto Masami、Hirotsu Takaaki、Taniguchi Masateru、Eguchi Hidetoshi、Doki Yuichiro、Ishii Hideshi
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 21 号: 8 ページ: 2839-2839
- DOI
  10.3390/ijms21082839
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K16414, KAKENHI-PROJECT-18KK0251, KAKENHI-PROJECT-19H00852, KAKENHI-PROJECT-19K22658, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Improving the prediction accuracy of protein abundance in Escherichia coli using mRNA accessibility2020
- 著者名/発表者名
  Terai Goro、Asai Kiyoshi
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 48 号: 14 ページ: e81-e81
- DOI
  10.1093/nar/gkaa481
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K18145, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] State-of-the-Art Technology of Model Organisms for Current Human Medicine2020
- 著者名/発表者名
  Konno Masamitsu、Asai Ayumu、Kitagawa Toru、Yabumoto Masami、Ofusa Ken、Arai Takahiro、Hirotsu Takaaki、Doki Yuichiro、Eguchi Hidetoshi、Ishii Hideshi
- 雑誌名
  
  Diagnostics
  
  巻: 10 号: 6 ページ: 392-392
- DOI
  10.3390/diagnostics10060392
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-20K16414, KAKENHI-PROJECT-18KK0251, KAKENHI-PROJECT-19K22658, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Immuno-Surgical Management of Pancreatic Cancer with Analysis of Cancer Exosomes2020
- 著者名/発表者名
  Takeda Yu、Kobayashi Shogo、Kitakaze Masatoshi、Yamada Daisaku、Akita Hirofumi、Asai Ayumu、Konno Masamitsu、Arai Takahiro、Kitagawa Toru、Ofusa Ken、Yabumoto Masami、Hirotsu Takaaki、Vecchione Andrea、Taniguchi Masateru、Doki Yuichiro、Eguchi Hidetoshi、Ishii Hideshi
- 雑誌名
  
  Cells
  
  巻: 9 号: 7 ページ: 1645-1645
- DOI
  10.3390/cells9071645
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K07688, KAKENHI-PROJECT-20K16414, KAKENHI-PROJECT-18KK0251, KAKENHI-PROJECT-19H00852, KAKENHI-PROJECT-18K08704, KAKENHI-PROJECT-19K22658, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Hereditary pancreatitis model by blastocyst complementation in mouse2020
- 著者名/発表者名
  Asai Ayumu、Konno Masamitsu、Kawamoto Koichi、Isotani Ayako、Mori Masaki、Eguchi Hidetoshi、Doki Yuichiro、Arai Takahiro、Ishii Hideshi
- 雑誌名
  
  Oncotarget
  
  巻: 11 号: 22 ページ: 2061-2073
- DOI
  10.18632/oncotarget.27595
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K07688, KAKENHI-PROJECT-20K16414, KAKENHI-PROJECT-18KK0251, KAKENHI-PROJECT-19K22658, KAKENHI-PROJECT-16H06276, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] PBSIM2 : a simulator for long-read sequencers with a novel generative model of quality scores2020
- 著者名/発表者名
  Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 37 号: 5 ページ: 589-595
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btaa835
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] RintC: fast and accuracy-aware decomposition of distributions of RNA secondary structures with extended logsumexp2020
- 著者名/発表者名
  Hiroki Takizawa, Junichi Iwakiri, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 21 号: 1 ページ: 210-210
- DOI
  10.1186/s12859-020-3535-5
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02484, KAKENHI-PROJECT-20K12041, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Heterogeneous fluid-like movements of chromatin and their implications to transcription2020
- 著者名/発表者名
  Ashwin SS, Maeshima K, Sasai M
- 雑誌名
  
  Biophysical Reviews
  
  巻: 12 号: 2 ページ: 461-468
- DOI
  10.1007/s12551-020-00675-8
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19H01860, KAKENHI-PUBLICLY-19H05258, KAKENHI-PUBLICLY-19H05273, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] One-carbon metabolism for cancer diagnostic and therapeutic approaches2020
- 著者名/発表者名
  Asai Ayumu、Konno Masamitsu、Koseki Jun、Taniguchi Masateru、Vecchione Andrea、Ishii Hideshi
- 雑誌名
  
  Cancer Letters
  
  巻: 470 ページ: 141-148
- DOI
  10.1016/j.canlet.2019.11.023
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K07688, KAKENHI-PROJECT-17H04282, KAKENHI-PROJECT-18K16355, KAKENHI-PROJECT-18K16356, KAKENHI-PROJECT-18KK0251, KAKENHI-PROJECT-19K22658, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Theoretical analyses and experimental validation of the effects caused by the fluorinated substituent modification of DNA2020
- 著者名/発表者名
  Koseki Jun、Konno Masamitsu、Asai Ayumu、Horie Naohiro、Tsunekuni Kenta、Kawamoto Koichi、Obika Satoshi、Doki Yuichiro、Mori Masaki、Ishii Hideshi
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 10 号: 1 ページ: 1138-1138
- DOI
  10.1038/s41598-020-57899-7
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17H04282, KAKENHI-PROJECT-18K16355, KAKENHI-PROJECT-18K16356, KAKENHI-PROJECT-19K07688, KAKENHI-PROJECT-18KK0251, KAKENHI-PROJECT-19K22658, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Convolutional Neural Network Can Recognize Drug Resistance of Single Cancer Cells2020
- 著者名/発表者名
  Yanagisawa Kiminori、Toratani Masayasu、Asai Ayumu、Konno Masamitsu、Niioka Hirohiko、Mizushima Tsunekazu、Satoh Taroh、Miyake Jun、Ogawa Kazuhiko、Vecchione Andrea、Doki Yuichiro、Eguchi Hidetoshi、Ishii Hideshi
- 雑誌名
  
  International Journal of Molecular Sciences
  
  巻: 21 号: 9 ページ: 3166-3166
- DOI
  10.3390/ijms21093166
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K07688, KAKENHI-PROJECT-19K09172, KAKENHI-PROJECT-20K16414, KAKENHI-PROJECT-18KK0251, KAKENHI-PROJECT-19K22658, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Direct Analysis of Incorporation of an Anticancer Drug into DNA at Single-Molecule Resolution2019
- 著者名/発表者名
  Ohshiro Takahito、Komoto Yuuki、Konno Masamitsu、Koseki Jun、Asai Ayumu、Ishii Hideshi、Taniguchi Masateru
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 9 号: 1 ページ: 3886-3886
- DOI
  10.1038/s41598-019-40504-x
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K16356, KAKENHI-PROJECT-18KK0251, KAKENHI-PROJECT-26220603, KAKENHI-PROJECT-17H04282, KAKENHI-PROJECT-17K19698, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-19H00852, KAKENHI-PROJECT-18K16355
[雑誌論文] A robust model for quantitative prediction of the silencing efficacy of wild-type and A-to-I edited miRNAs2019
- 著者名/発表者名
  Tian Shen、Terai Goro、Kobayashi Yoshiaki、Kimura Yasuaki、Abe Hiroshi、Asai Kiyoshi、Ui-Tei Kumiko
- 雑誌名
  
  RNA Biology
  
  巻: 17 号: 2 ページ: 264-280
- DOI
  10.1080/15476286.2019.1678364
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-18H04398, KAKENHI-PROJECT-16H02484, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] LncRNA ‐dependent nuclear stress bodies promote intron retention through SR protein phosphorylation2019
- 著者名/発表者名
  Ninomiya Kensuke、Adachi Shungo、Natsume Tohru、Iwakiri Junichi、Terai Goro、Asai Kiyoshi、Hirose Tetsuro
- 雑誌名
  
  The EMBO Journal
  
  巻: 39 号: 3
- DOI
  10.15252/embj.2019102729
- NAID
  120006876293
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-19K06478, KAKENHI-PROJECT-19K22374, KAKENHI-PROJECT-17H03630, KAKENHI-PROJECT-16K16143, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Single nucleosome imaging reveals loose genome chromatin networks via active RNA polymerase II2019
- 著者名/発表者名
  R Nagashima, K Hibino, SS Ashwin, M Babokhov, S Fujishiro, R Imai, T Nozaki, S Tamura, T Tani, H Kimura, M Shribak, MT Kanemaki, M Sasai, K Maeshima
- 雑誌名
  
  Journal of Cell Biology
  
  巻: 218 号: 5 ページ: 1511-1530
- DOI
  10.1083/jcb.201811090
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02217, KAKENHI-PROJECT-16J07205, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-18K19962
[雑誌論文] Distinct methylation levels of mature microRNAs in gastrointestinal cancers2019
- 著者名/発表者名
  Konno Masamitsu、Koseki Jun、Asai Ayumu、Yamagata Akira、Shimamura Teppei、Motooka Daisuke、Okuzaki Daisuke、Kawamoto Koichi、Mizushima Tsunekazu、Eguchi Hidetoshi、Takiguchi Shuji、Satoh Taroh、Mimori Koshi、Ochiya Takahiro、Doki Yuichiro、Ofusa Ken、Mori Masaki、Ishii Hideshi
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 10 号: 1 ページ: 3888-3888
- DOI
  10.1038/s41467-019-11826-1
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K08617, KAKENHI-PROJECT-18K08704, KAKENHI-PROJECT-19K07688, KAKENHI-PROJECT-19K09172, KAKENHI-PROJECT-19K22658, KAKENHI-PROJECT-18KK0251, KAKENHI-PUBLICLY-18H04798, KAKENHI-PUBLICLY-19H05210, KAKENHI-PROJECT-15H05791, KAKENHI-PROJECT-17H04282, KAKENHI-PROJECT-19H03715, KAKENHI-PROJECT-18K16355, KAKENHI-PROJECT-18K16356, KAKENHI-PROJECT-16H06276, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Mitochondrial pyruvate carrier 1 expression controls cancer epithelial‐mesenchymal transition and radioresistance2019
- 著者名/発表者名
  Takaoka Yuji、Konno Masamitsu、Koseki Jun、Colvin Hugh、Asai Ayumu、Tamari Keisuke、Satoh Taroh、Mori Masaki、Doki Yuichiro、Ogawa Kazuhiko、Ishii Hideshi
- 雑誌名
  
  Cancer Science
  
  巻: 110 号: 4 ページ: 1331-1339
- DOI
  10.1111/cas.13980
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K16355, KAKENHI-PROJECT-18K16356, KAKENHI-PROJECT-18KK0251, KAKENHI-PROJECT-17H04282, KAKENHI-PROJECT-17K19698, KAKENHI-PROJECT-18K15633, KAKENHI-PROJECT-16H06276, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Organization of fast and slow chromatin revealed by single-nucleosome dynamics.2019
- 著者名/発表者名
  Ashwin, S.S., Nozaki, T., Maeshima, K., Sasai, M.
- 雑誌名
  
  Proc Natl Acad Sci USA
  
  巻: 116 号: 40 ページ: 19939-19944
- DOI
  10.1073/pnas.1907342116
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PUBLICLY-19H05273, KAKENHI-PROJECT-19H01860, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PUBLICLY-19H05258
[雑誌論文] Polyamine flux suppresses histone lysine demethylases and enhances ID1 expression in cancer stem cells2018
- 著者名/発表者名
  Tamari K, KonnoM , Asai A, Koseki J, Hayashi K, Kawamoto K, Murai N, Matsufuji S, Isohashi F, Satoh T, Gotoh N, Tanaka S, Doki Y, Mori M, Ogawa K, Ishii H.
- 雑誌名
  
  Cell Death Discovery
  
  巻: 4 号: 104 ページ: 104-104
- DOI
  10.1038/s41420-018-0117-7
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K19575, KAKENHI-PROJECT-18K16355, KAKENHI-PROJECT-18K16356, KAKENHI-PROJECT-18KK0251, KAKENHI-PROJECT-16H02670, KAKENHI-PROJECT-17H04282, KAKENHI-PROJECT-18H02679, KAKENHI-PROJECT-16K10393, KAKENHI-PROJECT-17K19587, KAKENHI-PROJECT-17K19698, KAKENHI-PROJECT-16H06276, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data2018
- 著者名/発表者名
  Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, and Michiaki Hamada
- 雑誌名
  
  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
  
  巻: - 号: 5 ページ: 1645-1655
- DOI
  10.1109/tcbb.2018.2813388
- 説明
  in press
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-16H05879, KAKENHI-PROJECT-16H02484
[雑誌論文] Combining probabilistic alignments with read pair information improves accuracy of split-alignments2018
- 著者名/発表者名
  Anish M S Shrestha, Naruki Yoshikawa, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 34 号: 21 ページ: 3631-3637
- DOI
  10.1093/bioinformatics/bty398
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Capturing alternative secondary structures of RNA by decomposition of base-pairing probabilities2018
- 著者名/発表者名
  Hagio Taichi、Sakuraba Shun、Iwakiri Junichi、Mori Ryota、Asai Kiyoshi
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 19 号: Suppl 1 ページ: 38-38
- DOI
  10.1186/s12859-018-2018-4
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16K16143, KAKENHI-PROJECT-16K17778, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-16H02484
[雑誌論文] A Convolutional Neural Network Uses Microscopic Images to Differentiate between Mouse and Human Cell Lines and Their Radioresistant Clones2018
- 著者名/発表者名
  Toratani Masayasu、Konno Masamitsu、Asai Ayumu、Koseki Jun、Kawamoto Koichi、Tamari Keisuke、Li Zhihao、Sakai Daisuke、Kudo Toshihiro、Satoh Taroh、Sato Katsutoshi、Motooka Daisuke、Okuzaki Daisuke、Doki Yuichiro、Mori Masaki、Ogawa Kazuhiko、Ishii Hideshi
- 雑誌名
  
  Cancer Research
  
  巻: 78 号: 23 ページ: 6703-6707
- DOI
  10.1158/0008-5472.can-18-0653
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K08617, KAKENHI-PROJECT-18K16355, KAKENHI-PROJECT-18K16356, KAKENHI-PROJECT-18KK0251, KAKENHI-PROJECT-17H04282, KAKENHI-PROJECT-17K19698, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Poly(ethylene glycol)ーpoly(lysine) block copolymerーubenimex conjugate targets aminopeptidase N and exerts an antitumor effect in hepatocellular carcinoma stem cells2018
- 著者名/発表者名
  Toshiyama, R., Konno, M., Eguchi, H., Takemoto, H., Noda, T., Asai, A., Koseki, J., Haraguchi, N., Ueda, Y. Matsushita, K., Asukai, K., Ohashi, T., Iwagami, Y., Yamada, D., Sakai, D., Asaoka, T., Kudo, T., Kawamoto, K., Gotoh, K., Kobayashi, S., Satoh, T., Doki, Y., Nishiyama, N., Mori, M., Ishii, H.
- 雑誌名
  
  Oncogene
  
  巻: 38 号: 2 ページ: 244-260
- DOI
  10.1038/s41388-018-0406-x
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-18K16355, KAKENHI-PROJECT-18K16356, KAKENHI-PROJECT-18KK0251, KAKENHI-PROJECT-18H04163, KAKENHI-PROJECT-17H04282, KAKENHI-PROJECT-16F16058, KAKENHI-PROJECT-17K19698, KAKENHI-PROJECT-16H06276, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Training alignment parameters for arbitrary sequencers with LAST-TRAIN2017
- 著者名/発表者名
  Hamada M, Ono Y, Asai K, Frith MC
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 33 号: 6 ページ: 926-928
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btw742
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26700030, KAKENHI-PROJECT-16H06279, KAKENHI-PROJECT-16H02484
[雑誌論文] Comprehensive prediction of lncRNA–RNA interactions in human transcriptome2016
- 著者名/発表者名
  Goro Terai#, Junichi Iwakiri#, Tomoshi Kameda, Michiaki Hamada*, Kiyoshi Asai*
- 雑誌名
  
  BMC Genomics
  
  巻: 17 号: S1 ページ: 12-12
- DOI
  10.1186/s12864-015-2307-5
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-25240044
[雑誌論文] Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences2016
- 著者名/発表者名
  Hamada Michiaki, Ono Yukiteru, Kiryu Hisanori, Sato Kengo, Kato Yuki, Fukunaga Tsukasa, Mori Ryota, Asai Kiyosh
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 44 号: W1 ページ: W302-W307
- DOI
  10.1093/nar/gkw337
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-13J06668, KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-25240044, KAKENHI-PROJECT-25330348, KAKENHI-PROJECT-25870190, KAKENHI-PROJECT-15K00401, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] Improved Accuracy in RNA-Protein Rigid Body Docking by Incorporating Force Field for Molecular Dynamics Simulation into the Scoring Function2016
- 著者名/発表者名
  Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, and Tomoshi Kameda
- 雑誌名
  
  J. Chem. Theory Comput
  
  巻: 12(9) 号: 9 ページ: 4688-5697
- DOI
  10.1021/acs.jctc.6b00254
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044, KAKENHI-PROJECT-16H06279
[雑誌論文] A semi-supervised learning approach for RNA secondary structure prediction2015
- 著者名/発表者名
  Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
- 雑誌名
  
  Computational Biology and Chemistry
  
  巻: 未定ページ: 72-79
- DOI
  10.1016/j.compbiolchem.2015.02.002
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-221S0002, KAKENHI-PROJECT-25240044
[雑誌論文] Learning chromatin states with factorized information criteria2015
- 著者名/発表者名
  Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Ryohei Fujimaki, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 未定号: 15 ページ: 2426-2433
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btv163
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] Bioinformatics tools for lncRNA research.2015
- 著者名/発表者名
  Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Biochimica et biophysica acta (BBA) Gene Regulatory Mechanisms
  
  巻: 1859(1) 号: 1 ページ: 23-30
- DOI
  10.1016/j.bbagrm.2015.07.014
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-221S0002, KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-25240044
[雑誌論文] Predicting RNA Duplex Dimerization Free-Energy Changes upon Mutations Using Molecular Dynamics Simulations2015
- 著者名/発表者名
  Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda
- 雑誌名
  
  he journal of physical chemistry letters
  
  巻: 6(21) 号: 21 ページ: 4341-4358
- DOI
  10.1021/acs.jpclett.5b01984
- 査読あり / 謝辞記載あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[雑誌論文] Hybrid De Novo Genome Assembly Using MiSeq and SOLiD Short Read Data.2015
- 著者名/発表者名
  Tsutomu Ikegami, Toyohiro Inatsugi, Isao Kojima, Myco Umemura, Hiroko Hagiwara, Masayuki Machida, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  PLoS ONE
  
  巻: 10(4) 号: 4 ページ: e0126289-e0126289
- DOI
  10.1371/journal.pone.0126289
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] Privacy-preserving search for chemical compound databases2015
- 著者名/発表者名
  Kana Shimizu, Koji Nuida, Hiromi Arai, Shigeo Mitsunari, Nuttapong Attrapadung, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Jun Sakuma, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 16(Suppl 18):S6 号: S18 ページ: 1-14
- DOI
  10.1186/1471-2105-16-s18-s6
- NAID
  120007128511
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PLANNED-24106010, KAKENHI-PROJECT-25540131
[雑誌論文] Direct binding of Ataxin-2 to distinct elements in 3' UTRs promotes mRNA stability and protein expression.2014
- 著者名/発表者名
  Yokoshi, M., Li, Q., Yamamoto, M., Okada, H., Suzuki, Y., and Kawahara, Y.
- 雑誌名
  
  Molecular cell
  
  巻: 55 号: 2 ページ: 186-198
- DOI
  10.1016/j.molcel.2014.05.022
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-14J01452, KAKENHI-PUBLICLY-25110719, KAKENHI-PROJECT-25293201, KAKENHI-PROJECT-25670419, KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] CapR : revealing structural specificities of RNA-binding protein target recognition using CLIP-seq data2014
- 著者名/発表者名
  Tsukasa Fukunaga, Haruka Ozaki, Goro Terai, Kiyoshi Asai, Wataru Iwasaki and Hisanori Kiryu
- 雑誌名
  
  Genome Biology
  
  巻: 15 号: 1
- DOI
  10.1186/gb-2014-15-1-r16
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-23710231, KAKENHI-PUBLICLY-25134701, KAKENHI-PROJECT-25240044, KAKENHI-PROJECT-25870190
[雑誌論文] Efficient calculation of exact probability distributions of integer features on RNA secondary structures.2014
- 著者名/発表者名
  Mori R, Hamada M, Asai K
- 雑誌名
  
  BMC genomics
  
  巻: 15 号: S10
- DOI
  10.1186/1471-2164-15-s10-s6
- 査読あり / 謝辞記載あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-13J06668, KAKENHI-PROJECT-221S0002, KAKENHI-PROJECT-25240044
[雑誌論文] Reference-free prediction of rearrangement breakpoint reads2014
- 著者名/発表者名
  Edward Wijaya, Kana Shimizu, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 30(18) 号: 18 ページ: 2559-2567
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btu360
- 査読あり / オープンアクセス
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-26540159, KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] PBSIM: PacBio reads simulator--toward accurate genome assembly2013
- 著者名/発表者名
  Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 29 号: 1 ページ: 119-121
- DOI
  10.1093/bioinformatics/bts649
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] Analysis of base-pairing probabilities of RNA molecules involved in protein-RNA interactions2013
- 著者名/発表者名
  Junichi Iwakiri, Tomoshi Kameda, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 29 号: 20 ページ: 2524-2528
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btt453
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-25240044, KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] CentroidAlign-Web : A Fast and Accurate Multiple Aligner for Long Non-Coding RNAs2013
- 著者名/発表者名
  Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
- 雑誌名
  
  International journal of molecular sciences
  
  巻: 14 号: 3 ページ: 6144-6156
- DOI
  10.3390/ijms14036144
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-24680031, KAKENHI-PROJECT-25240044, KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] RecountDB : a database of mapped and count corrected transcribed sequences2012
- 著者名/発表者名
  Edward Wijaya, Martin C Frith, Kiyoshi Asai, Paul Horton
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 40 号: D1 ページ: D1089-D1092
- DOI
  10.1093/nar/gkr1172
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] Rchange : Algorithms for computing the energy changes of RNA secondary structures in response to base mutations2012
- 著者名/発表者名
  Hisanori Kiryu and Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 28(8) 号: 8 ページ: 1093-1101
- DOI
  10.1093/bioinformatics/bts097
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700330, KAKENHI-PROJECT-22240031
[雑誌論文] Rtips : fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2012
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res
  
  巻: 40 号: W1 ページ: W29-W34
- DOI
  10.1093/nar/gks412
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-23650153, KAKENHI-PROJECT-24700296
[雑誌論文] Prediction of Conserved Precursors of miRNAs and Their Mature Forms by Integrating Position-Specific Structural Features2012
- 著者名/発表者名
  Goro Terai, Hiroaki Okida, Kiyoshi Asai, Toutai Mituyama
- 雑誌名
  
  PLoS One
  
  巻: 7 号: 9 ページ: e44314-e44314
- DOI
  10.1371/journal.pone.0044314
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031
[雑誌論文] A classification of bioinformatics algorithms from the viewpoint of maximizing expected accuracy (MEA)2012
- 著者名/発表者名
  Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  J Comput Biol
  
  巻: 19 号: 5 ページ: 532-549
- DOI
  10.1089/cmb.2011.0197
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] DAFS: simultaneous aligning and folding of RNA sequences via dual decomposition2012
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai, Yasubumi Sakakibara
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 28 号: 24 ページ: 3218-3224
- DOI
  10.1093/bioinformatics/bts612
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-23241066, KAKENHI-PROJECT-23650153, KAKENHI-PROJECT-24700296, KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] Transformations for the compression of FASTQ quality scores of next-generation sequencing data2012
- 著者名/発表者名
  Raymond Wan, Vo Ngoc Anh, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 28 号: 5 ページ: 628-635
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btr689
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] Generalized Centroid Estimators in Bioinformatics2011
- 著者名/発表者名
  Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu, Wataru Iwasaki, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  PLoS ONE
  
  巻: 6(2) 号: 2 ページ: e16450-e16450
- DOI
  10.1371/journal.pone.0016450
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-21700330, KAKENHI-PROJECT-22240031
[雑誌論文] A detailed investigation of accessibilities around target sites of siRNAs and miRNAs2011
- 著者名/発表者名
  Hisanori Kiryu, Goro Terai, Osamu Imamura, Hiroyuki Yoneyama, Kenji Suzuki, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 27 号: 13 ページ: 1788-1797
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btr276
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] Generalized centroid estimators in bioinformatics2011
- 著者名/発表者名
  Michiaki Hamada, Hisanori Kiryu, Wataru Iwasaki, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  PLoS One
  
  巻: 6
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] CentroidHomfold-LAST : accurateprediction of RNA secondary structure using automatically collected homologous sequences2011
- 著者名/発表者名
  Michiaki Hamada, Koichiro Yamada, Kengo Sato, Martin C Frith, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 39
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031
[雑誌論文] CentroidHomfold-LAST : accurate prediction of RNA secondary structure using automatically collected homologous sequences2011
- 著者名/発表者名
  Michiaki Hamada, Koichiro Yamada, Kengo Sato, Martin C Frith, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res
  
  巻: 39 号: suppl_2 ページ: W100-W106
- DOI
  10.1093/nar/gkr290
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-22700305
[雑誌論文] Probabilistic alignments with quality scores : an application to short-read mapping toward accurate SNP/indel detection2011
- 著者名/発表者名
  Michiaki Hamada, Edward Wijaya, Martin C Frith, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 27 号: 22 ページ: 3085-3092
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btr537
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] A detailed investigation of accessibilities around target sites of siRNAs and miRNAs2011
- 著者名/発表者名
  Hisanori Kiryu, Goro Terai, Osamu Imamura, Hiroyuki Yoneyama, Kenji Suzuki, and Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 27 ページ: 1788-1797
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031
[雑誌論文] On algorithms for computing thermodynamic entropy of RNA secondary structures2011
- 著者名/発表者名
  Hisanori Kiryu, Goro Terai, Osamu Imamura, Hiroyuki Yoneyama, Kenji Suzuki, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 27 ページ: 1788-1797
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031
[雑誌論文] Antagonistic RNA aptamer specific to a heterodimeric form of human interleukin-17A/F2011
- 著者名/発表者名
  Hironori Adachi, Akira Ishiguro, Michiaki Hamada, Eri Sakota, Kiyoshi Asai, Yoshikazu Nakamura
- 雑誌名
  
  Biochimie
  
  巻: 93 号: 7 ページ: 1081-1088
- DOI
  10.1016/j.biochi.2011.04.003
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031
[雑誌論文] Improving the accuracy of predicting secondary structure for aligned RNA sequences2011
- 著者名/発表者名
  Michiaki Hamada, Kengo Sato, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 39 ページ: 393-402
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] IPknot : fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming2011
- 著者名/発表者名
  K.Sato, Y.Kato, M.Hamada, T.Akutsu, K.Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 27 号: 13 ページ: i85-i93
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btr215
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240009, KAKENHI-PROJECT-22240031, KAKENHI-PROJECT-22700305, KAKENHI-PROJECT-22700313, KAKENHI-PROJECT-23650153
[雑誌論文] Improving the accuracy of predicting secondary structure for aligned RNA sequences2011
- 著者名/発表者名
  Michiaki Hamada, Kengo Sato, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res
  
  巻: 39 号: 2 ページ: 393-402
- DOI
  10.1093/nar/gkq792
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031
[雑誌論文] Prediction of RNA secondary structure by maximizing pseudo-expected accuracy2010
- 著者名/発表者名
  Michiaki Hamada, Kengo Sato, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 11 号: 1 ページ: 586-586
- DOI
  10.1186/1471-2105-11-586
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031
[雑誌論文] Prediction of RNA secondary structure by maximizing pseudo-expected accuracy2010
- 著者名/発表者名
  Michiaki Hamada, Kengo Sato, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 11 ページ: 586-586
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-221S0002
[雑誌論文] A non-parametric Bayesian approach for predicting RNA secondary structures2010
- 著者名/発表者名
  Kengo Sato, Michiaki Hamada, Toutai Mituyama, Kiyoshi Asai, Yasufumi Sakakibara
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology
  
  巻: 8 号: 04 ページ: 727-742
- DOI
  10.1142/s0219720010004926
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031
[雑誌論文] RactIP : fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming2010
- 著者名/発表者名
  Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu
- 雑誌名
  
  Bioinformatics
  
  巻: 26 号: 18 ページ: i460-i466
- DOI
  10.1093/bioinformatics/btq372
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031
[雑誌論文] Discovery of short pseudogenes derived from messenger RNAs2010
- 著者名/発表者名
  Goro Terai, Aya Yoshizawa, Hiroaki Okida, Kiyoshi Asai, Toutai Mituyama
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res
  
  巻: 38 号: 4 ページ: 1163-1171
- DOI
  10.1093/nar/gkp1098
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031
[雑誌論文] A local multiple alignment method for detection of non-coding RNA sequences2009
- 著者名/発表者名
  Tabei, Y., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 25(12)
  
  ページ: 1498-1505
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] A regulatory circuit for piwi by the large Maf gene traffic jam in Drosophila2009
- 著者名/発表者名
  Saito, K., Inagaki, S., Mituyama, T., Kawamura, Y, Ono, Y., Sakota, E., Kotani, H., Asai, K., Siomi, H., Siomi, M.C
- 雑誌名
  
  Nature 461(7268)
  
  ページ: 1296-1299
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] CentroidAlign : Fast and accurate aligner for structured RNAs by maximizing expected sum-of-pairs score2009
- 著者名/発表者名
  Hamada, M., Sato, K., Kiryu, H., Mituyama, T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 25(24)
  
  ページ: 3236-3243
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Prediction of RNA secondary structure by combining homologous sequence information2009
- 著者名/発表者名
  Hamada, M., Sato, K., Kiryu, H., Mituyama, T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 25(12)
  
  ページ: 330-338
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] CENTROIDFOLD: a web server for RNA secondary structure prediction2009
- 著者名/発表者名
  Sato, K., Hamada, M., Asai, K., Mituyama, T.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res. 37(Web Server issue)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] CentroidAlign: Fast and accurate aligner for structured RNAs by maximizing expected sum-of-pairs score2009
- 著者名/発表者名
  Hamada, M., Sato, K., Kiryu, H., Mituyama, T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics (Advance Access)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] A local multiple alignment method for detection of non-coding RNA sequences2009
- 著者名/発表者名
  Tabei. Y., Asai. K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 25(12)
  
  ページ: 1498-1505
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Prediction of RNA secondary structure using generalized centro id estimators2009
- 著者名/発表者名
  Hamada, M., Kiryu, H, Sato, K, Mituvama. T., and Asai K
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 25
  
  ページ: 465-473
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] CENTROIDFOLD : a web server for RNA secondary structure prediction2009
- 著者名/発表者名
  Sato, K., Hamada, M., Asai, K., Mituyama, T.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res. 37(Web server issue)
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] A regulatory circuit for piwi by the large Maf gene traffic jam in Drosophila2009
- 著者名/発表者名
  Saito, K., Inagaki, S., Mituyama, T., Kawamura, Y., Ono, Y., Sakota, E., Kotani, H., Asai, K., Siomi, H., Siomi, M.C.
- 雑誌名
  
  Nature 461(7268)
  
  ページ: 1296-1299
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Transcripts of unknown function in multiple-signaling pathways involved in human stem cell differentiation2009
- 著者名/発表者名
  Kikuchi, K., Fukuda, M., Ito, T., Inoue, M., Yokoi, T., Chiku, S., Mitsuyama, T., Asai, K., Hirose, T., Aizawa, Y.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res. 35(15)
  
  ページ: 4987-5000
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Expansion of signaling genes for adaptive immune system evolution in early vertebrates2008
- 著者名/発表者名
  Okada, K,, amd Asai, K
- 雑誌名
  
  BMC Genomics 9
  
  ページ: 218-218
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] A fast structural multiple alignment method for long RNA sequences2008
- 著者名/発表者名
  Tabei, Y., Kiryu, H., Kin, T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics 9
  
  ページ: 33-33
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Retention of genes involved in the adenohypophysis-mediated en docrine system in early vertebrates2008
- 著者名/発表者名
  Okada, K, and Asai, K.
- 雑誌名
  
  Gene 412
  
  ページ: 71-83
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Software. ncrna. org: web servers for analyses of RNA sequences2008
- 著者名/発表者名
  Asai, K, Kiryu, H, Hamada, M, Tabei, Y, Sato, K, Matsui, H, Sakakibara, Y, Terai, G,, Mituyama, T.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Res. 36
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Directed acyclic graph kernels for structural RNA analysis2008
- 著者名/発表者名
  K Sato, T. Mituyama, K Asai, and Y. Sakakibara
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics 9
  
  ページ: 318-318
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Characterization of endogenous human Argonautes and their miRNA partners in RNA silencing2008
- 著者名/発表者名
  Azuma-Mukai, A, Oguri, H, Mituyama, T, Qian, Z. R, Asai, K, Siomi, H,, Siomi, M.C.
- 雑誌名
  
  PNAS 105(23)
  
  ページ: 7964-7969
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Drosophila endogenous small RNAs bind to Argonaute 2 in somatic cells2008
- 著者名/発表者名
  Kawamura, Y, Saito, K, Kin, T, Ono, Y, Asai, K, Sunohara, T, Okada, T. N, Siomi, M. C,, Siomi, H.
- 雑誌名
  
  Nature 453(7196)
  
  ページ: 793-797
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Expansion of signaling genes for adaptive immune system evolut ion in early vertebrates2008
- 著者名/発表者名
  Okada K, and Asai K
- 雑誌名
  
  BMC Genomics 9
  
  ページ: 218-218
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Prediction of RNA secondary structure using generalized centroid estimators2008
- 著者名/発表者名
  Hamada, M., Kiryu, H., Sato, K., Mituyama, T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 25(4)
  
  ページ: 465-73
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Retention of genes involved in the adenohypophysis-mediated endocrine system in early vertebrates2008
- 著者名/発表者名
  Okada, K., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Gene 412(1-2)
  
  ページ: 71-83
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Software.ncrna.org : web servers for analyses of RNA sequences2008
- 著者名/発表者名
  Asai, K, Kiryu, H, Hamada., M., Tabei, Y., Sato, K, Matsui, H., Sakakibara, Y., Terai, G., and Mituyama. T.
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research 36
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Rfold: An exact algorithm for computing local base pairing probabilities2008
- 著者名/発表者名
  Kiryu, H., Kin, T., and Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 24・3
  
  ページ: 367-373
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Rfold: An exact algorithm for computing local base pairing probabilities2008
- 著者名/発表者名
  Kiryu, H., Kin, T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 24(3)
  
  ページ: 367-373
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Directed acyclic graph kernels for structural RNA analysis2008
- 著者名/発表者名
  Sato, K., Mituyama, T., Asai, K., Sakakibara, Y.
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics 9
  
  ページ: 318-318
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] A fast structural multiple alignment method for long RNA sequences2008
- 著者名/発表者名
  Tabei, Y, Kiryu, H., Kin, T., and Asai, K.
- 雑誌名
  
  BMC Bioim^2ormatics 9
  
  ページ: 33-33
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Stem kernels for KNA sequence analyses2007
- 著者名/発表者名
  Sakakibara, Y., Ogawa, N・, Popendorf, K., Asai, K., and K. Sato
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology 5・6
  
  ページ: 1103-1122
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Stem kernels for RNA sequence analyses2007
- 著者名/発表者名
  Sakakibara, Y., Ogawa, N., Popendorf, K., Asai, K., K. Sato
- 雑誌名
  
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology 5(6)
  
  ページ: 1103-1122
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Robust prediction of consensus secondary structures using averaged base pairing probability matrices2007
- 著者名/発表者名
  Kiryu, H., Kin, T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 23(13)
  
  ページ: 1588-1598
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] miRRim: A novel system to find conserved miRNAs with high sensitivity and specificity2007
- 著者名/発表者名
  Terai, G., Komori, T., Asai, K., Kin, T.
- 雑誌名
  
  RNA 13
  
  ページ: 2081-2090
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Murlet: A practical multiple alignment tool for structural RNA sequences2007
- 著者名/発表者名
  Kiryu, H., Tabei, Y., Kin T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 23(13)
  
  ページ: 1588-1598
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Murlet:A practical multiple alignment tool for structural RNA sequences2007
- 著者名/発表者名
  Kiryu, H., Tabei, Kin, T., and Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 23・13
  
  ページ: 1588-1598
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Stem Kernels for RNA Sequence Analyses2007
- 著者名/発表者名
  Sakakibara, Y., Asai, K., Sato, K.
- 雑誌名
  
  Proc. 1st International Conference on Bioinformatics Research and Development
  
  ページ: 278-291
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] miRRim: A novel system to find miRNAs with hight sensitivity and spe cificity2007
- 著者名/発表者名
  Terai, G, Komori, T., Asai, K., and Kin, T.
- 雑誌名
  
  RNA 13
  
  ページ: 2081-2090
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Robust prediction of consensus secondary structures using averaged base pairing probability matrices2006
- 著者名/発表者名
  Kiryu, H., Kin, T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics, Advance Access
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Mining frequence stem patterns from unaligned RNA sequences2006
- 著者名/発表者名
  Hamada, M., Tsuda, K., Kudo, T., Kin, T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 22・20
  
  ページ: 2480-2487
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] SCARNA: fast and accurate structural alignment of RNA sequences by matching fixed-length stem fragments2006
- 著者名/発表者名
  Tabei, Y., Tsuda, K., Kin, T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 22(14)
  
  ページ: 1723-1729
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] SCARNA : fast and accurate structural alignment of RNA sequences by matching fixed-length stem fragments2006
- 著者名/発表者名
  Tabei, Y., Tsuda, K., Kin, T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 22・14
  
  ページ: 1723-1729
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Mining frequent stem patterns from unaligned RNA sequences2006
- 著者名/発表者名
  Hamada, M., Tsuda, K., Kudo, T., Kin, T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 22(20)
  
  ページ: 2480-2487
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Genome sequencing and analysis of Aspergillus oryzae2005
- 著者名/発表者名
  Machida M, Asai K, Sano M, Tanaka T, Kumagai T, Terai G, Kusumoto K, Arima T, Akita O, Kashiwagi Y, et al.
- 雑誌名
  
  Nature 438(7071)
  
  ページ: 1057-1161
- 査読あり
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Extracting relations between promoter sequences and their strengths from microarray data2005
- 著者名/発表者名
  Hisanori Kiryu, Taku Oshima, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 21
  
  ページ: 1062-1068
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208010
[雑誌論文] Genome sequencing and analysis of Aspergillus oryzae2005
- 著者名/発表者名
  Machida M., Asai K., et al.
- 雑誌名
  
  Nature 438
  
  ページ: 1157-1161
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208010
[雑誌論文] Extracting relations between promoter sequences and their strengths from microarray data2005
- 著者名/発表者名
  Kiryu, H., Oshima, T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 21
  
  ページ: 1062-1068
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208010
[雑誌論文] Genome sequencing and analysis of Aspergillus oryzae2005
- 著者名/発表者名
  Machida, M., Asai, K.et al.
- 雑誌名
  
  Nature 438・7071
  
  ページ: 1057-1161
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[雑誌論文] Minimizing the Cross Validation Error to Mix Kernel Matrices of Heterogeneous Biological Data2004
- 著者名/発表者名
  Tsuda, K., Uda, S., Kin, T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Neural Processing Letters 19
  
  ページ: 63-72
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208010
[雑誌論文] Statistics for Biological Sequences2003
- 著者名/発表者名
  Kishino, H., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Iwanami Publisher
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208010
[雑誌論文] Modeling Splicing Sites with Pairwise Correlations2002
- 著者名/発表者名
  Arita, M., Tsuda, K., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 18
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208010
[雑誌論文] Marginalized Kernels for RNA Sequence Data Analysis2002
- 著者名/発表者名
  Kin, T., Tsuda K., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Proc. of Genome Informatics Workshop 2002
  
  ページ: 112-122
- NAID
  130003997145
- 説明
  「研究成果報告書概要(欧文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208010
[雑誌論文] Marginalized kernels for biological sequences2002
- 著者名/発表者名
  Tsuda, K., Kin, T., Asai, K.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics 18
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208010
[雑誌論文] Marginalized Kernels for RNA Sequence Data Analysis2002
- 著者名/発表者名
  Kin, T., Tsuda K., Asai, K.
- 雑誌名
  
  In Proc. of Genome Informatics Workshop 2002
  
  ページ: 112-122
- NAID
  130003997145
- 説明
  「研究成果報告書概要(和文)」より
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208010
[雑誌論文] Selective integration of multiple biological data for supervised network inference
- 著者名/発表者名
  Tsuyoshi Kato, Koji Tsuda, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics (in press)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208010
[雑誌論文] Accurate extraction of functional associations between proteins based on common interaction partners and common domains
- 著者名/発表者名
  Kinya Okada, Shig_ehiko Kanaya, Kiyoshi Asai
- 雑誌名
  
  Bioinformatics (in press)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-12208010
[産業財産権] エピジェネティックスを標的とした新規医薬2020
- 発明者名
  石井秀始、今野雅允、小関準、浅井歩、目黒寛司、赤井周司、川野泰彦、布村一人
- 権利者名
  大阪大学
- 産業財産権種類
  特許
- 出願年月日
  2020
- 外国
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[学会発表] Elucidation of the molecular function of Qin in the germline piRNA pathway2023
- 著者名/発表者名
  Yurika Namba、Kazumichi M. Nishida、Yukiteru Ono、Yui Kuroda、Kiyoshi Asai、Mikiko C. Siomi
- 学会等名
  第24回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H04925
[学会発表] From DNA replication to G-quadruplex: my long journey on science with my mentor, Ken-ichi Arai2023
- 著者名/発表者名
  Hisao Masai
- 学会等名
  Cold Spring Harbor Meeting Asia on The Now and Future of RNA Therapeutics
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H04925
[学会発表] Regulation of replication timing and DNA repair by nuclear membrane tethering of Rif12023
- 著者名/発表者名
  Hisao Masai、Tomohiro Iguchi、Sayuri Ito、Mikhiko Shibata、Naoko Kakusho、Rino Fukatsu、Asami Oji、Ichiro Hiratani、Hiroyuki Sasanuma
- 学会等名
  The 14th International Symposium on DNA Damage Response & Human Disease (isDDRHD-2023)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H04925
[学会発表] Biological functions of G-quadruplexes in regulation of DNA replication2023
- 著者名/発表者名
  Hisao Masai
- 学会等名
  50th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry(ISNAC2023)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H04925
[学会発表] Regulation of replication timing and nuclear localization of chromatin by Fission yeast Rif1 protein2023
- 著者名/発表者名
  Hisao Masai、Yutaka Kanoh、Daisuke Kohda、Tomoko Sagi
- 学会等名
  The 11th International Fission Yeast Meeting(POMBE2023)
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H04925
[学会発表] G4 binding and oligomerization activities of fission yeast Rif1protein are required for long-range regulation of origin firing.2023
- 著者名/発表者名
  H. Masai、Y. Kanoh、D. Kohda、T. Sagi
- 学会等名
  Cold Spring Harbor Asia Conference on YEAST AND LIFE SCIENCES
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H04925
[学会発表] Transcription can drive DNA replication2023
- 著者名/発表者名
  Hisao Masai
- 学会等名
  70 Years of DNA Double Helix: Celebration of Breakthroughs in Life Science
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H04925
[学会発表] Association of Rif1 with nuclear membrane is essential for genome-wide replication timing regulation2023
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Iguchi、Sayuri Ito、Naoko Kakusho、Rino Fukatsu、Kenji Moriyama、Asako Sawano、Asami Oji、Mikihiro Shibata、Atsushi Miyawaki、Ichiro Hiratani、Hiroyuki Sasanuma and Hisao Masai
- 学会等名
  CSHL Meeting 2023 on Eukaryotic DNA Replication & Genome Maintenance
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22H04925
[学会発表] Roles of G4 binding and multimization of Rifl in S phase regulation in fission yeast cells.2021
- 著者名/発表者名
  Hisao Masai, Yutaka Kanoh, Kaho Takasawa, Daisuke Koida, Seiji Matsumoto
- 学会等名
  Cold Spring Harbor Asia Conference YEAST AND LIFE SCIENCES
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[学会発表] Mechanisms of membrane association of Rif1 and its role in replication timing regulation2021
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Iguchi, Sayuri Ito, Naoko Kokusho, Yutaka Kanoh, Kaho, Takasawa, Kenji Moriyama, Hiroyuki Sasanuma, *Hisao Masai.
- 学会等名
  Cold Spring Harbor Laboratory Meeting EUKARYOTIC DNA REPLICATION & GENOME MAINTENANCE
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[学会発表] Association of Rifl with nuclear membrane is essential for genome-wide replication timing regulation2021
- 著者名/発表者名
  Tomohiro Iguchi, Sayuri Ito, Naoko Kakusho, Satoshi Yamazaki, Asami Oji, Rino Fukatsu, Ichiro Hiratani, Hiroyuki Sasanuma, *Hisao Masai
- 学会等名
  第44回日本分子生物学会年会
- 招待講演
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[学会発表] Claspin is required for growth recovery from serum starvation through regulating the PI3K-PDK1-mTOR pathway.2021
- 著者名/発表者名
  Chi-Chun Yang, Hisao Masai
- 学会等名
  Cold Spring Harbor Asia Conference, DNA METABOLISM, GENOMIC STABILITY & HUMAN DISEASE
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[学会発表] PBSIM2 : simulator for long read sequencers with a novel generative model of quality scores2020
- 著者名/発表者名
  Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
- 学会等名
  2020年日本バイオインフォマティクス学会年会・第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[学会発表] 大腸菌のタンパク質発現量予測のためのRNA2次構造特徴の抽出2020
- 著者名/発表者名
  寺井悟朗、浅井潔
- 学会等名
  第43回日本分子生物学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[学会発表] Discovery of mRNA secondary structural features for the accurate prediction of protein abundance in Escherichia coli2020
- 著者名/発表者名
  Goro Terai, Kiyoshi Asai
- 学会等名
  2020年日本バイオインフォマティクス学会年会・第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[学会発表] 核内ストレス体によるストレス回復期のスプライシング制御2018
- 著者名/発表者名
  二宮賢介, 足達俊吾, 夏目徹, 岩切淳一, 寺井悟朗, 浅井潔, 廣瀬哲郎
- 学会等名
  第20回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[学会発表] 先進的RNA-seqのデータ解析を改善するマッピングパラメータ学習2018
- 著者名/発表者名
  岩切淳一, Martin C. Frith, 浜田道昭, 浅井潔
- 学会等名
  第20回日本RNA学会年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[学会発表] Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data2017
- 著者名/発表者名
  Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
- 学会等名
  The 28th International Conference on Genome Informatics GIW/BIOINFO 2017
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02484
[学会発表] RNA配列設計のための情報解析技術2017
- 著者名/発表者名
  浅井潔
- 学会等名
  日本核酸医薬学会第3回年会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[学会発表] Capturing Alternative Secondary Structures of RNA by Decomposition of Base Pairing Probabilities2017
- 著者名/発表者名
  Taichi Hagio, Shun Sakuraba, Junichi Iwakiri, Ryota Mori and Kiyoshi Asai
- 学会等名
  The 28th International Conference on Genome Informatics GIW/BIOINFO 2017
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02484
[学会発表] Capturing Alternative Secondary Structures of RNA by Decomposition of Base Pairing Probabilities2017
- 著者名/発表者名
  Taichi Hagio, Shun Sakuraba, Junichi Iwakiri, Ryota Mori, Kiyoshi Asai
- 学会等名
  The 28th International conference on Genome Informatics
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[学会発表] Improved accuracy in RNA-protein rigid body docking by incorporating force eld for molecular dynamics simulation into the scoring function2016
- 著者名/発表者名
  unichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda
- 学会等名
  RNA2016
- 発表場所
  京都国際会議場
- 年月日
  2016-06-29
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] Algorithms on Marginal Distributions of RNA Secondary Structures,2016
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Asai
- 学会等名
  ALGO2016
- 発表場所
  Aarhus University, Denmark
- 年月日
  2016-08-23
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[学会発表] Algorithms on Marginal Distributions of RNA Secondary Structures2016
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Asai
- 学会等名
  ALGO2016 & WABI2016
- 発表場所
  Aarhus University, Denmark
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] Algorithms for Marginal Probabilities on RNA Secondary Structures2016
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Asai
- 学会等名
  ALGO2016 & WABI2016
- 招待講演 / 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02484
[学会発表] Predicting RNA-RNA duplex dimerization energy from the molecular dynamics simulation2016
- 著者名/発表者名
  Shun Sakuraba, Tomoshi Kameda and Kiyoshi Asai
- 学会等名
  RNA2016
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02484
[学会発表] RNA-RNA の相対結合自由エネルギー計算2016
- 著者名/発表者名
  桜庭俊, 浅井潔, 亀田倫史
- 学会等名
  第19回理論化学討論会
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H02484
[学会発表] Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences2016
- 著者名/発表者名
  Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai
- 学会等名
  RNA2016
- 発表場所
  京都国際会議場
- 年月日
  2016-06-29
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] Rtools : a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences,2016
- 著者名/発表者名
  Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai,
- 学会等名
  RNA2016
- 発表場所
  京都
- 年月日
  2016-06-29
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-16H06279
[学会発表] ヒトトランスクリプトームにおける網羅的 lncRNA-RNA 相互作用予測2015
- 著者名/発表者名
  寺井悟朗、岩切淳一、亀田倫史、浜田道昭、浅井潔
- 学会等名
  第17回日本RNA学会年会
- 発表場所
  札幌パークホテル
- 年月日
  2015-07-15
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] 分子動力学法による核酸修飾塩基対の結合エネルギー予測2015
- 著者名/発表者名
  桜庭俊、亀田倫史、浅井潔
- 学会等名
  第17回日本RNA学会年会
- 発表場所
  北海道札幌市　ホテルライフォート札幌
- 年月日
  2015-07-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] 分子動力学計算を用いた蛋白質・RNA 複合体立体構㐀予測2015
- 著者名/発表者名
  由良敬，岩切淳一，浜田道昭，浅井潔，亀田倫史
- 学会等名
  第17回日本RNA学会年会
- 発表場所
  札幌パークホテル
- 年月日
  2015-07-15
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] RNA 発現量を用いた組織特異的 lncRNA-mRNA 相互作用予測2015
- 著者名/発表者名
  岩切淳一、寺井悟朗、亀田倫史、浅井潔、浜田道昭
- 学会等名
  第17回日本RNA学会年会
- 発表場所
  札幌パークホテル
- 年月日
  2015-07-15
- 国際共著/国際学会である
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] 分子動力学計算を用いたRNA・タンパク質複合体立体構造予測2015
- 著者名/発表者名
  由良敬、岩切淳一、浜田道昭、浅井潔、亀田倫史
- 学会等名
  第17回日本RNA学会年会
- 発表場所
  北海道札幌市　ホテルライフォート札幌
- 年月日
  2015-07-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] RNA2次構造情報解析のための統合ウェブ2014
- 著者名/発表者名
  浅井潔、浜田道昭、小野幸輝
- 学会等名
  第16回日本RNA学会年会
- 発表場所
  愛知県名古屋市　ウインクあいち
- 年月日
  2014-07-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] RNA－タンパク質相互作用予測法の開発2014
- 著者名/発表者名
  岩切淳一、亀田倫史、浅井潔、浜田道昭
- 学会等名
  第16回日本RNA学会年会
- 発表場所
  愛知県名古屋市　ウインクあいち
- 年月日
  2014-07-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] Credibility Limitは推定二次構造の定量的な信頼度を示す2014
- 著者名/発表者名
  森僚太、浜田道昭、浅井潔
- 学会等名
  第16回日本RNA学会年会
- 発表場所
  愛知県名古屋市　ウインクあいち
- 年月日
  2014-07-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] 分子動力学計算を用いたRNA・タンパク質複合体立体構造予測2014
- 著者名/発表者名
  由良敬、岩切淳一、浜田道昭、浅井潔、亀田倫史
- 学会等名
  第16回日本RNA学会年会
- 発表場所
  愛知県名古屋市　ウインクあいち
- 年月日
  2014-07-23
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] Privacy-preserving search for a chemical compound database2013
- 著者名/発表者名
  Kana Shimizu, Hiromi Arai, Koji Nuida, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Jun Sakuma, Takatsugu Hirokawa, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai,
- 学会等名
  ISMB/ECCB 2013
- 発表場所
  ベルリン、ドイツ
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25540131
[学会発表] タンパク質-RNA相互作用におけるRNA2次構造認識機構:塩基対確率に基づく解析2013
- 著者名/発表者名
  岩切淳一，亀田倫史，浅井潔，浜田道昭
- 学会等名
  第15回日本RNA学会年会
- 発表場所
  愛媛県・県民文化会館・ひめぎんホール
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-221S0002
[学会発表] On algorithms for computing thermodynamic entropy of RNA secondary structures2011
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Asai
- 学会等名
  CBI/JSBI2011合同大会
- 発表場所
  兵庫県神戸市神戸国際会議場(ポスター発表)
- 年月日
  2011-11-09
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031
[学会発表] Binary estimation problems in structural information analysis of RNA2011
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Asai
- 学会等名
  The 16Th Annual Meeting of the RNA Society
- 発表場所
  京都府京都市国立京都国際会館
- 年月日
  2011-06-15
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031
[学会発表] Recent advances in structure prediction of RNA2011
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Asai
- 学会等名
  第34回日本分子生物学会年会
- 発表場所
  神奈川県横浜市パシフィコ横浜(口頭発表)
- 年月日
  2011-12-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031
[学会発表] Algorithms for RNA sequence analysis2011
- 著者名/発表者名
  Kiyoshi Asai
- 学会等名
  GIW2011
- 発表場所
  韓国、釜山、Haeundae Grand Hotel(招待講演)
- 年月日
  2011-12-06
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031
[学会発表] On algorithms for computing thermodynamic entropy of RNA secondary structures2011
- 著者名/発表者名
  Hisanori Kiryu and Kiyoshi Asai
- 学会等名
  第34回日本分子生物学会年会
- 年月日
  2011-12-14
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-22240031
[学会発表] A non-parametric Bayesian approach for predicting RNA secondary structures2009
- 著者名/発表者名
  Sato, K., Hamada, M., Mituyama, T., Asai, K., Sakakibara, Y.
- 学会等名
  Proceedings of 9th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2009)
- 発表場所
  Philadelphia, USA
- 年月日
  2009-09-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[学会発表] A non-parametric Bayesian approach for predicting RNA secondarystructures2009
- 著者名/発表者名
  Sato, K., Hamada, M., Mituyama, T., Asai, K., Sakakibara, Y.
- 学会等名
  Proceedings of 9th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2009)
- 発表場所
  フィラデルフィア,米国
- 年月日
  2009-09-12
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[学会発表] Stem Kernels for RNA Sequence Analyses2007
- 著者名/発表者名
  Sakakibara, Y., Asai, K., Sato, K.
- 学会等名
  Proc. 1st International Conference on Bioinformatics Research and Development
- 発表場所
  Berlin, Germany
- 年月日
  2007-03-13
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-17018029
[学会発表] 分子動力学計算を用いた蛋白質・RNA 複合体立体構造予測
- 著者名/発表者名
  由良敬、岩切淳一、浜田道昭、浅井潔、亀田倫史
- 学会等名
  第16回日本RNA学会
- 発表場所
  名古屋
- 年月日
  2014-07-23 – 2014-07-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] RNA２次構造情報解析のための統合ウェブ
- 著者名/発表者名
  浅井潔、浜田道昭、小野幸輝
- 学会等名
  第16回日本RNA学会
- 発表場所
  名古屋
- 年月日
  2014-07-23 – 2014-07-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] Prediction of joint RNA secondary structure by using their homologous sequence information
- 著者名/発表者名
  Takashi Matsuda, Michiaki Hamada and Kiyoshi Asai
- 学会等名
  GIW/ISCB-Asia 2014
- 発表場所
  東京
- 年月日
  2014-12-15 – 2014-12-17
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] Credibility Limit は推定二次構造の定量的な信頼度を示す
- 著者名/発表者名
  森遼太、浜田道昭、浅井潔
- 学会等名
  第16回日本RNA学会
- 発表場所
  名古屋
- 年月日
  2014-07-23 – 2014-07-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] 分子動力学計算を用いた蛋白質･RNA 複合体立体構造予測
- 著者名/発表者名
  由良敬、岩切淳一、浜田道昭、浅井潔、亀田倫史
- 学会等名
  第52回日本生物物理学会
- 発表場所
  札幌
- 年月日
  2014-09-25 – 2014-09-27
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044
[学会発表] RNA-タンパク質相互作用予測手法の開発
- 著者名/発表者名
  岩切淳一、亀田倫史、浅井潔、浜田道昭
- 学会等名
  第16回日本RNA学会
- 発表場所
  名古屋
- 年月日
  2014-07-23 – 2014-07-25
- データソース
  KAKENHI-PROJECT-25240044

1. 浜田道昭 (00596538)

共同の研究課題数: 6件

共同の研究成果数: 36件
2. 伊藤武彦 (90501106)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 4件
3. 榊原康文 (10287427)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 10件
4. 豊田敦 (10267495)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
5. 鈴木穣 (40323646)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 1件
6. 林哲也 (10173014)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
7. 黒川顕 (20343246)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
8. 森下真一 (90292854)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
9. 中村保一 (60370920)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
10. 岩崎渉 (50545019)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 1件
11. 瀬々潤 (40361539)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
12. 高橋弘喜 (60548460)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
13. 笠原雅弘 (60376605)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
14. 小椋義俊 (40363585)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
15. 平川英樹 (80372746)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
16. 野口英樹 (50333349)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 0件
17. フリスマーティン (40462832)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 2件
18. 阿部洋 (80415067)

共同の研究課題数: 3件

共同の研究成果数: 1件
19. 増井徹 (50150082)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
20. 小原雄治 (70135292)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
21. 加藤和人 (10202011)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 1件
22. 菅野純夫 (60162848)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
23. 辻省次 (70150612)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
24. 井ノ上逸朗 (00192500)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
25. 久原哲 (00153320)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
26. 矢田哲士 (10322728)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
27. 山縣然太朗 (10210337)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
28. 武藤香織 (50345766)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
29. 位田隆一 (40127543)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 3件
30. 高木利久 (30110836)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
31. 藤山秋佐夫 (60142311)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
32. 徳永勝士 (40163977)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
33. 桑野良三 (20111734)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
34. 小笠原直毅 (10110553)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
35. 木立尚孝 (80415778)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 7件
36. 佐藤健吾 (20365472)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 7件
37. 川嶋実苗 (00396706)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
38. 山田拓司 (10437262)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 0件
39. 森宙史 (40610837)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 4件
40. 亀田倫史 (40415774)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 15件
41. 櫻庭俊 (90647380)

共同の研究課題数: 2件

共同の研究成果数: 3件
42. 黒木陽子 (10344037)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
43. 山本健 (60274528)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
44. 田畑哲之 (70197549)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
45. 服部正平 (70175537)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
46. 大橋順 (80301141)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
47. 松岡聡 (20221583)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
48. 中村建介 (20212095)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
49. 金谷重彦 (90224584)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
50. 廣瀬哲郎 (30273220)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
51. 由良敬 (50252226)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 5件
52. 清水佳奈 (60367050)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
53. 花岡悟一郎 (30415731)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 1件
54. 津田宏治 (90357517)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 2件
55. 三井純 (70579862)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
56. 時野隆至 (40202197)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
57. 児玉聡 (80372366)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
58. 瀬戸山晃一 (00379075)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
59. 小門穂 (20706650)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
60. 大橋範子 (50739430)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
61. 中岡博史 (70611193)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
62. 後藤恭宏 (20558358)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
63. 中村佳司 (60706216)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
64. 奥野未来 (30814462)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
65. 仲瀬裕志 (60362498)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
66. 佐々木泰史 (70322328)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
67. 井戸川雅史 (00404749)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
68. 丹下正一朗 (40571211)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
69. 小笠原理 (00435512)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
70. 谷澤靖洋 (90836511)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
71. 近藤伸二 (30415161)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
72. 梶谷嶺 (40756706)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
73. 田代康介 (00192170)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
74. 鈴木拓 (20381254)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
75. 能正勝彦 (10597339)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
76. 甲斐正広 (80260777)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
77. 石黒亮 (70373264)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
78. 西村祐貴 (20783012)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
79. 中谷明弘 (60301149)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
80. 波江野洋 (70706754)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
81. 島村徹平 (00623943)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
82. 熊谷雄太郎 (00528408)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
83. 上田宏生 (70821916)

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
84. 栗山真理子

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
85. 安西祐一郎

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
86. 岡田清孝

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
87. 榊佳之

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
88. 高久史麿

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
89. 豊島久真男

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
90. 中村桂子

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
91. 堀田凱樹

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
92. 米澤明憲

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
93. 吉川寛

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
94. 吉田光昭

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
95. 猪子英俊

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
96. 戸田達史

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
97. 稲澤譲治

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
98. 五條掘孝

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
99. 漆原秀子

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
100. 武田洋幸

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
101. 城石俊彦

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
102. 伊藤隆司

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
103. 佐藤矩行

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
104. 松田秀雄

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
105. 五斗進

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
106. 津田雅孝

共同の研究課題数: 1件

共同の研究成果数: 0件
107. 石井秀始

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 9件
108. 加納豊

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
109. 新海創也

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
110. 岩切淳一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
111. 正井久雄

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 11件
112. 二宮賢介

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
113. 中村泰之

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
114. 浅井歩

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 5件
115. 勢力薫

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
116. 高橋秀和

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
117. 植村守

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
118. 田中真二

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
119. 小関準

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 3件
120. 寺井悟朗

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
121. 今野雅允

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 9件
122. 坂井大介

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
123. 笹井理生

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
124. 谷時雄

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
125. 井口智弘

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
126. 広瀬哲郎

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
127. 阿久津達也

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 2件
128. 川本弘一

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
129. 西田尚弘

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件
130. 前島一博

共同の研究課題数: 0件

共同の研究成果数: 1件

浅井 潔 Asai Kiyoshi

研究課題

研究成果

共同研究者

化学修飾を含むmRNA配列設計の基盤技術研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究機関

修飾塩基を持つRNAの情報解析基盤技術の開発研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

エピトランスクリプトーム解析のためのRNAインフォマティクス基盤技術研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究機関

RNA・タンパク質相互作用の網羅的予測と検証研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

プライバシー保護バイオインフォマティクス基盤技術の開発と応用

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究機関

マイクロＲＮＡおよびｓｎｏＲＮＡとその標的の網羅的予測研究代表者

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

研究分野

研究機関

比較ゲノム解析のための情報変換モデルの構築と計算手法の開発

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

情報表現モデルによるゲノム配列情報のモデル化と予測

研究代表者

研究期間 (年度)

研究種目

審査区分

研究機関

[図書] Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology2018

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[図書] RNA structural alignments, part II: non-Sankoff approaches for structural alignments N.J.: Clifton, RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods, Methods in molecular biology.2014

著者名/発表者名

総ページ数

出版者

データソース

[図書] 統計科学のフロンティア9生物配列の統計 : 核酸・タンパクから情報を読む2003

著者名/発表者名

総ページ数

浅井潔 Asai Kiyoshi